曆史：
在神奧傳說中，整個宇宙，包括神奇寶貝世界，是由一位名為阿爾宙斯的神奇寶貝創造的。阿爾宙斯從虛無之地的蛋中誕生，是第一隻存在於世界的神奇寶貝。接著阿爾宙斯創造出帝牙盧卡，帕路奇犽，還可能包括騎拉帝納。阿爾宙斯分別給了帝牙盧卡與帕路奇犽掌控時間與空間的能力，而騎拉帝納則存在於另一個次元之中。接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆，由克希，和艾姆利多，分別代表共存於現代的人類和神奇寶貝之中的意誌、知識與感情。它們生存於今天被稱為立誌湖，睿智湖，心齊湖的湖泊底部，被稱為湖中的傳說神奇寶貝。在此期間，夢幻在神奇寶貝世界誕生，並包含了當時及未來存在的全部神奇寶貝的遺傳基因。
固拉多與蓋歐卡的大戰
很久很久之後，固拉多從地底的岩漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現，烈空坐則形成於臭氧層的物質中。烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會來到天空之柱休憩。固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋。兩隻超古代神奇寶貝終於碰麵，帶來了為爭奪在神奇寶貝世界之初的優勢而進行的激烈戰鬥。烈空坐最終平息了這場戰鬥，並使得固拉多與蓋歐卡回到各自長眠的洞窟中。為了防止兩隻超古代神奇寶貝再度醒來，紅色寶珠與藍色寶珠被製造，並保管於送火山。當時，夢幻在世界各地出現，有相當多的分布數量。除此之外，神奇寶貝世界中出現了天冠山一類的地塊，隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動，形成了各個地區，在天冠山周圍形成的是神奧地方。在這場造山運動中，神奧地方的東北部出現了嚴酷山，在其中的岩漿中誕生出席多藍恩。阿爾宙斯創造了金剛玉魂、白玉魂和白金玉魂，之後進入了長眠之中。
遠古時代的未知圖騰
許多年之後進入了史前時代，並出現了多種存在於那個時期的神奇寶貝。考古學家已證實這些神奇寶貝分布於各個陸地，在今天形成了化石並包含著神奇寶貝的遺傳基因。這一時期可能夢幻的數量開始減少，世界上更多地存在其它種類的神奇寶貝。除了神奇寶貝之外，神奇寶貝世界上還出現了人類。
在石器時代、冰河時代和鐵器時代，分別出現了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏於豐緣地方，並作為打開在切鋒神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。
燒焦塔在被燒毀150年之後
約3000年前，卡洛斯地方發生戰爭。當時的國王az的神奇寶貝朋友花葉蒂死亡。az因而開發出了最終兵器。
1500年前，最早的文字書寫方式在阿露福遺跡、阿斯卡納遺跡和隨意遺跡出現。考古學家尚不能確定未知圖騰和這種書寫方式究竟哪個最先出現，但顯然它們之間有某種關聯。在此時期，鯉魚王的種群發生突變，成為了最脆弱的神奇寶貝。
在700年前的近代，在圓朱市相繼建造了9層高的鈴鐺塔和鍾之塔。兩座塔象征著神奇寶貝與人類之間的友誼和共同生活的希望。從塔頂一覽的情景十分壯麗。西邊的是喚醒神奇寶貝的鍾之塔，而東邊的塔是神奇寶貝的休憩之處。據說在當時，一隻巨大的銀色神奇寶貝棲息於鍾之塔頂，相對的鈴鐺塔則住著彩虹色的鳳王。然而，在150年前，一場閃電擊中了鍾之塔，劇烈的大火燃燒了整整三天，在一場傾盆大雨之後才被熄滅。洛奇亞和鳳王逃離了這場災難，之後洛奇亞到漩渦列島棲息。在那時起，第一屆神奇寶貝聯盟比賽開始舉辦。在現代時期，秋葉原博士創造了第一隻人造神奇寶貝3d龍。
在數年前，人類從夢幻的基因中克、隆出超夢，超夢逃脫了人類的控製並破壞了紅蓮島上的神奇寶貝屋。不久之後，紅蓮島的火山噴發破壞了島上的許多區域。另外火岩隊和水艦隊的首領喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在現代，由於環境的異常變化，神奧地方開始變得寒冷。敵對組織銀河隊使用紅鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇犽和騎拉帝納。由於主角的幹涉，銀河隊的計劃沒有得逞。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是破格的世界的入口。騎拉帝納和銀河隊首領赤日進入了破格的世界，之後這個入口的關閉讓神奧地方恢複了平和。
