卻說劉秀即位以後，鄧禹由東北往長安去，赤眉軍則由東南往長安去。鄧禹打到河東的時候，赤眉軍早已進了城關。河東離長安還遠，可是赤眉軍早晚就可以打進長安。長安這時已經是“火燒眉毛”十分危急了。
公元25年（更始三年），赤眉軍一路由樊崇、逄安帶領，一路由徐宣、謝祿、楊音帶領，兩路人馬在弘農會師。更始派軍隊抵抗，接連打了幾個敗仗，急得他不知道怎麽辦才好。張卬和王匡被鄧禹打敗，剛從河東逃回來。張卬就跟申屠建、廖湛、隗囂等人商議說：“赤眉說到就到，咱們沒法在這兒待下去。我說不如把長安城收拾收拾，有了財物回到南陽去再找路子。要是南陽也不能待的話，咱們就回大湖裏去做大王！”他們都同意了。大夥兒就去見更始，向他獻了這個計策。
禦史大夫隗囂是成紀人，很早就跟著伯父一同起兵響應南陽起義軍。因為隗囂名望大，手段高，大夥兒推他為上將軍。他招募了十多萬兵馬，殺了當地新朝的長官，很快地就把隴西、武都、金城、武威、張掖、酒泉、敦煌這些地方都收下來。更始皇帝劉玄打發使者去聯絡隗囂，還請他到長安幫他管理朝政。隗囂到了長安，更始拜他為右將軍，後來又把他升為禦史大夫。他聽說劉秀在鄗南即位，就勸更始把政權讓給劉秀的叔父“國三老”劉良，說這是最合算的脫身之計。更始不聽他的話，還把申屠建殺了，又發兵圍住隗囂和張卬的房子。
隗囂跟他的門客們衝出包圍，逃到天水老家去了。張卬的兵馬多，他打敗了更始占領長安。更始帶著家小和隨從一百多人逃到新豐，躲在他丈人趙萌那兒。丈人、女婿一合計，懷疑是王匡搗的鬼。張卬要是不跟王匡聯絡，他怎麽敢叛變呢？趙萌替更始出了個主意，傳令召王匡、陳牧、成丹進去商議大事。陳牧和成丹一進去，就給趙萌的武士們殺了。王匡聽到陳牧和成丹被殺的消息，就真的跑到長安跟張卬聯合。趙萌接收了陳牧和成丹的軍隊，又從掫城召回了李鬆。費了一個月工夫才打敗張卬和王匡，再把更始帝接回長安。張卬和王匡逃了，綠林起義軍完全分裂，力量大大削弱。
樊崇眼看更始快完了，可是他不能駁斥貴族地主提出的“人心思漢”的說法，方望的兄弟方陽怨恨更始帝殺了他的哥哥，所以特意跑到赤眉營裏去見樊崇，勸他立個姓劉的人為皇帝。樊崇同意了。可是軍隊裏姓劉的人還真不少，有遠房的、有近房的，一下子找出七十多個，其中有個劉盆子據說血統最近。他才十五歲，樊崇就決定立他為天子。
劉盆子的祖上是劉肥的兒子劉章，那可是響當當的英雄！不過到了劉盆子這一代，他們的家族早就沒有什麽權勢。王莽篡漢之際，劉盆子的父親也被殺掉，他與兄長等人又不幸卷入兵亂中，被赤眉軍抓住，不得不在赤眉軍中安身。劉盆子在軍中也沒什麽地位，能保命就很幸運，在被選中成皇帝前，他在軍中隻是負責給樊崇的部下劉俠卿看牛，大夥兒都叫他牛倌兒。
即位前，劉俠卿叫劉盆子去換身衣服，他不依，還哭著不走。劉俠卿隻好讓他披著頭發光著腳去見樊崇。劉盆子見了樊崇不敢再使性，就穿上皇帝的衣服，戴上皇帝的冠冕。樊崇領著文武百官向他朝見，劉盆子不知道該怎麽應付。一退朝他就趕緊換上原來的衣服，溜到外麵跟別的牛倌兒一塊玩去了。
樊崇立了劉盆子，自己該做丞相了吧。可他從小沒念過書，不認識字，又不能計算，他就讓那個能寫會算的徐宣做了丞相，自己做了禦史大夫，另外還拜逄安為左大司馬，謝祿為右大司馬，楊音以下幾個首領都做了大官。
