十年後，聯合政府完成了亞特蘭蒂斯基地的探索與住民的安置後提前關閉了通道。全世界範圍挑選出來的火種進入藍星的六個基地隱藏了起來，為了讓基地的後代永遠記住零上尉率領守護者艦隊為人類生存做出的偉大貢獻，政府將基地命名為‘希望城’，並按零號到八號做了排序。基地製定了嚴密的管理條例，由行政院、議會、科學院、軍區司令部四方共管。
各國也在幾年間陸續撤回了大部分太陰星的移民，海狼國因本土難以安置回遷人口，曾在聯合會議上要求聯合政府幫助，但聯合政府天天有大量繁雜的工作需要安排，各成員國也被本國的各種狀況搞得焦頭爛額，自己的事情都忙不過來，哪有精力再去管別人，所以討論解決方案時，各國代表都選擇了沉默，最後聯合政府對此事的處理態度也是不了了之。
但當年因為此事，海狼國民眾在天理教的煽動下認為內閣在國際上爭取不到權益，也失去了繼續保護人民渡過末日危機的能力，如今隻有重新選擇相信皇室，在神明的庇護下海狼國才會有未來。沒過多久海狼皇室在天理教的協助下終於當了幾百年的象征後又重新奪回了領導國家的權力。
最終海狼國沒有派飛船撤離移民，另外當初依附海狼國的幾個共同在太陰星上搶奪地盤的小國因自己無力撤回本國移民，也隻能讓他們留在了太陰星上。
2215年3月，距離外星人到達藍星還有15個月。人類最精銳的太空部隊準備進駐三道防線，海狼國積極請纓駐守太陰星，並對外宣稱‘皇帝陛下為守護子民將隨軍親征，要舉全國之力誓死守衛太陰星，不成功則成仁！’
海狼國的決心獲得了全世界的讚許，並作為第二道防線的絕對主力進駐了太陰星。隨後發生的事情震驚了藍星，海狼軍隊在到達防線不久後就對毫無防備的他國駐軍突然發起了突襲，並很快占領了太陰星。
人類在危難關頭需要一致對外的時候出現叛徒，按理說必定是人神共憤會群起而除之，但此時外星人帶來的滅族威脅將至，人類已沒有時間先安內而再攘外，再者海狼國作為太陰星防線的主力，配備了人類最先進的太空航母和多種尖端武器，這期間選擇內戰必定會兩敗俱傷，打亂抗擊外星人的全盤計劃。海狼國無論因何種原因叛亂，也是瞅準時機才敢冒天下之大不韙做出此事。
聯合政府老一用了龍夏國的一句經典老話給叛亂定了調子“天要下雨，狗愛吃翔，先由它去吧。。。。。。”
2216年5月9日，外星戰艦進入了瑪爾斯星防線射程，人類艦隊全力發起攻擊，盡管外星戰艦隻剩下四艘，但雙方存在巨大的科技代差，空天航母和戰機發起的攻擊像玩具槍射出的子彈形不成任何殺傷力，在外星戰艦肆無忌憚的屠戮下，很短的時間第一防衛圈就幾乎全軍覆沒。
外星艦隊在到達第二防衛圈時沒有遇到任何抵抗，海狼皇下令撤除了所有的武裝，用標語、燈語、通訊、歡呼、手勢、跪迎、伏地等一切能想到的方法表達善意和順從，狼皇篤定外星人早已破解了人類信息，能夠明白這是在投降。外星人明顯讀懂了狼皇的意圖，戰艦轉向徑自朝藍星而去。
高軌道近地防衛圈是藍星設立的最後一道阻擊線，距離地麵500公裏，人類沿著這個高度覆蓋藍星建立了上萬個核彈發射平台，無論外星戰艦從哪個方向接近藍星都能保證發起攻擊。核彈的威力依靠衝擊波，在沒有空氣的太空摧毀力會減弱，隻有在大氣層內引爆才能保證最大的殺傷力，核打擊是人類最後的希望。
2216年5月17日，外星戰艦穿過大氣層接近了藍星防線，人類遙控發射了具有進攻角度的所有核彈，漫天的彈道像無數隻伸張的觸手匯聚向目標，幾秒鍾後，監控屏幕閃過極致的光芒然後陷入黑暗，核彈爆炸產生的電磁脈衝導致藍星大部分電力係統和通訊網絡陷入癱瘓、空間探測器也失去作用，沒人知道結果如何，所有的人都在默默祈禱。