在近年，以n為首的電漿團在合眾地方活動。魁奇思以合眾的建國傳說四處遊說，表麵上是想解放神奇寶貝，實際上在醞釀更大的陰謀。而n則為他的理想收服了捷克羅姆或雷希拉姆，當擊敗冠軍阿戴克後，主角在合眾八位道館訓練家的幫助下，喚醒了另一條龍神奇寶貝在n的城堡及時阻止了n，但n幕後的魁奇思露出了他的真麵目。由於主角的活躍，逮捕了魁奇思，n乘著捷克羅姆或雷希拉姆飛走。國際刑警官員大帥在主角的幫助，逮捕了電漿團餘黨，合眾地方的風波被平定。
2年後，電漿團分裂成兩派。魁奇思帶領電漿團企圖用酋雷姆的力量把合眾地方冰凍，後來被主角及n阻止。魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆b2或雷希拉姆w2合體。最後，酋雷姆被主角製服，合眾地方免於受到危機。
就在這段時間裏，卡洛斯地方的閃焰隊打算使用“最終兵器”改變這個世界。因而喚醒了哲爾尼亞斯x或伊裴爾塔爾y。主角製伏了它們以後，卡洛斯地方3000年前的國王az的後代，閃焰隊首領弗拉達利使用能進行超進化的神奇寶貝打算阻止主角離開閃焰隊秘密基地。最後，主角成為冠軍，回到密阿雷市接受表揚。az與花葉蒂再次相遇。卡洛斯地方脫離了危險。
文化：
在神奇寶貝世界，神奇寶貝和人類一起生存，作為訓練家的人類會收服神奇寶貝，訓練神奇寶貝，和神奇寶貝一起對戰，培育神奇寶貝，或者把神奇寶貝作為寵物，亦或作為一門研究的學科，或利用神奇寶貝的能力完成各種工作。許多神奧傳說也說人類與神奇寶貝的關係非常親近，曆史上甚至有一段不分彼此的時期。
廣義地說，神奇寶貝訓練本身就是基於兩個這樣的問題：訓練家和神奇寶貝應該有怎樣的關係，如何才能增進這種關係。因為有著不同的觀點，不同的訓練家也會有不同的訓練方式，專長於不同的領域。並沒有任何一種方式是正確的訓練方式，每一種方式都有其有利於不利的一麵。
然而，許多訓練方式最終其實都分屬兩類。第一類是專注於神奇寶貝的感受和幸福，建立強大的友誼；第二類是專注於神奇寶貝的力量和能力。訓練家經常會為這兩種觀點爭執不休。在神奇寶貝係列的價值觀裏，則突出地強調訓練家與神奇寶貝之間，友情才是最重要的，而隻要有愛與關心，就能發揮出任何神奇寶貝的強大力量。
神奇寶貝世界史顯然與現實世界不同，並側重於描寫人類與神奇寶貝相處的部分。在世界上並沒有主要的宗教，但許多信仰和神話都圍繞著傳說中的神奇寶貝，所以也可以說，神奇寶貝是這個世界人類的主要信仰。而且，許多人類都對神奇寶貝表現出友好和尊重，世界各地也有與神話傳說相關的神殿。
然而，也有許多人希望利用神奇寶貝滿足自己的野心。有些人希望獲得物質的收獲，而有些人則希望達成一些不被這個世界接受的理想。另外，至少在曆史上，神奇寶貝世界曾有過戰爭，並且分屬不同陣營的神奇寶貝也曾參與其中。
神奇寶貝是神奇寶貝世界之中，和人類一起生活的生物。許多人類尊重並善待神奇寶貝，也有一些人類試圖濫用神奇寶貝。神奇寶貝具有感情，並在某種程度上能理解人類的語言。生態環境的變化也受神奇寶貝的影響。和現實世界的生物相比，許多神奇寶貝擁有超出現實世界生物的能力。
進化：
在神奧傳說中，神奇寶貝和人類最初並不分彼此，屬於同一個種群。隨著時間的推移，一部分生物演變形成了人類。這種說法在神奇寶貝世界中提到很多次，但並未得到證實。夢幻是所有生物的祖先，它演化成為其它神奇寶貝。最早的人類誕生於數百萬年前的石器時代。在生物學和遺傳學上，所有的神奇寶貝都同屬一種物種的不同分支，所以雖然不同種的神奇寶貝也有可能在飼育屋中生蛋。
在現代的神奇寶貝世界，進化一詞專指神奇寶貝在生長到一定階段、或在特定條件下轉變為另一種神奇寶貝的過程。進化並不隻是體型變大，一般進化型態的神奇寶貝擁有更強大的種族值，學會不同的技能，甚至改變屬性。許多神奇寶貝都可以進化。
神奇寶貝的進化，更類似於現實世界的生物變態而非進化，和進化一詞相似的神奇寶貝進化是結草兒，它會根據環境來改變進化後的型態。
繁殖：
幾乎所有神奇寶貝都可以進行繁殖。完全進化的，或者經過幼年型態的神奇寶貝可以和相同蛋群的神奇寶貝生蛋。沒有性別的神奇寶貝也可以和百變怪生蛋。除了瑪納霏和霏歐納之外，幼年型態的神奇寶貝以及傳說中的神奇寶貝不可以生蛋。和現實世界的生物一樣，許多神奇寶貝有性別之分，有些神奇寶貝可以通過性別差異分辨。通常，訓練家神奇寶貝一般在神奇寶貝飼育屋中生蛋。神奇寶貝繁殖的方式並不為人所知，也不為人所見。
神奇寶貝在出生之前生活在蛋裏，神奇寶貝蛋有堅硬的外殼保護它的成長。蛋的外形通常會有所屬的神奇寶貝的花紋。和現實世界的動物一樣，神奇寶貝會竭力保護它們的蛋，把蛋守護在離它們很近的地方。在成長到一定程度後，神奇寶貝就會從蛋中孵化出來。神奇寶貝孵化所需要的時間依神奇寶貝的種類而有所不同，但若把蛋存放在電腦裏，蛋的成長就會暫停。
有些神奇寶貝有幼年型態。幼年型態的神奇寶貝在進化之後，就可以進行繁殖。許多存在幼年型態的神奇寶貝的蛋隻會孵化成為幼年型態；然而有些神奇寶貝的蛋一般會孵化成略成熟一些的型態，隻有在生蛋時攜帶對應的熏香，才會使蛋孵化成幼年型態。
食物：
在神奇寶貝圖鑒中，曾多次提到一些神奇寶貝會以其它種類的神奇寶貝為食，比如比雕會從水中捕捉鯉魚王。一些地方也提到人類會食用神奇寶貝，比如主角媽媽的紅蓮火山漢堡，火箭隊兜售的美味尾巴。大蔥鴨也因為被過度捕食而數量銳減。一些神奧傳說中也提到了食用神奇寶貝，其中稱如果把它們的骨頭撿幹淨放回它們原先所在的地方，神奇寶貝就會獲得重生。
分類：
神奇寶貝分布在不同的地區，並由當地的神奇寶貝博士統計，編成神奇寶貝圖鑒。大木博士統計了關都地方存在的151種神奇寶貝，和不同地區的神奇寶貝編成全國圖鑒，在關都地方、城都地方、豐緣地方、神奧地方、合眾地方、卡洛斯地方，一共有719種神奇寶貝存在。
神奇寶貝也依據屬性進行劃分，不同屬性的神奇寶貝有所克製和所不利的屬性，屬性一共有18種，神奇寶貝可以有一個或兩個屬性。
地理和自然：
神奇寶貝世界和現實世界在地理上有相似之處。都有大陸、海洋和適合生物生長的天氣氣候，所以神奇寶貝世界的體積和與恒星間的距離均與地球相近，有相似的月亮，相似的氣候和潮汐。許多地方也揭示了神奇寶貝世界和現實世界存有相關之處。
人類和自然在神奇寶貝世界和諧相處，許多城鎮依自然環境而建。值得一提的是，和現實世界不同，神奇寶貝世界中的人類和自然有著更緊密的聯係，除了極少數的敵對組織之外，人類的建設極少影響到自然環境。固拉多和蓋歐卡等神奇寶貝還可以影響自然環境，帶來無法解釋的幹旱、暴雨和地震。
神奇寶貝世界分為多個地區，包括關都、城都、豐緣和神奧地方等。除了這些地區之外，還有不屬於任何一個地區的島嶼，島嶼之間可以組成群島，比如橘子群島、傑可羅拉群島和七島。雖然地區之間有一些共同點，但也有一些顯著的不同，比如神奇寶貝的分布，神話、曆史以及傳說。無論從氣候還是人文方麵，從不同地區前來的遊客都能感受到當地與家鄉的不同。由於術語全國圖鑒的存在，這些地區可能同屬一個國家，亦或整個世界是唯一的一個國家。在神奇寶貝主係列遊戲中隻有5個地區，歐雷和菲蕾地方等地則在其它遊戲中出現。動畫中另外還提到了一些小型的王國，位於難以到達的地方。
關都、城都、豐緣、神奧地方的地理與現實世界日本的地區具有相似之處。關都地方可以對應日本的關都地方和中部地方的東部，而城都地方則對應中部地方的西部和關西地方，豐緣地方對應日本的九州地方和衝繩縣一部分，神奧地方的設計原型則是北海道、國後島和庫頁島的一部分。
合眾地方的設計原型則是來源於紐約，似乎於不同以往，但也體現了設計者的深意。卡洛斯地方的設計原型則是來源於法國。
氣候：
許多地區都有不同的氣候。較南方的地區和島嶼例如豐緣地方和橘子群島相較北方顯然更暖和。而神奧地方則比其它地區要涼爽，並且因為發生的氣候變化更變得愈發寒冷。在神奧北部還有常年的積雪。一些神奇寶貝比如固拉多、蓋歐卡、烈空坐可以影響氣候和天氣。
神奇寶貝世界同樣有天氣變化，有陰晴雨雪和水循環。許多在地球上存在的天氣在神奇寶貝世界當中同樣存在，例如下雨、冰雹、下雪、濃霧、沙塵。神奇寶貝世界有植物和樹木的正常生長，所以可以推斷碳循環、氮循環在神奇寶貝世界同樣也是存在的。
環境：
神奧地方最高的山峰天冠山，頂上是破格的世界的入口
神奇寶貝世界的自然環境與地球相近，樹木聚集形成森林，不毛之地成為沙漠，鬆軟的沙粒形成吸引人類和神奇寶貝遊玩的海灘。豐緣和神奧地方還有熱帶雨林和大片雪地等多種豐富的環境。
