帝遣建議大將軍朱祜、建威大將軍耿弇、征虜將軍祭遵、驍騎將軍劉喜討張豐於涿郡。祭遵先至，急攻豐；禽之。初，豐好方術，有道士言豐當為天子，以五彩囊裹石係豐肘，雲“石中有玉璽”。豐信之，遂反。旣執，當斬，猶曰：“肘石有玉璽”。傍人為椎破之，豐乃知被詐，仰天歎曰：“當死無恨！”
上詔耿弇進擊彭寵。弇以父況與寵同功，又兄弟無在京師者，不敢獨進，求詣雒陽。詔報曰：“將軍舉宗為國，功效尤著，何嫌何疑，而欲求征！”況聞之，更遣弇弟國入侍。時祭遵屯良鄉，劉喜屯陽鄉，彭寵引匈奴兵欲擊之；耿況使其子舒襲破匈奴兵，斬兩王，寵乃退走。
六月，辛亥，車駕還宮。
秋，七月，丁亥，上幸譙，遣捕虜將軍馬武、騎都尉王霸圍劉紆、周建於垂惠。
董憲將賁休以蘭陵降；憲聞之，自郯圍之。蓋延及平狄將軍山陽龐萌在楚，請往救之。帝敕曰：“可直往搗郯，則蘭陵自解。”延等以賁休城危，遂先赴之。憲逆戰而陽敗退，延等因拔圍入城。明日，憲大出兵合圍；延等懼，遽出突走，因往攻郯。帝讓之曰：“間欲先赴郯者，以其不意故耳！今旣奔走，賊計已立，圍豈可解乎！”延等至郯，果不能克；而董憲遂拔蘭陵，殺賁休。
八月，戊午，上幸壽春，遣揚武將軍南陽馬成，率誅虜將軍南陽劉隆等三將軍發會稽、丹陽、九江、六安四郡兵擊李憲。九月，圍憲於舒。
王莽末，天下亂，臨淮大尹河南侯霸獨能保全其郡。帝征霸會壽春，拜尚書令。時朝廷無故典，又少舊臣，霸明習故事，收錄遺文，條奏前世善政法度，施行之。
冬，十月，甲寅，車駕還宮。
隗囂使馬援往觀公孫述。援素與述同裏閈，相善，以為旣至，當握手歡如平生；而述盛陳陛衛以延援入，交拜禮畢，使出就館。更為援製都布單衣、交讓冠，會百官於宗廟中，立舊交之位，述鸞旗、旄騎，警蹕就車，磬折而入，禮饗官屬甚盛，欲授援以封侯大將軍位。賓客皆樂留，援曉之曰：“天下雌雄未定，公孫不吐哺走迎國士，與圖成敗，反修飾邊幅，如偶人形，此子何足久稽天下士乎！”因辭歸，謂囂曰：“子陽，井底蛙耳，而妄自尊大！不如專意東方。”
囂乃使援奉書雒陽。援初到，良久，中黃門引入。帝在宣德殿南廡下，但幘，坐，迎笑，謂援曰：“卿遨遊二帝間；今見卿，使人大慚。”援頓首辭謝，因曰：“當今之世，非但君擇臣，臣亦擇君矣！臣與公孫述同縣，少相善；臣前至蜀，述陛戟而後進臣。臣今遠來，陛下何知非刺客奸人，而簡易若是！”帝複笑曰：“卿非刺客，顧說客耳。”援曰：“天下反複，盜名字者不可勝數；今見陛下恢廓大度，同符高祖，乃知帝王自有真也。”
太傅卓茂薨。
十一月，丙申，上行幸宛。岑彭攻秦豐三歲，斬首九萬餘級；豐餘兵裁千人，食且盡。十二月，丙寅，帝幸黎丘，遣使招豐，豐不肯降；乃使朱祜等代岑彭圍黎丘，使岑彭、傅俊南擊田戎。
公孫述聚兵數十萬人，積糧漢中；又造十層樓船，多刻天下牧守印章。遣將軍李育、程烏將數萬眾出屯陳倉，就呂鮪，將徇三輔；馮異迎擊，大破之，育、烏俱奔漢中。異還，擊破呂鮪，營保降者甚眾。
是時，隗囂遣兵佐異有功，遣使上狀，帝報以手書曰：“慕樂德義，思相結納。昔文王三分，猶服事殷，但駑馬、鉛刀，不可強扶，數蒙伯樂一顧之價。將軍南拒公孫之兵，北禦羌、胡之亂，是以馮異西征，得以數千百人躑躅三輔。微將軍之助，則鹹陽已為他人禽矣！如令子陽到漢中，三輔願因將軍兵馬，鼓旗相當。儻肯如言，卽智士計功割地之秋也！管仲曰："生我者父母，成我者鮑子。"自今以後，手書相聞，勿用傍人間構之言。”其後公孫述數遣將間出，囂輒與馮異合勢，共摧挫之。述遣使以大司空、扶安王印綬授囂；囂斬其使，出兵擊之，以故蜀兵不複北出。
