安皇帝戊元興二年（癸卯，公元四零三年）
春，正月，盧循使司馬徐道覆寇東陽；二月，辛醜，建武將軍劉裕擊破之。道覆，循之姊夫也。
乙卯，以太尉玄為大將軍。
丁巳，玄殺冀州刺史孫無終。
玄上表請帥諸軍掃平關、洛，既而諷朝廷下詔不許，乃雲：“奉詔故止。”玄初欲飭裝，先命作輕舸，載服玩、書畫。或問其故，玄曰：“兵凶戰危，脫有意外，當使輕而易運。”眾皆笑之。
夏，四月，癸巳朔，日有食之。
南燕主備德故吏趙融自長安來，始得母兄凶問，備德號慟吐血，因而寢疾。
司隸校尉慕容達謀反，遣牙門皇璆帥眾攻端門，殿中帥侯赤眉開門應之；中黃門孫進扶備德逾城匿於進舍。段宏等聞宮中有變，勒兵屯四門。備德入宮，誅赤眉等。達出奔魏。
備德優遷徙之民，使之長複不役；民緣此迭相廕冒，或百室合戶，或千丁輩籍，以避課役。尚書韓訁卓請加隱核，備德從之，使訁卓巡行郡縣，得廕戶五萬八千。
泰山賊王始聚眾數萬，自稱太平皇帝，署置公卿；南燕桂林王鎮討禽之。臨刑，或問其父及兄弟安在，始曰：“太上皇蒙塵於外，征東、征西為亂兵所害。”其妻怒之曰：“君正坐此口，奈何尚爾！”始曰：“皇後不知，自古豈有不亡之國！朕則崩矣，終不改號！”
五月，燕王熙作龍騰苑，方十餘裏，役徒二萬人。築景雲山於苑內，基廣五百步，峰高十七丈。
秋，七月，戊子，魏主珪北巡，作離宮於豺山。
平原太守和跋奢豪喜名，珪惡而殺之，使其弟毘等就與訣。跋曰：“a212北土瘠，可遷水南，勉為主計。”且使之背己，曰：“汝何忍視吾之死也！”毘等諭其意，詐稱使者，逃入秦。珪怒，滅其家。中壘將軍鄧淵從弟尚書暉與跋善，或譖諸珪曰：“毘之出亡，暉實送之。”珪疑淵知其謀，賜淵死。
南涼王傉檀及沮渠蒙遜互出兵攻呂隆，隆患之。秦之謀臣言於秦王興曰：“隆藉先世之資，****河外，今雖饑窘，尚能自支，若將來豐贍，終不為吾有。涼州險絕，土田饒沃，不如因其危而取之。”興乃遣使征呂超入侍。隆念姑臧終無以自存，乃因超請迎於秦。興遣尚書左仆射齊難、鎮西將軍姚詰、左王乞伏乾歸、鎮遠將軍趙曜帥步騎四萬迎隆於河西，南涼王傉檀攝昌鬆、魏安二戍以避之。八月，齊難等至姑臧，隆素車白馬迎於道旁。隆勸難擊沮渠蒙遜，蒙遜使臧莫孩拒之，敗其前軍。難乃與蒙遜結盟，蒙遜遣弟挐入貢於秦。難以司馬王尚行涼州刺史，配兵三千鎮姑臧，以將軍閻鬆為倉鬆太守，郭將為番禾太守，分戍二城，徙隆宗族、僚屬及民萬戶於長安，興以隆為散騎常侍，超為安定太守，自餘文武隨才擢敘。
初，郭黁常言“代呂者王”，故其起兵，先推王詳，後推王乞基；及隆東遷，王尚卒代之。黁從乞伏乾歸降秦，以為滅秦者晉也，遂來奔，秦人追得，殺之。
沮渠蒙遜伯父中田護軍親信、臨鬆太守孔篤，皆驕恣為民患，蒙遜曰：“亂吾法者，二伯父也。”皆逼十之使自殺。
秦遣使者梁構至張掖，蒙遜問曰：“禿發傉檀為公而身為侯，何也？”構曰：“傉檀凶狡，款誠未著，故朝廷以重爵虛名羈縻之。將軍忠貫白日，當入讚帝室，豈可以不信相待也！聖朝爵必稱功，如尹緯、姚晃，佐命之臣，齊難、徐洛，一時猛將，爵皆不過侯伯，將軍何以先之乎！昔竇融殷勤固讓，不欲居舊臣之右，不意將軍忽有此問！”蒙遜曰：“朝廷何不即封張掖而更遠封西海邪？”構曰：“張掖，將軍已自有之，所以遠授西海者，欲廣大將軍之國耳。”蒙遜悅，乃受命。
荊州刺史桓偉卒，大將軍玄以桓修代之。從事中郎曹靖之說玄曰：“謙、修兄弟專據內外，權勢太重。”玄乃以南郡相桓石康為荊州刺史。石康，豁之子也。
劉裕破盧循於永嘉，追至晉安，屢破之，循浮海南走。
何無忌潛詣裕，勸裕於山陰起兵討桓玄。裕謀於土豪孔靖，靖曰：“山陰去都道遠，舉事難成；且玄未篡位，不如待其已篡，於京口圖之。”裕從之，靖，愉之孫也。
九月，魏主珪如南平城，規度a212南，將建新都。
侍中殷仲文、散騎常侍卞範之勸大將軍玄早受禪，陰撰九錫文及冊命。以桓謙為侍中、開府、錄尚書事，王謐為中書監、領司徒，桓胤為中書令，加桓修撫軍大將軍。胤，衝之孫也。丙子，冊命玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國置丞相以下官。
桓謙私問彭城內史劉裕曰：“楚王勳德隆重，朝廷之情，鹹謂宜有揖讓，卿以為何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勳德蓋世。晉室微弱，民望久移，乘運禪代，有何不可？”謙喜曰：“卿謂之可即可耳。”
新野人庾仄，殷仲堪之黨也，聞桓偉死，石康未至，乃起兵襲雍州刺史馮該於襄陽，走之。仄有眾七千，設壇，祭七廟，雲欲討桓玄，江陵震動。石康至州，發兵攻襄陽，仄敗，奔秦。
高雅之表南燕主備德請伐桓玄曰：“縱未能廓清吳、會，亦可收江北之地。”中書侍郎韓範亦上疏曰：“今晉室衰亂，江、淮南北，戶口無幾，戎馬單弱。重以桓玄悖逆，上下離心；以陛下神武，發步騎一萬臨之，彼必土崩瓦解，兵不留行矣。得而有之，秦、魏不足敵也。拓地定功，正在今日。失時不取，彼之豪傑誅滅桓玄，更修德政，豈惟建康不可得，江北亦無望矣。”備德曰：“朕以舊邦覆沒，欲先定中原，乃平蕩荊、揚，故未南征耳。其駐公卿議之。”因講武城西，步卒三十七萬人，騎五萬三千匹，車萬七千乘。公卿皆以為玄新得誌，未可圖，乃止。
冬，十月，楚王玄上表請歸籓，使帝作手詔固留之。又詐言錢塘臨平湖開，江州甘露降，使百僚集賀，用為己受命之符。又以前世皆有隱士，恥於己時獨無，求得西朝隱士安定皇甫謐六世孫希之，給其資用，使隱居山林；征為著作郎，使希之固辭不就，然後下詔旌禮，號曰高士。時人謂之“充隱。”又欲廢錢用穀、帛及複肉刑，製作紛紜，誌無一定，變更回複，卒無所施行。性複貪鄙，人士有法書、好畫及佳園宅，必假蒲博而取之；尤愛珠玉，未嚐離手。
乙卯，魏主珪立其子嗣為齊王，加位相國；紹為清河王，加征南大將軍；熙為陽平王；曜為河南王。
丁巳，魏將軍伊謂帥騎二萬襲高車餘種袁紇、烏頻；十一月，庚午，大破之。
詔楚王玄行天子禮樂，妃為王後，世子為太子。丁醜，卞範之為禪詔，使臨川王寶逼十帝書之。寶，晞之曾孫也。庚辰，帝臨軒，遣兼太保、領司徒王謐奉璽綬，禪位於楚。壬午，帝出居永安宮。癸未，遷太慶神主於琅邪國，穆章何皇後及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官詣姑孰勸進。十二月，庚寅朔，玄築壇於九井山北，壬辰，即皇帝位。冊文多非溥晉室，或諫之，玄曰：“揖讓之文，正可陳之於下民耳，豈可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固縣封帝為平固王，降何後為零陵縣君，琅邪王德文為石陽縣公，武陵王遵為彭澤縣候。追尊文溫為宣武皇帝，廟號太祖，南康公主為宣皇後，封子昇為豫章王。以會稽內史王愉為尚書仆射，愉子相國左長史綏為中書令。綏，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宮，登禦坐，而床忽陷，群下失色。殷仲文曰：“將由聖德深厚，地不能載。”玄大悅。梁王珍之男臣孔樸奉珍之奔壽陽。珍之，晞之曾孫也。
戊申，燕王熙尊燕主垂之貴嬪段氏為皇太後。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻貴嬪為皇後，大赦。
辛亥，桓玄遷帝於尋陽。
燕以衛尉悅真為青州刺史，鎮新城；光大夫衛駒為並州刺史，鎮凡城。
癸醜，納桓溫神主於太廟。桓玄臨聽訟觀閱囚徒，罪無輕重，多得原放；有幹輿乞者，時或恤之。其好行小惠如此。
是歲，魏主珪始命有司製冠服，以品秩為差。然法度草創，多不稽古。
安皇帝戊元興三年（甲辰，公元四零四年）
春，正月，桓玄立其妻劉氏為皇後。劉氏，喬之曾孫也。玄以其祖彝以上名位不顯，不複追尊立廟。散騎常侍徐廣曰：“敬其父則子悅，請依故事立七廟。”玄曰：“禮，太祖東向，左昭右穆。晉立七廟，宣帝不得正東向之位，何足法也！”秘書監卞承之謂廣曰：“若宗廟之祭果不及祖，有以知楚德之不長矣。”廣，邈之弟也。
玄自即位，心常不自安。二月，己醜朔，夜，濤水入石頭，流殺人甚多，歡嘩震天。玄聞之，懼，曰：“奴輩作矣！”
玄性苛細，好自矜伐。主者奏事，或一字不體，或片辭之謬，必加糾擿，以示聰明。尚書答詔誤書“春蒐為“春菟”，自左丞王納之以下，凡所關署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，詔令紛紜，有司奉答不暇，而紀綱不治，奏案停積，不能知也。又性好遊畋，或一日數出。遷居東宮，更繕宮室，土木並興，督迫嚴促，朝野騷然，思亂者眾。
玄遣使加益州刺史毛璩散騎常侍、左將軍。璩執留玄使，不受其命。璩，寶之孫也。玄以桓希為梁州刺史，分命諸將戍三巴以備之。璩傳檄遠近，列玄罪狀，遣巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊破希等，仍帥眾進屯白帝。
劉裕從徐、兗二州刺史，安成王桓修入朝。玄謂王謐曰：“裕風骨不常，蓋人傑也。”每遊集，必引接殷勤，贈賜甚厚。玄後劉氏，有智鑒，謂玄曰：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之。”玄曰：“我方平蕩中原，非裕莫可用者；俟關、河平定，然後別議之耳。”
玄以桓弘為青州刺史，鎮廣陵；刁逵為豫州刺史，鎮曆陽。弘，修之弟；逵，彝之子也。
劉裕與何無忌同舟還京口，密謀興複晉室。劉邁弟毅家於京口，亦與無忌謀討玄。無忌曰：“桓氏強盛，其可圖乎？”毅曰：“天下自有強弱，苟為失道，雖強易弱，正患事主難得耳。”無忌曰：“天下草澤之中非無英雄也。”毅曰：“所見唯有劉下邳。”無忌笑而不答，還以告裕，遂與毅定謀。
初，太原王元德及弟仲德為苻氏起兵攻燕主垂，不克，來奔，朝廷以元德為弘農太守。仲德見桓玄稱帝，謂人曰：“自古革命誠非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶為青州主簿，桓弘使昶至建康，玄見而悅之，謂劉邁曰：“素士中得一尚書郎，卿與其州裏，寧相識否？”邁素與昶不善，對曰：“臣在京口，不聞昶有異能，唯聞父子紛紛更相贈詩耳。”玄笑而止，。昶聞而恨之，既還京口，裕謂昶曰：“草間當有英雄起，卿頗聞乎？”昶曰：“今日英雄有誰，正當是卿耳！”
於是裕、毅、無忌、元德、仲德、昶及裕弟道規、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、河內太守隨西辛扈興、振威將軍東莞童厚之，相與合謀起兵。道規為桓弘中兵參軍，裕使毅就道規及昶於江北，共殺弘，據廣陵；長民為刁逵參軍，使長民殺逵，據曆陽；元德、扈興、厚之在建康，使之聚眾攻玄為內應；刻期齊發。
孟昶妻周氏富於財，昶謂之曰：“劉邁毀我於桓公，使我一生滄陷，我決當作賊。卿幸早離絕，脫得富貴，相迎不晚也。”周我曰：“君父母在堂，欲建非常之謀，豈婦人所能諫！事之不成，當於奚官中奉養大家，義無歸誌也。”昶悵然久之而起。周氏追昶坐，曰：“觀君舉措，非謀及婦人者，不過欲得財物耳。”因指懷中兒示之曰：“此兒可賣，亦當不惜。”遂傾貲以給之。昶弟顗妻，周氏之從妹也，周氏紿之曰：“昨夜夢殊不祥，門內絳色物宜悉取以為厭勝。”妹信而與之，遂盡縫以為軍士袍。
何無忌夜於屏風裏草檄文，其母，劉牢之姊也，登榆密窺之，泣曰：“吾不及東海呂母明矣。汝能如此，吾複何恨！”問所與同謀者，曰：“劉裕。”母尤喜，因為言玄必敗，舉事必成之理以勸之。
乙卯，裕托以遊獵，與無忌收合徒眾，得百餘人。丙辰，詰旦，京口城開，無忌著傳詔服，稱敕使，居前，徒眾隨之齊入，即斬桓修以徇。修司馬刁弘帥文武佐吏來赴，裕登城謂之曰：“郭江州已奉乘輿返正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，今日賊玄之首已當梟梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎？今來欲何為？”弘等信之，收眾而退。
裕問無忌曰：“今急須一府主簿，何由得之？”無忌曰：“無過劉道民。”道民者，東莞劉穆之也。裕曰：“吾亦識之。”即馳信召焉。時穆之聞京口歡噪聲，晨起，出陌頭，屬與信會。穆之直視不言者久之，既而返室，壞布裳為袴，往見裕。裕曰：“始舉大義，方造艱難，須一軍吏甚急，卿謂誰堪其選？”穆之曰：“貴府始建，軍吏實須其才，倉猝之際，略當無見逾者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事濟矣。”即於坐署主簿。
孟昶勸桓弘其日出獵，天未明，開門出獵人；昶與劉毅、劉道規帥壯士數十人直入，弘方啖粥，即斬之。因收眾濟江。裕使毅誅刁弘。
先是，裕遣同謀周安穆入建康報劉邁，邁雖酬許，意甚惶懼。安穆慮事泄，乃馳歸。玄以為邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：“北府人情雲何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。既而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。
眾推劉裕為盟，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之眾千七百人，軍於竹裏，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長尼已據曆陽。
玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新安王桓謙征討都督，以殷仲文代桓修為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：“彼兵銳甚，計出萬死，若有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣；不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百裏，無所得，銳氣已挫，忽見大軍，必驚愕；我按兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走，此策之上也。”謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷相繼北上。玄憂懼特甚。或曰：“裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深！”玄曰：“劉裕足為一世之雄，劉毅家無擔石之儲，樗蒲一擲百萬，何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！”
南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱籓，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之製也。車騎僻在遐籓，密邇勍寇，蓋為國家重門之防，不圖陛下忽以為嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不許。
