朱元璋總結了長時期治理國家的實際經驗，和元朝統抬九十年的成敗教訓，經過研究、爭論，多次改革，特別是經過殘酷的統治階級內部鬥爭，逐步建立了統治全國的官僚機構，使之更加集中，更有威權，更加完備起來。
洪武一朝，中央集權製度的加強，是階級鬥爭的結果。
大明皇朝的版圖廣大，必須建立一套有效率的如臂使指的高度中央集權的中央和地方政府機構，才能真正做到統一、集中，才能做到對內鎮壓、對外保衛國土的強有力的職能。曆史發展的趨勢和當時客觀情況，迫使朱元璋不能不著手進行大刀闊斧的改革。
先說地方機構：元代的行中書省是從大都的中書省分設出去的，中書省有什麽官，行中書省也有什麽官。中書省統管軍政、民政、財政，行中書省也照樣管軍政、民政、財政，職權過重。到後期四處兵起，地方各自為戰，往往大小事都自作主張，元皇朝不能過問，造成地方跋扈，分權，皇朝指揮不靈，調度不動，枝強幹弱，割據分裂的局麵。朱元璋自己就是從宋的行中書省丞相起家的，他做的什麽事從來也沒有得到過小明王的批準，一個行中書省實際上是一個獨立王國。當他做平章、做丞相的時候，權力愈大愈好，龍鳳皇帝的牽製愈少愈好，甚至到了羽毛豐滿的時候，除了用龍鳳的年號以外，根本不把小明王的朝廷看在眼裏。現在情況倒轉過來了，自己做了皇帝，處在元順帝、小明王的地位了，矛盾發生了。是地方分權呢？還是中央集權呢？是讓各行中書省都像他自己當年那樣鬧獨立呢？還是把一切主要權力都抓在自己手上，緊緊控製地方，要他們奉命唯謹呢？這是一個極為嚴重的問題，必須妥善解決。
小明王的統治製度是因襲元朝的，元朝朝廷和地方有什麽機構，他也照樣設立。朱元璋以戰功升到江南行中書省丞相，在開拓領土以後，設官分職，也隻能繼承這個製度。一直到洪武九年，他越來越覺得地方權重的毛病。這些年來，一方麵忙於打仗，一方麵正研究如何改革，到洪武九年考慮成熟了，決定把所有大權都集中在朝廷，改行中書省為承宣布政使司，設左右布政使各一人。布政使是皇朝派駐地方的使臣，掌一省之政，主要是管財政和民政。皇朝規定政策、法令，辦事程序、臨時任務，通過布政使下達各府、州、縣地方官執行。全國分浙江、江西、福建、北平、廣西、四川、山東、廣東、河南、陝西、湖廣、山西十二布政使司，十五年增設雲南布政使司。[50]布政使司的地理分區，大體上繼承元朝的行中書省，布政使的職權卻隻管財政和民政，和元朝行中書省的無所不統，輕重大不相同了。由於行中書省這一名詞已經叫慣了，雖然改成布政使司，朝廷和民間在口頭上還是叫作行省，簡稱為省。而且就地位論，行中書省是從皇朝中書省的機構分設於地方，是中書省的分出機關，體製很重。布政使則是皇朝派駐地方的使臣，事事都須秉承朝廷意旨。前者是中央分權於地方，後者則是地方集權於中央，性質起了根本的變化。此外，各布政使司掌管法庭、監獄的機構，設提刑按察使司，長官為按察使，主管一省刑名按察之事。布按二司和掌軍政的都指揮使司合稱三司，是皇朝派遣到地方的三個派出機關。這樣，民政、稅收、法庭，常備軍三個管理機關分別獨立，不相統轄，直接由朝廷指揮，達到收回大權的目的，達到集中、強化皇朝權力的目的，也便於這三個機構互相牽製，便於垂直統治。布政使之下的地方政府分兩級。第一級是府，長官為知府；有直隸州，即直隸於布政使司的州，長官是知州，其地位等於知府。第二級是縣，長官是知縣；有州，長官是知州，其地位與知縣同。州縣是直接管理人民的政治機構，所謂“親民之官”，這個改革也把元朝的路、府、州、縣的三級製簡化了，政令的下達減少了層次，指揮更方便，也更靈活了。[51]
朝廷統治機構的改革稍晚於地方。地方的民政、財政、法庭、監獄、常備軍的控製指揮權都集中到中書省了，中書省的職權愈重，威權愈大，和皇帝的衝突、矛盾也就日益嚴重、尖銳，愈益不可調和。洪武十三年政治危機爆發，皇帝和丞相爭權的結果，朱元璋直接控製著禁軍和特務機構，消滅和打擊了和他爭奪領導權的淮西新地主集團、丞相胡惟庸和許多元勳宿將被殺。[52]朱元璋趁此取消中書省，表麵上仿周官六卿之製，提高原來在中書省之下六部的地位，以六部治國：吏部、戶部、劄部、兵部、刑部、工部，每部設尚書一人，侍郎（分左右）二人。吏部管全國官吏任命、考績、升降、懲處，戶部管農業稅、商稅、鹽稅和人力征調，禮部管典禮、宗教、祭祀、教育、考試和外交，兵部管常備軍軍官的任免和軍令；刑部管法律、法庭和監獄，工部管工程造作（武器、貨幣、土木營建等）、水利、交通等。都直接對皇帝負責，奉行皇帝的意旨。丞相沒有了，朱元璋以皇帝兼行丞相的職權，中央集權發展到最高峰，朱元璋成為曆史上權力最大的君主。
