慶長一九年，也就是公元1614年，此時的日本天皇已經是個吉祥物，德川家康建立的江戶幕府獨攬朝政，在九年前，德川家康已經將征夷大將軍的位置傳給了德川秀忠，自任大禦所，但依舊掌控著日本的軍政大權，為了確定德川幕府第三代繼承人選，德川家康已經操碎了心，因為此時的朝堂有一半人支持秀忠的長子“竹千代”，另一半人支持次子“國千代”。
恰逢此時，德川幕府和豐臣秀吉的殘餘勢力又到了決戰前夕，一旦處理不當，德川家族會麵臨滅頂之災，所以有“黑衣宰相”之稱的南光坊天海被德川家康找來處理此事，他是德川家康的幕僚，身份非常神秘。有傳聞他就是弄死織田信長的明智光秀，他善於運籌帷幄，並且詭計多端。
由於德川家康急於擊潰豐臣秀吉的次子豐臣秀奈，完全統一日本的大決戰迫在眉睫，所以武士的性命就不能消耗在德川家裏的內鬥之中，所以他希望南光坊天海給自己出一條好的計謀解決此事。
“如今天下大定在即，忍者這個組織在此後將沒有什麽太大的作用，可如果他們被對手利用將非常麻煩，不如讓忍者來代替武士進行爭鬥。” 南光諫言道。
“哦？有什麽好處？” 德川家康問道，示意他進一步解釋。
“一來可以讓朝堂上的兩股勢力都閉嘴，二來甲賀和伊賀是如今最大的兩派，他們可以被相互消耗，以免未來做大，難以控製。” 南光畢恭畢敬地回答道。
“嗯，一石二鳥，此計甚妙！” 德川家康聽後，點頭稱讚。
幾天後，德川家康將甲賀，伊賀兩派的族長叫到了“駿府城”，並且請來服部半藏做見證，此時的服部半藏是腹部家族的族長，第四代服部半藏正廣，他是如今所有忍者派係的總統領。
德川家康先是以借觀摩欣賞的理由，讓甲賀和伊賀兩組相互比拚忍術，甲賀派出的是風待將監，他體形如同蜘蛛一般，敏捷度極高。能從口中噴吐炮彈狀的痰液，其密度有如鐵球，粘度是普通痰的數百倍。
伊賀派出的是夜叉丸，他的忍術為“縱繩之術”，手足上有女人的頭發上塗抹特殊的動物油使其變成又細又硬的殺傷武器，能自由操縱細線切斷岩石。
兩人在德川家康的郡府城裏各顯神通，兩人格鬥許久，不分勝負，卻讓德川家康見識到忍術的可怕，萬一他們刺殺自己該怎麽辦？而到了太平時期，如果讓忍者一族做大，也會成為隱患。德川家康此時下定決心，要把忍者集團徹底鏟除。
就在此時，風待將監和夜叉丸的搏鬥已經進入白熱化，眼看兩人在屋頂鬥得你死我活，德川家康下令讓兩人住手，
“好了！都給我住手！” 德川家康大聲喊道。兩邊的族長緊急發出指令，讓風待將監和夜叉丸停了下來。
“我決定讓伊賀派代表長孫竹千代，甲賀派代表次孫國千代，兩邊各派出十名最強忍者，並且將他們的名字寫在各自的卷軸上，兩隊開始比拚，最後的勝者，拿著卷軸回到郡府城，他所代表的主子將成為第三代的家主。也就是未來的征夷大將軍。”
“是！” 兩邊的族長各自領取卷軸，將名字寫了上去，然後交了上去。
“獲勝一方的忍者，將立下從龍之功，我們德川家必保千年的榮華富貴。” 德川家康的話吊住了大家的胃口，也讓兩派視對方為死敵。
之後，服部半藏宣布以前簽訂的“止戰契約”作廢，甲賀與伊賀的千年恩怨隨著腥風血雨在此時即將重演。
~~
時間回到天正九年，1851年。伊賀忍者的首領阿幻，正在瀑布下淋浴，她等待著情人的幽會，此時她還不知道織田信長正在進攻她所在的伊賀忍者所在的村莊。原因在於2年前，織田信長的兒子織田信雄因為進攻伊賀村而丟了性命，這一次織田信長是為了複仇，等阿幻洗完澡，穿好衣裳，此時她的情人才姍姍來遲，此人正是甲賀流的忍者甲賀彈正，他也是甲賀族的族長首領。
