沈有容，字士弘，號寧海，宣城人，明代名將。少年時便立誌從戎報國，武試第四名，後北上投軍，先後在薊遼、閩浙、登萊等邊防或海防前哨服役，因屢立奇功，由旗牌官逐步擢升為都督同知，以67歲高齡還鄉。一生四十餘載的軍旅生涯中，有數十年是鎮守在福建沿海，正是在這期間，他曾率軍三次進入台灣、澎湖列島，殲倭寇，驅荷蘭入侵者，成功地保衛了台灣。
日本關白豐臣秀吉，因平定島內戰國亂世局麵，野心極度膨脹，悍然出兵侵略朝鮮，妄圖征服琉球、呂宋、朝鮮、大明與印度，獨霸東亞，命令小西行長，加藤清正等率十五萬大軍，開始進攻朝鮮。日軍侵入朝鮮之後，朝鮮立即向明朝請求援助，明朝有識之士指出：“關白之圖朝鮮，實意在中國。”但明廷認為日本不過彈丸鼠國，能有多大能耐？隻命遼東撫鎮發精兵二支，應援朝鮮，明軍三千人進攻平壤，與裝備了鐵炮的日軍展開巷戰，大敗，隻剩下祖承訓率殘部退回國內。
明軍初戰失利，日軍更加猖獗，朝鮮“八道幾盡沒，旦暮且渡鴨綠江”，大明邊關岌岌可危，戰報傳來，明廷十分震驚，方覺日本實乃勁敵，不容小視。經廷議，製定了“援朝鮮，存屬國，以固門庭”的方針，決心派重兵應援朝鮮。明廷任命兵部右侍郎宋應昌為備倭總經略，宋應昌雖然在戰略上講得頭頭是道，一聽說讓自己上戰場去麵對凶殘的日軍，他馬上上疏說什麽自己帶兵講求“一字兵法”，即用兵一萬，造車三百六十輛，火炮七千餘門，以及弓弩，弩箭，火銃之類，要兵部先備齊，方肯出征。禦史郭實由是彈劾宋應昌擔任經略一職不當，宋應昌大喜，馬上順水推舟，要求辭職，神宗大怒，狠狠申飭了宋應昌一番，他才不得不出征。出征歸出征，可萬一有個閃失怎麽辦？宋應昌想到了沈有容。
宋應昌雖然找了沈有容來護衛自己，但他仍舊不放心，還找了一個自謂可“驅使神兵”的術士張元陽。其時，這也沒什麽，姑且不說秦皇漢武，就是本朝嘉靖皇帝不也是個中翹楚嗎？可是沈有容見到經略如此沉溺於方術，卻深不以為然，常竊笑之，宋應昌因此對他逐漸冷淡了起來，沈有容覺察了這個變化，便識趣的托疾乞歸了。雖然殺倭立功的機會沒有了，但卻有了盡孝的機會，在接下來的三年中，沈有容在家中承歡膝下，為父母盡了人子的孝道。
在這三年中，中日開始議和，但因明廷拒絕了豐臣秀吉的一係列無理要求，又借故發動了第二次朝鮮戰爭。豐臣秀吉本擬南北雙線做戰，夾擊大明，但因種種原因而未能實行。但大明得到消息後卻不敢怠慢，在浙江與福建沿海集結了大量水師，嚴陣以待。福建巡撫金學曾上疏認為，不若動用這些兵力去攻擊日本本土，來迫使日本從朝鮮撤兵。他的這一條建議得到了明廷采納，調童元鎮來執行此事，但軍隊中缺少將才，金學曾開始著力搜求，沈有容就在其中。
沈有容欣然接受了聘請，但等到了福州府衙，卻發現同聘者多老疾，與他們共事，能成大事？當下也不多言，將禮金原封不動的退還車太守，自行離去。金學曾得聞後，立即派了幕僚林守宇去追，在洪塘找到了正在等船的沈有容。沈有容見金學曾如此禮賢下士，便回到了福州，被授予海壇把總一職。
因為當時明朝對日本知之甚少，所以沈有容的第一個任務便是去日本偵察情況。金學曾派給沈有容一個叫劉思的助手，並從府庫中拿出一千兩白銀，讓他們扮成商人前去，沈有容卻將錢財之事全交給了劉思打理，自己不取分毫。正準備行動之時，僑民許儀從日本偷渡回來，帶來了豐臣秀吉死了的消息。金學曾即刻上疏，認為豐臣秀吉死後，日本又將陷入內亂，並說：“倘水陸交攻，殲此鯨鯢，或其時也。乞敕朝鮮經、督諸臣再加偵實，相機以彰天討--”此時，日軍己開始撤退，又有露梁津大捷，明廷認為將倭寇趕下海的目的已經達到，不宜再行遠征了。金學曾“用奇搗穴”的計劃取消了，那麽沈有容也不用去日本了，一千兩的公款自然要歸還，隻是劉思竟已把大部分揮霍了，落了個抄家的下場，金學曾見沈有容對錢財毫不染指，越器重他了。沈有容自此便在福建安頓下來，在今後的二十餘年中與其結下了不解之緣。
遼東巡撫顧養謙聽聞沈有容衝鋒破敵，發現這是個人才啊，馬上移谘上司，將沈有容調到自己麾下。由於遼東見薊鎮使用火器守備甚佳，便也開始配備火器，因沈有容是使用火器的專業人才，於是便授予他全遼東鎮的火器教練一職。
遼東的邊患，比薊鎮更加嚴重，主要有土蠻、朵顏三衛與女真諸部。土蠻是蒙古的一支，而且名義上是元朝的正統。土蠻部長依克灰正糾集朵顏三衛中的泰寧部把兔兒等，共三萬騎兵，欲赴遼陽，以武力逼迫朝廷增加歲賞，李成梁得知此情況後，決定用輕騎出塞的老招，殺敵人一個措手不及。於是，率領副將楊燮，參將李興等輕騎出了鎮邊堡。
明軍晝伏夜行二百餘力，直達可可毋林，這次老天也心向明軍，塞外刮起了大風，天際還不時傳來隱隱雷聲，擾亂了敵人的視聽，使之無從覺察明軍進軍路線及戰略意圖。當帳外喊殺四起，即便發矢如雨，倉促應戰的士蠻眾人也未能挽回敗勢。是役，明軍共獲首功九百，其中還有二十四位酋長的首級。
沈有容雖然是火器教練，但依然參加了此次戰役，並同眾人一起衝鋒在前，親自斬敵四人，隨他在一起作戰的十幾位家丁也斬敵十四。沈有容自覺戰功頗多，不好專美於前，便把部分功績分給了一時未能立功的同事。如此一來，沈有容的賞銀便少了一些，銀子是拿命換來的，真是來之不易，但沈有容首先想到的卻是故友與窮交，將銀子分給了他們，後來，何喬遠曾經回憶說，他早年之所以能安意讀書，實在全靠沈有容資助。
蒙古諸部入侵仍勤，遼東依舊不得安寧，沈有容在雙方幾次摩擦中屢立戰功，但身上卻也添了不少箭瘡，功勳得來不易啊！一波未平，一波又起，蒙古諸部的問題還沒解決好，女真的葉赫部又開始欺淩哈達部，並多次騷擾明邊，讓明軍守將頭痛不已。
遼東巡撫顧養謙與李成梁決心出兵葉赫，沈有容亦隨軍參戰，可是因冰雪未消，直到三月十三日到達葉赫。布寨見明軍勢大，馬上奔跑到納布林祿的東城，與其合兵一處，兩軍互殺一陣，葉赫見不能取勝，便退入城中拒守。此城以石為郭，城郭內外又有木柵，且建於絕峻之山峰上，易守難攻。明軍圍困攻打兩日，才隻破城郭外麵的木柵二重，而且城上木石，箭矢雜下，明軍損失也是不小。
沈有容奉命攻打南門，所乘戰馬中箭而死，又換了兩次馬，皆被敵兵箭矢所傷。沈有容的右腿也中了一箭，傷勢十分嚴重，已經無法行動，又沒有戰馬，成了待宰的羔羊。可是葉赫的士兵因為見他盔鎧鮮亮，沒有殺他，用撓鉤將他鉤住，想要拖他入城，脫了鎧甲再把他殺了。女真素缺鎧甲，像努爾哈赤的父、祖也算一部之長，卻也僅留下遺甲十三副，沈有容是世家子弟，鎧甲當然是外觀又好，防護性能又強，自然為女真人所垂涎。在這生死一發之時，時任寧遠副將的祖成訓殺到，救了沈有容一命，總算有驚無險。
李成梁見葉赫久攻不下，隻好暫且收兵，商議對策，沈有容顧不得養傷，與士兵帶大將軍炮二架，對城施放，一枚炮彈炸碎了城角，另一枚炸壞了納林布祿的居所，砸死了他的老婆。明軍掩殺一陣，又欲用雲梯架炮，直擊葉赫諸酋長所在之地。布寨，納林布祿見勢不好，出城乞降，請求與哈達分敕入貢。李成梁同意，大勝而還，葉赫此後勢力大減，終於不再反叛明朝。
沈有容因破城居首功，再加上先前的功勳，應該能當上宣州指揮同知，但沈有容當時不知為何用的是沈有色這個名字，兵部認為並非他原本軍籍，僅賞了他四百兩銀子，沈有容無奈，隻得加入廣寧中衛的軍籍，從普通軍士積功做了正千戶。
