國民黨寫八年抗戰史，往往說共產黨不打日本人而打國軍，搶奪地盤，乘機坐大。乘機坐大沒錯，但他們不必自找麻煩打國軍來搶地盤。地盤被日本人侵占的太多了，隻要在敵後繼續不斷地打遊擊，就可搶到很多地盤，贏得更多的人心，是以愈抗戰，愈有機會坐大。
國共兩黨曾互吹誰的抗戰功勞大，但有一點國民黨絕對無法比的，那就是抗戰決心。據英文《劍橋中國史》估計，抗戰期間，中央軍投敵部隊多達五十萬人，就在一九四三年投靠敵人的降將就有四十二人之多（cambridgehistoryofchina，vo1.13，pt.2，p.571），而共產黨領導人以及紅軍中沒有一個在抗戰期間降敵或與日本人偷偷談和的，更沒有當漢奸的。這種情況，國民黨又何以自解呢？
國民黨說共軍打國軍，其實是國軍打共軍。蔣介石於戰前沒能消滅紅軍，已感到十分遺憾；戰時見共黨坐大，更是痛心疾首，一心一意想溶共、剿共、滅共。蔣介石於抗戰期間對中共充滿殺機，絕對是事實。之所以如此，因蔣氏原以“紅色將軍”起家，深知共黨之厲害，加上臥榻之旁不容他人酣睡的性格，更加害怕中共會奪取他的政權，故非除之而不快。政治比賽中的“公平競爭”原則，對他而言是笑話。他的戲路老是想“惟我獨尊”，不讓別人在政治比賽中獲勝。但是用“強”的，便會有反彈；強者更是打不倒的，反彈的結果是自己被打倒。
一九六六年，左舜生到台灣來，向李敖說：他在延安時候，見到湖南老鄉毛澤東。毛澤東激越地說：“蔣介石總以為天無二日、民無二主，我‘不信邪’，偏要打出兩個太陽給他看?選”國民黨在日落餘暉的今天，能不能臨終悔悟到太陽不隻一個，沒人相信它會，也許國民黨已自大狂到迷信它是“耀如羿射九日落”中的神性人物，但是，又怎樣呢，九個太陽落了，後羿還不是身死族滅、為天下笑了嗎？“不信邪”是一句道地的湖南話，意即不管三七二十一之謂。左舜生在《萬竹樓隨筆》中也提到，“毛有一股子湖南人的蠻勁”。蔣介石雖然陰險多詐，但是碰到湖南蠻子，也就沒完沒了了。
蔣介石容不了共產黨，然而國共在八年抗戰中沒有完全決裂，主要有兩個原因。其一，在舉國一致抗日的大環境裏，蔣不敢公然大舉剿共，隻能暗中搞。到抗戰後期，剿共的意願雖然增高，但礙於國際觀瞻，不敢貿然動手，仍隻能暗中搞。其二，毛澤東對蔣介石的挑戰，有時針鋒相對、有時退讓，盡量不導致決裂，也就是毛氏所謂既團結又鬥爭的策略。一方麵維持抗日民族統一戰線，統一在中央政府之下，奉蔣介石為最高統帥；另一方麵則維持紅軍及共區的獨立性與自主性，不惜先斬後奏或斬而不奏。因此衝突與矛盾固然不斷，但共產黨不與國民黨決裂，奉行國共合作長期抗戰的既定政治策略。
毛澤東不肯決裂，蔣介石不敢決裂，國共隻好走毛澤東預設的既團結又鬥爭的路。毛擺好棋譜，請蔣來下，自非對手。蔣雖在軍事上占優勢，卻在政治上處處被動，退居劣勢，難怪蔣在一九四○年三月九日記道：“惟共產黨作祟為可恨耳。”（《蔣總統秘錄》，頁二六九二）蔣譴責中共擁兵割據，反動無異封建軍閥，毛一點都不會臉紅，因為中國仍甚封建，要革封建的命，就要有軍隊。所謂“槍杆子出政權”，毛本學自蔣。毛說過：
過去十年的蔣介石是反革命的。為了反革命，他創造了一個龐大的中央軍。有軍則有權，戰爭解決一切。這個基點，他是抓得很緊的。對於這點，我們應向他學習。（辛子陵《毛澤東全傳》第二冊，頁三二三）
西安事變之後，國共合作已如弦上之箭，但蔣介石始終不喜歡“國共合作”的提法，因這種提法根本把國共對等起來，平起平坐，然而他根本不承認共產黨是合法的政黨。他不要聯共，而要溶共，要把共產黨合並於國民黨，猶如軍隊之收編，化掉以後，實現一個黨、一個主義、一個領袖的理想。所以周恩來雖一再向蔣表示國共合作的誠意，蔣總是大剌剌地回答說：“不要提國共合作，隻要提與我合作就行了?選”（參閱嚴如平、鄭則民《蔣介石傳稿》，頁二九三、三六三）
從盧溝橋事變到武漢棄守，蔣介石忙於應付凶猛的日軍進攻，尚無餘力來對付共產黨，國共之間幾乎沒有什麽摩擦。值得注意的是，蔣毛對付日軍進攻的戰略，已見其異。蔣打的是正規的陣地戰，兵力不易集中，麵對敵人強大優勢的火力，常陷於被動挨打，付出慘痛的代價，導致一瀉千裏的大潰退。毛打的則是運動戰，發動廣大人民群眾打遊擊。朱德、彭德懷等共軍將領，掌握機會，深入敵後，建立愈來愈多的抗日根據地，包圍敵人占據的都市與交通要道，易於擾敵，而不易被敵所殲。蔣之正麵作戰與毛之遊擊戰，可謂國共兩黨抗日的戰略配合。此外，在抗戰初期，國共在戰役上配合，贏得平型關之戰的一場勝利。一九三七年的九月裏，日軍第五師團長板垣征四郎決定突破長城防線，進兵山西，向平型關一帶進攻。九月二十二、二十三兩日，展開血戰，傅作義奉第二戰區司令長官閻錫山之命增援，而共軍第一一五師由林彪率領，拊平型關敵軍側背。林彪的機動靈活戰術與傅作義正麵的主力防禦，配合得很好，利用有利地形，設置埋伏，以待進犯之敵。二十五日早晨，一支日軍輜重部隊進入伏擊圈，立遭痛擊，被截斷首尾。至翌日中午殲敵千餘，並切斷日軍交通，有力支援了傅作義的正麵反攻，使日軍第二十一旅團陷入重圍。九月三十日，因板垣大舉增援，各部撤離戰鬥。這一仗可謂國共聯合抗擊日軍的第一仗，也是最後一仗。