四艘敵艦再次出現了。。。。。。毫發無損！！！
全人類的心情掉落到深淵。。。。。。
後世把這一天稱為‘5.17黑暗降臨日’。
外星戰艦懸停在了藍星上方萬米的空中，艦身通體烏黑，形狀如細長的長方體，艦長接近一千米。四艘戰艦的上方同時開啟了多個通道，從通道中彈射出一百二十架艦載機類型的飛行器（以下簡稱外星戰機），飛行器長約四十米，看上去像一隻平放的方形乒乓球拍。
外星人顯然是被核打擊激怒了，一百二十隻外星戰機鑽天入地出現在藍星各地的上空，報複性的持續摧毀地表所有的標誌性建築和軍事、能源等設施 。
人類已經經曆了瑪爾斯星防線的慘痛教訓，雖然軍方高層目眥盡裂，但還是理智的沒有派出戰機去徒增傷亡，地空防衛武器的反擊雖然密集，奈何根本無法鎖定外星戰機如能瞬移的鬼魅身影。
攻擊持續了五個小時，人類的對空防護係統全部癱瘓，藍星各地濃煙四起、千瘡百孔，全世界有超過百分之六十的人口生活在地麵上，襲擊造成的傷亡難以估量。
外星戰艦開始下降高度分別抵達了四座超級城市的上空，外星戰機也逐漸停止攻擊陸續回歸母艦。冷冷龐大的艦體懸浮在城市上方，毀滅氣息的壓迫下城市各處躲藏的人群開始四處奔逃，外星戰艦下部開啟了數十個方形通道，向下噴射出微黃色的有形光柱，光柱隨著敵艦緩慢移動，奔逃的人群隻要進入光柱範圍就會失去身體控製，沿著光柱被吸入艦身。
外星戰艦沒有再次發動攻擊也令人意外的沒有登陸，在吸入了大量的人類後關閉通道高速離去了。。。。。。
後世的史書清晰地描述了黑暗年代發生的事情，並對當年人們產生的許多困惑做了詳細地解釋。
外星人來自距離藍星16.5光年外的江波星係，稱自己的國家為拉灰美爾帝國。拉灰美爾人的壽命較長，平均身高超過2.5米，綠色的皮膚，全身有細密可見的鱗甲，有五官無毛發、後腦尖長，下肢短而粗壯彈跳力驚人。
拉灰美爾文明接近十萬年，最初所在的星球和藍星類似，但經過幾萬年的演變，拉灰美爾人的生存環境變得極為糟糕，惡劣的環境導致拉灰美爾人的進化出現了異常，個體更加強壯凶殘了，但後代繁衍卻變得艱難。距今萬年以來人口迅速減少，如今更是劇減到隻剩下兩千萬，已經出現了滅族危機。
拉灰美爾人急需尋找新的宜居星球來改變滅族危機，也需要奴役其他文明來滿足拉灰美爾帝國血液裏激進的擴張野心。多年來，拉灰美爾帝國始終鍥而不舍的派遣先鋒艦隊去星際探索，終於一隻艦隊在接近金烏星係時發現了人類文明。
餘下的四艘戰艦到達藍星後，拉灰美爾人還是被核彈的威力震懾到了，最終沒敢登陸。核彈雖然對它們的戰艦造成的傷害有限，但拉灰美爾人經過分析認為在人類的核攻擊下如果派遣小型登陸艦登陸到藍星，很難保證他們的戰士不出現傷亡，現在僅剩的那點兒戰士消耗不起了。而且萬一人類因為絕望發動自毀襲擊，重創生態滅絕了人口，那藍星的價值就蕩然無存了。
拉灰美爾人會議決定，由於他們現在的人力、戰艦有限，隻能等待帝國大軍到來後再去徹底占領金烏星係。等待期間，他們要做的是監管金烏星係，完成星係探測，毀掉人類的科技文明，並且要有步驟地瓦解人類必死的抵抗決心。
拉灰美爾艦隊離開藍星後返回太陰星，和海狼皇進行了接觸，在得知藍星和瑪爾斯星有亞特蘭蒂斯文明遺留的基地，曾經大戰的記憶讓拉灰美爾人對亞特蘭蒂斯先進的科技文明心存餘悸，感到不安的拉灰美爾人又快速回到藍星。
