萬曆時期，諍諫之風進一步展，消極因素增多，並由量變到質變，正義的外表下隱藏著各種爭權奪利的算計。★
時人對此己有明確的認識。禮部尚書的於慎行說：“近世士大夫以氣節相高，不恤生死，往往視廷杖戍譴為登仙之路。一遭斥謫，意氣揚揚，目上趾高，傲視一世，正所謂意氣有加也”。這反映了諍諫的名節動機。人們看重名節勝過一切，把受廷杖、流放視為登仙之路。既使被罷免，也神氣十足。大學士許國也憤慨地說：“邇來建言成風，可要名，可躐秩，又可掩過，故人競趨之為捷徑，此風既成，莫可救止。”這反映的是諍諫的功利動機。可獲得清名，又可以升官，還可以諉過，一箭多雕。
對此萬曆也心知肚明，他斥責群臣隻會拿小道消息對他吹毛求疵，“每每歸過於上，市恩取譽。輒屢借風聞之語，訕上要直”，對於真正的問題卻視而不見，“鬻貨欺君，嗜利不軌，汝等何獨無言，好生可惡”，並一語揭穿了他們的真實目的是“每每搜揚君過，沽名遷為？”但言官們依然我行我素，萬曆也拿他們沒有辦法，麵對言官群狼式的圍攻，暴風雨式的批判漫罵，隻好采取鴕鳥政策，對類似的奏折，他說“此不過欲沽名爾，若重處之，適以成其名”，於是“卷而封之”，這就是萬曆“不批”的由來。
萬曆所謂的“風聞之語”指得是立太子的問題。這是明代曆史上繼“大禮議”之爭後又一個著名大論戰，即“國本之爭”。
明代皇位繼承製度健全，像正德這樣即無子嗣又無兄弟的情況都沒有出現繼位問題。萬曆朝怎麽會出問題呢？據說是因為萬曆不喜歡他的長子朱常洛，而想立他所寵愛的鄭貴妃之子朱常洵為太子。
萬曆不喜歡朱常洛母子，因為他們與一樁醜事聯係在一起。萬曆九年（1581年）的一天，萬曆皇帝像以往一樣來到了慈聖太後的住處慈寧宮準備向他的母後請安，不巧的是聖皇太後因事不在慈寧宮中。慈寧宮的一名年僅17歲宮女王氏向19歲的萬曆獻茶，萬曆見這位宮女端莊秀美、姿色宜人一時衝動寵幸了她。明朝崇尚儒家道德思想，講究禮義廉恥。此事時間、地點、人物、事件等方麵完全不符合儒家倫理道德，對於飽讀聖賢之書的萬曆來說，這無疑是一件失禮且令人感到羞愧的事，在他內心肯定不想讓人知道這件事。沒想到王氏十分不給麵子，竟然朱胎暗結，懷了龍種，將皇帝這點**暴露在大庭廣眾之下，令他十分難堪。
萬曆的生母慈聖皇太後一直期待著皇長孫的誕生，對於這次兔子吃窩邊草的事件不僅不見怪，還十分欣喜，1582年6月，她要求萬曆承認此事，並封宮女王氏為恭妃，萬曆本想抵賴，於是太後拿出了太監所記內起居注，他隻好承認。同年8月，被冊封升級的王恭妃不負眾望的產下了一個男嬰，萬曆卻一點也高興不起來。
相比之下，朱常洵的誕生則是真正愛情的結晶。公元1582年3月年僅14歲鄭氏被選入宮被冊封為淑嬪，在以後的兩年裏鄭氏依靠她的美貌、聰明和豐富的文學、詩詞的各方麵的良好修養征服了皇帝，不久就被封為德妃，萬曆與鄭氏的感情是真正的愛情。萬曆十四年（1586年）鄭氏為萬曆皇帝產下了他們的愛子朱常洵，萬曆大喜過望，打算晉封鄭德妃為地位僅次於皇後的皇貴妃，而對於先前已為萬曆產下長子的恭妃王氏卻沒有得到這樣的待遇。
按說皇上晉封妃子和立太子沒有什麽關係，皇上喜歡哪個老婆純屬私事。但此時宮中盛傳萬曆欲立與鄭貴妃之子朱常洵為太子，並寫有信物交鄭貴妃保存。
按照明代“立嫡、無嫡立長、兄終弟極”的繼位製度。朱常洵是沒有機會過他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇後去世，鄭貴妃可以升為皇後，這樣按照有嫡立嫡的法則，就可以名正言順地立朱常洵為太子。
國嘴們相信萬曆晉封鄭德妃是為朱常洵接班輔路搭橋。於是紛紛上疏指責皇帝專寵鄭貴妃，要求按照理論和習慣應當先晉封產下皇長子朱常洛的生母恭妃王氏為皇貴妃，也有人直接要求“冊立東宮”。對於言官的指責，萬曆十分生氣，他說冊封貴妃與立儲沒有關係，大臣不該把這兩件事聯係起來指責他（冊封貴妃，初非為東宮起見，科臣奈何訕朕）。
當時朱常洵才四歲，皇後還年輕，還有生子的可能，萬曆認為“元子嬰弱，少俟二、三年舉行。”並非毫無道理。
東林黨在萬曆末期式微後，暗中結交太子朱常洛，把希望寄托在太子身上，萬曆四十八年七月二十一日，萬曆駕崩，改朝換代給東林黨帶來了新的希望。
在萬曆病重期間，東林黨人給事中楊漣，禦史左光鬥擔心皇位繼承出問題，比太子還心急，多次催促輔方從哲入宮打聽消息，甚至要求方從哲夜宿內閣以防變故。
過了兩天，方從哲帶廷臣到皇宮問候，此時萬曆病情危重，太子在宮門外俳佪，沒有被召見。楊漣、左光鬥見此情景，擔心有變，派人傳話給太子的親信太監王安，爭取讓太子進宮侍候皇上，以防不測。太子見楊漣等人如此維護自己，非常感動。不久，萬曆去世，遺詔宣布傳位太子朱常洛。
八月一日，太子朱常洛正式即位。朱常洛繼位後，重用東林黨人，東林黨似乎又要東山再起。然而好景不長，朱常洛剛登上皇位就一病不起，一個月後去世。
朱常洛這個倒楣孩子，從小就不被父親待見，被大臣用口水托上了太子的位置上，父親偏偏又是明代在位最長的皇上，長期生活在父親的陰影裏。好不容易熬出了頭，皇帝的寶座還沒坐熱就一命嗚呼了。