從平津、淞滬，到南京失陷，中國軍民雖然犧牲慘重，但抗敵的英勇確實可歌可泣。一九三八年九月二十九日保衛武漢期間，毛澤東特別托周恩來給蔣介石一封親筆函，向蔣“領導全民族進行空前偉大的革命戰爭”，表示崇仰。同時鼓勵蔣“團結全民，鞏固與擴大抗日戰線，堅持持久戰爭，動員新生力量，克服困難，準備反攻”。信中一再強調團結，並提醒敵人破壞團結。他相信“國共兩黨之長期團結，必能支持長期戰爭，敵雖凶頑，終必失敗”（全函見《蔣總統秘錄》，頁七十一），十分明顯地表達了兩黨長期合作的願望。
武漢失守後，抗戰進入相持狀態，蔣介石的注意力遂轉移到共黨問題上來。同時，仍在繼續的、秘密進行的蔣日和談，“共同防共”一直是日方必要條件之一。然則，對付共產黨成為蔣介石的一石雙鳥之策，既可滿足除去心腹之患，又可展示對日和談的誠意。一九三九年元月，在重慶召開的國民黨五屆五中全會上，內政的主要議題便是“整理黨務”。蔣介石在會場上做了報告與講話，呼籲“喚醒黨魂”，目的是要國民黨警惕各地共黨競起的“艱險”，以強化國民黨，並於會中通過決議案，確定“防共、限共、溶共”方針，專門設置了“防共委員會”。為了強化黨，大會又決議設置國防最高委員會，以蔣為委員長，獨裁黨政軍大權。會議開過之後，遵從會議的精神，製定了一係列對付共產黨的辦法，諸如《共黨問題處置辦法》、《淪陷區防範共產黨活動辦法草案》、《第八路軍在華北陝北之自由行動應如何處置》、《異黨問題處理辦法》等等。（見《國民黨五屆五中全會紀錄》）抗戰十五個月之後，國民黨再度確定了反共方針，雖不似一九二七年清黨之劇烈，但毛澤東所希望的長期團結與國共合作，自然是虛有其表了。
同年三月，蔣介石又設立了精神總動員會，自兼會長，製定《國民精神總動員綱領》，提倡“精神之改造”，其中所謂“分歧錯雜之思想必須糾正”（見重慶《中央日報》一九三九年三月十二日），矛頭顯然指向中共及共產主義。五月，蔣親自在重慶主持精神總動員誓師大會及遊行。從表麵上看，全國精神總動員為了抗日救國，然觀其要人民“行大孝”、“盡大忠”，而以三民主義為名，行一人一黨獨裁之實，達到“軍政軍令及行政係統之統一”等等，則骨子裏防共實甚於抗日。益知抗戰戰場上呈現退守局麵後，蔣介石已將重心由抗日轉向防共矣。
這一年的十一月下旬，周恩來在延安受傷，電請重慶航空委員會派飛機送莫斯科治療，但航委會無機可派，結果延安請莫斯科派飛機來迎。蔣介石聞之甚怒，“責令航委會一定派機去接送，不許蘇聯機來迎”。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一○三）航委會起初不肯派機，豈非秉承蔣的意誌？及見“偷雞不著將蝕把米”，乃大發脾氣，責令派機，何前倨而後恭也？這件小事足見蔣氏心事之大。
小事之後，即有大事。同年年底，蔣介石就命令胡宗南東自黃河西至甘肅西峰，構築堡壘群，猶如第五次圍剿的工事，以包圍陝甘寧邊區，企圖進取延安。朱德、彭德懷對蔣之軍事準攻，做政治性的反擊，通電全國，指責槍口對內。（電文見《國民參政會實錄》上冊，頁七二四至七二五）一九四o年三月初，中共十八集團軍（即八路軍）參謀長葉劍英到重慶參加會議，報告國共摩擦事實的原因，但蔣介石聽後，避而不答，“一字不提”。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁七一九至七二○）到四月間，蔣主持國民參政會一屆五次會議，才由何應欽做軍事報告，指責延安自組政府，擅設銀行、發行紙幣、擴充軍隊，造成割據，以為“嚴厲製裁”的依據。國共關係至此，自然日見惡化，山西、河南一帶竟發生大規模衝突，中共乃發動政治攻勢。蔣既無法決裂，最後隻好命衛立煌與朱德在洛陽談判。朱德提出共黨合法化、保護《新華日報》、釋放被捕中共人員、停止進攻共軍等要求。這些要求合情合理，蔣雖不可能接受，然在政治上已使他甚感被動的壓力。但他絕不罷休，命陳立夫擬具對策，約有三項：
第一、統一黨內同誌對共產黨問題之認識，使共黨無所施其挑撥離間之技。第二、建立軍事政治根據地，以防範共黨勢力之蔓延，並進而逐漸縮小其占據區域（如魯冀邊區、陝北邊區等）。第三、根絕共黨在後方各省之活動。（唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一三四）
