俞谘皋
字克邁，俞大猷之子。
明·萬曆三十七年（16o9年）中武舉，因父功襲衛指揮僉事，治軍海壇（今平潭），後累官至福建總兵。
荷蘭殖民者侵占澎湖
明·萬曆卅一年（16o3年），荷蘭殖民者次派軍艦侵入澎湖列島；萬曆卅二年（16o4年）被明軍驅逐。
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：
“萬曆廿九年（16o1年），有海澄人李錦及奸商潘秀、郭震久居外夷，語其酋曰：‘若欲通貢市，無如漳州者。漳南有澎湖嶼，去海遠，誠得此，貢市不難成也。''酋曰：“若守土官何？”曰：“稅使高采嗜金甚，若厚賄之，彼特疏上聞，事必諧矣。”酋曰：“善。”錦乃代為國書移采，俾秀、震齎以進。守將陶拱聖大駭，係秀於獄，震逸去。
初，秀與酋約，如有成議，當遣舟相聞；而酋急不能待，卅一年（16o3年）七月，即駕大艦直抵澎湖。時汛兵已撤，遂登6伐木築舍，為久居計。
（萬曆卅二年，16o4年）會總兵施德政，令都司沈有容將兵往諭。有容負膽智，大聲論說；夷人露刃相詰，有容無所懾，盛氣與辯。酋心折曰：‘我從不聞此言。''時撫按嚴禁姦民接濟，酋乃去。”
萬曆三十七年（16o9年），荷蘭又侵入澎湖。連橫《台灣通史·卷13·軍備誌》載：“萬曆三十七年（16o9年），荷人突入澎湖，嗣為總兵俞谘皋所逐。”
天啟二年（1622年）六月（公曆7月），荷蘭殖民者再度派遣遠征艦隊司令（提督）雷爾生，或譯作“雷約茲”）率領軍艦8艘（一說17艘），兵力2ooo人，從馬宮（今馬公）附近的紅木埕登6，入侵澎湖列島，擄掠漁船6oo多艘，並役使當地居民15oo人，修築了4座城堡和許多炮台。被虐死者達12oo多人，剩下僥幸沒死的也被運到印尼爪哇賣作奴隸。
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：“天啟二年，外寇據澎湖。”“萬曆末，外夷複入北港（屬台灣島）；天啟二年，出據澎湖，築城守之；又泊船風匱仔尾，出沒浯嶼、東澱間；海寇李旦複助之，海濱戒嚴。”
另有史料曰：“天啟二年，荷蘭出據澎湖，築城守之，意求互市。守土官懼禍，說以毀城遠徙，即許互市。紅毛從之，毀其城，移舟去。巡撫商周祚以遵諭遠徙上聞，然其據台灣者自若也。已而互市不成，紅毛怨，複築城，掠漁舟六百餘，俾華人運土石助築。尋犯廈門，官軍禦之，俘斬數人，乃詭詞求款。再許毀城遠徙，而修築如故。已又泊舟風櫃仔尾，出沒浯嶼、白坑、東椗、莆頭、古雷、洪嶼、沙洲、甲洲間。而海寇李旦複助之。濱海郡邑戒嚴。”
連橫 《台灣通史·卷13·軍備誌》載：“天啟二年，（荷蘭）複至，戍兵已撒，遂踞而有之。”“天啟二年，荷將高文律乘戍兵單薄，以十餘舟入澎湖，據焉。因山為城，環海為池，破浪長驅，肆毒漳、泉。”
荷蘭殖民者占據澎湖後，一麵不斷要脅與福建互市（通商貿易）；一麵又勾結海盜，騷擾廈門、海澄一帶。
福建巡撫商周祚屢屢曉諭雷爾生，提議荷蘭人退出澎湖遷往台灣來交換通商。據英國東印度公司檔案1923年（天啟三年）公曆2月23日由batavia寄呈董事會之信件稱：“中國使節向荷蘭人提議：荷蘭人如願放棄澎湖群島，而遷往台灣，則可準其通商。該公使亦曾向我方提議，如我方願往台灣，亦可同樣通商。” 但荷蘭人因已在澎湖打下根基，雷爾生依仗著強悍的武力，不肯退讓。
部議出兵
天啟三年（1624年），繼任福建巡撫南居益派遣使者至南洋爪哇巴達維亞城，與荷蘭東印度公司論理。荷人竟口吐狂言，威脅說，已大集戰艦澎湖群島，如若中國朝廷不允其駐紮該島，便兵戈相見。
南居益親自視察海域，派俞谘皋、守備王夢熊等人帶領軍隊先後在銅山（今福建東山）、廈門鼓浪嶼海麵擊敗來犯的荷蘭海盜船，活捉而論那、牛文來律等七十名。並於天啟三年（1623年）九月五日施行“海禁”。
福建巡撫南居益見荷蘭人“築城澎湖為持久計”，知道非以武力驅逐不可，態度轉為強硬，召福建總兵俞谘皋商議後，決定采取武力對抗。
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：“天啟四年（1624年），巡撫南居益上言：‘番船五艘複至，與風匱仔船合凡十一艘，其勢愈熾，聲言該國已大集戰艘，議聚澎湖求互市。若不見許，必至構兵。為今日計，非用兵不可''；因列上調兵足餉方略。部議從之。”