神奇寶貝世界被繁茂的綠色覆蓋，樹木、灌木、草叢等植物分布在世界各處。高草叢成為了野生神奇寶貝的棲息之處。神奧傳說之中這樣解釋了人類走到高草叢裏神奇寶貝就會出現：神奧剛剛出現的時候，神奇寶貝認為它們應該永遠準備幫助人類。在世界中還有高山和平原，最大的山峰是天冠山，將神奧地方分割成東西兩部。人造和自然之景，比如洞窟和隧道可以幫助人們通過高山，到達另一座城鎮。神奇寶貝世界的一些自然現象，比如火山灰，是由附近的火山所形成的。
人類和自然是神奇寶貝世界裏緊密共存，許多城鎮依自然環境而建，而並不影響自然。例如暮水鎮建在漂浮於太陽珊瑚群的木筏之上，琉璃市則環繞在中空的火山口。植物、神奇寶貝和人類共享著同一片生態環境，而神奇寶貝相較人類更能適應自然。
物理和科技：
神奇寶貝世界的科學技術比現實世界更要先進，科技的進步可以使神奇寶貝存放於電腦中，把神奇寶貝發送的世界各地，複活化石創造出古代神奇寶貝，雖然人類的生活依舊樸素自然。能量轉換等科技成就和進化、可以記錄事件的花等奇特自然現象使得神奇寶貝世界和現實世界存有很大的不同。得文製造股份有限公司的一些研究員還在嚐試更加先進的科技想法，比如將神奇寶貝的夢境投影，和神奇寶貝直接交流，將人類變成神奇寶貝（正輝曾意外造成這樣的事件）等等。製造失重的機器和基本的交通方式比如自行車和卡車一同存在。
精靈球，神奇寶貝世界最常用的科技
神奇寶貝世界最為先進和常用的技術之一是神奇寶貝球，可以把神奇寶貝收納到口袋中的小球裏。在對戰中，如果對手野生神奇寶貝的體力減弱，訓練家就會扔出寶貝球。如果寶貝球擊中了神奇寶貝並且沒有被彈開，寶貝球就會張開，把神奇寶貝收入其中，然後關閉。接著在寶貝球搖晃的期間，如果神奇寶貝沒有掙脫寶貝球，那麽就算收服成功。寶貝球最早來源於圓柑果實而非人工製造，近代的寶貝球需要人工擰開螺絲將神奇寶貝放出。寶貝球有各種各樣，分別用於不同的用途和場合，掌門球可以萬無一失地*收服神奇寶貝。
盡管神奇寶貝世界有各種各樣的先進科技，但神奇寶貝訓練家更傾向於徒步旅行，尋找野生神奇寶貝，達成自己的夢想，可能是因為徒步比較容易遇到神奇寶貝，而乘坐交通工具會錯過很多野生神奇寶貝生活的地方。因此通常訓練家都隻會選擇僅能徒步穿越的道路旅行，很少會走在汽車行駛的公路上，也很少有訓練家駕車或長時間乘車。
通常訓練家們為了更便捷的旅行，會穿著跑步鞋，部分地區的訓練家還會穿著直排輪以獲得更快和機動的移動，而有些訓練家會去拜訪自行車店，購買自行車來代替徒步，雖然也有騎乘摩托車的訓練家，但是大部分10歲左右的訓練家都沒有到達駕駛摩托車和汽車的年齡。
汽車幾乎不被訓練家們使用，僅用作大宗運輸。除此之外還有飛機、熱氣球或飛行船，但是一樣被用作大宗運輸或豪華享受的工具，鮮少見到訓練家乘坐這些交通工具旅行。訓練家在地區之間最常見的交通方式是渡船，許多地區都有自己的航線和港口，也有些地方興建了火車列車，如城都地方和關都地方的磁懸浮列車以及合眾地方的對戰地鐵，人類也可以利用神奇寶貝來飛翔和衝浪。神奇寶貝世界亦存在著潛水艇等交通工具。
動畫中，神奇寶貝世界的物理規律有時並不真實，比如不尋常的體力和能力，躲過致命的攻擊等。
細節：
神奇寶貝圖鑒的存在，不同的未知圖騰圖案，還有226號水道的大師，梅麗莎，大帥都說明在神奇寶貝世界有不同語言的存在。
早期設定中，神奇寶貝世界被設定為現實世界的一部分，在各種作品的文字中多次出現現實世界的事物，尤其以第一世代最為突出，在之後的版本中則開始刻意回避現實世界的事物，神奇寶貝世界逐漸與現實世界分離，為此動畫中還創造了動畫文字。
第一世代中對神奇寶貝世界的世界觀還是以唯物主義為主，基本以進化論作為基準，而在之後則逐漸引入了神話傳說。到第四世代時則突然轉變為了神創論的唯心主義世界觀，但是神奇寶貝世界仍然擁有高科技技術。
對於神奇寶貝世界是否隻有神奇寶貝與人類，還是擁有更多的生物，官方沒有給出任何解釋。但在動畫初期有非神奇寶貝生物出現的鏡頭，神奇寶貝超級願望中也出現了一些疑似非神奇寶貝的魚類，而植物在神奇寶貝世界的定位也不甚明了。
雖然神奇寶貝世界內存儲所有神奇寶貝信息的圖鑒被稱作全國圖鑒，但是這裏的“全國”所指的範圍卻無從得知，每個地區究竟是獨立的還是算作某個“國家”的部分，官方並沒有給出任何解釋。
除神奧地方外，其他的地區的地圖邊境幾乎都出現了群山，但是除了關都和成都被判明互相聯結之外，這些群山的對麵究竟有什麽卻是個謎。
目前在玩家中普遍認為，每個地區邊境的群山對麵，是一些尚未寫入神奇寶貝係列遊戲的地區。
主係列遊戲
關都、城都、豐緣、神奧、合眾、卡洛斯、七島
動畫原創
橘子群島、傑可羅拉群島
神奇寶貝世界——摘自“神奇寶百科”