在六個基地曾經開放的入口處，拉灰美爾人用盡了攻擊、探測等手段，都無法明白空間折疊技術的原理，不甘心的拉灰美爾人又衝到瑪爾斯星，結果還是一樣無跡可尋。
萬般無奈拉灰美爾人放棄了尋找，不過他們經過集體討論後，認為沒必要對基地的事情過於擔心。因為以人類現有的能力，隻要他們在藍星不離開戰艦，幾乎不會存在危險，另外即使亞特蘭蒂斯基地的文明能被人類掌握，那必定也是上千年甚至幾千年以後的事情，帝國大軍最多兩三百年就會達，到時候基地的事情首領自會決斷。
有了結論，拉灰美爾人對基地的事情也就不再放到心上了。一艘戰艦獨自離去執行星係探測任務，順便還要摧毀星係內所有的空間站、軌道衛星和探測器;而另外三艘戰艦則停在了太陰星上空，統治了太陰星的人類。
拉灰美爾戰艦不定期的會出現在藍星巡視，發現人類文明有複蘇的痕跡就立即摧毀，同時每次都會裝滿掠奪到的人口返回太陰星。
如此過去兩年，人類渡過了最初的慌亂開始麵對生存現實，藍星各國當年就建立了許多地下城，後期更是將地下開發與海洋和太空開發等同，投入大量資源用於發展，隻是再多的地下城加上守護者基地，也隻容納了全星不到半數的人口，還有超過一半的人不得不生活在地麵上。
九座希望城沒有受到影響，城內保留著完整的亞特蘭蒂斯地下城市體係，零號城還留有兩艘接近修複的蝶式戰艦以及很多的戰艦殘骸，科學家們瘋狂的學習高等文明留下的智慧，人類科技正以日為單位的飛速躍進。基地內已經可以使用亞特蘭蒂斯原有的通訊、監控技術，九座城之間能正常聯絡正常，也了解藍星地表發生的情況，隻是與基地外的聯絡中斷了。
拉灰美爾人沒登陸藍星，各國的地下城受到的影響也不大，內部獨立的軍事、民用係統暫時都運轉正常，但就像一台無法聯網的老式單機電腦隻能自我運轉了。
地表上生存的人最為艱難，拉灰美爾人持續地摧毀與科技沾邊的一切設施，現代城市體係已經完全癱瘓。好在外星人沒有刻意破壞自然生態，99%的人群逃離了城市，遷徙到農村、大山、叢林等地，地表上人類的文明倒退了幾百年
各國也在幾年間陸續撤回了大部分太陰星的移民，海狼國因本土難以安置回遷人口，曾在聯合會議上要求聯合政府幫助，但聯合政府天天有大量繁雜的工作需要安排，各成員國也被本國的各種狀況搞得焦頭爛額，自己的事情都忙不過來，哪有精力再去管別人，所以討論解決方案時，各國代表都選擇了沉默，最後聯合政府對此事的處理態度也是不了了之。
但當年因為此事，海狼國民眾在天理教的煽動下認為內閣在國際上爭取不到權益，也失去了繼續保護人民渡過末日危機的能力，如今隻有重新選擇相信皇室，在神明的庇護下海狼國才會有未來。沒過多久海狼皇室在天理教的協助下終於當了幾百年的象征後又重新奪回了領導國家的權力。
最終海狼國沒有派飛船撤離移民，另外當初依附海狼國的幾個共同在太陰星上搶奪地盤的小國因自己無力撤回本國移民，也隻能讓他們留在了太陰星上。
2215年3月，距離外星人到達藍星還有15個月。人類最精銳的太空部隊準備進駐三道防線，海狼國積極請纓駐守太陰星，並對外宣稱‘皇帝陛下為守護子民將隨軍親征，要舉全國之力誓死守衛太陰星，不成功則成仁！’
海狼國的決心獲得了全世界的讚許，並作為第二道防線的絕對主力進駐了太陰星。隨後發生的事情震驚了藍星，海狼軍隊在到達防線不久後就對毫無防備的他國駐軍突然發起了突襲，並很快占領了太陰星。
人類在危難關頭需要一致對外的時候出現叛徒，按理說必定是人神共憤會群起而除之，但此時外星人帶來的滅族威脅將至，人類已沒有時間先安內而再攘外，再者海狼國作為太陰星防線的主力，配備了人類最先進的太空航母和多種尖端武器，這期間選擇內戰必定會兩敗俱傷，打亂抗擊外星人的全盤計劃。海狼國無論因何種原因叛亂，也是瞅準時機才敢冒天下之大不韙做出此事。
