第14節
案藏殺機：清代四大奇案卷宗 作者：吳蔚 投票推薦 加入書簽 留言反饋
好不容易等到酒宴結束，李毓昌還要再提查賑一事，王伸漢一擺手，笑著說：“大人路途鞍馬勞頓，此時夜色已深，有話明天再說。”立即命人將各位查賑委員送往早已經準備好的館舍。在此情形下，李毓昌也不好再說什麽，又見其他同僚均已經退席準備入客房休息，也隻好從命。
李毓昌被帶進了客房，他的三名長隨李祥、顧祥、馬連升在旁邊的廂房另有歇處。客房布置得很是華麗，實在與遭受了水災的山陽形象不符合。李毓昌心中已經對這山陽知縣王伸漢起了反感，待打開放在床正中的一個包袱，發現裏麵有三百兩白銀時，他恍然有些明白了。他立即去打開門，打算找王伸漢問個究竟，卻發現適才緊盯著自己不放的長隨包祥正站在門口。
李毓昌問道：“你是誰？”包祥道：“小的是王知縣的長隨，名叫包祥。”他雖然竭力用謙卑的口氣說話，但神態卻甚是倨傲，尤其是一雙眼睛精然有光，全然不像一個下人。李毓昌很是疑惑，又問道：“你在我門口幹什麽？”包祥道：“知縣大人派小的來看看大人對這裏的安排是否滿意。”李毓昌指著床上的白銀：“那這是……”包祥道：“一點小小的見麵禮，每位大人都有。還請李大人笑納。”又刻意加重了語氣：“其他各位大人都已經收了。”李毓昌一時氣得說不出話來，當即揚聲叫李祥等三名長隨收拾行李，連夜離開了縣衙的館舍。
這一夜，對李毓昌主仆四人來說真是個不眠之夜。他們找盡了城中的客棧，卻沒有一家店敢收留。最後還是一個好心的店家指點四人前去善緣庵投宿，這才勉強有了個落腳之處。
善緣庵的客房與衙門館舍相比，真是一個地下，一個天上，但李毓昌卻心安了許多。他雖然初入官場，但並不是不懂世故之人。山陽知縣王伸漢一上來就對前來查賑的官員大行賄賂之事，顯然是內心有鬼，賑災一事必有蹊蹺。而其他查賑委員已經接受了賄賂，與王伸漢沆瀣一氣，定會知情不舉，自然不再是同路人。他已經打定主意，明天一早就獨自帶著三名長隨下鄉查賑，要把其中的真相查個明白。此時，心事重重的李毓昌絲毫沒有留意到李祥、顧祥、馬連升三人都流露出了怨恨不滿的神色，尤其以李祥為甚。
次日，九月二十九日一大早，李毓昌向庵中僧人問明道路，徑自帶領三名長隨直奔山陽鄉下，訪貧問苦，體察民情。山陽縣下轄四十鄉，每鄉約數十村。這一查就是整整一個月，到十一月初，李毓昌在查完兩個鄉後，帶著三名長隨回到山陽縣城善緣庵處。李毓昌明顯心情不佳，總是一個人在房內長籲短歎，似乎有滿腹心事。沒過幾天，十一月初六的夜晚，他突然在善緣庵的住處懸梁自盡了。
噩耗傳到李毓昌山東老家，家人無不悲痛欲絕。尤其是李毓昌妻子林氏又是傷心又是不解，疑竇叢生：她丈夫秉性剛毅，寒窗苦讀，曾多次參加會試，這次好不容易中了進士，金榜題名，又候補了知縣，步入了老爺的行列，正是春風得意之際，怎麽會突然上吊自殺呢？然而，不解歸不解，淮安知府王轂已經以李毓昌自縊身亡定案，她一個婦道人家，又能怎樣？眼下還是先辦理丈夫的後事要緊。
當年十一月十六，李毓昌叔父李泰清受托從山東趕到山陽，準備迎李毓昌靈柩回鄉。山陽知縣王伸漢親自領著李泰清到善緣庵開棺驗屍。李毓昌靈柩被停放暗室之中，且棺底用木凳四麵墊起。據王伸漢說，這樣做是為了防止屍體腐敗。年邁的李泰清為了最後看侄子一眼，不得不踩著板凳俯視棺材，隻見李毓昌麵色慘白如紙，眉目模糊不清。李泰清一時悲從心來，實在不忍心再看。於是就此蓋棺。王伸漢還特意送給李泰清白銀一百五十兩作為路費，表示對李毓昌壯年而逝的同情。
當時正值冬季，寒風凜冽。李毓昌靈柩運抵老家山東即墨後，因天寒地凍，便暫時擱置在李氏堂屋中，預備等到春天凝土解凍後再行下葬。
嘉慶十四年（1809）二月，李毓昌妻子林氏在檢點亡夫遺物時，偶然發現一件皮馬褂上有斑斑血跡。另有一頁稟帖殘稿，稿中有“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子”等語。林氏本來就覺得丈夫死得無原無因、不明不白，這下更是疑心大起，立即找來叔父李泰清商議。李泰清檢驗皮馬褂後，確認為血衣，也開始懷疑李毓昌是被人謀害致死，決定重新開棺檢驗。打開棺材細看屍體，這才發現李毓昌的麵白是用石灰塗抹而成，口鼻間還留有些許血漬，而屍體的手足指甲、牙尖、心窩、肚臍均為青黑色，呈現出明顯的中毒跡象。古代一般用銀器來檢驗毒藥，李泰清拿了根銀簪伸入屍體口中，銀簪立即變為黑色，證明口中確實有毒。至此，李毓昌係被害身亡已經是確認無疑的事。這到底是怎麽一回事呢？
原來山陽知縣王伸漢是個臭名遠揚的大貪官，平時就愛雁過拔毛、敲骨吸髓，以魚肉百姓、搜刮民財為能事，弄得一方百姓怨聲載道。水災發生後，他不但置饑寒交迫的饑民於不顧，反倒把水災看成是借機發財的良機，一方麵虛報災民人數，冒領賑銀，另一方麵縮減實發數目，大肆克扣。這一年，山陽縣領得賑銀九萬九千兩，有二萬五千兩都被他中飽私囊落入了個人的腰包，幾乎占全部賑銀的四分之一。剛好此時，李毓昌等一行查賑委員來到山陽，王伸漢生怕吞賑之事敗露，立即挨次賄賂查賑委員。其他委員都還好說，隻有李毓昌執意不受，並立即搬離縣衙公館，改住到善緣庵，由此令王伸漢忌恨不已。
