與秦良玉會晤之後，一切又歸於常態，各部都在井然有序的運作之中。朱由檢也開始著手處理廠衛和閹黨相關事宜。
崇禎二年三月中旬，朝臣再次集體上書，言廠衛之禍，並要求追討，定閹黨逆案。一時間，攻訐閹黨之聲四起。
由於魏忠賢銷聲匿跡，閹黨一派群龍無首，人心惶惶，很多在朝官員紛紛選擇脫離閹黨，轉而投靠東林黨，剩餘的閹黨則紛紛聚集在黃立極的羽翼之下，妄圖尋求庇護。
在這樣的情況下，三月末朝會開始了。朝會一開始，群臣便沒有給朱由檢插科打諢的機會，直接當庭向閹黨和廠衛開炮。
龐大的東林文官集團，從中央到地方，陸續上書朱由檢，羅列與閹黨相關聯者，自內閣首輔黃立極以下，包括客氏，以及肅寧伯魏良卿在內，共計二百餘人。
倪元璐率先上書道：
“啟奏陛下，臣請求焚毀《三朝要典》！其害有三。
一是《三朝要典》涉及皇家內部權力鬥爭，不宜公之於眾。
二是，此書是魏黨利用三大案打擊報複我東林正直之士編撰而成，妄圖讓我東林一脈永世不得翻身。
三是，此書的目的乃是魏逆為了給宦官集團洗白而成，居心叵測。而參與編撰的黃立極等人，亦是黨附魏逆，罪大惡極之輩。
因此，焚毀《三朝要典》勢在必行！請陛下聖裁！”
禦史楊所修緊接著出列補充道：
“臣彈劾內閣首輔黃立極，交結近侍，欲行不軌，請陛下嚴懲！”
兵部給事中劉懋出言道：
“臣彈劾大學士施鳯來，張瑞圖，二人黨附魏逆，身居揆席，漫無主持。甚至顧命之重臣，斃於詔獄；五等之爵，尚公之尊，加於閹寺；而生祠碑頌，靡所不至。律以逢奸之罪，夫複何辭？請陛下嚴懲！”
……
一時間，眾臣彈劾之聲四起，目標大部分都指向首輔黃立極。朱由檢立於大殿之上，默不作聲，表情無喜無悲。待眾人說完，朱由檢向著黃立極問道：
“元輔，您於朕有擁立之功，於國則是任勞任怨，乃是朝中砥柱，朕想聽聽，你有何話要說？”
黃立極聞言，心中也是有些不淡定了，群臣攻訐於他，理由九真一假，他自己是百口莫辯，這裏麵很多事他確實是做過的，眼看著朝議洶洶，大勢已去，隻能硬著頭皮說道：
“啟奏陛下，老臣知罪。老臣請求陛下，看在老臣這些年盡心國事的份上，準允老臣致仕還鄉，靜思己過。”
說完，自己摘下官帽，對著朱由檢行叩拜大禮。朱由檢沒想到黃立極連反抗都不反抗一下，就直接認慫了，心中也是無奈。隻能歎了一口氣說道：
“唉…元輔糊塗啊。罷了，朕念在你這些年盡心國事，勞苦功高的份上，雖有錯，但罪不至死。如今元輔年事已高，朕不忍苛罰，就準你所請，致仕還鄉，頤養天年去吧。”
黃立極見朱由檢棒子高高舉起，輕輕放下，再聽這口氣，心中不禁有些後悔，這小子壓根就沒想著往死裏整閹黨啊，那我要是在堅持一下…完了，草率了。不過事已至此，黃立極隻能叩拜謝恩：
“老臣謝陛下恩典，吾皇萬歲萬歲萬萬歲。”
處理完黃立極，朱由檢接著看向內閣幾人，施鳯來幾人紛紛效仿黃立極，請求致仕。
朱由檢搖頭不準，並且早已經為他們找好了理由，直接拒絕道：
“不可！諸位閣臣，國事多艱，爾等豈能肆意妄為？如今元輔已然致仕，你等若是再齊齊致仕，內閣停擺，國事當如何？今元輔已辭，也算是給了天下人一個交代，子曰：知錯能改善莫大焉。為大明計，為國朝計，朕不能同意。
國不可一日無君，內閣亦不可一日無主，這次朕法外開恩，準予諸位閣臣暫留其位，戴罪立功，以觀後效。詔次輔施鳯來暫代內閣首輔一職，擇日會推閣臣。”
施鳯來，李國普幾人聞言大喜，立馬就坡下驢道：
“臣等遵旨！”
黃立極：…搞半天，就我一人失業了？
東林眾人自然不肯，但是皇帝的話滴水不漏，且金口玉言，事情已成定局，大家也不再糾結。內閣扳倒了黃立極也算是完成了一個小目標，於是開始調轉槍口，對朝中其他閹黨下手。
鑒於此，朱由檢大手一揮，說道：