聯合政府老一用了龍夏國的一句經典老話給叛亂定了調子“天要下雨，狗愛吃翔，先由它去吧。。。。。。”
2216年5月9日，外星戰艦進入了瑪爾斯星防線射程，人類艦隊全力發起攻擊，盡管外星戰艦隻剩下四艘，但雙方存在巨大的科技代差，空天航母和戰機發起的攻擊像玩具槍射出的子彈形不成任何殺傷力，在外星戰艦肆無忌憚的屠戮下，很短的時間第一防衛圈就幾乎全軍覆沒。
外星艦隊在到達第二防衛圈時沒有遇到任何抵抗，海狼皇下令撤除了所有的武裝，用標語、燈語、通訊、歡呼、手勢、跪迎、伏地等一切能想到的方法表達善意和順從，狼皇篤定外星人早已破解了人類信息，能夠明白這是在投降。外星人明顯讀懂了狼皇的意圖，戰艦轉向徑自朝藍星而去。
高軌道近地防衛圈是藍星設立的最後一道阻擊線，距離地麵500公裏，人類沿著這個高度覆蓋藍星建立了上萬個核彈發射平台，無論外星戰艦從哪個方向接近藍星都能保證發起攻擊。核彈的威力依靠衝擊波，在沒有空氣的太空摧毀力會減弱，隻有在大氣層內引爆才能保證最大的殺傷力，核打擊是人類最後的希望。
2216年5月17日，外星戰艦穿過大氣層接近了藍星防線，人類遙控發射了具有進攻角度的所有核彈，漫天的彈道像無數隻伸張的觸手匯聚向目標，幾秒鍾後，監控屏幕閃過極致的光芒然後陷入黑暗，核彈爆炸產生的電磁脈衝導致藍星大部分電力係統和通訊網絡陷入癱瘓、空間探測器也失去作用，沒人知道結果如何，所有的人都在默默祈禱。
四艘敵艦再次出現了。。。。。。毫發無損！！！
全人類的心情掉落到深淵。。。。。。
後世把這一天稱為‘5.17黑暗降臨日’。
外星戰艦懸停在了藍星上方萬米的空中，艦身通體烏黑，形狀如細長的長方體，艦長接近一千米。四艘戰艦的上方同時開啟了多個通道，從通道中彈射出一百二十架艦載機類型的飛行器（以下簡稱外星戰機），飛行器長約四十米，看上去像一隻平放的方形乒乓球拍。
外星人顯然是被核打擊激怒了，一百二十隻外星戰機鑽天入地出現在藍星各地的上空，報複性的持續摧毀地表所有的標誌性建築和軍事、能源等設施 。
人類已經經曆了瑪爾斯星防線的慘痛教訓，雖然軍方高層目眥盡裂，但還是理智的沒有派出戰機去徒增傷亡，地空防衛武器的反擊雖然密集，奈何根本無法鎖定外星戰機如能瞬移的鬼魅身影。
攻擊持續了五個小時，人類的對空防護係統全部癱瘓，藍星各地濃煙四起、千瘡百孔，全世界有超過百分之六十的人口生活在地麵上，襲擊造成的傷亡難以估量。
外星戰艦開始下降高度分別抵達了四座超級城市的上空，外星戰機也逐漸停止攻擊陸續回歸母艦。冷冷龐大的艦體懸浮在城市上方，毀滅氣息的壓迫下城市各處躲藏的人群開始四處奔逃，外星戰艦下部開啟了數十個方形通道，向下噴射出微黃色的有形光柱，光柱隨著敵艦緩慢移動，奔逃的人群隻要進入光柱範圍就會失去身體控製，沿著光柱被吸入艦身。
外星戰艦沒有再次發動攻擊也令人意外的沒有登陸，在吸入了大量的人類後關閉通道高速離去了。。。。。。
後世的史書清晰地描述了黑暗年代發生的事情，並對當年人們產生的許多困惑做了詳細地解釋。
外星人來自距離藍星16.5光年外的江波星係，稱自己的國家為拉灰美爾帝國。拉灰美爾人的壽命較長，平均身高超過2.5米，綠色的皮膚，全身有細密可見的鱗甲，有五官無毛發、後腦尖長，下肢短而粗壯彈跳力驚人。