赤眉軍奉了漢天子劉盆子的名義來征伐更始。剛巧更始帝的大將軍張卬和上公王匡被趙萌打敗，從長安逃出來。他們就投降了赤眉軍，打頭道把赤眉軍領進東都門。更始慌忙派李鬆、趙萌他們去抵抗。李鬆被赤眉軍逮了去；趙萌也投降了。更始帝急得沒有別的辦法，隻好帶著妻子和宮女從北門逃出去，他自己騎著馬跑得快，婦女們落在後麵大哭大喊地說：“皇上，皇上！您怎麽不下來拜別京城呢？”更始連忙下馬向長安城拜了幾拜，摸了摸身邊帶著的玉璽，爬起來跳上馬又跑了。
好容易逃到高陵，在驛舍裏休息了一下。這時候又來了幾個臣下和士兵，更始才透了一口氣。他正在沒有主意的時候，赤眉軍派使者送信來了。使者傳達命令叫更始投降，還可以封他為長沙王；過了二十天投降也不允許。更始帝隻好跟著使者回到長安。他光著上身向劉盆子奉上玉璽。劉盆子聽了樊崇的話，果然封他為長沙王，還讓他住在長安。
赤眉軍打進長安的消息傳到鄗南。漢光武想起更始帝原來是自己的主人，現在落到這步田地也很可憐，就下了一道詔書封更始帝為淮陽王；如果有人敢謀害淮陽王，一概處死。
卻說朱鮪被圍在洛陽好幾個月了，漢光武因為岑彭跟朱鮪同過事，就派他去勸降。朱鮪在城上，岑彭在城下。岑彭的話說完了。朱鮪說：“大司徒（指劉演）被害的時候，我還幫著李軼；更始派蕭王北伐，我又攔阻過他。我自己知道罪大惡極，不敢再見蕭王。”
岑彭回去向漢光武報告，漢光武說：“做大事的不記小過。朱鮪肯來，官爵可以保住，別說性命了。我指著河水起誓，決不失信。”岑彭又把這些話告訴朱鮪。朱鮪從城頭上放下一根繩子對岑彭說：“真不失信的話，你上來。”岑彭就拉住繩子上去了。朱鮪見他這麽實心實意的，就答應投降。
朱鮪叫岑彭綁著他去見漢光武。漢光武親自給他鬆了綁，還安慰他一番。當夜就叫岑彭送他回到洛陽去。第二天朱鮪帶領洛陽的軍隊出來投降。漢光武拜他為平狄將軍，封為扶溝侯。接著漢光武進了洛陽，就把洛陽作為京都。
漢光武住在洛陽很不安心。各地方自立為王、自立為帝的人還真不少，占據一塊小地方做土皇帝的那就更多了。隗囂已經到了天水，自稱西州上將軍，鄰近的豪強都歸附於他，長安的士大夫也一個接著一個去投奔他。公孫述在蜀地做了皇帝，赤眉軍占領長安，更是個大威脅，現在要把長安打下來才行，不知道鄧禹為什麽還沒有進去。
原來鄧禹從河東往西進軍，軍隊的紀律比較好。他不準將士們搶劫財物侮辱婦女，沿路的老百姓十分滿意。長安的大戶人家原來把糧食和財物都隱藏起來，可是被更始的將士們搶去不少。他們對更始政權很不滿意；後來赤眉進了長安，又不搶劫，就認為赤眉軍比綠林軍好；可是沒過多久，赤眉軍也跟綠林軍一樣出來搶糧。因此他們把希望寄托在鄧禹這一支軍隊上。鄧禹的將士們請他快去進攻長安，他反而帶著軍隊越走越遠了。將士們問他為什麽，鄧禹說：“我們的人馬不少，可是沒有給養，後麵運糧困難。赤眉軍聲勢浩大。如果我們馬上去跟他們交戰，準得吃虧。其實他們也人多糧少，遲早會發生變亂，等那邊維持不下去，咱們再發動進攻。”大家都認為不錯。
