朱燮元，原名懋賞，字懋和，號恒嶽，一號石芝，浙江承宣布政使司紹興府山陰縣人，明朝後期名臣，軍事家。曆官大理評事、蘇州知府、廣東提學副使等職，任內平反冤獄，革除民弊，又撫定織工事變。後為奉養父母而棄官家居十年，其後被起複為陝西按察使、四川左布政使。受命征討奢安之亂，底定西南，累加至兵部尚書兼督貴州、雲南、廣西諸軍務，賜尚方劍，再進少師、左柱國。病逝，年七十三，初諡襄毅，後改諡忠定。
朱燮元，其祖上世居於浙江紹興府山陰縣的白洋裏，母親趙氏生三子，朱燮元是趙氏最小的兒子，朱燮元中舉後，曾應紹興知府蕭良幹的延請，入官署教授諸子經書兩年。山陰江北四都頻遭水患，蕭良幹采納朱燮元的建議，親臨沿海察勘，遂於白洋山右建山西閘，以殺西小江上流水勢而補三江之不足，瀕海數十萬居民都賴以為安，朱燮元曾於安昌勒碑，以記述此事。
朱燮元登進士第，被授官大理評事。當時，山西豪紳劉申等橫行鄉裏，既而事發，此案係獄十年不決，朱燮元受理此案，不為權貴所請，詳細調查之後定案斷決，平反者達到三百餘人。
朱燮元出任蘇州知府。蘇州財賦甲天下，邑縣、府吏多有漏弊，乃於府庫中編列各縣之名，但凡鄉邑的賦輸送到的，就令該縣官入庫，自行封識此賦。等到支解進京後，再讓某位官員親自開驗，全程不讓府吏插手，屬邑中自此也沒有了借漏耗之名濫取民財的情況。礦稅使孫隆在蘇州橫征暴斂，激起葛成為首的萬餘織工群起抗暴，其時朱燮元已升為四川按察司副使，束裝待行。諸大吏驚慌失措，飛檄請朱燮元平亂，朱燮元以“兵以禦外寇者”，“且眾怒難犯”為由，反對用兵鎮壓，以恩義勸諭解散，葛成挺身投案。
永寧土司奢崇明部下樊龍、樊虎殺重慶巡撫徐可求等，占據重慶，奪取遵義。隨後，奢崇明僣稱偽號，舉所部及蠻部數萬，分道進攻，叛軍連破四十一州縣，水陸並進，包圍成都。蜀王朱至澍邀請即將入朝覲見的朱燮元留下治軍，朝廷聞訊，當即升授朱燮元為僉都禦史、巡撫四川，河南巡撫張我續總督四川、貴州、雲南、湖廣軍。
當時，成都隻有兩千兵力，糧餉又嚴重不足，朱燮元先是檄召石砫、羅綱、龍安、鬆、茂等道兵力火速來援，又將成都城附近兩百裏的粟收入城中，布置下屬分守四麵。叛軍以障革包裹竹牌，鉤梯攀登城牆，並壘砌土山，建設蓬蓽，用弩箭向守軍發動攻擊。朱燮元指揮守軍以火器退敵，並派人決都江堰水灌注城壕，迫使叛軍修橋，減緩攻勢，隨後誅殺城中通敵的叛徒，召募死士焚毀叛軍在城外的望樓，擊殺首領三人。
不久，援軍逐漸趕來，並多有捷報，但叛軍的勢力也日漸壯大。一次，突然有數千叛軍跟隨一座“長五十丈”的呂公車抵達城下，因其形體巨大，使得守城軍民極為驚恐，朱燮元一麵鎮靜人心，一麵利用呂公車行動笨重，易受攻擊的弱點，調動巨木作為機關，“轉索發炮，飛千鈞石”，又用大炮轟擊拖車的牛，群牛受驚逃散，叛軍敗退。
