石勒統兵在鄯善一帶與晉軍交戰，而晉軍主力則一直在高昌，武器彈藥也陸陸續續抵達高昌城。期間，雖然石勒派出一些騎兵試圖中途劫殺，的確也給晉軍的輜重部隊造成一些損失。
但石勒很快就發現這樣得不償失，晉軍的輜重兵並不像之前預料的那樣戰鬥力低下，他們的戰鬥力甚至不下於正規軍。輜重兵在羯族騎兵來襲時，往往結陣用火槍和弓弩還擊。截擊的羯族騎兵並不多，因為大股軍馬要經過晉軍控製的地區，很難不被發現，小股在人數上沒有優勢，也很難全身而退。
到了六月下旬，主力部隊和武器彈藥陸續到達之後，雲集在高昌的晉軍各級將領一下子情緒高漲起來，紛紛要求與敵決戰。但主帥張方卻一反常態禁止各軍出擊，任由敵人在外麵耀武揚威。
眾將對此議論紛紛，皆雲張方“畏戰”，奇怪的是，身為主帥的張方居然不以為意，根本不去追究。此刻，雲集高昌的晉軍也已超過十萬，眾將紛紛請戰，要求收複焉耆、車師。然而在這關鍵時刻，身為主帥的張方卻突然病倒，連其參軍竟然也消失不見。
就連後方長安都有人開始彈劾張方，這也可以看做是文官集團開始試圖壓製武將勢力的膨脹。自打司馬遹登基之後，大晉國內的軍方勢力就開始無限製的膨脹起來，尤其是在平定藩王之亂和胡漢大戰中，文官集團基本上失去了對軍事指揮指手畫腳的權力。
這讓一向以治國平天下為己任的文官集團相當不滿，但是由於之前皇帝司馬遹一直支持軍方發展，再加上大環境上的需要，導致軍方徹底掙脫了傳統文官的控製，開始走向獨立發展的道路。
但是文官集團一直試圖重新控製軍方集團，若不能將刀握在自己手中，那些文官恐怕睡覺都不踏實。然軍方一直沒有露出什麽大破綻，也沒打敗仗。反而隨著不斷取得的勝利使得軍人在大晉已經取得和士子一樣的地位。
這一次好不容易逮著個機會，他們怎能不好好表現一番。自打得知張方‘躲在’高昌城內逡巡不前後，不少人都在參奏彈劾張方了，說他“畏敵如虎，虛糜巨萬”。西域軍需，幾乎全部要從內地轉運，雖然朝廷已經在涼州儲備。但自涼州轉運高昌，的確耗費巨大。
這一日，一幫言官禦史又在舊事重提。
“十餘萬大軍西征，未戰便損數萬，此皆統帥不能運籌之誤。”
“大軍懸於西域，一日便耗費數百萬錢。久不與戰，不能不揣度其情。”
“軍情在萬裏之外，變化莫測豈是廟堂可預？朕意已決！所謂疑人不用，用人不疑，朕既將邊事賦予張卿，西域之事，眾位愛卿便不要非議了。”
見大臣中還有人欲言。司馬遹麵色一沉：“軍政分離，互不幹涉，這是鐵律！另外若有哪位愛卿自覺軍事謀略可勝張方，敢立軍令狀，朕自可將玉門關外之事，盡托與之。”
皇帝此言一出，果然再無有敢於出聲的了。這些言官禦史，多數屬於“名士清流之輩”。講起大道理個個出眾，真要說到領兵打仗，他們自己也知道自己“不是個兒”。
不過在司馬遹自己心中，其實也憂慮得很，連牙都急痛了。後妃們雖是常加寬慰，可是他心中焦灼，卻是與日俱增。