蔣介石按此方案，於一九四○年七月中旬提出“提示案”，亦做“防止案”，要點有四：其一，將陝甘寧邊區改稱陝北行政區，限十八個縣，暫隸中央政府行政院管轄；其二，取消冀察戰區，劃定第十八集團軍及新四軍作戰地區，並入閻錫山的第二戰區，以朱德為副司令長官，秉承軍事委員會命令，指揮作戰；其三，命十八集團軍及新四軍於一個月內，開往規定地區之內；其四，第十八集團軍準編為三軍六師、五個補充團，新四軍準編為兩個師。（參閱蔣介石《蘇俄在中國》）其目的，很顯然是想要嚴格規範共軍活動區域與兵力，爾後加以防堵。然而在抗戰期間，又如何來阻止紅軍的抗日，特別是敵後的活動？此時國際局勢更加不利，越南、緬甸均遭封鎖，使重慶更為孤立。不少人主張重新揭舉孫中山三大政策，聯蘇聯共，朱毛也通電做此要求。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一四三）但蔣寧願走另外一條路，暗中積極進行蔣日和談（參閱本書前一節），國共間矛盾更趨緊張。
一九四○年十月十九日，共軍正在進行百團大戰時，蔣介石忽命何應欽、白崇禧聯名向共軍首領發出皓電，指責共軍不守戰區範圍、自由擴充、不服從中央命令、不打敵人而並吞友軍。據此限令第十八集團軍與新四軍於一個月內開到黃河以北地區，非奉命不得擅自越出地境線外。蔣介石真正的心病則是，新四軍所占地盤是蘇、浙、皖三省的戰略黃金地區，一旦戰爭結束，華東重鎮很可能落入中共手中，當然嚴重關切，一再跟駐渝中共代表周恩來交涉，要新四軍搬家。（參閱孟絕子《蔣介石的報應——顧祝同大屠殺的結果》，頁一至十）一個月後，朱德等共軍將領發表佳電，一麵揭露反共陰謀，向國民黨做政治攻擊；另一方麵表示願將新四軍開往長江以北，向國民黨做軍事讓步。蔣遂於十二月九日以委員長命令發布手令，準予寬展時限，令江南之新四軍限於同月三十一日前開到江北地區，明年一月三十日開往黃河以北地區。在黃河以南之第十八集團軍則限於十二月三十一日開往黃河以北。（手令原跡見《苦心孤詣艱苦卓絕》，頁二二四）可見蔣介石處心積慮要把所有共軍都趕到黃河以北去。到一九四○年十二月下旬，江南的新四軍十萬人馬已大都北移。
然而當剩下的新四軍軍部及三個支隊共約九千餘人準備北移時，如按照顧祝同畫好的路線，就會走入日軍重炮的虎口，於是周恩來向蔣要求改變路線，蔣佯允之，然而於一九四一年元月六日行至茂林一帶時，突遭蔣介石嫡係部隊，由顧祝同、上官雲相所轄的八萬餘眾圍殲，血戰七晝夜之後，僅二千餘人突圍，其餘四千餘人或死或俘。軍長葉挺被俘，參謀長（應是副軍長、政治委員——編者）項英遇害。斯即轟動一時的“皖南事變”。
本來在二年多前，毛澤東從軍事和政治上大處著眼，早已指示新四軍盡快深入敵後，開展獨立自主的遊擊戰爭。周恩來還於一九三九年二月親自向新四軍傳遞“向南鞏固、向東作戰、向北發展”的方針。一九四○年九月十九日，中共中央望葉挺、項英“率部迅即渡江，增援皖東”。三天之後，朱毛又再度電催。但項英舍不得已經建立的根據地，一心想“株守皖南”。當蔣介石、何應欽、白崇禧等急電如火、磨刀霍霍，毛澤東更促葉、項盡速渡江，以皖東為根據地。皓電發後，毛更明言：“如留皖南，須準備打內戰，並蒙受政治上不利，望考慮。”（引自黃開源等撰《皖南事變及其曆史教訓》，《安徽師大學報》（一九八一）三，頁二十）葉、項雖於十月中旬派一個挺進團北上至無為，但仍下不了北移的決心。項英仍屢向中央列舉北渡的困難。同年十一月二十四日，延安又致電葉、項：“你們必須準備於十二月底開動完畢。”十一月三十日，毛又電令葉、項：“現在開始分批移動，十二月底移完。”新四軍到十二月三日才開始移動部分非戰鬥人員，完全不知情況緊急，還夢想要國民黨發餉彈後再開動。最後毛澤東在十二月二十六日複電中，嚴厲批評項英，才於兩天後立即北移，但又選擇了錯誤的北上路線（詳閱同書，頁二十一至二十二），更加延誤時機，並墜入國民黨軍隊的包圍圈之內，於一九四一年元月十四日被殲。
蔣介石本來就想借故消滅新四軍，於發布限期北移手令之翌日，即密令顧祝同部署，若該軍“不遵令北渡，應立即將其解決，勿再寬容”。（見《皖南事變資料選》，頁四○二）十二月二十五日又密令顧祝同、上官雲相：在行動中要特別秘密、迅速，徹底消滅新四軍，不使漏網。一月八日，顧祝同又密令上官雲相，“務嚴令包圍於現地區，限電到十二小時內，一鼓而殲之”。（原件藏南京二檔館）葉挺、項英不明形勢，猶豫不決，不僅坐失突圍的時機，保住實力，而且正中蔣計，慘遭殲滅。
