厭氧菌主要分為兩大類：一類是有芽孢的革蘭陽性梭菌，它們韻抵抗力強，分布廣泛，引起的感染有破傷風、氣性壞疽、肉毒素中毒等嚴重疾患，並已應用類毒素與抗毒素進行特異治療；另一類是無芽孢的革蘭陽性和革蘭陰性的球菌和杆菌，多係人體的正常菌群，常位於口腔、腸道、上呼吸道以及泌尿生殖道等部位，所引起的疾病屬條件致病的內源性感染。
目前醫院常規細菌培養方法不能檢出厭氧菌感染，常用抗生素（尤其是氨基類）多無效，是某些感染性疾病遷延不愈和反複發作的重要原因之一。臨床遇到以下情況時應高度懷疑厭氧菌感染，及時做厭氧菌檢查：
1.感染局部產生大量氣體，造成組織腫脹和壞死，皮下有撚發音。
2.發生在黏膜附近的感染，口腔、腸道、鼻咽腔、**等黏膜，均有大量厭氧菌寄生，這些部分及其附近有破損，極易發生厭氧菌感染。
3.深部外傷如槍傷後，人被動物咬傷後的繼發感染，均可能是厭氧菌感染。
4.分泌物有惡臭，或為暗血紅色，並在紫外光下發出紅色熒光，分泌物或膿汁中有黑色或黃色硫磺樣顆粒，均可能是厭氧菌感染。
5.分泌物有惡臭、呈膿性並含有壞死組織，塗片經革蘭染色，鏡檢發現有細菌，且常規培養陰性；或在液體及半固體培養基深部長的細菌，均可能為厭氧菌感染。
6.長期應用氨基糖苷類抗生素治療無效的病例，可能是厭氧菌感染。
7.最近有流產史者，以及胃腸手術後發生的感染。
8.常規血培養陰性的細菌性心內膜炎，並發膿毒性血栓靜脈炎或伴有黃疸的菌血症等，很可能是厭氧菌感染。厭氧菌感染以顱內、胸腔、腹腔、盆腔為多見，占這些部位感染的70~93%，1/3～2/3為混合感染。
有芽孢革蘭陽性杆菌——梭狀芽孢杆菌屬
產氣莢膜梭菌(clostridium perfringens)
梭菌感染占厭氧菌感染的10%~20%，最常見者為產氣莢膜梭菌，可致肌肉壞死（氣性壞疽）、壞死性膽囊炎、敗血症、流產後血管內溶血、胸膜厭氧感染等。某些型別可引起食物中毒和壞死性腸炎。在美國，多年來產氣莢膜梭菌是居沙門菌、葡萄球菌之後食物中毒第三位的病原菌。產氣莢膜梭菌還與抗生素相關性腹瀉有關。
值得注意的事，此菌係胃腸道和皮膚的正常菌群，培養陽性結果的臨床意義必須結合臨床症狀才能確定。
破傷風梭菌(clostridium tetani)
又稱破傷風杆菌。本菌的芽孢在自然界廣泛存在，患者常因刺傷或深部傷口而感染，新生兒破傷風則由臍帶感染（俗稱臍帶風）。
它產生的毒性僅次於肉毒梭菌的外毒素，對中樞神經係統有特殊的親和力，尤其是對腦幹神經和脊髓前腳運動神經細胞，引起肌肉痙攣性收縮，表現為“角弓反張”等典型症狀。
肉毒梭菌(clostridium camis)
肉毒梭菌可產生極其強烈的外毒素——肉毒毒素，它能與膽堿能神經結合，阻斷乙酰膽堿在外周神經末梢的釋放.導致肌肉遲緩性麻痹。人食入毒素後，潛伏期18~72h，患者出現急性鬆軟性癱瘓，起於麵肌（包括眼皮），然後頭部、咽部、唇至胸、橫膈、四肢，常因呼吸衰竭而死亡。
艱難梭菌(clostridium difficile)
本菌與假膜性腸炎、抗生素相關性腸炎有關。在自然界廣泛存在，約有3%正常人的糞便中可分離出此菌，但住院患者糞便中的分離率達到13%~30%，因此認為與醫院感染及抗生素的應用有關，是引起醫院內成人腹瀉的主要原因。臨床表現可從無症狀到抗生素相關性腹瀉、非特異性結腸炎、假膜性結腸炎和中毒性巨結腸。對艱難梭菌相關疾病的微生物學診斷有爭議。糞便培養有假陽性，明確診斷的金標準是以細胞培養來檢測糞便中艱難梭菌毒素，但費時、費力，現有替代的檢測腸毒素a的乳膠凝集試劑。治療須用萬古黴素或甲硝唑等。