另有資料載：“先是，居益上言：‘臣入境以來，聞番船五艘複至，與風櫃仔船合凡十有一艘，其勢愈熾。有小校陳士瑛者，先遣往咬吧宣諭其王，至三角嶼，遇紅毛船，言咬吧王已往阿南國，因與士瑛偕至大泥謁其王。王言：咬吧國主已大集戰艦，議往澎湖求互市；若不見許，必至構兵。蓋阿南即紅毛番國，而咬吧、大泥與之合謀，必不可以理論。為今日計，非用兵不可。''因列上調兵足餉方略，部議從之。”
誓師渡海出擊
天啟四年（1624年）正月初二日(公曆2月8日)正式誓師，南居益親自浮海至金門，下令渡海出擊澎湖。
總兵俞谘皋、守備王夢熊統率戰船4o多艘、兵卒2ooo人，以迅雷不及掩耳之勢直逼澎湖，經由列島北部的吉貝嶼，一舉拿下澎湖要衝鎮海港，邊築城邊戰鬥。荷軍突遭猛擊，由媽宮嶼倉皇退到西南部的風櫃尾嶼，企圖死守。
明·《熹宗實錄》載：“天啟四年正月初二日，繇吉貝突入鎮海港，且擊且築，壘一石城為營。屢出奮攻，各有斬獲，夷退守風櫃一城。”
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》亦載：“（天啟四年）正月，遣將先城鎮海港，且築且戰。番人退守風匱城。”
風櫃尾嶼三麵環海，6上則與蒔上嶼一線可通，荷軍於此嶼掘溝列艦，嚴加防守。俞谘皋奪取媽宮嶼後，繼續攻擊風櫃尾嶼。然風櫃尾荷軍炮台堅固如鐵，久攻不下。
第二次增兵
俞谘皋向南居益建議，應另以明軍兵船攻擊荷船，取得海上優勢，大軍方可登6。南居益見大明海上軍力不若荷蘭人，將打敗荷蘭人的重責大任寄托在鄭芝龍身上，於是招安鄭芝龍等，授以官職，命其牽製荷艦。
南居益請調精兵增援，並親臨海上督師。先行攻擊敵艦，以戰船、火船、舢板等將荷軍巨艦團團包圍，荷艦被擊沉、擊傷，逃上風櫃尾，龜縮於炮台中，負隅頑抗。明船一接近白沙灣，荷蘭軍艦便施以炮擊，若離開，荷艦則不予追擊，俞谘皋無計可施。
《明·熹宗實錄》載：“是月，南院二次策應舟師，委加銜都司顧思忠等統領至彭湖鎮海會齊，嗣是攻打無虛，而夷猶然不去。”
第三次增兵
到五月，澎湖仍未攻下來，荷蘭人仍在堅守。明軍不得不派出第二次增援部隊1oo多艘戰船，增兵至1oooo人，對荷蘭侵略軍形成包圍之勢，準備一舉攻下澎湖。
《明·熹宗實錄》載：“南軍門慮師老財匱，於四月內又行巡海二道，親曆海上，會同漳、泉二道，督第三次接應舟師。委海道孫國禎，督同水標劉遊擊、彭湖把總洪際元、洪應鬥駕船，於五月二十八日到娘媽宮前……”
僵持
當時與荷蘭人私下貿易的海商海盜團夥都在躍躍欲試想要支援荷蘭人，他們正在聚集在澎湖海域上。俞谘皋曾就此事向南居益報告說：“今倭夷連和，奸盜黨附，我孤軍渡澎，賓主倒置，利害判於斯須，勝負殊難期必。事急矣！”
六月十五日(公曆7月29日)，在得到新來的火銃部隊支援後，俞谘皋率軍再次起總攻，一直打到風櫃仔的紅毛城下，用大炮轟擊城堡，並斷絕城內水源，然後又成僵持狀態
議和
夏，荷蘭提督雷爾生辭職，宋克(martinus sonck，或譯作孫克)繼任荷蘭艦隊司令。
公曆8月3日，宋克抵達澎湖，他現形勢已十分嚴峻。據當時荷蘭人寫的《巴達維亞日記》(村上直次郎譯注、中村孝誌校注，東京平凡社，1974年)載，宋克報告說：“白沙島駐有中**約四千人與兵船一百五十艘，以後兵數逐漸增加，至是月中旬，增至一萬，進出澎湖島。荷蘭人雖將台窩灣（今台灣安平）之砦破壞，調回其守備兵，然白人不過八百五十人，其中少年兵有一百十一人，病人亦屬不少，到底難以對抗。”
當時明軍堅持戰鬥的決心已使宋克對局勢有更深刻的認識，而且明軍擁有1o：1的人力優勢！《巴達維亞日記》載：宋克承認“中國人不但擁有一萬人及包括戰船、擊沉船、火船等合計戎克船二百艘，而且中國對我方有令人難以置信之戎克船兵士等大量準備，蓋戰爭係奉中國國王之特命所行……我們若不肯離開，他們訴諸武力，直到將我們從澎湖島逐出中國境外為止”。所以，宋克認為荷蘭方麵沒有派來支援力量，自己部隊再繼續戰鬥下去已沒有希望了，必須談判解決這場衝突。
當時，明朝政府正麵臨農民大起義和東北滿族力量日益強大的威脅，無力顧及台灣防務，鏖戰八個月後，明朝已支出軍費十七萬七千餘兩，造成財政困難；而荷蘭亦麵臨孤立無援的窘境。
七月初二日(公曆8月15日)，在中國海商李旦的斡旋下，宋克乃與明軍主帥（總兵）俞谘皋進行和談。