蔣介石原估計需經三個月戰鬥，才能殲滅新四軍，不料前後不過一個多禮拜。論功行賞，三十二集團軍司令上官長官獨得獎賞法幣五萬元（當時一個上校的月薪大約是一百二十元）。一月十七日，蔣興奮之餘，斷然取消新四軍番號，並將葉挺交軍法審判。一月三十日，對此事仍感滿意，在日記上寫道：
解決新四軍案，撤銷其番號，此為國民革命過程中之大事，其性質或甚於民國十五年三月二十日中山艦事件也。見《蔣總統秘錄》，頁二七一七。
他把此事與中山艦事件相提並論，甚有意思，有助於理解中山艦事件的性質，原來都是自我導演的反共狠招。不過，對他而言，皖南事變還不如中山艦事件成功，並沒有把共產黨壓下去，甚至損人損己，完全得不償失。蔣介石自以為得計，卻忘了他以領導抗日的主帥，殲滅了一支於抗日有功的部隊，於理已經有虧。他的軍委會發言人說新四軍叛變，因他們要開往被敵人占領的京、滬、杭三角地區建立根據地，更是自失立場，被毛澤東譏為“替日本帝國主義盡忠”，被扣上外通日寇共同反共的帽子（見《毛澤東選集》第二卷，頁七三四至七三五），給延安提供了一個向重慶做猛烈政治進攻的大題目，令蔣處處被動，一麵要鉗製國內輿論，另一麵又要向蘇、美、英各國解釋，弄得焦頭爛額。特務不準重慶出版的《新華日報》發表新四軍被團殲的新聞，已見心虛，而周恩來在一月十八日報紙第二版開天窗處，僅書：“為江南死難者誌哀”，在第三版開天窗處，題了四言四句：“千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急？”反而轟動重慶，引起對中共更廣泛的同情。國民黨特務查禁報刊、捕打報童，反而愈描愈黑。蔣介石撤銷新四軍番號，更是失策?選撤銷有什麽用？反而把新四軍“解放”了，不再隸屬以蔣為首的國民革命軍序列。毛澤東於撤銷後的第三天，就以中共中央革命軍事委員會名義，命令陳毅代理新四軍軍長。該軍雖被殲滅六千餘人，但在華中與蘇南總共尚有九萬餘人，蔣介石完全管不著了，也不再提調往黃河以北的事了。事實上，毛澤東於皖南事變後，將江南的新四軍加上黃克誠部編了七個師，於一九四一年二月二十八日正式發布命令。不久又在華中建立三個戰略地區，正好讓紅軍在華中地區盡情發展。一九四九年五月，陳毅率領第三野戰軍攻占上海，並出任上海市長，譚震林出任浙江省主席，都是原新四軍人馬。即使在軍事上，蔣也是絕對得不償失的。
在政治上，毛澤東更是針鋒相對，攻勢淩厲。指責國民黨親日派策動反共高xdx潮，欲與日本聯合剿共，“以內戰代抗戰、以投降代獨立、以分裂代團結、以黑暗代光明。其事至險、其計至毒”。（《毛澤東選集》第二卷，頁七三一）這是相當嚴厲的指責，在這樣嚴厲的指責下，難怪蔣介石對日和談常常有心無力了。而毛澤東更進而提出十二條相逼，不僅要求認錯、取消“反動命令”，還要求釋放政治犯、廢止一黨專政、實行民主政治等。最有趣的是，毛還要求蔣“實行三民主義，服從總理遺囑”，表示蔣既未實行，亦未服從。
在中共強大的政治攻勢以及中外輿論壓力下，蔣介石在一月二十七日公開表示，“絕不致因製裁叛逆而引起內戰”，意思是不會為此與中共決裂，並強調不會像汪精衛那樣破壞抗戰，出賣民族，口氣已經改攻為守了。三月一日國民參政院將開幕，中共參政員七人聲稱皖南事變善後辦法未定奪前，拒絕出席，又給蔣介石出了難題。蔣於三月八日會上保證“以後絕無剿共軍事”，並“誠懇地向毛澤東、董必武等參政員勸勉”，並選舉董必武為常駐參政員，以及釋放被國民黨第十六軍扣留的八路軍李華等二十五人。三月十四日蔣還特別請周恩來夫婦吃午飯。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一九八）此一發展促使毛澤東於三月十二日致電周恩來時，徑罵蔣介石“這個大流氓，實際是欺軟怕硬的”。中山艦事件使蔣介石的反共潮得逞，但新四軍事件不僅未得逞，反而更加倒退，他想統一的軍令、政令，更加無望了。
很多人認為皖南事變終結了國共合作，甚至說毛澤東因共產國際壓力才同意抗日統一戰線，正好乘此機會終結，真是笑話?選蔣不要決裂，毛為何要決裂？難道希望蔣日和談成功，聯合起來剿共嗎？毛因皖南事變對重慶做猛烈的政治攻擊，抓住“理”字不放，然而攻擊之餘，他不指名蔣，隻稱“親日派”，而且以“實行三民主義，服從總理遺囑”以及保衛民族國家為說，顯然留下餘地。毛澤東在這場鬥爭中，運籌帷幄而決勝千裏，“有理、有讓、有利”，確是高招。江南一葉的凋零，給延安獲得廣泛的同情與支持，此一政治資本的利息也滾滾而來。