多枝梭菌(clostridium ramosum)
正常存在於大腸，居臨床標本中梭菌的第二位，主要引起外傷所致的腹內感染，其臨床重要性在於此菌耐受青黴素、克林黴素和其他抗生素。
諾維梭菌(clos-tridium novyi)和敗毒梭菌(clostridium sep-ticum)
臨床常見革蘭陰性無芽孢厭氧杆菌
類（擬）杆菌屬(bacteroides)
是臨床標本中分離最多的革蘭陰性無芽孢厭氧杆菌。類杆菌常寄生於人的口腔、腸道和女性生殖道，是一種條件致病菌，主要引起內源性感染，可見於女性生殖係統感染、膿胸、顱內感染以及菌血症等。現有18個菌種，在臨床標本中以脆弱類杆菌(c.fra-gilis)最多見，約占臨床厭氧菌分離株的25%，占類杆菌分離株的50%，居臨床厭氧菌分離株的首位。
梭杆菌屬(fusobacterium)
存在於正常人的胃腸道、上呼吸道，可致人的嚴重感染，如菌血症等。其中以具核梭杆菌(f.nucleatum)最為常見，可引起厭氧性胸膜炎、吸人性肺炎、肺膿腫、腦膿腫、慢性鼻竇炎、骨髓炎、化膿性關節炎、肝膿腫以及腹腔內感染等。血液病患者或化療過程中白細胞減少者的感染有較高的死亡率。死亡梭杆菌(f.moi-tiferum)可引起人胃腸和泌尿生殖道的軟組織感染。壞死梭菌(f.necrophorum)的毒力很強，可在兒童和青年人中引起嚴重的感染，感染源多來自‘於咽扁桃體炎，有時並發單核細胞增多症，它是青年人扁桃體周圍膿腫最常分離到的厭氧菌。
普雷沃菌屬(prevote)
是近年來從類杆菌屬中分出的一個新菌屬，包括20種，最常見的是產黑色素普雷沃菌(p.ninogenica)o主要集聚於正常人體的口腔、女性生殖道等部位，組成這些部位的正常菌群，僅次子脆弱類杆菌。它是臨床上較常見的一種條件致病菌，可引起這些部位的內源性感染，女性生殖道及口腔感染多見，與結締組織的分解有關。
臨床常見無芽孢革蘭陽性厭氧杆菌
丙酸杆菌屬(propionitacterilim)
與臨床關係密切的主要是痤瘡丙酸杆菌(p.es)，為皮膚上的優勢菌群，存在於正常皮膚的毛囊和汗腺中，與痤瘡和酒渣鼻有關。在做血液、腰穿或骨髓穿刺液培養時，本菌是常見的汙染菌之一。此外，痤瘡丙酸杆菌在植入修複物或器械引起的感染中也起重要作用。
優（真）杆菌屬(eubacterium)
有45種，是人和動物口腔與腸道的正常菌群，對機體有營養、生物拮抗和維持腸道微生態平衡等功能。臨床常見的是遲鈍優杆菌(e siraeum)、液優杆菌(flimosum)，可與其他厭氧菌或兼性厭氧菌造成混合感染，引起心內膜炎等疾病。
雙歧杆菌屬(bifidobacterium)
多達33種，是人和動物腸道的重要生理菌群，在口腔和**中也有雙歧杆菌棲居，在體內起到調節和維持人體微生態平衡的重要作用。其生理學功能主要體現在：
1.含有的許多糖代謝酶，是動物和人所不具有的，這可大大提高人類和動物對某些食物的利用率。
2.具有磷蛋白磷酸酶，幫助提高蛋白消化率。
3.雙歧杆菌中的二肽酶、三肽酶和羧肽酶具有血管活性功能，能發揮降血壓和降血脂的效應。