“阿幻！”“彈正！” 兩人呼喚著彼此的名字，擁抱在了一起，她們是相愛多年的戀人，卻因為不同的流派而隻能做地下情人。
“阿幻，你已經十八歲了，我打算這次帶你回去，就宣布娶你為妻。”
“嗯！” 阿幻開心地點著頭，又把頭埋進了彈正的懷裏。
就在兩人你儂我儂之時，不遠處從伊賀村傳來的炮聲驚醒了她們。
“不好，有人襲擊我的村落。” 阿幻掙脫開彈正，朝著村莊奔去，此時村莊裏呼喊聲一片，在織田信長強大的炮火下，不斷有人死傷，四處燃燒著火焰，讓阿幻自責，她正要帶人反擊，一顆子彈射中了她的肩膀，而更多的敵人看見她，朝著她攻擊而來。
就在危難之際，甲賀彈正用忍術打敗了進攻小隊，救出了阿幻，而服部半藏也帶領一群忍者開始救人，可麵對織田信長的火力，服部半藏的辦法也不多，無法有效反擊，隻能讓人帶著阿幻和彈正先行離開。
大家逃到一片樹林裏，阿幻清點為數不多的忍者，心裏滿是愧疚，正當她計劃卷土重來之時，一個忍者鏢射向了她，還好彈正用劍擋住了致命一擊，可還是被阿幻認清了忍者鏢的樣子，這忍者鏢正是甲賀特製的樣式。
“你們想幹什麽？都給我退下！” 彈正是甲賀的首領，可是這些忍者卻根本沒有聽他的，反而繼續攻擊，原來他們聽從老首領的命令，知道伊賀村被圍剿，所以打算落井下石，將伊賀流派滅門。
這些忍者攻擊了一番，都被彈正和阿幻擊退，可阿幻卻感覺這就是彈正的陰謀。先是把自己調離，然後趁她不在，和織田信長裏應外合，最終滅門。
彈正也感受到了阿幻的懷疑，他拔出了劍，可是卻轉身離開，不再看阿幻一眼。
“終究還是宿命難違嗎？”
而身後的阿幻大喊一聲嗎“受死吧！甲賀彈正！她掏出匕首刺向了彈正。“
彈正轉手一擋，兵器碰撞產生的刺耳聲音，讓原本相愛的戀人，成為了不死不休的仇敵。
恰逢此時，德川幕府和豐臣秀吉的殘餘勢力又到了決戰前夕，一旦處理不當，德川家族會麵臨滅頂之災，所以有“黑衣宰相”之稱的南光坊天海被德川家康找來處理此事，他是德川家康的幕僚，身份非常神秘。有傳聞他就是弄死織田信長的明智光秀，他善於運籌帷幄，並且詭計多端。
由於德川家康急於擊潰豐臣秀吉的次子豐臣秀奈，完全統一日本的大決戰迫在眉睫，所以武士的性命就不能消耗在德川家裏的內鬥之中，所以他希望南光坊天海給自己出一條好的計謀解決此事。
“如今天下大定在即，忍者這個組織在此後將沒有什麽太大的作用，可如果他們被對手利用將非常麻煩，不如讓忍者來代替武士進行爭鬥。” 南光諫言道。
“哦？有什麽好處？” 德川家康問道，示意他進一步解釋。
“一來可以讓朝堂上的兩股勢力都閉嘴，二來甲賀和伊賀是如今最大的兩派，他們可以被相互消耗，以免未來做大，難以控製。” 南光畢恭畢敬地回答道。
“嗯，一石二鳥，此計甚妙！” 德川家康聽後，點頭稱讚。
幾天後，德川家康將甲賀，伊賀兩派的族長叫到了“駿府城”，並且請來服部半藏做見證，此時的服部半藏是腹部家族的族長，第四代服部半藏正廣，他是如今所有忍者派係的總統領。
德川家康先是以借觀摩欣賞的理由，讓甲賀和伊賀兩組相互比拚忍術，甲賀派出的是風待將監，他體形如同蜘蛛一般，敏捷度極高。能從口中噴吐炮彈狀的痰液，其密度有如鐵球，粘度是普通痰的數百倍。
伊賀派出的是夜叉丸，他的忍術為“縱繩之術”，手足上有女人的頭發上塗抹特殊的動物油使其變成又細又硬的殺傷武器，能自由操縱細線切斷岩石。
