在回雙葉鎮的客船上，小智看出了小剛有心事的樣子，問道：“小剛你怎麽了？”
小霞調笑道：“這可不像平常的小剛哦！”
小剛道：“我隻是......想呼吸一下新鮮的空氣。”
小光道：“就是這樣才奇怪啊！小剛你有什麽事可以跟我們說。”
小智走到了小剛的身邊，拍了拍了小剛的肩膀道：“抵達港口後，我們幾人就要分別了！”
小剛道：“小智你們就是從雙葉鎮的港口踏入神奧地區的旅程的吧！”
小智道：“是啊！回關東後，我們還能結伴旅行一段路程，小剛要回尼比市吧！我送小霞回華藍市後，我也要回真新鎮一趟，大木博士應該在等著我關於月月熊的論文，再陪我媽媽幾天，然後就前往合眾地區。”
小光道：“我也要回家待幾天，好好吃幾頓媽媽做的飯菜，雖然小剛和小智都做飯很好吃。”
正在此時，突然傳來一陣求救的聲音，是個女生在求救：“快來人，求求你們幫幫忙吧！”
小智四人趕到的時候，客船的船艙中不知道什麽時候闖進了許多隻的毒刺水母，幾隻年幼的寶寶丁、皮丘、小果然它們都中毒了。
小智運轉滄海之力，安撫好了毒刺水母它們重新回到海中後，小智他們又將受到毒刺水母攻擊的寶可夢都集中在了一起，中毒的寶可夢不少，但那幾隻年幼的寶可夢中毒更加嚴重，尤其是皮丘。
它們都是寶可夢托兒所的實習老師信子負責照顧的寶可夢，已經有人聯係了最近的寶可夢中心的喬伊小姐，但因為這裏是在海上的客船，趕到最近的寶可夢中心也需要兩個小時。
小智道：“小剛，我相信以你的能力可以幫助它們的！也能同時幫助到你！”
小剛笑道：“還是小智你最了解我！”小剛拿出了聽診器做了檢查，小智從背包中拿出幾種樹果遞給小剛，小剛研磨果實後製成了果汁，寶可夢們的情況都好轉了起來。
隻是皮丘喝了解毒用的果汁後卻還在發燒。小剛的好運蛋著急之下進化成了吉利蛋，用生蛋技能幫助皮丘恢複了體力，再加上小智的常磐之力很快就恢複了健康。
兩個小時後通信船就到了寶可夢中心所在的島，喬伊小姐幫忙檢查了一下中毒的寶可夢的情況，全部都已經恢複了健康。皮丘它們幾小隻已經在皮卡丘的帶領下玩耍了起來，一點都看不到剛才還是中毒的狀態。
信子看著恢複健康的寶可夢，朝小剛道謝道：“小剛先生，真是非常謝謝你！”
小剛連忙擺手道：“要謝就謝小智提供的樹果吧！我隻是做了急救措施而已。”
喬伊小姐道：“小剛你應該能成為一個很出色的寶可夢醫生呢！”
“寶可夢醫生？！”
喬伊小姐的話似乎在小剛的心中點燃了一盞指路的明燈，小剛笑道：“原來，還有這條路啊！”
小剛的猶豫與顧慮似乎都消失了，小智道：“看樣子小剛你不再迷茫了，你也找到了自己的路！”
小剛道：“沒錯！大家聽我說，我要將累積至今的飼育家經驗好好運用，成為一名寶可夢醫生！但我也不會放棄我的世界第一的飼育家夢想的，就像小智同時進行道館賽和華麗大賽那樣！”
“既然決定了，那麽我就必須好好學習，沒有辦法像過去一樣旅行各地了！小智我跟你的旅程也將告一段落！”
小光道：“寶可夢醫生啊！聽起來好酷啊！小剛我們都相信你能成為最優秀的寶可夢醫生的！”
小霞道：“小剛，我們都一起好好努力吧！”
小智道：“那我們就各自向著各自的目標而不斷前進吧！”
“好！”眾人齊聲道。
客船在傍晚時分到達了雙葉鎮的港口，彩子在這裏已經等候多時了！
次日，小智三人要乘坐的回關東的船將在下午三點出發，早晨眾人在電視機前觀看了大葉挑戰竹蘭的冠軍挑戰賽。
大葉的烈焰猴不敵竹蘭的裂咬陸鯊最終依舊敗北。
小光送小智三人到了碼頭，道：“大家要保重哦！要開船了，大家都快上船吧！”
小霞抱住了小光，柔聲道：“小光這個世界沒有想象中的大，來關東的話就到華藍市找我哦！”
小智道：“神奧時空傳說有一句是這麽說的，友情是珍珠，回憶是鑽石。小光沒問題的！”
小光擦掉了眼淚笑道：“嗯，有時間我會去找大家的！”
“小智、小剛、小霞，我真的很感謝你們！”
“波加！”
前往關東的船開走了，小智三人也即將回到關東。
火箭隊三人這邊，因為將銀河隊覆滅以及逮捕獵人j的事情說成自己的功勞上報之後，竟然真的得到了火箭隊老大板木的賞識，似乎要委以重任。
小智三人再次來到分別的三岔路口，隻是這次小智要跟小霞先去華藍市，小剛要返回尼比市。
小剛道：“要在這裏分別了！”
小智道：“是啊！”小智伸出了手，小剛也握住了小智的手，兩人的肩膀相碰，小智道：“小剛，我相信你一定能成為寶可夢醫生的！”
小剛道：“未來的寶可夢大師，不過現在基本已經算是了吧！”
“那麽......再見了！”
“皮卡！”
神奧地區的旅程結束了，但是新的合眾地區的旅程又要開始了！
小霞調笑道：“這可不像平常的小剛哦！”
小剛道：“我隻是......想呼吸一下新鮮的空氣。”
小光道：“就是這樣才奇怪啊！小剛你有什麽事可以跟我們說。”
小智走到了小剛的身邊，拍了拍了小剛的肩膀道：“抵達港口後，我們幾人就要分別了！”
小剛道：“小智你們就是從雙葉鎮的港口踏入神奧地區的旅程的吧！”
小智道：“是啊！回關東後，我們還能結伴旅行一段路程，小剛要回尼比市吧！我送小霞回華藍市後，我也要回真新鎮一趟，大木博士應該在等著我關於月月熊的論文，再陪我媽媽幾天，然後就前往合眾地區。”
小光道：“我也要回家待幾天，好好吃幾頓媽媽做的飯菜，雖然小剛和小智都做飯很好吃。”
正在此時，突然傳來一陣求救的聲音，是個女生在求救：“快來人，求求你們幫幫忙吧！”
小智四人趕到的時候，客船的船艙中不知道什麽時候闖進了許多隻的毒刺水母，幾隻年幼的寶寶丁、皮丘、小果然它們都中毒了。
小智運轉滄海之力，安撫好了毒刺水母它們重新回到海中後，小智他們又將受到毒刺水母攻擊的寶可夢都集中在了一起，中毒的寶可夢不少，但那幾隻年幼的寶可夢中毒更加嚴重，尤其是皮丘。
它們都是寶可夢托兒所的實習老師信子負責照顧的寶可夢，已經有人聯係了最近的寶可夢中心的喬伊小姐，但因為這裏是在海上的客船，趕到最近的寶可夢中心也需要兩個小時。
小智道：“小剛，我相信以你的能力可以幫助它們的！也能同時幫助到你！”
小剛笑道：“還是小智你最了解我！”小剛拿出了聽診器做了檢查，小智從背包中拿出幾種樹果遞給小剛，小剛研磨果實後製成了果汁，寶可夢們的情況都好轉了起來。
隻是皮丘喝了解毒用的果汁後卻還在發燒。小剛的好運蛋著急之下進化成了吉利蛋，用生蛋技能幫助皮丘恢複了體力，再加上小智的常磐之力很快就恢複了健康。
兩個小時後通信船就到了寶可夢中心所在的島，喬伊小姐幫忙檢查了一下中毒的寶可夢的情況，全部都已經恢複了健康。皮丘它們幾小隻已經在皮卡丘的帶領下玩耍了起來，一點都看不到剛才還是中毒的狀態。
信子看著恢複健康的寶可夢，朝小剛道謝道：“小剛先生，真是非常謝謝你！”
小剛連忙擺手道：“要謝就謝小智提供的樹果吧！我隻是做了急救措施而已。”
喬伊小姐道：“小剛你應該能成為一個很出色的寶可夢醫生呢！”
“寶可夢醫生？！”
喬伊小姐的話似乎在小剛的心中點燃了一盞指路的明燈，小剛笑道：“原來，還有這條路啊！”
小剛的猶豫與顧慮似乎都消失了，小智道：“看樣子小剛你不再迷茫了，你也找到了自己的路！”
小剛道：“沒錯！大家聽我說，我要將累積至今的飼育家經驗好好運用，成為一名寶可夢醫生！但我也不會放棄我的世界第一的飼育家夢想的，就像小智同時進行道館賽和華麗大賽那樣！”
“既然決定了，那麽我就必須好好學習，沒有辦法像過去一樣旅行各地了！小智我跟你的旅程也將告一段落！”
小光道：“寶可夢醫生啊！聽起來好酷啊！小剛我們都相信你能成為最優秀的寶可夢醫生的！”
小霞道：“小剛，我們都一起好好努力吧！”
小智道：“那我們就各自向著各自的目標而不斷前進吧！”
“好！”眾人齊聲道。
客船在傍晚時分到達了雙葉鎮的港口，彩子在這裏已經等候多時了！
次日，小智三人要乘坐的回關東的船將在下午三點出發，早晨眾人在電視機前觀看了大葉挑戰竹蘭的冠軍挑戰賽。
大葉的烈焰猴不敵竹蘭的裂咬陸鯊最終依舊敗北。
小光送小智三人到了碼頭，道：“大家要保重哦！要開船了，大家都快上船吧！”
小霞抱住了小光，柔聲道：“小光這個世界沒有想象中的大，來關東的話就到華藍市找我哦！”
小智道：“神奧時空傳說有一句是這麽說的，友情是珍珠，回憶是鑽石。小光沒問題的！”
小光擦掉了眼淚笑道：“嗯，有時間我會去找大家的！”
“小智、小剛、小霞，我真的很感謝你們！”
“波加！”
前往關東的船開走了，小智三人也即將回到關東。
火箭隊三人這邊，因為將銀河隊覆滅以及逮捕獵人j的事情說成自己的功勞上報之後，竟然真的得到了火箭隊老大板木的賞識，似乎要委以重任。
小智三人再次來到分別的三岔路口，隻是這次小智要跟小霞先去華藍市，小剛要返回尼比市。
小剛道：“要在這裏分別了！”
小智道：“是啊！”小智伸出了手，小剛也握住了小智的手，兩人的肩膀相碰，小智道：“小剛，我相信你一定能成為寶可夢醫生的！”
小剛道：“未來的寶可夢大師，不過現在基本已經算是了吧！”
“那麽......再見了！”
“皮卡！”
神奧地區的旅程結束了，但是新的合眾地區的旅程又要開始了！