返回苑之鎮寶可夢中心的小智一行人，在救出了帥哥、武藏和小次郎後，時間也已經晚了，所以便決定在寶可夢中心休息一晚，第二天再出發。
小智三人當晚，同時做了一個夢！在一個五彩繽紛、色彩斑斕的空間中，亞克諾姆、艾姆利多和由克希在小智三人的麵前現身了，隻是很快這個彩色的世界被黑暗吞噬，一團黑影將三隻寶可夢整個的吞噬。
此時他們同時從夢中驚醒，小智道：“小剛、小光你們剛才也做夢了吧！亞克諾姆它們有危險了！”小智突然感受到了亞克諾姆的危險，他道：“我們立刻趕去立誌湖，銀河隊對亞克諾姆動手了！”
路上小智直接撥通了竹蘭的電話，告知了立誌湖的事情，竹蘭告訴小智現在在立誌湖的是小茂。小智再次撥通了小茂的手機，這次看小茂能拖多久了。小智三人直接從空間中直接到達了立誌湖湖畔。
天剛蒙蒙亮，立誌湖的上空出現了銀河隊的飛艇，歲星下命令道：“立刻下降高度到500，準備投擲銀河炸彈！”
小茂接到了小智電話後，就發現了銀河隊。小茂向山梨博士的研究所匯報道：“山梨博士，這裏立誌湖的小茂，銀河隊開始行動了！我先前往拖延！”
山梨博士博士這邊立刻聯係了心齊湖的勇造和睿智湖的芥子蘭博士。小茂這邊正欲行動，鎮星的毒骷蛙從背後偷襲了小茂，小茂電擊魔獸接下了毒骷蛙的惡之波動，因此也沒有後續繼續戰鬥的能力。
小茂收回了電擊魔獸，派出了月亮伊布和水箭龜，水箭龜已經完成了超級進化，鎮星一個人就將小茂牽製住了，他無法騰出手去救亞克諾姆。
銀河炸彈已經被獵人j投入了立誌湖中，亞克諾姆從立誌湖中現身了！
小茂道：“這是什麽？”
鎮星道：“我來解釋一下吧！這是銀河炸彈，是從帷幕市的隕石能源製造出來的。可以將空間炸出巨大的開口的炸彈。亞克諾姆並不是像傳說中的就住在湖中，而是在以湖泊為形式存在的通往異空間的門中。一直注視著我們的世界！”
亞克諾姆現身後，睿智湖和心齊湖中異空間之門也開啟了。
亞克諾姆在銀河隊的強大攻勢下已經被銀河隊已經捕獲成功了，小智三人來晚了一步，亞克諾姆已經被帶走了。
不過跟小茂交手的鎮星就沒有這麽好的運氣了，小智的皮卡丘直接將毒骷蛙廢了，隨後趕到了君莎小姐將鎮星帶走，送進了監獄。
小智道：“小茂你沒事吧！”
小茂傲嬌道：“你看我像有事的樣子嗎？隻是那個叫鎮星的寶可夢太難纏了。”
小智道：“既然沒事我們現在就去天冠山！銀河隊的目的地就是在天冠山！”
他們同時點了點頭，下一刻一行人就出現在了天冠山。
天冠山上，火箭隊意外又與帥哥匯合了，帥哥對火箭隊三人道：“你們也來了！現在的天冠山整個都在銀河的監視之下，說不定他們早就已經發現我們的行蹤了！”
竹蘭道：“他們已經知道了！”竹蘭也趕到了天冠山，她聽到了帥哥的話。
帥哥擔憂道：“竹蘭小姐，神奧三湖中的寶可夢......”帥哥聽小智說過目前銀河隊的目標是三湖中的亞克諾姆它們，竹蘭出現在了，是不是就意味著銀河隊已經得手了？
竹蘭道：“小智他們晚了一步！現在相信他們也正在往天冠山趕。”
帥哥嚴肅道：“隻希望他們來得及！”
槍之柱，傳說中阿爾宙斯就是在這裏創造了騎拉帝納、帝牙盧卡以及帕魯奇亞。借助小智的波導之力達到天冠山的小智四人，也很快與帥哥以及竹蘭匯合。
此時的銀河隊總部中，冥王正在把紅鎖鏈的石頭用在控製三聖菇身上。紅鎖鏈被放置在了三聖菇的額頭上，紅光如波浪般蕩開，三聖菇同時痛苦的叫出了聲。正在槍之柱外的小智三人的頭突然一陣疼痛，小智三人居然被瞬間移動了！下一秒就出現在了三聖菇的麵前。
冥王笑道：“果然成功了，帷幕市的隕石果然是阿爾宙斯創造星球的碎片！裏麵充滿了神明的力量！”
赤日笑容滿麵的看著被完全控製的三聖菇，他的理想要實現了！
竹蘭他們見小智三人突然消失，也明白了是三聖菇的召喚。
竹蘭和帥哥他們按兵不動，繼續守在了槍之柱這裏。小智三人見到三聖菇被控製之後也開始了動手，胖丁出場就瞬間放倒了一群大嘴蝠。但是三聖菇卻跟在了赤日的身後，離開了！
赤日手上的手套正是用紅鎖鏈製造的。
冥王道：“阿爾宙斯創造了這個世界，所以世界上的所有寶可夢也不可能反抗阿爾宙斯的！所以現在赤日就是創造世界的神明！”冥王說完也跟著赤日走了。
小智道：“開什麽玩笑！達克萊伊該你們出場了！使用黑洞！”
小智三人解決完所有銀河隊的成員後，赤日和冥王以及歲星已經乘坐飛艇離開了。小智三人通過空間先一步重新回到了槍之柱。
竹蘭問道：“怎麽樣？”
小智道：“亞克諾姆它們已經被赤日控製了！赤日他們馬上就到！”
僅僅十分鍾過去，銀河隊的飛艇就降落在槍之柱的前麵。小智係統背包中的槍之鑰不安的震動了起來。小智道：“赤日這次將所有的東西都帶來了，讓槍之鑰產生了共鳴。”
小智走了出去，道：“赤日！”
赤日沒想到小智他們居然還能先一步達到槍之柱，赤日道：“小鬼，用槍之鑰開啟槍之柱吧！”小智也沒有第二種選擇了，三聖菇現在都在赤日的手中。
小智拿出了槍之鑰，槍之鑰飄了起來，融入到槍之柱金色的光球中，耀眼的光芒瞬間釋放出來。赤日將手放在了光球上，門扉被打開，一顆光球跳躍而出，形成了白色的光梯向下延伸！
小智道：“帶路吧，赤日！”
赤日他們帶著四個大箱子先行，小智眾人緊跟其後走進了槍之柱。小智手裏的神獸隨便拿出一隻就夠銀河隊喝一壺了，至少目前赤日是不敢跟小智翻臉的，等到帝牙盧卡和帕魯奇亞降臨，一切就都不是威脅了！
槍之柱深處是一個巨大的空間，這裏的地麵上有著一個三角形的石塊，跟小智他們之前在神和遺跡看到的一樣。赤日揮揮手，亞克諾姆他們就已經自動落在了三個角上的石柱上方，金剛寶珠以及白玉寶珠，都已經安放在了指定的位置，赤日瘋魔道：“亞克諾姆、艾姆利多、由克希！將自古傳承下來的力量灌注在金剛寶珠和白玉寶珠之上吧！以創世之神的力量，將時間與空間重疊吧！”
隻是赤日的話音落下很久，都沒有產生任何的反應。小智打了個哈欠，道：“帝牙盧卡和帕魯奇亞什麽時候來，我都等困了！”
赤日不可置信道：“怎麽會這樣！”
小智突然道：“動手！”瑪夏多從小智的影子中鑽了出來，同時出現的還有兩隻達克萊伊，三隻一齊動手將三聖菇額頭上控製它們的紅鎖鏈打碎，救下了三隻。
它們恢複了神智，竹蘭的烈咬陸鯊搶下了金剛寶珠和白玉寶珠。
這邊順利解決，隻剩下一個紅鎖鏈了。夢幻一發精神強念就把紅鎖鏈的發射機器直接毀了，現在赤日的手套完全就發揮不了任何作用。
小智道：“赤日你想要個新世界有什麽困難的，我完全能滿足你！”小智拿出大金剛寶玉、大白寶玉、以及大白金寶玉，空間開始扭曲，帝牙盧卡、帕魯奇亞和騎拉帝納同時現身，三隻同時使用了力量在赤日的麵前形成了充滿和平、鳥語花香的世界。
赤日瘋狂大笑：“沒錯，這就是我想要的世界，我就是這個世界製定秩序的人！”赤日直接跳了進去，當赤日跳進去的一瞬間，黑暗將其吞噬，這哪是什麽新世界，隻是三隻寶可夢所形成巨大空間的夾縫而已。
進入也就意味著死亡！
冥王可惜道：“就隻能到此為止了嗎？”
帥哥道：“你以後也就隻能在國際監獄裏繼續研究了！”帥哥將冥王和歲星拷上了手銬。
小智道：“赤日挺可悲的！多謝你們的幫助，回到你們的空間去吧！”
神奧三神各自回到了空間中，竹蘭道：“小智你還真是讓人驚訝，你居然能召喚帝牙盧卡它們！這次的事情多謝你了！”
小智道：“竹蘭小姐，我是寶可夢搜查官這是我應該做的。”
三聖菇在跟小智三人告別後，也各自回到了它們的空間中。金剛寶玉和白玉寶珠由竹蘭送到神和鎮的曆史研究所交給芥子蘭博士保管，帥哥將冥王和歲星送進國際監獄關押，神奧最大的神秘組織銀河隊就此覆滅！
小茂去跟山梨博士匯報，小智三人重新回到立誌湖，從立誌湖去湖濱市能省不少的路程。
小智三人當晚，同時做了一個夢！在一個五彩繽紛、色彩斑斕的空間中，亞克諾姆、艾姆利多和由克希在小智三人的麵前現身了，隻是很快這個彩色的世界被黑暗吞噬，一團黑影將三隻寶可夢整個的吞噬。
此時他們同時從夢中驚醒，小智道：“小剛、小光你們剛才也做夢了吧！亞克諾姆它們有危險了！”小智突然感受到了亞克諾姆的危險，他道：“我們立刻趕去立誌湖，銀河隊對亞克諾姆動手了！”
路上小智直接撥通了竹蘭的電話，告知了立誌湖的事情，竹蘭告訴小智現在在立誌湖的是小茂。小智再次撥通了小茂的手機，這次看小茂能拖多久了。小智三人直接從空間中直接到達了立誌湖湖畔。
天剛蒙蒙亮，立誌湖的上空出現了銀河隊的飛艇，歲星下命令道：“立刻下降高度到500，準備投擲銀河炸彈！”
小茂接到了小智電話後，就發現了銀河隊。小茂向山梨博士的研究所匯報道：“山梨博士，這裏立誌湖的小茂，銀河隊開始行動了！我先前往拖延！”
山梨博士博士這邊立刻聯係了心齊湖的勇造和睿智湖的芥子蘭博士。小茂這邊正欲行動，鎮星的毒骷蛙從背後偷襲了小茂，小茂電擊魔獸接下了毒骷蛙的惡之波動，因此也沒有後續繼續戰鬥的能力。
小茂收回了電擊魔獸，派出了月亮伊布和水箭龜，水箭龜已經完成了超級進化，鎮星一個人就將小茂牽製住了，他無法騰出手去救亞克諾姆。
銀河炸彈已經被獵人j投入了立誌湖中，亞克諾姆從立誌湖中現身了！
小茂道：“這是什麽？”
鎮星道：“我來解釋一下吧！這是銀河炸彈，是從帷幕市的隕石能源製造出來的。可以將空間炸出巨大的開口的炸彈。亞克諾姆並不是像傳說中的就住在湖中，而是在以湖泊為形式存在的通往異空間的門中。一直注視著我們的世界！”
亞克諾姆現身後，睿智湖和心齊湖中異空間之門也開啟了。
亞克諾姆在銀河隊的強大攻勢下已經被銀河隊已經捕獲成功了，小智三人來晚了一步，亞克諾姆已經被帶走了。
不過跟小茂交手的鎮星就沒有這麽好的運氣了，小智的皮卡丘直接將毒骷蛙廢了，隨後趕到了君莎小姐將鎮星帶走，送進了監獄。
小智道：“小茂你沒事吧！”
小茂傲嬌道：“你看我像有事的樣子嗎？隻是那個叫鎮星的寶可夢太難纏了。”
小智道：“既然沒事我們現在就去天冠山！銀河隊的目的地就是在天冠山！”
他們同時點了點頭，下一刻一行人就出現在了天冠山。
天冠山上，火箭隊意外又與帥哥匯合了，帥哥對火箭隊三人道：“你們也來了！現在的天冠山整個都在銀河的監視之下，說不定他們早就已經發現我們的行蹤了！”
竹蘭道：“他們已經知道了！”竹蘭也趕到了天冠山，她聽到了帥哥的話。
帥哥擔憂道：“竹蘭小姐，神奧三湖中的寶可夢......”帥哥聽小智說過目前銀河隊的目標是三湖中的亞克諾姆它們，竹蘭出現在了，是不是就意味著銀河隊已經得手了？
竹蘭道：“小智他們晚了一步！現在相信他們也正在往天冠山趕。”
帥哥嚴肅道：“隻希望他們來得及！”
槍之柱，傳說中阿爾宙斯就是在這裏創造了騎拉帝納、帝牙盧卡以及帕魯奇亞。借助小智的波導之力達到天冠山的小智四人，也很快與帥哥以及竹蘭匯合。
此時的銀河隊總部中，冥王正在把紅鎖鏈的石頭用在控製三聖菇身上。紅鎖鏈被放置在了三聖菇的額頭上，紅光如波浪般蕩開，三聖菇同時痛苦的叫出了聲。正在槍之柱外的小智三人的頭突然一陣疼痛，小智三人居然被瞬間移動了！下一秒就出現在了三聖菇的麵前。
冥王笑道：“果然成功了，帷幕市的隕石果然是阿爾宙斯創造星球的碎片！裏麵充滿了神明的力量！”
赤日笑容滿麵的看著被完全控製的三聖菇，他的理想要實現了！
竹蘭他們見小智三人突然消失，也明白了是三聖菇的召喚。
竹蘭和帥哥他們按兵不動，繼續守在了槍之柱這裏。小智三人見到三聖菇被控製之後也開始了動手，胖丁出場就瞬間放倒了一群大嘴蝠。但是三聖菇卻跟在了赤日的身後，離開了！
赤日手上的手套正是用紅鎖鏈製造的。
冥王道：“阿爾宙斯創造了這個世界，所以世界上的所有寶可夢也不可能反抗阿爾宙斯的！所以現在赤日就是創造世界的神明！”冥王說完也跟著赤日走了。
小智道：“開什麽玩笑！達克萊伊該你們出場了！使用黑洞！”
小智三人解決完所有銀河隊的成員後，赤日和冥王以及歲星已經乘坐飛艇離開了。小智三人通過空間先一步重新回到了槍之柱。
竹蘭問道：“怎麽樣？”
小智道：“亞克諾姆它們已經被赤日控製了！赤日他們馬上就到！”
僅僅十分鍾過去，銀河隊的飛艇就降落在槍之柱的前麵。小智係統背包中的槍之鑰不安的震動了起來。小智道：“赤日這次將所有的東西都帶來了，讓槍之鑰產生了共鳴。”