“朕自即位以來，對於黨爭深惡痛絕。諸位臣工今後勿要以黨爭相互攻訐，否則朕嚴懲不貸！此次諸位朝臣彈劾官員達到二百餘人，從朝廷到地方，牽扯甚廣。朕再重申一次，關於魏忠賢逆案，如今魏忠賢已被朕禁足宮中，元輔黃立極也已致仕歸鄉，閹黨一案到此為止！至於諸位彈劾的官員，悉數交由三法司審理。該定罪定罪，該流放流放，無罪便是無罪，勿要以黨爭牽連！”
眾臣見朱由檢定下了處理閹黨的基調，而且明言不以黨爭定罪，這下子把眾人的話頭全部堵死了。與此同時，閹黨一派也算是鬆了一口氣，這是不準備打擊擴大化了。
不過東林眾人也不怕，打擊不擴大化就不擴大化，就現在的大明，有幾個官經得起查的。到時候盡管給他們擼下去就行，隻要這些人下去了，就別想再起來了。
而且，朱由檢這麽做，大家雖然沒達到目的，但皇帝也算是對自己一脈妥協了。念及於此，東林眾臣也不再糾結，紛紛附和道：
“吾皇聖明！”
之後，倪元璐接著發言道：
“陛下，那《三朝要典》名不正言不順，乃閹黨魏逆黨同伐異之手段，既然陛下明言厭惡黨爭，那焚毀《三朝要典》勢在必行。請陛下準允！”
“臣等附議！焚毀《三朝要典》，勢在必行，請陛下準允！”
東林眾人也反應過來，紛紛附和。東林黨要想翻身，必須要將《三朝要典》毀掉。否則有這麽個輿論大殺器在，始終對東林黨人有著巨大的負麵影響。
朱由檢看著倪元璐，心中無語。這老小子是真頭鐵啊。《三朝要典》他是知道的，那是魏忠賢指使編纂的，專門用來打擊報複東林黨的利器。然而其中有很多事情也並不都是杜撰，有一定的參考價值。於是目光隱晦的看向施鳯來。
施鳯來會意，出列說道：
“陛下，臣以為倪大人及眾臣所言有理。此等黨爭的產物，留著的確不合適。不過《三朝要典》編纂時，消耗了大量的人力物力，如今朝廷財政開支困難，當年參與修撰的翰林院編修們至今薪俸都還欠著，如今剛編成不久，又要焚毀，恐怕會惹來非議，於陛下名聲不利…”
朱由檢聽著施鳯來這麽說，果斷給這老小子點了一個讚。施鳯來，深得朕心啊…
眾臣聞言，感覺不太對勁，燒個書而已，你提錢幹啥？
崇禎二年三月中旬，朝臣再次集體上書，言廠衛之禍，並要求追討，定閹黨逆案。一時間，攻訐閹黨之聲四起。
由於魏忠賢銷聲匿跡，閹黨一派群龍無首，人心惶惶，很多在朝官員紛紛選擇脫離閹黨，轉而投靠東林黨，剩餘的閹黨則紛紛聚集在黃立極的羽翼之下，妄圖尋求庇護。
在這樣的情況下，三月末朝會開始了。朝會一開始，群臣便沒有給朱由檢插科打諢的機會，直接當庭向閹黨和廠衛開炮。
龐大的東林文官集團，從中央到地方，陸續上書朱由檢，羅列與閹黨相關聯者，自內閣首輔黃立極以下，包括客氏，以及肅寧伯魏良卿在內，共計二百餘人。
倪元璐率先上書道：
“啟奏陛下，臣請求焚毀《三朝要典》！其害有三。
一是《三朝要典》涉及皇家內部權力鬥爭，不宜公之於眾。
二是，此書是魏黨利用三大案打擊報複我東林正直之士編撰而成，妄圖讓我東林一脈永世不得翻身。
三是，此書的目的乃是魏逆為了給宦官集團洗白而成，居心叵測。而參與編撰的黃立極等人，亦是黨附魏逆，罪大惡極之輩。
因此，焚毀《三朝要典》勢在必行！請陛下聖裁！”
禦史楊所修緊接著出列補充道：
“臣彈劾內閣首輔黃立極，交結近侍，欲行不軌，請陛下嚴懲！”
兵部給事中劉懋出言道：
“臣彈劾大學士施鳯來，張瑞圖，二人黨附魏逆，身居揆席，漫無主持。甚至顧命之重臣，斃於詔獄；五等之爵，尚公之尊，加於閹寺；而生祠碑頌，靡所不至。律以逢奸之罪，夫複何辭？請陛下嚴懲！”
……
一時間，眾臣彈劾之聲四起，目標大部分都指向首輔黃立極。朱由檢立於大殿之上，默不作聲，表情無喜無悲。待眾人說完，朱由檢向著黃立極問道：
“元輔，您於朕有擁立之功，於國則是任勞任怨，乃是朝中砥柱，朕想聽聽，你有何話要說？”
黃立極聞言，心中也是有些不淡定了，群臣攻訐於他，理由九真一假，他自己是百口莫辯，這裏麵很多事他確實是做過的，眼看著朝議洶洶，大勢已去，隻能硬著頭皮說道：
