161o年5月，大明帝國的都北京，宣武門內東城隅，耶穌會中國傳教會花了五百兩銀子買下的宅邸內，利瑪竇神父已經身染重病，躺在床上無法視事了。
他的病是每天忙於工作積勞成疾累出來的，他的主要工作就是接待來訪者，拜訪各家高官文士。利瑪竇每一天都安排得滿滿的，甚至連吃飯的時間也沒有。他通常一天要收到二十來張帖子，遇到特殊的日子，例如在新年，一天要見一百多位客人。利瑪竇還要遵照最起碼的禮貌，進行回訪。盡管這些社交活動讓人十分勞累，還要有長時間的談話，然而利瑪竇現這些往來對傳教事業很有價值。所有來的人都因此而接觸到了天主教。
利瑪竇剛剛到達了明帝國的都，實現了他長久的願望後，以他敏銳的觀察力現了明帝國的正處於危機中。幾年來人們一直在說服利瑪竇:要想在中國傳播天主教，最重要的是要獲得皇上的讚同。有了這把保護傘，剛剛起步的教會就能躲開那些不友好的官員的幹涉。傳教事業一旦獲得了皇帝的同意，就可能形成一個頒依天主教的運動。在對現實中的政治形勢有了第一手的了解之後，利瑪竇產生了修正傳教策略的想法。利瑪竇親眼看到了皇上的真實情況:萬曆皇上不是一位有權威的帝王，而是一個**、懦弱的君主，是一個行將滅亡的帝國統治者。整個帝國被一群太監把持著，即將走入其死亡之路。
利瑪竇的天主教傳教工作從此開始轉向重視文士階層，從而影響到朝廷、地方官員和底層百姓。他的傳教策略是成功的。在韶州的時候同會神父一度隻剩他一個，到他死的時候，他已經在中國建立了四個耶穌會的傳教點――教堂住院，擁有58個歐洲神父，將近2ooo名的信徒。信徒中最重要的都是進士、舉人、生員以及現任官員，看起來人數很少，影響卻很大。（.無彈窗廣告）
現在，他即將告別自己一手創立的中國傳教事業，去向上帝匯報工作情況了。
利瑪竇強撐著身子起了床，在十字架麵前堅持做了最後一次晚間禱告。他幾日前服了京城名醫開的一服藥方，病情不但沒好轉，反而日益惡化。這時他預感到自己將壽終正寢，在剛剛被指定為中國傳教會下一任會長的龍華民神父攙扶下躺到了床上。
利瑪竇歎了一口氣，用拉丁語對龍華民說：“我已經聽到上帝的感召了，親愛的尼可拉斯，我在中國的使命已經結束了。”利瑪竇衰弱的眼神忽地又出了明亮的光：“我好像聽到巴拉達斯兄弟的聲音了。尼可拉斯，請您去看看，是否是他來了？”
龍華民出生於意大利西西裏地區的一個沒落貴族家庭，1582年加入耶穌會。1597年前來中國傳教，先到達澳門，主持廣東地方的教務。在傳教方式上，他采取了與當時大多數來華傳教士不同的道路。他主張公開走向社會，展教徒，要求入教者必須拋棄傳統的中國習俗，和利瑪竇尊重中國風俗和緩進的傳教方針是不一樣的。但他對於利瑪竇的尊重是自內心的，中國傳教會有今天的格局，全靠了利瑪竇的努力。
他點點頭，起身出門，沒多久帶著神父龐迪我、台灣主教巴拉達斯、中國籍修道士費藏玉、鍾鳴仁等來到了利瑪竇病榻前。
眾人劃著十字，利瑪竇點頭微笑，迫不及待地問台灣主教巴拉達斯：“你的那位愛好科學的主人，是否已經答應了我們在琉球開設教堂的請求？”
巴拉達斯恭敬地回答：“尹船主已經答應了我們在那霸港建教堂的請求。不過，同時，他也讓荷蘭人在台灣建立新教的教堂，讓猶太人建造他們的會堂，還有佛教徒、道教徒、伊斯蘭教徒的廟宇，在台灣已經全麵開禁。”