沈有容晉升源圖欽總，守衛浮圖穀。在遼東這麽多年的軍旅生涯中，沈有容發現在遼東兵製，訓練，守備等處皆有不少缺陷，升為欽總之後，認為應當負起責任，上書反映此事。提建議本是一件好事，但在明朝做為一員武將去提建議，那便有些不同。上書還算幸運，好像隻得了上司的一頓申飭，但他已覺得有些灰心了，上述托疾乞歸，但他上司宋可泉置之不理，等待一年也沒有結果。後來，沈有容拆了舊公房來蓋公館，被一個與他有隙的同事揭發，才得以解甲歸田。不過，他的下一任官員還未到任，隻能等待著交接，這時，狂風暴雨從東方吹來，沈有容又迎來了一次機遇。
張居正去世了，“倒張”風潮吹遍了整個大明朝，這種攻擊也牽連了張居正生前重視的將領戚繼光，“倒張”派們把戚繼光視為張居正的同黨，欲置之於死地而後快，甚至有人誣陷戚繼光給張居正的信件說，“雖夜開中門遞進，意欲何為？莫非反狀乎？”在此等情況下，兵科給事中張鼎思認為戚繼光於閩浙有功，請朝廷把他調往南方，調戚繼光任廣東總兵官。
這是薊鎮的塞外，由於戚繼光的離去，在一定程度上，北邊的蒙古諸部又活躍了起來。夷婦大嬖隻趁古北口明軍放馬之機，以600多人搶馬171匹，殺尖夜家丁11名，擄去軍人17名。七月，小阿卜戶入犯黑穀關，殺知名氏者30人，明軍掩敗為勝。為此總督周詠與巡撫翟秀裳奪俸半年，而剛上任的總兵楊四畏則降一級，在戚繼光離開不久便發生了這種十幾年未曾見過的百姓被殺被擄，牲畜被搶，連軍人也被擄的慘象，真可謂自毀長城。
新任薊遼總督張家胤為加強薊鎮守衛力量，調沈有容於薊鎮東路，任南兵後營千總，防守燕河，台頭二路。僅過幾個月，朵顏部首領長昂領兵三千餘騎進犯劉家口，“戚老虎去，吾又何懼？”，果然發現薊鎮防禦果然漏洞百出，都進入長城好幾裏地到了劉家口了，仍然未見明軍組織什麽像樣的抵抗。但劉家口卻恰恰是沈有容的駐紮之地，這下長昂遇到了克星，由於原來戚繼光的防守方針是“謹烽火，遠斥侯”，沈有容當夜二更時分聞得警報，僅帶家丁及跟役共29人迎敵。沈有容當時應該就與家丁等人住在窩鋪之中，身為千總，還親自守城，真做到了與士卒同甘苦。聞警後，身邊雖僅有這29人，但也得迎敵啊！“一出台而射死七十餘”，可見，沈有容是使用火器的高手。
鳥銃，是前膛裝彈的老式火槍，使用極為繁雜，沈有容以及他的家丁能在夜間使用鳥銃瞬間擊斃七十餘敵人，實在是很不容易了，沒有極為熟練的操作技巧，是鐵定做不到的。朵顏部的人還擊了，箭矢如雨，這二十九位健卒們都負了箭傷，沈有容也身中二矢，但他們不顧傷勢，奮力衝入敵陣，拚死砍殺。朵顏長昂因黑夜不辨明軍人數，又因上一次大敗的餘悸，下令撤退了。
當時，兵部說：“薊鎮修築台牆，原以匹馬不入為功。賊夷拆牆進邊，守台官軍若罔聞，防守何在？”為嚴肅軍紀，主兵把總李養性及傳烽守台官兵周養珠等十人皆被梟首傳示，還有八人受軍棍不過而亡。唯獨沈有容以首功得到了賞賜及對兵部的推薦，沈有容“由是知名”，這一戰，才是他軍旅生涯的真正開始。
在福建沿海辛勞奔馳十多年的沈有容，終於得以調往浙江升任參將，福建巡撫想要沈有容留下，福建的百姓們也說：“吾儕得再借將軍高枕矣。”但沈有容因為十餘年沒有回家看望老邁的母親，想要借去浙江任職的機會順便回鄉，就謝絕了。沈有容在浙江任職兩年，得到母親去世的消息，十分傷心，當天便棄官而去，也沒等上司批準他丁憂。
此時，倭寇、海盜交相為害，寧波、紹興、台州、溫州都受到了嚴重破壞。寧波、溫州兩處參將都被降級、提問，隻有沈有容因為在路上堵截得了首功題敘，所以秋天調任天津海防遊擊，浙江巡撫高舉見到邸報後，將沈有容留在溫、處，沒有去成。
有三隻船進入沈有容防守的鳳凰洋，因言語不通，沈有容通過寫漢字來問，才知道是安南商人裴光袍的商隊，遇到風暴，飄至此地。但沈有容手下數十人，卻想將這一百二十九人當作倭寇殺了報功，並跪下求沈有容允許，沈有容堅持不允，並下令：“殺一夷者，即戮以徇”，眾將士才稍稍安定下來。沈有容將此事上報朝廷，安南商隊等候上諭的九個多月，衣食全都是沈有容供給的。考慮到陸行遲緩，特別派了三艘兵船護送他們到了廣東，然後交接給廣西巡撫送回安南。事後，沈有容認為此事“逾於平生辛苦戰功十倍”。但不久，就有人誣告沈有容納賄，沈有容無奈乞歸，一年八請，才得以還鄉。
日本“村山艦隊”入侵台灣，由於日本當時並沒有實力大舉入侵明朝，所以就轉向侵略朝鮮、琉球，在朝鮮的軍事行動雖然失敗，但日本卻控製了琉球，並想繼續南進，吞並台灣。沈有容複職，黃承玄派太寧道林茂槐親自到沈有容家聘請他，沈有容認為黃承玄大度，可以任人，所以重新回到福建，黃承玄當即任命他為水標參軍。
明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起為名，攜帶禮物及上明朝表章一道，停泊在福建王崎澳，要求恢複通商。黃承玄命沈有容出撫，明石道友與董伯起、通事高子美前來。明石道友當時未曾佩刀，沈有容問：“汝何不佩刀？”明石道友答道：“不敢！”沈有容親自取來一把太刀給他配上，明石道友感激欲死，因為佩刀畢竟是武士的象征，明石道友呈上表文，沈有容因不合體製而卻之，隻帶著董伯起與其他幾名一起送歸的人回到福建。後來，福建海道副使韓仲雍在接待明石道友之時，對日本的侵略行為進行了嚴厲的責問，並警告日本“汝若戀住東蕃，則我寸板不許過海，寸絲難過蕃”，明確指出不許日本涉足台灣。
明石道友還未離開，桃煙門又率領三艘戰船、倭寇百餘人進犯浙江，打破了浙江的一艘兵船，殺了十幾名浙兵，又流竄到福建沿海，擄掠了二十餘人。他們在駛進東沙白犬澳時，觸礁擱淺，隻好在此地“搭寮樓住”，欲奪船歸。黃承玄得到消息後，將此事全權交給了沈有容負責。沈有容三路圍困，用大炮仰攻，焚毀了倭寇的房舍與積聚，但倭寇依然“揮刃裝銃，意在拚死突圍”，把總何承亮欲要進攻，沈有容說：“困獸難迫，且多礁石，易損舟。彼藏礁石間待我，必大損兵，不如誘而擒之便。”
於是，派遣精通日語的王居華前往曉諭：“汝輩命在須臾；若未有犯唐罪過，分剖明白，或尚可覬一線生路！”並說明石道友已經受撫。桃煙門頗為意動，正在猶豫。次日，有倭寇率大烏船一隻、漁船兩隻前來救援，沈有容“麾率官兵奮力衝攻，戈船飆集、火器雷震”，三船立沉。桃煙門見突圍無望，就說：“有道友書來，即從。”明石道友“亦醜其類”，寫了書信交給了沈有容，桃煙門等人見了明石道友的書信，便投降了，但有部分頑固分子選擇了自殺。
沈有容擒獲六十九人，斬了其中兩名漢奸，然後分屬於諸將報功，此役未傷一名明軍。董應舉聽聞後，歎息道：“東沙之役，某生六十一矣，未見有此不傷一卒、不折半矢、不糜鬥糧、不曠時日，去如振葉、歸若係豚，捷速而完，功難而易；就使俞、戚再生，亦當首肯矣。”並在今連江縣東莒島西南隅的山崖旁親自為沈有容書寫了題名碑，原文為“萬曆強梧大荒落，地臘後挾日，宣州沈君有容獲生倭六十九名於東沙之山，不傷一卒，閩人董應舉題此。”
那些嫉妒沈有容大功的人跳了出來，認為計擒倭寇是不對的，容易引起倭人的報複，朝廷竟然認為桃煙門不過是過境商人，並未將他們當作倭寇處理。沈有容他們不僅沒有得到獎賞，反而又冒功之嫌，黃承玄竟也因此事而移鎮，沈有容於是拂衣而歸。後來，這些倭寇又行作亂，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回鄉幾個月之後的事了。