軍事機關也最費腦筋，關鍵是軍隊和統帥的關係問題。要打仗必須任命統帥，總不能每次戰爭都由皇帝自己統率。但是任命了統帥，統率了大軍，在戰事結束以後，如何收回這個統帥權呢？不收回，將帥有固定的直屬的大軍，一旦有變故，他的統治是不牢靠的。要收回，采取什麽方法？謝再興之投敵，就是因為他臨陣易帥的緣故，記憶猶新，這個覆轍決不可重蹈。以此，朱元璋把元朝的樞密院改為大都督府，節製中外諸軍事，任命兄子朱文正和可靠將領做都督。過了些時候，還是覺得大都督府權重了，洪武十三年分大都督府為中、左、右、前、後五軍都督府。一分為五，每府以左右都督為長官，各領所屬都指揮使司和衛所，職權和兵部互相配合，也互相牽製。兵部有軍令、銓選軍官之權，卻不能指揮軍隊。都督府雖管軍籍、軍政，卻不直接統率軍隊。在有戰事時，皇帝做了決定，兵部頒發調兵命令，都督府長官才奉令出為將軍總兵官，帶領所調集的軍隊，指揮作戰。在軍中還有皇帝所派的禦史或給事中監軍（後來又加派監軍的太監），直接向皇帝送遞軍中情報。到戰事結束，這個統帥就應該交還將印，回到原職辦事。所調集的軍隊也立即歸還原來衛所建製。[53]
光是這兩個係統的政、軍管理機關還不夠，如何能保證這些機構的官員都忠心、盡職，完善地執行皇帝命令呢？還得另外有一套監察機構。
監察機關原來是元朝的禦史台，洪武十五年改為都察院，長官是左右都禦史，左右副都禦史、左右僉都禦史。下有監察禦史一百十人，按照布政使司的設置，以一布政使司所轄地區為一道，分掌十三道。職權是糾劾百司，辨明冤枉。凡大臣奸邪，小人構黨作威福亂政，百官猥茸貪汙舞弊，“學術不正”，和變亂祖宗製度的都可隨時舉發彈劾。監察禦史是七品官，品級和列任的知縣一樣，但是很有權力。皇帝利用他們來箝製大官，以小製大，以內製外，賦予他們以什麽話都可以說、什麽意見都可以提、什麽大官以至王公都可以告發的權力。這衙門的官員被皇帝看作是耳目，替皇帝聽，替皇帝看，隨時向皇帝報告。也被皇帝看作是鷹犬，替皇帝追蹤、搏擊不忠於皇朝的官民，一句話是替皇帝監視官僚的機關，是替皇帝保持傳統思想、綱紀的機關。監察禦史在朝監察一切官僚機構；出使到地方的，有巡按、清軍、提督學校、巡鹽、茶馬、監軍等職務，其中巡按禦史算是代替皇帝巡查地方，按臨所部，小事立斷，大事奏裁，是最有威權的一個差使。
行政、軍事、監察三個機關分別獨立，不相統屬，都單獨對皇帝負責。官吏內外互用、交流，其地位以品級規定，自從九品到正一品，共九品十八級，官和品一致，內外官升遷、考績、調免都有一定製度，係統分明，職權清楚，法令詳密，組織嚴緊，定員定額，有條不紊，比之唐宋時代的官和職不相符，職權又有行、守、試等區分的混亂情況，大大提高了一步。在整個官僚機構中，又互相箝製，以監察機關監視一切臣僚，以特務組織鎮壓威製一切官民，以六部管政事，以都督府管軍，大將平時不指揮軍隊，動員複員之權屬於兵部，供應糧秣的是戶部，供給武器的是工部，決定政策的是皇帝。把所有權力都集中在皇帝手上，六部、府、院直接隸屬於皇帝，不但官僚機構更加完備了，效率提高了，皇帝的威權也大大提高了，發展了。同時，全國統一的基礎也比過去時代更加牢固了，堅強了，擴大了。在整個曆史發展來說，從統一國家的逐步鞏固來說，這是一個不可低估的進步。在這個進步的過程中，朱元璋是起了積極作用的。
法律是確定階級壓迫關係的書麵文件，確定統治階級的特權和強加於被統治階級種種約束的紀錄，保護、鞏固統治階級和鎮壓被統治階級的具體條文。元朝以法例為條格，非常繁冗，而且，階級關係和民族關係到了明代都已起了巨大的變化，舊條格不能適應新時代的客觀形勢要求了。為了運用法律達到保護和鎮壓的目的，鞏固皇朝的統治，朱元璋於吳元年指令台、省官立法要簡要嚴，選用深通法律的學者，編定律令。經過縝密的研究、商討，在三十年內，更改、刪定了四五次，編成《大明律》。條例簡於《唐律》，精神嚴於《宋律》，是中國法律史上極重要的一部法典。編成後，他又叫人把這部法典裏和人民生活有關部分用口語譯出，叫作“直解”，分發給各府、縣，目的是讓老百姓都能懂，都遵守他的法令，立綱陳紀，達到階級統治的目的。[54]
