朱翊鈞，明朝第十三位皇帝，明穆宗朱載坖第三子，生母孝定太後李氏，被立為皇太子。明穆宗駕崩，十歲的朱翊鈞即位，年號萬曆，在位四十八年，是明朝在位時間最長的皇帝。在位之初十年，內閣首輔張居正主持政務，張居正實行了一係列改革措施，社會經濟有很大的發展，開創了“萬曆中興”的局麵。軍事上，加強武備整飭，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光總理薊、昌、保三鎮練兵，使邊境晏然，萬曆初年呈現出明代中葉以來最好形勢。
明神宗執政後期荒於政事，因缺乏張居正這樣的賢士應對督導、國本之爭等問題而倦於朝政，自此二十多年不再上朝，國家運轉幾乎停擺。明神宗執政晚期，黨爭長期持續，導致朝政日益腐敗。另外，明神宗強征礦稅亦是在位期間被稱為一大詬病，他和皇室大肆侵占土地，以采木、燒造、織造、采辦為名搜刮民財，使明朝逐漸走向衰亡。而且此時東北的滿族開始崛起，明軍在薩爾滸之戰中被努爾哈赤擊潰，從此明朝在遼東由戰略進攻轉為戰略防禦。明神宗去世，享年五十八歲，廟號神宗，諡號範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，葬十三陵之定陵，死後由長子朱常洛繼位，明神宗死後僅二十四年，明朝滅亡。
朱翊鈞，出生在裕王府，是明穆宗朱載坖的第三子，明穆宗有四子，長子朱翊釴、次子朱翊鈐，俱早亡，四子朱翊鏐與朱翊鈞同為李氏所生。朱翊鈞的祖父世宗嘉靖帝晚年迷信道教，“諱言儲貳，有涉一字者死”，因此關於朱翊鈞的誕生，沒人敢報告嘉靖皇帝，更不敢為之起名字，廷臣上疏請立皇太子，明穆宗才為他賜名，叫朱翊鈞。明穆宗說：賜你名字，名為鈞，是說聖王製馭天下，猶如製器之轉鈞也，含義非常重大，你當念念不忘。
其父子嗣中最為年長的，故朱翊鈞被立為皇太子，正位東宮，朱翊鈞的生母李太後身世卑微原是宮人，後來母以子貴才晉升為貴妃。皇太子就是未來的皇帝，將來要治國治民，必須從小接受教育，了解以往帝王承業治國的經驗教訓，熟悉朝章典故，掌握駕馭臣民的本領，朱翊鈞雖然年幼，卻很懂得這個道理。明穆宗任命一批大臣為教官，輔導他讀書，朱翊鈞學習非常用功。其母李氏教子非常嚴格，朱翊鈞小時候稍有懈怠，李太後就將其召至麵前長跪。每次遇到講筵的時候，李太後都令經筵講官入前親授，每遇到早朝的時候，五更就到了朱翊鈞的寢宮，早早將朱翊鈞叫起。由於講官的盡心輔導，李太後的嚴格管教，以及朱翊鈞本人的刻苦努力，朱翊鈞年漸長而學愈進，他自己後來也常常十分得意地說：“朕五歲即能讀書。”
明穆宗病危，內閣大學士高拱、張居正、高儀被召入宮中，高拱等人進入寢宮東偏室，見明穆宗坐在禦榻上，榻邊簾後坐著皇後陳氏、皇貴妃李氏，10歲的太子朱翊鈞就立在禦榻的右邊。明穆宗抓住高拱的手，臨危托孤，“以全國使先生勞累”。司禮監太監馮保宣讀給太子朱翊鈞的遺詔：“遺詔與皇太子，朕不行了，皇帝你做。一應禮儀自有該部題請而行，你要依三輔臣並司禮監輔導，進學修德，用賢使能，無事荒怠，保守帝業。”三位大學士受托之後，掩淚而出，明穆宗即崩於乾清宮，皇太子朱翊鈞正式即位，改元萬曆。
萬曆帝繼位伊始，大學士高拱馬上呈進新政五事，要求其禦門聽政，親答奏請，麵見輔臣，議處要事，且一應章奏覽後俱須發送內閣看詳擬票，杜絕內批留中。雖然高拱的本意在於“以主上幼衝，懲中官專政，條奏請詘司禮權，還之內閣”，但仍可看出他對於幼年皇帝朝夕訓誨的急迫心情，初衷未為不妥。然而當時正值主少國疑之際，“上衝年在疚，拱默受成於兩宮，權不自製，惟恐外廷之擅”，在讀書方麵，朱翊鈞也是從一開始就堅持按照祖宗舊製，舉日講，禦經筵，讀經傳、史書。在明朝的眾皇帝中，除明太祖朱元璋之外，像朱翊鈞那樣確實是不多見的。朱翊鈞即位後，就按照內閣首輔張居正的建議，每天於太陽初出時就駕幸文華殿，聽儒臣講讀經書。然後少息片刻，複回講席，再讀史書，至午飯完畢時始返回宮內。隻有每月逢三、六、九常朝之日，才暫免講讀，除此之外，即使是隆冬盛暑亦從不間斷。
朱翊鈞即位時，一個突出的問題就是內閣紛爭傾軋，整個朝廷也沒有能夠挽回嘉靖一朝的積弊，這個社會問題，以後變得更為激烈。按照明穆宗的布置，高拱是外廷的顧命大臣中排名最前的，在宮中，朱翊鈞自然依靠馮保，但是，馮保與高拱的關係非常惡劣。此前，司禮監掌印太監職位空缺，高拱先後推薦了陳洪、孟衝，就是不願讓馮保做掌印太監。神宗自己在登極詔中也命令他們：朕方在衝年，尚賴文武親賢，“共圖化理”，“與民更始”。
馮保知書達禮，又有文藝素養，所以很受明穆宗的喜愛，馮保利用皇權更迭之間的權力真空，通過遺詔驅逐了政敵孟衝，親自任司禮監掌印太監。而此時的內閣首輔高拱也對馮保欲除之而後快，在高拱的授意下，工科都給事中程文、吏科都給事中雒遵、禮科都給事中陸樹德都開始彈劾馮保。由此，一場政治鬥爭勢必不免，鬥爭中，衝突雙方是馮保和高拱，而張居正表麵上是幫助高拱的。但實際上，張居正與馮保關係非常密切，早就預謀趕走高拱。
明穆宗末年，高拱為內閣首輔，神宗即位之後，高拱“才略自許，負氣淩人”，恰恰觸犯了“自負付托之重，專行一意，以至內猜外忌”的為臣大戒，最終在官場角逐中失利。人事變更的結果，張居正依序升為內閣首輔，責無旁貸地肩擔起培養萬曆帝的重任，而此次政治震蕩對幼小的萬曆帝產成的刺激也頗為深刻：“專權之疑，深中帝心，魁柄獨持，以終其世。晚雖倦勤，而內外之間，無複挾恣意如初年者。主術所操，為得其大也。”而且高拱為人性格執拗，出言偏頗，明穆宗去世時，高拱以主幼國危，痛哭時說了一句：“十歲太子如何治天下。”神宗即位後，馮保將這句話加以歪曲，改成“高公講，十歲小孩哪能決事當皇帝”神宗聽到這話，“專權之疑，深中帝心”，將他免職，以張居正取代他的位置。此後，神宗在位四十八年，始終堅持自操威柄，他說過“若用舍予奪，不由朝廷，朕將何以治天下！”
高拱一走，高儀也驚得嘔血三日而亡，三位內閣顧命大臣中隻剩下張居正一人。同時，在經濟和政治方麵的問題也堆積如山，麵對著這些重重的困難，這個萬曆帝沒有畏縮不前，為了“皇圖永固”，他以少年天子的氣派，牢牢抓住用人唯我、生殺予奪在朝廷這根權柄，勵精圖治，推行新政，朱翊鈞在位前十年中很有所作為。
張居正為內閣首輔以後，朱翊鈞將內廷的事務托給馮保，“而大柄悉以委居正”，對張居正不僅委以重任，而且尊禮有加，言必稱“元輔張先生”，或“張先生”，從不直呼其名。張居正剛剛走馬上任幾天，朱翊鈞就在平台單獨召見他，共商大計，由於明穆宗在位從沒有召見過大臣，所以這事在當時曾引起轟動，使廷臣看到朱翊鈞承業治國的精神和決心，又大大提高了張居正的威信。
朱翊鈞從思想上到行動上，全力支持張居正，合力進行改革，推行“萬曆新政”。政治改革的主要措施，推行的章奏“考成法”，它是針對官僚作風和文牘主義而提出的，意在“尊主權，課吏職，信賞罰，一號令”，提高朝廷機構辦事效率。按照考成法的要求，事必專任，立限完成，層層監督，各負其責。神宗說：“事不考成，何由底績。”因為朱翊鈞年幼，對祖製還不十分明白，不曉得個中的利害關係，後來他意識到張居正的權力過大，“幾乎震主”，這無疑是一個重要原因。
