第15章 手到擒來
去未來搞點黑科技很正常吧？ 作者：烏鴉一號 投票推薦 加入書簽 留言反饋
林甲很難想象陳元光的腦回路，和當時做出這個決定時的精神狀態。
陳元光輕飄飄道：“是啊，當時我關注的科幻世界公眾號給我推送這次科幻新星賽的消息，我點進去看了下，說是最後的評委會邀請諾貝爾化學獎得主萊維特·邁克爾來參加。
我想的是再不濟也能拿個銅獎，隻要有機會見到萊維特·邁克爾，我就有信心讓他給我寫一封推薦信。”
林甲無奈道：“元光，你的腦洞確實夠大，正常人想不到也沒有這個能力。
你不但能想到，居然還能把它變成現實，不僅拿獎了還是金獎。
我快要把我腦海中你的形象做一次全麵升級了，以後伱的前置詞條就是無所不能哈哈哈。”林甲很開心，因為陳元光推進的如此順利，意味著申請到阿美利肯高校的概率大幅提升。
她很清楚拿到諾獎得主的背書，在阿美利肯高校的申請中有多麽強的效力。
說白了相當於諾獎得主用自己的聲譽給你遞交申請信的教授保證，保證你能把事情幹好。
要知道萊維特將會在今年9月加入複旦，創辦複雜體係多尺度研究院並擔任榮譽院長，他在複旦任教期間幫忙寫的推薦信寥寥無幾。
因為拿獎的消息傳播的很快，尤其在江大內部，林甲、前室友、輔導員等等幾乎是輪番上陣給他打電話恭喜。
搞的陳元光在想，這時候要是有ai模擬他的聲音幫他回這類電話就好了，未來的手機這項功能已經非常成熟，卻不怎麽派不上用場。
因為未來沒有騷擾電話，人與人之間的關係原子化到了極點，這類ai防電話騷擾的功能屬於時代產物，有但是沒啥用。
“萊維特先生你好，我是這次科幻新星賽金獎得主，也是你的粉絲。”
鵝廠幫他安排的是在萊維特入住酒店的會議室見麵，除了他們兩還有郭偉陪同，萊維特笑著和陳元光握手道：“你好，我也很喜歡你的作品，它很有意思。
裏麵很多對未來的推演都很有意思。”
陳元光說：“這大概是因為我對科學比較關注，對前沿技術很關注，所以能做出一些有意思的成績來吧。
先生，這次我見你，主要是有一篇論文想請你指正，我構建了一種計算機模擬的方法，來對蛋白質的定向進化進行模擬。
這種方法僅需要利用蛋白質物理化學的特征和序列信息，就能夠實現蛋白質定向進化的模擬。
我選擇的研究對象是蛋白質dhr8，通過計算機模擬，讓它進化出有結合dna或者rna的能力。
在模擬進化之前，我先對序列多樣性與結合核酸的情況，去構建了一個包含30個五肽重複蛋白的評估庫。
五肽重複蛋白是經過證實的rna結合蛋白，它的結合位點很清晰，已經被係統表征。
這樣一來我評估庫中的每一個ppr都會具備兩個明確的結合位點，我們以每個結合位點為中心，將長度為13個氨基酸的短序列作為一個評估窗口，這樣的話它一共會有60個評估窗口。
對於每一個評估窗口的短序列，我們利用現成數據庫中的544個描述氨基酸的物理化學性質的指標來表示氨基酸，因此，每一個位點的氨基酸就會是一個544x1的矩陣，十三個這樣的矩陣合並用以表示一個長度為13的肽段序列。
對於一個評估窗口的544x13矩陣，我對k-means++算法進行了優化，然後用優化後的算法進行聚類，將544個行向量聚類為50類，在可視化方麵，每一類則代表一個波形，對於每一類，我們可以利用該類所包含矩陣子集的每一列算術平均值來產生該類的標誌性波形。”
陳元光把打印好的論文遞給萊維特之後，簡單介紹了一下他的思路。
萊維特的重要工作方向中就包含蛋白質模擬，通過計算分析蛋白質序列去預測蛋白質結構，專注於同源建模。
陳元光寫的論文和他的方向高度一致，而且體現的思想和算法的優化都有非常高的價值。
剛開始萊維特還有些不以為然，因為他知道對方還是大四學生，他覺得對方拿出來的論文不過是為了找話題寫的論文，充其量是篇概括的不錯的綜述。