沈有容在海壇待了一小段時間後，金學曾把他調到了浯銅。浯銅此地乃“吃空額”的淵蔽，沈有容赴任後，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士氣。正因為如此，福建各個水寨巡邏兵船多有被倭寇劫掠的，隻有沈有容一軍擒倭寇十八名，斬首十二級。為了防止又有所抬頭的倭患，福建興泉道的王岵雲提議招募巡邏兵800人，商船24隻分為二哨，令沈有容統帥其中之一。沈有容得到這股生力軍後，馬上出海巡邏，直到與廣東交界的地方，與一股倭寇相遇，“斬首三十二級，奪回南澳捕盜張京兵船一隻”，立了大功。但有官員因為沈有容沒將此船物歸原主，所以陷害他說：這艘船上，那些所謂被倭寇殺的士卒，都是沈有容為了報功自己殺的，如果此罪坐實，那沈有容就不僅是革職查辦的問題了。好在金學曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因為此事的影響，沈有容前五年等於白幹了，沒能得到升遷。
朱運昌調任福建巡撫，將沈有容調往浯嶼，太守程達認為此地距崇武衛所、料羅衛所都很遠，無法相互照應，而且廈門也自有水軍，所以建議移水寨於石湖。此提議得到了時任巡海道的徐學聚的認同，膽石湖的老百姓卻不樂意，他們認為如此一來“兵害恐其無已”，太守程達隻好對老百姓說，徙鎮此地的是沈有容，老百姓這才平靜下來。因為沈有容治軍嚴整，而且他曾為民請命，請當時的稅監高寀停止了征收運糧船的稅費。福建靠海且多山，糧食產量甚少，多靠從廣東進口，糧價本來就很貴，如果再征收重稅，那麽福建的民生勢必會受到致命的影響，所以百姓們都很感激沈有容，還為他立了生祠，沈有容來帶兵，自然不會侵犯百姓的利益。
上下達成一致，改建石湖水寨得以進行，沈有容沒向政府要一分錢，用的錢全是靠賣掉舊水寨材料與往年立功得到的賞金，費時約一年，水寨得以建成。期間，沈有容還組織士卒為石湖沿海修了一段石築的長堤，有效地防止了土壤鹽堿化的加劇。水寨建成後不久，有7隻倭船橫行在浙、閩、粵沿海，沿海將士卻不能“以一矢相加遺”。這股倭寇由浙江流竄到福建萬安衛所，攻打城池，焚燒船隻，劫掠了許多民眾，並且在西寨停泊了十餘日，沈有容得到消息後，率水軍在崇武衛所嚴陣以待。倭寇不敢前來，從烏邱出澎湖列島，逃亡東蕃。
台灣自古以來就與我國大陸有著密切的聯係：三國時東吳大帝孫權就曾派將軍衛溫到過台灣；隋煬帝曾三次派人到達台灣；南宋時，已在澎湖列島駐軍；元世祖忽必烈曾兩次派人到達台灣，設置了澎湖巡檢司，管理台澎；在明朝，鄭和下西洋時到達台灣；到了明朝中後期，中國大陸人民的足跡遍布台灣南北，已經開始了開發台灣的進程。
這股倭寇到達台灣後，在大員建立了據點，四處劫掠，並向東南沿海前往台灣的商人、漁民收取“報水”，連台灣土著民也深受其害，不敢再在沿海平原打獵，隻好遷往內地山區躲避。朱運昌對此十分頭痛，“安得豪傑，為我蕩寇分憂者？”當然，隻有沈有容，因為沈有容“梟捷善戰，每臨敵先登，意氣閑暇；兩舟相隔丈許，提刀飛身過之，立斬數人，一舟披靡，而後眾將士從之。又加以沉毅多謀，料敵出奇無窮”，這樣智勇雙全的將領上哪兒去找？
沈有容得到朱運昌的密令之後，先派遣漁民郭延前往偵察，並秘密備戰，在郭延偵知這股倭寇的確切消息後，沈有容下令出征。但“時臘月，非出海候，諸將及舵師皆有難色”，沈有容將朱運昌的密令下達，但為了防止奸細告密，他隻說：“吾近往耳，聊以懼竊竊通我分地者。”擺出了一副隻是例行巡邏的姿態。
於是，沈有容統戰船24隻前往征剿，可惜天公不作美，船隊在過澎湖時遇上了颶風，船隊飄散。因為當時天色已晚，沈有容不得不冒險停泊在地勢險峻，船不得並行的丁嶼門。在這裏等候了三天，飄散的船隻才歸隊，但隻剩下了14隻船，沈有容認為倭船不過7隻，我軍是他們的一倍，破之足矣，於是又再向台灣前進。到了第二天，與倭寇相遇，“將軍率諸將士殊死戰，無不一當百；賊大敗，盡出輜重投之於海令我軍拾，而姑少緩師。我軍無一人取其秋毫，戰益力，斬馘火攻，須臾而盡。”是役，“斬級十五，而投水焚溺無算，救回漳泉漁民三百餘人”，“倭遂去東蕃，海上息肩者十年”。在明軍登陸修整的時候，台灣土著民的一個酋長大彌勒“扶老攜幼，競以壺漿、生鹿來犒王師，鹹以手加額，德我軍之掃蕩安輯之也”，並邀請沈有容去它們的寨子做客。隨行的學者陳第將一路見聞記載下來，整理成《東蕃記》，是現存最早的台灣史料。沈有容此次軍事行動是明廷在台灣顯示主權的一次重要行動，當時福建官府因決策失誤未能在台灣開府設縣，也沒有留下駐軍。
沈有容立此大功返回福建，等待他的卻是“總府方索寶，而本將又複忌功”，要沒有朱運昌在上麵給他頂著，恐怕又不免得咎，但最後的結果竟是“捷聞，文武將吏悉敘功，有容齎白金而已”，隻得了六兩賞金。這時，朱運昌卻因病去世了，沈有容十分傷心，七次具文乞歸，但新任巡撫徐學聚堅持不允，沈有容隻好繼續在福建沿海，奔馳於危濤之間。
荷蘭東印度公司成立，派韋麻郎率領一支艦隊前往中國。他們的艦隊首先停泊在大泥，本來想與暹羅國王的朝貢使團一同去中國碰碰運氣，但沒想到朝貢使團還未出發，暹羅國王卻死了。但韋麻郎卻在此地結識了李錦、潘秀、郭震三名中國奸商，也不算沒有收獲。福建政府派遣了詹獻忠等人，去讓韋麻郎歸國，但他們因為貪圖荷蘭人的錢財，竟帶了許多貨物去賣，並且沿海也有許多商人私自去做生意，荷蘭人得到了好處，通商的願望更加迫切了，所以韋麻郎又派通事林玉去賄賂稅監高宷。
林玉雖被福建官府抓獲了，但高宷已經得到了消息，就派遣了心腹周之範去見韋麻郎“說以三萬金與宷，即許貢市”，韋麻郎“贈餉甚侈”，同意了高宷的要求，並派遣通事與頭目九人要去福州與高宷詳細商談，但因為風候不對，未能成行。高宷還與他的死黨福建總兵朱文達密謀說：“市幸而成，為利不貲。第諸司佐佑，唯公圖之！”朱文達於是對福建巡撫徐學聚說：“紅夷勇鷙絕倫，戰器事事精利，合閩舟師不足攖其鋒，不如許之。”但徐學聚頭腦清醒，堅持不許，將驅逐荷蘭的事交給了參將施德政與都司沈有容。
沈有容聽說荷蘭強占澎湖，要求通市時，就說：“夷意豈在市？不過懸重賂餌我，幸而售，將鼾睡臥側，踵香山澳故事，睥睨中土爾。”力主不可通市。受命之後，沈有容認為對待荷蘭這件事“剿而得勝，徒殺無罪，不足明中國廣大；不勝，則輕罷百姓力，貽朝廷羞，不如諭之”。所以他先釋放了林玉，想要用為反間，然後架一艘小船直接去了澎湖。
沈有容見到韋麻郎後，說：“天朝體統甚肅，上有撫、按二台，中有藩、臬諸司，外有將領、郡邑百執事，綱紀相承，凡事非商定不敢以聞。若欲求互市於閩，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，獨不識此乎？”韋麻郎說：“來者俱言市成，將軍言不成，何也？”並說高宷的使者已經來了。沈有容又說：“堂堂中國，豈乏金錢巨萬萬；爾為鼠輩所誑，錢既不返、市又不成，悔之何及！”韋麻郎歎服，“從來不聞此言。”但他的一個手下卻在這時拔出戰刀來說：“中國兵船到此，想似要與我等相殺，就與相殺何如？”沈有容厲聲說道：“中國甚慣殺賊，第爾等既說為商，故爾優容；爾何言戰鬥，想是元懷作反之意。爾未睹天朝兵威耶？”荷蘭人語塞。韋麻郎一方麵答應說馬上回去，並招待沈有容留下；另一方麵將給與周之範的錢財索回，隻讓他帶給高宷玻璃器具等物，讓高宷將乞市文書帶奏，天子準許後再說三萬金的事。