小智走了出去，道：“赤日！”
赤日沒想到小智他們居然還能先一步達到槍之柱，赤日道：“小鬼，用槍之鑰開啟槍之柱吧！”小智也沒有第二種選擇了，三聖菇現在都在赤日的手中。
小智拿出了槍之鑰，槍之鑰飄了起來，融入到槍之柱金色的光球中，耀眼的光芒瞬間釋放出來。赤日將手放在了光球上，門扉被打開，一顆光球跳躍而出，形成了白色的光梯向下延伸！
小智道：“帶路吧，赤日！”
赤日他們帶著四個大箱子先行，小智眾人緊跟其後走進了槍之柱。小智手裏的神獸隨便拿出一隻就夠銀河隊喝一壺了，至少目前赤日是不敢跟小智翻臉的，等到帝牙盧卡和帕魯奇亞降臨，一切就都不是威脅了！
槍之柱深處是一個巨大的空間，這裏的地麵上有著一個三角形的石塊，跟小智他們之前在神和遺跡看到的一樣。赤日揮揮手，亞克諾姆他們就已經自動落在了三個角上的石柱上方，金剛寶珠以及白玉寶珠，都已經安放在了指定的位置，赤日瘋魔道：“亞克諾姆、艾姆利多、由克希！將自古傳承下來的力量灌注在金剛寶珠和白玉寶珠之上吧！以創世之神的力量，將時間與空間重疊吧！”
隻是赤日的話音落下很久，都沒有產生任何的反應。小智打了個哈欠，道：“帝牙盧卡和帕魯奇亞什麽時候來，我都等困了！”
赤日不可置信道：“怎麽會這樣！”
小智突然道：“動手！”瑪夏多從小智的影子中鑽了出來，同時出現的還有兩隻達克萊伊，三隻一齊動手將三聖菇額頭上控製它們的紅鎖鏈打碎，救下了三隻。
它們恢複了神智，竹蘭的烈咬陸鯊搶下了金剛寶珠和白玉寶珠。
這邊順利解決，隻剩下一個紅鎖鏈了。夢幻一發精神強念就把紅鎖鏈的發射機器直接毀了，現在赤日的手套完全就發揮不了任何作用。
小智道：“赤日你想要個新世界有什麽困難的，我完全能滿足你！”小智拿出大金剛寶玉、大白寶玉、以及大白金寶玉，空間開始扭曲，帝牙盧卡、帕魯奇亞和騎拉帝納同時現身，三隻同時使用了力量在赤日的麵前形成了充滿和平、鳥語花香的世界。
赤日瘋狂大笑：“沒錯，這就是我想要的世界，我就是這個世界製定秩序的人！”赤日直接跳了進去，當赤日跳進去的一瞬間，黑暗將其吞噬，這哪是什麽新世界，隻是三隻寶可夢所形成巨大空間的夾縫而已。
進入也就意味著死亡！
冥王可惜道：“就隻能到此為止了嗎？”
帥哥道：“你以後也就隻能在國際監獄裏繼續研究了！”帥哥將冥王和歲星拷上了手銬。
小智道：“赤日挺可悲的！多謝你們的幫助，回到你們的空間去吧！”
神奧三神各自回到了空間中，竹蘭道：“小智你還真是讓人驚訝，你居然能召喚帝牙盧卡它們！這次的事情多謝你了！”
小智道：“竹蘭小姐，我是寶可夢搜查官這是我應該做的。”
三聖菇在跟小智三人告別後，也各自回到了它們的空間中。金剛寶玉和白玉寶珠由竹蘭送到神和鎮的曆史研究所交給芥子蘭博士保管，帥哥將冥王和歲星送進國際監獄關押，神奧最大的神秘組織銀河隊就此覆滅！
小茂去跟山梨博士匯報，小智三人重新回到立誌湖，從立誌湖去湖濱市能省不少的路程。