在神奧傳說中，整個宇宙，包括神奇寶貝世界，是由一位名為阿爾宙斯的神奇寶貝創造的。阿爾宙斯從虛無之地的蛋中誕生，是第一隻存在於世界的神奇寶貝。接著阿爾宙斯創造出帝牙盧卡，帕路奇犽，還可能包括騎拉帝納。阿爾宙斯分別給了帝牙盧卡與帕路奇犽掌控時間與空間的能力，而騎拉帝納則存在於另一個次元之中。接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆，由克希，和艾姆利多，分別代表共存於現代的人類和神奇寶貝之中的意誌、知識與感情。它們生存於今天被稱為立誌湖，睿智湖，心齊湖的湖泊底部，被稱為湖中的傳說神奇寶貝。在此期間，夢幻在神奇寶貝世界誕生，並包含了當時及未來存在的全部神奇寶貝的遺傳基因。
固拉多與蓋歐卡的大戰
很久很久之後，固拉多從地底的岩漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現，烈空坐則形成於臭氧層的物質中。烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會來到天空之柱休憩。固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋。兩隻超古代神奇寶貝終於碰麵，帶來了為爭奪在神奇寶貝世界之初的優勢而進行的激烈戰鬥。烈空坐最終平息了這場戰鬥，並使得固拉多與蓋歐卡回到各自長眠的洞窟中。為了防止兩隻超古代神奇寶貝再度醒來，紅色寶珠與藍色寶珠被製造，並保管於送火山。當時，夢幻在世界各地出現，有相當多的分布數量。除此之外，神奇寶貝世界中出現了天冠山一類的地塊，隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動，形成了各個地區，在天冠山周圍形成的是神奧地方。在這場造山運動中，神奧地方的東北部出現了嚴酷山，在其中的岩漿中誕生出席多藍恩。阿爾宙斯創造了金剛玉魂、白玉魂和白金玉魂，之後進入了長眠之中。
遠古時代的未知圖騰
許多年之後進入了史前時代，並出現了多種存在於那個時期的神奇寶貝。考古學家已證實這些神奇寶貝分布於各個陸地，在今天形成了化石並包含著神奇寶貝的遺傳基因。這一時期可能夢幻的數量開始減少，世界上更多地存在其它種類的神奇寶貝。除了神奇寶貝之外，神奇寶貝世界上還出現了人類。
在石器時代、冰河時代和鐵器時代，分別出現了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏於豐緣地方，並作為打開在切鋒神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。
燒焦塔在被燒毀150年之後
約3000年前，卡洛斯地方發生戰爭。當時的國王az的神奇寶貝朋友花葉蒂死亡。az因而開發出了最終兵器。
1500年前，最早的文字書寫方式在阿露福遺跡、阿斯卡納遺跡和隨意遺跡出現。考古學家尚不能確定未知圖騰和這種書寫方式究竟哪個最先出現，但顯然它們之間有某種關聯。在此時期，鯉魚王的種群發生突變，成為了最脆弱的神奇寶貝。
在700年前的近代，在圓朱市相繼建造了9層高的鈴鐺塔和鍾之塔。兩座塔象征著神奇寶貝與人類之間的友誼和共同生活的希望。從塔頂一覽的情景十分壯麗。西邊的是喚醒神奇寶貝的鍾之塔，而東邊的塔是神奇寶貝的休憩之處。據說在當時，一隻巨大的銀色神奇寶貝棲息於鍾之塔頂，相對的鈴鐺塔則住著彩虹色的鳳王。然而，在150年前，一場閃電擊中了鍾之塔，劇烈的大火燃燒了整整三天，在一場傾盆大雨之後才被熄滅。洛奇亞和鳳王逃離了這場災難，之後洛奇亞到漩渦列島棲息。在那時起，第一屆神奇寶貝聯盟比賽開始舉辦。在現代時期，秋葉原博士創造了第一隻人造神奇寶貝3d龍。
在數年前，人類從夢幻的基因中克、隆出超夢，超夢逃脫了人類的控製並破壞了紅蓮島上的神奇寶貝屋。不久之後，紅蓮島的火山噴發破壞了島上的許多區域。另外火岩隊和水艦隊的首領喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在現代，由於環境的異常變化，神奧地方開始變得寒冷。敵對組織銀河隊使用紅鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇犽和騎拉帝納。由於主角的幹涉，銀河隊的計劃沒有得逞。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是破格的世界的入口。騎拉帝納和銀河隊首領赤日進入了破格的世界，之後這個入口的關閉讓神奧地方恢複了平和。