曆史的教訓使朱元璋深切明白宦官和外戚對於政治的禍害。他以為漢朝、唐朝的禍亂都是宦官作的孽。這種人在宮廷裏是少不了的，但隻能做奴隸使喚，灑掃奔走，人數不可過多，也不可用做心腹耳目：做心腹，心腹病；做耳目，耳目壞。駕馭的辦法，要使之守法，守法就做不了壞事；不要讓他們有功勞，一有功勞就難於管束了。他立下規矩，凡是內臣（宦官）都不許讀書識字。又鑄鐵牌立在宮門，上麵刻著：“內臣不得幹預政事，犯者斬。”不許內臣兼外朝的文武職銜，不許穿外朝官員的服裝，做內廷官品級不許過四品，每月領一石米，穿衣吃飯公家管。並且，外朝各衙門不許和內官監有公文往來。這幾條規定條條對著曆史上所曾經發生過的弊端，使宦官名副其實地做宮廷的仆役。[55]對外戚幹政的預防措施是不許後妃參與政事。洪武元年三月即命儒臣修《女誡》，纂集古代賢德婦女和後妃的故事，來教育宮人。規定皇後隻能管宮中嬪婦之事，宮門之外不得幹預。宮人不許和外邊通信，犯者處死。外朝臣僚命婦按例於每月初一、十五朝見皇後，其他時間，沒有特殊緣由，不許進宮。皇帝不接見外朝命婦。皇族婚姻選配良家子女，有私進女口的不許接受。元璋的母族和妻族都絕後，沒有外家。後代子孫也都遵守祖訓，後妃必選自民家。外戚隻給以高爵厚祿，做大地主，不許預聞政事。[56]在洪武一朝三十多年中，宦官小心守法，宮廷和外朝隔絕，和過去的曆史朝代相比，算是家法最嚴的了。
其次，元朝以吏治國，法令極為繁冗，檔案堆積如山，吏員從中舞弊，無法追究。而且，正因為公文條例過於瑣細，辦公文辦公事成為專門技術。各衙門的掌印官（長官）有一定任期，剛懂得一點又調職了，而吏則一般是終身職業。結果治國治民的都是吏，不是官了。小吏唯利是圖，不顧封建統治階級的利害，政治——其實是吏治就愈鬧愈糟，吏治損害了官僚地主集團的利益，危害了蒙漢統治階級的利益。朱元璋於洪武十二年立“案牘減煩式”頒發各衙門，簡化了公文，使公文明白好懂，文吏無法舞弊弄權。從此吏員在政治上被斥為雜流，不能做官。官和吏完全分開，吏隻能管事務性技術性的工作，官則主持政令，和元代的情形也大不相同了。[57]
和簡化公文相關聯的還有文章格式的問題。唐、宋以來的政府文字，從上而下的製誥，從下而上的表奏，照習慣都用駢儷四六文體，華而不實。盡管有多少文人主張複古，提倡改革，所謂古文運動，在民間是成功了，政府卻沒有動，還是老一套。同一時代用的是兩種文字，政府是駢偶文，民間是散文。朱元璋很不以為然，以為古人作文章，講道理，說世務，和經典上的話，都明白好懂。像諸葛亮的《出師表》，又何嚐雕琢文字，立意做文章？可是有內容，有感情，有肉有血，到如今讀了還使人感動，想念他的忠心耿耿。近來的文士做文章，文字雖然艱深，意思卻很淺近，即使寫得和司馬相如、揚雄一樣好，人家讀了不懂，又有什麽用！以此，他要秘書（翰林）作文字，隻要能夠說明白道理，講得通世務就行，不許用浮辭藻飾。[58]他又批評群臣所進箋文：“頌美之辭過多，規戒之言未見，殊非古者君臣相告以誠刁直。今後箋文隻令文章平實，勿以虛辭為美也。[59]對臣下一味歌功頌德，不提規戒意見，加以申斥。到洪武六年，索性下令禁止政府文字用對偶四六文體，並選唐柳宗元代柳公綽所作《謝表》和韓愈的《賀雨表》作為箋表法式。[60]這一改革使政府文字簡單、明白，把廟堂和民間打通，現代人用現代文字寫作，對當時文風和文學作品的影響很大。
朱元璋不但提倡古文，反對駢偶文字，還提倡用口語寫成文字，叫作“直解’，用這種方式對各階層人民進行教育工作。龍鳳十二年命儒士熊鼎、朱夢炎修《公子書》和《務農技藝商賈書》。《公子書》是給公卿貴人子弟讀的，這些公子們雖然讀書的機會較多，但一般還不能通曉比較深奧的道理，不如編集古代忠良奸惡事實，用通俗話直解，使讀者易讀易懂，將來即使學業無成就，知道了古人如何立身行事，也有好處。同樣，民間農工商賈子弟，也把他們應該知道的業務知識，用直辭解說，編成書本，用以化民成俗，便於統治。書印成後，頒行全國。[61]
唐、宋兩代還有一樣壞風氣，皇朝任命宮員的命令發表以後，被任用的官員照例要上辭官表，一而再，再而三，甚至辭讓到六七次，皇帝也照例不許，用文字一勸再勸，直到這人上任才罷休。辭的勸的都在玩文字遊戲，費時誤事，浪費紙墨，還養成虛偽不誠實的風氣。朱元璋認為這樣做作毫無道理，也下令廢止了。
唐、宋以來，皇帝上朝照例用女樂，吳元年六月也廢止了。[62] <hr/>
[1]《明太祖實錄》卷二十四。
[2]劉仲璟《遇恩錄》。
[3]《明太祖實錄》。
[4]趙翼《二十二史劄記》卷二十九《元建國始用文義》。朱國禎《湧幢小品》卷二：“國號加大，始於胡元。我朝因之，蓋返左祍之舊，自合如此，且以別於小明王也。其言大漢、大唐、大宋者，乃外夷及臣子尊稱之詞。”