拉灰美爾文明接近十萬年，最初所在的星球和藍星類似，但經過幾萬年的演變，拉灰美爾人的生存環境變得極為糟糕，惡劣的環境導致拉灰美爾人的進化出現了異常，個體更加強壯凶殘了，但後代繁衍卻變得艱難。距今萬年以來人口迅速減少，如今更是劇減到隻剩下兩千萬，已經出現了滅族危機。
拉灰美爾人急需尋找新的宜居星球來改變滅族危機，也需要奴役其他文明來滿足拉灰美爾帝國血液裏激進的擴張野心。多年來，拉灰美爾帝國始終鍥而不舍的派遣先鋒艦隊去星際探索，終於一隻艦隊在接近金烏星係時發現了人類文明。
餘下的四艘戰艦到達藍星後，拉灰美爾人還是被核彈的威力震懾到了，最終沒敢登陸。核彈雖然對它們的戰艦造成的傷害有限，但拉灰美爾人經過分析認為在人類的核攻擊下如果派遣小型登陸艦登陸到藍星，很難保證他們的戰士不出現傷亡，現在僅剩的那點兒戰士消耗不起了。而且萬一人類因為絕望發動自毀襲擊，重創生態滅絕了人口，那藍星的價值就蕩然無存了。
拉灰美爾人會議決定，由於他們現在的人力、戰艦有限，隻能等待帝國大軍到來後再去徹底占領金烏星係。等待期間，他們要做的是監管金烏星係，完成星係探測，毀掉人類的科技文明，並且要有步驟地瓦解人類必死的抵抗決心。
拉灰美爾艦隊離開藍星後返回太陰星，和海狼皇進行了接觸，在得知藍星和瑪爾斯星有亞特蘭蒂斯文明遺留的基地，曾經大戰的記憶讓拉灰美爾人對亞特蘭蒂斯先進的科技文明心存餘悸，感到不安的拉灰美爾人又快速回到藍星。
在六個基地曾經開放的入口處，拉灰美爾人用盡了攻擊、探測等手段，都無法明白空間折疊技術的原理，不甘心的拉灰美爾人又衝到瑪爾斯星，結果還是一樣無跡可尋。
萬般無奈拉灰美爾人放棄了尋找，不過他們經過集體討論後，認為沒必要對基地的事情過於擔心。因為以人類現有的能力，隻要他們在藍星不離開戰艦，幾乎不會存在危險，另外即使亞特蘭蒂斯基地的文明能被人類掌握，那必定也是上千年甚至幾千年以後的事情，帝國大軍最多兩三百年就會達，到時候基地的事情首領自會決斷。
有了結論，拉灰美爾人對基地的事情也就不再放到心上了。一艘戰艦獨自離去執行星係探測任務，順便還要摧毀星係內所有的空間站、軌道衛星和探測器;而另外三艘戰艦則停在了太陰星上空，統治了太陰星的人類。
拉灰美爾戰艦不定期的會出現在藍星巡視，發現人類文明有複蘇的痕跡就立即摧毀，同時每次都會裝滿掠奪到的人口返回太陰星。
如此過去兩年，人類渡過了最初的慌亂開始麵對生存現實，藍星各國當年就建立了許多地下城，後期更是將地下開發與海洋和太空開發等同，投入大量資源用於發展，隻是再多的地下城加上守護者基地，也隻容納了全星不到半數的人口，還有超過一半的人不得不生活在地麵上。
九座希望城沒有受到影響，城內保留著完整的亞特蘭蒂斯地下城市體係，零號城還留有兩艘接近修複的蝶式戰艦以及很多的戰艦殘骸，科學家們瘋狂的學習高等文明留下的智慧，人類科技正以日為單位的飛速躍進。基地內已經可以使用亞特蘭蒂斯原有的通訊、監控技術，九座城之間能正常聯絡正常，也了解藍星地表發生的情況，隻是與基地外的聯絡中斷了。
拉灰美爾人沒登陸藍星，各國的地下城受到的影響也不大，內部獨立的軍事、民用係統暫時都運轉正常，但就像一台無法聯網的老式單機電腦隻能自我運轉了。
地表上生存的人最為艱難，拉灰美爾人持續地摧毀與科技沾邊的一切設施，現代城市體係已經完全癱瘓。好在外星人沒有刻意破壞自然生態，99%的人群逃離了城市，遷徙到農村、大山、叢林等地，地表上人類的文明倒退了幾百年