上自為太子，受尚書於桓榮，及卽帝位，猶尊榮以師禮。嚐幸太常府，令榮坐東麵，設幾杖，會百官及榮門生數百人，上親自執業；諸生或避位發難，上謙曰：“太師在是。”旣罷，悉以太官供具賜太常家。榮每疾病，帝輒遣使者存問，太官、太醫相望於道。及篤，上疏謝恩，讓還爵士。帝幸其家問起居，入街，下車，擁經而前，撫榮垂涕，賜以床茵、帷帳、刀劍、衣被，良久乃去。自是諸侯、將軍、大夫問疾者，不敢複乘車到門，皆拜床下。榮卒，帝親自變服臨喪送葬，賜塚塋於首山之陽。子鬱當嗣，讓其兄子泛；帝不許，鬱乃受封，而悉以租入與之。帝以鬱為侍中。
上以中山王焉，郭太後少子，太後尤愛之，故獨留京師，至是始與諸王俱就國，賜以虎賁、官騎，恩寵尤厚，獨得往來京師。帝禮待陰、郭，每事必均，數受賞賜，恩寵俱渥。
甲子，上行幸長安。十一月，甲申，遣使者以中牢祠蕭何、霍光，帝過，式其墓。進幸河東；癸卯，還宮。
十二月，護羌校尉竇林坐欺罔及臧罪，下獄死。林者，融之從兄子也。於是竇氏一公、兩侯、三公主、四二千石相與並時，自祖及孫，官府邸第相望京邑，於親戚功臣中莫與為比。及林誅，帝數下詔切責融，融惶恐乞骸骨，詔令歸第養病。
是歲，初迎氣於五郊。
新陽侯陰就子豐尚酈邑公主。公主驕妬，豐殺之，被誅，父母皆自殺。
南單於汗死，單於比之子適立，為｛酉盆，分改兮｝僮屍逐侯鞮單於。
孝明帝永平三年（庚申、六〇年）
春，二月，甲寅，太尉趙熹、司徒李欣免。丙辰，以左馮翊郭丹為司徒。己未，以南陽太守虞延為太尉。
甲子，立貴人馬氏為皇後，皇子炟為太子。
後，援之女也，光武時，以選入太子宮，能奉承陰後，傍接同列，禮則修備，上下安之，遂見寵異；及帝卽位，為貴人。時後前母姊女賈氏亦以選入，生皇子炟；帝以後無子，命養之，謂曰：“人未必當自生子，但患愛養不至耳！”後於是盡心撫育，勞悴過於所生。太子亦孝性淳篤，母子慈愛，始終無纖介之間。後常以皇嗣未廣，薦達左右，若恐不及。後宮有進見者，每加慰納；若數所寵引，輒加隆遇。
及有司奏立長秋宮，帝未有所言，皇太後曰：“馬貴人德冠後宮，卽其人也。”後旣正位宮闈，愈自謙肅，好讀書。常衣大練，裙不加緣；朔望諸姬主朝請，望見後袍衣疏粗，以為綺縠，就視，乃笑。後曰：“此繒特宜染色，故用之耳。”羣臣奏事有難平者，帝數以試後，後輒分解趣理，各得其情，然未嚐以家私幹政事。帝由是寵敬，始終無衰焉。
帝思中興功臣，乃圖畫二十八將於南宮雲台，以鄧禹為首，次馬成、吳漢、王梁、賈複、陳俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、堅鐔、馮異、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、萬修、蓋延、邳肜、銚期、劉植、耿純、臧宮、馬武、劉隆；又益以王常、李通、竇融、卓茂，合三十二人。馬援以椒房之親，獨不與焉。
夏，四月，辛酉，封皇子建為千乘王，羨為廣平王。
六月，丁卯，有星孛於天船北。