但沈有容等了幾天，韋麻郎依舊沒有走的意思，沈有容假意說要離開，韋麻郎立刻趕來相留。沈有容厲聲對他說道：“郎不去，恃汝舟大與？壑可藏、力可負、鑿可沉、撞可破，而舟何可恃耶？郎不聞沈將軍破倭奴東海上，海水盡赤？吾不忍若頸之續其後，故諭而歸，汝郎不從吾言，吾去矣，郎請後勿見我，毋貽空自悔也！”林玉也在一旁幫忙勸說。在這時，施德政為配合沈有容，已在料羅衛所集結了五十艘戰船，並做好了火攻的準備。福建政府又下了嚴令：“兵民從海外入者，一錢不得著身；挾錢者治如法。”斷了荷蘭人的妄想。韋麻郎審時度勢，隻好離開了澎湖。當時荷蘭的戰艦“舟長二十餘丈、高數丈，雙底。木厚二尺有咫，外鋈金錮之。四桅，桅三接”，“左右兩檣列銃，銃大十數圍，皆銅鑄；中具鐵彈丸，重數十斤，船遇之立粉”，作戰能力十分強。
福建水師的戰船卻多是商船與漁船改造的，雖有五十艘之多，但未必穩操勝券。所以沈有容能諭退荷蘭，是十分難能可貴的。韋麻郎離開之前，特別找了畫師為沈有容畫像，並用銅銃及銃彈與一些特產贈送，以示敬仰。沈有容隻收下了銅銃及銃彈，可能已經有師夷長技的思想了。韋麻郎離開後，三位漢奸皆被斬首。沈有容回廈之後，與友人陳第登臨南普陀後山，留下了“騁望極天，徘徊竟日”的題名石刻。
然而這時，高宷竟然已經上疏為荷蘭人請求互市，聽聞韋麻郎離開這事後，頓足說：“德政乃敗吾事！”後來，此疏雖被萬曆帝駁回，但高宷已經嫉恨上了施德政與沈有容。徐學聚本想立即為沈有容表功，但因為“宷黨”朱文達等人的阻撓而未能成功，但澎湖的百姓們卻沒有忘記沈有容的大功，為其樹“沈有容諭退紅毛番韋麻郎等”的碑刻，是公認的“澎湖第一碑”。
沈有容還鄉未及一年，福建政府派遣使者十次去請沈有容複任，沈有容堅持不許，而且這次連林茂槐的麵子也沒買。福建的崔禦史卻也給他寫了信。原先沈有容在浙江時崔禦史曾經在他離任後，私下裏舉薦過他，沈有容激於知己，於是複任。但沒想到，部分將士因為沈有容先前的功勳而嫉恨他，不與他合作，沈有容十分後悔，又動了回鄉的念頭。福建巡撫王士昌將水軍參府的創建工作交給了他，先前，黃承玄創立了“專統水軍，彈壓要地，隨勢排蕩”的福建水標參軍，並讓沈有容擔任此職，王士昌更是要在原來的定海衛所建設一軍署，以便更好的防衛海疆。沈有容想到此銜是黃承玄為自己特別設置的，所以就又留了下來。
袁八老率其黨三千餘人流劫福建沿海，後又逃往廣東，王士昌將平定海盜的任務交給了沈有容，但此時福建水師已經衰落，戰船很少，無法追捕，沈有容隻好進行招撫。袁八老“幸聽命”，但這時卻有人散布圍剿的流言，沈有容隻好冒險“躬架小舟，抵其船而受降”，招撫才得以順利進行。
遼東後金國進犯加劇，於是明廷設置了山東副總兵，駐登州，統領水師，以為陸上策應。沈有容因為以往功勳，“為當世名公所知”，被任命了此職。沈陽、遼陽相繼陷落，後金占領了遼東半島及部分沿海島嶼，對明朝造成了嚴重威脅，因為遼東半島就像楔子插入海中，直逼天津於山東登萊，如後金從海上進攻，那後果不堪設想。
於是，遼東經略熊廷弼從全局出發，提出了“三方布置之策”，第二條就是“以登萊渡海為奇兵”，並推薦陶朗先為登萊巡撫，駐登州。沈有容也被提升為總兵、都督僉事，“登萊遂為重鎮”。據稱，當時登萊有水陸兵員共五萬人，馬萬餘匹，甲杖火器二百餘萬，戰船兩千餘艘。
由於遼東“經撫不和”，致使廣寧失陷，遼東的民眾紛紛逃入沿海的島嶼，日夜盼望明朝水師的救援，但此時陶朗先卻不知出於何等考慮，竟然下令：“敢渡一人者斬”。沈有容立即上書爭之，並派數十艘船前往救渡，獲濟的遼東民眾共達三萬四千餘人，後陶朗先因貪贓被視為熊廷弼的黨羽入獄，絕食而死，明廷以袁可立代之。
沈有容在登州結識了戚繼光的長子戚柞國，當時戚柞國四兄弟正在編輯《戚少保年譜耆編》，它以戚繼光的活動為主線，比較全麵、真實的記載了戚繼光的一生。但年譜完成後，戚柞國等無力將其刊行，幸而得到了沈有容的資助，才得以問世。戚柞國對此十分感激，特地在此書沈有容題的序言後加以附記記載此事：“會我大都督宣城寧海沈老公祖開府東牟，悵門客之澆漓，憐屋烏之幽獨，知不肖輩食貧有日，歎先少保功業失傳，慨捐資費，為不肖輩成此一書，以傳世世。”沈有容的一次義舉，為後人了解與研究戚繼光，提供了重要的史料。
後金國駐守在複州的副將劉興祚遣生員金應魁持一封密信交給沈有容，稱“欲反正內應，以報中國”。劉興祚本來是不滿明朝官將的欺壓才逃入建州的，但他卻因為在任上秉公審斷女真人與漢人的糾紛，得罪了一批女真高官，發現自己無法保護漢人的合法權益，於是決心脫離後金。沈有容將這一情況向登萊巡撫袁可立作了回報，袁可立接受了劉興祚的要求，並派沈有容出海接應。
劉興祚開始積極準備，決定於起事，袁可立為此向朝廷上疏道：“今二月內，總兵沈有容執有生員金應魁奴酋偽授世襲總兵駐複州劉興祚即劉愛塔密稟一紙，內稱彼欲反正內應，以報中國，因求臣免死加銜牌票。臣念遼陽以納降陷城，廣寧以判官誘敗，興祚之言未可憑信。又思因間用間，實兵家妙用。……當此時也，乘寧前駐防之眾，朝鮮助兵之初，大兵出關東下，旅順犄角夾攻，宣川擁鮮眾而應，恢複之功似有可圖者。但謀貴萬全，兵須審勢，知彼知己，能為可勝，是又當慎圖之耳”。
袁可立令兩鎮兵馬奇兵出襲，“督兵過海，乘虛搗之”，沈有容起兵“自皇城島掩襲旅順南四衛”策應於南，毛文龍“自皮島掩襲鎮江九連城”抄襲於北。“巡撫袁可立使總兵沈有容以舟師赴島上，與毛文龍連兵應之。”“命總兵沈有容於三月十三日率兵出海相機接應。去訖四月內，賊見登兵北來，毛帥之兵又交相接應，……五月登兵與島帥布置相應。”張盤率領軍隊和登萊招撫的遼民混編的隊伍一舉打下金州，乘勝收複要塞旅順、望海堡和紅嘴堡等戰略要地，使遼南數百裏土地重新收歸於明朝。
但因為叛徒王丙的出賣，劉興祚遭擒，差一點被斬首，後來由於閹黨迫害導致袁可立的離任，而使這一誘降計劃受阻，但劉愛塔一意歸降，最終還是在崇禎初年歸順明朝並戰死疆場，這是明清戰爭史上明朝誘降滿清級別最高的將領，為遼東間諜戰之著名戰例，至今為研究明清戰爭史者所稱道。
因為劉興祚的反叛，努爾哈赤將遼東半島的民眾遷往內地，這時明廷有人就建議據守遼東半島的金州，沈有容上言，“金州孤懸海外，登州、皮島俱遠隔大洋，聲援不及，不可守。”但毛文龍依然派張盤進駐金州，但不久便被後金軍擊敗，後金為了防止明軍再度前來，焚毀了金州城的城垛與角樓。
袁可立曾下令讓沈有容進軍廣鹿島，沈有容是袁可立幕下的登鎮總兵，曾在平倭和收複台灣及抗清戰爭中立下過赫赫戰功。此次東征為老將出山，正於國家危難之際，登萊巡撫袁可立十分倚重之。然登州總兵沈有容並不滿於東江總兵毛文龍依仗閹黨勢力的跋扈，二人矛盾日深。
魏忠賢當權，一批清流高官相繼遭罷，袁可立也於此時再次遭貶，袁可立去，沈大將軍無所依，決然隨去。不久，沈有容得重病，連起居都步履顛危，於是以年老乞骸骨，以67歲高齡還鄉，三年後，卒於家中，明廷念其功勳，追贈都督同知，並賜祭葬。