結果沒想到一上來就放大招，無論是設計的計算規則，還是說對經典聚類算法k-means++的優化，都充滿了思考。
“很棒的工作。”萊維特點評了一句後，和陳元光圍繞論文中的一些細節問題進行討論。
而郭偉則陷入了懷疑人生的狀態，我是誰，我在哪？
郭偉是13年加入鵝廠的，5年時間做到了鵝廠視頻的高級經理，也是名校畢業出身，因為做版權運營經常需要出國的緣故，英語沒有落下，不是那種四六級考試通過的理論派，說的不好，但是也是能用英語直接對話的。
他就隻見陳元光和萊維特之間nicetomeetyou完，陳元光遞了一遝紙給萊維特，然後雙方的聊天內容他就完全聽不懂了，大量專業詞匯，他連蒙帶猜都聽不懂什麽意思。
郭偉心想，現在的年輕人都已經這麽猛了嗎？
“沒錯沒錯，是這樣的，有保留區域來避免dhr8的內部螺旋氫鍵相互作用的點位被破壞，避免破壞重複蛋白結構基序，這種設計是對的，這樣的模擬既能模擬真實情況，又能把突變限製在一定範圍。”
“很棒的點子，不斷隨機模擬，然後挑選出差異度最小的作為最佳匹配，然後和波形比對計算出擬合優度。”
萊維特對陳元光的論文大加讚賞，本來萊維特給這場對話的預留時間是十五分鍾，現在聊了兩個多小時，他還有點戀戀不舍。
“元光，你的論文隻差一個東西，那就是實驗去驗證你的理論，利用你模擬的辦法把drh8改造成可以結合核酸的短肽。
有那個這篇論文可以發nature，沒有那個也能發，不過可能隻能發子刊。”萊維特說道。
陳元光回答道：“我有思路，後麵我去找學校申請，把它完善一下。”
因為之前沒有實驗室給他用，所以陳元光的這篇論文完全是計算模擬，差實驗檢驗的部分。
萊維特問：“這篇論文是你一個人獨立完成還是和其他人共同完成？”
光是剛剛雙方的溝通，萊維特知道這篇論文的主要貢獻者肯定是陳元光，因為裏麵的思路和設計，他說的非常清楚。
陳元光說：“我一個人。”
萊維特說：“那到時候發nature的時候，如果你不介意可以給我掛個第二作者，這樣它就肯定能發表在nature上了。”
(本章完)
陳元光輕飄飄道：“是啊，當時我關注的科幻世界公眾號給我推送這次科幻新星賽的消息，我點進去看了下，說是最後的評委會邀請諾貝爾化學獎得主萊維特·邁克爾來參加。
我想的是再不濟也能拿個銅獎，隻要有機會見到萊維特·邁克爾，我就有信心讓他給我寫一封推薦信。”
林甲無奈道：“元光，你的腦洞確實夠大，正常人想不到也沒有這個能力。
你不但能想到，居然還能把它變成現實，不僅拿獎了還是金獎。
我快要把我腦海中你的形象做一次全麵升級了，以後伱的前置詞條就是無所不能哈哈哈。”林甲很開心，因為陳元光推進的如此順利，意味著申請到阿美利肯高校的概率大幅提升。
她很清楚拿到諾獎得主的背書，在阿美利肯高校的申請中有多麽強的效力。
說白了相當於諾獎得主用自己的聲譽給你遞交申請信的教授保證，保證你能把事情幹好。
要知道萊維特將會在今年9月加入複旦，創辦複雜體係多尺度研究院並擔任榮譽院長，他在複旦任教期間幫忙寫的推薦信寥寥無幾。
因為拿獎的消息傳播的很快，尤其在江大內部，林甲、前室友、輔導員等等幾乎是輪番上陣給他打電話恭喜。
搞的陳元光在想，這時候要是有ai模擬他的聲音幫他回這類電話就好了，未來的手機這項功能已經非常成熟，卻不怎麽派不上用場。
因為未來沒有騷擾電話，人與人之間的關係原子化到了極點，這類ai防電話騷擾的功能屬於時代產物，有但是沒啥用。
“萊維特先生你好，我是這次科幻新星賽金獎得主，也是你的粉絲。”
鵝廠幫他安排的是在萊維特入住酒店的會議室見麵，除了他們兩還有郭偉陪同，萊維特笑著和陳元光握手道：“你好，我也很喜歡你的作品，它很有意思。
裏麵很多對未來的推演都很有意思。”
陳元光說：“這大概是因為我對科學比較關注，對前沿技術很關注，所以能做出一些有意思的成績來吧。