[5]孫宜《大明初略》四：“國號大明。承林兒小明號也。”祝允明《野記》卷一。
[6]袁義新《鳳陽新書》卷一《太祖本紀》：“本姓朱，本祝融。祝融，帝顓頊子，為帝嚳火正，有大勳於天下，故別為祝融。在國臣（柯）仲炯言：‘……太祖定鼎金陵，則祝融之故墟也。……故建國號大明，其有祖也。夫祝融大明，容光必照。……所以我太祖以大明建國，亦以大明光天，中天下而立，定四海之民，所重民曆，以示三綱五常，以昭日用，以引趨光而避凶，此皇明治天下，潛移默化之大旨，所以四海來朝，亦以是賜之耳。知此道者，其可以語我太祖取號大明之秘義乎？故漢德若水，我皇明其德如日月之代明，漢得地道，我皇明得天道，三統之義，皇明統於天矣。’”
[7]吳晗《讀史劄記》《明教與明朝》。
[8]《昭代王章》，《明律》十一禮一，王世貞《名卿績紀》卷三《李善長傳》：“洪武元年，高帝幸汴還。……又請禁淫祀白蓮社、明尊教、白雲巫覡，抉鴦禱聖書符咒水邪術，詔可。”
[9]宋濂《藝園續集》四《故岐寧衛經曆熊府君墓銘》，何喬遠《閩書》七《方域誌》。
[10]呂毖《明朝小史》卷二。
[11]明太祖《大誥三編》《造言好亂第十二》。
[12]《明成祖實錄》卷九十，沈德符《野獲編》卷三十《再僭龍鳳年號》。
[13]均見《明太祖實錄》。
[14]《明成祖實錄》卷五十六、九十六、二百。
[15]《明史》卷一百二十四《把匝剌瓦爾密傳》，卷一百二十六《沐英傳》，卷一百二十九《傅友德傳》，卷一百三十二《藍玉傳》。
[16]張《雲南機務抄黃》洪武十五年閏二月二十五日敕。
[17]《明史》卷一百二十九《馮勝傳》，卷一百三十二《藍玉傳》，《國初群雄事略爭》卷十一《海西侯納哈出》。
[18]《明史》《兵誌》三，嚴從簡《殊域周谘錄》卷十七《韃靼》，方孔炤《全邊略記》卷三，黃道周《博物典匯》卷十九。
[19]孟森《清朝前記》，《明元清係通紀》。
[20]《北平圖書館館刊》四卷六期內藤虎次郎《明奴兒幹永寧寺碑考》。
[21]《皇明祖訓》《箴戒章》。
[22]《清華學報》十一卷一期昊晗《十六世紀前之中國與南洋》。
[23]以上均見《明太祖實錄爭》。
[24]《明史》《土司傳》。
[25]《明史》《西域傳》。
[26]《明太祖實錄》卷一百九十九、卷二百零二，《明史》卷一百三十八《周禎傳》，卷一百四十《道同傳》。
[27]《明太祖實錄》卷七十一、卷一百九十。
[28]《明太祖實錄》卷五十。《明成祖實錄》卷三十三。
[29]《明律》六《戶律》。
[30]《明太祖實錄》卷三十。
[31]《明史》《太祖本紀》。
[32]《明史》卷一百三十六《陶安傳》。
[33]《明史》卷一百二十九《馮勝傳》，孫承澤《春明夢餘錄》卷一。
[34]《明史》卷一百三十五《葉兌傳》。
[35]丘浚《大學衍義補都邑之建》。
[36]《國初事跡》。
[37]黃光昇《昭代典則》。
[38]《明史》《太祖本紀》二，卷一百二十八《劉基傳》。
[39]《明史地理誌》一。
[40]《明史》卷一百一十五《興宗孝康皇帝傳》，卷一百四十七《胡廣傳》，薑清《薑氏秘史》卷一，鄭曉《今言》二百七十四。
[41]顧炎武《天下郡國利病書》卷十三《江南一》。
[42]《明史》《太祖本紀》二。
[43]何喬遠《名山藏》《分藩記》一。
[44]《明史》《兵誌》二衛所，《諸王傳序》。
[45]《明史》卷一百一十七《寧王傳》。
[46]《明史》《太祖本紀》：“洪武十年正月辛卯，以羽林等衛軍益秦、晉、燕三府護衛。”
[47]《皇明祖訓》《兵衛章》。
[48]《明史》《兵誌》三《邊防》，祝允明《九朝野記》一。
[49]《明史》卷一百一十六《晉王木岡傳》，《太祖本紀》三：“洪武二十六年三月，詔二王軍務大者始以聞。”
[50]明成祖永樂元年（公元1403年）以北平布政使司為北京。十一年置貴州布政使司。明宣宗宣德三年（公元1428年），除南京、北京兩京外，定為十三布政使司。
[51]《明史》《職官誌》。
[52]《明史》卷三百零八《胡惟庸傳》，《燕京學報》十五期吳晗《胡惟庸黨案考》。
[53]宋濂《洪武聖政記肅軍政》第四。
[54]《明史》卷九十三《刑法誌》一。
[55]《明史》卷七十四《職官誌》《宦官》。
[56]《明史》卷一百零八《外戚恩澤侯表序》，卷一百一十三《後妃列傳序》，卷三百《外戚傳序》。
[57]《明太祖實錄》卷二十六，卷一百二十六。《明史》卷七十一《選舉誌》。
[58]《明太祖實錄》卷三十九。
[59]《明太祖實錄》卷十七。