之後，朱燮元通過被叛軍俘獲的諸生招降了叛將羅象乾，並以誠相待，羅象乾感激不已，在此後不斷將叛軍的情報告知明軍。朱燮元於是派部將詐降，引誘奢崇明來到城下，奢崇明發覺伏兵，當即逃脫，羅象乾放火奪取敵營。奢崇明父子敗走瀘州，羅象乾率部投降，成都之圍，曆時一百零二日，自此解除。成都解圍後，張我續所部抵達，各部配合收複四川的州、縣、衛所共四十多處，副使徐如珂與石柱宣撫使秦良玉等攻克重慶，擊斬樊龍，朱燮元所派部將也相繼收複建武、長寧及瀘州等地。
然而，奢崇明死灰複燃，聯合貴州水西土司安邦彥再次起兵犯黔。朝廷錄朱燮元守城之功，加其為兵部侍郎，總督四川及湖廣荊、嶽、鄖、襄、陝西漢中五府軍務，兼巡撫四川，以總督貴州軍務楊述中接替張我續，進擊奢安之亂。但因朱燮元、楊述中分閫治軍，川、貴之間各自為政，故使亂軍勢力愈發壯大。
朱燮元為徹底鏟除奢氏，召集諸軍，自長寧連破麻塘坎、觀音庵、青山崖、天蓬洞諸砦，與秦良玉所部合兵直取永寧。在土地坎擊破奢寅，追擊至老軍營、涼傘鋪，殺樊虎，又窮追於橫山，入青崗坪，直抵永寧城下，一舉攻克，降服叛軍兩萬人。同時，副總兵秦衍祚等也收複遵義。奢崇明父子逃入紅崖大囤，被明軍攻破，連拔天台、白崖、楠木諸囤，撫定紅潦等四十八砦。奢崇明逃入舊藺州城，又遭羅象乾驅逐，率殘部逃奔水西龍場客仲壩，投靠倚其妹奢社輝。
此時，安邦彥收到奢崇明的求救訊息，派小股部隊試探性進攻遵義、永寧，被朱燮元擊退。隨後，總兵官李維新等連破客仲巢、龍場，奢崇明父子竄逃深箐，其妻安氏、弟弟奢崇輝被俘，朝廷錄功，進授朱燮元為右都禦史兼兵部左侍郎。
為平奢氏之亂，四川聚兵十六萬，土、漢兵各占一半，作為主要戰鬥力的土兵又驕橫無禮、不肯盡力，官軍養寇自利，貽誤戰機，使奢氏之亂遲遲未定。奢崇明父子被驅逐出後，朱燮元認為四川已無賊寇，便不再窮追，方窘甚，燮元以蜀已無賊，遂不窮追。永寧衛的收複，使明廷實際上拓地千裏，朱燮元將最富庶的土地交還永寧衛，其餘土地則分設四十八屯，賜給平叛有功者，命他們按時向官府進獻歲賦，稱為“屯將”，統一隸屬於敘州府增設的一位同知管理；移敘州兵備道於衛城，與貴州參將共同駐守，自此之後，四川安定。
四川亂事雖已平息，但貴州的安邦彥之亂卻愈加劇烈，貴州陷落，巡撫王三善全軍覆沒。次年，大將魯欽、貴州總督蔡複一相繼兵敗身死，明廷認為貴州屢敗在於川軍未予協助，於是將川、貴督府合並，升授朱燮元為兵部尚書，兼督雲南、貴州、廣西軍務，賜尚方劍，移鎮遵義。
安邦彥乘朱燮元赴重慶、官軍未動之機，分別派兵入侵雲南及遵義，負責攻打永寧的奢寅被朱燮元收買的阿引刺殺。奢寅死後，奢崇明年邁無能，安邦彥也願意接受招撫，朱燮元便將此事奏稟朝廷，派參將楊明輝前往招撫。朱燮元因父親去世而離職服喪，由偏沅巡撫閔夢得接替職務，閔夢得到任不久，便被召回，改由兵部尚書張鶴鳴接替。張鶴鳴未抵達前，楊明輝根據製書，隻說招撫安邦彥之子安位，卻未提及赦免安邦彥。安邦彥大怒，殺死楊明輝，重新備戰，而張鶴鳴視師一年，無所作為，使水西安氏得以養精蓄銳。
