清朝定鼎北京，先後鎮壓各地農民起義，消滅南明三個小朝廷，用20餘年的時間基本結束了大陸上的武裝抗清鬥爭。滿族成為全中國的統治民族，政治、經濟地位均發生顯著變化。滿族統治者統治全國，不能不聯合漢族地主階級代表和蒙古等少數民族貴族，但這種聯合並不是一種平等關係。滿族統治者旨在擴大和鞏固自己的特權地位，確立起“首崇滿洲”的原則、並作為有清一代恪守不變的國策。
（一）維護滿洲貴族特權
世祖曾標榜：“朕不分滿漢，一體眷遇”，實際上卻以“首崇滿洲”為圭臬①，中樞機構均重用滿族親貴大臣。議政王大臣會議是滿族貴族控製國家的重要工具，擁有很大權力。參予議政的成員除宗室貴族親王、貝勒、貝子外，還有滿洲的勳臣貴戚。康熙初，滿洲、蒙古八旗都統和各部尚書俱為議政大臣，唯漢軍與漢人無權參與。會議設有“議政處”，每屆朝期，議政王大臣們聚集皇宮中左門外會議，“清朝大事，諸王大臣企議既定，雖至尊無如之何”②。體現出滿洲貴族在清政權中舉足輕重的核心地位。
多爾袞攝政時，曾以內三院為六部之首，如明朝內閣之製。大學士品級，滿洲一品，漢人五品，滿尊漢卑。世祖親政以後，撤銷內三院，以原內三院滿漢大學士兼管各部事，正式改行內閣製。內閣大學士表麵上滿、漢各半，實則漢大學士班列滿大學士之次，不問政事。崇德年間六部一度隻設滿尚書，1648年（順治五年）實行滿漢尚書複職製，實權操於滿官之手。“京堂俱一滿一漢，印歸滿官”③。康熙初年劃一滿漢官品級後，同樣是滿官權重，漢六部九卿隻是奉行例行公事，“滿人謦欬，無敢違者”。
滿族統治者在進行封建政治製度建設中需要漢臣的參與，但又要防止特權為漢臣所侵奪，特別創立了分缺製，以確保對中央和地方高級職務的zhan有。為此，將中央機構的職務即“缺分”，分為宗室缺、滿洲缺、蒙古缺、漢軍缺、內務府包衣缺和漢缺。康熙《大清會典》共載內閣、六部等13個中央機構中有品級和無品級額缺2082個，大部為滿洲和內務府包衣zhan有。①漢軍和漢人的額缺325個，僅占15.6％。對於地方官員，滿族統治者重視的是督、撫一級人選。1647（順治四年）至1735（雍正十三年）90年間，旗人任督、撫的共計770人，其中漢軍十居其七，滿洲十居其三，蒙古僅二人②。而邊疆大吏如駐防將軍、副都統、參讚大臣、辦事大臣，則由滿人專任。就全國官員總數而言，漢人多於滿人，但京城內外文武要缺，則滿人多於漢人。由於有滿洲隻任六品以上官的規定，保證了人數較少的滿人集中控製中央和地方的要職。
滿族貴族不但通過一定製度，將自己的政治特權固定下來，還采取措施，試圖把這種特權地位永久保持下去。對皇帝一族的宗室、覺羅（清製：清太祖以下支派稱宗室、其疏者稱覺羅）錫予封爵，1653年（順治十年）定，宗室封爵自親王、郡王、貝勒、貝子共十等。其中禮親王、睿親王、鄭親王、莊親王、豫親王、順承郡王、克勤郡王，“皆國初有大勳勞者，世襲不降封”③，俗稱“****”，世代承襲不替。其餘宗室王公封爵以世遞降，貴族子弟根據爵秩高低領受高官厚祿。對滿族異姓功臣、貴戚封以世爵，即所謂“民世爵”，分為公、侯、伯、子（精奇尼哈番）、男（阿思哈尼哈番）、輕車都尉（阿達哈哈番）、騎都尉（拜他喇布喇哈番）、雲騎尉（拖沙喇哈番）、恩騎尉九等。清初規定：開創勳勞“不論階次，鹹世襲罔替”④，以確保滿族貴族取得的特權，可以傳遞子孫後代。
滿族仕進與漢族不同，並不專靠科舉考試。一為侍衛，其中以禦前侍衛最顯貴。侍衛的挑取，並不是滿族的特權，而是滿族中人數極少的閥閱世家的特權。清製，內外滿大臣子弟，五年一次挑選恃衛，一經入選，往往不數年擢至顯職。一為筆帖式（漢譯文書），是滿人進身的又一捷徑。中央各部、院、寺、監均設筆帖式一職，人數最多，幾乎清一色滿人。筆帖式品級雖低（最高者不過六、六品，低則八、九品），但升遷最快，隻要善於奔走攀援，雖目不識丁，不一二十年，亦可富貴，甚至外升督撫，內轉尚書侍郎。
滿族統治者通過這些措施，為滿人進身提供便利之階。有清一代，盡管漢官的人數在不斷增多，地位也在逐漸提高，“首崇滿洲”原則卻從未動搖，用意是深遠的。
（二）旗民差別待遇
滿族統治者在維護自己的特權時，總是竭力把自己粉飾成代表整個滿族的利益，製造滿漢民族的畛域。八旗是清朝統治賴以維持的主要支柱，因此被視為“國家之根本”，享受種種特殊待遇。
經濟上，優養旗人。從入關時起，宣布永遠免征八旗人了的差徭、糧草、布匹，從此隻承擔兵役。為了解決旗人生計，保證置辦軍械馬匹的開支，入關之初，圈占京畿方圓259公裏內18萬餘頃漢民土地分給入關旗人，並且禁止旗民交產。對於滿族統治者來說，圈占旗地不過是沿用關外時的舊製，但對當地漢民來說，卻是赤裸裸地對他們的暴力掠奪。由於八旗兵丁經常出兵在外，又建立起俸餉製度。八旗兵丁俸餉遠高於綠旗漢兵，康熙年間八旗馬甲每月餉銀3兩，每年餉米46斛（23石），“計其所得，已多於七、八品官之俸祿”①。更非一般漢民所能攀比。
法律上，實行旗民差別待遇。旗人與民人發生糾紛，州縣官無權判決，須依旗民分治的原則，由各旗和地方特設的理事同知審理。民人犯法，有笞、杖、徒、流、死五等刑罰，旗人則享有換刑特權，“笞、杖各照數鞭責，軍、流、徒免發遣”②，犯徒刑一年者，換刑枷號二十日；流刑二千裏，換刑枷號五十日；犯極邊充軍的，換刑枷號九十日。旗人犯盜竊罪免刺字，即使是重犯，也不過刺臂而不像對漢人那樣刺麵；犯死罪者也可減等，由斬立決改為斬監候。《清史稿·刑法誌》在解釋這樣做的原因時說：“原立法之意，亦以旗人生則入檔，壯則當兵，鞏衛本根，未便遠離”。滿族統治者視八旗為鞏固統治的主要軍事機器，所以才在經濟、政治、法律上予旗人以種種特殊待遇。滿族與其它民族地位的不平等，成為製造民族歧視與矛盾的源淵之一。
二、八旗組織的變化