鄧禹繞著大彎兒由東往北，轉西向南，到了栒邑。這時候長安的老百姓果然對赤眉軍很不滿意了。他們認為新莽、更始、赤眉一個不如一個！這時就有人同情劉玄，想把他救出來。張卬擔心劉玄出來後跟他算賬，索性叫謝祿把他騙到城外勒死了。
劉盆子聽說劉玄死了，一天從脖子上摘下玉璽，向大臣們磕著頭說：“你們立我做縣官（指皇帝），可是我又不能夠禁止搶劫，四方百姓都怨恨我，而且我一點本領都沒有。你們饒了我吧！”說著抽抽噎噎地哭起來了。這時樊崇帶頭趴在地下磕頭說：“這都是我們做臣下的不是，辜負了皇上。以後我們一定改過，不敢再放肆了。”
他們把劉盆子扶到原位上，把玉璽照舊給他掛上。想當初他的老祖宗劉章想當皇帝當不成，劉盆子不想當偏要他當！
接著將軍們回到各營下了命令，不準士兵們再出去擾亂百姓。長安一帶突然安定下來了。
可是沒有糧食，赤眉軍怎麽待下去呢，他們又能到哪兒去呢？鄧禹的軍隊駐紮在栒邑，扼住赤眉軍北上的道兒。洛陽已經建都，做了漢光武的大本營，扼住赤眉軍東歸的道兒。漢中王劉嘉仗著自己雄厚的兵力割據漢中，阻止赤眉軍向南發展。東、南、北全是敵人，赤眉軍要求生存隻有往西一條路了。就在那年正月，樊崇帶著幾十萬大軍向西流亡，他們並不打算奪取城邑，最緊要的是要多得糧食。等他們進了安定、北地，才知道這兩個地方的糧食和牲口早給鄧禹的軍隊搜刮去了。
安定和北地的沒有糧食，赤眉軍隻好再往西過去。沒想到碰上了隗囂的軍隊。赤眉軍打了敗仗，死傷了不少人馬。樊崇隻好避開天水往西北逃去。誰知道禍不單行，他們在番須穀中正趕上暴風雪，凍死了不少人。他們還能流亡到哪兒去呢？萬不得已中，他們隻好又回到東邊來。
誰知道就在那年九月，長安城已經被鄧禹占了。赤眉軍無法可想，他們一哄而往闖入園陵，守陵吏民逃得精光。漢朝曆代帝王和後、妃都葬在那裏，墳裏埋著不少的金銀、珠寶、玉器。赤眉軍於是刨起墳來，後妃的棺槨盡被劈開，因為後妃以玉匣為殮，屍骸借寶玉精華曆久不朽；呂後的屍骸也被拉出棺外。赤眉軍竟把她剝去衣服，讓她赤條條地臥在地上，侮辱一番後才離去。這也是生前狠毒乃遭此報。文帝素尚儉德，慎夫人衣不曳地，故赤眉不去發掘。其實壞人也痛恨壞人！
鄧禹聽說赤眉軍刨墳後立刻發兵攻打。想不到打了個敗仗，還敗得挺慘，連長安城也給赤眉軍奪去了。他們到了雲陽，赤眉軍接著又追了上來。鄧禹又打了敗仗，慌忙退到高陵。他怕軍中糧草不夠，隻好向漢光武請求救兵。
漢光武知道鄧禹不是打仗的行家，就派馮異帶著一隊兵馬去代替他。漢光武親自送馮異到河南，送給他一輛馬車一口寶劍，並且囑咐他說：“長安一帶遭受王莽、更始、赤眉的兵災，老百姓窮困到了極點。將軍這次出去征伐，要是敵人肯投降的話，隻要把他們的頭子送到京都來，其餘的士兵都可以讓他們回家。征伐不一定要殺害士兵，最要緊的是除暴安良安定人心。”馮異聽了漢光武的囑咐，帶著軍隊和糧食往西去了。
漢光武回到洛陽，這時接到鄧禹的奏章。他說漢中王劉嘉打敗了赤眉逄安的軍隊，消滅了十多萬人；延岑現在也歸順了朝廷；如果他和劉嘉聯合起來，準能把赤眉消滅幹淨。漢光武已經派馮異去代替鄧禹，就下詔叫他馬上回去。那詔書上還說：“千萬別跟打敗了的敵人死拚。赤眉沒有糧食，一定會到東邊來的。我這兒已經準備好了。你趕快回來，不要再冒險進軍。”