[60]《明太祖實錄》卷八十五。
[61]《明太祖實錄》卷十六。
[62]《明太祖實錄》卷十九。
洪武一朝，中央集權製度的加強，是階級鬥爭的結果。
大明皇朝的版圖廣大，必須建立一套有效率的如臂使指的高度中央集權的中央和地方政府機構，才能真正做到統一、集中，才能做到對內鎮壓、對外保衛國土的強有力的職能。曆史發展的趨勢和當時客觀情況，迫使朱元璋不能不著手進行大刀闊斧的改革。
先說地方機構：元代的行中書省是從大都的中書省分設出去的，中書省有什麽官，行中書省也有什麽官。中書省統管軍政、民政、財政，行中書省也照樣管軍政、民政、財政，職權過重。到後期四處兵起，地方各自為戰，往往大小事都自作主張，元皇朝不能過問，造成地方跋扈，分權，皇朝指揮不靈，調度不動，枝強幹弱，割據分裂的局麵。朱元璋自己就是從宋的行中書省丞相起家的，他做的什麽事從來也沒有得到過小明王的批準，一個行中書省實際上是一個獨立王國。當他做平章、做丞相的時候，權力愈大愈好，龍鳳皇帝的牽製愈少愈好，甚至到了羽毛豐滿的時候，除了用龍鳳的年號以外，根本不把小明王的朝廷看在眼裏。現在情況倒轉過來了，自己做了皇帝，處在元順帝、小明王的地位了，矛盾發生了。是地方分權呢？還是中央集權呢？是讓各行中書省都像他自己當年那樣鬧獨立呢？還是把一切主要權力都抓在自己手上，緊緊控製地方，要他們奉命唯謹呢？這是一個極為嚴重的問題，必須妥善解決。
小明王的統治製度是因襲元朝的，元朝朝廷和地方有什麽機構，他也照樣設立。朱元璋以戰功升到江南行中書省丞相，在開拓領土以後，設官分職，也隻能繼承這個製度。一直到洪武九年，他越來越覺得地方權重的毛病。這些年來，一方麵忙於打仗，一方麵正研究如何改革，到洪武九年考慮成熟了，決定把所有大權都集中在朝廷，改行中書省為承宣布政使司，設左右布政使各一人。布政使是皇朝派駐地方的使臣，掌一省之政，主要是管財政和民政。皇朝規定政策、法令，辦事程序、臨時任務，通過布政使下達各府、州、縣地方官執行。全國分浙江、江西、福建、北平、廣西、四川、山東、廣東、河南、陝西、湖廣、山西十二布政使司，十五年增設雲南布政使司。[50]布政使司的地理分區，大體上繼承元朝的行中書省，布政使的職權卻隻管財政和民政，和元朝行中書省的無所不統，輕重大不相同了。由於行中書省這一名詞已經叫慣了，雖然改成布政使司，朝廷和民間在口頭上還是叫作行省，簡稱為省。而且就地位論，行中書省是從皇朝中書省的機構分設於地方，是中書省的分出機關，體製很重。布政使則是皇朝派駐地方的使臣，事事都須秉承朝廷意旨。前者是中央分權於地方，後者則是地方集權於中央，性質起了根本的變化。此外，各布政使司掌管法庭、監獄的機構，設提刑按察使司，長官為按察使，主管一省刑名按察之事。布按二司和掌軍政的都指揮使司合稱三司，是皇朝派遣到地方的三個派出機關。這樣，民政、稅收、法庭，常備軍三個管理機關分別獨立，不相統轄，直接由朝廷指揮，達到收回大權的目的，達到集中、強化皇朝權力的目的，也便於這三個機構互相牽製，便於垂直統治。布政使之下的地方政府分兩級。第一級是府，長官為知府；有直隸州，即直隸於布政使司的州，長官是知州，其地位等於知府。第二級是縣，長官是知縣；有州，長官是知州，其地位與知縣同。州縣是直接管理人民的政治機構，所謂“親民之官”，這個改革也把元朝的路、府、州、縣的三級製簡化了，政令的下達減少了層次，指揮更方便，也更靈活了。[51]
朝廷統治機構的改革稍晚於地方。地方的民政、財政、法庭、監獄、常備軍的控製指揮權都集中到中書省了，中書省的職權愈重，威權愈大，和皇帝的衝突、矛盾也就日益嚴重、尖銳，愈益不可調和。洪武十三年政治危機爆發，皇帝和丞相爭權的結果，朱元璋直接控製著禁軍和特務機構，消滅和打擊了和他爭奪領導權的淮西新地主集團、丞相胡惟庸和許多元勳宿將被殺。[52]朱元璋趁此取消中書省，表麵上仿周官六卿之製，提高原來在中書省之下六部的地位，以六部治國：吏部、戶部、劄部、兵部、刑部、工部，每部設尚書一人，侍郎（分左右）二人。吏部管全國官吏任命、考績、升降、懲處，戶部管農業稅、商稅、鹽稅和人力征調，禮部管典禮、宗教、祭祀、教育、考試和外交，兵部管常備軍軍官的任免和軍令；刑部管法律、法庭和監獄，工部管工程造作（武器、貨幣、土木營建等）、水利、交通等。都直接對皇帝負責，奉行皇帝的意旨。丞相沒有了，朱元璋以皇帝兼行丞相的職權，中央集權發展到最高峰，朱元璋成為曆史上權力最大的君主。