一九四三年五月下旬，共產國際忽然解散，蔣介石以為共產主義完蛋了，乘機再度招降中共，哪知就毛澤東而言，沒有了共產國際，猶如少了一個管頭管腳的“婆婆”，反而成了天外無天的中共首腦，有了最後決定之權，蔣介石又打錯了如意算盤。
國共兩黨曾互吹誰的抗戰功勞大，但有一點國民黨絕對無法比的，那就是抗戰決心。據英文《劍橋中國史》估計，抗戰期間，中央軍投敵部隊多達五十萬人，就在一九四三年投靠敵人的降將就有四十二人之多（cambridgehistoryofchina，vo1.13，pt.2，p.571），而共產黨領導人以及紅軍中沒有一個在抗戰期間降敵或與日本人偷偷談和的，更沒有當漢奸的。這種情況，國民黨又何以自解呢？
國民黨說共軍打國軍，其實是國軍打共軍。蔣介石於戰前沒能消滅紅軍，已感到十分遺憾；戰時見共黨坐大，更是痛心疾首，一心一意想溶共、剿共、滅共。蔣介石於抗戰期間對中共充滿殺機，絕對是事實。之所以如此，因蔣氏原以“紅色將軍”起家，深知共黨之厲害，加上臥榻之旁不容他人酣睡的性格，更加害怕中共會奪取他的政權，故非除之而不快。政治比賽中的“公平競爭”原則，對他而言是笑話。他的戲路老是想“惟我獨尊”，不讓別人在政治比賽中獲勝。但是用“強”的，便會有反彈；強者更是打不倒的，反彈的結果是自己被打倒。
一九六六年，左舜生到台灣來，向李敖說：他在延安時候，見到湖南老鄉毛澤東。毛澤東激越地說：“蔣介石總以為天無二日、民無二主，我‘不信邪’，偏要打出兩個太陽給他看?選”國民黨在日落餘暉的今天，能不能臨終悔悟到太陽不隻一個，沒人相信它會，也許國民黨已自大狂到迷信它是“耀如羿射九日落”中的神性人物，但是，又怎樣呢，九個太陽落了，後羿還不是身死族滅、為天下笑了嗎？“不信邪”是一句道地的湖南話，意即不管三七二十一之謂。左舜生在《萬竹樓隨筆》中也提到，“毛有一股子湖南人的蠻勁”。蔣介石雖然陰險多詐，但是碰到湖南蠻子，也就沒完沒了了。
蔣介石容不了共產黨，然而國共在八年抗戰中沒有完全決裂，主要有兩個原因。其一，在舉國一致抗日的大環境裏，蔣不敢公然大舉剿共，隻能暗中搞。到抗戰後期，剿共的意願雖然增高，但礙於國際觀瞻，不敢貿然動手，仍隻能暗中搞。其二，毛澤東對蔣介石的挑戰，有時針鋒相對、有時退讓，盡量不導致決裂，也就是毛氏所謂既團結又鬥爭的策略。一方麵維持抗日民族統一戰線，統一在中央政府之下，奉蔣介石為最高統帥；另一方麵則維持紅軍及共區的獨立性與自主性，不惜先斬後奏或斬而不奏。因此衝突與矛盾固然不斷，但共產黨不與國民黨決裂，奉行國共合作長期抗戰的既定政治策略。
毛澤東不肯決裂，蔣介石不敢決裂，國共隻好走毛澤東預設的既團結又鬥爭的路。毛擺好棋譜，請蔣來下，自非對手。蔣雖在軍事上占優勢，卻在政治上處處被動，退居劣勢，難怪蔣在一九四○年三月九日記道：“惟共產黨作祟為可恨耳。”（《蔣總統秘錄》，頁二六九二）蔣譴責中共擁兵割據，反動無異封建軍閥，毛一點都不會臉紅，因為中國仍甚封建，要革封建的命，就要有軍隊。所謂“槍杆子出政權”，毛本學自蔣。毛說過：
過去十年的蔣介石是反革命的。為了反革命，他創造了一個龐大的中央軍。有軍則有權，戰爭解決一切。這個基點，他是抓得很緊的。對於這點，我們應向他學習。（辛子陵《毛澤東全傳》第二冊，頁三二三）
西安事變之後，國共合作已如弦上之箭，但蔣介石始終不喜歡“國共合作”的提法，因這種提法根本把國共對等起來，平起平坐，然而他根本不承認共產黨是合法的政黨。他不要聯共，而要溶共，要把共產黨合並於國民黨，猶如軍隊之收編，化掉以後，實現一個黨、一個主義、一個領袖的理想。所以周恩來雖一再向蔣表示國共合作的誠意，蔣總是大剌剌地回答說：“不要提國共合作，隻要提與我合作就行了?選”（參閱嚴如平、鄭則民《蔣介石傳稿》，頁二九三、三六三）
從盧溝橋事變到武漢棄守，蔣介石忙於應付凶猛的日軍進攻，尚無餘力來對付共產黨，國共之間幾乎沒有什麽摩擦。值得注意的是，蔣毛對付日軍進攻的戰略，已見其異。蔣打的是正規的陣地戰，兵力不易集中，麵對敵人強大優勢的火力，常陷於被動挨打，付出慘痛的代價，導致一瀉千裏的大潰退。毛打的則是運動戰，發動廣大人民群眾打遊擊。朱德、彭德懷等共軍將領，掌握機會，深入敵後，建立愈來愈多的抗日根據地，包圍敵人占據的都市與交通要道，易於擾敵，而不易被敵所殲。蔣之正麵作戰與毛之遊擊戰，可謂國共兩黨抗日的戰略配合。此外，在抗戰初期，國共在戰役上配合，贏得平型關之戰的一場勝利。一九三七年的九月裏，日軍第五師團長板垣征四郎決定突破長城防線，進兵山西，向平型關一帶進攻。九月二十二、二十三兩日，展開血戰，傅作義奉第二戰區司令長官閻錫山之命增援，而共軍第一一五師由林彪率領，拊平型關敵軍側背。林彪的機動靈活戰術與傅作義正麵的主力防禦，配合得很好，利用有利地形，設置埋伏，以待進犯之敵。二十五日早晨，一支日軍輜重部隊進入伏擊圈，立遭痛擊，被截斷首尾。至翌日中午殲敵千餘，並切斷日軍交通，有力支援了傅作義的正麵反攻，使日軍第二十一旅團陷入重圍。九月三十日，因板垣大舉增援，各部撤離戰鬥。這一仗可謂國共聯合抗擊日軍的第一仗，也是最後一仗。