朝廷起複朱燮元為兵部尚書，總督雲南、貴州、四川、湖廣、廣西軍務兼貴州巡撫，根據之前的功勞，進官少保，世蔭錦衣衛指揮使。移駐貴竹司，招流移，廣開墾，恢複經濟；據險要，立營壘，充實軍伍，一改此前“裏井蕭條，……山穀悉苗仲，而將士多殺降報功，苗不附”的狀況。
朱燮元命雲南方麵出兵烏撒府，四川方麵則出兵永寧，自畢節而下，朱燮元則率主力親駐陸廣，威脅大方。貴州總兵許成名等由永寧出兵，收複赤水衛，揭開了與叛軍主力決戰的序幕。安邦彥自號“四裔大長老”，奢崇明稱“大梁王”，分兵守陸廣、鴨池、三岔等要地，並進逼遵義，合兵十萬進擊赤水。朱燮元授計許成名佯敗，誘敵至永寧一帶，先後在五峰山、桃紅壩、鵝項嶺，大敗叛軍，斬首數萬級，安邦彥、奢崇明敗死，叛軍主力基本消滅，明思宗聞訊大喜。烏撒土官安效良死後，其妻安氏招來原沾益土官安遠之弟安邊，安邊頑抗不服，被朱燮元驅逐，“遂複烏撒”。
安邦彥等敗退水西而死，安位率餘部繼續頑抗，朱燮元認為叛亂基本平息，不願再大動幹戈，於是遣使招降安位。但安位猶豫不決，朱燮元遂采取“四麵迭攻，漸次蕩滌”的作戰方針，屯兵險要，四麵包圍，逐步壓縮，絕其資儲”的方法加以逼迫，經過一百多天的圍剿，斬叛軍萬餘人。安位終於遣使乞降，平叛戰爭結束，貴州亦恢複安寧，朱燮元於是獻善後奏疏，請求將新收土地封予封有功將士，得到允準。
奢安叛亂的平定，四川諸將被認為功勞最多，但在處置川貴之爭時，朱燮元卻偏袒貴州諸將，因此受到四川巡按禦史馬如蛟的彈劾，朱燮元遂極力請辭，被思宗極力挽留。朱燮元派兵討平定番、鎮寧等地的苗人叛亂，順勢修通威清等上六衛及平越、清平、偏橋、鎮遠等四衛共一千六百餘裏的道路，沿途修繕堡寨，設置遊徼。同時將原貴州宣慰司同知宋嗣殷的領地“洪邊十二馬頭”改土歸流，設立開州，奏請恢複原施秉縣，招徠流民，以充實戶口。
雲南阿迷州土官普名聲作亂，震動遠近，雲南將官無法抵禦，朱燮元派兵出擊，成功將其招撫。之後，朱燮元與四川總兵侯良柱爭執龍場設官問題，互相攻訐。四川巡按禦史劉宗祥也以朱燮元“受賄，龍場、永寧不置邑衛”等事彈劾他“欺罔”之罪。思宗因此責備朱燮元，朱燮元上疏自辯，並認為水西已經歸附，則不必再做徒勞功，激怒各土司。思宗覽奏，仍未同意，直到後來遣使就地勘察，方才允準。
事後，明廷論桃紅壩等地戰勝叛軍之功，加授朱燮元為少師，允許其家世蔭錦衣指揮使。後因一品六年滿，加左柱國，再據平叛功，晉升為世蔭錦衣指揮僉事。安位死且無嗣，諸部紛爭，朱燮元建議分割水西之地，授諸渠長及有功漢人，允許其人世代承襲，至此，西南遂底定。朱燮元所招撫的部分土官發動叛亂，奉命平叛的方國安等軍兵敗，朱燮元受牽連被貶官一秩，但此次叛亂在不久後亦被平定。