4.能合成各種維生素，供宿主利用。
5.對多種細菌有拮抗作用，抑製外來細菌的生長和繁殖。
6.在腸道內通過誘導免疫反應，提高腸道漿細胞產生能力，達到防病效果。
7.通過激活吞噬細胞活性增強免疫，抑製和分解致癌劑，抑製癌基因的活化和靶向性定植腫瘤組織，並競爭營養而達到抗腫瘤作用。
乳酸杆菌屬ctobacillus)
是消化道、**的正常共生菌，對致病菌的繁殖有抑製作用，細菌性**炎的一個重要表現就是乳酸杆菌的數量顯著減少。它也廣泛存在於乳製品中。乳酶生ctasinum)是一種活的乳酸菌製劑，在腸道中可分解糖類生成的乳酸，增加腸道酸度，從而抑製腸道病原菌的繁殖，防止蛋白質水解，可用於治療消化不良和嬰兒腹瀉等。另外，乳酸菌與齲齒的形成關係密切。
厭氧球菌
消化鏈球菌屬(peptostreptocus)
在臨床標本分離的厭氧菌株中，厭氧消化鏈球菌屬占20%~35%，居第二位，僅次於脆弱類杆菌。引起人體各部位組織和器官的感染，以混合感染居多，可與金黃色葡萄球菌或溶血性鏈球菌協同引起嚴重的創傷感染，即厭氧鏈球菌肌炎。該菌常可引起細菌性心內膜炎，很少導致菌血症。感染主要由原發病灶口腔、牙周和尿道感染引起。
消化球菌屬(peptocus)
黑色消化球菌是該屬中唯一的菌種，通常寄生在人的體表和與外界相同的腔道中，是人體正常菌群成員之一。在臨床上可引起人體各部組織和器官的混合感染，常與其他細菌混合感染，如腹腔感染、肝膿腫、外陰、**及盆腔感染、肺部和胸膜感染、口腔感染、顱內感染以及皮膚和軟組織感染等。
韋榮球菌屆(veihone)
本屬有7個種，常見的是小韋榮球菌和產堿韋榮球菌，它們都是口腔、咽部、胃腸道及女性生殖道的正常菌群。大多見於混合感染，致病力不強，小韋榮球菌常見於上呼吸道感染中，而產堿韋榮球菌則多見於腸道感染。
目前醫院常規細菌培養方法不能檢出厭氧菌感染，常用抗生素（尤其是氨基類）多無效，是某些感染性疾病遷延不愈和反複發作的重要原因之一。臨床遇到以下情況時應高度懷疑厭氧菌感染，及時做厭氧菌檢查：
1.感染局部產生大量氣體，造成組織腫脹和壞死，皮下有撚發音。
2.發生在黏膜附近的感染，口腔、腸道、鼻咽腔、**等黏膜，均有大量厭氧菌寄生，這些部分及其附近有破損，極易發生厭氧菌感染。
3.深部外傷如槍傷後，人被動物咬傷後的繼發感染，均可能是厭氧菌感染。
4.分泌物有惡臭，或為暗血紅色，並在紫外光下發出紅色熒光，分泌物或膿汁中有黑色或黃色硫磺樣顆粒，均可能是厭氧菌感染。
5.分泌物有惡臭、呈膿性並含有壞死組織，塗片經革蘭染色，鏡檢發現有細菌，且常規培養陰性；或在液體及半固體培養基深部長的細菌，均可能為厭氧菌感染。
6.長期應用氨基糖苷類抗生素治療無效的病例，可能是厭氧菌感染。
7.最近有流產史者，以及胃腸手術後發生的感染。
8.常規血培養陰性的細菌性心內膜炎，並發膿毒性血栓靜脈炎或伴有黃疸的菌血症等，很可能是厭氧菌感染。厭氧菌感染以顱內、胸腔、腹腔、盆腔為多見，占這些部位感染的70~93%，1/3～2/3為混合感染。
有芽孢革蘭陽性杆菌——梭狀芽孢杆菌屬
產氣莢膜梭菌(clostridium perfringens)