泰山豪傑多與張步連兵。吳漢薦強駑大將軍陳俊為泰山太守，擊破步兵，遂定泰山。
光武皇帝建武五年（己醜、二九年）
春，正月，癸巳，車駕還宮。
帝使來歙持節送馬援歸隴右。隗囂與援共臥起，問以東方事，曰：“前到朝廷，上引見數十，每接燕語，自夕至旦，才明勇略，非人敵也。且開心見誠，無所隱伏，闊達多大節，略與高帝同；經學博覽，政事文辨，前世無比。”囂曰：“卿謂何如高帝？”援曰：“不如也。高帝無可無不可；今上好吏事，動如節度，又不喜飲酒。”囂意不懌，曰：“如卿言，反複勝邪！”
二月，丙午，大赦。
蘇茂將五校兵救周建於垂惠。馬武為茂、建所敗，奔過王霸營，大呼求救。霸曰：“賊兵盛，出必兩敗，弩力而已！”乃閉營堅壁。軍吏皆爭之，霸曰：“茂兵精銳，其眾又多，吾吏士心恐，而捕虜與吾相恃，兩軍不一，此敗道也。今閉營固守，示不相援，賊必乘勝輕進；捕虜無救，其戰自倍。如此，茂眾疲勞，吾承其敝，乃可克也。”茂、建果悉出攻武，合戰良久，霸軍中壯士數十人斷發請戰，霸乃開營後，出精騎襲其背。茂、建前後受敵，驚亂敗走，霸、武各歸營。茂、建複聚兵挑戰，霸堅臥不出，方饗士作倡樂；茂雨射營中，中霸前酒樽，霸安坐不動。軍吏皆曰：“茂前日已破，今易擊也！”霸曰：“不然，蘇茂客兵遠來，糧食不足，故數挑戰，以徼一時之勝。今閉營休士，所謂"不戰而屈人兵"者也。”茂、建旣不得戰，乃引還營。其夜，周建兄子誦反，閉城拒之，建於道死；茂奔下邳，與董憲合；劉紆奔佼強。
乙醜，上行幸魏郡。
彭寵妻數為惡夢，又多見怪變；卜筮、望氣者皆言兵當從中起。寵以子後蘭卿質漢歸，不信之，使將兵居外，無親於中。寵齋在便室，蒼頭子密等三人因寵臥寐，共縛著床，告外吏雲：“大王齋禁，皆使吏休。”偽稱寵命，收縛奴婢，各置一處。又以寵命呼其妻，妻入，驚曰：“奴反！”奴乃捽其頭，擊其頰。寵急呼曰：“趣為諸將軍辦裝！”於是兩奴將妻入取寶物，留一奴守寵。寵謂守奴曰：“若小兒，吾素所愛也。今為子密所迫劫耳！解我縛，當以女珠妻汝，家中財物皆以與若。”小奴意欲解之，視戶外，見子密聽其語，遂不敢解。於是收金玉衣物，至寵所裝之，被馬六匹，使妻縫兩縑囊。昏夜後，解寵手，令作記告城門將軍雲：“今遣子密等至子後蘭卿所，勿稽留之。”書成，斬寵及妻頭置囊中，便持記馳出城，因以詣闕。明旦，合門不開，官屬踰牆而入，見寵屍，驚怖。其尚書韓立等共立寵子午為王，國師韓利斬午首詣祭遵降，夷其宗族。帝封子密為不義侯。
權德輿議曰：伯通之叛命，子密之戕君，同歸於亂，罪不相蔽，宜各致於法，昭示王度；反乃爵於五等，又以不義為名。且舉以不義，莫可侯也；此而可侯，漢爵為不足勸矣。春秋書齊豹盜、三叛人名之義，無乃異於乎！
帝以扶風郭伋為漁陽太守。伋承離亂之後，養民訓兵，開示威信，盜賊銷散，匈奴遠跡；在職五年，戶口增倍。
帝使光祿大夫樊宏持節迎耿況於上穀，曰：“邊郡寒苦，不足久居。”況至京師，賜甲第，奉朝請，封牟平侯。
吳漢率耿弇、王常擊富平、獲索賊於平原，大破之；追討餘黨，至勃海，降者四萬餘人。上因詔弇進討張步。