而李毓昌隨即率三名長隨赴山陽鄉下查賑，勘驗受災程度，逐戶查核人口、賑票及領取賑銀數目，並登記造冊，再與原山陽縣所報之放賑名冊逐一核對，核實有無漏賑和冒領現象。到十月底，李毓昌複查完兩鄉，已經完全掌握了山陽知縣王伸漢借放賑之機虛報戶口、克扣賑銀的實據。他將所發現的問題逐一列出條款，親自草擬呈文，準備上報負責查辦賑務的江寧布政使楊護，並揭發王伸漢貪贓枉法、趁災打劫的所作所為。
自從李毓昌搬離衙門館舍後，王伸漢一直寢食難安，他派出親信長隨包祥監視李毓昌的一舉一動。得知李毓昌將要檢舉揭發自己貪汙罪行後，王伸漢大為恐慌，急忙寫了一封書信，請李毓昌速回縣衙。
縣衙早就準備好了各種珍饈美味，王伸漢又殷勤勸酒，誘之以利，說：“你初入仕途，還不知道做官的訣竅。想想你這些天日赴茅舍，訪貧問苦，天寒地凍，如此勞累，卻隻是慕虛名而失實惠。我私下認為你不該如此。”話已經說得十分明白，旁邊也擺出了一萬兩白花花的銀子，不料李毓昌義正詞嚴地答道：“為官之道貴在清廉。我並不是不想得實惠，而是不忍心向垂斃的饑民攫取口食！你私下克扣賑銀，實非民之父母所為。我不敢自汙以欺天，不過我必會將實情呈之上台，以救生民於水火，以正朝廷之律令！”說完拂袖而去。
王伸漢見李毓昌無法收買，感到大禍即將臨頭，非常恐懼，立即召來長隨包祥商議對策。包祥原本是江洋大盜，為人心狠手辣，後因盜案事發被官府追捕甚急，賴王伸漢庇護才得以逃脫，從此投效王伸漢門下，甘為長隨。因其人遇事有謀略，深得王伸漢信任。
之前包祥暗中監視李毓昌主仆時，曾經聽到李毓昌長隨李祥暗中咒罵李毓昌，決定先去找李祥打探一下情況。打聽之下才知道，李毓昌已經將所查戶口的清冊及揭發王伸漢私吞賑銀的稟帖寫好，並準備於三天後的冬至起程，前往淮安府。
王伸漢聽到包祥轉告的情況後，更加六神無主，如坐針氈。包祥倒是非常鎮定，說：“事到如今，與其束手待斃，身敗名裂，倒不如先下手為強。先將李毓昌除掉，便可滅口，再無後患。”王伸漢聽了一震，半晌無言，但又實在想不出別的辦法，就問道：“如何除法？”包祥胸有成竹地說：“李毓昌平時管束手下甚嚴，他手下之人不能撈取半點外快，多有怨恨之聲。特別是長隨李祥，不久前曾被李毓昌當眾責罵，心中更加厭惡其主。如果大人許以重金，授以密計，足能促使李祥除掉李毓昌。這其中過程，可如此如此……”王伸漢微一思索，便命包祥依計而行。
於是包祥出麵，先是邀請李祥小酌。暢飲之時，包祥有意提到李毓昌不會為官。李祥如遇知己，大談李毓昌為人之刻薄。包祥趁機許以白銀五百兩讓李祥除掉李毓昌。起初，李祥聞言後駭然，愣了半天才說：“害人絕非兒戲，若是事發怎麽辦？”包祥笑道：“有知縣大人從中周旋，決不會連累你的。”又告知李祥自己本為巨盜，被官府捕獲，因王伸漢出麵周旋也脫了罪。利欲熏心的李祥經不住利益誘惑，當即同意。
當下，李祥叫來另外兩名長隨顧祥和馬連升，說明事由，二人也欣然同意。包祥便將如何下手行事的機宜麵授三人。
嘉慶十三年（1808）十一月初六，王伸漢下請柬邀李毓昌到縣衙赴宴，被李毓昌婉言拒絕。王伸漢便親自前往善緣庵相邀。李毓昌雖然對王伸漢十分厭惡，但礙於情麵，隻得同往。酒席間，王伸漢隻字不提查賑之事，這倒讓李毓昌鬆了一口氣，完全沒有看出對方其實是心懷鬼胎。在王伸漢的殷勤勸酒下，李毓昌被灌得酩酊大醉，自己都無法獨力行走。王伸漢於是派長隨包祥帶人送李毓昌回善緣庵。
此時已經二更天，夜色已深，善緣庵中僧人俱已就寢。包祥將李毓昌送回善緣庵時，趁機將一包砒霜塞到了李祥手中。李祥會意地點了點頭，包祥這才離開。
渾然不省人事的李毓昌被扶回臥室和衣而睡。半夜時，李毓昌酒醒口渴，便叫人上茶。李祥早已將砒霜投入茶中準備好，聞聲立即端上。李毓昌接茶後一飲而盡，不一會兒便毒性發作，腹痛難忍，顛仆狂吼，從床上滾落下來。李祥、顧祥、馬連升三人過來查看，見地上的李毓昌神色驟變，口吐鮮血，已經奄奄一息。三人急忙上前，顧祥扶住李毓昌的頭。李毓昌有氣無力地喝問道：“你要做什麽？”一旁的李祥冷笑著說：“仆等不能事君矣。”一旁的馬連升解下腰帶，緊勒住李毓昌咽喉。可憐李毓昌無論如何都沒有想到是身邊之人對自己下手，掙紮了一會兒便氣絕身亡了。三人又將李毓昌的屍體懸掛於房梁上，偽造出上吊自殺的現場。一切擺弄好後，已經是十一月初七的清晨。
初六夜，山陽知縣王伸漢和長隨包祥也都沒有入眠，在縣衙焦急地等待消息。終於到了初七清晨，李祥等三人來到縣衙報案，聲稱其主李毓昌幾日內不知何故心神不寧，已經於夜間自縊身亡。王伸漢和包祥這才如釋重負，相視而笑。
接到報案後，王伸漢帶著包祥親往善緣庵查勘。一進臥房，不先檢查屍體，而是先行搜出李毓昌箱內的紙稿銷毀，那些正是李毓昌準備向江寧布政使呈送的稟帖及戶口清冊。清理現場後，王伸漢派人將案情報知淮安知府王轂，還暗中送上了兩千兩白銀，名為修繕府第的費用。而在這之前，王伸漢為了達到克扣賑銀、中飽私囊的目的，已經向王轂打點過兩千兩。這次王轂一收到白銀，便已經猜到了李毓昌之死十之八九有蹊蹺。他帶人來現場驗屍，看到李毓昌麵色青紫、口鼻出血，明顯為中毒症狀，心中頓時明白了。他心中正琢磨如何妥善收場，剛好此時仵作李標驗完了屍，大聲喝報道：“屍口有血。”