初，袁真殺硃憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大呼以衝之，眾皆披靡，即斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀賃之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為托。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。
玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問群臣曰：“朕其敗乎？”吏部郎曹靖之對曰：“民怨神怒，臣實懼焉。”玄曰：“民或可怨，神何為怒？”對曰：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓謙及遊擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，眾合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，布滿山穀。玄偵候者還，雲“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬥誌。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎慓天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昇，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡籓，執馬鞚諫曰：“今羽林射手猶有八百，皆是義戰，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天，因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，昇抱其胸而撫之，玄悲不自勝。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕於馬上抱方回與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鍾據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼十，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖複不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。
壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止谘焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬馳，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛。桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣曆陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：“卿當為一代英雄。”裕嚐與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩報怨，何其狹哉！
尚書左仆射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅，綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼十帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作《起居注》，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與群下議時事。《起居注》既成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥，謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：“劉公衰老，有安齊之誌，不可告也。”雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己醜，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱製書，教稱令書。以司馬休之監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書仆射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，眾益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：“今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而群小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。”荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；乃玄敗，眾謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嚐因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕箋白武陵王，迎還複位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇曆陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。
玄使武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：“賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。”眾曰：“澹之不在其中，得之無益。”無忌曰：“今眾寡不敵，戰無全勝，澹之既不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之；得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。”道規曰：“善！”遂往攻而得之，因傳呼曰：“已得何澹之矣”。澹之軍中驚擾。無忌之眾亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師。。加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡籓所乘艦為官軍所燒，籓全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞籓為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有眾二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄複帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：“若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。”
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖從弟悅代大那謀殺社侖，不克，奔魏。