從平津、淞滬，到南京失陷，中國軍民雖然犧牲慘重，但抗敵的英勇確實可歌可泣。一九三八年九月二十九日保衛武漢期間，毛澤東特別托周恩來給蔣介石一封親筆函，向蔣“領導全民族進行空前偉大的革命戰爭”，表示崇仰。同時鼓勵蔣“團結全民，鞏固與擴大抗日戰線，堅持持久戰爭，動員新生力量，克服困難，準備反攻”。信中一再強調團結，並提醒敵人破壞團結。他相信“國共兩黨之長期團結，必能支持長期戰爭，敵雖凶頑，終必失敗”（全函見《蔣總統秘錄》，頁七十一），十分明顯地表達了兩黨長期合作的願望。
武漢失守後，抗戰進入相持狀態，蔣介石的注意力遂轉移到共黨問題上來。同時，仍在繼續的、秘密進行的蔣日和談，“共同防共”一直是日方必要條件之一。然則，對付共產黨成為蔣介石的一石雙鳥之策，既可滿足除去心腹之患，又可展示對日和談的誠意。一九三九年元月，在重慶召開的國民黨五屆五中全會上，內政的主要議題便是“整理黨務”。蔣介石在會場上做了報告與講話，呼籲“喚醒黨魂”，目的是要國民黨警惕各地共黨競起的“艱險”，以強化國民黨，並於會中通過決議案，確定“防共、限共、溶共”方針，專門設置了“防共委員會”。為了強化黨，大會又決議設置國防最高委員會，以蔣為委員長，獨裁黨政軍大權。會議開過之後，遵從會議的精神，製定了一係列對付共產黨的辦法，諸如《共黨問題處置辦法》、《淪陷區防範共產黨活動辦法草案》、《第八路軍在華北陝北之自由行動應如何處置》、《異黨問題處理辦法》等等。（見《國民黨五屆五中全會紀錄》）抗戰十五個月之後，國民黨再度確定了反共方針，雖不似一九二七年清黨之劇烈，但毛澤東所希望的長期團結與國共合作，自然是虛有其表了。
同年三月，蔣介石又設立了精神總動員會，自兼會長，製定《國民精神總動員綱領》，提倡“精神之改造”，其中所謂“分歧錯雜之思想必須糾正”（見重慶《中央日報》一九三九年三月十二日），矛頭顯然指向中共及共產主義。五月，蔣親自在重慶主持精神總動員誓師大會及遊行。從表麵上看，全國精神總動員為了抗日救國，然觀其要人民“行大孝”、“盡大忠”，而以三民主義為名，行一人一黨獨裁之實，達到“軍政軍令及行政係統之統一”等等，則骨子裏防共實甚於抗日。益知抗戰戰場上呈現退守局麵後，蔣介石已將重心由抗日轉向防共矣。
這一年的十一月下旬，周恩來在延安受傷，電請重慶航空委員會派飛機送莫斯科治療，但航委會無機可派，結果延安請莫斯科派飛機來迎。蔣介石聞之甚怒，“責令航委會一定派機去接送，不許蘇聯機來迎”。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一○三）航委會起初不肯派機，豈非秉承蔣的意誌？及見“偷雞不著將蝕把米”，乃大發脾氣，責令派機，何前倨而後恭也？這件小事足見蔣氏心事之大。
小事之後，即有大事。同年年底，蔣介石就命令胡宗南東自黃河西至甘肅西峰，構築堡壘群，猶如第五次圍剿的工事，以包圍陝甘寧邊區，企圖進取延安。朱德、彭德懷對蔣之軍事準攻，做政治性的反擊，通電全國，指責槍口對內。（電文見《國民參政會實錄》上冊，頁七二四至七二五）一九四o年三月初，中共十八集團軍（即八路軍）參謀長葉劍英到重慶參加會議，報告國共摩擦事實的原因，但蔣介石聽後，避而不答，“一字不提”。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁七一九至七二○）到四月間，蔣主持國民參政會一屆五次會議，才由何應欽做軍事報告，指責延安自組政府，擅設銀行、發行紙幣、擴充軍隊，造成割據，以為“嚴厲製裁”的依據。國共關係至此，自然日見惡化，山西、河南一帶竟發生大規模衝突，中共乃發動政治攻勢。蔣既無法決裂，最後隻好命衛立煌與朱德在洛陽談判。朱德提出共黨合法化、保護《新華日報》、釋放被捕中共人員、停止進攻共軍等要求。這些要求合情合理，蔣雖不可能接受，然在政治上已使他甚感被動的壓力。但他絕不罷休，命陳立夫擬具對策，約有三項：
第一、統一黨內同誌對共產黨問題之認識，使共黨無所施其挑撥離間之技。第二、建立軍事政治根據地，以防範共黨勢力之蔓延，並進而逐漸縮小其占據區域（如魯冀邊區、陝北邊區等）。第三、根絕共黨在後方各省之活動。（唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一三四）