沈有容有八個兒子，有詳細記載的有三個：六子沈壽崇襲其職，在北京近郊被李自成部所殺；八子沈壽嶢，響應金聲號召，組織義軍抗清，兵敗被殺；四子沈壽嶽因積極支持鄭成功與張煌言抗清，被斬首。真是將門出忠烈呀，沈有容上司袁可立的兒子袁樞，也在清軍攻陷南京後拒不降清憂憤絕食而死。
日本關白豐臣秀吉，因平定島內戰國亂世局麵，野心極度膨脹，悍然出兵侵略朝鮮，妄圖征服琉球、呂宋、朝鮮、大明與印度，獨霸東亞，命令小西行長，加藤清正等率十五萬大軍，開始進攻朝鮮。日軍侵入朝鮮之後，朝鮮立即向明朝請求援助，明朝有識之士指出：“關白之圖朝鮮，實意在中國。”但明廷認為日本不過彈丸鼠國，能有多大能耐？隻命遼東撫鎮發精兵二支，應援朝鮮，明軍三千人進攻平壤，與裝備了鐵炮的日軍展開巷戰，大敗，隻剩下祖承訓率殘部退回國內。
明軍初戰失利，日軍更加猖獗，朝鮮“八道幾盡沒，旦暮且渡鴨綠江”，大明邊關岌岌可危，戰報傳來，明廷十分震驚，方覺日本實乃勁敵，不容小視。經廷議，製定了“援朝鮮，存屬國，以固門庭”的方針，決心派重兵應援朝鮮。明廷任命兵部右侍郎宋應昌為備倭總經略，宋應昌雖然在戰略上講得頭頭是道，一聽說讓自己上戰場去麵對凶殘的日軍，他馬上上疏說什麽自己帶兵講求“一字兵法”，即用兵一萬，造車三百六十輛，火炮七千餘門，以及弓弩，弩箭，火銃之類，要兵部先備齊，方肯出征。禦史郭實由是彈劾宋應昌擔任經略一職不當，宋應昌大喜，馬上順水推舟，要求辭職，神宗大怒，狠狠申飭了宋應昌一番，他才不得不出征。出征歸出征，可萬一有個閃失怎麽辦？宋應昌想到了沈有容。
宋應昌雖然找了沈有容來護衛自己，但他仍舊不放心，還找了一個自謂可“驅使神兵”的術士張元陽。其時，這也沒什麽，姑且不說秦皇漢武，就是本朝嘉靖皇帝不也是個中翹楚嗎？可是沈有容見到經略如此沉溺於方術，卻深不以為然，常竊笑之，宋應昌因此對他逐漸冷淡了起來，沈有容覺察了這個變化，便識趣的托疾乞歸了。雖然殺倭立功的機會沒有了，但卻有了盡孝的機會，在接下來的三年中，沈有容在家中承歡膝下，為父母盡了人子的孝道。
在這三年中，中日開始議和，但因明廷拒絕了豐臣秀吉的一係列無理要求，又借故發動了第二次朝鮮戰爭。豐臣秀吉本擬南北雙線做戰，夾擊大明，但因種種原因而未能實行。但大明得到消息後卻不敢怠慢，在浙江與福建沿海集結了大量水師，嚴陣以待。福建巡撫金學曾上疏認為，不若動用這些兵力去攻擊日本本土，來迫使日本從朝鮮撤兵。他的這一條建議得到了明廷采納，調童元鎮來執行此事，但軍隊中缺少將才，金學曾開始著力搜求，沈有容就在其中。
沈有容欣然接受了聘請，但等到了福州府衙，卻發現同聘者多老疾，與他們共事，能成大事？當下也不多言，將禮金原封不動的退還車太守，自行離去。金學曾得聞後，立即派了幕僚林守宇去追，在洪塘找到了正在等船的沈有容。沈有容見金學曾如此禮賢下士，便回到了福州，被授予海壇把總一職。
因為當時明朝對日本知之甚少，所以沈有容的第一個任務便是去日本偵察情況。金學曾派給沈有容一個叫劉思的助手，並從府庫中拿出一千兩白銀，讓他們扮成商人前去，沈有容卻將錢財之事全交給了劉思打理，自己不取分毫。正準備行動之時，僑民許儀從日本偷渡回來，帶來了豐臣秀吉死了的消息。金學曾即刻上疏，認為豐臣秀吉死後，日本又將陷入內亂，並說：“倘水陸交攻，殲此鯨鯢，或其時也。乞敕朝鮮經、督諸臣再加偵實，相機以彰天討--”此時，日軍己開始撤退，又有露梁津大捷，明廷認為將倭寇趕下海的目的已經達到，不宜再行遠征了。金學曾“用奇搗穴”的計劃取消了，那麽沈有容也不用去日本了，一千兩的公款自然要歸還，隻是劉思竟已把大部分揮霍了，落了個抄家的下場，金學曾見沈有容對錢財毫不染指，越器重他了。沈有容自此便在福建安頓下來，在今後的二十餘年中與其結下了不解之緣。
遼東巡撫顧養謙聽聞沈有容衝鋒破敵，發現這是個人才啊，馬上移谘上司，將沈有容調到自己麾下。由於遼東見薊鎮使用火器守備甚佳，便也開始配備火器，因沈有容是使用火器的專業人才，於是便授予他全遼東鎮的火器教練一職。
遼東的邊患，比薊鎮更加嚴重，主要有土蠻、朵顏三衛與女真諸部。土蠻是蒙古的一支，而且名義上是元朝的正統。土蠻部長依克灰正糾集朵顏三衛中的泰寧部把兔兒等，共三萬騎兵，欲赴遼陽，以武力逼迫朝廷增加歲賞，李成梁得知此情況後，決定用輕騎出塞的老招，殺敵人一個措手不及。於是，率領副將楊燮，參將李興等輕騎出了鎮邊堡。
明軍晝伏夜行二百餘力，直達可可毋林，這次老天也心向明軍，塞外刮起了大風，天際還不時傳來隱隱雷聲，擾亂了敵人的視聽，使之無從覺察明軍進軍路線及戰略意圖。當帳外喊殺四起，即便發矢如雨，倉促應戰的士蠻眾人也未能挽回敗勢。是役，明軍共獲首功九百，其中還有二十四位酋長的首級。
沈有容雖然是火器教練，但依然參加了此次戰役，並同眾人一起衝鋒在前，親自斬敵四人，隨他在一起作戰的十幾位家丁也斬敵十四。沈有容自覺戰功頗多，不好專美於前，便把部分功績分給了一時未能立功的同事。如此一來，沈有容的賞銀便少了一些，銀子是拿命換來的，真是來之不易，但沈有容首先想到的卻是故友與窮交，將銀子分給了他們，後來，何喬遠曾經回憶說，他早年之所以能安意讀書，實在全靠沈有容資助。
蒙古諸部入侵仍勤，遼東依舊不得安寧，沈有容在雙方幾次摩擦中屢立戰功，但身上卻也添了不少箭瘡，功勳得來不易啊！一波未平，一波又起，蒙古諸部的問題還沒解決好，女真的葉赫部又開始欺淩哈達部，並多次騷擾明邊，讓明軍守將頭痛不已。
遼東巡撫顧養謙與李成梁決心出兵葉赫，沈有容亦隨軍參戰，可是因冰雪未消，直到三月十三日到達葉赫。布寨見明軍勢大，馬上奔跑到納布林祿的東城，與其合兵一處，兩軍互殺一陣，葉赫見不能取勝，便退入城中拒守。此城以石為郭，城郭內外又有木柵，且建於絕峻之山峰上，易守難攻。明軍圍困攻打兩日，才隻破城郭外麵的木柵二重，而且城上木石，箭矢雜下，明軍損失也是不小。
沈有容奉命攻打南門，所乘戰馬中箭而死，又換了兩次馬，皆被敵兵箭矢所傷。沈有容的右腿也中了一箭，傷勢十分嚴重，已經無法行動，又沒有戰馬，成了待宰的羔羊。可是葉赫的士兵因為見他盔鎧鮮亮，沒有殺他，用撓鉤將他鉤住，想要拖他入城，脫了鎧甲再把他殺了。女真素缺鎧甲，像努爾哈赤的父、祖也算一部之長，卻也僅留下遺甲十三副，沈有容是世家子弟，鎧甲當然是外觀又好，防護性能又強，自然為女真人所垂涎。在這生死一發之時，時任寧遠副將的祖成訓殺到，救了沈有容一命，總算有驚無險。
李成梁見葉赫久攻不下，隻好暫且收兵，商議對策，沈有容顧不得養傷，與士兵帶大將軍炮二架，對城施放，一枚炮彈炸碎了城角，另一枚炸壞了納林布祿的居所，砸死了他的老婆。明軍掩殺一陣，又欲用雲梯架炮，直擊葉赫諸酋長所在之地。布寨，納林布祿見勢不好，出城乞降，請求與哈達分敕入貢。李成梁同意，大勝而還，葉赫此後勢力大減，終於不再反叛明朝。
沈有容因破城居首功，再加上先前的功勳，應該能當上宣州指揮同知，但沈有容當時不知為何用的是沈有色這個名字，兵部認為並非他原本軍籍，僅賞了他四百兩銀子，沈有容無奈，隻得加入廣寧中衛的軍籍，從普通軍士積功做了正千戶。