軍事機關也最費腦筋，關鍵是軍隊和統帥的關係問題。要打仗必須任命統帥，總不能每次戰爭都由皇帝自己統率。但是任命了統帥，統率了大軍，在戰事結束以後，如何收回這個統帥權呢？不收回，將帥有固定的直屬的大軍，一旦有變故，他的統治是不牢靠的。要收回，采取什麽方法？謝再興之投敵，就是因為他臨陣易帥的緣故，記憶猶新，這個覆轍決不可重蹈。以此，朱元璋把元朝的樞密院改為大都督府，節製中外諸軍事，任命兄子朱文正和可靠將領做都督。過了些時候，還是覺得大都督府權重了，洪武十三年分大都督府為中、左、右、前、後五軍都督府。一分為五，每府以左右都督為長官，各領所屬都指揮使司和衛所，職權和兵部互相配合，也互相牽製。兵部有軍令、銓選軍官之權，卻不能指揮軍隊。都督府雖管軍籍、軍政，卻不直接統率軍隊。在有戰事時，皇帝做了決定，兵部頒發調兵命令，都督府長官才奉令出為將軍總兵官，帶領所調集的軍隊，指揮作戰。在軍中還有皇帝所派的禦史或給事中監軍（後來又加派監軍的太監），直接向皇帝送遞軍中情報。到戰事結束，這個統帥就應該交還將印，回到原職辦事。所調集的軍隊也立即歸還原來衛所建製。[53]
光是這兩個係統的政、軍管理機關還不夠，如何能保證這些機構的官員都忠心、盡職，完善地執行皇帝命令呢？還得另外有一套監察機構。
監察機關原來是元朝的禦史台，洪武十五年改為都察院，長官是左右都禦史，左右副都禦史、左右僉都禦史。下有監察禦史一百十人，按照布政使司的設置，以一布政使司所轄地區為一道，分掌十三道。職權是糾劾百司，辨明冤枉。凡大臣奸邪，小人構黨作威福亂政，百官猥茸貪汙舞弊，“學術不正”，和變亂祖宗製度的都可隨時舉發彈劾。監察禦史是七品官，品級和列任的知縣一樣，但是很有權力。皇帝利用他們來箝製大官，以小製大，以內製外，賦予他們以什麽話都可以說、什麽意見都可以提、什麽大官以至王公都可以告發的權力。這衙門的官員被皇帝看作是耳目，替皇帝聽，替皇帝看，隨時向皇帝報告。也被皇帝看作是鷹犬，替皇帝追蹤、搏擊不忠於皇朝的官民，一句話是替皇帝監視官僚的機關，是替皇帝保持傳統思想、綱紀的機關。監察禦史在朝監察一切官僚機構；出使到地方的，有巡按、清軍、提督學校、巡鹽、茶馬、監軍等職務，其中巡按禦史算是代替皇帝巡查地方，按臨所部，小事立斷，大事奏裁，是最有威權的一個差使。
行政、軍事、監察三個機關分別獨立，不相統屬，都單獨對皇帝負責。官吏內外互用、交流，其地位以品級規定，自從九品到正一品，共九品十八級，官和品一致，內外官升遷、考績、調免都有一定製度，係統分明，職權清楚，法令詳密，組織嚴緊，定員定額，有條不紊，比之唐宋時代的官和職不相符，職權又有行、守、試等區分的混亂情況，大大提高了一步。在整個官僚機構中，又互相箝製，以監察機關監視一切臣僚，以特務組織鎮壓威製一切官民，以六部管政事，以都督府管軍，大將平時不指揮軍隊，動員複員之權屬於兵部，供應糧秣的是戶部，供給武器的是工部，決定政策的是皇帝。把所有權力都集中在皇帝手上，六部、府、院直接隸屬於皇帝，不但官僚機構更加完備了，效率提高了，皇帝的威權也大大提高了，發展了。同時，全國統一的基礎也比過去時代更加牢固了，堅強了，擴大了。在整個曆史發展來說，從統一國家的逐步鞏固來說，這是一個不可低估的進步。在這個進步的過程中，朱元璋是起了積極作用的。
法律是確定階級壓迫關係的書麵文件，確定統治階級的特權和強加於被統治階級種種約束的紀錄，保護、鞏固統治階級和鎮壓被統治階級的具體條文。元朝以法例為條格，非常繁冗，而且，階級關係和民族關係到了明代都已起了巨大的變化，舊條格不能適應新時代的客觀形勢要求了。為了運用法律達到保護和鎮壓的目的，鞏固皇朝的統治，朱元璋於吳元年指令台、省官立法要簡要嚴，選用深通法律的學者，編定律令。經過縝密的研究、商討，在三十年內，更改、刪定了四五次，編成《大明律》。條例簡於《唐律》，精神嚴於《宋律》，是中國法律史上極重要的一部法典。編成後，他又叫人把這部法典裏和人民生活有關部分用口語譯出，叫作“直解”，分發給各府、縣，目的是讓老百姓都能懂，都遵守他的法令，立綱陳紀，達到階級統治的目的。[54]