利瑪竇往後躺倒在床上，歎了一口氣：“看來，中國沿海的實際上的統治者，對於宗教並沒有傾向性。那麽，他隻是喜歡我們帶來的歐洲的科學，而不是我們的宗教？”
“看樣子確實是這麽回事。”巴拉達斯從懷中逃出一本書，遞交給利瑪竇，不過利瑪竇已經沒有力氣看了，隻是順手翻了一下。
“尊敬的利基神父（利瑪竇原名），這本書就是台灣永活字印刷的《幾何原本》。”
利瑪竇非常吃驚地說：“難道台灣已經翻印了《幾何原本》？是徐保羅教友（徐光啟）提供的手稿嗎？”
巴拉達斯搖搖頭：“不是，這是尹船主從日本回來後，從葡萄牙文本的《幾何原本》翻譯成中文的，翻譯的內容並不全，隻占原篇的二分之一左右。這個版本與您和徐保羅教友翻譯的版本不同，側重與數學原理和實例的練習，是用來在尹船主的學校中當做教材用的。”
利瑪竇一驚，衰弱的身子忽地坐了起來，一邊服侍的龍華民、龐迪我、鍾鳴仁等趕緊擁上來扶住他。利瑪竇把手中的台灣版《幾何原本》翻到了前幾章，匆忙看了一下，麵露古怪之色。他把書交給龍華民，結果龍華民看了以後也是一臉迷惑。
徐光啟翻譯的《幾何原本》前六卷把一些例題刪除了，沒有刊印：台灣版則把這些內容全恢複了，明顯是用來作為課堂上的教學實踐的。同時，，台灣版還有大量利瑪竇、徐光啟還沒來得及翻譯的後九卷內容。同時，尹峰得宜於當年良好的初高中數學教育，大量用希臘字母帶入公式說明中，還直接把後世的計算符號盜用了一番。這本邏輯推理嚴密，由公理、公設、定義出組成完備的體係的《幾何原本》，在尹峰引入後世的希臘、拉丁字母符號和運算符號之後，就顯得更加清晰有條理、易於理解了。
這簡直把在場的利瑪竇等人驚呆了。《幾何原本》翻譯成中文後，隻引起了少部分士人的興趣，很多人根本無法接受歐幾裏得嚴密的邏輯體係。《幾何原本》所代表的邏輯推理方法，再加上科學實驗，是世界近代科學產生和展的重要前提。換言之，《幾何原本》的意義不單單是數學方麵的，更主要的乃是思想方法方麵的。《幾何原本》由公理、公設出給出一整套定理體係的敘述方法，和中國古代數學著作的注重實用性的敘述方法相去甚遠。
利瑪竇曾經在給耶穌會總部寫的信中，說當時整個中國隻有兩個人真正理解了《幾何原本》的內容：徐光啟和李之藻。
現在，台灣中華聯合公司的大東家、總管尹峰成了第三個。實際上，尹峰隻是一邊看葡萄牙文版《幾何原本》，一邊回憶中學數學學過的內容，就這樣馬馬虎虎翻譯出來的；當然，也才參考了巴拉達斯神父和一些歐洲人的意見。
利瑪竇歎了一口氣：“太遲了，我真的應該去台灣看看這位神秘的船主大人的。尼可拉斯，您一定要去認識一下這位朋友。他現在控製著東亞的海洋，很可能會成為大人物，您應該去和他交朋友。哦，他有一位天主教徒妻子，對吧？”
巴拉達斯點點頭：“是的，這位妻子來自馬尼拉，是在聖方濟各修道會受洗的。”
利瑪竇似乎耗盡了精力，無力地躺下了，喘了一陣粗氣後，他張開眼喃喃道：“巴拉達斯神父，一定要和尹峰船主成為朋友，他真是……”他的話沒有說完，就似乎沉沉睡去了。