清朝入關以後，在廣大漢族地區繼續沿用明朝製度，設置布政使司，後來演變為省、府、州、縣各級地方行政機構，任命督、撫、知府、知州、知縣等管理民政。與此同時，為維護自己的統治特權，又千方百計保留本族舊有的社會組織和製度，將滿人“俱隸八旗”，形成“旗民分治”的管理體係。八旗組織適應統治者的政治需要，發生了一些新變化。
（一）軍事職能的加強
八旗兼有行政、經濟、軍事多項職能，隨著清朝對全國統治的建立，八旗的軍事職能大為強化了。
清朝為了以較少的八旗兵丁有效控製全國，采取了“居重馭輕”，重點配置的政策。北京是統治的中心，也是八旗駐紮的主要地點，以後為了鎮戍地方，將一部分旗兵陸續派往全國各地駐防，於是形成“禁旅”與“駐防”的區別。
禁旅八旗，又稱京旗，分左右翼駐紮北京城內。左翼四旗，鑲黃旗在城東北，駐安定門內，依次而南為正白旗，駐東直門內，鑲白旗駐朝陽門內，正藍旗駐崇文門內：右翼四旗，正黃旗在城西北，駐德勝門內，依次而南為正紅旗，駐西直門內，鑲紅旗駐阜城門內，鑲藍旗駐宣武門內。京旗各佐領在行政上歸本旗都統管轄，但在軍事係統上，又按照兵種，將前鋒、護軍、馬甲、步甲獨立編營。其中，驍騎（馬甲）營、護軍營、步軍（步甲）營均按旗分設，前鋒營按左右翼分設。護軍營與前鋒營平時警衛宮禁，皇帝外出時扈從行營，是八旗兵的精銳。以後陸續增設虎槍營（1684年，康熙二十三年）、火器營（1691年，康熙三十年）、健銳營（1749年，乾隆十四年）、善撲營、神機營為特殊兵種。
清代禁旅八旗的兵額是保密的。順治年間約有8萬③，乾隆年間為10萬餘人④，清末增至12萬餘人⑤。禁旅八旗以滿洲八旗為主，遇有戰事，派出作戰，戰畢撤歸京師，為清朝基本的軍事力量。
八旗駐防製度開始於順治朝，發展於康、雍兩朝，迄乾隆朝始告形成。順治年間，各地駐防僅15000餘人①，康熙、雍正年間漸增至90000餘人②，清中葉達10萬餘人③。從此，駐防八旗兵額大體與京旗持平，這種狀況一直延至清末。
康熙至乾隆年間，八旗在東北的駐防地由15處增至44處，在各省駐防地由9處增至20處，乾隆年間在新疆新設8處。其中，配備在京畿和東北的兵力，約占駐防八旗總數的一半，而東北的駐防八旗又占畿輔地區以外駐防八旗的半數以上。東北並未配備綠旗漢兵，說明清朝統治者非常重視自己的“發祥地”。相比之下，內地各省八旗駐防，一省不過1—3處。其中又以長江以北較多，湖南、江西、廣西、貴州等處未設駐防。內地軍事戍守的任務，主要由60餘萬綠旗漢兵擔任，八旗駐防起監視作用。八旗兵丁屯駐在全國70餘處重要城鎮和水陸衝要，根據需要各設駐防將軍、都統、副都統，或隻設城守尉、防守尉為其統領，他們成為清朝控製全國的重要力量。
清世宗胤禛說過：“駐防之地，不過出差之所，京師乃其鄉土”④。駐防各地的兵丁，最初是從京旗各佐領派撥的，並由這些來自不同旗、佐的兵丁，在駐防地組成新的佐領。但他們的戶籍，仍隸屬原旗原佐領。所以在清初一段時間裏，駐防旗人仍把北京作為他們的故鄉。隨著駐防製度的固定化，駐防旗人的戶籍雖然仍隸屬原旗都統衙門，與本佐領的關係卻逐步削弱，並在駐防當地形成新的旗人群體。
八旗駐防製度的實施，使滿族的分布進一步呈現大分散小聚居的特點，分散在全國各地——南至廣州、北抵璦琿、西迄伊犁，最集中的地方則是北京城內外和畿輔。
清朝定都北京以後，為了加強中央政權的軍事力量，確立起八旗常備兵製。
入關前滿洲旗人“出則為兵，入則為農”，實行的原是兵農合一的體製。入關以後，清朝統治者對兵丁揀選、兵種、俸餉逐一規定，形成一套完備的軍事製度。
規定兵丁揀選之法。八旗的基層單位佐領是按人丁編設的，清代佐領丁額屢有變化。努爾哈齊定每牛錄（佐領）壯丁300人，皇太極時改為200人，入關初沿用此製。康熙時滿洲佐領總數增加，但每佐領的標準丁額卻縮減為100人，乾、嘉年間又改為150人。其實，這些都隻是官方字西上的規定，具體到每個佐領，由於在人員構成、隸屬關係上存在種種差異（佐領有公中佐領、勳舊佐領、世襲佐領等差別），壯丁數額相差是很懸殊的。作為一個壯丁（俗稱“漢子”）的標準未成定製，有時以身高1.6米為合格，有時以一定年齡為標準（如15歲、16歲、18歲等），但八旗壯丁每3年編審1次的製度則被嚴格遵守，合格者編入丁冊。
從佐領壯丁中產生組成八旗軍隊的甲兵（俗稱“披甲”）。揀選甲兵俱驗以騎射，合格者入選，至60歲而免。沒有被選充“披甲”的則稱“餘丁”。在統治階級特別需要時，餘丁也要服兵役。
各佐領兵丁名額都有明文。據康熙《大清會典》卷八一載：京旗滿洲、蒙古佐領，設前鋒2名，親軍2名，護軍17名，撥什庫（領催）6名，馬兵（馬甲，又稱驍騎）40名，步兵撥什庫（步軍領催）2名，步兵（步甲，又稱步軍）18名，鐵匠2名，共89名；漢軍佐領，設撥什庫4名，馬兵30名，步兵撥什庫2名，步兵12名，共48名。以後，各佐領兵額與所設兵種又有所調整。
建立兵餉製度。康熙朝定製：前鋒、護軍、領催，月餉4兩，馬兵3兩，年餉米46斛（23石）；步兵領催月餉2兩，步兵1兩5錢，年餉米22斛（11石），出兵時另有行糧。這種待遇到乾隆年間基本保持了穩定。相比之下，駐防兵丁待遇低於京旗，馬兵月餉2兩，米2鬥5升（合歲支米12.5鬥），與綠旗馬兵的餉米相差無幾。
兵額與兵餉大體確定以後，額兵成為吃糧當差的職業軍人，未當兵的閑散餘丁，則是無差無餉的旗下平民。當兵食糧成為滿族人的主要職業，經濟上形成對統治者嚴重的依賴。
（二）旗人人身束縛的加強
清統治者給予旗人高出民人的待遇，意在利用他們作為統治全國各族人民的工具。基於這一政治需要，在“優養”旗人的同時，又采取種種措施，加強了對他們的控製。