《巴達維亞城日記》紀錄當時達成荷蘭退軍的條件是： 1荷蘭從澎湖島撤離 ； 2明朝對荷蘭占領台灣不表異議 ；3 保障荷蘭與中國通商 。
中國的文獻雖然都隻提到荷人撤軍是南居益力戰之功，是荷軍“食盡計窮，始悔過乞降，拆城夜遁”、“彭湖信地，仍歸版圖”，但也留下默許荷軍占領台灣的蜘絲馬跡。顧祖禹【讀史方輿記要·卷99】提到：“總兵俞谘皋者，用間移紅夷於北港(台灣地名)，乃複得澎湖。”說明雙方約以荷蘭如放棄澎湖，則明朝對其占領台灣不表異議。
此舉反映出明人缺乏對台灣的主權意識。經長期閉關自守、實施海禁之後，明人不了解國際情勢的轉變，心目中仍隻有澎湖，明初洪武帝實施海禁，裁撤澎湖巡檢司，強迫澎湖居民遷往內地，與台灣聯係的機會大為降低。明·給事中何楷疏《春明夢餘錄》的記載，就反映了一般明朝官員的觀念：“台灣在澎湖島外，水路距漳、泉約兩日夜?其地廣衍高腴，可比一大縣；中國版圖所不載?”所以明朝統治階層認為台灣既然不在版圖之內，被荷蘭人先占了也無關緊要。
從現有史料看，同意荷蘭人對台灣的占領，隻是俞谘皋等地方官員的私下承諾，未經上報朝廷批準。
《巴達維亞城日記》記載，荷蘭人占領台灣後不久，就同日本人生衝突，因為日本人反對向他交納關稅。在爭執中，荷蘭人指出：“台灣土地不屬於日本人，而是屬於中國皇帝，中國皇帝已將土地賜予東印度公司，作為我們從澎湖撤退的條件”，現在東印度公司已成為主人，日本人應當向他們納稅。從這些話可以看出，當時荷蘭人承認台灣是中國領土，但他們說中國皇帝已將土地賜予他們，則不是事實。因為那是俞谘皋等地方官員的私下承諾，未經上報朝廷批準。所以《巴達維亞城日記》又指出：“中國人已獲準前往台灣(指安平)與我方貿易，但宮廷並未公開許可，而軍門、都督及大官則予以默許。”。從日記還可看出，當時隻答應台南的安平港，並沒有答應整個台灣。
荷蘭人撤離澎湖
七月初三日(公曆8月16日)，明軍大兵，南居益命謝隆儀、俞谘皋、王夢熊三路齊進，直逼夷城，荷蘭人不得不同意撤離。
《明實錄閩海關係史料》述：“初三日，我兵（明軍）直逼夷城（馬公），改分兵三路齊進；而夷恐甚，高文律隨豎白旗，差通事同夷目至娘馬宮哀稟……並無作歹；乞緩進師，容運糧米上船，即拆城還城。孫海道（孫國禎）恐攻急，彼必死鬥，不如先複信地後一網盡之為穩，姑許之。”
七月十三日（公曆8月26日），荷蘭人開始拆城，將建築材料、大米、武器及其他財物轉移至“大員”(荷人稱之為tayouan—“台窩灣”，今台灣安平)，攜同駐台灣第一任長官馬蒂孫克從鹿耳門（今安平港口，時荷蘭人稱為a1vis been)登6，建立新的商務據點。
《明實錄閩海關係史料》述：“夷果於十三日拆起，運米下船；止東門大樓三層為舊高文律所居，尚留戀不忍。乃督王夢熊等直抵風櫃，盡行拆毀。夷船十三隻，俱向東番（台灣）遁去。”
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：“居益大兵，命總兵俞谘皋督諸軍齊進。寇勢窘，兩遣使求援兵，容雲米入舟即去。諸將許之，遂揚帆去。獨渠帥高文律（或譯作“葛溫津”）十二人據高樓自守，諸將悉力破擒之，獻俘於朝。澎湖之警以息。”
從此荷蘭退出澎湖，轉進台灣，開始在台灣南部三十八年的盤踞，徹底改變了台灣的曆史命運。《康熙戡定台灣記》論及：“荷蘭紅毛夷求香山、求澎湖於中國而不得，乃以重幣啖倭，求台灣一互市地。”
此戰明軍三次增兵，戰事拖延了八個月時間，擁有1o倍於敵的兵力卻始終不能攻占荷蘭人的要塞，最後以圍困戰術逼退荷蘭人。這次戰役海上交鋒的事跡幾乎沒有，明軍揚長避短以自己的優勢6軍來決定戰鬥勝負，在戰爭計謀方麵做的不錯，總算收回了澎湖。但是由於朝政**軍備鬆弛的情況已經表露出來很多了。
分兵防守澎湖
連橫《台灣通史·卷13·軍備誌》載：
“總兵俞谘皋逐之，乃複澎湖，築城暗澳，高丈有七，厚丈有八，東西南各辟一門，北設炮台，內蓋衙宇，建營房，鑿井駐兵，以控製媽宮。媽宮之左為風櫃山，高七八尺。荷人鑿其中，壘土若雉堞，毀之。
分軍以戍，與案山、西垵相犄角，東為嵵上澳、豬母落水。當南之衝，舊有舟師戍之，亦築銃城，以防橫突。西為西嶼，北為北山墩，又北為太武，稍卑為赤嵌，循港而進為鎮海港，壘城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷製盜
天啟五年（1625年），有海寇“偽用寬和年號，元帥、將軍等旗幟，自稱紅夷第一哨，連入犯。”
天啟六年（1626年），浙江海麵出現“海寇林七老等糾合紅夷，偽稱王號，揚帆海麵，禦貨殺敵。”
天啟六年（1626年）十一月，閩廣沿海一帶海寇招徒結黨，稱王稱國，其中以楊六、蔡三、鍾六等最為雄強。福建與廣東海軍南北夾攻，於是蔡三走日本，鍾六赴東番，而楊六率三千多人、大小戰船七十二艘，向福建總兵俞谘皋乞降，願討賊自效。
天啟年間，鄭芝龍集團在台灣建立了基地後，想直接在大6沿海有個基地展貿易，曾多次打擊福建沿海的明軍，突襲金、廈明軍水師，還在同安境內豎旗招兵，幾日內招到幾千人。
福建官員無奈中又想起了“以夷製盜”的招數。福建巡撫朱一馮圖謀與荷蘭人勾結，“以夷攻賊”，消滅鄭芝龍的海上勢力。
天啟七年(1627年)，福建總兵俞谘皋主持的“以夷製盜”政策開始執行。他以書麵允諾荷蘭人一定可以獲得皇帝的準許與中過貿易，派人勾引他們出兵攻打鄭芝龍。
天啟七年（1627年）十月，荷蘭駐台第二任長官韋特見機不可失，便拚湊所有在台船艦士兵，開往福建銅山島攻打鄭軍。鄭芝龍對官夷勾結很惱火，毫不留情予以還擊，出動“火船”攻擊荷蘭艦隊。荷蘭韋特司令臨陣脫逃，不一炮，便率領二艘軍艦逃返巴達維亞。雙方海戰，鄭芝龍燒毀荷蘭快艇奧沃克號，捕獲西卡佩爾號等四艘艦船。這次海戰，是荷蘭殖民者第一次以台灣為基地進犯大6，但以慘敗告終，“不得不退卻”。
當月，鄭芝龍、鍾斌緩過手後，以總兵俞谘皋勾夷激之為由，迅即破海澄，入中左所（今廈門）。鄭船甚眾，遍於漳、泉，谘皋度不支，越城宵遁回郡（泉州）。或曰：芝龍故有求撫之意，欲微達於明兵，乃舍先春不追，獲盧遊擊不殺；又自舊鎮進至中左所，督帥俞谘皋戰敗，縱之走。鄭軍將明金廈水師的船隻一把火統統燒了，“全閩為之震動”。
從此，鄭芝龍掌握了台灣海峽福建一邊的製海權，荷蘭船隻不敢駛近福建海岸，一出現人、船就要被截獲，而明朝水師更是退縮到港口內。
為鄭芝龍事下獄、革職
《明史·列傳148·熊文燦》載：“熊文燦……崇禎元年起福建左布政使。三月，就拜右僉都禦史，巡撫其地。海上故多劇盜，袁進、李忠既降，楊六、楊七及鄭芝龍繼起。總兵官俞谘皋招六、七降，芝龍猖獗如故。然芝龍常敗都司洪先春，釋不追；獲一遊擊，不殺；谘皋戰敗，縱之走。當事知其可撫，遣使諭降之。”
鄭芝龍屢破官兵，占領中左所（今廈門）後，已經坐大，成為一支官府無法控製的力量。當時，將全部罪過歸之於俞谘皋。
初，巡撫朱欽相招撫海寇楊六、楊七等，鄭芝龍求返內地，楊六紿其金不為通，鄭芝龍遂流劫海上。
《國榷》載：“天啟六年七月己亥，福建總兵俞谘皋議撫海寇楊祿（楊六）、楊策（楊七）等，撫按皆從之。自是，賊日甚。”
《長編》載：“崇禎元年正月己醜，時閩寇鄭芝龍猖獗海上，閩人多言閩帥俞谘皋實致之。”
《漳州府誌·卷27·宦績4·明把總·蔡以藩》載：“蔡以藩，泉州人……崇禎間，授海澄營把總。視師甫三日，賊入寇……援絕，以藩力戰死。……澄人相率詣郡，請立祠以表忠魂。郡守施邦曜署其牘曰：‘坐以藩香火堂上而塑二逃帥俞谘皋、陳文跪於庭。''事隨不果，正自有關風教，人傳以為美談。”
崇禎元年（1628年）正月，工科給事中顏繼祖彈劾俞谘皋。
疏曰：“海盜鄭芝龍生長於泉（泉州），聚徒數萬，劫富施貧，民不畏官而畏盜。總兵俞谘皋招撫之議，實飽賊囊。舊撫朱欽相聽其收海盜楊六、楊七以為用。夫撫寇之後，必散於原籍。而谘皋招之海，即置之海，今日受撫，明日為寇。昨歲中左所之變，楊六、楊七杳然無蹤，谘皋始縮舌無辭，故閩帥（俞谘皋）不可不去也。”
又曰：“錢神有靈，冰山足倚，聽強寇蹂躪內地同安、海澄間，故閩帥不可不去。”
疏入，逮谘皋下於大理寺。
《明史·列傳139·錢龍錫》載：“莊烈帝（思宗·朱由檢）即位……海寇犯中左所，總兵官俞谘皋棄城遁，罪當誅。”
三月，福建巡撫朱一馮罷官，由熊文燦接任；俞谘皋本擬死罪，後免死，革去世襲軍職。
崇禎元年（1628年）十一月刑科給事中劉斯淶為朱一馮鳴不平時，盡管是年九月鄭芝龍已受撫於新任巡撫熊文燦，仍將罪過歸於俞谘皋。“言：‘八閩寇亂，肇自俞谘皋而借撫修剿，舊撫朱欽相實多苦心，何以有薏苡之疑？朱一馮受事於庫藏如洗之日，指臂不靈，姑以病請，何以坐規避之條？以身危奉上之撫臣，反代逐賊脫逃之穢並分過，又寧有為國家任事者乎！''帝責其代辯，不聽。”
字克邁，俞大猷之子。
明·萬曆三十七年（16o9年）中武舉，因父功襲衛指揮僉事，治軍海壇（今平潭），後累官至福建總兵。
荷蘭殖民者侵占澎湖
明·萬曆卅一年（16o3年），荷蘭殖民者次派軍艦侵入澎湖列島；萬曆卅二年（16o4年）被明軍驅逐。
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：
“萬曆廿九年（16o1年），有海澄人李錦及奸商潘秀、郭震久居外夷，語其酋曰：‘若欲通貢市，無如漳州者。漳南有澎湖嶼，去海遠，誠得此，貢市不難成也。''酋曰：“若守土官何？”曰：“稅使高采嗜金甚，若厚賄之，彼特疏上聞，事必諧矣。”酋曰：“善。”錦乃代為國書移采，俾秀、震齎以進。守將陶拱聖大駭，係秀於獄，震逸去。
初，秀與酋約，如有成議，當遣舟相聞；而酋急不能待，卅一年（16o3年）七月，即駕大艦直抵澎湖。時汛兵已撤，遂登6伐木築舍，為久居計。
（萬曆卅二年，16o4年）會總兵施德政，令都司沈有容將兵往諭。有容負膽智，大聲論說；夷人露刃相詰，有容無所懾，盛氣與辯。酋心折曰：‘我從不聞此言。''時撫按嚴禁姦民接濟，酋乃去。”
萬曆三十七年（16o9年），荷蘭又侵入澎湖。連橫《台灣通史·卷13·軍備誌》載：“萬曆三十七年（16o9年），荷人突入澎湖，嗣為總兵俞谘皋所逐。”
天啟二年（1622年）六月（公曆7月），荷蘭殖民者再度派遣遠征艦隊司令（提督）雷爾生，或譯作“雷約茲”）率領軍艦8艘（一說17艘），兵力2ooo人，從馬宮（今馬公）附近的紅木埕登6，入侵澎湖列島，擄掠漁船6oo多艘，並役使當地居民15oo人，修築了4座城堡和許多炮台。被虐死者達12oo多人，剩下僥幸沒死的也被運到印尼爪哇賣作奴隸。
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：“天啟二年，外寇據澎湖。”“萬曆末，外夷複入北港（屬台灣島）；天啟二年，出據澎湖，築城守之；又泊船風匱仔尾，出沒浯嶼、東澱間；海寇李旦複助之，海濱戒嚴。”
另有史料曰：“天啟二年，荷蘭出據澎湖，築城守之，意求互市。守土官懼禍，說以毀城遠徙，即許互市。紅毛從之，毀其城，移舟去。巡撫商周祚以遵諭遠徙上聞，然其據台灣者自若也。已而互市不成，紅毛怨，複築城，掠漁舟六百餘，俾華人運土石助築。尋犯廈門，官軍禦之，俘斬數人，乃詭詞求款。再許毀城遠徙，而修築如故。已又泊舟風櫃仔尾，出沒浯嶼、白坑、東椗、莆頭、古雷、洪嶼、沙洲、甲洲間。而海寇李旦複助之。濱海郡邑戒嚴。”
連橫 《台灣通史·卷13·軍備誌》載：“天啟二年，（荷蘭）複至，戍兵已撒，遂踞而有之。”“天啟二年，荷將高文律乘戍兵單薄，以十餘舟入澎湖，據焉。因山為城，環海為池，破浪長驅，肆毒漳、泉。”
荷蘭殖民者占據澎湖後，一麵不斷要脅與福建互市（通商貿易）；一麵又勾結海盜，騷擾廈門、海澄一帶。
福建巡撫商周祚屢屢曉諭雷爾生，提議荷蘭人退出澎湖遷往台灣來交換通商。據英國東印度公司檔案1923年（天啟三年）公曆2月23日由batavia寄呈董事會之信件稱：“中國使節向荷蘭人提議：荷蘭人如願放棄澎湖群島，而遷往台灣，則可準其通商。該公使亦曾向我方提議，如我方願往台灣，亦可同樣通商。” 但荷蘭人因已在澎湖打下根基，雷爾生依仗著強悍的武力，不肯退讓。
部議出兵
天啟三年（1624年），繼任福建巡撫南居益派遣使者至南洋爪哇巴達維亞城，與荷蘭東印度公司論理。荷人竟口吐狂言，威脅說，已大集戰艦澎湖群島，如若中國朝廷不允其駐紮該島，便兵戈相見。
南居益親自視察海域，派俞谘皋、守備王夢熊等人帶領軍隊先後在銅山（今福建東山）、廈門鼓浪嶼海麵擊敗來犯的荷蘭海盜船，活捉而論那、牛文來律等七十名。並於天啟三年（1623年）九月五日施行“海禁”。
福建巡撫南居益見荷蘭人“築城澎湖為持久計”，知道非以武力驅逐不可，態度轉為強硬，召福建總兵俞谘皋商議後，決定采取武力對抗。
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：“天啟四年（1624年），巡撫南居益上言：‘番船五艘複至，與風匱仔船合凡十一艘，其勢愈熾，聲言該國已大集戰艘，議聚澎湖求互市。若不見許，必至構兵。為今日計，非用兵不可''；因列上調兵足餉方略。部議從之。”
另有資料載：“先是，居益上言：‘臣入境以來，聞番船五艘複至，與風櫃仔船合凡十有一艘，其勢愈熾。有小校陳士瑛者，先遣往咬吧宣諭其王，至三角嶼，遇紅毛船，言咬吧王已往阿南國，因與士瑛偕至大泥謁其王。王言：咬吧國主已大集戰艦，議往澎湖求互市；若不見許，必至構兵。蓋阿南即紅毛番國，而咬吧、大泥與之合謀，必不可以理論。為今日計，非用兵不可。''因列上調兵足餉方略，部議從之。”
誓師渡海出擊
天啟四年（1624年）正月初二日(公曆2月8日)正式誓師，南居益親自浮海至金門，下令渡海出擊澎湖。
總兵俞谘皋、守備王夢熊統率戰船4o多艘、兵卒2ooo人，以迅雷不及掩耳之勢直逼澎湖，經由列島北部的吉貝嶼，一舉拿下澎湖要衝鎮海港，邊築城邊戰鬥。荷軍突遭猛擊，由媽宮嶼倉皇退到西南部的風櫃尾嶼，企圖死守。
明·《熹宗實錄》載：“天啟四年正月初二日，繇吉貝突入鎮海港，且擊且築，壘一石城為營。屢出奮攻，各有斬獲，夷退守風櫃一城。”
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》亦載：“（天啟四年）正月，遣將先城鎮海港，且築且戰。番人退守風匱城。”
風櫃尾嶼三麵環海，6上則與蒔上嶼一線可通，荷軍於此嶼掘溝列艦，嚴加防守。俞谘皋奪取媽宮嶼後，繼續攻擊風櫃尾嶼。然風櫃尾荷軍炮台堅固如鐵，久攻不下。
第二次增兵
俞谘皋向南居益建議，應另以明軍兵船攻擊荷船，取得海上優勢，大軍方可登6。南居益見大明海上軍力不若荷蘭人，將打敗荷蘭人的重責大任寄托在鄭芝龍身上，於是招安鄭芝龍等，授以官職，命其牽製荷艦。
南居益請調精兵增援，並親臨海上督師。先行攻擊敵艦，以戰船、火船、舢板等將荷軍巨艦團團包圍，荷艦被擊沉、擊傷，逃上風櫃尾，龜縮於炮台中，負隅頑抗。明船一接近白沙灣，荷蘭軍艦便施以炮擊，若離開，荷艦則不予追擊，俞谘皋無計可施。
《明·熹宗實錄》載：“是月，南院二次策應舟師，委加銜都司顧思忠等統領至彭湖鎮海會齊，嗣是攻打無虛，而夷猶然不去。”
第三次增兵
到五月，澎湖仍未攻下來，荷蘭人仍在堅守。明軍不得不派出第二次增援部隊1oo多艘戰船，增兵至1oooo人，對荷蘭侵略軍形成包圍之勢，準備一舉攻下澎湖。
《明·熹宗實錄》載：“南軍門慮師老財匱，於四月內又行巡海二道，親曆海上，會同漳、泉二道，督第三次接應舟師。委海道孫國禎，督同水標劉遊擊、彭湖把總洪際元、洪應鬥駕船，於五月二十八日到娘媽宮前……”
僵持
當時與荷蘭人私下貿易的海商海盜團夥都在躍躍欲試想要支援荷蘭人，他們正在聚集在澎湖海域上。俞谘皋曾就此事向南居益報告說：“今倭夷連和，奸盜黨附，我孤軍渡澎，賓主倒置，利害判於斯須，勝負殊難期必。事急矣！”
六月十五日(公曆7月29日)，在得到新來的火銃部隊支援後，俞谘皋率軍再次起總攻，一直打到風櫃仔的紅毛城下，用大炮轟擊城堡，並斷絕城內水源，然後又成僵持狀態
議和
夏，荷蘭提督雷爾生辭職，宋克(martinus sonck，或譯作孫克)繼任荷蘭艦隊司令。
公曆8月3日，宋克抵達澎湖，他現形勢已十分嚴峻。據當時荷蘭人寫的《巴達維亞日記》(村上直次郎譯注、中村孝誌校注，東京平凡社，1974年)載，宋克報告說：“白沙島駐有中**約四千人與兵船一百五十艘，以後兵數逐漸增加，至是月中旬，增至一萬，進出澎湖島。荷蘭人雖將台窩灣（今台灣安平）之砦破壞，調回其守備兵，然白人不過八百五十人，其中少年兵有一百十一人，病人亦屬不少，到底難以對抗。”
當時明軍堅持戰鬥的決心已使宋克對局勢有更深刻的認識，而且明軍擁有1o：1的人力優勢！《巴達維亞日記》載：宋克承認“中國人不但擁有一萬人及包括戰船、擊沉船、火船等合計戎克船二百艘，而且中國對我方有令人難以置信之戎克船兵士等大量準備，蓋戰爭係奉中國國王之特命所行……我們若不肯離開，他們訴諸武力，直到將我們從澎湖島逐出中國境外為止”。所以，宋克認為荷蘭方麵沒有派來支援力量，自己部隊再繼續戰鬥下去已沒有希望了，必須談判解決這場衝突。
當時，明朝政府正麵臨農民大起義和東北滿族力量日益強大的威脅，無力顧及台灣防務，鏖戰八個月後，明朝已支出軍費十七萬七千餘兩，造成財政困難；而荷蘭亦麵臨孤立無援的窘境。
七月初二日(公曆8月15日)，在中國海商李旦的斡旋下，宋克乃與明軍主帥（總兵）俞谘皋進行和談。
