這天的早晨，小智一行人正在沙灘上進行晨練。
小剛道：“哎？大家看那邊！”
小智三人抬起了頭，順著小剛所指的方向看去，隻見一個人穿著人字拖鞋，白大褂加短褲的裝扮，整個人貼在崖壁上。
小智道：“這不是小田卷博士嗎？”
小智沒有看錯，小田卷博士本來就是那種注重野外研究的博士，所以在這裏看到小田卷博士，小智也不意外。
小田卷博士趴在崖壁上，是要觀察野生長翅鷗的巢。
“原來裏麵的結構是這樣的啊！”一隻長翅鷗回家卻見到一個人正在擺弄自己的巢，生氣的用喙猛啄小田卷博士。
“比雕去救小田卷博士！”
比雕接住了下落的小田卷博士，小智一行人才趕到，幸好趕上了！
小田卷博士道：“這隻比雕是小智的嗎？又被你救了一次！”
小智道：“小田卷博士你沒事就好！”
眾人坐在海邊的石頭上聊起了天，小田卷博士道：“小剛，你能平安與小智會合真是太好了！”
小剛道：“當時多謝您的照顧了！對了，小田卷博士來武鬥島做什麽呢？”
小田卷博士道：“其實我一直有個心願，想要觀察武鬥島的寶可夢。比如說，你們看這個附近的長翅鷗的像這個樣子在陡峭的懸崖上築巢。”
小遙道：“可是小田卷博士像你這樣爬上去也太冒險了吧！”
小勝打斷小遙的話：“姐姐，你到底在說什麽啊！在野外研究寶可夢的領域裏，小田卷博士可是個大名人！他這個人好厲害的！為了見寶可夢一麵，天大的困難也不怕。不管什麽地方都敢去探險！”
小遙道：“是......這樣嗎？”
小田卷博士笑道：“謝謝，很榮幸能得到小勝這麽棒的誇獎。小智你們怎麽還在武鬥島，我還以為你們都差不多通過凱那市了！”
小智道：“武鬥島很適合做修行，最主要的原因還是小遙，小遙想要參加凱那市即將舉辦的華麗大賽。”
小田卷博士道：“小遙想成為協調訓練家嗎？這挺適合小遙的。你爸媽要是知道也會開心的。”
小遙害羞道：“我也還在練習啦！多虧了小智他們的幫忙，現在終於有點成果了。”
一架有火岩隊標誌的紅色直升機，降落在懸崖頂，直升機上下來一群身穿紅色製服的人，他們都是火岩隊的人。與此同時，海麵上出現了一艘水艦隊的潛水艇。火岩隊與水艦隊都陸續進入了武鬥島。
小智一行人尋找今天能做休息的地方，他們在一個山洞前石頭上看見了一個低落的男孩，小勝上前問道：“你是武鬥島的人嗎？你為什麽會在這裏呢？”
男孩紅著眼睛道：“我叫......和輝，大哥哥你是寶可夢訓練家吧，能不能請你就回我的土居忍士。”和輝看向了小智與皮卡丘。
眾人上前都聽到了和輝的話，小遙道：“你的土居忍士是不是被一男一女還有一隻會說話的喵喵抓了？”
和輝道：“就是他們。”
小勝道：“怎麽又是那三個笨蛋啊！”
小智道：“和輝，你放心，我們會幫你把你的土居忍士救回來。”
與此同時的和輝建立的秘密基地中，火箭隊三人打了一個大大的噴嚏。突然，秘密基地的門被人撞開，就是身穿火岩隊製服的人，火箭隊三人打不過他們派出的大狼犬，隻能先逃了！
小智一行人跟著和輝來到他的秘密基地前，隻見門是開著的，而裏麵被破壞的很徹底，還有一條不知道延伸到哪裏的隧道。小智道：“先等等，裏麵不太對！”
小剛問道：“小智怎麽了嗎？”