帝大起北宮。時天旱，尚書仆射會稽鍾離意詣闕，免冠、上疏曰：“昔成湯遭旱，以六事自責曰："政不節邪？使民疾邪？宮室營邪？女謁盛邪？苞苴行邪？讒夫昌邪？"竊見北宮大作，民失農時；自古非苦宮室小狹，但患民不安寧，宜且罷止，以應天心。”帝策詔報曰：“湯引六事，咎在一人，其冠、履，勿謝！”又敕大匠止作諸宮，減省不急。詔因謝公卿百僚，遂慶時澍雨。
意薦全椒長劉平，詔征拜議郎。平在全椒，政有恩惠，民或增貲就賦，或減年從役。剌史、太守行部，獄無係囚，人自以得所，不知所問，唯班詔書而去。
帝性褊察，好以耳目隱發為明，公卿大臣數被詆毀，近臣尚書以下至見提曳。常以事怒郎藥崧，以杖撞之；崧走入床下，帝怒甚，疾言曰：“郎出！”崧乃曰：“天子穆穆，諸侯皇皇，未聞人君，自起撞郎。”帝乃赦之。
是時朝廷莫不悚栗，爭為嚴切以避誅責，唯鍾離意獨敢諫爭，數封還詔書，臣下過失，輒救解之。會連有變異，上疏曰：“陛下敬畏鬼神，憂恤黎元，而天氣未和，寒暑違節者，咎在羣臣不能宣化治職，而以苛刻為俗，百官無相親之心，吏民無雍雍之誌，至於感逆和氣，以致天災。百姓可以德勝，難以力服，鹿鳴之詩必言宴樂者，以人神之心洽，然後天氣和也。願陛下垂聖德，緩刑罰，順時氣以調陰陽。”帝雖不能時用，然知其至誠，終愛厚之。
秋，八月，戊辰，詔改太樂官曰太予，用讖文也。
壬申晦，日有食之。詔曰：“昔楚莊無災，以致戒懼，魯哀禍大，天不降譴。今之動變，儻尚可救，有司勉思厥職，以匡無德！”
冬，十月，甲子，車駕從皇太後幸章陵。荊州剌史郭賀，官有殊政，上賜以三公之服，黼黻，冕旒；敕行部去襜帷，使百姓見其容服，以章有德。戊辰，還自章陵。
是歲，京師及郡國七大水。
莎車王賢以兵威逼奪於窴、大宛、媯塞王國，使其將守之。於窴人殺其將君德，立大人休莫霸為王，賢率諸國兵數萬擊之，大為休莫霸所敗，脫身走還。休莫霸進圍莎車，中流矢死，於窴人複立其兄子廣德為王，廣德使其弟仁攻賢。廣德父先拘在莎車，賢乃歸其父，以女妻之，與之和親。
上以中山王焉，郭太後少子，太後尤愛之，故獨留京師，至是始與諸王俱就國，賜以虎賁、官騎，恩寵尤厚，獨得往來京師。帝禮待陰、郭，每事必均，數受賞賜，恩寵俱渥。
甲子，上行幸長安。十一月，甲申，遣使者以中牢祠蕭何、霍光，帝過，式其墓。進幸河東；癸卯，還宮。
十二月，護羌校尉竇林坐欺罔及臧罪，下獄死。林者，融之從兄子也。於是竇氏一公、兩侯、三公主、四二千石相與並時，自祖及孫，官府邸第相望京邑，於親戚功臣中莫與為比。及林誅，帝數下詔切責融，融惶恐乞骸骨，詔令歸第養病。
是歲，初迎氣於五郊。
新陽侯陰就子豐尚酈邑公主。公主驕妬，豐殺之，被誅，父母皆自殺。
南單於汗死，單於比之子適立，為｛酉盆，分改兮｝僮屍逐侯鞮單於。
孝明帝永平三年（庚申、六〇年）
春，二月，甲寅，太尉趙熹、司徒李欣免。丙辰，以左馮翊郭丹為司徒。己未，以南陽太守虞延為太尉。
甲子，立貴人馬氏為皇後，皇子炟為太子。
後，援之女也，光武時，以選入太子宮，能奉承陰後，傍接同列，禮則修備，上下安之，遂見寵異；及帝卽位，為貴人。時後前母姊女賈氏亦以選入，生皇子炟；帝以後無子，命養之，謂曰：“人未必當自生子，但患愛養不至耳！”後於是盡心撫育，勞悴過於所生。太子亦孝性淳篤，母子慈愛，始終無纖介之間。後常以皇嗣未廣，薦達左右，若恐不及。後宮有進見者，每加慰納；若數所寵引，輒加隆遇。