果然不出漢光武所料，赤眉軍糧食不夠，不願意留在長安。長安已經到了餓死人的地步。一斤黃金隻能換五升豆子。樊崇隻好帶著大軍往東來了。
馮異把赤眉軍拖在華陰。他的方法就是讓赤眉軍消耗糧食，同時勸告他們投降。鄧禹因為打了幾個敗仗，還想立個功勞後再回洛陽。這位大司徒真是“聰明一世，懵懂一時”，他不聽馮異的勸告，單獨向赤眉進攻，結果給樊崇打得落花流水，一敗再敗，最後隻剩下二十四個騎兵。他就帶著這些人向宜陽方麵逃去。
馮異把赤眉兵包圍在崤山底下。馮異跟赤眉軍約定會戰的日子和地點，一定要比個上下高低。赤眉見馮異軍人數不多，悉眾來攻。馮異也縱兵大出，與赤眉鏖戰一場，兩下裏旗鼓相當，兵刃交接，喊聲震天。好容易殺到日昃，還是不分勝敗相持不舍。這時馮異把紅旗一招，突有一支人馬向赤眉軍陣中攪入，衣服與赤眉相同。赤眉軍錯認為是自己黨羽，慌忙招呼，誰知道劈頭一撞，害得頸血模糊十死五六。赤眉軍頓時大亂。原來馮異看赤眉勢盛，所以令自己軍士改服赤眉衣飾，夜伏道旁以紅旗為號，叫他搗亂賊軍。赤眉軍分不出誰是敵軍誰是自己人。既怕打傷自己人又不能不招架。正在為難的時候，假裝赤眉軍的士兵就叫嚷道：“投降！投降！我們投降！”真赤眉軍見有人投降，也一體匍伏全部歸誠。
公元27年一月，光武帝親率六軍截住赤眉。赤眉軍見前麵戈鋌耀日旌旗蔽天，當中擁著漢天子禦駕，黃屋大纛八麵威風。樊崇、逄安等人殺人不眨眼，現在卻倉皇失措不知所為。當下經眾會議，隻有乞降一法，乃遣劉恭持書請降。
劉恭見了漢光武說：“盆子率萬眾投降陛下，敢問陛下如何對待？”漢光武說：“待他不死便罷。”劉恭回去一說，劉盆子帶著丞相徐宣、禦史大夫樊崇、大司農楊音等三十多個首領光著脊梁來見漢光武。劉盆子奉上玉璽。赤眉將士們都把鎧甲和兵器堆在宜陽西門外。十多萬將士的鎧甲和兵器堆得有附近的熊耳山高。
漢光武吩咐縣裏的廚師趕緊做菜、做飯，給十多萬的赤眉兵大吃一頓。第二天漢光武對樊崇說：“你們投降了後悔不後悔？要是後悔我跟你們再來決個勝敗，我不勉強你們投降。”樊崇磕著頭說：“我們今天能夠歸順皇上，正像嬰兒見到慈母一樣，隻有歡喜沒有後悔。”
漢光武帶著樊崇他們到了洛陽，分給他們田地房屋，讓他們和妻子住在一起。那時候漢光武的叔父劉良已經封為趙王，就讓劉盆子做了趙王的郎中，楊音封為關內侯，徐宣、謝祿和劉恭也各有官職。劉恭替更始報仇把謝祿殺了，自己叫人綁著進了監獄。漢光武因為以前下過命令，“官吏、百姓有謀害淮陽王的，一概處死”，也就把劉恭放了。
樊崇和逄安是赤眉軍的主要首領，漢光武雖然沒說話，大臣們覺得留著他們不太妥當。不久還是以謀反的罪名把他們殺了。
赤眉軍被撲滅後，關中沒有統一的領導。不少豪強各自占據地盤，自稱將軍互相攻打。光是關中這一地區就有十來個頭兒。其中勢力最大的要數延岑。他在關中發號施令委任官吏，好像已經做了關中的霸主似的。
大樹將軍馮異這時做了征西大將軍。他的征西計策是安撫和圍剿並用，有時候多安撫少圍剿。這種辦法很頂事，“安撫”下來，居然把延岑的部下收服了不少。然後集中兵力突然襲擊延岑。延岑連連打了敗仗，隻好離開關中逃到蜀地，歸附公孫述，公孫述拜他為大司馬。馮異依照漢光武的囑咐，隻把關中幾個首領送到洛陽去，別的人都遣散回家。關中總算給馮異平下來了。
公元25年（更始三年），赤眉軍一路由樊崇、逄安帶領，一路由徐宣、謝祿、楊音帶領，兩路人馬在弘農會師。更始派軍隊抵抗，接連打了幾個敗仗，急得他不知道怎麽辦才好。張卬和王匡被鄧禹打敗，剛從河東逃回來。張卬就跟申屠建、廖湛、隗囂等人商議說：“赤眉說到就到，咱們沒法在這兒待下去。我說不如把長安城收拾收拾，有了財物回到南陽去再找路子。要是南陽也不能待的話，咱們就回大湖裏去做大王！”他們都同意了。大夥兒就去見更始，向他獻了這個計策。
禦史大夫隗囂是成紀人，很早就跟著伯父一同起兵響應南陽起義軍。因為隗囂名望大，手段高，大夥兒推他為上將軍。他招募了十多萬兵馬，殺了當地新朝的長官，很快地就把隴西、武都、金城、武威、張掖、酒泉、敦煌這些地方都收下來。更始皇帝劉玄打發使者去聯絡隗囂，還請他到長安幫他管理朝政。隗囂到了長安，更始拜他為右將軍，後來又把他升為禦史大夫。他聽說劉秀在鄗南即位，就勸更始把政權讓給劉秀的叔父“國三老”劉良，說這是最合算的脫身之計。更始不聽他的話，還把申屠建殺了，又發兵圍住隗囂和張卬的房子。
隗囂跟他的門客們衝出包圍，逃到天水老家去了。張卬的兵馬多，他打敗了更始占領長安。更始帶著家小和隨從一百多人逃到新豐，躲在他丈人趙萌那兒。丈人、女婿一合計，懷疑是王匡搗的鬼。張卬要是不跟王匡聯絡，他怎麽敢叛變呢？趙萌替更始出了個主意，傳令召王匡、陳牧、成丹進去商議大事。陳牧和成丹一進去，就給趙萌的武士們殺了。王匡聽到陳牧和成丹被殺的消息，就真的跑到長安跟張卬聯合。趙萌接收了陳牧和成丹的軍隊，又從掫城召回了李鬆。費了一個月工夫才打敗張卬和王匡，再把更始帝接回長安。張卬和王匡逃了，綠林起義軍完全分裂，力量大大削弱。
樊崇眼看更始快完了，可是他不能駁斥貴族地主提出的“人心思漢”的說法，方望的兄弟方陽怨恨更始帝殺了他的哥哥，所以特意跑到赤眉營裏去見樊崇，勸他立個姓劉的人為皇帝。樊崇同意了。可是軍隊裏姓劉的人還真不少，有遠房的、有近房的，一下子找出七十多個，其中有個劉盆子據說血統最近。他才十五歲，樊崇就決定立他為天子。
劉盆子的祖上是劉肥的兒子劉章，那可是響當當的英雄！不過到了劉盆子這一代，他們的家族早就沒有什麽權勢。王莽篡漢之際，劉盆子的父親也被殺掉，他與兄長等人又不幸卷入兵亂中，被赤眉軍抓住，不得不在赤眉軍中安身。劉盆子在軍中也沒什麽地位，能保命就很幸運，在被選中成皇帝前，他在軍中隻是負責給樊崇的部下劉俠卿看牛，大夥兒都叫他牛倌兒。
即位前，劉俠卿叫劉盆子去換身衣服，他不依，還哭著不走。劉俠卿隻好讓他披著頭發光著腳去見樊崇。劉盆子見了樊崇不敢再使性，就穿上皇帝的衣服，戴上皇帝的冠冕。樊崇領著文武百官向他朝見，劉盆子不知道該怎麽應付。一退朝他就趕緊換上原來的衣服，溜到外麵跟別的牛倌兒一塊玩去了。
樊崇立了劉盆子，自己該做丞相了吧。可他從小沒念過書，不認識字，又不能計算，他就讓那個能寫會算的徐宣做了丞相，自己做了禦史大夫，另外還拜逄安為左大司馬，謝祿為右大司馬，楊音以下幾個首領都做了大官。
赤眉軍奉了漢天子劉盆子的名義來征伐更始。剛巧更始帝的大將軍張卬和上公王匡被趙萌打敗，從長安逃出來。他們就投降了赤眉軍，打頭道把赤眉軍領進東都門。更始慌忙派李鬆、趙萌他們去抵抗。李鬆被赤眉軍逮了去；趙萌也投降了。更始帝急得沒有別的辦法，隻好帶著妻子和宮女從北門逃出去，他自己騎著馬跑得快，婦女們落在後麵大哭大喊地說：“皇上，皇上！您怎麽不下來拜別京城呢？”更始連忙下馬向長安城拜了幾拜，摸了摸身邊帶著的玉璽，爬起來跳上馬又跑了。
好容易逃到高陵，在驛舍裏休息了一下。這時候又來了幾個臣下和士兵，更始才透了一口氣。他正在沒有主意的時候，赤眉軍派使者送信來了。使者傳達命令叫更始投降，還可以封他為長沙王；過了二十天投降也不允許。更始帝隻好跟著使者回到長安。他光著上身向劉盆子奉上玉璽。劉盆子聽了樊崇的話，果然封他為長沙王，還讓他住在長安。
赤眉軍打進長安的消息傳到鄗南。漢光武想起更始帝原來是自己的主人，現在落到這步田地也很可憐，就下了一道詔書封更始帝為淮陽王；如果有人敢謀害淮陽王，一概處死。
卻說朱鮪被圍在洛陽好幾個月了，漢光武因為岑彭跟朱鮪同過事，就派他去勸降。朱鮪在城上，岑彭在城下。岑彭的話說完了。朱鮪說：“大司徒（指劉演）被害的時候，我還幫著李軼；更始派蕭王北伐，我又攔阻過他。我自己知道罪大惡極，不敢再見蕭王。”
岑彭回去向漢光武報告，漢光武說：“做大事的不記小過。朱鮪肯來，官爵可以保住，別說性命了。我指著河水起誓，決不失信。”岑彭又把這些話告訴朱鮪。朱鮪從城頭上放下一根繩子對岑彭說：“真不失信的話，你上來。”岑彭就拉住繩子上去了。朱鮪見他這麽實心實意的，就答應投降。
朱鮪叫岑彭綁著他去見漢光武。漢光武親自給他鬆了綁，還安慰他一番。當夜就叫岑彭送他回到洛陽去。第二天朱鮪帶領洛陽的軍隊出來投降。漢光武拜他為平狄將軍，封為扶溝侯。接著漢光武進了洛陽，就把洛陽作為京都。
漢光武住在洛陽很不安心。各地方自立為王、自立為帝的人還真不少，占據一塊小地方做土皇帝的那就更多了。隗囂已經到了天水，自稱西州上將軍，鄰近的豪強都歸附於他，長安的士大夫也一個接著一個去投奔他。公孫述在蜀地做了皇帝，赤眉軍占領長安，更是個大威脅，現在要把長安打下來才行，不知道鄧禹為什麽還沒有進去。
原來鄧禹從河東往西進軍，軍隊的紀律比較好。他不準將士們搶劫財物侮辱婦女，沿路的老百姓十分滿意。長安的大戶人家原來把糧食和財物都隱藏起來，可是被更始的將士們搶去不少。他們對更始政權很不滿意；後來赤眉進了長安，又不搶劫，就認為赤眉軍比綠林軍好；可是沒過多久，赤眉軍也跟綠林軍一樣出來搶糧。因此他們把希望寄托在鄧禹這一支軍隊上。鄧禹的將士們請他快去進攻長安，他反而帶著軍隊越走越遠了。將士們問他為什麽，鄧禹說：“我們的人馬不少，可是沒有給養，後麵運糧困難。赤眉軍聲勢浩大。如果我們馬上去跟他們交戰，準得吃虧。其實他們也人多糧少，遲早會發生變亂，等那邊維持不下去，咱們再發動進攻。”大家都認為不錯。
鄧禹繞著大彎兒由東往北，轉西向南，到了栒邑。這時候長安的老百姓果然對赤眉軍很不滿意了。他們認為新莽、更始、赤眉一個不如一個！這時就有人同情劉玄，想把他救出來。張卬擔心劉玄出來後跟他算賬，索性叫謝祿把他騙到城外勒死了。