朱燮元在任上逝世，享年七十三歲，朝廷賜祭九壇，並賜墓於九裏山，最初獲諡號為“襄毅”，後改諡“忠定”。
朱燮元，其祖上世居於浙江紹興府山陰縣的白洋裏，母親趙氏生三子，朱燮元是趙氏最小的兒子，朱燮元中舉後，曾應紹興知府蕭良幹的延請，入官署教授諸子經書兩年。山陰江北四都頻遭水患，蕭良幹采納朱燮元的建議，親臨沿海察勘，遂於白洋山右建山西閘，以殺西小江上流水勢而補三江之不足，瀕海數十萬居民都賴以為安，朱燮元曾於安昌勒碑，以記述此事。
朱燮元登進士第，被授官大理評事。當時，山西豪紳劉申等橫行鄉裏，既而事發，此案係獄十年不決，朱燮元受理此案，不為權貴所請，詳細調查之後定案斷決，平反者達到三百餘人。
朱燮元出任蘇州知府。蘇州財賦甲天下，邑縣、府吏多有漏弊，乃於府庫中編列各縣之名，但凡鄉邑的賦輸送到的，就令該縣官入庫，自行封識此賦。等到支解進京後，再讓某位官員親自開驗，全程不讓府吏插手，屬邑中自此也沒有了借漏耗之名濫取民財的情況。礦稅使孫隆在蘇州橫征暴斂，激起葛成為首的萬餘織工群起抗暴，其時朱燮元已升為四川按察司副使，束裝待行。諸大吏驚慌失措，飛檄請朱燮元平亂，朱燮元以“兵以禦外寇者”，“且眾怒難犯”為由，反對用兵鎮壓，以恩義勸諭解散，葛成挺身投案。
永寧土司奢崇明部下樊龍、樊虎殺重慶巡撫徐可求等，占據重慶，奪取遵義。隨後，奢崇明僣稱偽號，舉所部及蠻部數萬，分道進攻，叛軍連破四十一州縣，水陸並進，包圍成都。蜀王朱至澍邀請即將入朝覲見的朱燮元留下治軍，朝廷聞訊，當即升授朱燮元為僉都禦史、巡撫四川，河南巡撫張我續總督四川、貴州、雲南、湖廣軍。
當時，成都隻有兩千兵力，糧餉又嚴重不足，朱燮元先是檄召石砫、羅綱、龍安、鬆、茂等道兵力火速來援，又將成都城附近兩百裏的粟收入城中，布置下屬分守四麵。叛軍以障革包裹竹牌，鉤梯攀登城牆，並壘砌土山，建設蓬蓽，用弩箭向守軍發動攻擊。朱燮元指揮守軍以火器退敵，並派人決都江堰水灌注城壕，迫使叛軍修橋，減緩攻勢，隨後誅殺城中通敵的叛徒，召募死士焚毀叛軍在城外的望樓，擊殺首領三人。
不久，援軍逐漸趕來，並多有捷報，但叛軍的勢力也日漸壯大。一次，突然有數千叛軍跟隨一座“長五十丈”的呂公車抵達城下，因其形體巨大，使得守城軍民極為驚恐，朱燮元一麵鎮靜人心，一麵利用呂公車行動笨重，易受攻擊的弱點，調動巨木作為機關，“轉索發炮，飛千鈞石”，又用大炮轟擊拖車的牛，群牛受驚逃散，叛軍敗退。
