暗部是直屬於現任火影管理的組織，隨著木葉火影的更迭，管理者也一直在隨之變化，所以暗部的直接領導者是火影這個職位，而不是某一任的火影，比如在三代退位給四代後，卡卡西等暗部就直接受四代火影波風水門管理，三代就喪失了對暗部的管理權限，但也因此，暗部的成員在身份方麵對木葉的高層並沒有隱秘可言，在行動中多少都會有所製約。
根從創立到結束，管理者一直是團藏一人，而且裏麵很多成員都是從幼年開始進行封閉式培養，這些人的資料團藏並沒有與木葉高層公開，完全自己一人掌握，這也導致沒有人能在團藏不情願地情況下接手根部，甚至在宇智波滅族後，三代責令團藏解除根，也隻是一個沒有任何實質作用的命令，根名亡存實。
對木葉的一些高層或者朋友間並沒有秘密可言，這使他們在執行任務過程中，麵具有時候形同虛設，對於一些比較見不得光的任務，顧及很多，有時候不能徹底地完成任務。
而根的存在很大程度上彌補了這方麵的問題，在三代和團藏掌權期間，形成了一個光與暗的微妙平衡，根在團藏的授意下，做了許多三代想做而不能做的事情，而且不用擔心事情敗露或者敗露後牽扯到自己，所以雖說根提高了團藏與自己抗衡的能力，但同時，三代也從中獲利不少，這也是三代一直沒有徹底取締根這個組織的原因。
還有一層原因對誌村團藏這個老友的愧疚，誌村團藏利用這一點無法無天。
“團藏，這個是不是你做的！！”火影辦公室猿飛日斬對著誌村團藏怒吼得。
一條消息卷軸上赫然寫著幾位年老的平民高層的身死，手法幹淨利落，雖然沒有實力，但是在平民中，有很大的聲望，這些都是二代火影千手扉間留下的老幹部了。
“日斬，他們就是一群倚老賣老的握著權力不放的蛀蟲，他們會影響木葉的發展，這是為了木葉！”誌村團藏不甘示弱的回應道。
聽到這話猿飛日斬沉默了，他又何嚐不知道啊，哎，隻能妥協，畢竟誌村團藏可是他的好友。
見猿飛日斬不說話誌村團藏提出了根部握孤兒院的權利。
“不可能！”猿飛日斬一口回絕，自從知道誌村團藏的殘酷的訓練方式，猿飛日斬還是有些抵觸的。
這些都是平民忍者兒子，他們在戰場上為物業貢獻了的生命，到頭來兒子還要做木葉的殺戮機器。
“日斬，現在根部才剛剛建立，還很差人手。”誌村團藏試圖讓猿飛日斬鬆口。
“唉！我可以允許你，招募大家族的旁係子弟，千手不能動。”猿飛日斬妥協了。
根組織比暗部隱藏得更深，所做的事也更加見不得光。因得到三代目火影·猿飛日斬的默許而長期存在。團藏和根成為了木葉最直接有效的利劍，以“寧錯殺，不放過”的姿態鏟除村內外一切威脅。
這讓猿飛日斬在短短幾個月內，掌握木葉大權，開始實行各種政策。
團藏為了實現自己對忍者的理想，所以成立了暗部養成部門。這個組織位於木葉的影子底下，將樹根深深紮進黑暗裏，最大的目的就是在暗中消滅會妨礙村子繁榮的障礙。為此，他們執行任務時不擇手段，這正象征著團藏的“忍之黑暗”，是一個無情且殘酷的組織。
由於猿飛日斬在繼任火影後沒能延續二代目火影·千手扉間冶理宇智波一族的基本方針，導致讓誌村團藏背負起了村子的黑暗，團藏由此獲得以暗部培訓部的名義成立了隸屬於自己的獨立組織“根”的權利。
的隊員是由團藏直接招募，他選擇的對象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等......隊員需要接受“消滅自我“的訓練，為了守密，也會對他們施加咒印，段藏徹底將他們培養成執行任務的棋子。所謂“根”之人，沒有名字、亦無感情。沒有過去，無未來。心中隻有任務，在背後支撐起木葉村這棵大樹的是深紮於大地之中的……我等“根”的意誌。。
