在殖民衛星門德爾的研究所內部，穆和阿斯蘭兩人因克魯澤說出的衝擊性的事實而受到極大的震撼：
到現在阿斯蘭才知道，原來基拉是雙胞胎中唯一被進行遺傳基因操作而在人工**裏成功出生的最強調整人，而克魯澤竟然是穆的父親——阿爾塔·弗拉格的克隆體；克魯澤的最終目的，則是終結這個充斥著欲望的世界。
穆和阿斯蘭留在了研究所裏；克魯澤則返回了威薩利烏斯號上。
等到烏鴉高達和禁斷高達恢複過來後，主天使號再度對大天使號發動了攻擊；而強襲、暴風和正義三架高達均未返回的大天使號，隻得由自由高達和gn墮天使前往應戰。
另一方麵，返回到威薩利烏斯號上的克魯澤，將“打開門的鑰匙”托付給了芙蕾之後，開始向大天使號發動攻擊。
戰鬥中，芙蕾帶著“打開門的鑰匙”乘上救生艙離開了威薩利烏斯號，並發出了救命信號。聽到芙蕾的聲音後，基拉迅即趕往救生艙，但卻為林楓所阻攔，而我因為被禁斷，主天使號和那三艘的艦船與ms不要命的炮火死死拖住所以沒能立刻趕過去。
救生艙被主天使號回收成功。終於得到了“打開門的鑰匙”裏關於“中子幹擾消除器”的情報，阿茲拉艾爾.穆爾塔不禁大喜過望。
遭到聯邦艦隊和zaft艦隊夾擊的大天使號等三艘戰艦突破了zaft艦隊的阻擊。草薙號和永恒號向zaft的旗艦威薩利烏斯號合力發動了攻擊。亞迪斯艦長和威薩利烏斯號永遠地消失在漆黑的宇宙之中。
由於主天使號的兩個強化人都達到了活動的界限，zaft方麵也失去了旗艦威薩利烏斯號，大天使號等終於在激戰中得以生還，但受傷醒來的基拉卻因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克絲的膝上痛哭不已
得到了“中子幹擾消除器”的情報的主天使號暫時撤離了戰鬥，向月球方向撤退，準備用核武器來壓製新人類。然後，從月麵基地發進的地球聯合軍第六、第七艦隊帶著裝備了“中子幹擾消除器”的核彈頭向zaft軍的宇宙要塞“博亞茲”進軍。
沒有料想到地球方麵會擁有“中子幹擾消除器”的zaft軍被打得大敗。
焦慮不已的帕特利克·薩拉生怕“染血的情人節”的悲劇再現，決定對地球聯合軍的艦隊使用zaft方麵的核武器——genesis（創世紀）
至此.seed的最終一戰終於引來了序幕。德拉克.d.夏亞的最終敵人，萬惡之源中遺漏出來的貪欲也將登場。
撒！戰鬥吧！少年啊！
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－我分－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
“開始了哦，諸位,現在就是將那些天上的怪物擊落的時刻了！讓他們知道！到底誰才是世界的主宰！！為了藍色清淨的天空！！”穆爾塔大聲吼著藍色波斯菊的口號，宣布了對nt的最終一戰開始了。
數以千計的ms紛紛噴發著藍色的光芒，襲向了nt的防衛線，在他們看來。已經失去中子幹擾器的nt已經沒有什麽好怕的了！我們這邊可是可以再度使用核彈的啊！
“為了藍色清淨的世界！去死吧！天上的怪物們！！”一架強襲短劍，第一個射出了這場戰爭的第一枚光束，瞬間打爆了一架金改。
但是他自己也被隨後的數發光束撕成了碎片。
“為了地球！！”但是爆炸的位置立刻再一次被另一架強襲短劍所補全。噗咻！噗咻！再次射出了綠色的光束。
“為了藍色清淨的天空！！”哢嗒！轟！！
“地上沒開化的野蠻人！！”噗咻！轟隆..~！
“為了在尤尼烏斯7而戰死的哥哥！！！”哢嗒！轟轟轟！！
“主天使號發動，在nt沒有完全布置好防衛前撕開一個口子！主炮發射準備！”娜塔爾所在的主天使號這時也衝入了戰場。
“發射！！！”娜塔爾一聲令下，早就已經凝聚好了的死亡光芒立刻噴發了出去。一瞬間就清空了一個射程內的所有ms。
在原本漆黑的宇宙中，在這一片區域內瞬間成為了光芒的海洋。不過..是死亡光芒的海洋那。
每一分，每一秒，每一個呼吸間，都會有人殺人，都會有人被殺。殺了他我就能活下去，殺了別人才能保證自己的存活。不殺就會被殺，殺就能保證自己還能再苟活一秒鍾。
因此！為了能夠再苟活的一秒鍾而殺吧！殺了別人！奪取他人的生命！成為我那多活一秒鍾的墊腳石吧！！
哢嗒！轟！！！
“報告！左旋30°，大量ms接近中。是nt的新型機！！”主天使號上的觀察員緊張的報告到。
“主炮再充能,巴裏安特啟動，對空防禦飛彈（羅曼特）發射！！”娜塔爾冷靜的命令道
轟咻！！！....，再次怒吼的主炮襲擊向了ms群，隨後的巴裏安特與對空防禦導彈也噴射而出。
轟轟轟轟轟轟！！！！！，一個個爆炸所產生的煙霧圈就這樣出現在了主天使號的麵前。
在這一片激戰的領域中的不遠處....，一架架運輸著核彈的ma正隱秘的偷偷向nt飛去。
想要以核彈來發動總攻的穆爾塔此時也正陰笑著看著眼前的戰場。{盡情的在這裏廝殺吧！等待你們的將是nt被核彈轟擊而墜毀的絕望般的消息！哼哈哈哈哈哈}
而此時已經得到核彈消息的大天使號和永恒號他們也正在前來的途中。
“基拉.大和，自由高達待機”
“阿斯蘭.薩拉,正義高達待機”
“焱坤，劍裝強襲高達改待機”
“穆·拉·弗拉格，飛翼形強襲待機”
在大天使號的機庫內一架架為了迎接最終一戰的高達們已經待機完畢，這時各個機體內的頻道都接通了，拉克絲的聲音從裏麵傳了出來。
“諸位...，聯邦軍所使用的核彈哪怕一個也絕對不可以讓它們擊中nt上，如果這種攻擊降臨在即使受到苦難也無力訴說的民眾身上，這又會換來無盡的仇恨與淚水。諸君，拜托了。為了斬斷這仇恨的連鎖，請務必全力而為。”
“了解”x4
“自由高達,道路清空.出擊.請！”
“自由高達，基拉大和出擊！”
“正義高達，道路清空.出擊.請！”
“正義高達,阿斯蘭.薩拉出擊！”
..............................