之後，朱燮元通過被叛軍俘獲的諸生招降了叛將羅象乾，並以誠相待，羅象乾感激不已，在此後不斷將叛軍的情報告知明軍。朱燮元於是派部將詐降，引誘奢崇明來到城下，奢崇明發覺伏兵，當即逃脫，羅象乾放火奪取敵營。奢崇明父子敗走瀘州，羅象乾率部投降，成都之圍，曆時一百零二日，自此解除。成都解圍後，張我續所部抵達，各部配合收複四川的州、縣、衛所共四十多處，副使徐如珂與石柱宣撫使秦良玉等攻克重慶，擊斬樊龍，朱燮元所派部將也相繼收複建武、長寧及瀘州等地。
然而，奢崇明死灰複燃，聯合貴州水西土司安邦彥再次起兵犯黔。朝廷錄朱燮元守城之功，加其為兵部侍郎，總督四川及湖廣荊、嶽、鄖、襄、陝西漢中五府軍務，兼巡撫四川，以總督貴州軍務楊述中接替張我續，進擊奢安之亂。但因朱燮元、楊述中分閫治軍，川、貴之間各自為政，故使亂軍勢力愈發壯大。
朱燮元為徹底鏟除奢氏，召集諸軍，自長寧連破麻塘坎、觀音庵、青山崖、天蓬洞諸砦，與秦良玉所部合兵直取永寧。在土地坎擊破奢寅，追擊至老軍營、涼傘鋪，殺樊虎，又窮追於橫山，入青崗坪，直抵永寧城下，一舉攻克，降服叛軍兩萬人。同時，副總兵秦衍祚等也收複遵義。奢崇明父子逃入紅崖大囤，被明軍攻破，連拔天台、白崖、楠木諸囤，撫定紅潦等四十八砦。奢崇明逃入舊藺州城，又遭羅象乾驅逐，率殘部逃奔水西龍場客仲壩，投靠倚其妹奢社輝。
此時，安邦彥收到奢崇明的求救訊息，派小股部隊試探性進攻遵義、永寧，被朱燮元擊退。隨後，總兵官李維新等連破客仲巢、龍場，奢崇明父子竄逃深箐，其妻安氏、弟弟奢崇輝被俘，朝廷錄功，進授朱燮元為右都禦史兼兵部左侍郎。
為平奢氏之亂，四川聚兵十六萬，土、漢兵各占一半，作為主要戰鬥力的土兵又驕橫無禮、不肯盡力，官軍養寇自利，貽誤戰機，使奢氏之亂遲遲未定。奢崇明父子被驅逐出後，朱燮元認為四川已無賊寇，便不再窮追，方窘甚，燮元以蜀已無賊，遂不窮追。永寧衛的收複，使明廷實際上拓地千裏，朱燮元將最富庶的土地交還永寧衛，其餘土地則分設四十八屯，賜給平叛有功者，命他們按時向官府進獻歲賦，稱為“屯將”，統一隸屬於敘州府增設的一位同知管理；移敘州兵備道於衛城，與貴州參將共同駐守，自此之後，四川安定。
四川亂事雖已平息，但貴州的安邦彥之亂卻愈加劇烈，貴州陷落，巡撫王三善全軍覆沒。次年，大將魯欽、貴州總督蔡複一相繼兵敗身死，明廷認為貴州屢敗在於川軍未予協助，於是將川、貴督府合並，升授朱燮元為兵部尚書，兼督雲南、貴州、廣西軍務，賜尚方劍，移鎮遵義。
安邦彥乘朱燮元赴重慶、官軍未動之機，分別派兵入侵雲南及遵義，負責攻打永寧的奢寅被朱燮元收買的阿引刺殺。奢寅死後，奢崇明年邁無能，安邦彥也願意接受招撫，朱燮元便將此事奏稟朝廷，派參將楊明輝前往招撫。朱燮元因父親去世而離職服喪，由偏沅巡撫閔夢得接替職務，閔夢得到任不久，便被召回，改由兵部尚書張鶴鳴接替。張鶴鳴未抵達前，楊明輝根據製書，隻說招撫安邦彥之子安位，卻未提及赦免安邦彥。安邦彥大怒，殺死楊明輝，重新備戰，而張鶴鳴視師一年，無所作為，使水西安氏得以養精蓄銳。