入關初，清統治者重新改訂八旗組織與職官的漢譯名稱：“牛錄”改稱“佐領”，其長官“牛錄額真”亦改稱“佐領”；“甲喇”改稱“參領”，其長官“甲喇額真”亦改稱“參領”；同時將固山（旗）的長官“固山額真”改稱“都統”，其副職“美淩額真”改稱“副都統”。“牛錄”的本義為“大箭”，“甲喇”的本義為“節”，“美淩”的本義為“圍肩”，“額真”則是“主人”的意思。清統治者通過改換這些名稱，進一步清除了八旗組織中的部落製度痕跡。與此同時，對於各級職官的職守均加以明確規定。都統“掌八旗之政令，稽其戶口，經其教養，序其官爵，簡其軍賦，以讚上理旗務”，綜理一旗的軍、政、經事務，以下各級官員分別管理所屬。舉凡軍政、戶籍、銓選、司法、婚喪、稽察不軌，各有所司，八旗組織的管理體製因此更加正規和嚴格。
佐領是八旗的基層組織，每佐領一般轄數十戶，每戶約計數口以至數十口人丁。其長官職掌人口、田宅、婚喪、兵籍諸事宜，對本佐領人戶擁有很大的權限，“凡位居公侯並俯就之，猶縣令之轄鄉紳也”①，至於普通旗人，更不在話下了。同一佐領人丁，均編入丁冊，對於壯丁的三代以及出身成分，或正戶（又稱正身，即自由民）、或開戶（奴仆獲準出戶並在旗下獨自立戶者）、或戶下（奴仆），一一詳晰注明，並嚴格禁止出身卑賤者混入正戶旗人階層，以利分化和控馭。
滿洲八旗編設之初，各部部長、族長率領屬部入旗以後，即出任各級官職，對舊屬仍保留著相當權威。當時“牛錄”、“甲喇”、“固山”的長官之所以各以“額真”（主人）相稱，蓋緣於此。這種傳統權力往往因同旗人世世代代居住同一佐領而得以綿延存續。入關後，清統治者利用這種傳統關係，並結合漢族社會的封建宗法製度，在佐領內建立起族長製度。族長最初由族眾推舉產生，選出後由佐領驗放，入選族長的多為休致（退休）的官員或者德高望重的長老。族長的多寡，視佐領內宗族的數目而定，由於佐領是多族姓的聚居，故族長常在三四人左右。遇到涉及本族的公私事務，族長與佐領一同策劃，並有權教導族人，可見族長雖非爵秩，其權威也頗令人敬畏。
1725年（雍正三年）重定：族長一缺，由都統、副都統從各族中擁有男爵、輕車都尉、騎都尉、雲騎尉等世職的貴族，或舉人、生員、領催等人中選取；每三年由都統對族長考察一次，對教導族人有成績者，予以獎勵。族長人選與考核的製度化，使這一職務從舊貴族控製族人的工具日愈變為封建統治階級鈴束滿族人民的手段。
為了加強對各地駐防旗人的管理，又建立旗人保甲製度。清初沿襲明製，在地方州縣以下建立保甲組織，10戶為甲立1甲長，10甲為保立1保長，為封建政府負起直接管理和監視人民的職責。
1686年（康熙二十五年）清朝又在畿輔屯居旗人中試行保甲法，將各莊屯旗丁與當地民戶共編保甲，令旗人屯撥什庫（屯領催）與保、甲、鄉長共同稽查不軌。
1729年（雍正七年），世宗諭令近畿旗莊依仿漢民保甲之製，設立屯目、鄉長。屯目、鄉長的設立，意味著旗籍保甲長的產生，是旗人保甲組織走向完善的重要一步。①關於屯目的職掌，《戶部則例》有如下的明文規定：“屯居旗人，責成理事同知及該州縣擇老成者放為屯目，不拘旗分，令其管束，其鄉村窵遠畸零旗戶，即交附近屯目管轄，仍冊報八旗存案。凡旗人有來及往他處經營者，報明屯目給限，若無故逗留或潛往他處，報官嚴拿懲治。”從屯目的職掌不難看出，清統治者編設旗人保甲的目的就是對屯居旗人的行止進行更嚴密的監督與控製。乾隆年間，在東北、口外以及部分駐防八旗居住地，先後設立了旗人保甲組織。1813年（嘉慶十八年）北京發生了林清領導的天理教起義，直搗皇宮，有一些旗人曾參與這次起義，表明滿族內部階級矛盾的激化，促使清統治者擴大了編查旗人保甲的範圍，除少數王公大員及披甲兵丁外，上起宗室覺羅，下至旗人家丁，八旗滿洲、蒙古、漢軍的各個階層幾乎都被編入當地的保甲組織。②
清統治者還建立起一套嚴格的管理製度，入關初規定：八旗人丁不得擅離本佐領居住，違者以逃旗論，人口財產入官，本人治罪。不久，繁文縟節愈增愈多，規定在京旗人不準擅自離城20公裏，各省駐防旗人不準擅自離城10公裏，違者交刑部治罪；旗人因事出境，須到本旗衙門告假領票，票內注明本人年貌，呈報所去地方旗衙知曉，回旗時，再由該地旗衙告知本旗；並出具印文交本人帶回銷假，如果中途他往，或久住外地不歸，也要以逃旗論。旗人經商貿易，學習技藝、與民人交產、通婚或抱養民人之子，都在反複申禁之例。這些限製，成為旗人正常生活的桎梏。八旗人丁戰時奉命出征，平時以時操練，春秋兩季還要進行長時間的集中訓練，隻有以當兵作為唯一的職業。
駐防旗人分散在全國各地，除東北外，大部分駐防地處在漢族社會包圍之中，清統治者采取了幾項特別措施：
不許在外地世居置產。1684年（康熙二十三年）定，關內駐防旗人，如果有老病、解退、亡故，家眷俱令還京，子弟和家人內有披甲當兵的，也必須革退還京。同時規定，駐防旗人不準在當地置產。從此，駐防旗人亡故後，一律用棺收斂或火化後送京歸旗，家中妻子兄弟一同回京。統治者擔心旗人世居外地，形同土著，養成安土重遷的心態，以至與漢民融合，而喪失勇武驃悍的雄風，所以才有如此違悖常理的規定。這項給旗人造成諸多不便的陋規一直沿用到乾隆年間。
建築滿城。清朝入關後實行“滿漢分居”製，除將在京旗人盡徙內城，漢民盡遷外城外，在各駐防地陸續修築滿城，由旗兵攜眷聚居其中，與當地漢民隔離分治。滿城與一般兵營、堡塞的區別在於：它是當地社會中一個相對獨立的小社會，城內包括軍事設施、官衙、居住區、學堂、廟宇，布局亦如京師，按八旗分左右翼依序排列。西安滿城在西安城東北角，以後逐漸擴充，占全城的二分之一，內有大街7條，小巷94條。成都滿城官街8條，兵街42條，每街居數十戶，每戶占地一二畝，稱“甲地”，住房各3間，周回圍牆。利用這種形式，將駐防旗人禁錮在一個狹小的天地中。
在清統治者的重重限製下，無論是在京旗人，還是關內的大部分地區的駐防旗人既不能從事農業生產，又不能經商逐利，不得不脫離生產和流通領域，轉以俸餉和統治者的賞賜為主要經濟來源。清統治者在“優養”旗人的同時，又剝奪他們自謀生計的權利，這對滿族產生的消極影響是深遠的。
