1861年12月2日，改年號“同治”，兩宮太後禦養心殿，垂簾聽政。執政初期，她在議政王奕訢的輔佐下，整飭吏治，重用漢臣，依靠曾國藩、左宗棠、李鴻章等漢族地主武裝；又在列強支持下，先後鎮壓了太平天國、撚軍、苗民、回民起義，緩解了清王朝的統治危機，使清王朝得到暫時穩定。出於維護封建專製統治，她又重用洋務派，以“自強”和“求富”的方針，發展一些軍用，民用工業，訓練海軍和陸軍以加強政權實力。客觀上對中國的近代化起到了一定積極作用。這一時期，國內起義被平定，兩次鴉片戰爭暫時滿足了列強的貪欲，外交上沒有吃大虧，洋務運動後清王朝的軍事實力有所提高，工商業有了初步發展，被稱為“同治中興”。
同治十一年（1872年），載淳已17歲，慈禧不得已為他選後，次年，兩宮太後卷簾歸政。但同治帝親政後仍難擺脫慈禧的幹預。慈禧為了享樂，授意同治帝修繕圓明園以供其居住，同治帝也想趁此機會讓太後離宮居住以擺脫慈禧幹預朝政，然而當時財政緊缺，圓明園又殘毀嚴重，修複耗資甚巨，同治帝堅持開工，引起奕訢等王公大臣多人反對，同治帝竟將他們全部革職。慈禧出麵製止了同治帝這一決定。
1875年1月，同治帝病逝。慈禧立她的侄子（丈夫的侄子）兼外甥4歲的愛新覺羅·載湉為帝，改年號為“光緒”，兩宮太後再次垂簾聽政。
1865年—1870年，中亞浩罕汗國侵略者阿古柏侵入並且竊據了新疆大部分地區；1871年，沙俄出兵占領伊犁地區。1875年，慈禧采納陝甘總督左宗棠的建議，出兵新疆，清軍於1878年1月收複新疆；1881年，中俄通過談判，中國收回伊犁大部分地區。[7]
1881年4月8日慈安太後暴崩，卒年45歲，官方說法為腦溢血，民間野史認為是慈禧所害。
1883年—1885年，中法戰爭爆發，雙方在軍事上互有勝負，但以慈禧為首的清政府卻主張“乘勝即收”，與法國簽定了《中法新約》，又使法國獲得了不少侵略利益。[8]
1884年4月8日，慈禧發動甲申易樞朝局之變，將以恭親王奕訢為首的軍機處大臣全班罷免，開始西宮獨裁。
1889年2月，光緒大婚，名義上由光緒帝親政，慈禧又訓政了數年。在訓政結束後，朝內一切用人行政，仍出其手，“上（光緒帝）事太後謹，朝廷大政，必請命乃行。”
1894年，醇親王借慈禧六十壽辰擬“在頤和園受賀，仿康熙、乾隆年間成例，自大內至園，路所經，設彩棚經壇，舉行慶典”。挪海軍經費，繕修頤和園，布置點景，廣收貢獻。
是年，適逢日本發動中日甲午戰爭。光緒主戰，慈禧亦主戰，“不準有示弱語”。但是，當有人提出停止頤和園工程，停辦景點，移作軍費的時候，慈禧卻大發雷霆，說出了“今日令吾不歡者，吾亦將令彼終生不歡”之語。後來，清軍在朝鮮戰場上接連失利，北洋水師在黃海之戰中又遭受嚴重挫折。為了不影響自己的六旬慶典，慈禧希望外國出麵幹涉，盡快結束戰爭。她支持李鴻章避戰求和的方針，以各種借口，打擊以光緒為首的主戰派。
由於形勢日益緊張，麵對朝野上下的重重壓力，她無法再一意孤行，大擺排場，不得不改變原來的計劃，縮減了生日慶典的規模。在金州、大連相繼陷落，旅順萬分危急的情況下，慈禧在紫禁城內的寧壽宮度過了她的60歲生日。
次年2月7日，威海衛日艦及炮台夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒。
同治十一年（1872年），載淳已17歲，慈禧不得已為他選後，次年，兩宮太後卷簾歸政。但同治帝親政後仍難擺脫慈禧的幹預。慈禧為了享樂，授意同治帝修繕圓明園以供其居住，同治帝也想趁此機會讓太後離宮居住以擺脫慈禧幹預朝政，然而當時財政緊缺，圓明園又殘毀嚴重，修複耗資甚巨，同治帝堅持開工，引起奕訢等王公大臣多人反對，同治帝竟將他們全部革職。慈禧出麵製止了同治帝這一決定。
1875年1月，同治帝病逝。慈禧立她的侄子（丈夫的侄子）兼外甥4歲的愛新覺羅·載湉為帝，改年號為“光緒”，兩宮太後再次垂簾聽政。
1865年—1870年，中亞浩罕汗國侵略者阿古柏侵入並且竊據了新疆大部分地區；1871年，沙俄出兵占領伊犁地區。1875年，慈禧采納陝甘總督左宗棠的建議，出兵新疆，清軍於1878年1月收複新疆；1881年，中俄通過談判，中國收回伊犁大部分地區。[7]
1881年4月8日慈安太後暴崩，卒年45歲，官方說法為腦溢血，民間野史認為是慈禧所害。
1883年—1885年，中法戰爭爆發，雙方在軍事上互有勝負，但以慈禧為首的清政府卻主張“乘勝即收”，與法國簽定了《中法新約》，又使法國獲得了不少侵略利益。[8]
1884年4月8日，慈禧發動甲申易樞朝局之變，將以恭親王奕訢為首的軍機處大臣全班罷免，開始西宮獨裁。
1889年2月，光緒大婚，名義上由光緒帝親政，慈禧又訓政了數年。在訓政結束後，朝內一切用人行政，仍出其手，“上（光緒帝）事太後謹，朝廷大政，必請命乃行。”
1894年，醇親王借慈禧六十壽辰擬“在頤和園受賀，仿康熙、乾隆年間成例，自大內至園，路所經，設彩棚經壇，舉行慶典”。挪海軍經費，繕修頤和園，布置點景，廣收貢獻。
是年，適逢日本發動中日甲午戰爭。光緒主戰，慈禧亦主戰，“不準有示弱語”。但是，當有人提出停止頤和園工程，停辦景點，移作軍費的時候，慈禧卻大發雷霆，說出了“今日令吾不歡者，吾亦將令彼終生不歡”之語。後來，清軍在朝鮮戰場上接連失利，北洋水師在黃海之戰中又遭受嚴重挫折。為了不影響自己的六旬慶典，慈禧希望外國出麵幹涉，盡快結束戰爭。她支持李鴻章避戰求和的方針，以各種借口，打擊以光緒為首的主戰派。
由於形勢日益緊張，麵對朝野上下的重重壓力，她無法再一意孤行，大擺排場，不得不改變原來的計劃，縮減了生日慶典的規模。在金州、大連相繼陷落，旅順萬分危急的情況下，慈禧在紫禁城內的寧壽宮度過了她的60歲生日。
次年2月7日，威海衛日艦及炮台夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒。