到達百代市的小智一行人，在參觀百代博物館的時候遇上了盜竊事件。
“鈴——”尖銳刺耳的警報聲傳遍整個百代博物館。
小光道：“發生什麽事了？”
小剛道：“是盜竊嗎？”
小智無奈道：“是那三個學不乖的人，我們去看看吧！”
小剛和小光在小智的帶領下，找到拿著金剛寶珠的火箭隊三人，喵喵裝扮成了向日花怪。金剛寶珠是神奧地區的神獸時空雙神之一帝牙盧卡的專屬增強絕招威力的道具。
在神奧的時空傳說中，掌管時間的帝牙盧卡和掌管空間的帕路奇亞，在神奧的各個地區都有跟這兩隻有關的遺跡或者是古代神殿流傳至今。
小光怒道：“火箭隊，你們把東西還來！”
武藏道：“既然被三號小丫頭識破就沒有辦法了！我們華麗大盜的身份明明很完美的！”
小光吐槽道：“你們那種蹩腳的偽裝，識不破才是眼睛有問題了！”小光說話毫不留情。
小次郎讚同道：“話說我們最近的偽裝是有些偷工減料了！”
武藏道：“不管了，想要抓我們，不可能！飯匙蛇，使用黑霧！”
武藏派出飯匙蛇使用了黑霧三人趁機逃了，黑霧散去，小光和小剛想要去追，但小智卻道：“他們跑不掉的，這裏已經被包圍了。”
警車的鳴笛聲，由遠及近已經完全把百代博物館團團包圍住了。
君莎小姐帶著一隻臭鼬噗找到了小智三人，問道：“剛才與那華麗大盜對戰的就是你們嗎？”
小智拿出了自己的證件道：“被偷走的是金剛寶珠！這裏現在我來負責！”
君莎小姐恭敬遞回小智的證件道：“小智搜查官，您能提供幫助，我們很感激。”
“真是不敢相信，你們說犯人使用的是草係寶可夢？”菜種的聲音響起，她也剛好來到了百代博物館，在門口圍觀的人口中聽說犯人是帶著向日花怪的二人組，就很是生氣。菜種對草係寶可夢的熱愛還是一如既往啊！
“咦？這不是小智博士、小光和小剛......”菜種看到了小智三人正想要打招呼，小剛就竄了上去。
小剛滿眼都是愛心，道：“菜種小姐，這是命運的重逢！多麽令人懷念的草的香味，與你在百代森林中度過的日子......麻掉了！麻了！”
小剛被不良蛙放倒，晃晃斑拉走，一氣嗬成！
菜種這才能好好跟小智打招呼，道：“小智博士、小光好久不見，你們已經找到可怕的甜蜜了嗎？”
小光道：“是的！”
君莎小姐押解著尚誌來到了小智他們的麵前，道：“小智搜查官，我們抓到一名可疑的男人！這個男的自稱是寶可夢吟遊詩人，帶著毒薔薇和向日花怪，怎麽看都很可疑！”
小智道：“君莎小姐，你抓錯人了！”小智跟君莎小姐解釋了一下，君莎小姐這才將尚誌放開。
尚誌道：“各位，好久不見了！”尚誌跟小智他們打了招呼，並且解釋道：“我在這間博物館，讓思緒飛馳於神奧悠久的曆史當中，突然警鈴大作，然後就被諸位警察人員給包圍，於是我們就在還弄不清楚什麽情況下就被抓來了！在得到了小智博士的指教後，我同時在挑戰華麗大賽和道館賽，目前都是一枚。”
小光道：“我也拿到了一枚緞帶勳章了！”
尚誌撥動手裏的夢幻豎琴道：“我看了那場比賽，小光小姐表現得很出色！”
小智道：“我打斷一下，君莎小姐那二人組帶的寶可夢是喵喵不是向日花怪。先跟我去抓人吧！”小智打斷了這繼續聊天的和諧氛圍，帶著君莎小姐他們來到了火箭隊三人躲藏的倉庫中。
小智推開了門，找到了無處躲藏的火箭隊，小智道：“說吧，你們三個為什麽要偷金剛寶珠？”
喵喵扮演的向日花怪開口道：“當然是有人委托我們的喵！”
小次郎急忙捂住喵喵的嘴，罵道：“笨蛋，你都說出去幹嘛！”
銀河隊嗎？他們果然在打金剛寶珠的主意！
小智道：“河馬王交給你了，使用精神強念將金剛寶珠搶回來！”神奧地區打金剛寶珠主意的人除了銀河隊的老大也不做其他人想了。
小智的河馬王登場，從小次郎懷中將金剛寶珠用精神強念奪了回來。君莎小姐接住了金剛寶珠，對臭鼬噗道：“臭鼬噗使用惡臭！”
頓時狹小的倉庫中彌漫著刺鼻的臭味，火箭隊三人爭先恐後的逃離了這裏，因為這股臭味倒也沒有人阻攔他們，但是接下來的24小時，這股臭味就要伴隨著他們了。
小光在他們的後麵喊道：“火箭隊，你們要好好洗澡哦！”
君莎道：“好像......臭鼬噗我們做過火了！”
小智道：“沒關係，他們也不是主謀。我會跟聯盟申請，加強對百代博物館的保護。”
尚誌道：“今天的事情還要謝謝小智博士了！”
君莎道：“尚誌先生，我要跟你道歉！”
尚誌道：“不，我並不在意。重要的是金剛寶珠平安無事。百代市是我最喜歡的城市，將過去聯係到今日的城鎮。最初始所存在的隻有混沌與波動而已，一切混雜在一起，由中心誕生出了最初的寶可夢——阿爾宙斯，阿爾宙斯創造出了兩個分身就是帝牙盧卡和帕路奇亞。”
“時間開始轉動運行，空間開始擴張延伸，其後又誕生出了由克希、艾姆利多和亞克諾姆。兩個分身一祈禱誕生了物之物，三條生命一祈禱誕生了心之物。世界被創造了出來，阿爾宙斯也就陷入了沉睡，這就是神奧的時空傳說。”
小光道：“無論聽多少次都是很神秘的存在！”
菜種道：“說的是，直接了當，小智博士明天我在百代道館等你的挑戰！”
小智道：“好，明天見！”
金剛寶珠的失竊一事引出了神奧地區的神秘組織——銀河隊。小智的第二枚道館徽章的挑戰賽，也即將開始！
“鈴——”尖銳刺耳的警報聲傳遍整個百代博物館。
小光道：“發生什麽事了？”
小剛道：“是盜竊嗎？”
小智無奈道：“是那三個學不乖的人，我們去看看吧！”
小剛和小光在小智的帶領下，找到拿著金剛寶珠的火箭隊三人，喵喵裝扮成了向日花怪。金剛寶珠是神奧地區的神獸時空雙神之一帝牙盧卡的專屬增強絕招威力的道具。
在神奧的時空傳說中，掌管時間的帝牙盧卡和掌管空間的帕路奇亞，在神奧的各個地區都有跟這兩隻有關的遺跡或者是古代神殿流傳至今。
小光怒道：“火箭隊，你們把東西還來！”
武藏道：“既然被三號小丫頭識破就沒有辦法了！我們華麗大盜的身份明明很完美的！”
小光吐槽道：“你們那種蹩腳的偽裝，識不破才是眼睛有問題了！”小光說話毫不留情。
小次郎讚同道：“話說我們最近的偽裝是有些偷工減料了！”
武藏道：“不管了，想要抓我們，不可能！飯匙蛇，使用黑霧！”
武藏派出飯匙蛇使用了黑霧三人趁機逃了，黑霧散去，小光和小剛想要去追，但小智卻道：“他們跑不掉的，這裏已經被包圍了。”
警車的鳴笛聲，由遠及近已經完全把百代博物館團團包圍住了。
君莎小姐帶著一隻臭鼬噗找到了小智三人，問道：“剛才與那華麗大盜對戰的就是你們嗎？”
小智拿出了自己的證件道：“被偷走的是金剛寶珠！這裏現在我來負責！”
君莎小姐恭敬遞回小智的證件道：“小智搜查官，您能提供幫助，我們很感激。”
“真是不敢相信，你們說犯人使用的是草係寶可夢？”菜種的聲音響起，她也剛好來到了百代博物館，在門口圍觀的人口中聽說犯人是帶著向日花怪的二人組，就很是生氣。菜種對草係寶可夢的熱愛還是一如既往啊！