屍口有血還能以自殺結案？王轂勃然大怒，立即下令杖責這個不識時務的仵作，並命其再驗。可憐李標已經年過七十，莫名其妙地挨了一頓打。不過他畢竟在衙門裏當了一輩子仵作，挨打後也立即會意過來，再次驗屍時，便擦去了李毓昌口邊的血跡，又用石灰塗抹呈現青紫的麵孔，以掩人耳目。最終，李標報驗結果時隱瞞了死者中毒實情，王轂這才麵露喜色，以李毓昌懸梁自盡而草草結案，並派人前往山東通知李毓昌家屬迎靈柩回故裏發喪。
案子結了，最歡喜的人莫過於李祥、顧祥、馬連升。三人喜滋滋地來衙門找包祥，索取五百兩酬金。不料包祥不但翻臉不認賬，還惡狠狠地威脅說：“你們三個圖財害主，本應治罪。若是泄露半句，定叫你們身首分家。”李祥等人這才知道遇上了更陰險毒辣的主兒，但出於畏懼，一個字也不敢多說，隻好含恨而歸。王伸漢不如包祥狠決，還是怕事情敗露，之後又安撫了李祥等三人，並將李祥推薦到淮寧縣衙當長隨，將顧祥推薦到吳縣當差，馬連升則被推薦到寶應縣內。
本來一切都已經安排得妥妥當當、天衣無縫，哪知道當初山陽知縣王伸漢到善緣庵驗屍時，忽視了一張收在李毓昌身穿的皮馬褂內的稟帖，也就是後來李毓昌遺孀林氏檢出的稿中有“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子”字樣的殘稿。而後來淮安知府王轂驗過屍以自殺結案後，李祥等人為李毓昌裝殮，將皮馬褂脫了下來，收在一邊，李毓昌叔父李泰清到來後，便作為遺物交給了李泰清。帶血的皮馬褂和稟帖殘稿後來成了開棺驗屍的有力憑證。
在山東即墨，當林氏和李泰清發現李毓昌死於被害後，悲痛難名，決意為親人申冤。剛好這個時候，另一即墨官員初彭齡回到老家探親。
初彭齡，乾隆四十五年（1780）進士，以“清介”自許，以“報稱”為心，素來以耿直敢言而聞名於朝野。就在三年前，鐵保新任兩江總督、初彭齡調任安徽巡撫之時，壽州發生了一起特大命案：武舉張大有與侄子張倫爭奪女人，投毒將張倫及一名雇工害死。因張大有家境富有，通過蘇州知府周鍔打通了兩江總督鐵保的關節，最後以張倫等被毒蛇咬傷致死定案。結果初彭齡從中發現了端倪，查出真相後，張大有伏法，鐵保也因為失察褫官銜、降二品頂戴，雖然鐵保不久又官複原職，但初彭齡不畏權貴的美名卻是傳開了。
初彭齡與李毓昌同籍，曾有師生之誼，得知李毓昌英年而逝後既感愕然，又深為惋惜。李泰清趁機將李毓昌之死的種種可疑之處告訴了初彭齡。初彭齡聽後義憤填膺，立即親寫訴狀，敦促李泰清攜訴狀到京師都察院（清代最高的監察、彈劾及建議機關）去控告。
就在李泰清及李士璜（李毓昌堂伯）要離開山東赴京告狀之際，初彭齡又派人通知李泰清，要他立即將李毓昌靈柩在堂屋中就地掘坑深埋，以防有人前來竊屍焚骨，失去最關鍵的憑證。初彭齡久經宦途，飽經世故，對官場的險惡了如明鏡。果然，就在李毓昌靈柩被深埋後的幾天，聽到風聲的王伸漢派“盜賊”前來竊屍，但已經晚了一步，李毓昌靈柩已經被深埋入窖。“盜賊”無法下手，隻好取走李氏大門前的旗杆頂子，以此為憑據回報王伸漢。
嘉慶十四年（1809）五月初，李泰清和李士璜到達北京，立即趕到位於紫禁城天安門（即明朝的承天門）前的宮廷廣場西側宮牆外的都察院具控喊冤。左都禦史特克慎接了訴狀，李泰清將事情經過告知，並將血衣、稟帖殘稿、銀簪等證物呈上。特克慎一聽說新科進士、朝廷命官李毓昌被人謀殺，顯見案情複雜，便暫時收了訴狀，沒有明確表態。
幾天後，初彭齡也到達北京。他此行的主要目的是回京述職，但也十分關心李毓昌一案。回到北京當天，初彭齡趕到都察院詢問李毓昌案情。特克慎並不知道訴狀其實就是初彭齡所寫，正想了解案情經過，認為初彭齡與李毓昌同鄉，肯定知道內情，便將訴狀交給他看。初彭齡假裝看完訴狀，說：“李毓昌是萊州府人氏，我祖籍本是登州府，並非同鄉。”他這樣說，則可以有效地避嫌。特克慎果然征詢初彭齡的處理意見。初彭齡說：“李毓昌是朝廷命官，竟然被人謀害，此案重大之極。可事關其他朝廷命官，難免棘手。不如將訴狀呈上，請皇上禦批最為妥當。”特克慎深以為然。這樣，在初彭齡的巧妙安排下，李毓昌命案被直接送到了嘉慶皇帝麵前。
前麵已經詳細講過嘉慶皇帝當時內外交困的處境，他正為吏治腐敗、朝廷官員貪風泛濫而焦頭爛額，接到都察院呈遞的李毓昌命案訴狀後，當即火冒三丈，立即下了兩道聖諭：一是命山東巡撫吉綸立即派精幹大員到即墨把李毓昌屍棺運到省城詳驗；二是命兩江總督鐵保及江蘇巡撫汪日章將山陽知縣及有關人證火速解京，由軍機大臣會同刑部直接審訊。為了防止出現類似之前鐵保徇私舞弊的情況，嘉慶皇帝在諭旨中特意強調說：“若不悉心研鞫，致凶手漏網，朕斷不容汝輩無能之督撫，唯執法重懲，決不輕恕！”
山東巡撫吉綸之前已經因為在失察倉書舞弊一案中被降二級留任，此次接旨後不敢怠慢，一麵調集精兵強將組建成驗屍團，其中包括山東布政使朱錫爵、山東按察使張彤、濟南知府徐日簪、武定知府金國寶、登州知府石俊、曆城知縣王嵩、嘉祥知縣周以勳、德州知州周履端、陽穀知縣王吉，這九名省、府、州、縣官員作為監驗官，一麵派出人馬趕到即墨調運李毓昌屍棺到省城濟南。