（三）上三旗與下五旗
清太祖努爾哈齊晚年，曾沿用過去時代的遺製，將八固山（八旗）作為家族的私產，在親近子侄中分配。領旗的旗主（和碩貝勒）享有在經濟、政治上均等的特權。清太宗皇太極即位以後，為強化自己的統治地位，在八旗增設管旗大臣，由大臣牽製八旗諸王，又陸續削奪阿敏、莽古爾泰兩大旗主，直接統轄正黃旗、鑲黃旗、正藍旗，但其餘各旗仍分別由和碩親王執掌。1644年（順治元年），世祖福臨衝齡即位，叔父多爾袞以旗主身份攝政，實際秉執國家的最高統治權。他與阿濟格、多鐸是同母所生的兄弟，原領有實力雄厚的兩白旗，1648年，多爾袞加豪格（皇太極長子）以“徇隱部將冒功”的莫須有罪名，將其瘐死獄中，乘機將隸屬皇太極一家的正藍旗奪為已有。多爾袞兄弟實領兩白一藍三旗，威權自專，形成對皇權的巨大壓力。1650年（順治七年），多爾袞病死，世狙親政，時年14歲，倚恃堂叔濟爾哈朗，對多爾袞一係展開反擊。1651年（順治八年），迫令多爾袞親兄阿濟格自縊（此前，多鐸已病死），追論多爾袞悖逆之罪，下詔迫削封爵，又興起大獄，處死多爾袞一係親近貴族重臣數十人。世祖通過這些努力，沉重打擊宗室強藩，鞏固了皇權。世祖在原先領有兩黃旗的基礎上，把原先隸屬多爾袞的正白旗劃歸己有，成為新上三旗（原正藍旗換出）。從此，正式形成上三旗與下五旗的體製。上三旗為“天子自將”，歸皇帝自領，地位高貴，人多勢眾，構成八旗的核心；下五旗成為諸王、貝勒、貝子等宗室貴族的分封之地。上三旗與下五旗的分治，是八旗製度的一次重大變革，是以皇權為代表的專製主義中央集權進一步加強的明顯標誌。
1662年（康熙元年），聖祖玄燁即位以後，陸續分封諸兄弟子侄為下五旗王公，與原有本旗王公共同管轄每一旗人丁，於是一旗有王公數人，不再存在一個旗主專擅一旗的局麵。1679年（康熙十八年）確定王公府屬官員名額，並規定王公府屬佐領下人在各王公門上行走，至於各王公名義上領有的旗分佐領（下五旗佐領）則歸各旗都統管理。都統“掌宣布教養、整諸戎兵，以治旗人”①。直接承受皇帝令旨，各旗王公從此無權幹預旗務。
上三旗下五旗製度，造成了正身旗人社會地位事實上的差別。上三旗守衛皇城，挑取侍衛，皇帝外出時擔任扈從，是皇帝最依重的親軍。下五旗除守衛京城外，被大批派往各地駐防戍衛。聖祖衝齡即位時，以索尼（正黃旗）、蘇克薩哈（正白旗）、遏必隆、鼇拜（鑲黃旗）為四輔政大臣，均出身上三旗，說明上三旗人在參預政治方麵也享有優勢。
為了破除上三旗下五旗人的軫域隔閡，鼓勵下五旗人為皇帝建功立業，特別建立了“抬旗”製度。“抬”意即由下往上升。由“滿洲下五旗，抬入上三旗者，謂之抬旗”②。其本支子孫準一同抬旗，同胞兄弟仍隸原旗。皇太後、太後母家在下五旗的均準予抬旗。以後，抬旗方式多樣化，上三旗的漢軍可以抬人同一旗分的滿洲旗。聖祖生母孝康皇後一家，佟佳氏，原隸鑲黃旗漢軍，後抬入鑲黃旗滿洲，後族抬旗自此始。另外，包衣旗人可以拔出內務府抬入滿洲旗。不同形式的“抬旗”，成為清代滿、蒙、漢軍旗人間、上三旗人與下五旗人中、正身旗人與非正身旗人間成分流通的一種特殊途徑。
（四）內務府包衣三旗
上三旗下五旗分治後，各旗所有的包衣（滿語“booi”，意即“家的”，指某人的私屬）隨之析為兩個係統：上三旗包衣稱“內務府屬”或內府旗人，為皇家私屬，編為內務府鑲黃、正黃、正白三旗（內三旗）；下五旗包衣稱“王公府屬”，為各王公的私屬，編為府屬佐領、管領。
內三旗與八旗（外八旗）是兩個獨立的組織體係。有別於八旗佐領（又稱旗分佐領）統屬於各旗都統，內三旗初隸領侍衛內大臣，1674年（康熙十三年）改歸內務府，從此終清之世不改。
內三旗的構成與八旗也有所不同，內參領下設有內府佐領、旗鼓佐領、內管領。內府佐領，即皇家所有的滿洲佐領，成分為滿洲平民；旗鼓佐領即皇帝所有的漢人佐領。宗室奕賡《寄楮備談》中說得明白：“內務府三旗漢軍佐領，俱名旗鼓佐領，舊作齊固佐領。”在康熙《大清會典》卷一五三中，又把“旗鼓佐領”，直接寫為“（內務府）漢軍佐領”。旗鼓佐領均由關外入旗的遼沈舊漢人編成。內管領（滿語為“琿托和”，意即“半個佐領”），又稱“辛者庫牛錄”，意思是“內管領下食口糧人”。編入內管領的最初是滿、蒙、漢族奴仆，以後內部成分漸有分化。《寄楮備談》說：“辛者庫，乃半個佐領下食口糧人也，起初原係家奴，向例不許為官，內府俱賤視之。”在內三旗中地位最低下。
內府三旗初設滿洲佐領9，旗鼓佐領12，高麗（朝鮮）佐領1，以及內管領20。1695年（康熙三十四年）增至滿洲佐領15，旗鼓佐領18，朝鮮佐領2，管領30。①
內三旗包衣人，除擔任內廷供奉親近差使，專供驅使外，有按丁披甲的義務。其中，滿洲、朝鮮佐領，披甲人各89名（或90名）；旗鼓佐領，披甲人各59名：管領，披甲人各89名。②兵種為前鋒、護軍、驍騎，均分別編營。乾隆年間，內三旗護軍營額兵1065人，前鋒營額兵1114人，驍騎營額兵5250人。③均布列皇城內，各按旗分，星羅棋布，拱衛皇宮，是直接役屬皇室的親兵。
內府旗人的身份地位較低，但由於他們是皇帝的奴仆和私屬，一旦為其寵信也可能外任肥差、執掌重權，成為詩禮簪纓的世家望族。內府旗人允許入學、考試、為官，旗鼓佐領下人在內務府仕進與滿洲同。在一定條件下可以抬旗或改旗。
1632後（順治九年）議準：內務府三旗佐領、內管領下官員，有軍功勞績，奉特旨令其開出內府佐領、內管領者，各歸上三旗旗下佐領。順治年間卓靈阿因父罪編入包衣籍，以後世祖認為定罪過重，又將他開出包衣；王輔臣初為八王阿濟格兒子的“蝦”（侍衛），八王得罪死，王輔臣被沒入“辛者庫”為奴。世祖聞其勇冠三軍，特旨拔出辛者庫，授禦前侍衛。在人數眾多的內府旗人中，能膺此殊榮的，隻是鳳毛麟角。