沈有容晉升源圖欽總，守衛浮圖穀。在遼東這麽多年的軍旅生涯中，沈有容發現在遼東兵製，訓練，守備等處皆有不少缺陷，升為欽總之後，認為應當負起責任，上書反映此事。提建議本是一件好事，但在明朝做為一員武將去提建議，那便有些不同。上書還算幸運，好像隻得了上司的一頓申飭，但他已覺得有些灰心了，上述托疾乞歸，但他上司宋可泉置之不理，等待一年也沒有結果。後來，沈有容拆了舊公房來蓋公館，被一個與他有隙的同事揭發，才得以解甲歸田。不過，他的下一任官員還未到任，隻能等待著交接，這時，狂風暴雨從東方吹來，沈有容又迎來了一次機遇。
張居正去世了，“倒張”風潮吹遍了整個大明朝，這種攻擊也牽連了張居正生前重視的將領戚繼光，“倒張”派們把戚繼光視為張居正的同黨，欲置之於死地而後快，甚至有人誣陷戚繼光給張居正的信件說，“雖夜開中門遞進，意欲何為？莫非反狀乎？”在此等情況下，兵科給事中張鼎思認為戚繼光於閩浙有功，請朝廷把他調往南方，調戚繼光任廣東總兵官。
這是薊鎮的塞外，由於戚繼光的離去，在一定程度上，北邊的蒙古諸部又活躍了起來。夷婦大嬖隻趁古北口明軍放馬之機，以600多人搶馬171匹，殺尖夜家丁11名，擄去軍人17名。七月，小阿卜戶入犯黑穀關，殺知名氏者30人，明軍掩敗為勝。為此總督周詠與巡撫翟秀裳奪俸半年，而剛上任的總兵楊四畏則降一級，在戚繼光離開不久便發生了這種十幾年未曾見過的百姓被殺被擄，牲畜被搶，連軍人也被擄的慘象，真可謂自毀長城。
新任薊遼總督張家胤為加強薊鎮守衛力量，調沈有容於薊鎮東路，任南兵後營千總，防守燕河，台頭二路。僅過幾個月，朵顏部首領長昂領兵三千餘騎進犯劉家口，“戚老虎去，吾又何懼？”，果然發現薊鎮防禦果然漏洞百出，都進入長城好幾裏地到了劉家口了，仍然未見明軍組織什麽像樣的抵抗。但劉家口卻恰恰是沈有容的駐紮之地，這下長昂遇到了克星，由於原來戚繼光的防守方針是“謹烽火，遠斥侯”，沈有容當夜二更時分聞得警報，僅帶家丁及跟役共29人迎敵。沈有容當時應該就與家丁等人住在窩鋪之中，身為千總，還親自守城，真做到了與士卒同甘苦。聞警後，身邊雖僅有這29人，但也得迎敵啊！“一出台而射死七十餘”，可見，沈有容是使用火器的高手。
鳥銃，是前膛裝彈的老式火槍，使用極為繁雜，沈有容以及他的家丁能在夜間使用鳥銃瞬間擊斃七十餘敵人，實在是很不容易了，沒有極為熟練的操作技巧，是鐵定做不到的。朵顏部的人還擊了，箭矢如雨，這二十九位健卒們都負了箭傷，沈有容也身中二矢，但他們不顧傷勢，奮力衝入敵陣，拚死砍殺。朵顏長昂因黑夜不辨明軍人數，又因上一次大敗的餘悸，下令撤退了。
當時，兵部說：“薊鎮修築台牆，原以匹馬不入為功。賊夷拆牆進邊，守台官軍若罔聞，防守何在？”為嚴肅軍紀，主兵把總李養性及傳烽守台官兵周養珠等十人皆被梟首傳示，還有八人受軍棍不過而亡。唯獨沈有容以首功得到了賞賜及對兵部的推薦，沈有容“由是知名”，這一戰，才是他軍旅生涯的真正開始。
在福建沿海辛勞奔馳十多年的沈有容，終於得以調往浙江升任參將，福建巡撫想要沈有容留下，福建的百姓們也說：“吾儕得再借將軍高枕矣。”但沈有容因為十餘年沒有回家看望老邁的母親，想要借去浙江任職的機會順便回鄉，就謝絕了。沈有容在浙江任職兩年，得到母親去世的消息，十分傷心，當天便棄官而去，也沒等上司批準他丁憂。
此時，倭寇、海盜交相為害，寧波、紹興、台州、溫州都受到了嚴重破壞。寧波、溫州兩處參將都被降級、提問，隻有沈有容因為在路上堵截得了首功題敘，所以秋天調任天津海防遊擊，浙江巡撫高舉見到邸報後，將沈有容留在溫、處，沒有去成。
有三隻船進入沈有容防守的鳳凰洋，因言語不通，沈有容通過寫漢字來問，才知道是安南商人裴光袍的商隊，遇到風暴，飄至此地。但沈有容手下數十人，卻想將這一百二十九人當作倭寇殺了報功，並跪下求沈有容允許，沈有容堅持不允，並下令：“殺一夷者，即戮以徇”，眾將士才稍稍安定下來。沈有容將此事上報朝廷，安南商隊等候上諭的九個多月，衣食全都是沈有容供給的。考慮到陸行遲緩，特別派了三艘兵船護送他們到了廣東，然後交接給廣西巡撫送回安南。事後，沈有容認為此事“逾於平生辛苦戰功十倍”。但不久，就有人誣告沈有容納賄，沈有容無奈乞歸，一年八請，才得以還鄉。
日本“村山艦隊”入侵台灣，由於日本當時並沒有實力大舉入侵明朝，所以就轉向侵略朝鮮、琉球，在朝鮮的軍事行動雖然失敗，但日本卻控製了琉球，並想繼續南進，吞並台灣。沈有容複職，黃承玄派太寧道林茂槐親自到沈有容家聘請他，沈有容認為黃承玄大度，可以任人，所以重新回到福建，黃承玄當即任命他為水標參軍。
明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起為名，攜帶禮物及上明朝表章一道，停泊在福建王崎澳，要求恢複通商。黃承玄命沈有容出撫，明石道友與董伯起、通事高子美前來。明石道友當時未曾佩刀，沈有容問：“汝何不佩刀？”明石道友答道：“不敢！”沈有容親自取來一把太刀給他配上，明石道友感激欲死，因為佩刀畢竟是武士的象征，明石道友呈上表文，沈有容因不合體製而卻之，隻帶著董伯起與其他幾名一起送歸的人回到福建。後來，福建海道副使韓仲雍在接待明石道友之時，對日本的侵略行為進行了嚴厲的責問，並警告日本“汝若戀住東蕃，則我寸板不許過海，寸絲難過蕃”，明確指出不許日本涉足台灣。
明石道友還未離開，桃煙門又率領三艘戰船、倭寇百餘人進犯浙江，打破了浙江的一艘兵船，殺了十幾名浙兵，又流竄到福建沿海，擄掠了二十餘人。他們在駛進東沙白犬澳時，觸礁擱淺，隻好在此地“搭寮樓住”，欲奪船歸。黃承玄得到消息後，將此事全權交給了沈有容負責。沈有容三路圍困，用大炮仰攻，焚毀了倭寇的房舍與積聚，但倭寇依然“揮刃裝銃，意在拚死突圍”，把總何承亮欲要進攻，沈有容說：“困獸難迫，且多礁石，易損舟。彼藏礁石間待我，必大損兵，不如誘而擒之便。”
於是，派遣精通日語的王居華前往曉諭：“汝輩命在須臾；若未有犯唐罪過，分剖明白，或尚可覬一線生路！”並說明石道友已經受撫。桃煙門頗為意動，正在猶豫。次日，有倭寇率大烏船一隻、漁船兩隻前來救援，沈有容“麾率官兵奮力衝攻，戈船飆集、火器雷震”，三船立沉。桃煙門見突圍無望，就說：“有道友書來，即從。”明石道友“亦醜其類”，寫了書信交給了沈有容，桃煙門等人見了明石道友的書信，便投降了，但有部分頑固分子選擇了自殺。
沈有容擒獲六十九人，斬了其中兩名漢奸，然後分屬於諸將報功，此役未傷一名明軍。董應舉聽聞後，歎息道：“東沙之役，某生六十一矣，未見有此不傷一卒、不折半矢、不糜鬥糧、不曠時日，去如振葉、歸若係豚，捷速而完，功難而易；就使俞、戚再生，亦當首肯矣。”並在今連江縣東莒島西南隅的山崖旁親自為沈有容書寫了題名碑，原文為“萬曆強梧大荒落，地臘後挾日，宣州沈君有容獲生倭六十九名於東沙之山，不傷一卒，閩人董應舉題此。”
那些嫉妒沈有容大功的人跳了出來，認為計擒倭寇是不對的，容易引起倭人的報複，朝廷竟然認為桃煙門不過是過境商人，並未將他們當作倭寇處理。沈有容他們不僅沒有得到獎賞，反而又冒功之嫌，黃承玄竟也因此事而移鎮，沈有容於是拂衣而歸。後來，這些倭寇又行作亂，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回鄉幾個月之後的事了。