他的死因，主要是因為當上皇帝以後腐化墮落得太快，他雖然貴為太子，衣食無憂，但是在萬曆的眼皮底下，必定受到很多約束，難得自由。當上皇帝以後，就無所顧忌，壓抑多年的**得到釋放，貪戀女色，縱欲過度，身體很快就搞垮了。
對於朱常洛之死，最遺憾是福王朱常洵。他一定在心裏想，早不死晚不死，當了一個月皇帝死了，要是早死一個月，皇位就是我的了。
比福王更遺憾的是李才人，如果常洛不死，自己肯定能當上皇貴妃，甚至皇後的位置也指日可待。
比李才人更遺憾的是東林黨人，辛苦經營了這麽多年，終於翻身了，本想擁抱太陽，卻迎來了流星。
歎息之餘，東林黨人對新皇帝寄予厚望，積極運作新皇帝繼位。不過他們此時還不知道，這位新皇帝將把他們淹沒在血泊中。
這位新皇帝叫朱由校，他是光宗朱常洛的長子。
光宗臨死之前兩次召開專門會議，交待後事。他指定由朱由校繼位，並封他所寵愛的李選侍為皇貴妃。
由於光宗後郭氏和朱由校的生母王氏己經去世，光宗最寵愛的李選侍是事實上的第一夫人，她是光宗在這個世界上最信任的女人，因此朱由校一直由她負責撫養，此次封她為皇貴妃，實際上是讓她幫襯年輕的朱由校，以達到製衡朝臣的目的。
李選侍原本想當皇後，對封皇貴妃很不滿，不料光宗死得太快，連皇貴妃的冊封也沒有來得及進行，李選侍心有不甘，企圖“攜皇長子自重”。
而東林黨人也正計劃“攜天子以令諸侯”。光宗屍骨未寒，東林黨人和李選侍爭奪朱由校的戰鬥就打響了。
東林黨人以快打慢。九月一日，就在光宗駕崩當天，楊漣等人強行闖入乾清宮，在光宗的遺體麵前行過禮後，要求見朱由校。此時李選侍將朱由校藏在乾清宮暖閣，光宗親信太監、與東林黨交好的王安出麵將朱由校騙出暖閣，楊漣等人一見朱由校，立刻拉著往外跑，李選侍派太監去搶回，被楊漣等斥退。
楊漣等人將朱由校帶到文華殿，舉行了冊立太子典禮（此前朱由校還沒來得及被冊立為太子）。禮畢，李選侍派人來請太子回乾清宮，閣臣劉一燝勸說朱由校住在慈慶宮，不要回乾清宮。朱由校聽從了劉一燝的意見，前往慈慶宮，眾人議定九月六日正式即皇帝位。
周嘉謨對朱由校說，殿下是社稷神人托重之身，不要隨便活動，更不要獨自去乾清宮哭喪，要去的話也要等大臣們到了再一起去。楊漣一再囑咐太監王安要保護好未來的皇上。王安等表示一定照辦。
朱由校雖然脫離了李選侍，可是乾清宮是皇上居住的地方，要當皇帝就必須回乾清宮。東林黨人必須再下一城，將李選侍趕出乾清宮。
第二天，東林黨人左光鬥、周嘉謨上疏要求李選侍搬出乾清宮。左光鬥的奏疏寫得很難聽，他說，乾清宮是皇帝和皇後居住的地方。選侍即不是嫡母又不是生母，沒有資格居住在乾清宮，不要借撫養之名，幹預朝政，使武後之禍，再現於今，如果那樣的話，將來後果會非常悲慘。
左光鬥將李選侍比作武則天，有兩層含義。一是武則天篡位；二是武則天**。武則天本是唐太宗的宮人，太宗死後卻成了其兒子高宗的皇後，左光鬥以此影射李選侍與朱由校同住乾清宮可能會**。
李選侍看後非常生氣，幾次派人傳詔左光鬥，左光鬥卻不聽命，他說，我是朝庭命官，天子才有權利召見我，你有什麽權利召見我。
李選侍更怒，派人請朱由校來乾清宮商議對策。當時朱由校己經十六歲了，基本成年，他需要獨立，不希望李選侍管著自己。更重要的是，李選侍曾欺淩過朱由校的生母王氏，至使王氏於萬曆四十七年含憤死去。因此他站在大臣一邊，不肯去乾清宮，反而要求李選侍擇日搬家。
朱常洛在臨死之前，擔心朱由校駕馭不了局麵，有抬高李選侍，讓她撫養並輔助朱由校處理政務的囑咐。但同時他又擔心李選侍專權而沒有給予她皇後的名份。這樣就留下了大片的模糊地帶。李選侍名不正言不順，勢單力薄，一旦臣下抗命，將很難應付，而她手中唯一的“王牌”朱由校又嫌她多餘，不與她一世。她除了接受現實，別無選擇。九月五日，李選侍被迫搬出乾清宮，住進了宮女養老所居住的鸞宮。九月六日，朱由校正式即位。
東林黨人在兩代帝王即位過程中的突出表現，得到了天啟的賞識，左光鬥、劉一燝、周嘉謨等人受到重用，楊漣因在移宮案中表現過於搶眼，其動機和目的遭人質疑，被彈劾下台，但沒過多久又重新啟用。
一批被萬曆處理過的東林黨人如鄒元標、**星、高攀龍、王之寀、喬允升、葉向高等也紛紛還朝，擔任要職。顧憲成己於萬曆四十三年死去，不然也應重列朝堂。天啟初年，東林黨人布列滿朝，分據內閣、吏部、都察院及六科、十三道各部門，一時勢力大熾。
東林黨當權以後，對非東林黨人進行了報複，以梃擊、紅丸、移宮三案（詳細內容見後）為議題，排擠驅逐非東林黨人。
非東林黨人也不是省油的燈，他們紛紛投靠天啟的親信太監魏忠賢，結成所謂閹黨與東林黨對抗，很快扭轉了被動挨打的局麵。東林黨人又把矛頭指向魏忠賢，魏忠賢得到天啟的支持，形勢急轉直下，東林黨最終被打入深淵。
魏忠賢，河北肅寧縣人，原名李進忠，本己娶妻生子，萬曆十七年（1589年），因欠賭資被人追債，不得己將老婆改嫁他人，自行閹割當了太監。魏忠賢目不識丁，但為人機靈，有謀略。他判斷皇長孫朱由校遲早會即位，於是竭盡全力接想近這位未來的皇位繼承人。