內務府三旗的形成，是滿族皇帝獨掌三旗，並在八旗中確立起經濟、軍事、政治絕對優勢的產物，同時，又保留著滿族早期奴隸製的明顯殘餘。內三旗與八旗並行不悖的存在，構成清代滿族社會組織的一大特色。
（一）維護滿洲貴族特權
世祖曾標榜：“朕不分滿漢，一體眷遇”，實際上卻以“首崇滿洲”為圭臬①，中樞機構均重用滿族親貴大臣。議政王大臣會議是滿族貴族控製國家的重要工具，擁有很大權力。參予議政的成員除宗室貴族親王、貝勒、貝子外，還有滿洲的勳臣貴戚。康熙初，滿洲、蒙古八旗都統和各部尚書俱為議政大臣，唯漢軍與漢人無權參與。會議設有“議政處”，每屆朝期，議政王大臣們聚集皇宮中左門外會議，“清朝大事，諸王大臣企議既定，雖至尊無如之何”②。體現出滿洲貴族在清政權中舉足輕重的核心地位。
多爾袞攝政時，曾以內三院為六部之首，如明朝內閣之製。大學士品級，滿洲一品，漢人五品，滿尊漢卑。世祖親政以後，撤銷內三院，以原內三院滿漢大學士兼管各部事，正式改行內閣製。內閣大學士表麵上滿、漢各半，實則漢大學士班列滿大學士之次，不問政事。崇德年間六部一度隻設滿尚書，1648年（順治五年）實行滿漢尚書複職製，實權操於滿官之手。“京堂俱一滿一漢，印歸滿官”③。康熙初年劃一滿漢官品級後，同樣是滿官權重，漢六部九卿隻是奉行例行公事，“滿人謦欬，無敢違者”。
滿族統治者在進行封建政治製度建設中需要漢臣的參與，但又要防止特權為漢臣所侵奪，特別創立了分缺製，以確保對中央和地方高級職務的zhan有。為此，將中央機構的職務即“缺分”，分為宗室缺、滿洲缺、蒙古缺、漢軍缺、內務府包衣缺和漢缺。康熙《大清會典》共載內閣、六部等13個中央機構中有品級和無品級額缺2082個，大部為滿洲和內務府包衣zhan有。①漢軍和漢人的額缺325個，僅占15.6％。對於地方官員，滿族統治者重視的是督、撫一級人選。1647（順治四年）至1735（雍正十三年）90年間，旗人任督、撫的共計770人，其中漢軍十居其七，滿洲十居其三，蒙古僅二人②。而邊疆大吏如駐防將軍、副都統、參讚大臣、辦事大臣，則由滿人專任。就全國官員總數而言，漢人多於滿人，但京城內外文武要缺，則滿人多於漢人。由於有滿洲隻任六品以上官的規定，保證了人數較少的滿人集中控製中央和地方的要職。
滿族貴族不但通過一定製度，將自己的政治特權固定下來，還采取措施，試圖把這種特權地位永久保持下去。對皇帝一族的宗室、覺羅（清製：清太祖以下支派稱宗室、其疏者稱覺羅）錫予封爵，1653年（順治十年）定，宗室封爵自親王、郡王、貝勒、貝子共十等。其中禮親王、睿親王、鄭親王、莊親王、豫親王、順承郡王、克勤郡王，“皆國初有大勳勞者，世襲不降封”③，俗稱“****”，世代承襲不替。其餘宗室王公封爵以世遞降，貴族子弟根據爵秩高低領受高官厚祿。對滿族異姓功臣、貴戚封以世爵，即所謂“民世爵”，分為公、侯、伯、子（精奇尼哈番）、男（阿思哈尼哈番）、輕車都尉（阿達哈哈番）、騎都尉（拜他喇布喇哈番）、雲騎尉（拖沙喇哈番）、恩騎尉九等。清初規定：開創勳勞“不論階次，鹹世襲罔替”④，以確保滿族貴族取得的特權，可以傳遞子孫後代。
滿族仕進與漢族不同，並不專靠科舉考試。一為侍衛，其中以禦前侍衛最顯貴。侍衛的挑取，並不是滿族的特權，而是滿族中人數極少的閥閱世家的特權。清製，內外滿大臣子弟，五年一次挑選恃衛，一經入選，往往不數年擢至顯職。一為筆帖式（漢譯文書），是滿人進身的又一捷徑。中央各部、院、寺、監均設筆帖式一職，人數最多，幾乎清一色滿人。筆帖式品級雖低（最高者不過六、六品，低則八、九品），但升遷最快，隻要善於奔走攀援，雖目不識丁，不一二十年，亦可富貴，甚至外升督撫，內轉尚書侍郎。
滿族統治者通過這些措施，為滿人進身提供便利之階。有清一代，盡管漢官的人數在不斷增多，地位也在逐漸提高，“首崇滿洲”原則卻從未動搖，用意是深遠的。
（二）旗民差別待遇
滿族統治者在維護自己的特權時，總是竭力把自己粉飾成代表整個滿族的利益，製造滿漢民族的畛域。八旗是清朝統治賴以維持的主要支柱，因此被視為“國家之根本”，享受種種特殊待遇。
經濟上，優養旗人。從入關時起，宣布永遠免征八旗人了的差徭、糧草、布匹，從此隻承擔兵役。為了解決旗人生計，保證置辦軍械馬匹的開支，入關之初，圈占京畿方圓259公裏內18萬餘頃漢民土地分給入關旗人，並且禁止旗民交產。對於滿族統治者來說，圈占旗地不過是沿用關外時的舊製，但對當地漢民來說，卻是赤裸裸地對他們的暴力掠奪。由於八旗兵丁經常出兵在外，又建立起俸餉製度。八旗兵丁俸餉遠高於綠旗漢兵，康熙年間八旗馬甲每月餉銀3兩，每年餉米46斛（23石），“計其所得，已多於七、八品官之俸祿”①。更非一般漢民所能攀比。
法律上，實行旗民差別待遇。旗人與民人發生糾紛，州縣官無權判決，須依旗民分治的原則，由各旗和地方特設的理事同知審理。民人犯法，有笞、杖、徒、流、死五等刑罰，旗人則享有換刑特權，“笞、杖各照數鞭責，軍、流、徒免發遣”②，犯徒刑一年者，換刑枷號二十日；流刑二千裏，換刑枷號五十日；犯極邊充軍的，換刑枷號九十日。旗人犯盜竊罪免刺字，即使是重犯，也不過刺臂而不像對漢人那樣刺麵；犯死罪者也可減等，由斬立決改為斬監候。《清史稿·刑法誌》在解釋這樣做的原因時說：“原立法之意，亦以旗人生則入檔，壯則當兵，鞏衛本根，未便遠離”。滿族統治者視八旗為鞏固統治的主要軍事機器，所以才在經濟、政治、法律上予旗人以種種特殊待遇。滿族與其它民族地位的不平等，成為製造民族歧視與矛盾的源淵之一。
二、八旗組織的變化
清朝入關以後，在廣大漢族地區繼續沿用明朝製度，設置布政使司，後來演變為省、府、州、縣各級地方行政機構，任命督、撫、知府、知州、知縣等管理民政。與此同時，為維護自己的統治特權，又千方百計保留本族舊有的社會組織和製度，將滿人“俱隸八旗”，形成“旗民分治”的管理體係。八旗組織適應統治者的政治需要，發生了一些新變化。