經濟領域的改革，一是清丈全國田畝，二是推廣“一條鞭法”。朱翊鈞下令在福建行省進行試點，福建“清丈田糧事竣”。朱翊鈞與張居正因勢利導，趁熱打鐵，立即通行全國清丈，戶部奉旨就清丈範圍、職責、政策、方法、費用、期限等製定了八項規定，下發各地。各省均按三年期限基本完成，總計支出新增一百四十餘萬頃，推廣“一條鞭法”，是當時經濟改革的又一個重要舉措，一條鞭法已在全國各地“盡行之”，這標誌著整個張居正改革已經取得了重大勝利。
萬曆朝的前十年，在幼年朱翊鈞的支持下，張居正在政治上、經濟上進行大刀闊斧的改革，政府麵貌煥然一新，經濟狀況也大為改善。一代名臣張居正病逝，朱翊鈞從此開始親政，這次改革基本結束。它是明中葉以來地主階級革新自救運動的繼續和發展，也是明後期政治、經濟關係新變動的深刻反映，其範圍覆蓋政治、經濟諸方麵。具體步驟是，前五年以政治改革為重點，後五年以經濟改革為主要任務，十年改革取得了非常大的成就，扭轉了正德、嘉靖兩朝以來形成的頹勢。
朱翊鈞親政後，主持了著名的“萬曆三大征”。先後在明王朝西北、西南邊疆和朝鮮展開的三次大規模軍事行動；分別為李如鬆平定蒙古人哱拜叛變的寧夏之役、李如鬆，麻貴抗擊日本豐臣秀吉政權入侵的朝鮮之役，以及李化龍平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役，鞏固了漢家疆土。後世有說明軍雖均獲勝，但軍費消耗甚钜，而三大征實際軍費則由內帑和太倉庫銀足額撥發，三大征結束後，內帑和太倉庫仍有存銀。
朱翊鈞開始沉湎於酒色之中，身體虛弱，每況愈下。因此，朱翊鈞執政中後期，幾乎很少上朝，他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下麵傳遞。“萬曆三大征”中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大征結束之後，朱翊鈞對於大臣們的奏章的批複，似乎更不感興趣了，禮部主事盧洪春奏曰：朱翊鈞“日夜縱飲作樂”。
為爭立皇太子，演成了曠日持久的“國本之爭”，明末官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛一日，互相傾軋，東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。在東林黨爭無休無止之時，由於明神宗私愛貴妃鄭氏之子、福王朱常洵，堅持其王府莊田“務足四萬頃之數”，才肯讓其出京之國，於是在朝廷又掀起了一場長達七八年之久的福王莊田之爭。
福王之爭剛剛過了一年，又發生了晚明曆史上著名的梃擊案，作案的是一個名叫張差的薊州男子，史稱“梃擊案”。起初，皇太子也以為“必有主使”，鄭貴妃一再指天發誓，自明無他。朱翊鈞見事涉鄭氏，加上多年來人們一直議論他不善待皇太子，感到事情重大，怕火燒自己，很快就親自定張差為“瘋癲奸徒”，並命“毋得株連無辜，致傷天和”，隻處決張差及與之有關的太監龐保、劉成二人，並特地為此一反常態，二十五年來第一次召見大臣，宣布他的命令，將此案草草收場。
因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。朱翊鈞不再接見朝臣，內閣出現了人滯於官和曹署多空的現象，至於貪財一事，朱翊鈞他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配，為了掠奪錢財，他派出宦官擔任礦監稅使，四處搜括民財。