朱由校的奶媽客氏，18歲入宮，第二年丈夫去世，成了寡婦，後來她耐不住寂寞和太監魏朝搞得火熱。魏忠賢通過巴結魏朝，結識了客氏，並由她引薦當上了朱由校的母親王才人的典膳，進入了朱由校的生活圈子。
沒想到魏忠賢這小子不厚道，不久就過河拆橋，當起了第三者，與魏朝爭起了客氏。由於魏忠賢屬於成人後才去勢，娶過妻生過子，比起從小就閹割的一般太監更象個男人，憑著這個生理優勢，魏忠賢贏得了客氏的歡心，戰勝了魏朝。
朱由校從小由客氏帶大，因此對她感情極深，長大以後也離不開她。所以，當上皇帝後不到一個月就封客氏為“奉聖夫人”，在事實上取代了李選侍在後宮的位置。在客氏的幫助下，魏忠賢也從惜薪司太監的崗位上被提拔為司禮監秉筆太監。
魏朝看到朱由校繼位後客氏奇貨可居，就想重新奪回客氏。一天晚上，兩人酒後爭搶客氏，叫罵聲被天啟聽見。天啟知道客氏心向魏忠賢，就責備了魏朝。不久魏朝被往鳳陽，魏忠賢派人將其縊殺。
王安是光宗的親信太監，天啟繼位時也出過力，深得天啟信任。隨著客、魏地位的上升，與王安形成了競爭，雙方矛盾尖銳。
從某種角度上說，太監也是臣，是內臣。宮中太監對權力的爭奪，比朝臣還要激烈。由於明代外廷大員常與宮中太監勾結，互相影響，朝中宮內各種矛盾交織在一起，十分複雜。
天啟元年四月，天啟帝大婚。東林黨人、閣臣劉一燝上言“請”客氏出皇宮，未果。此事很難說沒有王安的影子，從此，東林黨與魏忠賢結下了梁子。
七月，給事中霍維華聽說王安和魏忠賢勢如水火，為巴結魏忠賢，上疏彈劾王安。魏忠賢矯詔允告，將王安“降作淨軍，去南海子，看守牆鋪”。魏忠賢又借刀殺人，派王安的死對頭，太監劉朝任南海提督。劉朝到任後立刻對王安下手，他先是停了王安的夥食，想把他餓死，可是王安生存能力很強，到處挖野菜充饑，三天還沒餓死。劉朝等得不耐煩了，命人將其縊殺。
年底，閣臣劉一燝、吏部尚書鄭嘉謨利用職權報複霍維華，將其降調陝西僉事。
霍維華同黨，給事中孫傑彈劾一燝、嘉謨。認為霍維華沒有過失，一燝、嘉謨此舉是為了給王安報仇，是徇私枉法。在魏忠賢運作下，二人被免。
雙方你來我往，互不相讓，萬曆末期的黨爭局麵又死灰複燃，重新熾熱起來。
從天啟三年（1623年）起，東林黨人與其他派係矛盾激化，這年初，東林領袖**星新任左都禦史，他利用六年一次的京察算舊帳，許多過去反對過東林集團的人被罷黜。同年晚些時候，**星出任吏部尚書，他到任後立即開始從全國特別是從北京的政府中根除他和他朋友的對手。
東林黨的活動升級，引起了天啟的注意，這年，他任命魏忠賢兼掌東廠，就有整治結黨的用意。
天啟四年春，魏忠賢將東林黨人內閣中書汪文言下獄，開始對東林黨下手。魏忠賢為什麽會拿無名小卒汪文言開刀呢，因為汪文言實在是一個很不簡單的人物。
萬曆末年，就在東林黨日暮西山的時候，有一顆新星冉冉升起，挽東林於危亡，這個人就是汪文言。
汪文言，安徽歙縣人，是繼顧憲成、李三才之後，東林黨又一個著名的活動家。此人既非官員，也無功名，但為人講義氣，有智謀，善權變。
汪文言曾在縣衙裏當差，從事過獄訟相關工作，收點錢，打通關節，撈個人這樣的事自然少了不，因此在工作中培養了很強的“活動”能力。一次偶然的機會，他結識了閑居在鄉的東林黨官員於玉立。於玉立很欣賞他，派他到京城活動，為了方便他開展工作，於玉立還花錢替他捐了一個監生的資格，讓他進了國子監。
國子監這個舞台使汪文言如魚得水，他的活動能力得到揮，很快就和大量官員建立了密切關係，史書記載他“遊諸賢豪間，恂恂若無所為者。躡足孱語，時見端緒”，汪文言躡手躡腳的樣子與水滸傳中的時遷有幾分相似，因此他在《東林點將錄》中被稱為鼓上蚤汪文言。
汪文言最重要的一項活動成果，是與光宗的近侍、東宮伴讀太監王安深相結納，溝通了東林黨和太子聯係的渠道，從而獲得太子的支持。萬曆病危時，東林黨人跳得很高，積極為太子順利接班保駕護航，之所以如此有恃無恐，根源在此，這個成果也為東林黨後來的翻盤奠定了基礎。
汪文言對東林黨的另外一個重要貢獻是分化了東林黨的對手。萬曆末年，東林黨人像是過街老鼠，處於人人喊打的境地，日子很難過。汪文言認真分析了形勢，認為東林黨人敗退後，其他黨派會因分贓不均產生矛盾，隻要利用他們之間的矛盾，設計用間，就不難把他們搞垮。於是他在各黨之間奔走，設疑布謠，大搞離間活動，加劇了浙、齊、楚、昆、宣各黨的分裂和內鬥，從而削弱了非東林黨人的力量，減輕了東林黨的壓力。
正因為如此，浙、齊、楚、宣各黨對其狠之入骨，欲除之而後快。王安被殺後，順天府府丞邵輔忠，立即彈劾汪文言，剝奪了他的監生資格。汪文言剛剛離開京城，又被禦史梁夢環彈劾，被捕下獄，受盡牢獄之苦，後經東林黨組織營救出獄。獲釋後，汪文言並沒有收斂，活動更加頻繁，經常門庭若市。
泰昌、天啟年間，東林黨勢力大熾，在外廷倚仗劉一燝，在內宮靠王安撐腰，汪文言從中交通聯絡，後來大學士葉向高破格任用汪文言為內閣中書，相當於內閣的辦公室主任。