（一）軍事職能的加強
八旗兼有行政、經濟、軍事多項職能，隨著清朝對全國統治的建立，八旗的軍事職能大為強化了。
清朝為了以較少的八旗兵丁有效控製全國，采取了“居重馭輕”，重點配置的政策。北京是統治的中心，也是八旗駐紮的主要地點，以後為了鎮戍地方，將一部分旗兵陸續派往全國各地駐防，於是形成“禁旅”與“駐防”的區別。
禁旅八旗，又稱京旗，分左右翼駐紮北京城內。左翼四旗，鑲黃旗在城東北，駐安定門內，依次而南為正白旗，駐東直門內，鑲白旗駐朝陽門內，正藍旗駐崇文門內：右翼四旗，正黃旗在城西北，駐德勝門內，依次而南為正紅旗，駐西直門內，鑲紅旗駐阜城門內，鑲藍旗駐宣武門內。京旗各佐領在行政上歸本旗都統管轄，但在軍事係統上，又按照兵種，將前鋒、護軍、馬甲、步甲獨立編營。其中，驍騎（馬甲）營、護軍營、步軍（步甲）營均按旗分設，前鋒營按左右翼分設。護軍營與前鋒營平時警衛宮禁，皇帝外出時扈從行營，是八旗兵的精銳。以後陸續增設虎槍營（1684年，康熙二十三年）、火器營（1691年，康熙三十年）、健銳營（1749年，乾隆十四年）、善撲營、神機營為特殊兵種。
清代禁旅八旗的兵額是保密的。順治年間約有8萬③，乾隆年間為10萬餘人④，清末增至12萬餘人⑤。禁旅八旗以滿洲八旗為主，遇有戰事，派出作戰，戰畢撤歸京師，為清朝基本的軍事力量。
八旗駐防製度開始於順治朝，發展於康、雍兩朝，迄乾隆朝始告形成。順治年間，各地駐防僅15000餘人①，康熙、雍正年間漸增至90000餘人②，清中葉達10萬餘人③。從此，駐防八旗兵額大體與京旗持平，這種狀況一直延至清末。
康熙至乾隆年間，八旗在東北的駐防地由15處增至44處，在各省駐防地由9處增至20處，乾隆年間在新疆新設8處。其中，配備在京畿和東北的兵力，約占駐防八旗總數的一半，而東北的駐防八旗又占畿輔地區以外駐防八旗的半數以上。東北並未配備綠旗漢兵，說明清朝統治者非常重視自己的“發祥地”。相比之下，內地各省八旗駐防，一省不過1—3處。其中又以長江以北較多，湖南、江西、廣西、貴州等處未設駐防。內地軍事戍守的任務，主要由60餘萬綠旗漢兵擔任，八旗駐防起監視作用。八旗兵丁屯駐在全國70餘處重要城鎮和水陸衝要，根據需要各設駐防將軍、都統、副都統，或隻設城守尉、防守尉為其統領，他們成為清朝控製全國的重要力量。
清世宗胤禛說過：“駐防之地，不過出差之所，京師乃其鄉土”④。駐防各地的兵丁，最初是從京旗各佐領派撥的，並由這些來自不同旗、佐的兵丁，在駐防地組成新的佐領。但他們的戶籍，仍隸屬原旗原佐領。所以在清初一段時間裏，駐防旗人仍把北京作為他們的故鄉。隨著駐防製度的固定化，駐防旗人的戶籍雖然仍隸屬原旗都統衙門，與本佐領的關係卻逐步削弱，並在駐防當地形成新的旗人群體。
八旗駐防製度的實施，使滿族的分布進一步呈現大分散小聚居的特點，分散在全國各地——南至廣州、北抵璦琿、西迄伊犁，最集中的地方則是北京城內外和畿輔。
清朝定都北京以後，為了加強中央政權的軍事力量，確立起八旗常備兵製。
入關前滿洲旗人“出則為兵，入則為農”，實行的原是兵農合一的體製。入關以後，清朝統治者對兵丁揀選、兵種、俸餉逐一規定，形成一套完備的軍事製度。
規定兵丁揀選之法。八旗的基層單位佐領是按人丁編設的，清代佐領丁額屢有變化。努爾哈齊定每牛錄（佐領）壯丁300人，皇太極時改為200人，入關初沿用此製。康熙時滿洲佐領總數增加，但每佐領的標準丁額卻縮減為100人，乾、嘉年間又改為150人。其實，這些都隻是官方字西上的規定，具體到每個佐領，由於在人員構成、隸屬關係上存在種種差異（佐領有公中佐領、勳舊佐領、世襲佐領等差別），壯丁數額相差是很懸殊的。作為一個壯丁（俗稱“漢子”）的標準未成定製，有時以身高1.6米為合格，有時以一定年齡為標準（如15歲、16歲、18歲等），但八旗壯丁每3年編審1次的製度則被嚴格遵守，合格者編入丁冊。
從佐領壯丁中產生組成八旗軍隊的甲兵（俗稱“披甲”）。揀選甲兵俱驗以騎射，合格者入選，至60歲而免。沒有被選充“披甲”的則稱“餘丁”。在統治階級特別需要時，餘丁也要服兵役。
各佐領兵丁名額都有明文。據康熙《大清會典》卷八一載：京旗滿洲、蒙古佐領，設前鋒2名，親軍2名，護軍17名，撥什庫（領催）6名，馬兵（馬甲，又稱驍騎）40名，步兵撥什庫（步軍領催）2名，步兵（步甲，又稱步軍）18名，鐵匠2名，共89名；漢軍佐領，設撥什庫4名，馬兵30名，步兵撥什庫2名，步兵12名，共48名。以後，各佐領兵額與所設兵種又有所調整。
建立兵餉製度。康熙朝定製：前鋒、護軍、領催，月餉4兩，馬兵3兩，年餉米46斛（23石）；步兵領催月餉2兩，步兵1兩5錢，年餉米22斛（11石），出兵時另有行糧。這種待遇到乾隆年間基本保持了穩定。相比之下，駐防兵丁待遇低於京旗，馬兵月餉2兩，米2鬥5升（合歲支米12.5鬥），與綠旗馬兵的餉米相差無幾。
兵額與兵餉大體確定以後，額兵成為吃糧當差的職業軍人，未當兵的閑散餘丁，則是無差無餉的旗下平民。當兵食糧成為滿族人的主要職業，經濟上形成對統治者嚴重的依賴。
（二）旗人人身束縛的加強
清統治者給予旗人高出民人的待遇，意在利用他們作為統治全國各族人民的工具。基於這一政治需要，在“優養”旗人的同時，又采取種種措施，加強了對他們的控製。
入關初，清統治者重新改訂八旗組織與職官的漢譯名稱：“牛錄”改稱“佐領”，其長官“牛錄額真”亦改稱“佐領”；“甲喇”改稱“參領”，其長官“甲喇額真”亦改稱“參領”；同時將固山（旗）的長官“固山額真”改稱“都統”，其副職“美淩額真”改稱“副都統”。“牛錄”的本義為“大箭”，“甲喇”的本義為“節”，“美淩”的本義為“圍肩”，“額真”則是“主人”的意思。清統治者通過改換這些名稱，進一步清除了八旗組織中的部落製度痕跡。與此同時，對於各級職官的職守均加以明確規定。都統“掌八旗之政令，稽其戶口，經其教養，序其官爵，簡其軍賦，以讚上理旗務”，綜理一旗的軍、政、經事務，以下各級官員分別管理所屬。舉凡軍政、戶籍、銓選、司法、婚喪、稽察不軌，各有所司，八旗組織的管理體製因此更加正規和嚴格。