朝廷起複朱燮元為兵部尚書，總督雲南、貴州、四川、湖廣、廣西軍務兼貴州巡撫，根據之前的功勞，進官少保，世蔭錦衣衛指揮使。移駐貴竹司，招流移，廣開墾，恢複經濟；據險要，立營壘，充實軍伍，一改此前“裏井蕭條，……山穀悉苗仲，而將士多殺降報功，苗不附”的狀況。
朱燮元命雲南方麵出兵烏撒府，四川方麵則出兵永寧，自畢節而下，朱燮元則率主力親駐陸廣，威脅大方。貴州總兵許成名等由永寧出兵，收複赤水衛，揭開了與叛軍主力決戰的序幕。安邦彥自號“四裔大長老”，奢崇明稱“大梁王”，分兵守陸廣、鴨池、三岔等要地，並進逼遵義，合兵十萬進擊赤水。朱燮元授計許成名佯敗，誘敵至永寧一帶，先後在五峰山、桃紅壩、鵝項嶺，大敗叛軍，斬首數萬級，安邦彥、奢崇明敗死，叛軍主力基本消滅，明思宗聞訊大喜。烏撒土官安效良死後，其妻安氏招來原沾益土官安遠之弟安邊，安邊頑抗不服，被朱燮元驅逐，“遂複烏撒”。
安邦彥等敗退水西而死，安位率餘部繼續頑抗，朱燮元認為叛亂基本平息，不願再大動幹戈，於是遣使招降安位。但安位猶豫不決，朱燮元遂采取“四麵迭攻，漸次蕩滌”的作戰方針，屯兵險要，四麵包圍，逐步壓縮，絕其資儲”的方法加以逼迫，經過一百多天的圍剿，斬叛軍萬餘人。安位終於遣使乞降，平叛戰爭結束，貴州亦恢複安寧，朱燮元於是獻善後奏疏，請求將新收土地封予封有功將士，得到允準。
奢安叛亂的平定，四川諸將被認為功勞最多，但在處置川貴之爭時，朱燮元卻偏袒貴州諸將，因此受到四川巡按禦史馬如蛟的彈劾，朱燮元遂極力請辭，被思宗極力挽留。朱燮元派兵討平定番、鎮寧等地的苗人叛亂，順勢修通威清等上六衛及平越、清平、偏橋、鎮遠等四衛共一千六百餘裏的道路，沿途修繕堡寨，設置遊徼。同時將原貴州宣慰司同知宋嗣殷的領地“洪邊十二馬頭”改土歸流，設立開州，奏請恢複原施秉縣，招徠流民，以充實戶口。
雲南阿迷州土官普名聲作亂，震動遠近，雲南將官無法抵禦，朱燮元派兵出擊，成功將其招撫。之後，朱燮元與四川總兵侯良柱爭執龍場設官問題，互相攻訐。四川巡按禦史劉宗祥也以朱燮元“受賄，龍場、永寧不置邑衛”等事彈劾他“欺罔”之罪。思宗因此責備朱燮元，朱燮元上疏自辯，並認為水西已經歸附，則不必再做徒勞功，激怒各土司。思宗覽奏，仍未同意，直到後來遣使就地勘察，方才允準。
事後，明廷論桃紅壩等地戰勝叛軍之功，加授朱燮元為少師，允許其家世蔭錦衣指揮使。後因一品六年滿，加左柱國，再據平叛功，晉升為世蔭錦衣指揮僉事。安位死且無嗣，諸部紛爭，朱燮元建議分割水西之地，授諸渠長及有功漢人，允許其人世代承襲，至此，西南遂底定。朱燮元所招撫的部分土官發動叛亂，奉命平叛的方國安等軍兵敗，朱燮元受牽連被貶官一秩，但此次叛亂在不久後亦被平定。
朱燮元在任上逝世，享年七十三歲，朝廷賜祭九壇，並賜墓於九裏山，最初獲諡號為“襄毅”，後改諡“忠定”。