盡管天子親自批示要調查此案，山陽知縣王伸漢仍然在作最後的努力。當吉綸派出的人馬在即墨重新挖出李毓昌屍棺時，王伸漢的親信包祥已經趕到濟南，出重金買通了將要為李毓昌驗屍的仵作。同一時間，李泰清等人也趕回了即墨，準備參與取棺驗屍。隻是他們對仵作已經被王伸漢買通一事尚懵然不知，完全蒙在鼓中。一方麵是皇帝嚴查命案的聖旨和親人為死者申冤的決心，一方麵是凶手不肯坐以待斃的掙紮，案情由此更加複雜，真相還能大白於天下嗎？
六月十一日，在山東布政使朱錫爵、壽光縣縣丞王會圖、安丘縣縣丞楊遇春、即墨縣知縣譚文謨和李毓昌親屬李泰清、李毓奎、李毓莊等人的押護下，李毓昌屍棺到達山東省城濟南南門外校場。校場已經搭好席棚、設下案桌，做好了驗屍的準備。
六月十二日，驗屍開始。此時，李毓昌死亡已經有八個月之久，屍體早已開始腐爛，從身體表麵已經無法看出是毒殺還是上吊自殺。經過商議，監驗官決定按宋代著名法醫學家宋慈名著《洗冤錄》中的蒸骨法進行蒸骨驗屍。而這一點早已為山陽知縣王伸漢所料到，他讓買通的仵作在驗屍時暗中放入了鹹鹽。這樣，在鹽的作用下，骨頭蒸完後呈現綿白色，看上去並沒有中毒跡象。
在場監驗官無不麵麵相覷，如此大費周折，甚至驚動了皇帝，眾人都以為必然是一樁大冤案，誰料竟然還是要維持原判。幸好此時李泰清上前嚐了驗屍的蒸骨水，發現有鹹味，於是痛哭不已，要求重新蒸驗。山東布政使朱錫爵同意了，他很有心機，第二次蒸驗正要開始的時候，他突然叫停，走上去親嚐蒸骨水，發現仍然有鹹味。至此，仵作作弊一事敗露。朱錫爵大怒下，命人當場將作弊仵作杖斃。另取幹淨水蒸骨後，骨頭全黑，李毓昌中毒已經是確認無疑。
不過此時又有新的疑點出來：新蒸骨骸中龜子骨僅呈微青色，而心坎骨又全無青色，這是怎麽一回事？當場有名經驗豐富的仵作對此解釋說：“人中毒後，毒先入四肢，毒氣攻心才能斃命。死者肯定是先中毒，但毒氣還未攻心之前，他已經被勒頸而死。這樣一來，毒氣沒有到達心尖，所以心坎骨無青色。”
這樣的解釋合情合理，但又有新的問題冒了出來：那就是李毓昌中毒後，到底是自己上吊還是被他人勒死後吊上屋梁？本來，在中國曆史上，用上吊自殺來掩飾勒殺的情況非常普遍，《洗冤錄》中記載有可以通過檢驗勒痕的做法來識別，通常勒殺後再吊上屋梁會在脖子上留下兩道勒痕，還有一些其他跡象明顯區別於自己上吊。但此時李毓昌屍體已經腐爛，無法從勒痕來辨別，監驗官隻能完全靠分析推理來解決疑惑。如果是李毓昌自己上吊，那麽他的口鼻怎麽會出血？即使是口鼻出了血，一個上吊之人又怎麽會用自己的馬褂衣袖去擦血跡呢？如此推斷起來，李毓昌必然是他殺，但事實經過如何，就需要人犯的口供來證實了。
至此，山東濟南這邊的驗屍工作在曆經波折後終於結束，驗屍經過和結果被如實上奏朝廷，李毓昌屍骨也被重新裝殮運回即墨。
而另一邊李毓昌命案的案發地江蘇也早忙成一團，兩江總督鐵保和江蘇巡撫汪日章派出大批人馬緝捕涉案人犯。李毓昌長隨李祥、顧祥，淮安知府王轂，山陽知縣王伸漢及其長隨包祥、張祥、餘升，廚子錢升等先後被捕，解往京師。
李毓昌另一長隨馬連升本被王伸漢推薦到寶應縣任職，但他自從害死主人後難以自安，沒有到職便躲回了山東聊城老家。不過，他家中貧困，無以為生，後又不得不到京師謀生做長隨。李毓昌案發後，震動朝野，馬連升惶恐無助，幹脆主動到刑部投案自首。
七月初三，全部人犯都解到了京師，由刑部收監，會同軍機處嚴審。由於鐵證如山，經過多次對質後，案情已經真相大白，各案犯均低頭認罪。謀害李毓昌的元凶王伸漢也供認了吞賑在前、行賄在後及殺人滅口的全部過程。
據清人梁恭辰在《北東園筆錄初編》中記載，王伸漢本來拒不認罪，有一天熬跪倦極，便向審訊官員求一杯茶喝。審訊官員命左右端了一杯茶給他，不料他接過茶後並不喝，而是瞪著茶杯良久。也許是他想到了當初李毓昌喝毒茶的情形，這之後，王伸漢便吐實招供了。
這期間還發生過一場自殺的戲劇性場麵。淮安知府王轂深知罪責難逃，決意自殺。他將隨身帶的玻璃小鏡砸碎後，用碎片劃傷了自己的腹部和頸部。但很快被獄卒發現，救治了過來。不過當班獄卒也因為疏於防守被“交部察議，各行研鞫”。
更可笑的是，涉案人犯已經在北京認罪後，兩江總督鐵保竟然還糊裏糊塗地上奏說：“此事尚毫無端倪，容再加體訪具奏。”又說：“鋪敘鬼神之詞（指李毓昌托夢給妻子林氏一事）以為破案之來曆。”本來他跟李毓昌命案並無直接幹係，但他模棱兩可、醉生夢死的態度徹底激怒了嘉慶皇帝，決定拿此案開刀，將這位總督一並處置，以達殺一儆百之效。
嘉慶十四年（1809）七月初十，審理結果下達：謀殺李毓昌之主犯王伸漢立即處斬，並抄沒家產，其長子流放烏魯木齊；長隨包祥刑夾後斬首；李祥、顧祥、馬連升三人因謀害主人，屬於大罪，按“雇工人謀殺家長，照子孫謀殺祖父母者，皆淩遲處死”。受賄的淮安知府王轂絞立決；為李毓昌驗屍的仵作李標杖一百，流放三千裏；派往山陽的查賑委員除李毓昌、章家璘拒絕賄賂外，其餘九人均因受賄被流放，且抄沒家產；除此之外，嘉慶皇帝親諭定論處罰五名朝廷大員：兩江總督鐵保革職，流放烏魯木齊；江蘇巡撫汪日章革職回籍；江寧布政使楊護降職，留河工效力；江寧按察使胡克家革職，留河工效力；淮揚道道台葉觀潮革職留任。