“啟奏陛下，老臣知罪。老臣請求陛下，看在老臣這些年盡心國事的份上，準允老臣致仕還鄉，靜思己過。”
說完，自己摘下官帽，對著朱由檢行叩拜大禮。朱由檢沒想到黃立極連反抗都不反抗一下，就直接認慫了，心中也是無奈。隻能歎了一口氣說道：
“唉…元輔糊塗啊。罷了，朕念在你這些年盡心國事，勞苦功高的份上，雖有錯，但罪不至死。如今元輔年事已高，朕不忍苛罰，就準你所請，致仕還鄉，頤養天年去吧。”
黃立極見朱由檢棒子高高舉起，輕輕放下，再聽這口氣，心中不禁有些後悔，這小子壓根就沒想著往死裏整閹黨啊，那我要是在堅持一下…完了，草率了。不過事已至此，黃立極隻能叩拜謝恩：
“老臣謝陛下恩典，吾皇萬歲萬歲萬萬歲。”
處理完黃立極，朱由檢接著看向內閣幾人，施鳯來幾人紛紛效仿黃立極，請求致仕。
朱由檢搖頭不準，並且早已經為他們找好了理由，直接拒絕道：
“不可！諸位閣臣，國事多艱，爾等豈能肆意妄為？如今元輔已然致仕，你等若是再齊齊致仕，內閣停擺，國事當如何？今元輔已辭，也算是給了天下人一個交代，子曰：知錯能改善莫大焉。為大明計，為國朝計，朕不能同意。
國不可一日無君，內閣亦不可一日無主，這次朕法外開恩，準予諸位閣臣暫留其位，戴罪立功，以觀後效。詔次輔施鳯來暫代內閣首輔一職，擇日會推閣臣。”
施鳯來，李國普幾人聞言大喜，立馬就坡下驢道：
“臣等遵旨！”
黃立極：…搞半天，就我一人失業了？
東林眾人自然不肯，但是皇帝的話滴水不漏，且金口玉言，事情已成定局，大家也不再糾結。內閣扳倒了黃立極也算是完成了一個小目標，於是開始調轉槍口，對朝中其他閹黨下手。
鑒於此，朱由檢大手一揮，說道：
“朕自即位以來，對於黨爭深惡痛絕。諸位臣工今後勿要以黨爭相互攻訐，否則朕嚴懲不貸！此次諸位朝臣彈劾官員達到二百餘人，從朝廷到地方，牽扯甚廣。朕再重申一次，關於魏忠賢逆案，如今魏忠賢已被朕禁足宮中，元輔黃立極也已致仕歸鄉，閹黨一案到此為止！至於諸位彈劾的官員，悉數交由三法司審理。該定罪定罪，該流放流放，無罪便是無罪，勿要以黨爭牽連！”
眾臣見朱由檢定下了處理閹黨的基調，而且明言不以黨爭定罪，這下子把眾人的話頭全部堵死了。與此同時，閹黨一派也算是鬆了一口氣，這是不準備打擊擴大化了。
不過東林眾人也不怕，打擊不擴大化就不擴大化，就現在的大明，有幾個官經得起查的。到時候盡管給他們擼下去就行，隻要這些人下去了，就別想再起來了。
而且，朱由檢這麽做，大家雖然沒達到目的，但皇帝也算是對自己一脈妥協了。念及於此，東林眾臣也不再糾結，紛紛附和道：
“吾皇聖明！”
之後，倪元璐接著發言道：
“陛下，那《三朝要典》名不正言不順，乃閹黨魏逆黨同伐異之手段，既然陛下明言厭惡黨爭，那焚毀《三朝要典》勢在必行。請陛下準允！”
“臣等附議！焚毀《三朝要典》，勢在必行，請陛下準允！”
東林眾人也反應過來，紛紛附和。東林黨要想翻身，必須要將《三朝要典》毀掉。否則有這麽個輿論大殺器在，始終對東林黨人有著巨大的負麵影響。
朱由檢看著倪元璐，心中無語。這老小子是真頭鐵啊。《三朝要典》他是知道的，那是魏忠賢指使編纂的，專門用來打擊報複東林黨的利器。然而其中有很多事情也並不都是杜撰，有一定的參考價值。於是目光隱晦的看向施鳯來。
施鳯來會意，出列說道：
“陛下，臣以為倪大人及眾臣所言有理。此等黨爭的產物，留著的確不合適。不過《三朝要典》編纂時，消耗了大量的人力物力，如今朝廷財政開支困難，當年參與修撰的翰林院編修們至今薪俸都還欠著，如今剛編成不久，又要焚毀，恐怕會惹來非議，於陛下名聲不利…”
朱由檢聽著施鳯來這麽說，果斷給這老小子點了一個讚。施鳯來，深得朕心啊…
眾臣聞言，感覺不太對勁，燒個書而已，你提錢幹啥？