本來司馬遹認為大軍出征還不是手到擒來。但現實告訴司馬遹遠距離作戰的困難簡直不可想象。這一場西域之戰，簡直比當年胡漢大戰還要困難的多。如今大軍出征已經近一個月了，西北居然連個戰報都沒有過來，也難怪長安眾說紛紜了。
這一日。後宮的妃子們為了討司馬遹歡心，在禦花園內擺起了宴席和舞會。司馬遹雖然心憂前線戰事，但也不能拂了妃子們的好意。正當他心不在焉陪著後妃們飲酒作樂的時候，卻見內侍小鄧子跌跌撞撞地跑進來。皇後見狀，輕聲嗬斥道：“小鄧子，你也是宮中老人了，何以如此沒有規矩。”
隻見小鄧子跪倒在地，將手中的信劄高舉過頭，聲音顫抖：“皇上，西域……西域大捷了。”
司馬遹聞言，立時伸手將小鄧子雙手舉著的信劄搶了過去，而皇後和眾位妃嬪，也不免麵露喜色。司馬遹看著手中的戰報，不由喜極而泣：“張方將軍拿下龜茲了！小鄧子，傳……傳詔，朕要在太極殿設宴群臣，正四品以上官員、誥命，全數赴宴。長安城內張燈結彩，共慶捷報！”
戰報是六百裏加急傳回的，而此時，距離大捷，已經是將近半個月了。
六月，張方統帥的騎兵部隊隻是與麻秋的羯族騎兵在高昌與焉耆之間發生過幾次小的騎兵交鋒，互有勝負。不僅如此，因為張方不許主力出戰，晉軍與羯族騎兵之間互有勝負，這也大大麻痹了敵軍。
七月初四黃昏，從前線傳來的緊急軍報傳進高昌城後，主帥張方的“重病”立時痊愈了。
他馬上升帳，點兵，出擊。眾將領詫異之間，得到一個震驚的消息：麻秋已經在當日早晨放棄了焉耆城，向西麵退走。
因為就在六月三十日，晉軍一支精悍的龍騎兵部隊突然出現在龜茲，此時龜茲隻有大約五千守軍，大半還是戰鬥力低下的龜茲人。
原來在張方還在張掖的時候，就立刻派人趕赴西域的馬賢處，定下了一招“奇兵”——以高昌和鄯善兩地吸引敵兵主力，然後以龍騎兵主力從鄯善、且末出發，穿越圖倫磧（今塔克拉瑪幹大沙漠），奇襲龜茲（今新疆庫車）。
為了保證奇襲成功，所有參與的龍騎兵配有一批其他部隊沒有的“戰略物資”——千餘峰駱駝，而這支龍騎兵，主要由早就適應當地環境的長史府所轄將士組成。
擔任奇襲任務的晉軍，冒著酷暑穿越沙漠，雖然此時自然環境比起後世要好一些，沿途甚至還可以找到些許水草，但比起中原的環境來說還是相當困難。十天的穿越大漠，廂軍將士在付出損失三百餘人、戰馬近千匹的代價之後，終於出現在龜茲城下。
石勒的主力全都集中在高昌和鄯善兩地，在後方負責守護龜茲的基本上當初投降羯族人的士兵。這些士兵本來對羯族人沒有多少認同感，若非一直懾於羯人的威脅，他們早就跑了，隻是在羯人的屠刀下，這些士兵失去了反抗的勇氣。
因此當晉軍突然兵臨城下的時候，龜茲人突然爆發出震天的歡呼聲，不用晉軍動手，負責守衛龜茲的士兵立即打開城池向晉軍投降了。而城內留守的少部分羯人，在晉軍的打擊下迅速被殲滅，晉軍順利地占據龜茲城。
龜茲是麻秋的“後方基地”，一直以來麻秋都認為那裏是最安全的地方。因此當龜茲失守的消息傳到麻秋耳中時，他的第一反應是認為這是晉軍在造謠。因為麻秋十分清楚，一旦龜茲丟失，他將被切斷西逃的道路，除了被殲滅不會第二條路可走。