右副都禦史謝傑批評朱翊鈞荒於政事，親政後政不如初：“陛下孝順父母、尊祖、好學、勤政、敬天、愛民、節約開支、聽取意見、親人和賢人，都不能夠像當初一樣。”以至於朱翊鈞在位中期以後，方入內閣的廷臣不知皇帝長相如何，於慎行、趙誌皋、張位和沈一貫等四位國家重臣雖對政事憂心如焚，卻無計可施，僅能以數太陽影子長短來打發值班的時間。南京各道禦史上疏：“中央機構空虛，各種事務荒廢，皇上深居二十多年，從來沒有一次接見大臣，天下將有陸沉之憂。”首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次。
萬曆中期後雖然不上朝，但是不上朝之後並沒有宦官之亂，也沒有外戚幹政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控製，萬曆對於日軍攻打朝鮮、女真入侵和梃擊案都有反應，表示雖然忽略一般朝政，還是關心國家大事，並透過一定的方式控製朝局。
就在朱翊鈞宗晏處深宮，萬事不理，導致從內廷到外廷鬧得不可開交之際，遼東後金迅速崛起，不斷出兵南犯，向明軍發動進攻，遼東戰爭爆發。後金政權正式建國，終於成為明朝的主要威脅，自此明朝遼東的形勢也隨之每況愈下。尤其是經過東征援朝戰爭和礦稅使高淮亂遼以後，遼東邊防空虛，軍民困甚，供應艱難，加上明神宗用人不當，明軍屢屢敗北。
薩爾滸之戰，明軍四路大軍，三路全軍覆沒，喪師九萬，敗局遂成。遼東戰爭每年約需銀四百餘萬兩，朱翊鈞為了應付這筆龐大的軍費，先後三次下令加派全國田賦，時稱“遼餉”。明末三餉（遼餉、剿餉、練餉）加派開始，加派非但無濟於事，反而激起了全國人民的強烈不滿，紛紛投入反對明朝的革命洪流，朱翊鈞自己也因此情緒低落，愁眉不展。
朱翊鈞因長期酒色無節，加上遼東慘敗，國事困擾，終於病重不起，在弘德殿去世，終年五十八歲。二十二日發喪，二十三日頒布遺詔，命皇太子朱常洛嗣位，尊諡號神宗範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，廟號神宗，安葬於定陵。
明神宗執政後期荒於政事，因缺乏張居正這樣的賢士應對督導、國本之爭等問題而倦於朝政，自此二十多年不再上朝，國家運轉幾乎停擺。明神宗執政晚期，黨爭長期持續，導致朝政日益腐敗。另外，明神宗強征礦稅亦是在位期間被稱為一大詬病，他和皇室大肆侵占土地，以采木、燒造、織造、采辦為名搜刮民財，使明朝逐漸走向衰亡。而且此時東北的滿族開始崛起，明軍在薩爾滸之戰中被努爾哈赤擊潰，從此明朝在遼東由戰略進攻轉為戰略防禦。明神宗去世，享年五十八歲，廟號神宗，諡號範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，葬十三陵之定陵，死後由長子朱常洛繼位，明神宗死後僅二十四年，明朝滅亡。
朱翊鈞，出生在裕王府，是明穆宗朱載坖的第三子，明穆宗有四子，長子朱翊釴、次子朱翊鈐，俱早亡，四子朱翊鏐與朱翊鈞同為李氏所生。朱翊鈞的祖父世宗嘉靖帝晚年迷信道教，“諱言儲貳，有涉一字者死”，因此關於朱翊鈞的誕生，沒人敢報告嘉靖皇帝，更不敢為之起名字，廷臣上疏請立皇太子，明穆宗才為他賜名，叫朱翊鈞。明穆宗說：賜你名字，名為鈞，是說聖王製馭天下，猶如製器之轉鈞也，含義非常重大，你當念念不忘。