《巴達維亞城日記》紀錄當時達成荷蘭退軍的條件是： 1荷蘭從澎湖島撤離 ； 2明朝對荷蘭占領台灣不表異議 ；3 保障荷蘭與中國通商 。
中國的文獻雖然都隻提到荷人撤軍是南居益力戰之功，是荷軍“食盡計窮，始悔過乞降，拆城夜遁”、“彭湖信地，仍歸版圖”，但也留下默許荷軍占領台灣的蜘絲馬跡。顧祖禹【讀史方輿記要·卷99】提到：“總兵俞谘皋者，用間移紅夷於北港(台灣地名)，乃複得澎湖。”說明雙方約以荷蘭如放棄澎湖，則明朝對其占領台灣不表異議。
此舉反映出明人缺乏對台灣的主權意識。經長期閉關自守、實施海禁之後，明人不了解國際情勢的轉變，心目中仍隻有澎湖，明初洪武帝實施海禁，裁撤澎湖巡檢司，強迫澎湖居民遷往內地，與台灣聯係的機會大為降低。明·給事中何楷疏《春明夢餘錄》的記載，就反映了一般明朝官員的觀念：“台灣在澎湖島外，水路距漳、泉約兩日夜?其地廣衍高腴，可比一大縣；中國版圖所不載?”所以明朝統治階層認為台灣既然不在版圖之內，被荷蘭人先占了也無關緊要。
從現有史料看，同意荷蘭人對台灣的占領，隻是俞谘皋等地方官員的私下承諾，未經上報朝廷批準。
《巴達維亞城日記》記載，荷蘭人占領台灣後不久，就同日本人生衝突，因為日本人反對向他交納關稅。在爭執中，荷蘭人指出：“台灣土地不屬於日本人，而是屬於中國皇帝，中國皇帝已將土地賜予東印度公司，作為我們從澎湖撤退的條件”，現在東印度公司已成為主人，日本人應當向他們納稅。從這些話可以看出，當時荷蘭人承認台灣是中國領土，但他們說中國皇帝已將土地賜予他們，則不是事實。因為那是俞谘皋等地方官員的私下承諾，未經上報朝廷批準。所以《巴達維亞城日記》又指出：“中國人已獲準前往台灣(指安平)與我方貿易，但宮廷並未公開許可，而軍門、都督及大官則予以默許。”。從日記還可看出，當時隻答應台南的安平港，並沒有答應整個台灣。
荷蘭人撤離澎湖
七月初三日(公曆8月16日)，明軍大兵，南居益命謝隆儀、俞谘皋、王夢熊三路齊進，直逼夷城，荷蘭人不得不同意撤離。
《明實錄閩海關係史料》述：“初三日，我兵（明軍）直逼夷城（馬公），改分兵三路齊進；而夷恐甚，高文律隨豎白旗，差通事同夷目至娘馬宮哀稟……並無作歹；乞緩進師，容運糧米上船，即拆城還城。孫海道（孫國禎）恐攻急，彼必死鬥，不如先複信地後一網盡之為穩，姑許之。”
七月十三日（公曆8月26日），荷蘭人開始拆城，將建築材料、大米、武器及其他財物轉移至“大員”(荷人稱之為tayouan—“台窩灣”，今台灣安平)，攜同駐台灣第一任長官馬蒂孫克從鹿耳門（今安平港口，時荷蘭人稱為a1vis been)登6，建立新的商務據點。
《明實錄閩海關係史料》述：“夷果於十三日拆起，運米下船；止東門大樓三層為舊高文律所居，尚留戀不忍。乃督王夢熊等直抵風櫃，盡行拆毀。夷船十三隻，俱向東番（台灣）遁去。”
清·光緒《澎湖廳誌·卷11》載：“居益大兵，命總兵俞谘皋督諸軍齊進。寇勢窘，兩遣使求援兵，容雲米入舟即去。諸將許之，遂揚帆去。獨渠帥高文律（或譯作“葛溫津”）十二人據高樓自守，諸將悉力破擒之，獻俘於朝。澎湖之警以息。”
從此荷蘭退出澎湖，轉進台灣，開始在台灣南部三十八年的盤踞，徹底改變了台灣的曆史命運。《康熙戡定台灣記》論及：“荷蘭紅毛夷求香山、求澎湖於中國而不得，乃以重幣啖倭，求台灣一互市地。”
此戰明軍三次增兵，戰事拖延了八個月時間，擁有1o倍於敵的兵力卻始終不能攻占荷蘭人的要塞，最後以圍困戰術逼退荷蘭人。這次戰役海上交鋒的事跡幾乎沒有，明軍揚長避短以自己的優勢6軍來決定戰鬥勝負，在戰爭計謀方麵做的不錯，總算收回了澎湖。但是由於朝政**軍備鬆弛的情況已經表露出來很多了。
分兵防守澎湖
連橫《台灣通史·卷13·軍備誌》載：
“總兵俞谘皋逐之，乃複澎湖，築城暗澳，高丈有七，厚丈有八，東西南各辟一門，北設炮台，內蓋衙宇，建營房，鑿井駐兵，以控製媽宮。媽宮之左為風櫃山，高七八尺。荷人鑿其中，壘土若雉堞，毀之。
分軍以戍，與案山、西垵相犄角，東為嵵上澳、豬母落水。當南之衝，舊有舟師戍之，亦築銃城，以防橫突。西為西嶼，北為北山墩，又北為太武，稍卑為赤嵌，循港而進為鎮海港，壘城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷製盜