剛剛兵敗鄯善的石勒聞訊也立即召集兵馬西返，企圖重新奪回龜茲。七月七日，麻秋大軍前鋒已經抵達龜茲城外，三萬騎兵對龜茲城發動了進攻。然而，羯族人遇到了出乎意料的抵抗。
六千晉軍在龜茲人的幫助下，開始了慘烈的城防戰，為了奪回龜茲石勒的部下發起了一次次亡命似得的攻擊。同時晉人為了充分的調動龜茲人的積極性，他們在龜茲城內大肆的宣揚羯人的凶殘，聲稱一旦城破，所有人都將被羯族人屠殺掉！這樣一來，城內龜茲人的積極性終於被調動起來，為了活命他們不得不與之前畏懼不已的羯人展開慘烈的廝殺！
麻秋軍前鋒首攻不克，退至三十外，等待石勒、麻秋大軍到來。
初八晨，石勒、麻秋兩路主力二十餘萬眾抵龜茲，晉軍據城力戰。
初九日，張方以騎兵四萬追至，石勒領兵回戰，首戰輪台雙方殺成平手。
就在石勒與張方等在龜茲對陣之時，七月初八，馬賢率一萬騎兵南麵殺來，很快擊破石勒留在南麵塔裏木河沿岸的三萬人馬。
洪武十三年七月十一日，在疏勒東北（今巴楚一帶），曾經投降石勒的疏勒貴族在接到羯族兵敗的消息後悍然起兵反叛，這些貴族高舉複國的旗號，大肆進攻疏勒各地。一時間曾經風光無限的羯族西域帝國，眨眼間就有分崩離析的兆頭。
本來還誌在奪取龜茲的石勒不得不選擇再此西撤，在撤退途中，石勒仰天長歎：“天亡羯人啊！”
曾經意氣風發的石勒和他的十八騎終於嚐到了失敗的苦果，石勒也終於醒悟過來，他所謂的帝國不過是空中樓閣、海市蜃樓罷了，他們羯族人在西域的根基太薄，再加上晉軍沒有給他們留整頓的時間，一旦戰無不勝的羯族人打了敗仗，曾經被壓製的各種矛盾會徹底的爆發出來。
但石勒很快就發現這樣得不償失，晉軍的輜重兵並不像之前預料的那樣戰鬥力低下，他們的戰鬥力甚至不下於正規軍。輜重兵在羯族騎兵來襲時，往往結陣用火槍和弓弩還擊。截擊的羯族騎兵並不多，因為大股軍馬要經過晉軍控製的地區，很難不被發現，小股在人數上沒有優勢，也很難全身而退。
到了六月下旬，主力部隊和武器彈藥陸續到達之後，雲集在高昌的晉軍各級將領一下子情緒高漲起來，紛紛要求與敵決戰。但主帥張方卻一反常態禁止各軍出擊，任由敵人在外麵耀武揚威。
眾將對此議論紛紛，皆雲張方“畏戰”，奇怪的是，身為主帥的張方居然不以為意，根本不去追究。此刻，雲集高昌的晉軍也已超過十萬，眾將紛紛請戰，要求收複焉耆、車師。然而在這關鍵時刻，身為主帥的張方卻突然病倒，連其參軍竟然也消失不見。
就連後方長安都有人開始彈劾張方，這也可以看做是文官集團開始試圖壓製武將勢力的膨脹。自打司馬遹登基之後，大晉國內的軍方勢力就開始無限製的膨脹起來，尤其是在平定藩王之亂和胡漢大戰中，文官集團基本上失去了對軍事指揮指手畫腳的權力。
這讓一向以治國平天下為己任的文官集團相當不滿，但是由於之前皇帝司馬遹一直支持軍方發展，再加上大環境上的需要，導致軍方徹底掙脫了傳統文官的控製，開始走向獨立發展的道路。