其父子嗣中最為年長的，故朱翊鈞被立為皇太子，正位東宮，朱翊鈞的生母李太後身世卑微原是宮人，後來母以子貴才晉升為貴妃。皇太子就是未來的皇帝，將來要治國治民，必須從小接受教育，了解以往帝王承業治國的經驗教訓，熟悉朝章典故，掌握駕馭臣民的本領，朱翊鈞雖然年幼，卻很懂得這個道理。明穆宗任命一批大臣為教官，輔導他讀書，朱翊鈞學習非常用功。其母李氏教子非常嚴格，朱翊鈞小時候稍有懈怠，李太後就將其召至麵前長跪。每次遇到講筵的時候，李太後都令經筵講官入前親授，每遇到早朝的時候，五更就到了朱翊鈞的寢宮，早早將朱翊鈞叫起。由於講官的盡心輔導，李太後的嚴格管教，以及朱翊鈞本人的刻苦努力，朱翊鈞年漸長而學愈進，他自己後來也常常十分得意地說：“朕五歲即能讀書。”
明穆宗病危，內閣大學士高拱、張居正、高儀被召入宮中，高拱等人進入寢宮東偏室，見明穆宗坐在禦榻上，榻邊簾後坐著皇後陳氏、皇貴妃李氏，10歲的太子朱翊鈞就立在禦榻的右邊。明穆宗抓住高拱的手，臨危托孤，“以全國使先生勞累”。司禮監太監馮保宣讀給太子朱翊鈞的遺詔：“遺詔與皇太子，朕不行了，皇帝你做。一應禮儀自有該部題請而行，你要依三輔臣並司禮監輔導，進學修德，用賢使能，無事荒怠，保守帝業。”三位大學士受托之後，掩淚而出，明穆宗即崩於乾清宮，皇太子朱翊鈞正式即位，改元萬曆。
萬曆帝繼位伊始，大學士高拱馬上呈進新政五事，要求其禦門聽政，親答奏請，麵見輔臣，議處要事，且一應章奏覽後俱須發送內閣看詳擬票，杜絕內批留中。雖然高拱的本意在於“以主上幼衝，懲中官專政，條奏請詘司禮權，還之內閣”，但仍可看出他對於幼年皇帝朝夕訓誨的急迫心情，初衷未為不妥。然而當時正值主少國疑之際，“上衝年在疚，拱默受成於兩宮，權不自製，惟恐外廷之擅”，在讀書方麵，朱翊鈞也是從一開始就堅持按照祖宗舊製，舉日講，禦經筵，讀經傳、史書。在明朝的眾皇帝中，除明太祖朱元璋之外，像朱翊鈞那樣確實是不多見的。朱翊鈞即位後，就按照內閣首輔張居正的建議，每天於太陽初出時就駕幸文華殿，聽儒臣講讀經書。然後少息片刻，複回講席，再讀史書，至午飯完畢時始返回宮內。隻有每月逢三、六、九常朝之日，才暫免講讀，除此之外，即使是隆冬盛暑亦從不間斷。
朱翊鈞即位時，一個突出的問題就是內閣紛爭傾軋，整個朝廷也沒有能夠挽回嘉靖一朝的積弊，這個社會問題，以後變得更為激烈。按照明穆宗的布置，高拱是外廷的顧命大臣中排名最前的，在宮中，朱翊鈞自然依靠馮保，但是，馮保與高拱的關係非常惡劣。此前，司禮監掌印太監職位空缺，高拱先後推薦了陳洪、孟衝，就是不願讓馮保做掌印太監。神宗自己在登極詔中也命令他們：朕方在衝年，尚賴文武親賢，“共圖化理”，“與民更始”。
馮保知書達禮，又有文藝素養，所以很受明穆宗的喜愛，馮保利用皇權更迭之間的權力真空，通過遺詔驅逐了政敵孟衝，親自任司禮監掌印太監。而此時的內閣首輔高拱也對馮保欲除之而後快，在高拱的授意下，工科都給事中程文、吏科都給事中雒遵、禮科都給事中陸樹德都開始彈劾馮保。由此，一場政治鬥爭勢必不免，鬥爭中，衝突雙方是馮保和高拱，而張居正表麵上是幫助高拱的。但實際上，張居正與馮保關係非常密切，早就預謀趕走高拱。
明穆宗末年，高拱為內閣首輔，神宗即位之後，高拱“才略自許，負氣淩人”，恰恰觸犯了“自負付托之重，專行一意，以至內猜外忌”的為臣大戒，最終在官場角逐中失利。人事變更的結果，張居正依序升為內閣首輔，責無旁貸地肩擔起培養萬曆帝的重任，而此次政治震蕩對幼小的萬曆帝產成的刺激也頗為深刻：“專權之疑，深中帝心，魁柄獨持，以終其世。晚雖倦勤，而內外之間，無複挾恣意如初年者。主術所操，為得其大也。”而且高拱為人性格執拗，出言偏頗，明穆宗去世時，高拱以主幼國危，痛哭時說了一句：“十歲太子如何治天下。”神宗即位後，馮保將這句話加以歪曲，改成“高公講，十歲小孩哪能決事當皇帝”神宗聽到這話，“專權之疑，深中帝心”，將他免職，以張居正取代他的位置。此後，神宗在位四十八年，始終堅持自操威柄，他說過“若用舍予奪，不由朝廷，朕將何以治天下！”