“沒關係嗎？讓那個不知底細的焱坤也加入進來..”這時安德魯大叔在艦橋內突然說道。
拉克絲微微搖了頭，說道：“不知道，但是現在的我們是非常需要力量的。即使那位大人不願為和平而盡一分力，我想也是不會對我們刀刃相向的”
“嘛....，既然您這樣說了，啊！對了，夏亞那個少年呢？從剛剛開始就沒他的身影了那”安德魯說道。
拉克絲看了眼前方激戰的宇宙區域，想了我在離開前對自己說的話。
“拉克絲，再接下來的戰鬥我無法在聽從你的吩咐。我降臨於這個世界的目標，世界之惡的源泉中逃離出來的一份邪惡，
名為貪欲的世界之惡將會出現在這個世界裏的某個人身上。或者是某樣物體身上。作為這個世界劇本的第一場謝幕，它必然會出現的。原諒我拉克絲...，我不得不去結束它才可以再過來幫助你。”我看著拉克絲的眼睛說道。
“你是我的劍,這是你永遠的誓言。所以.....僅僅隻是分開一會罷了，無需道歉的夏亞。”拉克絲輕輕的搖了搖頭說道，然後走過來抱住我。
“隻是...務必在我需要你的時候。請一定要出現啊...，不然的話..我絕對不會原諒你的。”拉克絲將頭埋在我的胸前說道。
“任務了解,我會做到的。”我輕笑了下說道。
“那家夥已經出現了，我也必須過去了...，不然會有非常非常多的人死去。那樣的話，我想拉克絲一定不會願意見到的吧”我接著說道
“恩！請多加小心！”拉克絲笑著從我懷裏脫出然後說道。
“拉克絲小姐，拉克絲小姐？”安德魯連續叫了好幾聲拉克絲，才將拉克絲從回憶中叫醒。
“啊...?!抱歉。我走神了。”拉克絲被安德魯驚醒後說道。
“不...沒什麽的，不過既然接下來就是前往戰場了，還是請多加注意的好。”安德魯好心的提醒道。
“是的，我明白了。”拉克絲嚴肅的點了點頭說道。
然後再次抬起頭看著那一片死亡的海洋中，那一抹不同尋常的一抹綠色熒光。
{請務必要平安歸來....，不然的話..我..。}拉克絲搖了搖頭，將亂七八糟的思想趕出了腦外。
“永恒號最大動力！務必要阻止這場愚蠢的戰爭！”清脆的聲音再次響起與艦橋內。
最終一戰的三方終於齊匯一起。接下來就是最終一戰的最後時刻了！
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－over－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
今天絕對要結束了seed！一更不行就二更，二更不行就三更！
小九今天要爆發啦！！！！！！
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“穆·拉·弗拉格，飛翼形強襲待機”
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“自由高達，基拉大和出擊！”
“正義高達，道路清空.出擊.請！”
“正義高達,阿斯蘭.薩拉出擊！”
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拉克絲微微搖了頭，說道：“不知道，但是現在的我們是非常需要力量的。即使那位大人不願為和平而盡一分力，我想也是不會對我們刀刃相向的”
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“你是我的劍,這是你永遠的誓言。所以.....僅僅隻是分開一會罷了，無需道歉的夏亞。”拉克絲輕輕的搖了搖頭說道，然後走過來抱住我。
“隻是...務必在我需要你的時候。請一定要出現啊...，不然的話..我絕對不會原諒你的。”拉克絲將頭埋在我的胸前說道。
“任務了解,我會做到的。”我輕笑了下說道。
“那家夥已經出現了，我也必須過去了...，不然會有非常非常多的人死去。那樣的話，我想拉克絲一定不會願意見到的吧”我接著說道
“恩！請多加小心！”拉克絲笑著從我懷裏脫出然後說道。
“拉克絲小姐，拉克絲小姐？”安德魯連續叫了好幾聲拉克絲，才將拉克絲從回憶中叫醒。
“啊...?!抱歉。我走神了。”拉克絲被安德魯驚醒後說道。
“不...沒什麽的，不過既然接下來就是前往戰場了，還是請多加注意的好。”安德魯好心的提醒道。
“是的，我明白了。”拉克絲嚴肅的點了點頭說道。
然後再次抬起頭看著那一片死亡的海洋中，那一抹不同尋常的一抹綠色熒光。
{請務必要平安歸來....，不然的話..我..。}拉克絲搖了搖頭，將亂七八糟的思想趕出了腦外。
“永恒號最大動力！務必要阻止這場愚蠢的戰爭！”清脆的聲音再次響起與艦橋內。
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