佐領是八旗的基層組織，每佐領一般轄數十戶，每戶約計數口以至數十口人丁。其長官職掌人口、田宅、婚喪、兵籍諸事宜，對本佐領人戶擁有很大的權限，“凡位居公侯並俯就之，猶縣令之轄鄉紳也”①，至於普通旗人，更不在話下了。同一佐領人丁，均編入丁冊，對於壯丁的三代以及出身成分，或正戶（又稱正身，即自由民）、或開戶（奴仆獲準出戶並在旗下獨自立戶者）、或戶下（奴仆），一一詳晰注明，並嚴格禁止出身卑賤者混入正戶旗人階層，以利分化和控馭。
滿洲八旗編設之初，各部部長、族長率領屬部入旗以後，即出任各級官職，對舊屬仍保留著相當權威。當時“牛錄”、“甲喇”、“固山”的長官之所以各以“額真”（主人）相稱，蓋緣於此。這種傳統權力往往因同旗人世世代代居住同一佐領而得以綿延存續。入關後，清統治者利用這種傳統關係，並結合漢族社會的封建宗法製度，在佐領內建立起族長製度。族長最初由族眾推舉產生，選出後由佐領驗放，入選族長的多為休致（退休）的官員或者德高望重的長老。族長的多寡，視佐領內宗族的數目而定，由於佐領是多族姓的聚居，故族長常在三四人左右。遇到涉及本族的公私事務，族長與佐領一同策劃，並有權教導族人，可見族長雖非爵秩，其權威也頗令人敬畏。
1725年（雍正三年）重定：族長一缺，由都統、副都統從各族中擁有男爵、輕車都尉、騎都尉、雲騎尉等世職的貴族，或舉人、生員、領催等人中選取；每三年由都統對族長考察一次，對教導族人有成績者，予以獎勵。族長人選與考核的製度化，使這一職務從舊貴族控製族人的工具日愈變為封建統治階級鈴束滿族人民的手段。
為了加強對各地駐防旗人的管理，又建立旗人保甲製度。清初沿襲明製，在地方州縣以下建立保甲組織，10戶為甲立1甲長，10甲為保立1保長，為封建政府負起直接管理和監視人民的職責。
1686年（康熙二十五年）清朝又在畿輔屯居旗人中試行保甲法，將各莊屯旗丁與當地民戶共編保甲，令旗人屯撥什庫（屯領催）與保、甲、鄉長共同稽查不軌。
1729年（雍正七年），世宗諭令近畿旗莊依仿漢民保甲之製，設立屯目、鄉長。屯目、鄉長的設立，意味著旗籍保甲長的產生，是旗人保甲組織走向完善的重要一步。①關於屯目的職掌，《戶部則例》有如下的明文規定：“屯居旗人，責成理事同知及該州縣擇老成者放為屯目，不拘旗分，令其管束，其鄉村窵遠畸零旗戶，即交附近屯目管轄，仍冊報八旗存案。凡旗人有來及往他處經營者，報明屯目給限，若無故逗留或潛往他處，報官嚴拿懲治。”從屯目的職掌不難看出，清統治者編設旗人保甲的目的就是對屯居旗人的行止進行更嚴密的監督與控製。乾隆年間，在東北、口外以及部分駐防八旗居住地，先後設立了旗人保甲組織。1813年（嘉慶十八年）北京發生了林清領導的天理教起義，直搗皇宮，有一些旗人曾參與這次起義，表明滿族內部階級矛盾的激化，促使清統治者擴大了編查旗人保甲的範圍，除少數王公大員及披甲兵丁外，上起宗室覺羅，下至旗人家丁，八旗滿洲、蒙古、漢軍的各個階層幾乎都被編入當地的保甲組織。②
清統治者還建立起一套嚴格的管理製度，入關初規定：八旗人丁不得擅離本佐領居住，違者以逃旗論，人口財產入官，本人治罪。不久，繁文縟節愈增愈多，規定在京旗人不準擅自離城20公裏，各省駐防旗人不準擅自離城10公裏，違者交刑部治罪；旗人因事出境，須到本旗衙門告假領票，票內注明本人年貌，呈報所去地方旗衙知曉，回旗時，再由該地旗衙告知本旗；並出具印文交本人帶回銷假，如果中途他往，或久住外地不歸，也要以逃旗論。旗人經商貿易，學習技藝、與民人交產、通婚或抱養民人之子，都在反複申禁之例。這些限製，成為旗人正常生活的桎梏。八旗人丁戰時奉命出征，平時以時操練，春秋兩季還要進行長時間的集中訓練，隻有以當兵作為唯一的職業。
駐防旗人分散在全國各地，除東北外，大部分駐防地處在漢族社會包圍之中，清統治者采取了幾項特別措施：
不許在外地世居置產。1684年（康熙二十三年）定，關內駐防旗人，如果有老病、解退、亡故，家眷俱令還京，子弟和家人內有披甲當兵的，也必須革退還京。同時規定，駐防旗人不準在當地置產。從此，駐防旗人亡故後，一律用棺收斂或火化後送京歸旗，家中妻子兄弟一同回京。統治者擔心旗人世居外地，形同土著，養成安土重遷的心態，以至與漢民融合，而喪失勇武驃悍的雄風，所以才有如此違悖常理的規定。這項給旗人造成諸多不便的陋規一直沿用到乾隆年間。
建築滿城。清朝入關後實行“滿漢分居”製，除將在京旗人盡徙內城，漢民盡遷外城外，在各駐防地陸續修築滿城，由旗兵攜眷聚居其中，與當地漢民隔離分治。滿城與一般兵營、堡塞的區別在於：它是當地社會中一個相對獨立的小社會，城內包括軍事設施、官衙、居住區、學堂、廟宇，布局亦如京師，按八旗分左右翼依序排列。西安滿城在西安城東北角，以後逐漸擴充，占全城的二分之一，內有大街7條，小巷94條。成都滿城官街8條，兵街42條，每街居數十戶，每戶占地一二畝，稱“甲地”，住房各3間，周回圍牆。利用這種形式，將駐防旗人禁錮在一個狹小的天地中。
在清統治者的重重限製下，無論是在京旗人，還是關內的大部分地區的駐防旗人既不能從事農業生產，又不能經商逐利，不得不脫離生產和流通領域，轉以俸餉和統治者的賞賜為主要經濟來源。清統治者在“優養”旗人的同時，又剝奪他們自謀生計的權利，這對滿族產生的消極影響是深遠的。
（三）上三旗與下五旗