小智道：“有危險的感覺！”
和輝擔心道：“我的土居忍士會不會有事啊！”
小智道：“放心，大家都跟在我的後麵。”
小智領頭，走了一會兒就來到了一個空間很大的地方，這裏矗立著一個巨大的石頭雕刻成的建築前。小智示意大家放輕聲音，躲在了一塊巨大石頭的後麵。
他們能清晰聽到一個男人的聲音：“原來是在這個地方！喚醒的小廟！好，各隊開始做確認衝入的準備！”
“是！”
在火岩隊之後從水裏出現了水艦隊的人。兩方見麵後，火岩隊的領隊和水艦隊領隊的那個女生用大狼犬和利牙魚戰鬥了起來。
小遙道：“那不是火岩隊和水艦隊嗎？”
小田卷博士道：“沒想到洞窟後麵有著這樣的大遺跡啊！”
水艦隊領隊的女生道：“辛苦你幫忙了！火村隊長！”
火岩隊領隊的男人道：“泉美執行隊長啊！好久不見。”
兩人見麵就打了一架，才寒暄道。
泉美對身後的手下命令道：“你們先走，這裏交給我處理，要盡量避免戰鬥，執行任務為優先。”隨後水艦隊的人也進入了那個遺跡中探查。
小遙道：“看他們的樣子關係好像很惡劣。”
小智道：“是挺惡劣的，火岩隊和水艦隊的老大關係就不好。我們先靜觀其變吧！”
這時候火村和泉美的對話還在繼續。
火村的對講機傳來聲音，他回複道：“這裏是火焰1號，內部被水艦隊入侵了？沒關係，避免不必要的對戰，繼續執行任務。”火村看向泉美：“如果沒有你們要的，而隻有我們追尋的力量的話？”
泉美道：“我也要問你同樣的問題，就算這裏存在你或我們追尋的力量，你們有辦法掌控嗎？”
火村道：“難道你帶著紅色珠子來了？”
泉美道：“有的話，你想怎麽樣呢？”
火村上前一步：“那當然是......”
泉美笑道：“很遺憾，我還沒有資格碰那個東西，估計你，也沒有那個資格拿出......藍色的珠子吧！”
泉美繼續道：“你為什麽要大地的力量，我們追求的海洋力量可以將一切都衝走，你們根本就是沒有勝算的！”
火村哼了一聲：“不了解大地力量的人才會說這種話！”
大地與海洋的力量嗎？固拉多與蓋歐卡。
小智將他們的對話完整的傳達給小剛他們。火村的對講機再次傳來聲音，火岩隊這次算白跑了一趟，火村讓眾人撤退。
泉美剛想諷刺火村幾句，她的對講機裏也是得到了手下同樣的答複，泉美也下令撤離。
小勝問道：“他們似乎都像是在找什麽東西，紅色的珠子藍色的珠子到底是什麽啊？”
小智知道但現在也不能說，隻能讓火岩隊與水艦隊全部撤離。這時候火箭隊的三人出來蹦躂了，原來他們也偷偷溜了回來。
和輝道：“我的土居忍士！”和輝看到了被吐絲綁住跟在武藏身後的土居忍士。
小智道：“傲骨燕，翅膀攻擊！”傲骨燕將土居忍士身上綁的東西給切斷，抓住了土居忍士的身體將它帶回了和輝的身邊。
武藏道：“小鬼頭，你怎麽又來礙事！”
小智道：“小小象，滾動攻擊。接下來和輝看你的了！”小小象用滾動將火箭隊三人撞飛了出去。
和輝道：“土居忍士，使用秘密之力！”
土居忍士使用了秘密力量將火箭隊三人炸飛。
“好討厭的感覺啊！”
“索南斯！”
和輝後來告訴小智，他的對戰從來沒有贏過是小智給他了信心。小智將這件事也告知了渡，渡也告訴小智他會關注的。