但是文官集團一直試圖重新控製軍方集團，若不能將刀握在自己手中，那些文官恐怕睡覺都不踏實。然軍方一直沒有露出什麽大破綻，也沒打敗仗。反而隨著不斷取得的勝利使得軍人在大晉已經取得和士子一樣的地位。
這一次好不容易逮著個機會，他們怎能不好好表現一番。自打得知張方‘躲在’高昌城內逡巡不前後，不少人都在參奏彈劾張方了，說他“畏敵如虎，虛糜巨萬”。西域軍需，幾乎全部要從內地轉運，雖然朝廷已經在涼州儲備。但自涼州轉運高昌，的確耗費巨大。
這一日，一幫言官禦史又在舊事重提。
“十餘萬大軍西征，未戰便損數萬，此皆統帥不能運籌之誤。”
“大軍懸於西域，一日便耗費數百萬錢。久不與戰，不能不揣度其情。”
“軍情在萬裏之外，變化莫測豈是廟堂可預？朕意已決！所謂疑人不用，用人不疑，朕既將邊事賦予張卿，西域之事，眾位愛卿便不要非議了。”
見大臣中還有人欲言。司馬遹麵色一沉：“軍政分離，互不幹涉，這是鐵律！另外若有哪位愛卿自覺軍事謀略可勝張方，敢立軍令狀，朕自可將玉門關外之事，盡托與之。”
皇帝此言一出，果然再無有敢於出聲的了。這些言官禦史，多數屬於“名士清流之輩”。講起大道理個個出眾，真要說到領兵打仗，他們自己也知道自己“不是個兒”。
不過在司馬遹自己心中，其實也憂慮得很，連牙都急痛了。後妃們雖是常加寬慰，可是他心中焦灼，卻是與日俱增。
本來司馬遹認為大軍出征還不是手到擒來。但現實告訴司馬遹遠距離作戰的困難簡直不可想象。這一場西域之戰，簡直比當年胡漢大戰還要困難的多。如今大軍出征已經近一個月了，西北居然連個戰報都沒有過來，也難怪長安眾說紛紜了。
這一日。後宮的妃子們為了討司馬遹歡心，在禦花園內擺起了宴席和舞會。司馬遹雖然心憂前線戰事，但也不能拂了妃子們的好意。正當他心不在焉陪著後妃們飲酒作樂的時候，卻見內侍小鄧子跌跌撞撞地跑進來。皇後見狀，輕聲嗬斥道：“小鄧子，你也是宮中老人了，何以如此沒有規矩。”
隻見小鄧子跪倒在地，將手中的信劄高舉過頭，聲音顫抖：“皇上，西域……西域大捷了。”
司馬遹聞言，立時伸手將小鄧子雙手舉著的信劄搶了過去，而皇後和眾位妃嬪，也不免麵露喜色。司馬遹看著手中的戰報，不由喜極而泣：“張方將軍拿下龜茲了！小鄧子，傳……傳詔，朕要在太極殿設宴群臣，正四品以上官員、誥命，全數赴宴。長安城內張燈結彩，共慶捷報！”
戰報是六百裏加急傳回的，而此時，距離大捷，已經是將近半個月了。
六月，張方統帥的騎兵部隊隻是與麻秋的羯族騎兵在高昌與焉耆之間發生過幾次小的騎兵交鋒，互有勝負。不僅如此，因為張方不許主力出戰，晉軍與羯族騎兵之間互有勝負，這也大大麻痹了敵軍。
七月初四黃昏，從前線傳來的緊急軍報傳進高昌城後，主帥張方的“重病”立時痊愈了。
他馬上升帳，點兵，出擊。眾將領詫異之間，得到一個震驚的消息：麻秋已經在當日早晨放棄了焉耆城，向西麵退走。
因為就在六月三十日，晉軍一支精悍的龍騎兵部隊突然出現在龜茲，此時龜茲隻有大約五千守軍，大半還是戰鬥力低下的龜茲人。