161o年5月9日，按照天主教習俗，利瑪竇在病榻上領臨終聖體，次日，領終傅聖事，5月11日（農曆閏三月十九日)傍晚(約下午六七時)，耶穌會中國傳教會駐北京的全體人員對這位“聖人”、“中國的聖.多默”逝世表示哀悼。中國籍修士畫家鍾鳴仁將利瑪竇的遺容畫了下來這項工作在原先的曆史時空中，是尤文輝做的，隻是現在尤文輝被尹峰打到歐洲去了，這活就落到了同樣具有良好繪畫天分的鍾鳴仁頭上。
李之藻這時生病在家，他派一個當差通知教會，不要為棺材擔優，他個人願意提供一切殯費。兩天後，利瑪竇遺體收鹼入棺。棺材抬到教堂，舉行彌撒之後，又抬回寓所，放在靈台上、供大家吊唁。
此刻，台灣港的尹峰還不知道；耶穌會中國傳教會已經把台灣傳教工作當做了在中國傳教的重點地區之一。龍華民接任會長一職後，第一次外出就是選擇了去台灣考察。
尹峰正在重新整頓軍隊：他已經把軍銜製的實行在中華軍內部全麵推廣了。由下士、中士、上士三級士官軍銜開始，一直到校一級，基本是尹峰照搬盜用了後世軍隊的軍銜名稱。
同時，軍校開始分級，作為台灣軍校的總體結構之下，分出了士官學校、軍官學校、炮兵技術學校、水軍學校等等。同時，新兵訓練體係也進行了改進，每一名士兵征募入伍後，無論是戰鬥兵還是通信員一類的輔助兵、後勤兵，都要經曆一番嚴格的訓練，然後從新兵訓練成績中劃分檔次，分別安排新兵進入部隊基層。
新兵訓練主要包括了軍事禮儀、刺刀訓練、指令訓練、野戰訓練、內衛訓練、射擊擲彈訓練、檢閱、複習等8個大項，為期約兩個月；然後新兵下到基層部隊後，訓練內容側重武器訓練、身體素質訓練、守備訓練、野戰訓練4個大項。
雖然還沒有確切的情報，但是西班牙人對馬尼拉的反攻，已經迫在眉睫了。
他的病是每天忙於工作積勞成疾累出來的，他的主要工作就是接待來訪者，拜訪各家高官文士。利瑪竇每一天都安排得滿滿的，甚至連吃飯的時間也沒有。他通常一天要收到二十來張帖子，遇到特殊的日子，例如在新年，一天要見一百多位客人。利瑪竇還要遵照最起碼的禮貌，進行回訪。盡管這些社交活動讓人十分勞累，還要有長時間的談話，然而利瑪竇現這些往來對傳教事業很有價值。所有來的人都因此而接觸到了天主教。
利瑪竇剛剛到達了明帝國的都，實現了他長久的願望後，以他敏銳的觀察力現了明帝國的正處於危機中。幾年來人們一直在說服利瑪竇:要想在中國傳播天主教，最重要的是要獲得皇上的讚同。有了這把保護傘，剛剛起步的教會就能躲開那些不友好的官員的幹涉。傳教事業一旦獲得了皇帝的同意，就可能形成一個頒依天主教的運動。在對現實中的政治形勢有了第一手的了解之後，利瑪竇產生了修正傳教策略的想法。利瑪竇親眼看到了皇上的真實情況:萬曆皇上不是一位有權威的帝王，而是一個**、懦弱的君主，是一個行將滅亡的帝國統治者。整個帝國被一群太監把持著，即將走入其死亡之路。
利瑪竇的天主教傳教工作從此開始轉向重視文士階層，從而影響到朝廷、地方官員和底層百姓。他的傳教策略是成功的。在韶州的時候同會神父一度隻剩他一個，到他死的時候，他已經在中國建立了四個耶穌會的傳教點――教堂住院，擁有58個歐洲神父，將近2ooo名的信徒。信徒中最重要的都是進士、舉人、生員以及現任官員，看起來人數很少，影響卻很大。（.無彈窗廣告）