沈有容在海壇待了一小段時間後，金學曾把他調到了浯銅。浯銅此地乃“吃空額”的淵蔽，沈有容赴任後，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士氣。正因為如此，福建各個水寨巡邏兵船多有被倭寇劫掠的，隻有沈有容一軍擒倭寇十八名，斬首十二級。為了防止又有所抬頭的倭患，福建興泉道的王岵雲提議招募巡邏兵800人，商船24隻分為二哨，令沈有容統帥其中之一。沈有容得到這股生力軍後，馬上出海巡邏，直到與廣東交界的地方，與一股倭寇相遇，“斬首三十二級，奪回南澳捕盜張京兵船一隻”，立了大功。但有官員因為沈有容沒將此船物歸原主，所以陷害他說：這艘船上，那些所謂被倭寇殺的士卒，都是沈有容為了報功自己殺的，如果此罪坐實，那沈有容就不僅是革職查辦的問題了。好在金學曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因為此事的影響，沈有容前五年等於白幹了，沒能得到升遷。
朱運昌調任福建巡撫，將沈有容調往浯嶼，太守程達認為此地距崇武衛所、料羅衛所都很遠，無法相互照應，而且廈門也自有水軍，所以建議移水寨於石湖。此提議得到了時任巡海道的徐學聚的認同，膽石湖的老百姓卻不樂意，他們認為如此一來“兵害恐其無已”，太守程達隻好對老百姓說，徙鎮此地的是沈有容，老百姓這才平靜下來。因為沈有容治軍嚴整，而且他曾為民請命，請當時的稅監高寀停止了征收運糧船的稅費。福建靠海且多山，糧食產量甚少，多靠從廣東進口，糧價本來就很貴，如果再征收重稅，那麽福建的民生勢必會受到致命的影響，所以百姓們都很感激沈有容，還為他立了生祠，沈有容來帶兵，自然不會侵犯百姓的利益。
上下達成一致，改建石湖水寨得以進行，沈有容沒向政府要一分錢，用的錢全是靠賣掉舊水寨材料與往年立功得到的賞金，費時約一年，水寨得以建成。期間，沈有容還組織士卒為石湖沿海修了一段石築的長堤，有效地防止了土壤鹽堿化的加劇。水寨建成後不久，有7隻倭船橫行在浙、閩、粵沿海，沿海將士卻不能“以一矢相加遺”。這股倭寇由浙江流竄到福建萬安衛所，攻打城池，焚燒船隻，劫掠了許多民眾，並且在西寨停泊了十餘日，沈有容得到消息後，率水軍在崇武衛所嚴陣以待。倭寇不敢前來，從烏邱出澎湖列島，逃亡東蕃。
台灣自古以來就與我國大陸有著密切的聯係：三國時東吳大帝孫權就曾派將軍衛溫到過台灣；隋煬帝曾三次派人到達台灣；南宋時，已在澎湖列島駐軍；元世祖忽必烈曾兩次派人到達台灣，設置了澎湖巡檢司，管理台澎；在明朝，鄭和下西洋時到達台灣；到了明朝中後期，中國大陸人民的足跡遍布台灣南北，已經開始了開發台灣的進程。
這股倭寇到達台灣後，在大員建立了據點，四處劫掠，並向東南沿海前往台灣的商人、漁民收取“報水”，連台灣土著民也深受其害，不敢再在沿海平原打獵，隻好遷往內地山區躲避。朱運昌對此十分頭痛，“安得豪傑，為我蕩寇分憂者？”當然，隻有沈有容，因為沈有容“梟捷善戰，每臨敵先登，意氣閑暇；兩舟相隔丈許，提刀飛身過之，立斬數人，一舟披靡，而後眾將士從之。又加以沉毅多謀，料敵出奇無窮”，這樣智勇雙全的將領上哪兒去找？
沈有容得到朱運昌的密令之後，先派遣漁民郭延前往偵察，並秘密備戰，在郭延偵知這股倭寇的確切消息後，沈有容下令出征。但“時臘月，非出海候，諸將及舵師皆有難色”，沈有容將朱運昌的密令下達，但為了防止奸細告密，他隻說：“吾近往耳，聊以懼竊竊通我分地者。”擺出了一副隻是例行巡邏的姿態。
於是，沈有容統戰船24隻前往征剿，可惜天公不作美，船隊在過澎湖時遇上了颶風，船隊飄散。因為當時天色已晚，沈有容不得不冒險停泊在地勢險峻，船不得並行的丁嶼門。在這裏等候了三天，飄散的船隻才歸隊，但隻剩下了14隻船，沈有容認為倭船不過7隻，我軍是他們的一倍，破之足矣，於是又再向台灣前進。到了第二天，與倭寇相遇，“將軍率諸將士殊死戰，無不一當百；賊大敗，盡出輜重投之於海令我軍拾，而姑少緩師。我軍無一人取其秋毫，戰益力，斬馘火攻，須臾而盡。”是役，“斬級十五，而投水焚溺無算，救回漳泉漁民三百餘人”，“倭遂去東蕃，海上息肩者十年”。在明軍登陸修整的時候，台灣土著民的一個酋長大彌勒“扶老攜幼，競以壺漿、生鹿來犒王師，鹹以手加額，德我軍之掃蕩安輯之也”，並邀請沈有容去它們的寨子做客。隨行的學者陳第將一路見聞記載下來，整理成《東蕃記》，是現存最早的台灣史料。沈有容此次軍事行動是明廷在台灣顯示主權的一次重要行動，當時福建官府因決策失誤未能在台灣開府設縣，也沒有留下駐軍。
沈有容立此大功返回福建，等待他的卻是“總府方索寶，而本將又複忌功”，要沒有朱運昌在上麵給他頂著，恐怕又不免得咎，但最後的結果竟是“捷聞，文武將吏悉敘功，有容齎白金而已”，隻得了六兩賞金。這時，朱運昌卻因病去世了，沈有容十分傷心，七次具文乞歸，但新任巡撫徐學聚堅持不允，沈有容隻好繼續在福建沿海，奔馳於危濤之間。
荷蘭東印度公司成立，派韋麻郎率領一支艦隊前往中國。他們的艦隊首先停泊在大泥，本來想與暹羅國王的朝貢使團一同去中國碰碰運氣，但沒想到朝貢使團還未出發，暹羅國王卻死了。但韋麻郎卻在此地結識了李錦、潘秀、郭震三名中國奸商，也不算沒有收獲。福建政府派遣了詹獻忠等人，去讓韋麻郎歸國，但他們因為貪圖荷蘭人的錢財，竟帶了許多貨物去賣，並且沿海也有許多商人私自去做生意，荷蘭人得到了好處，通商的願望更加迫切了，所以韋麻郎又派通事林玉去賄賂稅監高宷。
林玉雖被福建官府抓獲了，但高宷已經得到了消息，就派遣了心腹周之範去見韋麻郎“說以三萬金與宷，即許貢市”，韋麻郎“贈餉甚侈”，同意了高宷的要求，並派遣通事與頭目九人要去福州與高宷詳細商談，但因為風候不對，未能成行。高宷還與他的死黨福建總兵朱文達密謀說：“市幸而成，為利不貲。第諸司佐佑，唯公圖之！”朱文達於是對福建巡撫徐學聚說：“紅夷勇鷙絕倫，戰器事事精利，合閩舟師不足攖其鋒，不如許之。”但徐學聚頭腦清醒，堅持不許，將驅逐荷蘭的事交給了參將施德政與都司沈有容。
沈有容聽說荷蘭強占澎湖，要求通市時，就說：“夷意豈在市？不過懸重賂餌我，幸而售，將鼾睡臥側，踵香山澳故事，睥睨中土爾。”力主不可通市。受命之後，沈有容認為對待荷蘭這件事“剿而得勝，徒殺無罪，不足明中國廣大；不勝，則輕罷百姓力，貽朝廷羞，不如諭之”。所以他先釋放了林玉，想要用為反間，然後架一艘小船直接去了澎湖。
沈有容見到韋麻郎後，說：“天朝體統甚肅，上有撫、按二台，中有藩、臬諸司，外有將領、郡邑百執事，綱紀相承，凡事非商定不敢以聞。若欲求互市於閩，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，獨不識此乎？”韋麻郎說：“來者俱言市成，將軍言不成，何也？”並說高宷的使者已經來了。沈有容又說：“堂堂中國，豈乏金錢巨萬萬；爾為鼠輩所誑，錢既不返、市又不成，悔之何及！”韋麻郎歎服，“從來不聞此言。”但他的一個手下卻在這時拔出戰刀來說：“中國兵船到此，想似要與我等相殺，就與相殺何如？”沈有容厲聲說道：“中國甚慣殺賊，第爾等既說為商，故爾優容；爾何言戰鬥，想是元懷作反之意。爾未睹天朝兵威耶？”荷蘭人語塞。韋麻郎一方麵答應說馬上回去，並招待沈有容留下；另一方麵將給與周之範的錢財索回，隻讓他帶給高宷玻璃器具等物，讓高宷將乞市文書帶奏，天子準許後再說三萬金的事。