和輝和土居忍士也重建了他們的秘密基地。
小剛道：“哎？大家看那邊！”
小智三人抬起了頭，順著小剛所指的方向看去，隻見一個人穿著人字拖鞋，白大褂加短褲的裝扮，整個人貼在崖壁上。
小智道：“這不是小田卷博士嗎？”
小智沒有看錯，小田卷博士本來就是那種注重野外研究的博士，所以在這裏看到小田卷博士，小智也不意外。
小田卷博士趴在崖壁上，是要觀察野生長翅鷗的巢。
“原來裏麵的結構是這樣的啊！”一隻長翅鷗回家卻見到一個人正在擺弄自己的巢，生氣的用喙猛啄小田卷博士。
“比雕去救小田卷博士！”
比雕接住了下落的小田卷博士，小智一行人才趕到，幸好趕上了！
小田卷博士道：“這隻比雕是小智的嗎？又被你救了一次！”
小智道：“小田卷博士你沒事就好！”
眾人坐在海邊的石頭上聊起了天，小田卷博士道：“小剛，你能平安與小智會合真是太好了！”
小剛道：“當時多謝您的照顧了！對了，小田卷博士來武鬥島做什麽呢？”
小田卷博士道：“其實我一直有個心願，想要觀察武鬥島的寶可夢。比如說，你們看這個附近的長翅鷗的像這個樣子在陡峭的懸崖上築巢。”
小遙道：“可是小田卷博士像你這樣爬上去也太冒險了吧！”
小勝打斷小遙的話：“姐姐，你到底在說什麽啊！在野外研究寶可夢的領域裏，小田卷博士可是個大名人！他這個人好厲害的！為了見寶可夢一麵，天大的困難也不怕。不管什麽地方都敢去探險！”
小遙道：“是......這樣嗎？”
小田卷博士笑道：“謝謝，很榮幸能得到小勝這麽棒的誇獎。小智你們怎麽還在武鬥島，我還以為你們都差不多通過凱那市了！”
小智道：“武鬥島很適合做修行，最主要的原因還是小遙，小遙想要參加凱那市即將舉辦的華麗大賽。”
小田卷博士道：“小遙想成為協調訓練家嗎？這挺適合小遙的。你爸媽要是知道也會開心的。”
小遙害羞道：“我也還在練習啦！多虧了小智他們的幫忙，現在終於有點成果了。”
一架有火岩隊標誌的紅色直升機，降落在懸崖頂，直升機上下來一群身穿紅色製服的人，他們都是火岩隊的人。與此同時，海麵上出現了一艘水艦隊的潛水艇。火岩隊與水艦隊都陸續進入了武鬥島。
小智一行人尋找今天能做休息的地方，他們在一個山洞前石頭上看見了一個低落的男孩，小勝上前問道：“你是武鬥島的人嗎？你為什麽會在這裏呢？”
男孩紅著眼睛道：“我叫......和輝，大哥哥你是寶可夢訓練家吧，能不能請你就回我的土居忍士。”和輝看向了小智與皮卡丘。
眾人上前都聽到了和輝的話，小遙道：“你的土居忍士是不是被一男一女還有一隻會說話的喵喵抓了？”
和輝道：“就是他們。”
小勝道：“怎麽又是那三個笨蛋啊！”
小智道：“和輝，你放心，我們會幫你把你的土居忍士救回來。”
與此同時的和輝建立的秘密基地中，火箭隊三人打了一個大大的噴嚏。突然，秘密基地的門被人撞開，就是身穿火岩隊製服的人，火箭隊三人打不過他們派出的大狼犬，隻能先逃了！
小智一行人跟著和輝來到他的秘密基地前，隻見門是開著的，而裏麵被破壞的很徹底，還有一條不知道延伸到哪裏的隧道。小智道：“先等等，裏麵不太對！”
小剛問道：“小智怎麽了嗎？”
小智道：“有危險的感覺！”