在近年，以n為首的電漿團在合眾地方活動。魁奇思以合眾的建國傳說四處遊說，表麵上是想解放神奇寶貝，實際上在醞釀更大的陰謀。而n則為他的理想收服了捷克羅姆或雷希拉姆，當擊敗冠軍阿戴克後，主角在合眾八位道館訓練家的幫助下，喚醒了另一條龍神奇寶貝在n的城堡及時阻止了n，但n幕後的魁奇思露出了他的真麵目。由於主角的活躍，逮捕了魁奇思，n乘著捷克羅姆或雷希拉姆飛走。國際刑警官員大帥在主角的幫助，逮捕了電漿團餘黨，合眾地方的風波被平定。
2年後，電漿團分裂成兩派。魁奇思帶領電漿團企圖用酋雷姆的力量把合眾地方冰凍，後來被主角及n阻止。魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆b2或雷希拉姆w2合體。最後，酋雷姆被主角製服，合眾地方免於受到危機。
就在這段時間裏，卡洛斯地方的閃焰隊打算使用“最終兵器”改變這個世界。因而喚醒了哲爾尼亞斯x或伊裴爾塔爾y。主角製伏了它們以後，卡洛斯地方3000年前的國王az的後代，閃焰隊首領弗拉達利使用能進行超進化的神奇寶貝打算阻止主角離開閃焰隊秘密基地。最後，主角成為冠軍，回到密阿雷市接受表揚。az與花葉蒂再次相遇。卡洛斯地方脫離了危險。
文化：
在神奇寶貝世界，神奇寶貝和人類一起生存，作為訓練家的人類會收服神奇寶貝，訓練神奇寶貝，和神奇寶貝一起對戰，培育神奇寶貝，或者把神奇寶貝作為寵物，亦或作為一門研究的學科，或利用神奇寶貝的能力完成各種工作。許多神奧傳說也說人類與神奇寶貝的關係非常親近，曆史上甚至有一段不分彼此的時期。
廣義地說，神奇寶貝訓練本身就是基於兩個這樣的問題：訓練家和神奇寶貝應該有怎樣的關係，如何才能增進這種關係。因為有著不同的觀點，不同的訓練家也會有不同的訓練方式，專長於不同的領域。並沒有任何一種方式是正確的訓練方式，每一種方式都有其有利於不利的一麵。
然而，許多訓練方式最終其實都分屬兩類。第一類是專注於神奇寶貝的感受和幸福，建立強大的友誼；第二類是專注於神奇寶貝的力量和能力。訓練家經常會為這兩種觀點爭執不休。在神奇寶貝係列的價值觀裏，則突出地強調訓練家與神奇寶貝之間，友情才是最重要的，而隻要有愛與關心，就能發揮出任何神奇寶貝的強大力量。
神奇寶貝世界史顯然與現實世界不同，並側重於描寫人類與神奇寶貝相處的部分。在世界上並沒有主要的宗教，但許多信仰和神話都圍繞著傳說中的神奇寶貝，所以也可以說，神奇寶貝是這個世界人類的主要信仰。而且，許多人類都對神奇寶貝表現出友好和尊重，世界各地也有與神話傳說相關的神殿。
然而，也有許多人希望利用神奇寶貝滿足自己的野心。有些人希望獲得物質的收獲，而有些人則希望達成一些不被這個世界接受的理想。另外，至少在曆史上，神奇寶貝世界曾有過戰爭，並且分屬不同陣營的神奇寶貝也曾參與其中。
神奇寶貝是神奇寶貝世界之中，和人類一起生活的生物。許多人類尊重並善待神奇寶貝，也有一些人類試圖濫用神奇寶貝。神奇寶貝具有感情，並在某種程度上能理解人類的語言。生態環境的變化也受神奇寶貝的影響。和現實世界的生物相比，許多神奇寶貝擁有超出現實世界生物的能力。
進化：
在神奧傳說中，神奇寶貝和人類最初並不分彼此，屬於同一個種群。隨著時間的推移，一部分生物演變形成了人類。這種說法在神奇寶貝世界中提到很多次，但並未得到證實。夢幻是所有生物的祖先，它演化成為其它神奇寶貝。最早的人類誕生於數百萬年前的石器時代。在生物學和遺傳學上，所有的神奇寶貝都同屬一種物種的不同分支，所以雖然不同種的神奇寶貝也有可能在飼育屋中生蛋。
在現代的神奇寶貝世界，進化一詞專指神奇寶貝在生長到一定階段、或在特定條件下轉變為另一種神奇寶貝的過程。進化並不隻是體型變大，一般進化型態的神奇寶貝擁有更強大的種族值，學會不同的技能，甚至改變屬性。許多神奇寶貝都可以進化。
神奇寶貝的進化，更類似於現實世界的生物變態而非進化，和進化一詞相似的神奇寶貝進化是結草兒，它會根據環境來改變進化後的型態。
繁殖：
幾乎所有神奇寶貝都可以進行繁殖。完全進化的，或者經過幼年型態的神奇寶貝可以和相同蛋群的神奇寶貝生蛋。沒有性別的神奇寶貝也可以和百變怪生蛋。除了瑪納霏和霏歐納之外，幼年型態的神奇寶貝以及傳說中的神奇寶貝不可以生蛋。和現實世界的生物一樣，許多神奇寶貝有性別之分，有些神奇寶貝可以通過性別差異分辨。通常，訓練家神奇寶貝一般在神奇寶貝飼育屋中生蛋。神奇寶貝繁殖的方式並不為人所知，也不為人所見。