現在，他即將告別自己一手創立的中國傳教事業，去向上帝匯報工作情況了。
利瑪竇強撐著身子起了床，在十字架麵前堅持做了最後一次晚間禱告。他幾日前服了京城名醫開的一服藥方，病情不但沒好轉，反而日益惡化。這時他預感到自己將壽終正寢，在剛剛被指定為中國傳教會下一任會長的龍華民神父攙扶下躺到了床上。
利瑪竇歎了一口氣，用拉丁語對龍華民說：“我已經聽到上帝的感召了，親愛的尼可拉斯，我在中國的使命已經結束了。”利瑪竇衰弱的眼神忽地又出了明亮的光：“我好像聽到巴拉達斯兄弟的聲音了。尼可拉斯，請您去看看，是否是他來了？”
龍華民出生於意大利西西裏地區的一個沒落貴族家庭，1582年加入耶穌會。1597年前來中國傳教，先到達澳門，主持廣東地方的教務。在傳教方式上，他采取了與當時大多數來華傳教士不同的道路。他主張公開走向社會，展教徒，要求入教者必須拋棄傳統的中國習俗，和利瑪竇尊重中國風俗和緩進的傳教方針是不一樣的。但他對於利瑪竇的尊重是自內心的，中國傳教會有今天的格局，全靠了利瑪竇的努力。
他點點頭，起身出門，沒多久帶著神父龐迪我、台灣主教巴拉達斯、中國籍修道士費藏玉、鍾鳴仁等來到了利瑪竇病榻前。
眾人劃著十字，利瑪竇點頭微笑，迫不及待地問台灣主教巴拉達斯：“你的那位愛好科學的主人，是否已經答應了我們在琉球開設教堂的請求？”
巴拉達斯恭敬地回答：“尹船主已經答應了我們在那霸港建教堂的請求。不過，同時，他也讓荷蘭人在台灣建立新教的教堂，讓猶太人建造他們的會堂，還有佛教徒、道教徒、伊斯蘭教徒的廟宇，在台灣已經全麵開禁。”
利瑪竇往後躺倒在床上，歎了一口氣：“看來，中國沿海的實際上的統治者，對於宗教並沒有傾向性。那麽，他隻是喜歡我們帶來的歐洲的科學，而不是我們的宗教？”
“看樣子確實是這麽回事。”巴拉達斯從懷中逃出一本書，遞交給利瑪竇，不過利瑪竇已經沒有力氣看了，隻是順手翻了一下。
“尊敬的利基神父（利瑪竇原名），這本書就是台灣永活字印刷的《幾何原本》。”
利瑪竇非常吃驚地說：“難道台灣已經翻印了《幾何原本》？是徐保羅教友（徐光啟）提供的手稿嗎？”
巴拉達斯搖搖頭：“不是，這是尹船主從日本回來後，從葡萄牙文本的《幾何原本》翻譯成中文的，翻譯的內容並不全，隻占原篇的二分之一左右。這個版本與您和徐保羅教友翻譯的版本不同，側重與數學原理和實例的練習，是用來在尹船主的學校中當做教材用的。”
利瑪竇一驚，衰弱的身子忽地坐了起來，一邊服侍的龍華民、龐迪我、鍾鳴仁等趕緊擁上來扶住他。利瑪竇把手中的台灣版《幾何原本》翻到了前幾章，匆忙看了一下，麵露古怪之色。他把書交給龍華民，結果龍華民看了以後也是一臉迷惑。
徐光啟翻譯的《幾何原本》前六卷把一些例題刪除了，沒有刊印：台灣版則把這些內容全恢複了，明顯是用來作為課堂上的教學實踐的。同時，，台灣版還有大量利瑪竇、徐光啟還沒來得及翻譯的後九卷內容。同時，尹峰得宜於當年良好的初高中數學教育，大量用希臘字母帶入公式說明中，還直接把後世的計算符號盜用了一番。這本邏輯推理嚴密，由公理、公設、定義出組成完備的體係的《幾何原本》，在尹峰引入後世的希臘、拉丁字母符號和運算符號之後，就顯得更加清晰有條理、易於理解了。