蔣介石按此方案，於一九四○年七月中旬提出“提示案”，亦做“防止案”，要點有四：其一，將陝甘寧邊區改稱陝北行政區，限十八個縣，暫隸中央政府行政院管轄；其二，取消冀察戰區，劃定第十八集團軍及新四軍作戰地區，並入閻錫山的第二戰區，以朱德為副司令長官，秉承軍事委員會命令，指揮作戰；其三，命十八集團軍及新四軍於一個月內，開往規定地區之內；其四，第十八集團軍準編為三軍六師、五個補充團，新四軍準編為兩個師。（參閱蔣介石《蘇俄在中國》）其目的，很顯然是想要嚴格規範共軍活動區域與兵力，爾後加以防堵。然而在抗戰期間，又如何來阻止紅軍的抗日，特別是敵後的活動？此時國際局勢更加不利，越南、緬甸均遭封鎖，使重慶更為孤立。不少人主張重新揭舉孫中山三大政策，聯蘇聯共，朱毛也通電做此要求。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一四三）但蔣寧願走另外一條路，暗中積極進行蔣日和談（參閱本書前一節），國共間矛盾更趨緊張。
一九四○年十月十九日，共軍正在進行百團大戰時，蔣介石忽命何應欽、白崇禧聯名向共軍首領發出皓電，指責共軍不守戰區範圍、自由擴充、不服從中央命令、不打敵人而並吞友軍。據此限令第十八集團軍與新四軍於一個月內開到黃河以北地區，非奉命不得擅自越出地境線外。蔣介石真正的心病則是，新四軍所占地盤是蘇、浙、皖三省的戰略黃金地區，一旦戰爭結束，華東重鎮很可能落入中共手中，當然嚴重關切，一再跟駐渝中共代表周恩來交涉，要新四軍搬家。（參閱孟絕子《蔣介石的報應——顧祝同大屠殺的結果》，頁一至十）一個月後，朱德等共軍將領發表佳電，一麵揭露反共陰謀，向國民黨做政治攻擊；另一方麵表示願將新四軍開往長江以北，向國民黨做軍事讓步。蔣遂於十二月九日以委員長命令發布手令，準予寬展時限，令江南之新四軍限於同月三十一日前開到江北地區，明年一月三十日開往黃河以北地區。在黃河以南之第十八集團軍則限於十二月三十一日開往黃河以北。（手令原跡見《苦心孤詣艱苦卓絕》，頁二二四）可見蔣介石處心積慮要把所有共軍都趕到黃河以北去。到一九四○年十二月下旬，江南的新四軍十萬人馬已大都北移。
然而當剩下的新四軍軍部及三個支隊共約九千餘人準備北移時，如按照顧祝同畫好的路線，就會走入日軍重炮的虎口，於是周恩來向蔣要求改變路線，蔣佯允之，然而於一九四一年元月六日行至茂林一帶時，突遭蔣介石嫡係部隊，由顧祝同、上官雲相所轄的八萬餘眾圍殲，血戰七晝夜之後，僅二千餘人突圍，其餘四千餘人或死或俘。軍長葉挺被俘，參謀長（應是副軍長、政治委員——編者）項英遇害。斯即轟動一時的“皖南事變”。
本來在二年多前，毛澤東從軍事和政治上大處著眼，早已指示新四軍盡快深入敵後，開展獨立自主的遊擊戰爭。周恩來還於一九三九年二月親自向新四軍傳遞“向南鞏固、向東作戰、向北發展”的方針。一九四○年九月十九日，中共中央望葉挺、項英“率部迅即渡江，增援皖東”。三天之後，朱毛又再度電催。但項英舍不得已經建立的根據地，一心想“株守皖南”。當蔣介石、何應欽、白崇禧等急電如火、磨刀霍霍，毛澤東更促葉、項盡速渡江，以皖東為根據地。皓電發後，毛更明言：“如留皖南，須準備打內戰，並蒙受政治上不利，望考慮。”（引自黃開源等撰《皖南事變及其曆史教訓》，《安徽師大學報》（一九八一）三，頁二十）葉、項雖於十月中旬派一個挺進團北上至無為，但仍下不了北移的決心。項英仍屢向中央列舉北渡的困難。同年十一月二十四日，延安又致電葉、項：“你們必須準備於十二月底開動完畢。”十一月三十日，毛又電令葉、項：“現在開始分批移動，十二月底移完。”新四軍到十二月三日才開始移動部分非戰鬥人員，完全不知情況緊急，還夢想要國民黨發餉彈後再開動。最後毛澤東在十二月二十六日複電中，嚴厲批評項英，才於兩天後立即北移，但又選擇了錯誤的北上路線（詳閱同書，頁二十一至二十二），更加延誤時機，並墜入國民黨軍隊的包圍圈之內，於一九四一年元月十四日被殲。
蔣介石本來就想借故消滅新四軍，於發布限期北移手令之翌日，即密令顧祝同部署，若該軍“不遵令北渡，應立即將其解決，勿再寬容”。（見《皖南事變資料選》，頁四○二）十二月二十五日又密令顧祝同、上官雲相：在行動中要特別秘密、迅速，徹底消滅新四軍，不使漏網。一月八日，顧祝同又密令上官雲相，“務嚴令包圍於現地區，限電到十二小時內，一鼓而殲之”。（原件藏南京二檔館）葉挺、項英不明形勢，猶豫不決，不僅坐失突圍的時機，保住實力，而且正中蔣計，慘遭殲滅。