和輝擔心道：“我的土居忍士會不會有事啊！”
小智道：“放心，大家都跟在我的後麵。”
小智領頭，走了一會兒就來到了一個空間很大的地方，這裏矗立著一個巨大的石頭雕刻成的建築前。小智示意大家放輕聲音，躲在了一塊巨大石頭的後麵。
他們能清晰聽到一個男人的聲音：“原來是在這個地方！喚醒的小廟！好，各隊開始做確認衝入的準備！”
“是！”
在火岩隊之後從水裏出現了水艦隊的人。兩方見麵後，火岩隊的領隊和水艦隊領隊的那個女生用大狼犬和利牙魚戰鬥了起來。
小遙道：“那不是火岩隊和水艦隊嗎？”
小田卷博士道：“沒想到洞窟後麵有著這樣的大遺跡啊！”
水艦隊領隊的女生道：“辛苦你幫忙了！火村隊長！”
火岩隊領隊的男人道：“泉美執行隊長啊！好久不見。”
兩人見麵就打了一架，才寒暄道。
泉美對身後的手下命令道：“你們先走，這裏交給我處理，要盡量避免戰鬥，執行任務為優先。”隨後水艦隊的人也進入了那個遺跡中探查。
小遙道：“看他們的樣子關係好像很惡劣。”
小智道：“是挺惡劣的，火岩隊和水艦隊的老大關係就不好。我們先靜觀其變吧！”
這時候火村和泉美的對話還在繼續。
火村的對講機傳來聲音，他回複道：“這裏是火焰1號，內部被水艦隊入侵了？沒關係，避免不必要的對戰，繼續執行任務。”火村看向泉美：“如果沒有你們要的，而隻有我們追尋的力量的話？”
泉美道：“我也要問你同樣的問題，就算這裏存在你或我們追尋的力量，你們有辦法掌控嗎？”
火村道：“難道你帶著紅色珠子來了？”
泉美道：“有的話，你想怎麽樣呢？”
火村上前一步：“那當然是......”
泉美笑道：“很遺憾，我還沒有資格碰那個東西，估計你，也沒有那個資格拿出......藍色的珠子吧！”
泉美繼續道：“你為什麽要大地的力量，我們追求的海洋力量可以將一切都衝走，你們根本就是沒有勝算的！”
火村哼了一聲：“不了解大地力量的人才會說這種話！”
大地與海洋的力量嗎？固拉多與蓋歐卡。
小智將他們的對話完整的傳達給小剛他們。火村的對講機再次傳來聲音，火岩隊這次算白跑了一趟，火村讓眾人撤退。
泉美剛想諷刺火村幾句，她的對講機裏也是得到了手下同樣的答複，泉美也下令撤離。
小勝問道：“他們似乎都像是在找什麽東西，紅色的珠子藍色的珠子到底是什麽啊？”
小智知道但現在也不能說，隻能讓火岩隊與水艦隊全部撤離。這時候火箭隊的三人出來蹦躂了，原來他們也偷偷溜了回來。
和輝道：“我的土居忍士！”和輝看到了被吐絲綁住跟在武藏身後的土居忍士。
小智道：“傲骨燕，翅膀攻擊！”傲骨燕將土居忍士身上綁的東西給切斷，抓住了土居忍士的身體將它帶回了和輝的身邊。
武藏道：“小鬼頭，你怎麽又來礙事！”
小智道：“小小象，滾動攻擊。接下來和輝看你的了！”小小象用滾動將火箭隊三人撞飛了出去。
和輝道：“土居忍士，使用秘密之力！”
土居忍士使用了秘密力量將火箭隊三人炸飛。
“好討厭的感覺啊！”
“索南斯！”
和輝後來告訴小智，他的對戰從來沒有贏過是小智給他了信心。小智將這件事也告知了渡，渡也告訴小智他會關注的。
和輝和土居忍士也重建了他們的秘密基地。