燕王熙於友騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，?曷死者大半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥眾自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，眾憚之，欲退還尋陽。道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。”因麾眾先進。毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是眾莫有鬥心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷隸討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇後及王皇後於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從，欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於暗中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中，屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫祐之及參軍費恬帥數百人，送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚回洲。祐之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：“汝何人，敢殺天子！”遷曰：“我殺天子之賊耳！”遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾?責之，執桓昇送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼十從逆者一無所問。戊寅，奉神主於太廟。劉毅等傳送玄首，梟於大桁。
毅等既戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍醒振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振雲“桓歆已克京邑，馮稚複克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。”振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚眾應之。閏月，己醜，複陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓昇所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：“臣門戶何負國家，而屠滅若是！””琅邪王德文下床謂曰：“此豈我兄弟意邪！”振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。
癸巳，謙等帥群臣奉璽綬於帝曰：“主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心複歸於晉矣。”以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙複為侍中、衛將軍，加江、豫二州刺史，帝侍禦左右，皆振心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齒之。至是，歎曰：“公昔不早用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定也。今獨作此，安歸乎？”遂縱意酒色，肆行誅殺。謙勸振引兵下戰，己守江陵，振素輕謙，不從其言。
劉毅至巴陵，誅王稚徽。何無忌、劉道規進攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍泉，皆破之。蔚，秘之子也。
無忌欲乘勝直趣江陵，道規曰：“兵法屈申有時，不可苟進。諸桓世居西楚，群下皆為竭力；振勇冠三軍，難與爭鋒。且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。”無忌不從。振逆戰於靈溪，馮該以兵會之，無忌等大敗，死者千餘人。退還尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉容以毅節度諸軍，免其青州刺史。桓振以桓蔚為雍州刺史，鎮襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聞桓玄死，自白帝進軍，至枝江，聞何無忌等敗於靈溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，約之詣桓振偽降，欲謀襲振，事泄，振殺之。約之司馬時延祖、涪陵太守文處茂收其餘眾，保涪陵。
六月，毛璩遣將攻漢中，斬桓希，璩自領梁州。
秋，七月，戊申，永安皇後何氏崩。
燕苻昭儀有疾，龍城人王榮自言能療之。昭儀卒，燕王熙立榮於公車門，支解而焚之。
八月，癸酉，葬穆章皇後於永平陵。
魏置六謁官，準古六卿。
九月，刁騁謀反，伏誅，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客縱橫，專固山澤，為京口之患。劉裕散其資蓄，令民稱力而取之，彌日不盡。時州郡饑弊，民賴之以濟。
乞伏乾歸及楊盛戰於竹嶺，為盛所敗。
西涼公暠立子歆為世子。
魏主珪臨昭陽殿改補百官，引朝臣文武，親加銓擇，隨才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。其品第一至第四，舊臣有功無爵者追封之，宗室疏遠及異姓襲封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀異、武官堪為將帥者，其品亦比第五至第九；百官有闕，則取於其中以補之。其官名多不用漢、魏之舊，仿上古龍官、鳥官，謂諸曹之使為鳧鴨，取其飛之迅疾也；謂候官伺察者為白鷺，取其延頸遠望也；餘皆類此。
盧循寇南海，攻番禺。廣州刺史濮陽吳隱之拒守百餘日。冬，十月，壬戌，循夜襲城而陷之，燒府舍、民室俱盡，執吳隱之。循自稱平南將軍，攝廣州事。聚燒骨為共塚，葬於洲上，得髑髏三萬餘枚。又使徐道覆攻始興，執始興相阮腆之。
劉容領青州刺史。劉敬宣在尋陽，聚糧繕船，未嚐無備，故何無忌等雖敗退，賴以複振。桓玄兄子亮自稱江州刺史，寇豫章，敬宣擊破之。
劉毅、何無忌、劉道規複自尋陽西上，至夏口。桓振遣鎮東將軍馮該守東岸，揚武將軍孟山圖據魯山城，輔國將軍桓仙客守偃月壘，眾合萬人，水陸相援。毅攻魯山城，道規攻偃月壘，無忌遏中流，自辰至午，二城俱潰，生禽山圖、仙客，該走石城。
辛巳，魏大赦，改元天賜。築西宮。十一月，魏主珪如西宮，命宗室置宗師，八國置大師、小師，州郡亦各置師，以辨宗黨，舉才行，如魏、晉中正之職。
燕王熙與苻後遊畋，北登白鹿山，東逾青嶺，南臨滄海而還，士卒為虎狼所殺及凍死者五千餘人。
十二月，劉毅等進克巴陵。毅號令嚴整，所過百姓安悅。劉裕複以毅為兗州刺史。桓振以桓放之為益州刺史，屯西陵；文處茂擊破之，放之走還江陵。
高句麗侵燕。
戊辰，魏主珪如豺山宮。