這簡直把在場的利瑪竇等人驚呆了。《幾何原本》翻譯成中文後，隻引起了少部分士人的興趣，很多人根本無法接受歐幾裏得嚴密的邏輯體係。《幾何原本》所代表的邏輯推理方法，再加上科學實驗，是世界近代科學產生和展的重要前提。換言之，《幾何原本》的意義不單單是數學方麵的，更主要的乃是思想方法方麵的。《幾何原本》由公理、公設出給出一整套定理體係的敘述方法，和中國古代數學著作的注重實用性的敘述方法相去甚遠。
利瑪竇曾經在給耶穌會總部寫的信中，說當時整個中國隻有兩個人真正理解了《幾何原本》的內容：徐光啟和李之藻。
現在，台灣中華聯合公司的大東家、總管尹峰成了第三個。實際上，尹峰隻是一邊看葡萄牙文版《幾何原本》，一邊回憶中學數學學過的內容，就這樣馬馬虎虎翻譯出來的；當然，也才參考了巴拉達斯神父和一些歐洲人的意見。
利瑪竇歎了一口氣：“太遲了，我真的應該去台灣看看這位神秘的船主大人的。尼可拉斯，您一定要去認識一下這位朋友。他現在控製著東亞的海洋，很可能會成為大人物，您應該去和他交朋友。哦，他有一位天主教徒妻子，對吧？”
巴拉達斯點點頭：“是的，這位妻子來自馬尼拉，是在聖方濟各修道會受洗的。”
利瑪竇似乎耗盡了精力，無力地躺下了，喘了一陣粗氣後，他張開眼喃喃道：“巴拉達斯神父，一定要和尹峰船主成為朋友，他真是……”他的話沒有說完，就似乎沉沉睡去了。
161o年5月9日，按照天主教習俗，利瑪竇在病榻上領臨終聖體，次日，領終傅聖事，5月11日（農曆閏三月十九日)傍晚(約下午六七時)，耶穌會中國傳教會駐北京的全體人員對這位“聖人”、“中國的聖.多默”逝世表示哀悼。中國籍修士畫家鍾鳴仁將利瑪竇的遺容畫了下來這項工作在原先的曆史時空中，是尤文輝做的，隻是現在尤文輝被尹峰打到歐洲去了，這活就落到了同樣具有良好繪畫天分的鍾鳴仁頭上。
李之藻這時生病在家，他派一個當差通知教會，不要為棺材擔優，他個人願意提供一切殯費。兩天後，利瑪竇遺體收鹼入棺。棺材抬到教堂，舉行彌撒之後，又抬回寓所，放在靈台上、供大家吊唁。
此刻，台灣港的尹峰還不知道；耶穌會中國傳教會已經把台灣傳教工作當做了在中國傳教的重點地區之一。龍華民接任會長一職後，第一次外出就是選擇了去台灣考察。
尹峰正在重新整頓軍隊：他已經把軍銜製的實行在中華軍內部全麵推廣了。由下士、中士、上士三級士官軍銜開始，一直到校一級，基本是尹峰照搬盜用了後世軍隊的軍銜名稱。
同時，軍校開始分級，作為台灣軍校的總體結構之下，分出了士官學校、軍官學校、炮兵技術學校、水軍學校等等。同時，新兵訓練體係也進行了改進，每一名士兵征募入伍後，無論是戰鬥兵還是通信員一類的輔助兵、後勤兵，都要經曆一番嚴格的訓練，然後從新兵訓練成績中劃分檔次，分別安排新兵進入部隊基層。
新兵訓練主要包括了軍事禮儀、刺刀訓練、指令訓練、野戰訓練、內衛訓練、射擊擲彈訓練、檢閱、複習等8個大項，為期約兩個月；然後新兵下到基層部隊後，訓練內容側重武器訓練、身體素質訓練、守備訓練、野戰訓練4個大項。
雖然還沒有確切的情報，但是西班牙人對馬尼拉的反攻，已經迫在眉睫了。