汪文言雖然官小，但他傑出的活動能力使他成為東林黨實際上的組織者和靈魂人物。
汪文言的活動早己引起了魏忠賢的注意，魏忠賢磨刀豁豁向文言，苦於找不到借口，無法下手。
天啟四年四月，東林黨人阮大铖與左光鬥、魏大中因人事問題產生矛盾，轉投魏忠賢集團，他唆使依附閹黨的給事中傅櫆上書彈劾左光鬥、魏大中，說他們與汪文言暗中勾結，專搞陰謀詭計。
魏忠賢見疏大喜，立即草詔一道，經天啟批準後迅下，將汪文言逮捕，關進詔獄。他們希望從汪文言身上打開突破口，以便將東林黨人一網打盡。
東林黨人急忙止血，魏大中、左光鬥上疏力駁，輔葉向高也挺身堵槍眼，他上疏說，汪文言是我任用在內閣辦事的，他的錯責任在我，請皇上懲罰我一個人就行了，不要牽扯其它人，“以消縉紳之禍”。
葉向高以辭職相威脅，把所有責任扛在自己身上，不惜犧牲自己來保護組織，魏忠賢無可奈何，隻好作罷。在東林黨人禦史黃尊素的活動下，汪文言被從輕落，僅以“梃杖褫職”了事。
魏忠賢出手打擊汪文言對東林黨人震動很大。盡管東林黨人與魏忠賢集團長期齟齬，但這些鬥爭都是針對個別人，涉及到的人物也都無關緊要，這次魏忠賢對汪核心舞劍，意在整個東林，與以往有本質的區別，東林黨人對此深感不安。
天啟四年（1624年）上半年，汪文言事件後不久，東林黨人在北京召開秘密會議，討論魏忠賢的問題。
東林黨內部就是否與魏忠賢攤牌意見不一，相當一部分人忌憚魏忠賢的權勢，擔心打狗不成反被狗咬，不讚成對魏忠賢起攻擊。
左副都禦史楊漣為人激進，又曾在天啟即位時有逼宮壯舉，有恃無恐，他力排眾議，主張向魏忠賢開戰。
六月一日，楊漣上疏攻擊魏忠賢，彈劾魏忠賢二十四大罪，包括擅權、迫害忠臣、幹預人事任免、謀殺宮中異己、強迫皇後墮胎、絕帝〔天啟皇帝〕嗣子等。
楊漣奏章直斥天啟與魏忠賢、客氏的三角關係，指出魏忠賢權大震主，人們怕禍不敢反映意見，魏忠賢偶爾“奸狀敗露”，又有客氏“為之彌縫”。批評皇上政務過於依賴魏忠賢，造成大量無恥朝臣對魏忠賢“攀附枝葉，依托門牆，更相表裏，迭為呼應”，以至於人人“但知有忠賢，不知有陛下”，楊漣還使出了激將法，質問皇上正值“春秋鼎盛”之年，“生殺予奪，豈不可以自主？”
最後，楊漣提出了自己的要求，請皇上將魏忠賢交刑部議處，“以正國法”，並將奉聖夫人客氏驅逐出宮。
奏疏一出，京師為之震動。此後東林黨人炮火源源不斷，揭魏忠賢罪狀的奏疏雪片一樣送進宮中。
盡管楊漣等人的火力很猛，可他注定是要失敗的，因為結黨本身是有問題的，任何一個帝王都不會允許，對東林黨的處罰，是天啟本人的意思，魏忠賢雖然起到了參謀助手作用，並具體負責執行，但最終決策權還是牢牢掌握在天啟手中，魏忠賢不過是皇帝的一隻狗而己，皇上讓他咬誰，他就咬誰。
毫無懸念，楊漣受到天啟“嚴旨切責”，天啟批評他的動機是“屏逐左右，使朕孤立”，以便控製皇上。在天啟的支持下，魏忠賢對上疏的東林黨人進行大規模的反擊。
工部官員萬燝，曾任職皇陵工程，他控告魏忠賢不肯拿出內官監的舊銅器建築光宗的陵墓，而在香山碧雲寺為自己建造的墳墓卻很宏大，跟皇陵不多。
萬燝的立論奇特，而且上疏時間在皇帝屢次“嚴旨切責”之後，屬於頂風作案。
被朝臣彈劾搞得焦頭爛額的魏忠賢正無處出氣，決定殺雞駭猴，拿萬燝立威，於是萬燝被罰午門前杖一百，罷斥為民。
六月十七日，一幫內侍闖入萬燝家，將萬燝抓往午門。
從萬燝家到午門有三四裏路，魏忠賢公報私仇，讓內侍們先上點小菜，一路上對萬燝拳打腳踢棍毆，把萬燝打了個半死。到午門後，開始上大餐，內侍們趁熱打鐵，行梃杖時格外賣力，將萬燝打得死去活來，萬燝身受重傷，不久死去。
此後，對東林黨的打擊不斷擴大，由點到線，由線到麵，一批東林黨人受到處理。
七月，葉向高被逼去職。
十月，**星、高攀龍、魏大中因人事問題被罷黜。
同月，因吏部尚書趙星南的繼任人選問題將楊漣、左光鬥、陳於廷削籍（永不錄用）。
十一逐斥接替葉向高的輔韓爌
十二月逐斥接替韓爌的輔朱國楨，輔之位落入魏忠賢集團的顧秉謙手中。
天啟五年（1625年），打擊東林黨的行動掀起**，許多反對東林黨的人與魏忠賢結合在一起，展開了對東林黨的大圍剿。為了明確打擊目標，東林黨的反對者們製定了黑名單，獻給魏忠賢，以便定點清除。
魏廣微和顧秉謙搞了一本《縉紳便覽》，其中將葉向高、**星、高攀龍、楊漣、左光鬥等一百餘人列為邪黨，將賈繼春、霍維華、徐大化等六十多名反對過東林黨的人列為正人。
崔呈秀搞了兩本：一本是《同誌錄》，收錄東林黨人名單。一本是《天鑒錄》，收錄東林黨反對者名單。
最精彩的要數王紹徽編的《點將錄》，王紹徽是老牌東林黨反對者，從萬曆三十七年就和第一代東林黨人掐過架。他編的《點將錄》將東林黨一百零八人按其特征分別對應《水滸傳》中的一百零八將，十分傳神。
大批東林黨人被揭出來，成了禿子頭上的虱子，無處躲藏，魏忠賢集團按圖索驥，定點清除，東林黨的勢力跌到了低穀。
在打擊東林黨的同時，魏忠賢起用非東林黨人填補東林黨人留下的空缺，一批曾經被東林黨人打擊過的官員紛紛官複原職，為了防止東林黨人阻撓，此時的人事任免一般都是通過皇帝中旨的方式下達，而不是通過傳統的由內閣票擬的手續。