但沈有容等了幾天，韋麻郎依舊沒有走的意思，沈有容假意說要離開，韋麻郎立刻趕來相留。沈有容厲聲對他說道：“郎不去，恃汝舟大與？壑可藏、力可負、鑿可沉、撞可破，而舟何可恃耶？郎不聞沈將軍破倭奴東海上，海水盡赤？吾不忍若頸之續其後，故諭而歸，汝郎不從吾言，吾去矣，郎請後勿見我，毋貽空自悔也！”林玉也在一旁幫忙勸說。在這時，施德政為配合沈有容，已在料羅衛所集結了五十艘戰船，並做好了火攻的準備。福建政府又下了嚴令：“兵民從海外入者，一錢不得著身；挾錢者治如法。”斷了荷蘭人的妄想。韋麻郎審時度勢，隻好離開了澎湖。當時荷蘭的戰艦“舟長二十餘丈、高數丈，雙底。木厚二尺有咫，外鋈金錮之。四桅，桅三接”，“左右兩檣列銃，銃大十數圍，皆銅鑄；中具鐵彈丸，重數十斤，船遇之立粉”，作戰能力十分強。
福建水師的戰船卻多是商船與漁船改造的，雖有五十艘之多，但未必穩操勝券。所以沈有容能諭退荷蘭，是十分難能可貴的。韋麻郎離開之前，特別找了畫師為沈有容畫像，並用銅銃及銃彈與一些特產贈送，以示敬仰。沈有容隻收下了銅銃及銃彈，可能已經有師夷長技的思想了。韋麻郎離開後，三位漢奸皆被斬首。沈有容回廈之後，與友人陳第登臨南普陀後山，留下了“騁望極天，徘徊竟日”的題名石刻。
然而這時，高宷竟然已經上疏為荷蘭人請求互市，聽聞韋麻郎離開這事後，頓足說：“德政乃敗吾事！”後來，此疏雖被萬曆帝駁回，但高宷已經嫉恨上了施德政與沈有容。徐學聚本想立即為沈有容表功，但因為“宷黨”朱文達等人的阻撓而未能成功，但澎湖的百姓們卻沒有忘記沈有容的大功，為其樹“沈有容諭退紅毛番韋麻郎等”的碑刻，是公認的“澎湖第一碑”。
沈有容還鄉未及一年，福建政府派遣使者十次去請沈有容複任，沈有容堅持不許，而且這次連林茂槐的麵子也沒買。福建的崔禦史卻也給他寫了信。原先沈有容在浙江時崔禦史曾經在他離任後，私下裏舉薦過他，沈有容激於知己，於是複任。但沒想到，部分將士因為沈有容先前的功勳而嫉恨他，不與他合作，沈有容十分後悔，又動了回鄉的念頭。福建巡撫王士昌將水軍參府的創建工作交給了他，先前，黃承玄創立了“專統水軍，彈壓要地，隨勢排蕩”的福建水標參軍，並讓沈有容擔任此職，王士昌更是要在原來的定海衛所建設一軍署，以便更好的防衛海疆。沈有容想到此銜是黃承玄為自己特別設置的，所以就又留了下來。
袁八老率其黨三千餘人流劫福建沿海，後又逃往廣東，王士昌將平定海盜的任務交給了沈有容，但此時福建水師已經衰落，戰船很少，無法追捕，沈有容隻好進行招撫。袁八老“幸聽命”，但這時卻有人散布圍剿的流言，沈有容隻好冒險“躬架小舟，抵其船而受降”，招撫才得以順利進行。
遼東後金國進犯加劇，於是明廷設置了山東副總兵，駐登州，統領水師，以為陸上策應。沈有容因為以往功勳，“為當世名公所知”，被任命了此職。沈陽、遼陽相繼陷落，後金占領了遼東半島及部分沿海島嶼，對明朝造成了嚴重威脅，因為遼東半島就像楔子插入海中，直逼天津於山東登萊，如後金從海上進攻，那後果不堪設想。
於是，遼東經略熊廷弼從全局出發，提出了“三方布置之策”，第二條就是“以登萊渡海為奇兵”，並推薦陶朗先為登萊巡撫，駐登州。沈有容也被提升為總兵、都督僉事，“登萊遂為重鎮”。據稱，當時登萊有水陸兵員共五萬人，馬萬餘匹，甲杖火器二百餘萬，戰船兩千餘艘。
由於遼東“經撫不和”，致使廣寧失陷，遼東的民眾紛紛逃入沿海的島嶼，日夜盼望明朝水師的救援，但此時陶朗先卻不知出於何等考慮，竟然下令：“敢渡一人者斬”。沈有容立即上書爭之，並派數十艘船前往救渡，獲濟的遼東民眾共達三萬四千餘人，後陶朗先因貪贓被視為熊廷弼的黨羽入獄，絕食而死，明廷以袁可立代之。
沈有容在登州結識了戚繼光的長子戚柞國，當時戚柞國四兄弟正在編輯《戚少保年譜耆編》，它以戚繼光的活動為主線，比較全麵、真實的記載了戚繼光的一生。但年譜完成後，戚柞國等無力將其刊行，幸而得到了沈有容的資助，才得以問世。戚柞國對此十分感激，特地在此書沈有容題的序言後加以附記記載此事：“會我大都督宣城寧海沈老公祖開府東牟，悵門客之澆漓，憐屋烏之幽獨，知不肖輩食貧有日，歎先少保功業失傳，慨捐資費，為不肖輩成此一書，以傳世世。”沈有容的一次義舉，為後人了解與研究戚繼光，提供了重要的史料。
後金國駐守在複州的副將劉興祚遣生員金應魁持一封密信交給沈有容，稱“欲反正內應，以報中國”。劉興祚本來是不滿明朝官將的欺壓才逃入建州的，但他卻因為在任上秉公審斷女真人與漢人的糾紛，得罪了一批女真高官，發現自己無法保護漢人的合法權益，於是決心脫離後金。沈有容將這一情況向登萊巡撫袁可立作了回報，袁可立接受了劉興祚的要求，並派沈有容出海接應。
劉興祚開始積極準備，決定於起事，袁可立為此向朝廷上疏道：“今二月內，總兵沈有容執有生員金應魁奴酋偽授世襲總兵駐複州劉興祚即劉愛塔密稟一紙，內稱彼欲反正內應，以報中國，因求臣免死加銜牌票。臣念遼陽以納降陷城，廣寧以判官誘敗，興祚之言未可憑信。又思因間用間，實兵家妙用。……當此時也，乘寧前駐防之眾，朝鮮助兵之初，大兵出關東下，旅順犄角夾攻，宣川擁鮮眾而應，恢複之功似有可圖者。但謀貴萬全，兵須審勢，知彼知己，能為可勝，是又當慎圖之耳”。
袁可立令兩鎮兵馬奇兵出襲，“督兵過海，乘虛搗之”，沈有容起兵“自皇城島掩襲旅順南四衛”策應於南，毛文龍“自皮島掩襲鎮江九連城”抄襲於北。“巡撫袁可立使總兵沈有容以舟師赴島上，與毛文龍連兵應之。”“命總兵沈有容於三月十三日率兵出海相機接應。去訖四月內，賊見登兵北來，毛帥之兵又交相接應，……五月登兵與島帥布置相應。”張盤率領軍隊和登萊招撫的遼民混編的隊伍一舉打下金州，乘勝收複要塞旅順、望海堡和紅嘴堡等戰略要地，使遼南數百裏土地重新收歸於明朝。
但因為叛徒王丙的出賣，劉興祚遭擒，差一點被斬首，後來由於閹黨迫害導致袁可立的離任，而使這一誘降計劃受阻，但劉愛塔一意歸降，最終還是在崇禎初年歸順明朝並戰死疆場，這是明清戰爭史上明朝誘降滿清級別最高的將領，為遼東間諜戰之著名戰例，至今為研究明清戰爭史者所稱道。
因為劉興祚的反叛，努爾哈赤將遼東半島的民眾遷往內地，這時明廷有人就建議據守遼東半島的金州，沈有容上言，“金州孤懸海外，登州、皮島俱遠隔大洋，聲援不及，不可守。”但毛文龍依然派張盤進駐金州，但不久便被後金軍擊敗，後金為了防止明軍再度前來，焚毀了金州城的城垛與角樓。
袁可立曾下令讓沈有容進軍廣鹿島，沈有容是袁可立幕下的登鎮總兵，曾在平倭和收複台灣及抗清戰爭中立下過赫赫戰功。此次東征為老將出山，正於國家危難之際，登萊巡撫袁可立十分倚重之。然登州總兵沈有容並不滿於東江總兵毛文龍依仗閹黨勢力的跋扈，二人矛盾日深。
魏忠賢當權，一批清流高官相繼遭罷，袁可立也於此時再次遭貶，袁可立去，沈大將軍無所依，決然隨去。不久，沈有容得重病，連起居都步履顛危，於是以年老乞骸骨，以67歲高齡還鄉，三年後，卒於家中，明廷念其功勳，追贈都督同知，並賜祭葬。
沈有容有八個兒子，有詳細記載的有三個：六子沈壽崇襲其職，在北京近郊被李自成部所殺；八子沈壽嶢，響應金聲號召，組織義軍抗清，兵敗被殺；四子沈壽嶽因積極支持鄭成功與張煌言抗清，被斬首。真是將門出忠烈呀，沈有容上司袁可立的兒子袁樞，也在清軍攻陷南京後拒不降清憂憤絕食而死。