通過天之箭橋之後，小智三人來到了飛雲市。
飛雲市是合眾地區有名的大都市，也是合眾地區最大的城市，這裏的摩天大樓比比皆是很是壯觀。飛雲市的特產——飛雲冰淇淋，小智三人現在的目的地就是售賣飛雲冰淇淋的小店。
艾莉絲驚呼道：“飛雲市真的好大啊！”
天桐道：“我聽說這裏的飛雲冰淇淋很好吃哦！”
小智道：“反正飛雲道館賽預約的是明天，我們幹脆就去吃吧！我請客！”
艾莉絲帶著牙牙跑了起來，喊道：“太好了！”
穿過飛雲市中央區域的時候，在這裏他們見到了亞緹。小智自從進入中央區域後，波導之力傳遞給他的感覺就很是不安。
小智道：“亞緹先生！”
亞緹道：“是你們啊！小智你來看，樹上的蟲係寶可夢們好像很不安的感覺啊！”
艾莉絲道：“我聽說大災難來臨的時候，蟲係寶可夢就會開始焦躁。”
亞緹道：“是啊，蟲係寶可夢具有察覺到人類無法察覺到的電磁波，這點在科學上已經被證實了。”
小智來到了亞緹站的樹下，釋放出了波導之力，道：“確實！有大量的百足蜈蚣正在地下從那個方向移動來飛雲市。”
亞緹道：“地下水道嗎？那個方向是荒野名勝區裏的河流！”
“等一下，這麽說來！以前也曾經有過這種事情，就是荒野中生活的寶可夢們通過這個地下水道遷移到飛雲市裏來了。難道是荒野名勝區出事了？”
小智道：“我們先去調查一下吧！”
四人來到了地下水道中，往前走了沒有多久就看到了一隻百足蜈蚣卡在了水管中，尾巴上下晃動想要掙脫出來的樣子。
艾莉絲道：“好像卡的很難受的樣子哎！”
小智道：“我來吧！”小智將波導之力集中在手上，將百足蜈蚣抱了出來，他又用常磐之力治療了它。
眾人被聲音吸引，抬起頭的時候看到了百足蜈蚣群正在地下水道中穿行。
小智道：“不好了，地麵上也都是百足蜈蚣了！”
四人帶著那隻被小智救下來的百足蜈蚣來到了地麵上，市民們的尖叫聲不斷。
君莎小姐騎著摩托車來到了小智麵前道：“小智搜查官，您在飛雲市就太好了！現在大量百足蜈蚣正在飛雲市中引起騷亂！”
小智道：“君莎小姐，你組織市民去緊急避難吧！剩下的交給我們了！”
君莎小姐道：“好的！對了，我們已經請紅豆杉博士調查原因了！”
小智道：“紅豆杉博士嗎？我知道了！”
就在這時，不遠處傳出了爆炸聲，亞緹道：“那是寶可夢中心的方向！”
當小智他們趕到的時候，訓練家們已經對百足蜈蚣發起了攻擊。修帝也在，他拿出了他的燈火幽靈，使用噴射火焰攻擊百足蜈蚣。
“達克萊伊，就決定是你了！使用惡之波動擋下來！”
一道黑影彈射了出去，惡之波動將在場所有訓練家的噴射火焰擋了下來。
小智道：“現在大家都住手！”
修帝看到達克萊伊跟在小智身後，義正言辭道：“這些百足蜈蚣一味的攻擊人類，驅逐他們是理所應當的事情，你不幫忙也不要來礙事！”
小智拿出了自己的證件道：“我是寶可夢搜查官，我命令大家住手！有不聽的我的達克萊伊也不是吃素的！”
小智還是第一次生這麽大的氣，他也從來沒有過用寶可夢威脅過人的先例，修帝是第一個，不過現在小智可沒有時間管他。
艾莉絲道：“老師說得對，大家看百足蜈蚣們也沒有進攻啊！要不是你們先發起的攻擊，它們怎麽會反擊呢！”
天桐道：“大家都先去避難吧！這裏交給小智！”
一個身穿西裝的大叔也趕到了這裏，小智道：“您就是飛雲市的市長吧！我是寶可夢搜查官小智，現在飛雲市的警戒工作由我接手，亞緹先生您有辦法將百足蜈蚣們先集中到中央區域嗎？”
亞緹道：“找到領袖就可以了！隻是這裏的百足蜈蚣太多了，要怎麽找？”
小智指著一個方向道：“那邊，體型最大的那隻！”
在高樓的樓頂處一隻體型很大的百足蜈蚣晃動著頭頂的長須正在指揮著這些百足蜈蚣。
“燈火幽靈，使用噴射火焰！”
“達克萊伊，使用黑洞！”
達克萊伊丟出了黑洞使得燈火幽靈睡著了，小智沉聲道：“我的話聽不懂嗎？”