時人對此己有明確的認識。禮部尚書的於慎行說：“近世士大夫以氣節相高，不恤生死，往往視廷杖戍譴為登仙之路。一遭斥謫，意氣揚揚，目上趾高，傲視一世，正所謂意氣有加也”。這反映了諍諫的名節動機。人們看重名節勝過一切，把受廷杖、流放視為登仙之路。既使被罷免，也神氣十足。大學士許國也憤慨地說：“邇來建言成風，可要名，可躐秩，又可掩過，故人競趨之為捷徑，此風既成，莫可救止。”這反映的是諍諫的功利動機。可獲得清名，又可以升官，還可以諉過，一箭多雕。
對此萬曆也心知肚明，他斥責群臣隻會拿小道消息對他吹毛求疵，“每每歸過於上，市恩取譽。輒屢借風聞之語，訕上要直”，對於真正的問題卻視而不見，“鬻貨欺君，嗜利不軌，汝等何獨無言，好生可惡”，並一語揭穿了他們的真實目的是“每每搜揚君過，沽名遷為？”但言官們依然我行我素，萬曆也拿他們沒有辦法，麵對言官群狼式的圍攻，暴風雨式的批判漫罵，隻好采取鴕鳥政策，對類似的奏折，他說“此不過欲沽名爾，若重處之，適以成其名”，於是“卷而封之”，這就是萬曆“不批”的由來。
萬曆所謂的“風聞之語”指得是立太子的問題。這是明代曆史上繼“大禮議”之爭後又一個著名大論戰，即“國本之爭”。
明代皇位繼承製度健全，像正德這樣即無子嗣又無兄弟的情況都沒有出現繼位問題。萬曆朝怎麽會出問題呢？據說是因為萬曆不喜歡他的長子朱常洛，而想立他所寵愛的鄭貴妃之子朱常洵為太子。
萬曆不喜歡朱常洛母子，因為他們與一樁醜事聯係在一起。萬曆九年（1581年）的一天，萬曆皇帝像以往一樣來到了慈聖太後的住處慈寧宮準備向他的母後請安，不巧的是聖皇太後因事不在慈寧宮中。慈寧宮的一名年僅17歲宮女王氏向19歲的萬曆獻茶，萬曆見這位宮女端莊秀美、姿色宜人一時衝動寵幸了她。明朝崇尚儒家道德思想，講究禮義廉恥。此事時間、地點、人物、事件等方麵完全不符合儒家倫理道德，對於飽讀聖賢之書的萬曆來說，這無疑是一件失禮且令人感到羞愧的事，在他內心肯定不想讓人知道這件事。沒想到王氏十分不給麵子，竟然朱胎暗結，懷了龍種，將皇帝這點**暴露在大庭廣眾之下，令他十分難堪。
萬曆的生母慈聖皇太後一直期待著皇長孫的誕生，對於這次兔子吃窩邊草的事件不僅不見怪，還十分欣喜，1582年6月，她要求萬曆承認此事，並封宮女王氏為恭妃，萬曆本想抵賴，於是太後拿出了太監所記內起居注，他隻好承認。同年8月，被冊封升級的王恭妃不負眾望的產下了一個男嬰，萬曆卻一點也高興不起來。
相比之下，朱常洵的誕生則是真正愛情的結晶。公元1582年3月年僅14歲鄭氏被選入宮被冊封為淑嬪，在以後的兩年裏鄭氏依靠她的美貌、聰明和豐富的文學、詩詞的各方麵的良好修養征服了皇帝，不久就被封為德妃，萬曆與鄭氏的感情是真正的愛情。萬曆十四年（1586年）鄭氏為萬曆皇帝產下了他們的愛子朱常洵，萬曆大喜過望，打算晉封鄭德妃為地位僅次於皇後的皇貴妃，而對於先前已為萬曆產下長子的恭妃王氏卻沒有得到這樣的待遇。
按說皇上晉封妃子和立太子沒有什麽關係，皇上喜歡哪個老婆純屬私事。但此時宮中盛傳萬曆欲立與鄭貴妃之子朱常洵為太子，並寫有信物交鄭貴妃保存。
按照明代“立嫡、無嫡立長、兄終弟極”的繼位製度。朱常洵是沒有機會過他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇後去世，鄭貴妃可以升為皇後，這樣按照有嫡立嫡的法則，就可以名正言順地立朱常洵為太子。
國嘴們相信萬曆晉封鄭德妃是為朱常洵接班輔路搭橋。於是紛紛上疏指責皇帝專寵鄭貴妃，要求按照理論和習慣應當先晉封產下皇長子朱常洛的生母恭妃王氏為皇貴妃，也有人直接要求“冊立東宮”。對於言官的指責，萬曆十分生氣，他說冊封貴妃與立儲沒有關係，大臣不該把這兩件事聯係起來指責他（冊封貴妃，初非為東宮起見，科臣奈何訕朕）。
當時朱常洵才四歲，皇後還年輕，還有生子的可能，萬曆認為“元子嬰弱，少俟二、三年舉行。”並非毫無道理。
東林黨在萬曆末期式微後，暗中結交太子朱常洛，把希望寄托在太子身上，萬曆四十八年七月二十一日，萬曆駕崩，改朝換代給東林黨帶來了新的希望。
在萬曆病重期間，東林黨人給事中楊漣，禦史左光鬥擔心皇位繼承出問題，比太子還心急，多次催促輔方從哲入宮打聽消息，甚至要求方從哲夜宿內閣以防變故。
過了兩天，方從哲帶廷臣到皇宮問候，此時萬曆病情危重，太子在宮門外俳佪，沒有被召見。楊漣、左光鬥見此情景，擔心有變，派人傳話給太子的親信太監王安，爭取讓太子進宮侍候皇上，以防不測。太子見楊漣等人如此維護自己，非常感動。不久，萬曆去世，遺詔宣布傳位太子朱常洛。
八月一日，太子朱常洛正式即位。朱常洛繼位後，重用東林黨人，東林黨似乎又要東山再起。然而好景不長，朱常洛剛登上皇位就一病不起，一個月後去世。
朱常洛這個倒楣孩子，從小就不被父親待見，被大臣用口水托上了太子的位置上，父親偏偏又是明代在位最長的皇上，長期生活在父親的陰影裏。好不容易熬出了頭，皇帝的寶座還沒坐熱就一命嗚呼了。