神奇寶貝在出生之前生活在蛋裏，神奇寶貝蛋有堅硬的外殼保護它的成長。蛋的外形通常會有所屬的神奇寶貝的花紋。和現實世界的動物一樣，神奇寶貝會竭力保護它們的蛋，把蛋守護在離它們很近的地方。在成長到一定程度後，神奇寶貝就會從蛋中孵化出來。神奇寶貝孵化所需要的時間依神奇寶貝的種類而有所不同，但若把蛋存放在電腦裏，蛋的成長就會暫停。
有些神奇寶貝有幼年型態。幼年型態的神奇寶貝在進化之後，就可以進行繁殖。許多存在幼年型態的神奇寶貝的蛋隻會孵化成為幼年型態；然而有些神奇寶貝的蛋一般會孵化成略成熟一些的型態，隻有在生蛋時攜帶對應的熏香，才會使蛋孵化成幼年型態。
食物：
在神奇寶貝圖鑒中，曾多次提到一些神奇寶貝會以其它種類的神奇寶貝為食，比如比雕會從水中捕捉鯉魚王。一些地方也提到人類會食用神奇寶貝，比如主角媽媽的紅蓮火山漢堡，火箭隊兜售的美味尾巴。大蔥鴨也因為被過度捕食而數量銳減。一些神奧傳說中也提到了食用神奇寶貝，其中稱如果把它們的骨頭撿幹淨放回它們原先所在的地方，神奇寶貝就會獲得重生。
分類：
神奇寶貝分布在不同的地區，並由當地的神奇寶貝博士統計，編成神奇寶貝圖鑒。大木博士統計了關都地方存在的151種神奇寶貝，和不同地區的神奇寶貝編成全國圖鑒，在關都地方、城都地方、豐緣地方、神奧地方、合眾地方、卡洛斯地方，一共有719種神奇寶貝存在。
神奇寶貝也依據屬性進行劃分，不同屬性的神奇寶貝有所克製和所不利的屬性，屬性一共有18種，神奇寶貝可以有一個或兩個屬性。
地理和自然：
神奇寶貝世界和現實世界在地理上有相似之處。都有大陸、海洋和適合生物生長的天氣氣候，所以神奇寶貝世界的體積和與恒星間的距離均與地球相近，有相似的月亮，相似的氣候和潮汐。許多地方也揭示了神奇寶貝世界和現實世界存有相關之處。
人類和自然在神奇寶貝世界和諧相處，許多城鎮依自然環境而建。值得一提的是，和現實世界不同，神奇寶貝世界中的人類和自然有著更緊密的聯係，除了極少數的敵對組織之外，人類的建設極少影響到自然環境。固拉多和蓋歐卡等神奇寶貝還可以影響自然環境，帶來無法解釋的幹旱、暴雨和地震。
神奇寶貝世界分為多個地區，包括關都、城都、豐緣和神奧地方等。除了這些地區之外，還有不屬於任何一個地區的島嶼，島嶼之間可以組成群島，比如橘子群島、傑可羅拉群島和七島。雖然地區之間有一些共同點，但也有一些顯著的不同，比如神奇寶貝的分布，神話、曆史以及傳說。無論從氣候還是人文方麵，從不同地區前來的遊客都能感受到當地與家鄉的不同。由於術語全國圖鑒的存在，這些地區可能同屬一個國家，亦或整個世界是唯一的一個國家。在神奇寶貝主係列遊戲中隻有5個地區，歐雷和菲蕾地方等地則在其它遊戲中出現。動畫中另外還提到了一些小型的王國，位於難以到達的地方。
關都、城都、豐緣、神奧地方的地理與現實世界日本的地區具有相似之處。關都地方可以對應日本的關都地方和中部地方的東部，而城都地方則對應中部地方的西部和關西地方，豐緣地方對應日本的九州地方和衝繩縣一部分，神奧地方的設計原型則是北海道、國後島和庫頁島的一部分。
合眾地方的設計原型則是來源於紐約，似乎於不同以往，但也體現了設計者的深意。卡洛斯地方的設計原型則是來源於法國。
氣候：
許多地區都有不同的氣候。較南方的地區和島嶼例如豐緣地方和橘子群島相較北方顯然更暖和。而神奧地方則比其它地區要涼爽，並且因為發生的氣候變化更變得愈發寒冷。在神奧北部還有常年的積雪。一些神奇寶貝比如固拉多、蓋歐卡、烈空坐可以影響氣候和天氣。
神奇寶貝世界同樣有天氣變化，有陰晴雨雪和水循環。許多在地球上存在的天氣在神奇寶貝世界當中同樣存在，例如下雨、冰雹、下雪、濃霧、沙塵。神奇寶貝世界有植物和樹木的正常生長，所以可以推斷碳循環、氮循環在神奇寶貝世界同樣也是存在的。
環境：
神奧地方最高的山峰天冠山，頂上是破格的世界的入口
神奇寶貝世界的自然環境與地球相近，樹木聚集形成森林，不毛之地成為沙漠，鬆軟的沙粒形成吸引人類和神奇寶貝遊玩的海灘。豐緣和神奧地方還有熱帶雨林和大片雪地等多種豐富的環境。