是歲，晉民避亂，繈負之淮北者道路相屬。
春，正月，盧循使司馬徐道覆寇東陽；二月，辛醜，建武將軍劉裕擊破之。道覆，循之姊夫也。
乙卯，以太尉玄為大將軍。
丁巳，玄殺冀州刺史孫無終。
玄上表請帥諸軍掃平關、洛，既而諷朝廷下詔不許，乃雲：“奉詔故止。”玄初欲飭裝，先命作輕舸，載服玩、書畫。或問其故，玄曰：“兵凶戰危，脫有意外，當使輕而易運。”眾皆笑之。
夏，四月，癸巳朔，日有食之。
南燕主備德故吏趙融自長安來，始得母兄凶問，備德號慟吐血，因而寢疾。
司隸校尉慕容達謀反，遣牙門皇璆帥眾攻端門，殿中帥侯赤眉開門應之；中黃門孫進扶備德逾城匿於進舍。段宏等聞宮中有變，勒兵屯四門。備德入宮，誅赤眉等。達出奔魏。
備德優遷徙之民，使之長複不役；民緣此迭相廕冒，或百室合戶，或千丁輩籍，以避課役。尚書韓訁卓請加隱核，備德從之，使訁卓巡行郡縣，得廕戶五萬八千。
泰山賊王始聚眾數萬，自稱太平皇帝，署置公卿；南燕桂林王鎮討禽之。臨刑，或問其父及兄弟安在，始曰：“太上皇蒙塵於外，征東、征西為亂兵所害。”其妻怒之曰：“君正坐此口，奈何尚爾！”始曰：“皇後不知，自古豈有不亡之國！朕則崩矣，終不改號！”
五月，燕王熙作龍騰苑，方十餘裏，役徒二萬人。築景雲山於苑內，基廣五百步，峰高十七丈。
秋，七月，戊子，魏主珪北巡，作離宮於豺山。
平原太守和跋奢豪喜名，珪惡而殺之，使其弟毘等就與訣。跋曰：“a212北土瘠，可遷水南，勉為主計。”且使之背己，曰：“汝何忍視吾之死也！”毘等諭其意，詐稱使者，逃入秦。珪怒，滅其家。中壘將軍鄧淵從弟尚書暉與跋善，或譖諸珪曰：“毘之出亡，暉實送之。”珪疑淵知其謀，賜淵死。
南涼王傉檀及沮渠蒙遜互出兵攻呂隆，隆患之。秦之謀臣言於秦王興曰：“隆藉先世之資，****河外，今雖饑窘，尚能自支，若將來豐贍，終不為吾有。涼州險絕，土田饒沃，不如因其危而取之。”興乃遣使征呂超入侍。隆念姑臧終無以自存，乃因超請迎於秦。興遣尚書左仆射齊難、鎮西將軍姚詰、左王乞伏乾歸、鎮遠將軍趙曜帥步騎四萬迎隆於河西，南涼王傉檀攝昌鬆、魏安二戍以避之。八月，齊難等至姑臧，隆素車白馬迎於道旁。隆勸難擊沮渠蒙遜，蒙遜使臧莫孩拒之，敗其前軍。難乃與蒙遜結盟，蒙遜遣弟挐入貢於秦。難以司馬王尚行涼州刺史，配兵三千鎮姑臧，以將軍閻鬆為倉鬆太守，郭將為番禾太守，分戍二城，徙隆宗族、僚屬及民萬戶於長安，興以隆為散騎常侍，超為安定太守，自餘文武隨才擢敘。
初，郭黁常言“代呂者王”，故其起兵，先推王詳，後推王乞基；及隆東遷，王尚卒代之。黁從乞伏乾歸降秦，以為滅秦者晉也，遂來奔，秦人追得，殺之。
沮渠蒙遜伯父中田護軍親信、臨鬆太守孔篤，皆驕恣為民患，蒙遜曰：“亂吾法者，二伯父也。”皆逼十之使自殺。
秦遣使者梁構至張掖，蒙遜問曰：“禿發傉檀為公而身為侯，何也？”構曰：“傉檀凶狡，款誠未著，故朝廷以重爵虛名羈縻之。將軍忠貫白日，當入讚帝室，豈可以不信相待也！聖朝爵必稱功，如尹緯、姚晃，佐命之臣，齊難、徐洛，一時猛將，爵皆不過侯伯，將軍何以先之乎！昔竇融殷勤固讓，不欲居舊臣之右，不意將軍忽有此問！”蒙遜曰：“朝廷何不即封張掖而更遠封西海邪？”構曰：“張掖，將軍已自有之，所以遠授西海者，欲廣大將軍之國耳。”蒙遜悅，乃受命。
荊州刺史桓偉卒，大將軍玄以桓修代之。從事中郎曹靖之說玄曰：“謙、修兄弟專據內外，權勢太重。”玄乃以南郡相桓石康為荊州刺史。石康，豁之子也。
劉裕破盧循於永嘉，追至晉安，屢破之，循浮海南走。
何無忌潛詣裕，勸裕於山陰起兵討桓玄。裕謀於土豪孔靖，靖曰：“山陰去都道遠，舉事難成；且玄未篡位，不如待其已篡，於京口圖之。”裕從之，靖，愉之孫也。
九月，魏主珪如南平城，規度a212南，將建新都。
侍中殷仲文、散騎常侍卞範之勸大將軍玄早受禪，陰撰九錫文及冊命。以桓謙為侍中、開府、錄尚書事，王謐為中書監、領司徒，桓胤為中書令，加桓修撫軍大將軍。胤，衝之孫也。丙子，冊命玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國置丞相以下官。
桓謙私問彭城內史劉裕曰：“楚王勳德隆重，朝廷之情，鹹謂宜有揖讓，卿以為何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勳德蓋世。晉室微弱，民望久移，乘運禪代，有何不可？”謙喜曰：“卿謂之可即可耳。”
新野人庾仄，殷仲堪之黨也，聞桓偉死，石康未至，乃起兵襲雍州刺史馮該於襄陽，走之。仄有眾七千，設壇，祭七廟，雲欲討桓玄，江陵震動。石康至州，發兵攻襄陽，仄敗，奔秦。
高雅之表南燕主備德請伐桓玄曰：“縱未能廓清吳、會，亦可收江北之地。”中書侍郎韓範亦上疏曰：“今晉室衰亂，江、淮南北，戶口無幾，戎馬單弱。重以桓玄悖逆，上下離心；以陛下神武，發步騎一萬臨之，彼必土崩瓦解，兵不留行矣。得而有之，秦、魏不足敵也。拓地定功，正在今日。失時不取，彼之豪傑誅滅桓玄，更修德政，豈惟建康不可得，江北亦無望矣。”備德曰：“朕以舊邦覆沒，欲先定中原，乃平蕩荊、揚，故未南征耳。其駐公卿議之。”因講武城西，步卒三十七萬人，騎五萬三千匹，車萬七千乘。公卿皆以為玄新得誌，未可圖，乃止。
冬，十月，楚王玄上表請歸籓，使帝作手詔固留之。又詐言錢塘臨平湖開，江州甘露降，使百僚集賀，用為己受命之符。又以前世皆有隱士，恥於己時獨無，求得西朝隱士安定皇甫謐六世孫希之，給其資用，使隱居山林；征為著作郎，使希之固辭不就，然後下詔旌禮，號曰高士。時人謂之“充隱。”又欲廢錢用穀、帛及複肉刑，製作紛紜，誌無一定，變更回複，卒無所施行。性複貪鄙，人士有法書、好畫及佳園宅，必假蒲博而取之；尤愛珠玉，未嚐離手。
乙卯，魏主珪立其子嗣為齊王，加位相國；紹為清河王，加征南大將軍；熙為陽平王；曜為河南王。
丁巳，魏將軍伊謂帥騎二萬襲高車餘種袁紇、烏頻；十一月，庚午，大破之。
詔楚王玄行天子禮樂，妃為王後，世子為太子。丁醜，卞範之為禪詔，使臨川王寶逼十帝書之。寶，晞之曾孫也。庚辰，帝臨軒，遣兼太保、領司徒王謐奉璽綬，禪位於楚。壬午，帝出居永安宮。癸未，遷太慶神主於琅邪國，穆章何皇後及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官詣姑孰勸進。十二月，庚寅朔，玄築壇於九井山北，壬辰，即皇帝位。冊文多非溥晉室，或諫之，玄曰：“揖讓之文，正可陳之於下民耳，豈可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固縣封帝為平固王，降何後為零陵縣君，琅邪王德文為石陽縣公，武陵王遵為彭澤縣候。追尊文溫為宣武皇帝，廟號太祖，南康公主為宣皇後，封子昇為豫章王。以會稽內史王愉為尚書仆射，愉子相國左長史綏為中書令。綏，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宮，登禦坐，而床忽陷，群下失色。殷仲文曰：“將由聖德深厚，地不能載。”玄大悅。梁王珍之男臣孔樸奉珍之奔壽陽。珍之，晞之曾孫也。
戊申，燕王熙尊燕主垂之貴嬪段氏為皇太後。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻貴嬪為皇後，大赦。
辛亥，桓玄遷帝於尋陽。
燕以衛尉悅真為青州刺史，鎮新城；光大夫衛駒為並州刺史，鎮凡城。
癸醜，納桓溫神主於太廟。桓玄臨聽訟觀閱囚徒，罪無輕重，多得原放；有幹輿乞者，時或恤之。其好行小惠如此。
是歲，魏主珪始命有司製冠服，以品秩為差。然法度草創，多不稽古。
安皇帝戊元興三年（甲辰，公元四零四年）
春，正月，桓玄立其妻劉氏為皇後。劉氏，喬之曾孫也。玄以其祖彝以上名位不顯，不複追尊立廟。散騎常侍徐廣曰：“敬其父則子悅，請依故事立七廟。”玄曰：“禮，太祖東向，左昭右穆。晉立七廟，宣帝不得正東向之位，何足法也！”秘書監卞承之謂廣曰：“若宗廟之祭果不及祖，有以知楚德之不長矣。”廣，邈之弟也。