他的死因，主要是因為當上皇帝以後腐化墮落得太快，他雖然貴為太子，衣食無憂，但是在萬曆的眼皮底下，必定受到很多約束，難得自由。當上皇帝以後，就無所顧忌，壓抑多年的**得到釋放，貪戀女色，縱欲過度，身體很快就搞垮了。
對於朱常洛之死，最遺憾是福王朱常洵。他一定在心裏想，早不死晚不死，當了一個月皇帝死了，要是早死一個月，皇位就是我的了。
比福王更遺憾的是李才人，如果常洛不死，自己肯定能當上皇貴妃，甚至皇後的位置也指日可待。
比李才人更遺憾的是東林黨人，辛苦經營了這麽多年，終於翻身了，本想擁抱太陽，卻迎來了流星。
歎息之餘，東林黨人對新皇帝寄予厚望，積極運作新皇帝繼位。不過他們此時還不知道，這位新皇帝將把他們淹沒在血泊中。
這位新皇帝叫朱由校，他是光宗朱常洛的長子。
光宗臨死之前兩次召開專門會議，交待後事。他指定由朱由校繼位，並封他所寵愛的李選侍為皇貴妃。
由於光宗後郭氏和朱由校的生母王氏己經去世，光宗最寵愛的李選侍是事實上的第一夫人，她是光宗在這個世界上最信任的女人，因此朱由校一直由她負責撫養，此次封她為皇貴妃，實際上是讓她幫襯年輕的朱由校，以達到製衡朝臣的目的。
李選侍原本想當皇後，對封皇貴妃很不滿，不料光宗死得太快，連皇貴妃的冊封也沒有來得及進行，李選侍心有不甘，企圖“攜皇長子自重”。
而東林黨人也正計劃“攜天子以令諸侯”。光宗屍骨未寒，東林黨人和李選侍爭奪朱由校的戰鬥就打響了。
東林黨人以快打慢。九月一日，就在光宗駕崩當天，楊漣等人強行闖入乾清宮，在光宗的遺體麵前行過禮後，要求見朱由校。此時李選侍將朱由校藏在乾清宮暖閣，光宗親信太監、與東林黨交好的王安出麵將朱由校騙出暖閣，楊漣等人一見朱由校，立刻拉著往外跑，李選侍派太監去搶回，被楊漣等斥退。
楊漣等人將朱由校帶到文華殿，舉行了冊立太子典禮（此前朱由校還沒來得及被冊立為太子）。禮畢，李選侍派人來請太子回乾清宮，閣臣劉一燝勸說朱由校住在慈慶宮，不要回乾清宮。朱由校聽從了劉一燝的意見，前往慈慶宮，眾人議定九月六日正式即皇帝位。
周嘉謨對朱由校說，殿下是社稷神人托重之身，不要隨便活動，更不要獨自去乾清宮哭喪，要去的話也要等大臣們到了再一起去。楊漣一再囑咐太監王安要保護好未來的皇上。王安等表示一定照辦。
朱由校雖然脫離了李選侍，可是乾清宮是皇上居住的地方，要當皇帝就必須回乾清宮。東林黨人必須再下一城，將李選侍趕出乾清宮。
第二天，東林黨人左光鬥、周嘉謨上疏要求李選侍搬出乾清宮。左光鬥的奏疏寫得很難聽，他說，乾清宮是皇帝和皇後居住的地方。選侍即不是嫡母又不是生母，沒有資格居住在乾清宮，不要借撫養之名，幹預朝政，使武後之禍，再現於今，如果那樣的話，將來後果會非常悲慘。
左光鬥將李選侍比作武則天，有兩層含義。一是武則天篡位；二是武則天**。武則天本是唐太宗的宮人，太宗死後卻成了其兒子高宗的皇後，左光鬥以此影射李選侍與朱由校同住乾清宮可能會**。
李選侍看後非常生氣，幾次派人傳詔左光鬥，左光鬥卻不聽命，他說，我是朝庭命官，天子才有權利召見我，你有什麽權利召見我。
李選侍更怒，派人請朱由校來乾清宮商議對策。當時朱由校己經十六歲了，基本成年，他需要獨立，不希望李選侍管著自己。更重要的是，李選侍曾欺淩過朱由校的生母王氏，至使王氏於萬曆四十七年含憤死去。因此他站在大臣一邊，不肯去乾清宮，反而要求李選侍擇日搬家。
朱常洛在臨死之前，擔心朱由校駕馭不了局麵，有抬高李選侍，讓她撫養並輔助朱由校處理政務的囑咐。但同時他又擔心李選侍專權而沒有給予她皇後的名份。這樣就留下了大片的模糊地帶。李選侍名不正言不順，勢單力薄，一旦臣下抗命，將很難應付，而她手中唯一的“王牌”朱由校又嫌她多餘，不與她一世。她除了接受現實，別無選擇。九月五日，李選侍被迫搬出乾清宮，住進了宮女養老所居住的鸞宮。九月六日，朱由校正式即位。
東林黨人在兩代帝王即位過程中的突出表現，得到了天啟的賞識，左光鬥、劉一燝、周嘉謨等人受到重用，楊漣因在移宮案中表現過於搶眼，其動機和目的遭人質疑，被彈劾下台，但沒過多久又重新啟用。
一批被萬曆處理過的東林黨人如鄒元標、**星、高攀龍、王之寀、喬允升、葉向高等也紛紛還朝，擔任要職。顧憲成己於萬曆四十三年死去，不然也應重列朝堂。天啟初年，東林黨人布列滿朝，分據內閣、吏部、都察院及六科、十三道各部門，一時勢力大熾。
東林黨當權以後，對非東林黨人進行了報複，以梃擊、紅丸、移宮三案（詳細內容見後）為議題，排擠驅逐非東林黨人。
非東林黨人也不是省油的燈，他們紛紛投靠天啟的親信太監魏忠賢，結成所謂閹黨與東林黨對抗，很快扭轉了被動挨打的局麵。東林黨人又把矛頭指向魏忠賢，魏忠賢得到天啟的支持，形勢急轉直下，東林黨最終被打入深淵。
魏忠賢，河北肅寧縣人，原名李進忠，本己娶妻生子，萬曆十七年（1589年），因欠賭資被人追債，不得己將老婆改嫁他人，自行閹割當了太監。魏忠賢目不識丁，但為人機靈，有謀略。他判斷皇長孫朱由校遲早會即位，於是竭盡全力接想近這位未來的皇位繼承人。