先生，這次我見你，主要是有一篇論文想請你指正，我構建了一種計算機模擬的方法，來對蛋白質的定向進化進行模擬。
這種方法僅需要利用蛋白質物理化學的特征和序列信息，就能夠實現蛋白質定向進化的模擬。
我選擇的研究對象是蛋白質dhr8，通過計算機模擬，讓它進化出有結合dna或者rna的能力。
在模擬進化之前，我先對序列多樣性與結合核酸的情況，去構建了一個包含30個五肽重複蛋白的評估庫。
五肽重複蛋白是經過證實的rna結合蛋白，它的結合位點很清晰，已經被係統表征。
這樣一來我評估庫中的每一個ppr都會具備兩個明確的結合位點，我們以每個結合位點為中心，將長度為13個氨基酸的短序列作為一個評估窗口，這樣的話它一共會有60個評估窗口。
對於每一個評估窗口的短序列，我們利用現成數據庫中的544個描述氨基酸的物理化學性質的指標來表示氨基酸，因此，每一個位點的氨基酸就會是一個544x1的矩陣，十三個這樣的矩陣合並用以表示一個長度為13的肽段序列。
對於一個評估窗口的544x13矩陣，我對k-means++算法進行了優化，然後用優化後的算法進行聚類，將544個行向量聚類為50類，在可視化方麵，每一類則代表一個波形，對於每一類，我們可以利用該類所包含矩陣子集的每一列算術平均值來產生該類的標誌性波形。”
陳元光把打印好的論文遞給萊維特之後，簡單介紹了一下他的思路。
萊維特的重要工作方向中就包含蛋白質模擬，通過計算分析蛋白質序列去預測蛋白質結構，專注於同源建模。
陳元光寫的論文和他的方向高度一致，而且體現的思想和算法的優化都有非常高的價值。
剛開始萊維特還有些不以為然，因為他知道對方還是大四學生，他覺得對方拿出來的論文不過是為了找話題寫的論文，充其量是篇概括的不錯的綜述。
結果沒想到一上來就放大招，無論是設計的計算規則，還是說對經典聚類算法k-means++的優化，都充滿了思考。
“很棒的工作。”萊維特點評了一句後，和陳元光圍繞論文中的一些細節問題進行討論。
而郭偉則陷入了懷疑人生的狀態，我是誰，我在哪？
郭偉是13年加入鵝廠的，5年時間做到了鵝廠視頻的高級經理，也是名校畢業出身，因為做版權運營經常需要出國的緣故，英語沒有落下，不是那種四六級考試通過的理論派，說的不好，但是也是能用英語直接對話的。
他就隻見陳元光和萊維特之間nicetomeetyou完，陳元光遞了一遝紙給萊維特，然後雙方的聊天內容他就完全聽不懂了，大量專業詞匯，他連蒙帶猜都聽不懂什麽意思。
郭偉心想，現在的年輕人都已經這麽猛了嗎？
“沒錯沒錯，是這樣的，有保留區域來避免dhr8的內部螺旋氫鍵相互作用的點位被破壞，避免破壞重複蛋白結構基序，這種設計是對的，這樣的模擬既能模擬真實情況，又能把突變限製在一定範圍。”
“很棒的點子，不斷隨機模擬，然後挑選出差異度最小的作為最佳匹配，然後和波形比對計算出擬合優度。”
萊維特對陳元光的論文大加讚賞，本來萊維特給這場對話的預留時間是十五分鍾，現在聊了兩個多小時，他還有點戀戀不舍。
“元光，你的論文隻差一個東西，那就是實驗去驗證你的理論，利用你模擬的辦法把drh8改造成可以結合核酸的短肽。
有那個這篇論文可以發nature，沒有那個也能發，不過可能隻能發子刊。”萊維特說道。
陳元光回答道：“我有思路，後麵我去找學校申請，把它完善一下。”
因為之前沒有實驗室給他用，所以陳元光的這篇論文完全是計算模擬，差實驗檢驗的部分。
萊維特問：“這篇論文是你一個人獨立完成還是和其他人共同完成？”
光是剛剛雙方的溝通，萊維特知道這篇論文的主要貢獻者肯定是陳元光，因為裏麵的思路和設計，他說的非常清楚。
陳元光說：“我一個人。”
萊維特說：“那到時候發nature的時候，如果你不介意可以給我掛個第二作者，這樣它就肯定能發表在nature上了。”
(本章完)