梭菌感染占厭氧菌感染的10%~20%，最常見者為產氣莢膜梭菌，可致肌肉壞死（氣性壞疽）、壞死性膽囊炎、敗血症、流產後血管內溶血、胸膜厭氧感染等。某些型別可引起食物中毒和壞死性腸炎。在美國，多年來產氣莢膜梭菌是居沙門菌、葡萄球菌之後食物中毒第三位的病原菌。產氣莢膜梭菌還與抗生素相關性腹瀉有關。
值得注意的事，此菌係胃腸道和皮膚的正常菌群，培養陽性結果的臨床意義必須結合臨床症狀才能確定。
破傷風梭菌(clostridium tetani)
又稱破傷風杆菌。本菌的芽孢在自然界廣泛存在，患者常因刺傷或深部傷口而感染，新生兒破傷風則由臍帶感染（俗稱臍帶風）。
它產生的毒性僅次於肉毒梭菌的外毒素，對中樞神經係統有特殊的親和力，尤其是對腦幹神經和脊髓前腳運動神經細胞，引起肌肉痙攣性收縮，表現為“角弓反張”等典型症狀。
肉毒梭菌(clostridium camis)
肉毒梭菌可產生極其強烈的外毒素——肉毒毒素，它能與膽堿能神經結合，阻斷乙酰膽堿在外周神經末梢的釋放.導致肌肉遲緩性麻痹。人食入毒素後，潛伏期18~72h，患者出現急性鬆軟性癱瘓，起於麵肌（包括眼皮），然後頭部、咽部、唇至胸、橫膈、四肢，常因呼吸衰竭而死亡。
艱難梭菌(clostridium difficile)
本菌與假膜性腸炎、抗生素相關性腸炎有關。在自然界廣泛存在，約有3%正常人的糞便中可分離出此菌，但住院患者糞便中的分離率達到13%~30%，因此認為與醫院感染及抗生素的應用有關，是引起醫院內成人腹瀉的主要原因。臨床表現可從無症狀到抗生素相關性腹瀉、非特異性結腸炎、假膜性結腸炎和中毒性巨結腸。對艱難梭菌相關疾病的微生物學診斷有爭議。糞便培養有假陽性，明確診斷的金標準是以細胞培養來檢測糞便中艱難梭菌毒素，但費時、費力，現有替代的檢測腸毒素a的乳膠凝集試劑。治療須用萬古黴素或甲硝唑等。
多枝梭菌(clostridium ramosum)
正常存在於大腸，居臨床標本中梭菌的第二位，主要引起外傷所致的腹內感染，其臨床重要性在於此菌耐受青黴素、克林黴素和其他抗生素。
諾維梭菌(clos-tridium novyi)和敗毒梭菌(clostridium sep-ticum)
臨床常見革蘭陰性無芽孢厭氧杆菌
類（擬）杆菌屬(bacteroides)
是臨床標本中分離最多的革蘭陰性無芽孢厭氧杆菌。類杆菌常寄生於人的口腔、腸道和女性生殖道，是一種條件致病菌，主要引起內源性感染，可見於女性生殖係統感染、膿胸、顱內感染以及菌血症等。現有18個菌種，在臨床標本中以脆弱類杆菌(c.fra-gilis)最多見，約占臨床厭氧菌分離株的25%，占類杆菌分離株的50%，居臨床厭氧菌分離株的首位。
梭杆菌屬(fusobacterium)
存在於正常人的胃腸道、上呼吸道，可致人的嚴重感染，如菌血症等。其中以具核梭杆菌(f.nucleatum)最為常見，可引起厭氧性胸膜炎、吸人性肺炎、肺膿腫、腦膿腫、慢性鼻竇炎、骨髓炎、化膿性關節炎、肝膿腫以及腹腔內感染等。血液病患者或化療過程中白細胞減少者的感染有較高的死亡率。死亡梭杆菌(f.moi-tiferum)可引起人胃腸和泌尿生殖道的軟組織感染。壞死梭菌(f.necrophorum)的毒力很強，可在兒童和青年人中引起嚴重的感染，感染源多來自‘於咽扁桃體炎，有時並發單核細胞增多症，它是青年人扁桃體周圍膿腫最常分離到的厭氧菌。
普雷沃菌屬(prevote)