朱由校的奶媽客氏，18歲入宮，第二年丈夫去世，成了寡婦，後來她耐不住寂寞和太監魏朝搞得火熱。魏忠賢通過巴結魏朝，結識了客氏，並由她引薦當上了朱由校的母親王才人的典膳，進入了朱由校的生活圈子。
沒想到魏忠賢這小子不厚道，不久就過河拆橋，當起了第三者，與魏朝爭起了客氏。由於魏忠賢屬於成人後才去勢，娶過妻生過子，比起從小就閹割的一般太監更象個男人，憑著這個生理優勢，魏忠賢贏得了客氏的歡心，戰勝了魏朝。
朱由校從小由客氏帶大，因此對她感情極深，長大以後也離不開她。所以，當上皇帝後不到一個月就封客氏為“奉聖夫人”，在事實上取代了李選侍在後宮的位置。在客氏的幫助下，魏忠賢也從惜薪司太監的崗位上被提拔為司禮監秉筆太監。
魏朝看到朱由校繼位後客氏奇貨可居，就想重新奪回客氏。一天晚上，兩人酒後爭搶客氏，叫罵聲被天啟聽見。天啟知道客氏心向魏忠賢，就責備了魏朝。不久魏朝被往鳳陽，魏忠賢派人將其縊殺。
王安是光宗的親信太監，天啟繼位時也出過力，深得天啟信任。隨著客、魏地位的上升，與王安形成了競爭，雙方矛盾尖銳。
從某種角度上說，太監也是臣，是內臣。宮中太監對權力的爭奪，比朝臣還要激烈。由於明代外廷大員常與宮中太監勾結，互相影響，朝中宮內各種矛盾交織在一起，十分複雜。
天啟元年四月，天啟帝大婚。東林黨人、閣臣劉一燝上言“請”客氏出皇宮，未果。此事很難說沒有王安的影子，從此，東林黨與魏忠賢結下了梁子。
七月，給事中霍維華聽說王安和魏忠賢勢如水火，為巴結魏忠賢，上疏彈劾王安。魏忠賢矯詔允告，將王安“降作淨軍，去南海子，看守牆鋪”。魏忠賢又借刀殺人，派王安的死對頭，太監劉朝任南海提督。劉朝到任後立刻對王安下手，他先是停了王安的夥食，想把他餓死，可是王安生存能力很強，到處挖野菜充饑，三天還沒餓死。劉朝等得不耐煩了，命人將其縊殺。
年底，閣臣劉一燝、吏部尚書鄭嘉謨利用職權報複霍維華，將其降調陝西僉事。
霍維華同黨，給事中孫傑彈劾一燝、嘉謨。認為霍維華沒有過失，一燝、嘉謨此舉是為了給王安報仇，是徇私枉法。在魏忠賢運作下，二人被免。
雙方你來我往，互不相讓，萬曆末期的黨爭局麵又死灰複燃，重新熾熱起來。
從天啟三年（1623年）起，東林黨人與其他派係矛盾激化，這年初，東林領袖**星新任左都禦史，他利用六年一次的京察算舊帳，許多過去反對過東林集團的人被罷黜。同年晚些時候，**星出任吏部尚書，他到任後立即開始從全國特別是從北京的政府中根除他和他朋友的對手。
東林黨的活動升級，引起了天啟的注意，這年，他任命魏忠賢兼掌東廠，就有整治結黨的用意。
天啟四年春，魏忠賢將東林黨人內閣中書汪文言下獄，開始對東林黨下手。魏忠賢為什麽會拿無名小卒汪文言開刀呢，因為汪文言實在是一個很不簡單的人物。
萬曆末年，就在東林黨日暮西山的時候，有一顆新星冉冉升起，挽東林於危亡，這個人就是汪文言。
汪文言，安徽歙縣人，是繼顧憲成、李三才之後，東林黨又一個著名的活動家。此人既非官員，也無功名，但為人講義氣，有智謀，善權變。
汪文言曾在縣衙裏當差，從事過獄訟相關工作，收點錢，打通關節，撈個人這樣的事自然少了不，因此在工作中培養了很強的“活動”能力。一次偶然的機會，他結識了閑居在鄉的東林黨官員於玉立。於玉立很欣賞他，派他到京城活動，為了方便他開展工作，於玉立還花錢替他捐了一個監生的資格，讓他進了國子監。
國子監這個舞台使汪文言如魚得水，他的活動能力得到揮，很快就和大量官員建立了密切關係，史書記載他“遊諸賢豪間，恂恂若無所為者。躡足孱語，時見端緒”，汪文言躡手躡腳的樣子與水滸傳中的時遷有幾分相似，因此他在《東林點將錄》中被稱為鼓上蚤汪文言。
汪文言最重要的一項活動成果，是與光宗的近侍、東宮伴讀太監王安深相結納，溝通了東林黨和太子聯係的渠道，從而獲得太子的支持。萬曆病危時，東林黨人跳得很高，積極為太子順利接班保駕護航，之所以如此有恃無恐，根源在此，這個成果也為東林黨後來的翻盤奠定了基礎。
汪文言對東林黨的另外一個重要貢獻是分化了東林黨的對手。萬曆末年，東林黨人像是過街老鼠，處於人人喊打的境地，日子很難過。汪文言認真分析了形勢，認為東林黨人敗退後，其他黨派會因分贓不均產生矛盾，隻要利用他們之間的矛盾，設計用間，就不難把他們搞垮。於是他在各黨之間奔走，設疑布謠，大搞離間活動，加劇了浙、齊、楚、昆、宣各黨的分裂和內鬥，從而削弱了非東林黨人的力量，減輕了東林黨的壓力。
正因為如此，浙、齊、楚、宣各黨對其狠之入骨，欲除之而後快。王安被殺後，順天府府丞邵輔忠，立即彈劾汪文言，剝奪了他的監生資格。汪文言剛剛離開京城，又被禦史梁夢環彈劾，被捕下獄，受盡牢獄之苦，後經東林黨組織營救出獄。獲釋後，汪文言並沒有收斂，活動更加頻繁，經常門庭若市。
泰昌、天啟年間，東林黨勢力大熾，在外廷倚仗劉一燝，在內宮靠王安撐腰，汪文言從中交通聯絡，後來大學士葉向高破格任用汪文言為內閣中書，相當於內閣的辦公室主任。
汪文言雖然官小，但他傑出的活動能力使他成為東林黨實際上的組織者和靈魂人物。