曆史的教訓使朱元璋深切明白宦官和外戚對於政治的禍害。他以為漢朝、唐朝的禍亂都是宦官作的孽。這種人在宮廷裏是少不了的，但隻能做奴隸使喚，灑掃奔走，人數不可過多，也不可用做心腹耳目：做心腹，心腹病；做耳目，耳目壞。駕馭的辦法，要使之守法，守法就做不了壞事；不要讓他們有功勞，一有功勞就難於管束了。他立下規矩，凡是內臣（宦官）都不許讀書識字。又鑄鐵牌立在宮門，上麵刻著：“內臣不得幹預政事，犯者斬。”不許內臣兼外朝的文武職銜，不許穿外朝官員的服裝，做內廷官品級不許過四品，每月領一石米，穿衣吃飯公家管。並且，外朝各衙門不許和內官監有公文往來。這幾條規定條條對著曆史上所曾經發生過的弊端，使宦官名副其實地做宮廷的仆役。[55]對外戚幹政的預防措施是不許後妃參與政事。洪武元年三月即命儒臣修《女誡》，纂集古代賢德婦女和後妃的故事，來教育宮人。規定皇後隻能管宮中嬪婦之事，宮門之外不得幹預。宮人不許和外邊通信，犯者處死。外朝臣僚命婦按例於每月初一、十五朝見皇後，其他時間，沒有特殊緣由，不許進宮。皇帝不接見外朝命婦。皇族婚姻選配良家子女，有私進女口的不許接受。元璋的母族和妻族都絕後，沒有外家。後代子孫也都遵守祖訓，後妃必選自民家。外戚隻給以高爵厚祿，做大地主，不許預聞政事。[56]在洪武一朝三十多年中，宦官小心守法，宮廷和外朝隔絕，和過去的曆史朝代相比，算是家法最嚴的了。
其次，元朝以吏治國，法令極為繁冗，檔案堆積如山，吏員從中舞弊，無法追究。而且，正因為公文條例過於瑣細，辦公文辦公事成為專門技術。各衙門的掌印官（長官）有一定任期，剛懂得一點又調職了，而吏則一般是終身職業。結果治國治民的都是吏，不是官了。小吏唯利是圖，不顧封建統治階級的利害，政治——其實是吏治就愈鬧愈糟，吏治損害了官僚地主集團的利益，危害了蒙漢統治階級的利益。朱元璋於洪武十二年立“案牘減煩式”頒發各衙門，簡化了公文，使公文明白好懂，文吏無法舞弊弄權。從此吏員在政治上被斥為雜流，不能做官。官和吏完全分開，吏隻能管事務性技術性的工作，官則主持政令，和元代的情形也大不相同了。[57]
和簡化公文相關聯的還有文章格式的問題。唐、宋以來的政府文字，從上而下的製誥，從下而上的表奏，照習慣都用駢儷四六文體，華而不實。盡管有多少文人主張複古，提倡改革，所謂古文運動，在民間是成功了，政府卻沒有動，還是老一套。同一時代用的是兩種文字，政府是駢偶文，民間是散文。朱元璋很不以為然，以為古人作文章，講道理，說世務，和經典上的話，都明白好懂。像諸葛亮的《出師表》，又何嚐雕琢文字，立意做文章？可是有內容，有感情，有肉有血，到如今讀了還使人感動，想念他的忠心耿耿。近來的文士做文章，文字雖然艱深，意思卻很淺近，即使寫得和司馬相如、揚雄一樣好，人家讀了不懂，又有什麽用！以此，他要秘書（翰林）作文字，隻要能夠說明白道理，講得通世務就行，不許用浮辭藻飾。[58]他又批評群臣所進箋文：“頌美之辭過多，規戒之言未見，殊非古者君臣相告以誠刁直。今後箋文隻令文章平實，勿以虛辭為美也。[59]對臣下一味歌功頌德，不提規戒意見，加以申斥。到洪武六年，索性下令禁止政府文字用對偶四六文體，並選唐柳宗元代柳公綽所作《謝表》和韓愈的《賀雨表》作為箋表法式。[60]這一改革使政府文字簡單、明白，把廟堂和民間打通，現代人用現代文字寫作，對當時文風和文學作品的影響很大。
朱元璋不但提倡古文，反對駢偶文字，還提倡用口語寫成文字，叫作“直解’，用這種方式對各階層人民進行教育工作。龍鳳十二年命儒士熊鼎、朱夢炎修《公子書》和《務農技藝商賈書》。《公子書》是給公卿貴人子弟讀的，這些公子們雖然讀書的機會較多，但一般還不能通曉比較深奧的道理，不如編集古代忠良奸惡事實，用通俗話直解，使讀者易讀易懂，將來即使學業無成就，知道了古人如何立身行事，也有好處。同樣，民間農工商賈子弟，也把他們應該知道的業務知識，用直辭解說，編成書本，用以化民成俗，便於統治。書印成後，頒行全國。[61]
唐、宋兩代還有一樣壞風氣，皇朝任命宮員的命令發表以後，被任用的官員照例要上辭官表，一而再，再而三，甚至辭讓到六七次，皇帝也照例不許，用文字一勸再勸，直到這人上任才罷休。辭的勸的都在玩文字遊戲，費時誤事，浪費紙墨，還養成虛偽不誠實的風氣。朱元璋認為這樣做作毫無道理，也下令廢止了。
唐、宋以來，皇帝上朝照例用女樂，吳元年六月也廢止了。[62] <hr/>
[1]《明太祖實錄》卷二十四。
[2]劉仲璟《遇恩錄》。
[3]《明太祖實錄》。
[4]趙翼《二十二史劄記》卷二十九《元建國始用文義》。朱國禎《湧幢小品》卷二：“國號加大，始於胡元。我朝因之，蓋返左祍之舊，自合如此，且以別於小明王也。其言大漢、大唐、大宋者，乃外夷及臣子尊稱之詞。”
[5]孫宜《大明初略》四：“國號大明。承林兒小明號也。”祝允明《野記》卷一。