是近年來從類杆菌屬中分出的一個新菌屬，包括20種，最常見的是產黑色素普雷沃菌(p.ninogenica)o主要集聚於正常人體的口腔、女性生殖道等部位，組成這些部位的正常菌群，僅次子脆弱類杆菌。它是臨床上較常見的一種條件致病菌，可引起這些部位的內源性感染，女性生殖道及口腔感染多見，與結締組織的分解有關。
臨床常見無芽孢革蘭陽性厭氧杆菌
丙酸杆菌屬(propionitacterilim)
與臨床關係密切的主要是痤瘡丙酸杆菌(p.es)，為皮膚上的優勢菌群，存在於正常皮膚的毛囊和汗腺中，與痤瘡和酒渣鼻有關。在做血液、腰穿或骨髓穿刺液培養時，本菌是常見的汙染菌之一。此外，痤瘡丙酸杆菌在植入修複物或器械引起的感染中也起重要作用。
優（真）杆菌屬(eubacterium)
有45種，是人和動物口腔與腸道的正常菌群，對機體有營養、生物拮抗和維持腸道微生態平衡等功能。臨床常見的是遲鈍優杆菌(e siraeum)、液優杆菌(flimosum)，可與其他厭氧菌或兼性厭氧菌造成混合感染，引起心內膜炎等疾病。
雙歧杆菌屬(bifidobacterium)
多達33種，是人和動物腸道的重要生理菌群，在口腔和**中也有雙歧杆菌棲居，在體內起到調節和維持人體微生態平衡的重要作用。其生理學功能主要體現在：
1.含有的許多糖代謝酶，是動物和人所不具有的，這可大大提高人類和動物對某些食物的利用率。
2.具有磷蛋白磷酸酶，幫助提高蛋白消化率。
3.雙歧杆菌中的二肽酶、三肽酶和羧肽酶具有血管活性功能，能發揮降血壓和降血脂的效應。
4.能合成各種維生素，供宿主利用。
5.對多種細菌有拮抗作用，抑製外來細菌的生長和繁殖。
6.在腸道內通過誘導免疫反應，提高腸道漿細胞產生能力，達到防病效果。
7.通過激活吞噬細胞活性增強免疫，抑製和分解致癌劑，抑製癌基因的活化和靶向性定植腫瘤組織，並競爭營養而達到抗腫瘤作用。
乳酸杆菌屬ctobacillus)
是消化道、**的正常共生菌，對致病菌的繁殖有抑製作用，細菌性**炎的一個重要表現就是乳酸杆菌的數量顯著減少。它也廣泛存在於乳製品中。乳酶生ctasinum)是一種活的乳酸菌製劑，在腸道中可分解糖類生成的乳酸，增加腸道酸度，從而抑製腸道病原菌的繁殖，防止蛋白質水解，可用於治療消化不良和嬰兒腹瀉等。另外，乳酸菌與齲齒的形成關係密切。
厭氧球菌
消化鏈球菌屬(peptostreptocus)
在臨床標本分離的厭氧菌株中，厭氧消化鏈球菌屬占20%~35%，居第二位，僅次於脆弱類杆菌。引起人體各部位組織和器官的感染，以混合感染居多，可與金黃色葡萄球菌或溶血性鏈球菌協同引起嚴重的創傷感染，即厭氧鏈球菌肌炎。該菌常可引起細菌性心內膜炎，很少導致菌血症。感染主要由原發病灶口腔、牙周和尿道感染引起。
消化球菌屬(peptocus)
黑色消化球菌是該屬中唯一的菌種，通常寄生在人的體表和與外界相同的腔道中，是人體正常菌群成員之一。在臨床上可引起人體各部組織和器官的混合感染，常與其他細菌混合感染，如腹腔感染、肝膿腫、外陰、**及盆腔感染、肺部和胸膜感染、口腔感染、顱內感染以及皮膚和軟組織感染等。
韋榮球菌屆(veihone)
本屬有7個種，常見的是小韋榮球菌和產堿韋榮球菌，它們都是口腔、咽部、胃腸道及女性生殖道的正常菌群。大多見於混合感染，致病力不強，小韋榮球菌常見於上呼吸道感染中，而產堿韋榮球菌則多見於腸道感染。