修帝道：“隻要打敗了百足蜈蚣的領袖，驅逐剩下的百足蜈蚣就不難了！”
艾莉絲生氣道：“你憑什麽擅自做決定啊！”
亞緹道：“修帝你住手！”
小智道：“不用管他！等會兒再來解決！”
小智腳邊被他救了的那隻百足蜈蚣，上前跟百足蜈蚣的首領說了幾句，它們的首領便冷靜了下來。
亞緹道：“小智你有能使用治愈波動的寶可夢嗎？借我一用！”
小智知道了亞緹的目的，道：“差不多娃娃，使用治愈波動！”
亞緹拿出了蟲笛吹奏了起來，首領百足蜈蚣一聲令下帶著眾多的百足蜈蚣前往中央區域。
那些落單的百足蜈蚣由天桐和艾莉絲帶著小智寶可夢們進行聚集，很快所有的百足蜈蚣都已經全都來到了中央區域。
紅豆杉博士隨後趕到了飛雲市，小智問道：“紅豆杉博士知道百足蜈蚣大量遷移的原因了嗎？”
紅豆杉博士拿出電腦道：“我們發現了飛雲市的廣大荒野中有神秘的能量在流動，最後發現是從荒野名勝區產生的。”
亞緹道：“原來是這樣，百足蜈蚣們都是在地底築巢的，因為害怕那股能量才集體逃離荒野名勝區的。”
紅豆杉博士道：“現在我正要去調查，小智博士能請你跟我一起去嗎？”
紅豆杉博士當然看到了跟在小智身邊的達克萊伊，有神獸的力量應該能順利解決。
小智道：“我知道了！艾莉絲天桐，你們就留在飛雲市幫忙亞緹先生安撫好百足蜈蚣它們，我會將差不多娃娃它們都留給你們使用。”
亞緹道：“小智你放心去，這裏就交給我們了！”
天桐和艾莉絲也連連點頭。
被小智救了的那隻百足蜈蚣來到了小智的腳邊，小智道：“你要跟我走嗎？”百足蜈蚣點了點頭。
小智拿出了精靈球將百足蜈蚣收服。
【百足蜈蚣】
【屬性：蟲、毒】
【性別：雄】
【特性：毒刺（有時會讓接觸到自己的對手變為中毒狀態）】
【實力：普通中級】
【技能：毒針、變圓、滾動、守住、毒尾、刺耳聲、蟲咬】
【收服百足蜈蚣，獎勵積分500】
小智與紅豆杉博士以及君莎小姐一起搭乘直升機前往了荒野名勝區。
飛雲市是合眾地區有名的大都市，也是合眾地區最大的城市，這裏的摩天大樓比比皆是很是壯觀。飛雲市的特產——飛雲冰淇淋，小智三人現在的目的地就是售賣飛雲冰淇淋的小店。
艾莉絲驚呼道：“飛雲市真的好大啊！”
天桐道：“我聽說這裏的飛雲冰淇淋很好吃哦！”
小智道：“反正飛雲道館賽預約的是明天，我們幹脆就去吃吧！我請客！”
艾莉絲帶著牙牙跑了起來，喊道：“太好了！”
穿過飛雲市中央區域的時候，在這裏他們見到了亞緹。小智自從進入中央區域後，波導之力傳遞給他的感覺就很是不安。
小智道：“亞緹先生！”
亞緹道：“是你們啊！小智你來看，樹上的蟲係寶可夢們好像很不安的感覺啊！”
艾莉絲道：“我聽說大災難來臨的時候，蟲係寶可夢就會開始焦躁。”
亞緹道：“是啊，蟲係寶可夢具有察覺到人類無法察覺到的電磁波，這點在科學上已經被證實了。”
小智來到了亞緹站的樹下，釋放出了波導之力，道：“確實！有大量的百足蜈蚣正在地下從那個方向移動來飛雲市。”
亞緹道：“地下水道嗎？那個方向是荒野名勝區裏的河流！”
“等一下，這麽說來！以前也曾經有過這種事情，就是荒野中生活的寶可夢們通過這個地下水道遷移到飛雲市裏來了。難道是荒野名勝區出事了？”
小智道：“我們先去調查一下吧！”
四人來到了地下水道中，往前走了沒有多久就看到了一隻百足蜈蚣卡在了水管中，尾巴上下晃動想要掙脫出來的樣子。
艾莉絲道：“好像卡的很難受的樣子哎！”
小智道：“我來吧！”小智將波導之力集中在手上，將百足蜈蚣抱了出來，他又用常磐之力治療了它。
眾人被聲音吸引，抬起頭的時候看到了百足蜈蚣群正在地下水道中穿行。
小智道：“不好了，地麵上也都是百足蜈蚣了！”
四人帶著那隻被小智救下來的百足蜈蚣來到了地麵上，市民們的尖叫聲不斷。
君莎小姐騎著摩托車來到了小智麵前道：“小智搜查官，您在飛雲市就太好了！現在大量百足蜈蚣正在飛雲市中引起騷亂！”