《舌禍根絕之印》木葉暗部“根”專用的封印術，團藏對根成員的舌頭上加上咒印，被施術的人要是說了任何有關他的事，就會全身麻痹，既說不了話，也動彈不得。團藏此用來束縛自己部下，讓他們不能說出有關自己的秘密。
日斬是陽光下永遠溫暖的火影，團藏是黑暗中殺伐果決的根。
根從創立到結束，管理者一直是團藏一人，而且裏麵很多成員都是從幼年開始進行封閉式培養，這些人的資料團藏並沒有與木葉高層公開，完全自己一人掌握，這也導致沒有人能在團藏不情願地情況下接手根部，甚至在宇智波滅族後，三代責令團藏解除根，也隻是一個沒有任何實質作用的命令，根名亡存實。
對木葉的一些高層或者朋友間並沒有秘密可言，這使他們在執行任務過程中，麵具有時候形同虛設，對於一些比較見不得光的任務，顧及很多，有時候不能徹底地完成任務。
而根的存在很大程度上彌補了這方麵的問題，在三代和團藏掌權期間，形成了一個光與暗的微妙平衡，根在團藏的授意下，做了許多三代想做而不能做的事情，而且不用擔心事情敗露或者敗露後牽扯到自己，所以雖說根提高了團藏與自己抗衡的能力，但同時，三代也從中獲利不少，這也是三代一直沒有徹底取締根這個組織的原因。
還有一層原因對誌村團藏這個老友的愧疚，誌村團藏利用這一點無法無天。
“團藏，這個是不是你做的！！”火影辦公室猿飛日斬對著誌村團藏怒吼得。
一條消息卷軸上赫然寫著幾位年老的平民高層的身死，手法幹淨利落，雖然沒有實力，但是在平民中，有很大的聲望，這些都是二代火影千手扉間留下的老幹部了。
“日斬，他們就是一群倚老賣老的握著權力不放的蛀蟲，他們會影響木葉的發展，這是為了木葉！”誌村團藏不甘示弱的回應道。
聽到這話猿飛日斬沉默了，他又何嚐不知道啊，哎，隻能妥協，畢竟誌村團藏可是他的好友。
見猿飛日斬不說話誌村團藏提出了根部握孤兒院的權利。
“不可能！”猿飛日斬一口回絕，自從知道誌村團藏的殘酷的訓練方式，猿飛日斬還是有些抵觸的。
這些都是平民忍者兒子，他們在戰場上為物業貢獻了的生命，到頭來兒子還要做木葉的殺戮機器。
“日斬，現在根部才剛剛建立，還很差人手。”誌村團藏試圖讓猿飛日斬鬆口。
“唉！我可以允許你，招募大家族的旁係子弟，千手不能動。”猿飛日斬妥協了。
根組織比暗部隱藏得更深，所做的事也更加見不得光。因得到三代目火影·猿飛日斬的默許而長期存在。團藏和根成為了木葉最直接有效的利劍，以“寧錯殺，不放過”的姿態鏟除村內外一切威脅。
這讓猿飛日斬在短短幾個月內，掌握木葉大權，開始實行各種政策。
團藏為了實現自己對忍者的理想，所以成立了暗部養成部門。這個組織位於木葉的影子底下，將樹根深深紮進黑暗裏，最大的目的就是在暗中消滅會妨礙村子繁榮的障礙。為此，他們執行任務時不擇手段，這正象征著團藏的“忍之黑暗”，是一個無情且殘酷的組織。
由於猿飛日斬在繼任火影後沒能延續二代目火影·千手扉間冶理宇智波一族的基本方針，導致讓誌村團藏背負起了村子的黑暗，團藏由此獲得以暗部培訓部的名義成立了隸屬於自己的獨立組織“根”的權利。
的隊員是由團藏直接招募，他選擇的對象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等......隊員需要接受“消滅自我“的訓練，為了守密，也會對他們施加咒印，段藏徹底將他們培養成執行任務的棋子。所謂“根”之人，沒有名字、亦無感情。沒有過去，無未來。心中隻有任務，在背後支撐起木葉村這棵大樹的是深紮於大地之中的……我等“根”的意誌。。
《舌禍根絕之印》木葉暗部“根”專用的封印術，團藏對根成員的舌頭上加上咒印，被施術的人要是說了任何有關他的事，就會全身麻痹，既說不了話，也動彈不得。團藏此用來束縛自己部下，讓他們不能說出有關自己的秘密。
日斬是陽光下永遠溫暖的火影，團藏是黑暗中殺伐果決的根。