兩人在德川家康的郡府城裏各顯神通，兩人格鬥許久，不分勝負，卻讓德川家康見識到忍術的可怕，萬一他們刺殺自己該怎麽辦？而到了太平時期，如果讓忍者一族做大，也會成為隱患。德川家康此時下定決心，要把忍者集團徹底鏟除。
就在此時，風待將監和夜叉丸的搏鬥已經進入白熱化，眼看兩人在屋頂鬥得你死我活，德川家康下令讓兩人住手，
“好了！都給我住手！” 德川家康大聲喊道。兩邊的族長緊急發出指令，讓風待將監和夜叉丸停了下來。
“我決定讓伊賀派代表長孫竹千代，甲賀派代表次孫國千代，兩邊各派出十名最強忍者，並且將他們的名字寫在各自的卷軸上，兩隊開始比拚，最後的勝者，拿著卷軸回到郡府城，他所代表的主子將成為第三代的家主。也就是未來的征夷大將軍。”
“是！” 兩邊的族長各自領取卷軸，將名字寫了上去，然後交了上去。
“獲勝一方的忍者，將立下從龍之功，我們德川家必保千年的榮華富貴。” 德川家康的話吊住了大家的胃口，也讓兩派視對方為死敵。
之後，服部半藏宣布以前簽訂的“止戰契約”作廢，甲賀與伊賀的千年恩怨隨著腥風血雨在此時即將重演。
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時間回到天正九年，1851年。伊賀忍者的首領阿幻，正在瀑布下淋浴，她等待著情人的幽會，此時她還不知道織田信長正在進攻她所在的伊賀忍者所在的村莊。原因在於2年前，織田信長的兒子織田信雄因為進攻伊賀村而丟了性命，這一次織田信長是為了複仇，等阿幻洗完澡，穿好衣裳，此時她的情人才姍姍來遲，此人正是甲賀流的忍者甲賀彈正，他也是甲賀族的族長首領。
“阿幻！”“彈正！” 兩人呼喚著彼此的名字，擁抱在了一起，她們是相愛多年的戀人，卻因為不同的流派而隻能做地下情人。
“阿幻，你已經十八歲了，我打算這次帶你回去，就宣布娶你為妻。”
“嗯！” 阿幻開心地點著頭，又把頭埋進了彈正的懷裏。
就在兩人你儂我儂之時，不遠處從伊賀村傳來的炮聲驚醒了她們。
“不好，有人襲擊我的村落。” 阿幻掙脫開彈正，朝著村莊奔去，此時村莊裏呼喊聲一片，在織田信長強大的炮火下，不斷有人死傷，四處燃燒著火焰，讓阿幻自責，她正要帶人反擊，一顆子彈射中了她的肩膀，而更多的敵人看見她，朝著她攻擊而來。
就在危難之際，甲賀彈正用忍術打敗了進攻小隊，救出了阿幻，而服部半藏也帶領一群忍者開始救人，可麵對織田信長的火力，服部半藏的辦法也不多，無法有效反擊，隻能讓人帶著阿幻和彈正先行離開。
大家逃到一片樹林裏，阿幻清點為數不多的忍者，心裏滿是愧疚，正當她計劃卷土重來之時，一個忍者鏢射向了她，還好彈正用劍擋住了致命一擊，可還是被阿幻認清了忍者鏢的樣子，這忍者鏢正是甲賀特製的樣式。
“你們想幹什麽？都給我退下！” 彈正是甲賀的首領，可是這些忍者卻根本沒有聽他的，反而繼續攻擊，原來他們聽從老首領的命令，知道伊賀村被圍剿，所以打算落井下石，將伊賀流派滅門。
這些忍者攻擊了一番，都被彈正和阿幻擊退，可阿幻卻感覺這就是彈正的陰謀。先是把自己調離，然後趁她不在，和織田信長裏應外合，最終滅門。
彈正也感受到了阿幻的懷疑，他拔出了劍，可是卻轉身離開，不再看阿幻一眼。
“終究還是宿命難違嗎？”
而身後的阿幻大喊一聲嗎“受死吧！甲賀彈正！她掏出匕首刺向了彈正。“
彈正轉手一擋，兵器碰撞產生的刺耳聲音，讓原本相愛的戀人，成為了不死不休的仇敵。