小智道：“君莎小姐，你組織市民去緊急避難吧！剩下的交給我們了！”
君莎小姐道：“好的！對了，我們已經請紅豆杉博士調查原因了！”
小智道：“紅豆杉博士嗎？我知道了！”
就在這時，不遠處傳出了爆炸聲，亞緹道：“那是寶可夢中心的方向！”
當小智他們趕到的時候，訓練家們已經對百足蜈蚣發起了攻擊。修帝也在，他拿出了他的燈火幽靈，使用噴射火焰攻擊百足蜈蚣。
“達克萊伊，就決定是你了！使用惡之波動擋下來！”
一道黑影彈射了出去，惡之波動將在場所有訓練家的噴射火焰擋了下來。
小智道：“現在大家都住手！”
修帝看到達克萊伊跟在小智身後，義正言辭道：“這些百足蜈蚣一味的攻擊人類，驅逐他們是理所應當的事情，你不幫忙也不要來礙事！”
小智拿出了自己的證件道：“我是寶可夢搜查官，我命令大家住手！有不聽的我的達克萊伊也不是吃素的！”
小智還是第一次生這麽大的氣，他也從來沒有過用寶可夢威脅過人的先例，修帝是第一個，不過現在小智可沒有時間管他。
艾莉絲道：“老師說得對，大家看百足蜈蚣們也沒有進攻啊！要不是你們先發起的攻擊，它們怎麽會反擊呢！”
天桐道：“大家都先去避難吧！這裏交給小智！”
一個身穿西裝的大叔也趕到了這裏，小智道：“您就是飛雲市的市長吧！我是寶可夢搜查官小智，現在飛雲市的警戒工作由我接手，亞緹先生您有辦法將百足蜈蚣們先集中到中央區域嗎？”
亞緹道：“找到領袖就可以了！隻是這裏的百足蜈蚣太多了，要怎麽找？”
小智指著一個方向道：“那邊，體型最大的那隻！”
在高樓的樓頂處一隻體型很大的百足蜈蚣晃動著頭頂的長須正在指揮著這些百足蜈蚣。
“燈火幽靈，使用噴射火焰！”
“達克萊伊，使用黑洞！”
達克萊伊丟出了黑洞使得燈火幽靈睡著了，小智沉聲道：“我的話聽不懂嗎？”
修帝道：“隻要打敗了百足蜈蚣的領袖，驅逐剩下的百足蜈蚣就不難了！”
艾莉絲生氣道：“你憑什麽擅自做決定啊！”
亞緹道：“修帝你住手！”
小智道：“不用管他！等會兒再來解決！”
小智腳邊被他救了的那隻百足蜈蚣，上前跟百足蜈蚣的首領說了幾句，它們的首領便冷靜了下來。
亞緹道：“小智你有能使用治愈波動的寶可夢嗎？借我一用！”
小智知道了亞緹的目的，道：“差不多娃娃，使用治愈波動！”
亞緹拿出了蟲笛吹奏了起來，首領百足蜈蚣一聲令下帶著眾多的百足蜈蚣前往中央區域。
那些落單的百足蜈蚣由天桐和艾莉絲帶著小智寶可夢們進行聚集，很快所有的百足蜈蚣都已經全都來到了中央區域。
紅豆杉博士隨後趕到了飛雲市，小智問道：“紅豆杉博士知道百足蜈蚣大量遷移的原因了嗎？”
紅豆杉博士拿出電腦道：“我們發現了飛雲市的廣大荒野中有神秘的能量在流動，最後發現是從荒野名勝區產生的。”
亞緹道：“原來是這樣，百足蜈蚣們都是在地底築巢的，因為害怕那股能量才集體逃離荒野名勝區的。”
紅豆杉博士道：“現在我正要去調查，小智博士能請你跟我一起去嗎？”
紅豆杉博士當然看到了跟在小智身邊的達克萊伊，有神獸的力量應該能順利解決。
小智道：“我知道了！艾莉絲天桐，你們就留在飛雲市幫忙亞緹先生安撫好百足蜈蚣它們，我會將差不多娃娃它們都留給你們使用。”
亞緹道：“小智你放心去，這裏就交給我們了！”
天桐和艾莉絲也連連點頭。
被小智救了的那隻百足蜈蚣來到了小智的腳邊，小智道：“你要跟我走嗎？”百足蜈蚣點了點頭。
小智拿出了精靈球將百足蜈蚣收服。
【百足蜈蚣】
【屬性：蟲、毒】
【性別：雄】
【特性：毒刺（有時會讓接觸到自己的對手變為中毒狀態）】
【實力：普通中級】
【技能：毒針、變圓、滾動、守住、毒尾、刺耳聲、蟲咬】
【收服百足蜈蚣，獎勵積分500】
小智與紅豆杉博士以及君莎小姐一起搭乘直升機前往了荒野名勝區。