而死去的李毓昌被賞加知府銜，優厚安葬。嘉慶皇帝親製《憫忠詩》五排三十韻，刻石立於李毓昌墓前。李毓昌之嗣子李希佐被賜舉人身份，允許直接參加會試。李毓昌叔父李泰清也被封為武舉。
李毓昌被帶進了客房，他的三名長隨李祥、顧祥、馬連升在旁邊的廂房另有歇處。客房布置得很是華麗，實在與遭受了水災的山陽形象不符合。李毓昌心中已經對這山陽知縣王伸漢起了反感，待打開放在床正中的一個包袱，發現裏麵有三百兩白銀時，他恍然有些明白了。他立即去打開門，打算找王伸漢問個究竟，卻發現適才緊盯著自己不放的長隨包祥正站在門口。
李毓昌問道：“你是誰？”包祥道：“小的是王知縣的長隨，名叫包祥。”他雖然竭力用謙卑的口氣說話，但神態卻甚是倨傲，尤其是一雙眼睛精然有光，全然不像一個下人。李毓昌很是疑惑，又問道：“你在我門口幹什麽？”包祥道：“知縣大人派小的來看看大人對這裏的安排是否滿意。”李毓昌指著床上的白銀：“那這是……”包祥道：“一點小小的見麵禮，每位大人都有。還請李大人笑納。”又刻意加重了語氣：“其他各位大人都已經收了。”李毓昌一時氣得說不出話來，當即揚聲叫李祥等三名長隨收拾行李，連夜離開了縣衙的館舍。
這一夜，對李毓昌主仆四人來說真是個不眠之夜。他們找盡了城中的客棧，卻沒有一家店敢收留。最後還是一個好心的店家指點四人前去善緣庵投宿，這才勉強有了個落腳之處。
善緣庵的客房與衙門館舍相比，真是一個地下，一個天上，但李毓昌卻心安了許多。他雖然初入官場，但並不是不懂世故之人。山陽知縣王伸漢一上來就對前來查賑的官員大行賄賂之事，顯然是內心有鬼，賑災一事必有蹊蹺。而其他查賑委員已經接受了賄賂，與王伸漢沆瀣一氣，定會知情不舉，自然不再是同路人。他已經打定主意，明天一早就獨自帶著三名長隨下鄉查賑，要把其中的真相查個明白。此時，心事重重的李毓昌絲毫沒有留意到李祥、顧祥、馬連升三人都流露出了怨恨不滿的神色，尤其以李祥為甚。
次日，九月二十九日一大早，李毓昌向庵中僧人問明道路，徑自帶領三名長隨直奔山陽鄉下，訪貧問苦，體察民情。山陽縣下轄四十鄉，每鄉約數十村。這一查就是整整一個月，到十一月初，李毓昌在查完兩個鄉後，帶著三名長隨回到山陽縣城善緣庵處。李毓昌明顯心情不佳，總是一個人在房內長籲短歎，似乎有滿腹心事。沒過幾天，十一月初六的夜晚，他突然在善緣庵的住處懸梁自盡了。
噩耗傳到李毓昌山東老家，家人無不悲痛欲絕。尤其是李毓昌妻子林氏又是傷心又是不解，疑竇叢生：她丈夫秉性剛毅，寒窗苦讀，曾多次參加會試，這次好不容易中了進士，金榜題名，又候補了知縣，步入了老爺的行列，正是春風得意之際，怎麽會突然上吊自殺呢？然而，不解歸不解，淮安知府王轂已經以李毓昌自縊身亡定案，她一個婦道人家，又能怎樣？眼下還是先辦理丈夫的後事要緊。
當年十一月十六，李毓昌叔父李泰清受托從山東趕到山陽，準備迎李毓昌靈柩回鄉。山陽知縣王伸漢親自領著李泰清到善緣庵開棺驗屍。李毓昌靈柩被停放暗室之中，且棺底用木凳四麵墊起。據王伸漢說，這樣做是為了防止屍體腐敗。年邁的李泰清為了最後看侄子一眼，不得不踩著板凳俯視棺材，隻見李毓昌麵色慘白如紙，眉目模糊不清。李泰清一時悲從心來，實在不忍心再看。於是就此蓋棺。王伸漢還特意送給李泰清白銀一百五十兩作為路費，表示對李毓昌壯年而逝的同情。
當時正值冬季，寒風凜冽。李毓昌靈柩運抵老家山東即墨後，因天寒地凍，便暫時擱置在李氏堂屋中，預備等到春天凝土解凍後再行下葬。
嘉慶十四年（1809）二月，李毓昌妻子林氏在檢點亡夫遺物時，偶然發現一件皮馬褂上有斑斑血跡。另有一頁稟帖殘稿，稿中有“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子”等語。林氏本來就覺得丈夫死得無原無因、不明不白，這下更是疑心大起，立即找來叔父李泰清商議。李泰清檢驗皮馬褂後，確認為血衣，也開始懷疑李毓昌是被人謀害致死，決定重新開棺檢驗。打開棺材細看屍體，這才發現李毓昌的麵白是用石灰塗抹而成，口鼻間還留有些許血漬，而屍體的手足指甲、牙尖、心窩、肚臍均為青黑色，呈現出明顯的中毒跡象。古代一般用銀器來檢驗毒藥，李泰清拿了根銀簪伸入屍體口中，銀簪立即變為黑色，證明口中確實有毒。至此，李毓昌係被害身亡已經是確認無疑的事。這到底是怎麽一回事呢？
原來山陽知縣王伸漢是個臭名遠揚的大貪官，平時就愛雁過拔毛、敲骨吸髓，以魚肉百姓、搜刮民財為能事，弄得一方百姓怨聲載道。水災發生後，他不但置饑寒交迫的饑民於不顧，反倒把水災看成是借機發財的良機，一方麵虛報災民人數，冒領賑銀，另一方麵縮減實發數目，大肆克扣。這一年，山陽縣領得賑銀九萬九千兩，有二萬五千兩都被他中飽私囊落入了個人的腰包，幾乎占全部賑銀的四分之一。剛好此時，李毓昌等一行查賑委員來到山陽，王伸漢生怕吞賑之事敗露，立即挨次賄賂查賑委員。其他委員都還好說，隻有李毓昌執意不受，並立即搬離縣衙公館，改住到善緣庵，由此令王伸漢忌恨不已。
而李毓昌隨即率三名長隨赴山陽鄉下查賑，勘驗受災程度，逐戶查核人口、賑票及領取賑銀數目，並登記造冊，再與原山陽縣所報之放賑名冊逐一核對，核實有無漏賑和冒領現象。到十月底，李毓昌複查完兩鄉，已經完全掌握了山陽知縣王伸漢借放賑之機虛報戶口、克扣賑銀的實據。他將所發現的問題逐一列出條款，親自草擬呈文，準備上報負責查辦賑務的江寧布政使楊護，並揭發王伸漢貪贓枉法、趁災打劫的所作所為。
自從李毓昌搬離衙門館舍後，王伸漢一直寢食難安，他派出親信長隨包祥監視李毓昌的一舉一動。得知李毓昌將要檢舉揭發自己貪汙罪行後，王伸漢大為恐慌，急忙寫了一封書信，請李毓昌速回縣衙。
縣衙早就準備好了各種珍饈美味，王伸漢又殷勤勸酒，誘之以利，說：“你初入仕途，還不知道做官的訣竅。想想你這些天日赴茅舍，訪貧問苦，天寒地凍，如此勞累，卻隻是慕虛名而失實惠。我私下認為你不該如此。”話已經說得十分明白，旁邊也擺出了一萬兩白花花的銀子，不料李毓昌義正詞嚴地答道：“為官之道貴在清廉。我並不是不想得實惠，而是不忍心向垂斃的饑民攫取口食！你私下克扣賑銀，實非民之父母所為。我不敢自汙以欺天，不過我必會將實情呈之上台，以救生民於水火，以正朝廷之律令！”說完拂袖而去。
王伸漢見李毓昌無法收買，感到大禍即將臨頭，非常恐懼，立即召來長隨包祥商議對策。包祥原本是江洋大盜，為人心狠手辣，後因盜案事發被官府追捕甚急，賴王伸漢庇護才得以逃脫，從此投效王伸漢門下，甘為長隨。因其人遇事有謀略，深得王伸漢信任。
之前包祥暗中監視李毓昌主仆時，曾經聽到李毓昌長隨李祥暗中咒罵李毓昌，決定先去找李祥打探一下情況。打聽之下才知道，李毓昌已經將所查戶口的清冊及揭發王伸漢私吞賑銀的稟帖寫好，並準備於三天後的冬至起程，前往淮安府。
王伸漢聽到包祥轉告的情況後，更加六神無主，如坐針氈。包祥倒是非常鎮定，說：“事到如今，與其束手待斃，身敗名裂，倒不如先下手為強。先將李毓昌除掉，便可滅口，再無後患。”王伸漢聽了一震，半晌無言，但又實在想不出別的辦法，就問道：“如何除法？”包祥胸有成竹地說：“李毓昌平時管束手下甚嚴，他手下之人不能撈取半點外快，多有怨恨之聲。特別是長隨李祥，不久前曾被李毓昌當眾責罵，心中更加厭惡其主。如果大人許以重金，授以密計，足能促使李祥除掉李毓昌。這其中過程，可如此如此……”王伸漢微一思索，便命包祥依計而行。
於是包祥出麵，先是邀請李祥小酌。暢飲之時，包祥有意提到李毓昌不會為官。李祥如遇知己，大談李毓昌為人之刻薄。包祥趁機許以白銀五百兩讓李祥除掉李毓昌。起初，李祥聞言後駭然，愣了半天才說：“害人絕非兒戲，若是事發怎麽辦？”包祥笑道：“有知縣大人從中周旋，決不會連累你的。”又告知李祥自己本為巨盜，被官府捕獲，因王伸漢出麵周旋也脫了罪。利欲熏心的李祥經不住利益誘惑，當即同意。
當下，李祥叫來另外兩名長隨顧祥和馬連升，說明事由，二人也欣然同意。包祥便將如何下手行事的機宜麵授三人。
嘉慶十三年（1808）十一月初六，王伸漢下請柬邀李毓昌到縣衙赴宴，被李毓昌婉言拒絕。王伸漢便親自前往善緣庵相邀。李毓昌雖然對王伸漢十分厭惡，但礙於情麵，隻得同往。酒席間，王伸漢隻字不提查賑之事，這倒讓李毓昌鬆了一口氣，完全沒有看出對方其實是心懷鬼胎。在王伸漢的殷勤勸酒下，李毓昌被灌得酩酊大醉，自己都無法獨力行走。王伸漢於是派長隨包祥帶人送李毓昌回善緣庵。
此時已經二更天，夜色已深，善緣庵中僧人俱已就寢。包祥將李毓昌送回善緣庵時，趁機將一包砒霜塞到了李祥手中。李祥會意地點了點頭，包祥這才離開。
渾然不省人事的李毓昌被扶回臥室和衣而睡。半夜時，李毓昌酒醒口渴，便叫人上茶。李祥早已將砒霜投入茶中準備好，聞聲立即端上。李毓昌接茶後一飲而盡，不一會兒便毒性發作，腹痛難忍，顛仆狂吼，從床上滾落下來。李祥、顧祥、馬連升三人過來查看，見地上的李毓昌神色驟變，口吐鮮血，已經奄奄一息。三人急忙上前，顧祥扶住李毓昌的頭。李毓昌有氣無力地喝問道：“你要做什麽？”一旁的李祥冷笑著說：“仆等不能事君矣。”一旁的馬連升解下腰帶，緊勒住李毓昌咽喉。可憐李毓昌無論如何都沒有想到是身邊之人對自己下手，掙紮了一會兒便氣絕身亡了。三人又將李毓昌的屍體懸掛於房梁上，偽造出上吊自殺的現場。一切擺弄好後，已經是十一月初七的清晨。
初六夜，山陽知縣王伸漢和長隨包祥也都沒有入眠，在縣衙焦急地等待消息。終於到了初七清晨，李祥等三人來到縣衙報案，聲稱其主李毓昌幾日內不知何故心神不寧，已經於夜間自縊身亡。王伸漢和包祥這才如釋重負，相視而笑。
接到報案後，王伸漢帶著包祥親往善緣庵查勘。一進臥房，不先檢查屍體，而是先行搜出李毓昌箱內的紙稿銷毀，那些正是李毓昌準備向江寧布政使呈送的稟帖及戶口清冊。清理現場後，王伸漢派人將案情報知淮安知府王轂，還暗中送上了兩千兩白銀，名為修繕府第的費用。而在這之前，王伸漢為了達到克扣賑銀、中飽私囊的目的，已經向王轂打點過兩千兩。這次王轂一收到白銀，便已經猜到了李毓昌之死十之八九有蹊蹺。他帶人來現場驗屍，看到李毓昌麵色青紫、口鼻出血，明顯為中毒症狀，心中頓時明白了。他心中正琢磨如何妥善收場，剛好此時仵作李標驗完了屍，大聲喝報道：“屍口有血。”