清太祖努爾哈齊晚年，曾沿用過去時代的遺製，將八固山（八旗）作為家族的私產，在親近子侄中分配。領旗的旗主（和碩貝勒）享有在經濟、政治上均等的特權。清太宗皇太極即位以後，為強化自己的統治地位，在八旗增設管旗大臣，由大臣牽製八旗諸王，又陸續削奪阿敏、莽古爾泰兩大旗主，直接統轄正黃旗、鑲黃旗、正藍旗，但其餘各旗仍分別由和碩親王執掌。1644年（順治元年），世祖福臨衝齡即位，叔父多爾袞以旗主身份攝政，實際秉執國家的最高統治權。他與阿濟格、多鐸是同母所生的兄弟，原領有實力雄厚的兩白旗，1648年，多爾袞加豪格（皇太極長子）以“徇隱部將冒功”的莫須有罪名，將其瘐死獄中，乘機將隸屬皇太極一家的正藍旗奪為已有。多爾袞兄弟實領兩白一藍三旗，威權自專，形成對皇權的巨大壓力。1650年（順治七年），多爾袞病死，世狙親政，時年14歲，倚恃堂叔濟爾哈朗，對多爾袞一係展開反擊。1651年（順治八年），迫令多爾袞親兄阿濟格自縊（此前，多鐸已病死），追論多爾袞悖逆之罪，下詔迫削封爵，又興起大獄，處死多爾袞一係親近貴族重臣數十人。世祖通過這些努力，沉重打擊宗室強藩，鞏固了皇權。世祖在原先領有兩黃旗的基礎上，把原先隸屬多爾袞的正白旗劃歸己有，成為新上三旗（原正藍旗換出）。從此，正式形成上三旗與下五旗的體製。上三旗為“天子自將”，歸皇帝自領，地位高貴，人多勢眾，構成八旗的核心；下五旗成為諸王、貝勒、貝子等宗室貴族的分封之地。上三旗與下五旗的分治，是八旗製度的一次重大變革，是以皇權為代表的專製主義中央集權進一步加強的明顯標誌。
1662年（康熙元年），聖祖玄燁即位以後，陸續分封諸兄弟子侄為下五旗王公，與原有本旗王公共同管轄每一旗人丁，於是一旗有王公數人，不再存在一個旗主專擅一旗的局麵。1679年（康熙十八年）確定王公府屬官員名額，並規定王公府屬佐領下人在各王公門上行走，至於各王公名義上領有的旗分佐領（下五旗佐領）則歸各旗都統管理。都統“掌宣布教養、整諸戎兵，以治旗人”①。直接承受皇帝令旨，各旗王公從此無權幹預旗務。
上三旗下五旗製度，造成了正身旗人社會地位事實上的差別。上三旗守衛皇城，挑取侍衛，皇帝外出時擔任扈從，是皇帝最依重的親軍。下五旗除守衛京城外，被大批派往各地駐防戍衛。聖祖衝齡即位時，以索尼（正黃旗）、蘇克薩哈（正白旗）、遏必隆、鼇拜（鑲黃旗）為四輔政大臣，均出身上三旗，說明上三旗人在參預政治方麵也享有優勢。
為了破除上三旗下五旗人的軫域隔閡，鼓勵下五旗人為皇帝建功立業，特別建立了“抬旗”製度。“抬”意即由下往上升。由“滿洲下五旗，抬入上三旗者，謂之抬旗”②。其本支子孫準一同抬旗，同胞兄弟仍隸原旗。皇太後、太後母家在下五旗的均準予抬旗。以後，抬旗方式多樣化，上三旗的漢軍可以抬人同一旗分的滿洲旗。聖祖生母孝康皇後一家，佟佳氏，原隸鑲黃旗漢軍，後抬入鑲黃旗滿洲，後族抬旗自此始。另外，包衣旗人可以拔出內務府抬入滿洲旗。不同形式的“抬旗”，成為清代滿、蒙、漢軍旗人間、上三旗人與下五旗人中、正身旗人與非正身旗人間成分流通的一種特殊途徑。
（四）內務府包衣三旗
上三旗下五旗分治後，各旗所有的包衣（滿語“booi”，意即“家的”，指某人的私屬）隨之析為兩個係統：上三旗包衣稱“內務府屬”或內府旗人，為皇家私屬，編為內務府鑲黃、正黃、正白三旗（內三旗）；下五旗包衣稱“王公府屬”，為各王公的私屬，編為府屬佐領、管領。
內三旗與八旗（外八旗）是兩個獨立的組織體係。有別於八旗佐領（又稱旗分佐領）統屬於各旗都統，內三旗初隸領侍衛內大臣，1674年（康熙十三年）改歸內務府，從此終清之世不改。
內三旗的構成與八旗也有所不同，內參領下設有內府佐領、旗鼓佐領、內管領。內府佐領，即皇家所有的滿洲佐領，成分為滿洲平民；旗鼓佐領即皇帝所有的漢人佐領。宗室奕賡《寄楮備談》中說得明白：“內務府三旗漢軍佐領，俱名旗鼓佐領，舊作齊固佐領。”在康熙《大清會典》卷一五三中，又把“旗鼓佐領”，直接寫為“（內務府）漢軍佐領”。旗鼓佐領均由關外入旗的遼沈舊漢人編成。內管領（滿語為“琿托和”，意即“半個佐領”），又稱“辛者庫牛錄”，意思是“內管領下食口糧人”。編入內管領的最初是滿、蒙、漢族奴仆，以後內部成分漸有分化。《寄楮備談》說：“辛者庫，乃半個佐領下食口糧人也，起初原係家奴，向例不許為官，內府俱賤視之。”在內三旗中地位最低下。
內府三旗初設滿洲佐領9，旗鼓佐領12，高麗（朝鮮）佐領1，以及內管領20。1695年（康熙三十四年）增至滿洲佐領15，旗鼓佐領18，朝鮮佐領2，管領30。①
內三旗包衣人，除擔任內廷供奉親近差使，專供驅使外，有按丁披甲的義務。其中，滿洲、朝鮮佐領，披甲人各89名（或90名）；旗鼓佐領，披甲人各59名：管領，披甲人各89名。②兵種為前鋒、護軍、驍騎，均分別編營。乾隆年間，內三旗護軍營額兵1065人，前鋒營額兵1114人，驍騎營額兵5250人。③均布列皇城內，各按旗分，星羅棋布，拱衛皇宮，是直接役屬皇室的親兵。
內府旗人的身份地位較低，但由於他們是皇帝的奴仆和私屬，一旦為其寵信也可能外任肥差、執掌重權，成為詩禮簪纓的世家望族。內府旗人允許入學、考試、為官，旗鼓佐領下人在內務府仕進與滿洲同。在一定條件下可以抬旗或改旗。
1632後（順治九年）議準：內務府三旗佐領、內管領下官員，有軍功勞績，奉特旨令其開出內府佐領、內管領者，各歸上三旗旗下佐領。順治年間卓靈阿因父罪編入包衣籍，以後世祖認為定罪過重，又將他開出包衣；王輔臣初為八王阿濟格兒子的“蝦”（侍衛），八王得罪死，王輔臣被沒入“辛者庫”為奴。世祖聞其勇冠三軍，特旨拔出辛者庫，授禦前侍衛。在人數眾多的內府旗人中，能膺此殊榮的，隻是鳳毛麟角。
內務府三旗的形成，是滿族皇帝獨掌三旗，並在八旗中確立起經濟、軍事、政治絕對優勢的產物，同時，又保留著滿族早期奴隸製的明顯殘餘。內三旗與八旗並行不悖的存在，構成清代滿族社會組織的一大特色。