[6]袁義新《鳳陽新書》卷一《太祖本紀》：“本姓朱，本祝融。祝融，帝顓頊子，為帝嚳火正，有大勳於天下，故別為祝融。在國臣（柯）仲炯言：‘……太祖定鼎金陵，則祝融之故墟也。……故建國號大明，其有祖也。夫祝融大明，容光必照。……所以我太祖以大明建國，亦以大明光天，中天下而立，定四海之民，所重民曆，以示三綱五常，以昭日用，以引趨光而避凶，此皇明治天下，潛移默化之大旨，所以四海來朝，亦以是賜之耳。知此道者，其可以語我太祖取號大明之秘義乎？故漢德若水，我皇明其德如日月之代明，漢得地道，我皇明得天道，三統之義，皇明統於天矣。’”
[7]吳晗《讀史劄記》《明教與明朝》。
[8]《昭代王章》，《明律》十一禮一，王世貞《名卿績紀》卷三《李善長傳》：“洪武元年，高帝幸汴還。……又請禁淫祀白蓮社、明尊教、白雲巫覡，抉鴦禱聖書符咒水邪術，詔可。”
[9]宋濂《藝園續集》四《故岐寧衛經曆熊府君墓銘》，何喬遠《閩書》七《方域誌》。
[10]呂毖《明朝小史》卷二。
[11]明太祖《大誥三編》《造言好亂第十二》。
[12]《明成祖實錄》卷九十，沈德符《野獲編》卷三十《再僭龍鳳年號》。
[13]均見《明太祖實錄》。
[14]《明成祖實錄》卷五十六、九十六、二百。
[15]《明史》卷一百二十四《把匝剌瓦爾密傳》，卷一百二十六《沐英傳》，卷一百二十九《傅友德傳》，卷一百三十二《藍玉傳》。
[16]張《雲南機務抄黃》洪武十五年閏二月二十五日敕。
[17]《明史》卷一百二十九《馮勝傳》，卷一百三十二《藍玉傳》，《國初群雄事略爭》卷十一《海西侯納哈出》。
[18]《明史》《兵誌》三，嚴從簡《殊域周谘錄》卷十七《韃靼》，方孔炤《全邊略記》卷三，黃道周《博物典匯》卷十九。
[19]孟森《清朝前記》，《明元清係通紀》。
[20]《北平圖書館館刊》四卷六期內藤虎次郎《明奴兒幹永寧寺碑考》。
[21]《皇明祖訓》《箴戒章》。
[22]《清華學報》十一卷一期昊晗《十六世紀前之中國與南洋》。
[23]以上均見《明太祖實錄爭》。
[24]《明史》《土司傳》。
[25]《明史》《西域傳》。
[26]《明太祖實錄》卷一百九十九、卷二百零二，《明史》卷一百三十八《周禎傳》，卷一百四十《道同傳》。
[27]《明太祖實錄》卷七十一、卷一百九十。
[28]《明太祖實錄》卷五十。《明成祖實錄》卷三十三。
[29]《明律》六《戶律》。
[30]《明太祖實錄》卷三十。
[31]《明史》《太祖本紀》。
[32]《明史》卷一百三十六《陶安傳》。
[33]《明史》卷一百二十九《馮勝傳》，孫承澤《春明夢餘錄》卷一。
[34]《明史》卷一百三十五《葉兌傳》。
[35]丘浚《大學衍義補都邑之建》。
[36]《國初事跡》。
[37]黃光昇《昭代典則》。
[38]《明史》《太祖本紀》二，卷一百二十八《劉基傳》。
[39]《明史地理誌》一。
[40]《明史》卷一百一十五《興宗孝康皇帝傳》，卷一百四十七《胡廣傳》，薑清《薑氏秘史》卷一，鄭曉《今言》二百七十四。
[41]顧炎武《天下郡國利病書》卷十三《江南一》。
[42]《明史》《太祖本紀》二。
[43]何喬遠《名山藏》《分藩記》一。
[44]《明史》《兵誌》二衛所，《諸王傳序》。
[45]《明史》卷一百一十七《寧王傳》。
[46]《明史》《太祖本紀》：“洪武十年正月辛卯，以羽林等衛軍益秦、晉、燕三府護衛。”
[47]《皇明祖訓》《兵衛章》。
[48]《明史》《兵誌》三《邊防》，祝允明《九朝野記》一。
[49]《明史》卷一百一十六《晉王木岡傳》，《太祖本紀》三：“洪武二十六年三月，詔二王軍務大者始以聞。”
[50]明成祖永樂元年（公元1403年）以北平布政使司為北京。十一年置貴州布政使司。明宣宗宣德三年（公元1428年），除南京、北京兩京外，定為十三布政使司。
[51]《明史》《職官誌》。
[52]《明史》卷三百零八《胡惟庸傳》，《燕京學報》十五期吳晗《胡惟庸黨案考》。
[53]宋濂《洪武聖政記肅軍政》第四。
[54]《明史》卷九十三《刑法誌》一。
[55]《明史》卷七十四《職官誌》《宦官》。
[56]《明史》卷一百零八《外戚恩澤侯表序》，卷一百一十三《後妃列傳序》，卷三百《外戚傳序》。
[57]《明太祖實錄》卷二十六，卷一百二十六。《明史》卷七十一《選舉誌》。
[58]《明太祖實錄》卷三十九。
[59]《明太祖實錄》卷十七。
[60]《明太祖實錄》卷八十五。
[61]《明太祖實錄》卷十六。
[62]《明太祖實錄》卷十九。