屍口有血還能以自殺結案？王轂勃然大怒，立即下令杖責這個不識時務的仵作，並命其再驗。可憐李標已經年過七十，莫名其妙地挨了一頓打。不過他畢竟在衙門裏當了一輩子仵作，挨打後也立即會意過來，再次驗屍時，便擦去了李毓昌口邊的血跡，又用石灰塗抹呈現青紫的麵孔，以掩人耳目。最終，李標報驗結果時隱瞞了死者中毒實情，王轂這才麵露喜色，以李毓昌懸梁自盡而草草結案，並派人前往山東通知李毓昌家屬迎靈柩回故裏發喪。
案子結了，最歡喜的人莫過於李祥、顧祥、馬連升。三人喜滋滋地來衙門找包祥，索取五百兩酬金。不料包祥不但翻臉不認賬，還惡狠狠地威脅說：“你們三個圖財害主，本應治罪。若是泄露半句，定叫你們身首分家。”李祥等人這才知道遇上了更陰險毒辣的主兒，但出於畏懼，一個字也不敢多說，隻好含恨而歸。王伸漢不如包祥狠決，還是怕事情敗露，之後又安撫了李祥等三人，並將李祥推薦到淮寧縣衙當長隨，將顧祥推薦到吳縣當差，馬連升則被推薦到寶應縣內。
本來一切都已經安排得妥妥當當、天衣無縫，哪知道當初山陽知縣王伸漢到善緣庵驗屍時，忽視了一張收在李毓昌身穿的皮馬褂內的稟帖，也就是後來李毓昌遺孀林氏檢出的稿中有“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子”字樣的殘稿。而後來淮安知府王轂驗過屍以自殺結案後，李祥等人為李毓昌裝殮，將皮馬褂脫了下來，收在一邊，李毓昌叔父李泰清到來後，便作為遺物交給了李泰清。帶血的皮馬褂和稟帖殘稿後來成了開棺驗屍的有力憑證。
在山東即墨，當林氏和李泰清發現李毓昌死於被害後，悲痛難名，決意為親人申冤。剛好這個時候，另一即墨官員初彭齡回到老家探親。
初彭齡，乾隆四十五年（1780）進士，以“清介”自許，以“報稱”為心，素來以耿直敢言而聞名於朝野。就在三年前，鐵保新任兩江總督、初彭齡調任安徽巡撫之時，壽州發生了一起特大命案：武舉張大有與侄子張倫爭奪女人，投毒將張倫及一名雇工害死。因張大有家境富有，通過蘇州知府周鍔打通了兩江總督鐵保的關節，最後以張倫等被毒蛇咬傷致死定案。結果初彭齡從中發現了端倪，查出真相後，張大有伏法，鐵保也因為失察褫官銜、降二品頂戴，雖然鐵保不久又官複原職，但初彭齡不畏權貴的美名卻是傳開了。
初彭齡與李毓昌同籍，曾有師生之誼，得知李毓昌英年而逝後既感愕然，又深為惋惜。李泰清趁機將李毓昌之死的種種可疑之處告訴了初彭齡。初彭齡聽後義憤填膺，立即親寫訴狀，敦促李泰清攜訴狀到京師都察院（清代最高的監察、彈劾及建議機關）去控告。
就在李泰清及李士璜（李毓昌堂伯）要離開山東赴京告狀之際，初彭齡又派人通知李泰清，要他立即將李毓昌靈柩在堂屋中就地掘坑深埋，以防有人前來竊屍焚骨，失去最關鍵的憑證。初彭齡久經宦途，飽經世故，對官場的險惡了如明鏡。果然，就在李毓昌靈柩被深埋後的幾天，聽到風聲的王伸漢派“盜賊”前來竊屍，但已經晚了一步，李毓昌靈柩已經被深埋入窖。“盜賊”無法下手，隻好取走李氏大門前的旗杆頂子，以此為憑據回報王伸漢。
嘉慶十四年（1809）五月初，李泰清和李士璜到達北京，立即趕到位於紫禁城天安門（即明朝的承天門）前的宮廷廣場西側宮牆外的都察院具控喊冤。左都禦史特克慎接了訴狀，李泰清將事情經過告知，並將血衣、稟帖殘稿、銀簪等證物呈上。特克慎一聽說新科進士、朝廷命官李毓昌被人謀殺，顯見案情複雜，便暫時收了訴狀，沒有明確表態。
幾天後，初彭齡也到達北京。他此行的主要目的是回京述職，但也十分關心李毓昌一案。回到北京當天，初彭齡趕到都察院詢問李毓昌案情。特克慎並不知道訴狀其實就是初彭齡所寫，正想了解案情經過，認為初彭齡與李毓昌同鄉，肯定知道內情，便將訴狀交給他看。初彭齡假裝看完訴狀，說：“李毓昌是萊州府人氏，我祖籍本是登州府，並非同鄉。”他這樣說，則可以有效地避嫌。特克慎果然征詢初彭齡的處理意見。初彭齡說：“李毓昌是朝廷命官，竟然被人謀害，此案重大之極。可事關其他朝廷命官，難免棘手。不如將訴狀呈上，請皇上禦批最為妥當。”特克慎深以為然。這樣，在初彭齡的巧妙安排下，李毓昌命案被直接送到了嘉慶皇帝麵前。
前麵已經詳細講過嘉慶皇帝當時內外交困的處境，他正為吏治腐敗、朝廷官員貪風泛濫而焦頭爛額，接到都察院呈遞的李毓昌命案訴狀後，當即火冒三丈，立即下了兩道聖諭：一是命山東巡撫吉綸立即派精幹大員到即墨把李毓昌屍棺運到省城詳驗；二是命兩江總督鐵保及江蘇巡撫汪日章將山陽知縣及有關人證火速解京，由軍機大臣會同刑部直接審訊。為了防止出現類似之前鐵保徇私舞弊的情況，嘉慶皇帝在諭旨中特意強調說：“若不悉心研鞫，致凶手漏網，朕斷不容汝輩無能之督撫，唯執法重懲，決不輕恕！”
山東巡撫吉綸之前已經因為在失察倉書舞弊一案中被降二級留任，此次接旨後不敢怠慢，一麵調集精兵強將組建成驗屍團，其中包括山東布政使朱錫爵、山東按察使張彤、濟南知府徐日簪、武定知府金國寶、登州知府石俊、曆城知縣王嵩、嘉祥知縣周以勳、德州知州周履端、陽穀知縣王吉，這九名省、府、州、縣官員作為監驗官，一麵派出人馬趕到即墨調運李毓昌屍棺到省城濟南。