高拱一走，高儀也驚得嘔血三日而亡，三位內閣顧命大臣中隻剩下張居正一人。同時，在經濟和政治方麵的問題也堆積如山，麵對著這些重重的困難，這個萬曆帝沒有畏縮不前，為了“皇圖永固”，他以少年天子的氣派，牢牢抓住用人唯我、生殺予奪在朝廷這根權柄，勵精圖治，推行新政，朱翊鈞在位前十年中很有所作為。
張居正為內閣首輔以後，朱翊鈞將內廷的事務托給馮保，“而大柄悉以委居正”，對張居正不僅委以重任，而且尊禮有加，言必稱“元輔張先生”，或“張先生”，從不直呼其名。張居正剛剛走馬上任幾天，朱翊鈞就在平台單獨召見他，共商大計，由於明穆宗在位從沒有召見過大臣，所以這事在當時曾引起轟動，使廷臣看到朱翊鈞承業治國的精神和決心，又大大提高了張居正的威信。
朱翊鈞從思想上到行動上，全力支持張居正，合力進行改革，推行“萬曆新政”。政治改革的主要措施，推行的章奏“考成法”，它是針對官僚作風和文牘主義而提出的，意在“尊主權，課吏職，信賞罰，一號令”，提高朝廷機構辦事效率。按照考成法的要求，事必專任，立限完成，層層監督，各負其責。神宗說：“事不考成，何由底績。”因為朱翊鈞年幼，對祖製還不十分明白，不曉得個中的利害關係，後來他意識到張居正的權力過大，“幾乎震主”，這無疑是一個重要原因。
經濟領域的改革，一是清丈全國田畝，二是推廣“一條鞭法”。朱翊鈞下令在福建行省進行試點，福建“清丈田糧事竣”。朱翊鈞與張居正因勢利導，趁熱打鐵，立即通行全國清丈，戶部奉旨就清丈範圍、職責、政策、方法、費用、期限等製定了八項規定，下發各地。各省均按三年期限基本完成，總計支出新增一百四十餘萬頃，推廣“一條鞭法”，是當時經濟改革的又一個重要舉措，一條鞭法已在全國各地“盡行之”，這標誌著整個張居正改革已經取得了重大勝利。
萬曆朝的前十年，在幼年朱翊鈞的支持下，張居正在政治上、經濟上進行大刀闊斧的改革，政府麵貌煥然一新，經濟狀況也大為改善。一代名臣張居正病逝，朱翊鈞從此開始親政，這次改革基本結束。它是明中葉以來地主階級革新自救運動的繼續和發展，也是明後期政治、經濟關係新變動的深刻反映，其範圍覆蓋政治、經濟諸方麵。具體步驟是，前五年以政治改革為重點，後五年以經濟改革為主要任務，十年改革取得了非常大的成就，扭轉了正德、嘉靖兩朝以來形成的頹勢。
朱翊鈞親政後，主持了著名的“萬曆三大征”。先後在明王朝西北、西南邊疆和朝鮮展開的三次大規模軍事行動；分別為李如鬆平定蒙古人哱拜叛變的寧夏之役、李如鬆，麻貴抗擊日本豐臣秀吉政權入侵的朝鮮之役，以及李化龍平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役，鞏固了漢家疆土。後世有說明軍雖均獲勝，但軍費消耗甚钜，而三大征實際軍費則由內帑和太倉庫銀足額撥發，三大征結束後，內帑和太倉庫仍有存銀。
朱翊鈞開始沉湎於酒色之中，身體虛弱，每況愈下。因此，朱翊鈞執政中後期，幾乎很少上朝，他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下麵傳遞。“萬曆三大征”中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大征結束之後，朱翊鈞對於大臣們的奏章的批複，似乎更不感興趣了，禮部主事盧洪春奏曰：朱翊鈞“日夜縱飲作樂”。