原來在張方還在張掖的時候，就立刻派人趕赴西域的馬賢處，定下了一招“奇兵”——以高昌和鄯善兩地吸引敵兵主力，然後以龍騎兵主力從鄯善、且末出發，穿越圖倫磧（今塔克拉瑪幹大沙漠），奇襲龜茲（今新疆庫車）。
為了保證奇襲成功，所有參與的龍騎兵配有一批其他部隊沒有的“戰略物資”——千餘峰駱駝，而這支龍騎兵，主要由早就適應當地環境的長史府所轄將士組成。
擔任奇襲任務的晉軍，冒著酷暑穿越沙漠，雖然此時自然環境比起後世要好一些，沿途甚至還可以找到些許水草，但比起中原的環境來說還是相當困難。十天的穿越大漠，廂軍將士在付出損失三百餘人、戰馬近千匹的代價之後，終於出現在龜茲城下。
石勒的主力全都集中在高昌和鄯善兩地，在後方負責守護龜茲的基本上當初投降羯族人的士兵。這些士兵本來對羯族人沒有多少認同感，若非一直懾於羯人的威脅，他們早就跑了，隻是在羯人的屠刀下，這些士兵失去了反抗的勇氣。
因此當晉軍突然兵臨城下的時候，龜茲人突然爆發出震天的歡呼聲，不用晉軍動手，負責守衛龜茲的士兵立即打開城池向晉軍投降了。而城內留守的少部分羯人，在晉軍的打擊下迅速被殲滅，晉軍順利地占據龜茲城。
龜茲是麻秋的“後方基地”，一直以來麻秋都認為那裏是最安全的地方。因此當龜茲失守的消息傳到麻秋耳中時，他的第一反應是認為這是晉軍在造謠。因為麻秋十分清楚，一旦龜茲丟失，他將被切斷西逃的道路，除了被殲滅不會第二條路可走。
剛剛兵敗鄯善的石勒聞訊也立即召集兵馬西返，企圖重新奪回龜茲。七月七日，麻秋大軍前鋒已經抵達龜茲城外，三萬騎兵對龜茲城發動了進攻。然而，羯族人遇到了出乎意料的抵抗。
六千晉軍在龜茲人的幫助下，開始了慘烈的城防戰，為了奪回龜茲石勒的部下發起了一次次亡命似得的攻擊。同時晉人為了充分的調動龜茲人的積極性，他們在龜茲城內大肆的宣揚羯人的凶殘，聲稱一旦城破，所有人都將被羯族人屠殺掉！這樣一來，城內龜茲人的積極性終於被調動起來，為了活命他們不得不與之前畏懼不已的羯人展開慘烈的廝殺！
麻秋軍前鋒首攻不克，退至三十外，等待石勒、麻秋大軍到來。
初八晨，石勒、麻秋兩路主力二十餘萬眾抵龜茲，晉軍據城力戰。
初九日，張方以騎兵四萬追至，石勒領兵回戰，首戰輪台雙方殺成平手。
就在石勒與張方等在龜茲對陣之時，七月初八，馬賢率一萬騎兵南麵殺來，很快擊破石勒留在南麵塔裏木河沿岸的三萬人馬。
洪武十三年七月十一日，在疏勒東北（今巴楚一帶），曾經投降石勒的疏勒貴族在接到羯族兵敗的消息後悍然起兵反叛，這些貴族高舉複國的旗號，大肆進攻疏勒各地。一時間曾經風光無限的羯族西域帝國，眨眼間就有分崩離析的兆頭。
本來還誌在奪取龜茲的石勒不得不選擇再此西撤，在撤退途中，石勒仰天長歎：“天亡羯人啊！”
曾經意氣風發的石勒和他的十八騎終於嚐到了失敗的苦果，石勒也終於醒悟過來，他所謂的帝國不過是空中樓閣、海市蜃樓罷了，他們羯族人在西域的根基太薄，再加上晉軍沒有給他們留整頓的時間，一旦戰無不勝的羯族人打了敗仗，曾經被壓製的各種矛盾會徹底的爆發出來。