汪文言的活動早己引起了魏忠賢的注意，魏忠賢磨刀豁豁向文言，苦於找不到借口，無法下手。
天啟四年四月，東林黨人阮大铖與左光鬥、魏大中因人事問題產生矛盾，轉投魏忠賢集團，他唆使依附閹黨的給事中傅櫆上書彈劾左光鬥、魏大中，說他們與汪文言暗中勾結，專搞陰謀詭計。
魏忠賢見疏大喜，立即草詔一道，經天啟批準後迅下，將汪文言逮捕，關進詔獄。他們希望從汪文言身上打開突破口，以便將東林黨人一網打盡。
東林黨人急忙止血，魏大中、左光鬥上疏力駁，輔葉向高也挺身堵槍眼，他上疏說，汪文言是我任用在內閣辦事的，他的錯責任在我，請皇上懲罰我一個人就行了，不要牽扯其它人，“以消縉紳之禍”。
葉向高以辭職相威脅，把所有責任扛在自己身上，不惜犧牲自己來保護組織，魏忠賢無可奈何，隻好作罷。在東林黨人禦史黃尊素的活動下，汪文言被從輕落，僅以“梃杖褫職”了事。
魏忠賢出手打擊汪文言對東林黨人震動很大。盡管東林黨人與魏忠賢集團長期齟齬，但這些鬥爭都是針對個別人，涉及到的人物也都無關緊要，這次魏忠賢對汪核心舞劍，意在整個東林，與以往有本質的區別，東林黨人對此深感不安。
天啟四年（1624年）上半年，汪文言事件後不久，東林黨人在北京召開秘密會議，討論魏忠賢的問題。
東林黨內部就是否與魏忠賢攤牌意見不一，相當一部分人忌憚魏忠賢的權勢，擔心打狗不成反被狗咬，不讚成對魏忠賢起攻擊。
左副都禦史楊漣為人激進，又曾在天啟即位時有逼宮壯舉，有恃無恐，他力排眾議，主張向魏忠賢開戰。
六月一日，楊漣上疏攻擊魏忠賢，彈劾魏忠賢二十四大罪，包括擅權、迫害忠臣、幹預人事任免、謀殺宮中異己、強迫皇後墮胎、絕帝〔天啟皇帝〕嗣子等。
楊漣奏章直斥天啟與魏忠賢、客氏的三角關係，指出魏忠賢權大震主，人們怕禍不敢反映意見，魏忠賢偶爾“奸狀敗露”，又有客氏“為之彌縫”。批評皇上政務過於依賴魏忠賢，造成大量無恥朝臣對魏忠賢“攀附枝葉，依托門牆，更相表裏，迭為呼應”，以至於人人“但知有忠賢，不知有陛下”，楊漣還使出了激將法，質問皇上正值“春秋鼎盛”之年，“生殺予奪，豈不可以自主？”
最後，楊漣提出了自己的要求，請皇上將魏忠賢交刑部議處，“以正國法”，並將奉聖夫人客氏驅逐出宮。
奏疏一出，京師為之震動。此後東林黨人炮火源源不斷，揭魏忠賢罪狀的奏疏雪片一樣送進宮中。
盡管楊漣等人的火力很猛，可他注定是要失敗的，因為結黨本身是有問題的，任何一個帝王都不會允許，對東林黨的處罰，是天啟本人的意思，魏忠賢雖然起到了參謀助手作用，並具體負責執行，但最終決策權還是牢牢掌握在天啟手中，魏忠賢不過是皇帝的一隻狗而己，皇上讓他咬誰，他就咬誰。
毫無懸念，楊漣受到天啟“嚴旨切責”，天啟批評他的動機是“屏逐左右，使朕孤立”，以便控製皇上。在天啟的支持下，魏忠賢對上疏的東林黨人進行大規模的反擊。
工部官員萬燝，曾任職皇陵工程，他控告魏忠賢不肯拿出內官監的舊銅器建築光宗的陵墓，而在香山碧雲寺為自己建造的墳墓卻很宏大，跟皇陵不多。
萬燝的立論奇特，而且上疏時間在皇帝屢次“嚴旨切責”之後，屬於頂風作案。
被朝臣彈劾搞得焦頭爛額的魏忠賢正無處出氣，決定殺雞駭猴，拿萬燝立威，於是萬燝被罰午門前杖一百，罷斥為民。
六月十七日，一幫內侍闖入萬燝家，將萬燝抓往午門。
從萬燝家到午門有三四裏路，魏忠賢公報私仇，讓內侍們先上點小菜，一路上對萬燝拳打腳踢棍毆，把萬燝打了個半死。到午門後，開始上大餐，內侍們趁熱打鐵，行梃杖時格外賣力，將萬燝打得死去活來，萬燝身受重傷，不久死去。
此後，對東林黨的打擊不斷擴大，由點到線，由線到麵，一批東林黨人受到處理。
七月，葉向高被逼去職。
十月，**星、高攀龍、魏大中因人事問題被罷黜。
同月，因吏部尚書趙星南的繼任人選問題將楊漣、左光鬥、陳於廷削籍（永不錄用）。
十一逐斥接替葉向高的輔韓爌
十二月逐斥接替韓爌的輔朱國楨，輔之位落入魏忠賢集團的顧秉謙手中。
天啟五年（1625年），打擊東林黨的行動掀起**，許多反對東林黨的人與魏忠賢結合在一起，展開了對東林黨的大圍剿。為了明確打擊目標，東林黨的反對者們製定了黑名單，獻給魏忠賢，以便定點清除。
魏廣微和顧秉謙搞了一本《縉紳便覽》，其中將葉向高、**星、高攀龍、楊漣、左光鬥等一百餘人列為邪黨，將賈繼春、霍維華、徐大化等六十多名反對過東林黨的人列為正人。
崔呈秀搞了兩本：一本是《同誌錄》，收錄東林黨人名單。一本是《天鑒錄》，收錄東林黨反對者名單。
最精彩的要數王紹徽編的《點將錄》，王紹徽是老牌東林黨反對者，從萬曆三十七年就和第一代東林黨人掐過架。他編的《點將錄》將東林黨一百零八人按其特征分別對應《水滸傳》中的一百零八將，十分傳神。
大批東林黨人被揭出來，成了禿子頭上的虱子，無處躲藏，魏忠賢集團按圖索驥，定點清除，東林黨的勢力跌到了低穀。
在打擊東林黨的同時，魏忠賢起用非東林黨人填補東林黨人留下的空缺，一批曾經被東林黨人打擊過的官員紛紛官複原職，為了防止東林黨人阻撓，此時的人事任免一般都是通過皇帝中旨的方式下達，而不是通過傳統的由內閣票擬的手續。