蔣介石原估計需經三個月戰鬥，才能殲滅新四軍，不料前後不過一個多禮拜。論功行賞，三十二集團軍司令上官長官獨得獎賞法幣五萬元（當時一個上校的月薪大約是一百二十元）。一月十七日，蔣興奮之餘，斷然取消新四軍番號，並將葉挺交軍法審判。一月三十日，對此事仍感滿意，在日記上寫道：
解決新四軍案，撤銷其番號，此為國民革命過程中之大事，其性質或甚於民國十五年三月二十日中山艦事件也。見《蔣總統秘錄》，頁二七一七。
他把此事與中山艦事件相提並論，甚有意思，有助於理解中山艦事件的性質，原來都是自我導演的反共狠招。不過，對他而言，皖南事變還不如中山艦事件成功，並沒有把共產黨壓下去，甚至損人損己，完全得不償失。蔣介石自以為得計，卻忘了他以領導抗日的主帥，殲滅了一支於抗日有功的部隊，於理已經有虧。他的軍委會發言人說新四軍叛變，因他們要開往被敵人占領的京、滬、杭三角地區建立根據地，更是自失立場，被毛澤東譏為“替日本帝國主義盡忠”，被扣上外通日寇共同反共的帽子（見《毛澤東選集》第二卷，頁七三四至七三五），給延安提供了一個向重慶做猛烈政治進攻的大題目，令蔣處處被動，一麵要鉗製國內輿論，另一麵又要向蘇、美、英各國解釋，弄得焦頭爛額。特務不準重慶出版的《新華日報》發表新四軍被團殲的新聞，已見心虛，而周恩來在一月十八日報紙第二版開天窗處，僅書：“為江南死難者誌哀”，在第三版開天窗處，題了四言四句：“千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急？”反而轟動重慶，引起對中共更廣泛的同情。國民黨特務查禁報刊、捕打報童，反而愈描愈黑。蔣介石撤銷新四軍番號，更是失策?選撤銷有什麽用？反而把新四軍“解放”了，不再隸屬以蔣為首的國民革命軍序列。毛澤東於撤銷後的第三天，就以中共中央革命軍事委員會名義，命令陳毅代理新四軍軍長。該軍雖被殲滅六千餘人，但在華中與蘇南總共尚有九萬餘人，蔣介石完全管不著了，也不再提調往黃河以北的事了。事實上，毛澤東於皖南事變後，將江南的新四軍加上黃克誠部編了七個師，於一九四一年二月二十八日正式發布命令。不久又在華中建立三個戰略地區，正好讓紅軍在華中地區盡情發展。一九四九年五月，陳毅率領第三野戰軍攻占上海，並出任上海市長，譚震林出任浙江省主席，都是原新四軍人馬。即使在軍事上，蔣也是絕對得不償失的。
在政治上，毛澤東更是針鋒相對，攻勢淩厲。指責國民黨親日派策動反共高xdx潮，欲與日本聯合剿共，“以內戰代抗戰、以投降代獨立、以分裂代團結、以黑暗代光明。其事至險、其計至毒”。（《毛澤東選集》第二卷，頁七三一）這是相當嚴厲的指責，在這樣嚴厲的指責下，難怪蔣介石對日和談常常有心無力了。而毛澤東更進而提出十二條相逼，不僅要求認錯、取消“反動命令”，還要求釋放政治犯、廢止一黨專政、實行民主政治等。最有趣的是，毛還要求蔣“實行三民主義，服從總理遺囑”，表示蔣既未實行，亦未服從。
在中共強大的政治攻勢以及中外輿論壓力下，蔣介石在一月二十七日公開表示，“絕不致因製裁叛逆而引起內戰”，意思是不會為此與中共決裂，並強調不會像汪精衛那樣破壞抗戰，出賣民族，口氣已經改攻為守了。三月一日國民參政院將開幕，中共參政員七人聲稱皖南事變善後辦法未定奪前，拒絕出席，又給蔣介石出了難題。蔣於三月八日會上保證“以後絕無剿共軍事”，並“誠懇地向毛澤東、董必武等參政員勸勉”，並選舉董必武為常駐參政員，以及釋放被國民黨第十六軍扣留的八路軍李華等二十五人。三月十四日蔣還特別請周恩來夫婦吃午飯。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，頁一九八）此一發展促使毛澤東於三月十二日致電周恩來時，徑罵蔣介石“這個大流氓，實際是欺軟怕硬的”。中山艦事件使蔣介石的反共潮得逞，但新四軍事件不僅未得逞，反而更加倒退，他想統一的軍令、政令，更加無望了。
很多人認為皖南事變終結了國共合作，甚至說毛澤東因共產國際壓力才同意抗日統一戰線，正好乘此機會終結，真是笑話?選蔣不要決裂，毛為何要決裂？難道希望蔣日和談成功，聯合起來剿共嗎？毛因皖南事變對重慶做猛烈的政治攻擊，抓住“理”字不放，然而攻擊之餘，他不指名蔣，隻稱“親日派”，而且以“實行三民主義，服從總理遺囑”以及保衛民族國家為說，顯然留下餘地。毛澤東在這場鬥爭中，運籌帷幄而決勝千裏，“有理、有讓、有利”，確是高招。江南一葉的凋零，給延安獲得廣泛的同情與支持，此一政治資本的利息也滾滾而來。
一九四三年五月下旬，共產國際忽然解散，蔣介石以為共產主義完蛋了，乘機再度招降中共，哪知就毛澤東而言，沒有了共產國際，猶如少了一個管頭管腳的“婆婆”，反而成了天外無天的中共首腦，有了最後決定之權，蔣介石又打錯了如意算盤。