劉盆子聽說劉玄死了，一天從脖子上摘下玉璽，向大臣們磕著頭說：“你們立我做縣官（指皇帝），可是我又不能夠禁止搶劫，四方百姓都怨恨我，而且我一點本領都沒有。你們饒了我吧！”說著抽抽噎噎地哭起來了。這時樊崇帶頭趴在地下磕頭說：“這都是我們做臣下的不是，辜負了皇上。以後我們一定改過，不敢再放肆了。”
他們把劉盆子扶到原位上，把玉璽照舊給他掛上。想當初他的老祖宗劉章想當皇帝當不成，劉盆子不想當偏要他當！
接著將軍們回到各營下了命令，不準士兵們再出去擾亂百姓。長安一帶突然安定下來了。
可是沒有糧食，赤眉軍怎麽待下去呢，他們又能到哪兒去呢？鄧禹的軍隊駐紮在栒邑，扼住赤眉軍北上的道兒。洛陽已經建都，做了漢光武的大本營，扼住赤眉軍東歸的道兒。漢中王劉嘉仗著自己雄厚的兵力割據漢中，阻止赤眉軍向南發展。東、南、北全是敵人，赤眉軍要求生存隻有往西一條路了。就在那年正月，樊崇帶著幾十萬大軍向西流亡，他們並不打算奪取城邑，最緊要的是要多得糧食。等他們進了安定、北地，才知道這兩個地方的糧食和牲口早給鄧禹的軍隊搜刮去了。
安定和北地的沒有糧食，赤眉軍隻好再往西過去。沒想到碰上了隗囂的軍隊。赤眉軍打了敗仗，死傷了不少人馬。樊崇隻好避開天水往西北逃去。誰知道禍不單行，他們在番須穀中正趕上暴風雪，凍死了不少人。他們還能流亡到哪兒去呢？萬不得已中，他們隻好又回到東邊來。
誰知道就在那年九月，長安城已經被鄧禹占了。赤眉軍無法可想，他們一哄而往闖入園陵，守陵吏民逃得精光。漢朝曆代帝王和後、妃都葬在那裏，墳裏埋著不少的金銀、珠寶、玉器。赤眉軍於是刨起墳來，後妃的棺槨盡被劈開，因為後妃以玉匣為殮，屍骸借寶玉精華曆久不朽；呂後的屍骸也被拉出棺外。赤眉軍竟把她剝去衣服，讓她赤條條地臥在地上，侮辱一番後才離去。這也是生前狠毒乃遭此報。文帝素尚儉德，慎夫人衣不曳地，故赤眉不去發掘。其實壞人也痛恨壞人！
鄧禹聽說赤眉軍刨墳後立刻發兵攻打。想不到打了個敗仗，還敗得挺慘，連長安城也給赤眉軍奪去了。他們到了雲陽，赤眉軍接著又追了上來。鄧禹又打了敗仗，慌忙退到高陵。他怕軍中糧草不夠，隻好向漢光武請求救兵。
漢光武知道鄧禹不是打仗的行家，就派馮異帶著一隊兵馬去代替他。漢光武親自送馮異到河南，送給他一輛馬車一口寶劍，並且囑咐他說：“長安一帶遭受王莽、更始、赤眉的兵災，老百姓窮困到了極點。將軍這次出去征伐，要是敵人肯投降的話，隻要把他們的頭子送到京都來，其餘的士兵都可以讓他們回家。征伐不一定要殺害士兵，最要緊的是除暴安良安定人心。”馮異聽了漢光武的囑咐，帶著軍隊和糧食往西去了。
漢光武回到洛陽，這時接到鄧禹的奏章。他說漢中王劉嘉打敗了赤眉逄安的軍隊，消滅了十多萬人；延岑現在也歸順了朝廷；如果他和劉嘉聯合起來，準能把赤眉消滅幹淨。漢光武已經派馮異去代替鄧禹，就下詔叫他馬上回去。那詔書上還說：“千萬別跟打敗了的敵人死拚。赤眉沒有糧食，一定會到東邊來的。我這兒已經準備好了。你趕快回來，不要再冒險進軍。”
果然不出漢光武所料，赤眉軍糧食不夠，不願意留在長安。長安已經到了餓死人的地步。一斤黃金隻能換五升豆子。樊崇隻好帶著大軍往東來了。