神奇寶貝世界被繁茂的綠色覆蓋，樹木、灌木、草叢等植物分布在世界各處。高草叢成為了野生神奇寶貝的棲息之處。神奧傳說之中這樣解釋了人類走到高草叢裏神奇寶貝就會出現：神奧剛剛出現的時候，神奇寶貝認為它們應該永遠準備幫助人類。在世界中還有高山和平原，最大的山峰是天冠山，將神奧地方分割成東西兩部。人造和自然之景，比如洞窟和隧道可以幫助人們通過高山，到達另一座城鎮。神奇寶貝世界的一些自然現象，比如火山灰，是由附近的火山所形成的。
人類和自然是神奇寶貝世界裏緊密共存，許多城鎮依自然環境而建，而並不影響自然。例如暮水鎮建在漂浮於太陽珊瑚群的木筏之上，琉璃市則環繞在中空的火山口。植物、神奇寶貝和人類共享著同一片生態環境，而神奇寶貝相較人類更能適應自然。
物理和科技：
神奇寶貝世界的科學技術比現實世界更要先進，科技的進步可以使神奇寶貝存放於電腦中，把神奇寶貝發送的世界各地，複活化石創造出古代神奇寶貝，雖然人類的生活依舊樸素自然。能量轉換等科技成就和進化、可以記錄事件的花等奇特自然現象使得神奇寶貝世界和現實世界存有很大的不同。得文製造股份有限公司的一些研究員還在嚐試更加先進的科技想法，比如將神奇寶貝的夢境投影，和神奇寶貝直接交流，將人類變成神奇寶貝（正輝曾意外造成這樣的事件）等等。製造失重的機器和基本的交通方式比如自行車和卡車一同存在。
精靈球，神奇寶貝世界最常用的科技
神奇寶貝世界最為先進和常用的技術之一是神奇寶貝球，可以把神奇寶貝收納到口袋中的小球裏。在對戰中，如果對手野生神奇寶貝的體力減弱，訓練家就會扔出寶貝球。如果寶貝球擊中了神奇寶貝並且沒有被彈開，寶貝球就會張開，把神奇寶貝收入其中，然後關閉。接著在寶貝球搖晃的期間，如果神奇寶貝沒有掙脫寶貝球，那麽就算收服成功。寶貝球最早來源於圓柑果實而非人工製造，近代的寶貝球需要人工擰開螺絲將神奇寶貝放出。寶貝球有各種各樣，分別用於不同的用途和場合，掌門球可以萬無一失地*收服神奇寶貝。
盡管神奇寶貝世界有各種各樣的先進科技，但神奇寶貝訓練家更傾向於徒步旅行，尋找野生神奇寶貝，達成自己的夢想，可能是因為徒步比較容易遇到神奇寶貝，而乘坐交通工具會錯過很多野生神奇寶貝生活的地方。因此通常訓練家都隻會選擇僅能徒步穿越的道路旅行，很少會走在汽車行駛的公路上，也很少有訓練家駕車或長時間乘車。
通常訓練家們為了更便捷的旅行，會穿著跑步鞋，部分地區的訓練家還會穿著直排輪以獲得更快和機動的移動，而有些訓練家會去拜訪自行車店，購買自行車來代替徒步，雖然也有騎乘摩托車的訓練家，但是大部分10歲左右的訓練家都沒有到達駕駛摩托車和汽車的年齡。
汽車幾乎不被訓練家們使用，僅用作大宗運輸。除此之外還有飛機、熱氣球或飛行船，但是一樣被用作大宗運輸或豪華享受的工具，鮮少見到訓練家乘坐這些交通工具旅行。訓練家在地區之間最常見的交通方式是渡船，許多地區都有自己的航線和港口，也有些地方興建了火車列車，如城都地方和關都地方的磁懸浮列車以及合眾地方的對戰地鐵，人類也可以利用神奇寶貝來飛翔和衝浪。神奇寶貝世界亦存在著潛水艇等交通工具。
動畫中，神奇寶貝世界的物理規律有時並不真實，比如不尋常的體力和能力，躲過致命的攻擊等。
細節：
神奇寶貝圖鑒的存在，不同的未知圖騰圖案，還有226號水道的大師，梅麗莎，大帥都說明在神奇寶貝世界有不同語言的存在。
早期設定中，神奇寶貝世界被設定為現實世界的一部分，在各種作品的文字中多次出現現實世界的事物，尤其以第一世代最為突出，在之後的版本中則開始刻意回避現實世界的事物，神奇寶貝世界逐漸與現實世界分離，為此動畫中還創造了動畫文字。
第一世代中對神奇寶貝世界的世界觀還是以唯物主義為主，基本以進化論作為基準，而在之後則逐漸引入了神話傳說。到第四世代時則突然轉變為了神創論的唯心主義世界觀，但是神奇寶貝世界仍然擁有高科技技術。
對於神奇寶貝世界是否隻有神奇寶貝與人類，還是擁有更多的生物，官方沒有給出任何解釋。但在動畫初期有非神奇寶貝生物出現的鏡頭，神奇寶貝超級願望中也出現了一些疑似非神奇寶貝的魚類，而植物在神奇寶貝世界的定位也不甚明了。
雖然神奇寶貝世界內存儲所有神奇寶貝信息的圖鑒被稱作全國圖鑒，但是這裏的“全國”所指的範圍卻無從得知，每個地區究竟是獨立的還是算作某個“國家”的部分，官方並沒有給出任何解釋。
除神奧地方外，其他的地區的地圖邊境幾乎都出現了群山，但是除了關都和成都被判明互相聯結之外，這些群山的對麵究竟有什麽卻是個謎。
目前在玩家中普遍認為，每個地區邊境的群山對麵，是一些尚未寫入神奇寶貝係列遊戲的地區。
主係列遊戲
關都、城都、豐緣、神奧、合眾、卡洛斯、七島
動畫原創
橘子群島、傑可羅拉群島
神奇寶貝世界——摘自“神奇寶百科”