為爭立皇太子，演成了曠日持久的“國本之爭”，明末官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛一日，互相傾軋，東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。在東林黨爭無休無止之時，由於明神宗私愛貴妃鄭氏之子、福王朱常洵，堅持其王府莊田“務足四萬頃之數”，才肯讓其出京之國，於是在朝廷又掀起了一場長達七八年之久的福王莊田之爭。
福王之爭剛剛過了一年，又發生了晚明曆史上著名的梃擊案，作案的是一個名叫張差的薊州男子，史稱“梃擊案”。起初，皇太子也以為“必有主使”，鄭貴妃一再指天發誓，自明無他。朱翊鈞見事涉鄭氏，加上多年來人們一直議論他不善待皇太子，感到事情重大，怕火燒自己，很快就親自定張差為“瘋癲奸徒”，並命“毋得株連無辜，致傷天和”，隻處決張差及與之有關的太監龐保、劉成二人，並特地為此一反常態，二十五年來第一次召見大臣，宣布他的命令，將此案草草收場。
因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。朱翊鈞不再接見朝臣，內閣出現了人滯於官和曹署多空的現象，至於貪財一事，朱翊鈞他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配，為了掠奪錢財，他派出宦官擔任礦監稅使，四處搜括民財。
右副都禦史謝傑批評朱翊鈞荒於政事，親政後政不如初：“陛下孝順父母、尊祖、好學、勤政、敬天、愛民、節約開支、聽取意見、親人和賢人，都不能夠像當初一樣。”以至於朱翊鈞在位中期以後，方入內閣的廷臣不知皇帝長相如何，於慎行、趙誌皋、張位和沈一貫等四位國家重臣雖對政事憂心如焚，卻無計可施，僅能以數太陽影子長短來打發值班的時間。南京各道禦史上疏：“中央機構空虛，各種事務荒廢，皇上深居二十多年，從來沒有一次接見大臣，天下將有陸沉之憂。”首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次。
萬曆中期後雖然不上朝，但是不上朝之後並沒有宦官之亂，也沒有外戚幹政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控製，萬曆對於日軍攻打朝鮮、女真入侵和梃擊案都有反應，表示雖然忽略一般朝政，還是關心國家大事，並透過一定的方式控製朝局。
就在朱翊鈞宗晏處深宮，萬事不理，導致從內廷到外廷鬧得不可開交之際，遼東後金迅速崛起，不斷出兵南犯，向明軍發動進攻，遼東戰爭爆發。後金政權正式建國，終於成為明朝的主要威脅，自此明朝遼東的形勢也隨之每況愈下。尤其是經過東征援朝戰爭和礦稅使高淮亂遼以後，遼東邊防空虛，軍民困甚，供應艱難，加上明神宗用人不當，明軍屢屢敗北。
薩爾滸之戰，明軍四路大軍，三路全軍覆沒，喪師九萬，敗局遂成。遼東戰爭每年約需銀四百餘萬兩，朱翊鈞為了應付這筆龐大的軍費，先後三次下令加派全國田賦，時稱“遼餉”。明末三餉（遼餉、剿餉、練餉）加派開始，加派非但無濟於事，反而激起了全國人民的強烈不滿，紛紛投入反對明朝的革命洪流，朱翊鈞自己也因此情緒低落，愁眉不展。
朱翊鈞因長期酒色無節，加上遼東慘敗，國事困擾，終於病重不起，在弘德殿去世，終年五十八歲。二十二日發喪，二十三日頒布遺詔，命皇太子朱常洛嗣位，尊諡號神宗範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，廟號神宗，安葬於定陵。