馮異把赤眉軍拖在華陰。他的方法就是讓赤眉軍消耗糧食，同時勸告他們投降。鄧禹因為打了幾個敗仗，還想立個功勞後再回洛陽。這位大司徒真是“聰明一世，懵懂一時”，他不聽馮異的勸告，單獨向赤眉進攻，結果給樊崇打得落花流水，一敗再敗，最後隻剩下二十四個騎兵。他就帶著這些人向宜陽方麵逃去。
馮異把赤眉兵包圍在崤山底下。馮異跟赤眉軍約定會戰的日子和地點，一定要比個上下高低。赤眉見馮異軍人數不多，悉眾來攻。馮異也縱兵大出，與赤眉鏖戰一場，兩下裏旗鼓相當，兵刃交接，喊聲震天。好容易殺到日昃，還是不分勝敗相持不舍。這時馮異把紅旗一招，突有一支人馬向赤眉軍陣中攪入，衣服與赤眉相同。赤眉軍錯認為是自己黨羽，慌忙招呼，誰知道劈頭一撞，害得頸血模糊十死五六。赤眉軍頓時大亂。原來馮異看赤眉勢盛，所以令自己軍士改服赤眉衣飾，夜伏道旁以紅旗為號，叫他搗亂賊軍。赤眉軍分不出誰是敵軍誰是自己人。既怕打傷自己人又不能不招架。正在為難的時候，假裝赤眉軍的士兵就叫嚷道：“投降！投降！我們投降！”真赤眉軍見有人投降，也一體匍伏全部歸誠。
公元27年一月，光武帝親率六軍截住赤眉。赤眉軍見前麵戈鋌耀日旌旗蔽天，當中擁著漢天子禦駕，黃屋大纛八麵威風。樊崇、逄安等人殺人不眨眼，現在卻倉皇失措不知所為。當下經眾會議，隻有乞降一法，乃遣劉恭持書請降。
劉恭見了漢光武說：“盆子率萬眾投降陛下，敢問陛下如何對待？”漢光武說：“待他不死便罷。”劉恭回去一說，劉盆子帶著丞相徐宣、禦史大夫樊崇、大司農楊音等三十多個首領光著脊梁來見漢光武。劉盆子奉上玉璽。赤眉將士們都把鎧甲和兵器堆在宜陽西門外。十多萬將士的鎧甲和兵器堆得有附近的熊耳山高。
漢光武吩咐縣裏的廚師趕緊做菜、做飯，給十多萬的赤眉兵大吃一頓。第二天漢光武對樊崇說：“你們投降了後悔不後悔？要是後悔我跟你們再來決個勝敗，我不勉強你們投降。”樊崇磕著頭說：“我們今天能夠歸順皇上，正像嬰兒見到慈母一樣，隻有歡喜沒有後悔。”
漢光武帶著樊崇他們到了洛陽，分給他們田地房屋，讓他們和妻子住在一起。那時候漢光武的叔父劉良已經封為趙王，就讓劉盆子做了趙王的郎中，楊音封為關內侯，徐宣、謝祿和劉恭也各有官職。劉恭替更始報仇把謝祿殺了，自己叫人綁著進了監獄。漢光武因為以前下過命令，“官吏、百姓有謀害淮陽王的，一概處死”，也就把劉恭放了。
樊崇和逄安是赤眉軍的主要首領，漢光武雖然沒說話，大臣們覺得留著他們不太妥當。不久還是以謀反的罪名把他們殺了。
赤眉軍被撲滅後，關中沒有統一的領導。不少豪強各自占據地盤，自稱將軍互相攻打。光是關中這一地區就有十來個頭兒。其中勢力最大的要數延岑。他在關中發號施令委任官吏，好像已經做了關中的霸主似的。
大樹將軍馮異這時做了征西大將軍。他的征西計策是安撫和圍剿並用，有時候多安撫少圍剿。這種辦法很頂事，“安撫”下來，居然把延岑的部下收服了不少。然後集中兵力突然襲擊延岑。延岑連連打了敗仗，隻好離開關中逃到蜀地，歸附公孫述，公孫述拜他為大司馬。馮異依照漢光武的囑咐，隻把關中幾個首領送到洛陽去，別的人都遣散回家。關中總算給馮異平下來了。