玄自即位，心常不自安。二月，己醜朔，夜，濤水入石頭，流殺人甚多，歡嘩震天。玄聞之，懼，曰：“奴輩作矣！”
玄性苛細，好自矜伐。主者奏事，或一字不體，或片辭之謬，必加糾擿，以示聰明。尚書答詔誤書“春蒐為“春菟”，自左丞王納之以下，凡所關署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，詔令紛紜，有司奉答不暇，而紀綱不治，奏案停積，不能知也。又性好遊畋，或一日數出。遷居東宮，更繕宮室，土木並興，督迫嚴促，朝野騷然，思亂者眾。
玄遣使加益州刺史毛璩散騎常侍、左將軍。璩執留玄使，不受其命。璩，寶之孫也。玄以桓希為梁州刺史，分命諸將戍三巴以備之。璩傳檄遠近，列玄罪狀，遣巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊破希等，仍帥眾進屯白帝。
劉裕從徐、兗二州刺史，安成王桓修入朝。玄謂王謐曰：“裕風骨不常，蓋人傑也。”每遊集，必引接殷勤，贈賜甚厚。玄後劉氏，有智鑒，謂玄曰：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之。”玄曰：“我方平蕩中原，非裕莫可用者；俟關、河平定，然後別議之耳。”
玄以桓弘為青州刺史，鎮廣陵；刁逵為豫州刺史，鎮曆陽。弘，修之弟；逵，彝之子也。
劉裕與何無忌同舟還京口，密謀興複晉室。劉邁弟毅家於京口，亦與無忌謀討玄。無忌曰：“桓氏強盛，其可圖乎？”毅曰：“天下自有強弱，苟為失道，雖強易弱，正患事主難得耳。”無忌曰：“天下草澤之中非無英雄也。”毅曰：“所見唯有劉下邳。”無忌笑而不答，還以告裕，遂與毅定謀。
初，太原王元德及弟仲德為苻氏起兵攻燕主垂，不克，來奔，朝廷以元德為弘農太守。仲德見桓玄稱帝，謂人曰：“自古革命誠非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶為青州主簿，桓弘使昶至建康，玄見而悅之，謂劉邁曰：“素士中得一尚書郎，卿與其州裏，寧相識否？”邁素與昶不善，對曰：“臣在京口，不聞昶有異能，唯聞父子紛紛更相贈詩耳。”玄笑而止，。昶聞而恨之，既還京口，裕謂昶曰：“草間當有英雄起，卿頗聞乎？”昶曰：“今日英雄有誰，正當是卿耳！”
於是裕、毅、無忌、元德、仲德、昶及裕弟道規、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、河內太守隨西辛扈興、振威將軍東莞童厚之，相與合謀起兵。道規為桓弘中兵參軍，裕使毅就道規及昶於江北，共殺弘，據廣陵；長民為刁逵參軍，使長民殺逵，據曆陽；元德、扈興、厚之在建康，使之聚眾攻玄為內應；刻期齊發。
孟昶妻周氏富於財，昶謂之曰：“劉邁毀我於桓公，使我一生滄陷，我決當作賊。卿幸早離絕，脫得富貴，相迎不晚也。”周我曰：“君父母在堂，欲建非常之謀，豈婦人所能諫！事之不成，當於奚官中奉養大家，義無歸誌也。”昶悵然久之而起。周氏追昶坐，曰：“觀君舉措，非謀及婦人者，不過欲得財物耳。”因指懷中兒示之曰：“此兒可賣，亦當不惜。”遂傾貲以給之。昶弟顗妻，周氏之從妹也，周氏紿之曰：“昨夜夢殊不祥，門內絳色物宜悉取以為厭勝。”妹信而與之，遂盡縫以為軍士袍。
何無忌夜於屏風裏草檄文，其母，劉牢之姊也，登榆密窺之，泣曰：“吾不及東海呂母明矣。汝能如此，吾複何恨！”問所與同謀者，曰：“劉裕。”母尤喜，因為言玄必敗，舉事必成之理以勸之。
乙卯，裕托以遊獵，與無忌收合徒眾，得百餘人。丙辰，詰旦，京口城開，無忌著傳詔服，稱敕使，居前，徒眾隨之齊入，即斬桓修以徇。修司馬刁弘帥文武佐吏來赴，裕登城謂之曰：“郭江州已奉乘輿返正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，今日賊玄之首已當梟梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎？今來欲何為？”弘等信之，收眾而退。
裕問無忌曰：“今急須一府主簿，何由得之？”無忌曰：“無過劉道民。”道民者，東莞劉穆之也。裕曰：“吾亦識之。”即馳信召焉。時穆之聞京口歡噪聲，晨起，出陌頭，屬與信會。穆之直視不言者久之，既而返室，壞布裳為袴，往見裕。裕曰：“始舉大義，方造艱難，須一軍吏甚急，卿謂誰堪其選？”穆之曰：“貴府始建，軍吏實須其才，倉猝之際，略當無見逾者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事濟矣。”即於坐署主簿。
孟昶勸桓弘其日出獵，天未明，開門出獵人；昶與劉毅、劉道規帥壯士數十人直入，弘方啖粥，即斬之。因收眾濟江。裕使毅誅刁弘。
先是，裕遣同謀周安穆入建康報劉邁，邁雖酬許，意甚惶懼。安穆慮事泄，乃馳歸。玄以為邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：“北府人情雲何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。既而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。
眾推劉裕為盟，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之眾千七百人，軍於竹裏，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長尼已據曆陽。
玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新安王桓謙征討都督，以殷仲文代桓修為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：“彼兵銳甚，計出萬死，若有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣；不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百裏，無所得，銳氣已挫，忽見大軍，必驚愕；我按兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走，此策之上也。”謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷相繼北上。玄憂懼特甚。或曰：“裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深！”玄曰：“劉裕足為一世之雄，劉毅家無擔石之儲，樗蒲一擲百萬，何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！”
南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱籓，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之製也。車騎僻在遐籓，密邇勍寇，蓋為國家重門之防，不圖陛下忽以為嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不許。
初，袁真殺硃憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大呼以衝之，眾皆披靡，即斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀賃之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為托。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。
玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問群臣曰：“朕其敗乎？”吏部郎曹靖之對曰：“民怨神怒，臣實懼焉。”玄曰：“民或可怨，神何為怒？”對曰：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓謙及遊擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，眾合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，布滿山穀。玄偵候者還，雲“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬥誌。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎慓天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昇，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡籓，執馬鞚諫曰：“今羽林射手猶有八百，皆是義戰，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天，因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，昇抱其胸而撫之，玄悲不自勝。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕於馬上抱方回與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鍾據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼十，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖複不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。
壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止谘焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬馳，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛。桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣曆陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：“卿當為一代英雄。”裕嚐與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩報怨，何其狹哉！
尚書左仆射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅，綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼十帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作《起居注》，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與群下議時事。《起居注》既成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥，謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：“劉公衰老，有安齊之誌，不可告也。”雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己醜，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱製書，教稱令書。以司馬休之監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書仆射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，眾益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：“今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而群小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。”荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；乃玄敗，眾謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嚐因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕箋白武陵王，迎還複位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇曆陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。
玄使武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：“賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。”眾曰：“澹之不在其中，得之無益。”無忌曰：“今眾寡不敵，戰無全勝，澹之既不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之；得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。”道規曰：“善！”遂往攻而得之，因傳呼曰：“已得何澹之矣”。澹之軍中驚擾。無忌之眾亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師。。加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡籓所乘艦為官軍所燒，籓全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞籓為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有眾二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄複帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：“若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。”
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖從弟悅代大那謀殺社侖，不克，奔魏。
燕王熙於友騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，?曷死者大半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥眾自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，眾憚之，欲退還尋陽。道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。”因麾眾先進。毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是眾莫有鬥心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷隸討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇後及王皇後於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從，欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於暗中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中，屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫祐之及參軍費恬帥數百人，送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚回洲。祐之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：“汝何人，敢殺天子！”遷曰：“我殺天子之賊耳！”遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾?責之，執桓昇送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼十從逆者一無所問。戊寅，奉神主於太廟。劉毅等傳送玄首，梟於大桁。
毅等既戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍醒振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振雲“桓歆已克京邑，馮稚複克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。”振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚眾應之。閏月，己醜，複陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓昇所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：“臣門戶何負國家，而屠滅若是！””琅邪王德文下床謂曰：“此豈我兄弟意邪！”振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。
癸巳，謙等帥群臣奉璽綬於帝曰：“主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心複歸於晉矣。”以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙複為侍中、衛將軍，加江、豫二州刺史，帝侍禦左右，皆振心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齒之。至是，歎曰：“公昔不早用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定也。今獨作此，安歸乎？”遂縱意酒色，肆行誅殺。謙勸振引兵下戰，己守江陵，振素輕謙，不從其言。
劉毅至巴陵，誅王稚徽。何無忌、劉道規進攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍泉，皆破之。蔚，秘之子也。
無忌欲乘勝直趣江陵，道規曰：“兵法屈申有時，不可苟進。諸桓世居西楚，群下皆為竭力；振勇冠三軍，難與爭鋒。且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。”無忌不從。振逆戰於靈溪，馮該以兵會之，無忌等大敗，死者千餘人。退還尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉容以毅節度諸軍，免其青州刺史。桓振以桓蔚為雍州刺史，鎮襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聞桓玄死，自白帝進軍，至枝江，聞何無忌等敗於靈溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，約之詣桓振偽降，欲謀襲振，事泄，振殺之。約之司馬時延祖、涪陵太守文處茂收其餘眾，保涪陵。
六月，毛璩遣將攻漢中，斬桓希，璩自領梁州。
秋，七月，戊申，永安皇後何氏崩。
燕苻昭儀有疾，龍城人王榮自言能療之。昭儀卒，燕王熙立榮於公車門，支解而焚之。
八月，癸酉，葬穆章皇後於永平陵。
魏置六謁官，準古六卿。
九月，刁騁謀反，伏誅，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客縱橫，專固山澤，為京口之患。劉裕散其資蓄，令民稱力而取之，彌日不盡。時州郡饑弊，民賴之以濟。
乞伏乾歸及楊盛戰於竹嶺，為盛所敗。
西涼公暠立子歆為世子。
魏主珪臨昭陽殿改補百官，引朝臣文武，親加銓擇，隨才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。其品第一至第四，舊臣有功無爵者追封之，宗室疏遠及異姓襲封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀異、武官堪為將帥者，其品亦比第五至第九；百官有闕，則取於其中以補之。其官名多不用漢、魏之舊，仿上古龍官、鳥官，謂諸曹之使為鳧鴨，取其飛之迅疾也；謂候官伺察者為白鷺，取其延頸遠望也；餘皆類此。
盧循寇南海，攻番禺。廣州刺史濮陽吳隱之拒守百餘日。冬，十月，壬戌，循夜襲城而陷之，燒府舍、民室俱盡，執吳隱之。循自稱平南將軍，攝廣州事。聚燒骨為共塚，葬於洲上，得髑髏三萬餘枚。又使徐道覆攻始興，執始興相阮腆之。
劉容領青州刺史。劉敬宣在尋陽，聚糧繕船，未嚐無備，故何無忌等雖敗退，賴以複振。桓玄兄子亮自稱江州刺史，寇豫章，敬宣擊破之。
劉毅、何無忌、劉道規複自尋陽西上，至夏口。桓振遣鎮東將軍馮該守東岸，揚武將軍孟山圖據魯山城，輔國將軍桓仙客守偃月壘，眾合萬人，水陸相援。毅攻魯山城，道規攻偃月壘，無忌遏中流，自辰至午，二城俱潰，生禽山圖、仙客，該走石城。
辛巳，魏大赦，改元天賜。築西宮。十一月，魏主珪如西宮，命宗室置宗師，八國置大師、小師，州郡亦各置師，以辨宗黨，舉才行，如魏、晉中正之職。
燕王熙與苻後遊畋，北登白鹿山，東逾青嶺，南臨滄海而還，士卒為虎狼所殺及凍死者五千餘人。
十二月，劉毅等進克巴陵。毅號令嚴整，所過百姓安悅。劉裕複以毅為兗州刺史。桓振以桓放之為益州刺史，屯西陵；文處茂擊破之，放之走還江陵。
高句麗侵燕。
戊辰，魏主珪如豺山宮。
是歲，晉民避亂，繈負之淮北者道路相屬。