“咦？這不是小智博士、小光和小剛......”菜種看到了小智三人正想要打招呼，小剛就竄了上去。
小剛滿眼都是愛心，道：“菜種小姐，這是命運的重逢！多麽令人懷念的草的香味，與你在百代森林中度過的日子......麻掉了！麻了！”
小剛被不良蛙放倒，晃晃斑拉走，一氣嗬成！
菜種這才能好好跟小智打招呼，道：“小智博士、小光好久不見，你們已經找到可怕的甜蜜了嗎？”
小光道：“是的！”
君莎小姐押解著尚誌來到了小智他們的麵前，道：“小智搜查官，我們抓到一名可疑的男人！這個男的自稱是寶可夢吟遊詩人，帶著毒薔薇和向日花怪，怎麽看都很可疑！”
小智道：“君莎小姐，你抓錯人了！”小智跟君莎小姐解釋了一下，君莎小姐這才將尚誌放開。
尚誌道：“各位，好久不見了！”尚誌跟小智他們打了招呼，並且解釋道：“我在這間博物館，讓思緒飛馳於神奧悠久的曆史當中，突然警鈴大作，然後就被諸位警察人員給包圍，於是我們就在還弄不清楚什麽情況下就被抓來了！在得到了小智博士的指教後，我同時在挑戰華麗大賽和道館賽，目前都是一枚。”
小光道：“我也拿到了一枚緞帶勳章了！”
尚誌撥動手裏的夢幻豎琴道：“我看了那場比賽，小光小姐表現得很出色！”
小智道：“我打斷一下，君莎小姐那二人組帶的寶可夢是喵喵不是向日花怪。先跟我去抓人吧！”小智打斷了這繼續聊天的和諧氛圍，帶著君莎小姐他們來到了火箭隊三人躲藏的倉庫中。
小智推開了門，找到了無處躲藏的火箭隊，小智道：“說吧，你們三個為什麽要偷金剛寶珠？”
喵喵扮演的向日花怪開口道：“當然是有人委托我們的喵！”
小次郎急忙捂住喵喵的嘴，罵道：“笨蛋，你都說出去幹嘛！”
銀河隊嗎？他們果然在打金剛寶珠的主意！
小智道：“河馬王交給你了，使用精神強念將金剛寶珠搶回來！”神奧地區打金剛寶珠主意的人除了銀河隊的老大也不做其他人想了。
小智的河馬王登場，從小次郎懷中將金剛寶珠用精神強念奪了回來。君莎小姐接住了金剛寶珠，對臭鼬噗道：“臭鼬噗使用惡臭！”
頓時狹小的倉庫中彌漫著刺鼻的臭味，火箭隊三人爭先恐後的逃離了這裏，因為這股臭味倒也沒有人阻攔他們，但是接下來的24小時，這股臭味就要伴隨著他們了。
小光在他們的後麵喊道：“火箭隊，你們要好好洗澡哦！”
君莎道：“好像......臭鼬噗我們做過火了！”
小智道：“沒關係，他們也不是主謀。我會跟聯盟申請，加強對百代博物館的保護。”
尚誌道：“今天的事情還要謝謝小智博士了！”
君莎道：“尚誌先生，我要跟你道歉！”
尚誌道：“不，我並不在意。重要的是金剛寶珠平安無事。百代市是我最喜歡的城市，將過去聯係到今日的城鎮。最初始所存在的隻有混沌與波動而已，一切混雜在一起，由中心誕生出了最初的寶可夢——阿爾宙斯，阿爾宙斯創造出了兩個分身就是帝牙盧卡和帕路奇亞。”
“時間開始轉動運行，空間開始擴張延伸，其後又誕生出了由克希、艾姆利多和亞克諾姆。兩個分身一祈禱誕生了物之物，三條生命一祈禱誕生了心之物。世界被創造了出來，阿爾宙斯也就陷入了沉睡，這就是神奧的時空傳說。”
小光道：“無論聽多少次都是很神秘的存在！”
菜種道：“說的是，直接了當，小智博士明天我在百代道館等你的挑戰！”
小智道：“好，明天見！”
金剛寶珠的失竊一事引出了神奧地區的神秘組織——銀河隊。小智的第二枚道館徽章的挑戰賽，也即將開始！