及有司奏立長秋宮，帝未有所言，皇太後曰：“馬貴人德冠後宮，卽其人也。”後旣正位宮闈，愈自謙肅，好讀書。常衣大練，裙不加緣；朔望諸姬主朝請，望見後袍衣疏粗，以為綺縠，就視，乃笑。後曰：“此繒特宜染色，故用之耳。”羣臣奏事有難平者，帝數以試後，後輒分解趣理，各得其情，然未嚐以家私幹政事。帝由是寵敬，始終無衰焉。
帝思中興功臣，乃圖畫二十八將於南宮雲台，以鄧禹為首，次馬成、吳漢、王梁、賈複、陳俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、堅鐔、馮異、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、萬修、蓋延、邳肜、銚期、劉植、耿純、臧宮、馬武、劉隆；又益以王常、李通、竇融、卓茂，合三十二人。馬援以椒房之親，獨不與焉。
夏，四月，辛酉，封皇子建為千乘王，羨為廣平王。
六月，丁卯，有星孛於天船北。
帝大起北宮。時天旱，尚書仆射會稽鍾離意詣闕，免冠、上疏曰：“昔成湯遭旱，以六事自責曰："政不節邪？使民疾邪？宮室營邪？女謁盛邪？苞苴行邪？讒夫昌邪？"竊見北宮大作，民失農時；自古非苦宮室小狹，但患民不安寧，宜且罷止，以應天心。”帝策詔報曰：“湯引六事，咎在一人，其冠、履，勿謝！”又敕大匠止作諸宮，減省不急。詔因謝公卿百僚，遂慶時澍雨。
意薦全椒長劉平，詔征拜議郎。平在全椒，政有恩惠，民或增貲就賦，或減年從役。剌史、太守行部，獄無係囚，人自以得所，不知所問，唯班詔書而去。
帝性褊察，好以耳目隱發為明，公卿大臣數被詆毀，近臣尚書以下至見提曳。常以事怒郎藥崧，以杖撞之；崧走入床下，帝怒甚，疾言曰：“郎出！”崧乃曰：“天子穆穆，諸侯皇皇，未聞人君，自起撞郎。”帝乃赦之。
是時朝廷莫不悚栗，爭為嚴切以避誅責，唯鍾離意獨敢諫爭，數封還詔書，臣下過失，輒救解之。會連有變異，上疏曰：“陛下敬畏鬼神，憂恤黎元，而天氣未和，寒暑違節者，咎在羣臣不能宣化治職，而以苛刻為俗，百官無相親之心，吏民無雍雍之誌，至於感逆和氣，以致天災。百姓可以德勝，難以力服，鹿鳴之詩必言宴樂者，以人神之心洽，然後天氣和也。願陛下垂聖德，緩刑罰，順時氣以調陰陽。”帝雖不能時用，然知其至誠，終愛厚之。
秋，八月，戊辰，詔改太樂官曰太予，用讖文也。
壬申晦，日有食之。詔曰：“昔楚莊無災，以致戒懼，魯哀禍大，天不降譴。今之動變，儻尚可救，有司勉思厥職，以匡無德！”
冬，十月，甲子，車駕從皇太後幸章陵。荊州剌史郭賀，官有殊政，上賜以三公之服，黼黻，冕旒；敕行部去襜帷，使百姓見其容服，以章有德。戊辰，還自章陵。
是歲，京師及郡國七大水。
莎車王賢以兵威逼奪於窴、大宛、媯塞王國，使其將守之。於窴人殺其將君德，立大人休莫霸為王，賢率諸國兵數萬擊之，大為休莫霸所敗，脫身走還。休莫霸進圍莎車，中流矢死，於窴人複立其兄子廣德為王，廣德使其弟仁攻賢。廣德父先拘在莎車，賢乃歸其父，以女妻之，與之和親。