盡管天子親自批示要調查此案，山陽知縣王伸漢仍然在作最後的努力。當吉綸派出的人馬在即墨重新挖出李毓昌屍棺時，王伸漢的親信包祥已經趕到濟南，出重金買通了將要為李毓昌驗屍的仵作。同一時間，李泰清等人也趕回了即墨，準備參與取棺驗屍。隻是他們對仵作已經被王伸漢買通一事尚懵然不知，完全蒙在鼓中。一方麵是皇帝嚴查命案的聖旨和親人為死者申冤的決心，一方麵是凶手不肯坐以待斃的掙紮，案情由此更加複雜，真相還能大白於天下嗎？
六月十一日，在山東布政使朱錫爵、壽光縣縣丞王會圖、安丘縣縣丞楊遇春、即墨縣知縣譚文謨和李毓昌親屬李泰清、李毓奎、李毓莊等人的押護下，李毓昌屍棺到達山東省城濟南南門外校場。校場已經搭好席棚、設下案桌，做好了驗屍的準備。
六月十二日，驗屍開始。此時，李毓昌死亡已經有八個月之久，屍體早已開始腐爛，從身體表麵已經無法看出是毒殺還是上吊自殺。經過商議，監驗官決定按宋代著名法醫學家宋慈名著《洗冤錄》中的蒸骨法進行蒸骨驗屍。而這一點早已為山陽知縣王伸漢所料到，他讓買通的仵作在驗屍時暗中放入了鹹鹽。這樣，在鹽的作用下，骨頭蒸完後呈現綿白色，看上去並沒有中毒跡象。
在場監驗官無不麵麵相覷，如此大費周折，甚至驚動了皇帝，眾人都以為必然是一樁大冤案，誰料竟然還是要維持原判。幸好此時李泰清上前嚐了驗屍的蒸骨水，發現有鹹味，於是痛哭不已，要求重新蒸驗。山東布政使朱錫爵同意了，他很有心機，第二次蒸驗正要開始的時候，他突然叫停，走上去親嚐蒸骨水，發現仍然有鹹味。至此，仵作作弊一事敗露。朱錫爵大怒下，命人當場將作弊仵作杖斃。另取幹淨水蒸骨後，骨頭全黑，李毓昌中毒已經是確認無疑。
不過此時又有新的疑點出來：新蒸骨骸中龜子骨僅呈微青色，而心坎骨又全無青色，這是怎麽一回事？當場有名經驗豐富的仵作對此解釋說：“人中毒後，毒先入四肢，毒氣攻心才能斃命。死者肯定是先中毒，但毒氣還未攻心之前，他已經被勒頸而死。這樣一來，毒氣沒有到達心尖，所以心坎骨無青色。”
這樣的解釋合情合理，但又有新的問題冒了出來：那就是李毓昌中毒後，到底是自己上吊還是被他人勒死後吊上屋梁？本來，在中國曆史上，用上吊自殺來掩飾勒殺的情況非常普遍，《洗冤錄》中記載有可以通過檢驗勒痕的做法來識別，通常勒殺後再吊上屋梁會在脖子上留下兩道勒痕，還有一些其他跡象明顯區別於自己上吊。但此時李毓昌屍體已經腐爛，無法從勒痕來辨別，監驗官隻能完全靠分析推理來解決疑惑。如果是李毓昌自己上吊，那麽他的口鼻怎麽會出血？即使是口鼻出了血，一個上吊之人又怎麽會用自己的馬褂衣袖去擦血跡呢？如此推斷起來，李毓昌必然是他殺，但事實經過如何，就需要人犯的口供來證實了。
至此，山東濟南這邊的驗屍工作在曆經波折後終於結束，驗屍經過和結果被如實上奏朝廷，李毓昌屍骨也被重新裝殮運回即墨。
而另一邊李毓昌命案的案發地江蘇也早忙成一團，兩江總督鐵保和江蘇巡撫汪日章派出大批人馬緝捕涉案人犯。李毓昌長隨李祥、顧祥，淮安知府王轂，山陽知縣王伸漢及其長隨包祥、張祥、餘升，廚子錢升等先後被捕，解往京師。
李毓昌另一長隨馬連升本被王伸漢推薦到寶應縣任職，但他自從害死主人後難以自安，沒有到職便躲回了山東聊城老家。不過，他家中貧困，無以為生，後又不得不到京師謀生做長隨。李毓昌案發後，震動朝野，馬連升惶恐無助，幹脆主動到刑部投案自首。
七月初三，全部人犯都解到了京師，由刑部收監，會同軍機處嚴審。由於鐵證如山，經過多次對質後，案情已經真相大白，各案犯均低頭認罪。謀害李毓昌的元凶王伸漢也供認了吞賑在前、行賄在後及殺人滅口的全部過程。
據清人梁恭辰在《北東園筆錄初編》中記載，王伸漢本來拒不認罪，有一天熬跪倦極，便向審訊官員求一杯茶喝。審訊官員命左右端了一杯茶給他，不料他接過茶後並不喝，而是瞪著茶杯良久。也許是他想到了當初李毓昌喝毒茶的情形，這之後，王伸漢便吐實招供了。
這期間還發生過一場自殺的戲劇性場麵。淮安知府王轂深知罪責難逃，決意自殺。他將隨身帶的玻璃小鏡砸碎後，用碎片劃傷了自己的腹部和頸部。但很快被獄卒發現，救治了過來。不過當班獄卒也因為疏於防守被“交部察議，各行研鞫”。
更可笑的是，涉案人犯已經在北京認罪後，兩江總督鐵保竟然還糊裏糊塗地上奏說：“此事尚毫無端倪，容再加體訪具奏。”又說：“鋪敘鬼神之詞（指李毓昌托夢給妻子林氏一事）以為破案之來曆。”本來他跟李毓昌命案並無直接幹係，但他模棱兩可、醉生夢死的態度徹底激怒了嘉慶皇帝，決定拿此案開刀，將這位總督一並處置，以達殺一儆百之效。
嘉慶十四年（1809）七月初十，審理結果下達：謀殺李毓昌之主犯王伸漢立即處斬，並抄沒家產，其長子流放烏魯木齊；長隨包祥刑夾後斬首；李祥、顧祥、馬連升三人因謀害主人，屬於大罪，按“雇工人謀殺家長，照子孫謀殺祖父母者，皆淩遲處死”。受賄的淮安知府王轂絞立決；為李毓昌驗屍的仵作李標杖一百，流放三千裏；派往山陽的查賑委員除李毓昌、章家璘拒絕賄賂外，其餘九人均因受賄被流放，且抄沒家產；除此之外，嘉慶皇帝親諭定論處罰五名朝廷大員：兩江總督鐵保革職，流放烏魯木齊；江蘇巡撫汪日章革職回籍；江寧布政使楊護降職，留河工效力；江寧按察使胡克家革職，留河工效力；淮揚道道台葉觀潮革職留任。
而死去的李毓昌被賞加知府銜，優厚安葬。嘉慶皇帝親製《憫忠詩》五排三十韻，刻石立於李毓昌墓前。李毓昌之嗣子李希佐被賜舉人身份，允許直接參加會試。李毓昌叔父李泰清也被封為武舉。