天啟五年（1625年），有海寇“偽用寬和年號，元帥、將軍等旗幟，自稱紅夷第一哨，連入犯。”
天啟六年（1626年），浙江海麵出現“海寇林七老等糾合紅夷，偽稱王號，揚帆海麵，禦貨殺敵。”
天啟六年（1626年）十一月，閩廣沿海一帶海寇招徒結黨，稱王稱國，其中以楊六、蔡三、鍾六等最為雄強。福建與廣東海軍南北夾攻，於是蔡三走日本，鍾六赴東番，而楊六率三千多人、大小戰船七十二艘，向福建總兵俞谘皋乞降，願討賊自效。
天啟年間，鄭芝龍集團在台灣建立了基地後，想直接在大6沿海有個基地展貿易，曾多次打擊福建沿海的明軍，突襲金、廈明軍水師，還在同安境內豎旗招兵，幾日內招到幾千人。
福建官員無奈中又想起了“以夷製盜”的招數。福建巡撫朱一馮圖謀與荷蘭人勾結，“以夷攻賊”，消滅鄭芝龍的海上勢力。
天啟七年(1627年)，福建總兵俞谘皋主持的“以夷製盜”政策開始執行。他以書麵允諾荷蘭人一定可以獲得皇帝的準許與中過貿易，派人勾引他們出兵攻打鄭芝龍。
天啟七年（1627年）十月，荷蘭駐台第二任長官韋特見機不可失，便拚湊所有在台船艦士兵，開往福建銅山島攻打鄭軍。鄭芝龍對官夷勾結很惱火，毫不留情予以還擊，出動“火船”攻擊荷蘭艦隊。荷蘭韋特司令臨陣脫逃，不一炮，便率領二艘軍艦逃返巴達維亞。雙方海戰，鄭芝龍燒毀荷蘭快艇奧沃克號，捕獲西卡佩爾號等四艘艦船。這次海戰，是荷蘭殖民者第一次以台灣為基地進犯大6，但以慘敗告終，“不得不退卻”。
當月，鄭芝龍、鍾斌緩過手後，以總兵俞谘皋勾夷激之為由，迅即破海澄，入中左所（今廈門）。鄭船甚眾，遍於漳、泉，谘皋度不支，越城宵遁回郡（泉州）。或曰：芝龍故有求撫之意，欲微達於明兵，乃舍先春不追，獲盧遊擊不殺；又自舊鎮進至中左所，督帥俞谘皋戰敗，縱之走。鄭軍將明金廈水師的船隻一把火統統燒了，“全閩為之震動”。
從此，鄭芝龍掌握了台灣海峽福建一邊的製海權，荷蘭船隻不敢駛近福建海岸，一出現人、船就要被截獲，而明朝水師更是退縮到港口內。
為鄭芝龍事下獄、革職
《明史·列傳148·熊文燦》載：“熊文燦……崇禎元年起福建左布政使。三月，就拜右僉都禦史，巡撫其地。海上故多劇盜，袁進、李忠既降，楊六、楊七及鄭芝龍繼起。總兵官俞谘皋招六、七降，芝龍猖獗如故。然芝龍常敗都司洪先春，釋不追；獲一遊擊，不殺；谘皋戰敗，縱之走。當事知其可撫，遣使諭降之。”
鄭芝龍屢破官兵，占領中左所（今廈門）後，已經坐大，成為一支官府無法控製的力量。當時，將全部罪過歸之於俞谘皋。
初，巡撫朱欽相招撫海寇楊六、楊七等，鄭芝龍求返內地，楊六紿其金不為通，鄭芝龍遂流劫海上。
《國榷》載：“天啟六年七月己亥，福建總兵俞谘皋議撫海寇楊祿（楊六）、楊策（楊七）等，撫按皆從之。自是，賊日甚。”
《長編》載：“崇禎元年正月己醜，時閩寇鄭芝龍猖獗海上，閩人多言閩帥俞谘皋實致之。”
《漳州府誌·卷27·宦績4·明把總·蔡以藩》載：“蔡以藩，泉州人……崇禎間，授海澄營把總。視師甫三日，賊入寇……援絕，以藩力戰死。……澄人相率詣郡，請立祠以表忠魂。郡守施邦曜署其牘曰：‘坐以藩香火堂上而塑二逃帥俞谘皋、陳文跪於庭。''事隨不果，正自有關風教，人傳以為美談。”
崇禎元年（1628年）正月，工科給事中顏繼祖彈劾俞谘皋。
疏曰：“海盜鄭芝龍生長於泉（泉州），聚徒數萬，劫富施貧，民不畏官而畏盜。總兵俞谘皋招撫之議，實飽賊囊。舊撫朱欽相聽其收海盜楊六、楊七以為用。夫撫寇之後，必散於原籍。而谘皋招之海，即置之海，今日受撫，明日為寇。昨歲中左所之變，楊六、楊七杳然無蹤，谘皋始縮舌無辭，故閩帥（俞谘皋）不可不去也。”
又曰：“錢神有靈，冰山足倚，聽強寇蹂躪內地同安、海澄間，故閩帥不可不去。”
疏入，逮谘皋下於大理寺。
《明史·列傳139·錢龍錫》載：“莊烈帝（思宗·朱由檢）即位……海寇犯中左所，總兵官俞谘皋棄城遁，罪當誅。”
三月，福建巡撫朱一馮罷官，由熊文燦接任；俞谘皋本擬死罪，後免死，革去世襲軍職。
崇禎元年（1628年）十一月刑科給事中劉斯淶為朱一馮鳴不平時，盡管是年九月鄭芝龍已受撫於新任巡撫熊文燦，仍將罪過歸於俞谘皋。“言：‘八閩寇亂，肇自俞谘皋而借撫修剿，舊撫朱欽相實多苦心，何以有薏苡之疑？朱一馮受事於庫藏如洗之日，指臂不靈，姑以病請，何以坐規避之條？以身危奉上之撫臣，反代逐賊脫逃之穢並分過，又寧有為國家任事者乎！''帝責其代辯，不聽。”