平敵將軍龐萌，為人遜順，帝信愛之，常稱曰：“可以托六尺之孤，寄百裏之命者，龐萌是也。”使與蓋延共擊董憲。歸詔書獨下延而不及萌，萌以為延譖己，自疑，遂反襲延軍，破之；與董憲連和，自號東平王，屯桃鄉之北。帝聞之，大怒，自將討萌，與諸將書曰：“吾嚐以龐萌為社稷之臣，將軍得無笑其言乎！老賊當族，其各厲兵馬，會睢陽！”
龐萌攻破彭城，將殺楚郡太守孫萌。郡吏劉平伏太守身上，號泣請代其死，身被七創；龐萌義而舍之。太守已絕複蘇，渴求飲，平傾創血以飲之。
岑彭攻拔夷陵，田戎亡入蜀，盡獲其妻子、士眾數萬人。公孫述以戎為翼江王。
岑彭謀伐蜀，以夾川穀少，水險難漕，留威虜將軍馮駿軍江州，都尉田鴻軍夷陵，領軍李玄軍夷道；自引兵還屯津鄉，當荊州要會，喻告諸蠻夷降者，奏封其君長。
上詔耿弇進擊彭寵。弇以父況與寵同功，又兄弟無在京師者，不敢獨進，求詣雒陽。詔報曰：“將軍舉宗為國，功效尤著，何嫌何疑，而欲求征！”況聞之，更遣弇弟國入侍。時祭遵屯良鄉，劉喜屯陽鄉，彭寵引匈奴兵欲擊之；耿況使其子舒襲破匈奴兵，斬兩王，寵乃退走。
六月，辛亥，車駕還宮。
秋，七月，丁亥，上幸譙，遣捕虜將軍馬武、騎都尉王霸圍劉紆、周建於垂惠。
董憲將賁休以蘭陵降；憲聞之，自郯圍之。蓋延及平狄將軍山陽龐萌在楚，請往救之。帝敕曰：“可直往搗郯，則蘭陵自解。”延等以賁休城危，遂先赴之。憲逆戰而陽敗退，延等因拔圍入城。明日，憲大出兵合圍；延等懼，遽出突走，因往攻郯。帝讓之曰：“間欲先赴郯者，以其不意故耳！今旣奔走，賊計已立，圍豈可解乎！”延等至郯，果不能克；而董憲遂拔蘭陵，殺賁休。
八月，戊午，上幸壽春，遣揚武將軍南陽馬成，率誅虜將軍南陽劉隆等三將軍發會稽、丹陽、九江、六安四郡兵擊李憲。九月，圍憲於舒。
王莽末，天下亂，臨淮大尹河南侯霸獨能保全其郡。帝征霸會壽春，拜尚書令。時朝廷無故典，又少舊臣，霸明習故事，收錄遺文，條奏前世善政法度，施行之。
冬，十月，甲寅，車駕還宮。
隗囂使馬援往觀公孫述。援素與述同裏閈，相善，以為旣至，當握手歡如平生；而述盛陳陛衛以延援入，交拜禮畢，使出就館。更為援製都布單衣、交讓冠，會百官於宗廟中，立舊交之位，述鸞旗、旄騎，警蹕就車，磬折而入，禮饗官屬甚盛，欲授援以封侯大將軍位。賓客皆樂留，援曉之曰：“天下雌雄未定，公孫不吐哺走迎國士，與圖成敗，反修飾邊幅，如偶人形，此子何足久稽天下士乎！”因辭歸，謂囂曰：“子陽，井底蛙耳，而妄自尊大！不如專意東方。”
囂乃使援奉書雒陽。援初到，良久，中黃門引入。帝在宣德殿南廡下，但幘，坐，迎笑，謂援曰：“卿遨遊二帝間；今見卿，使人大慚。”援頓首辭謝，因曰：“當今之世，非但君擇臣，臣亦擇君矣！臣與公孫述同縣，少相善；臣前至蜀，述陛戟而後進臣。臣今遠來，陛下何知非刺客奸人，而簡易若是！”帝複笑曰：“卿非刺客，顧說客耳。”援曰：“天下反複，盜名字者不可勝數；今見陛下恢廓大度，同符高祖，乃知帝王自有真也。”
太傅卓茂薨。
十一月，丙申，上行幸宛。岑彭攻秦豐三歲，斬首九萬餘級；豐餘兵裁千人，食且盡。十二月，丙寅，帝幸黎丘，遣使招豐，豐不肯降；乃使朱祜等代岑彭圍黎丘，使岑彭、傅俊南擊田戎。
公孫述聚兵數十萬人，積糧漢中；又造十層樓船，多刻天下牧守印章。遣將軍李育、程烏將數萬眾出屯陳倉，就呂鮪，將徇三輔；馮異迎擊，大破之，育、烏俱奔漢中。異還，擊破呂鮪，營保降者甚眾。
是時，隗囂遣兵佐異有功，遣使上狀，帝報以手書曰：“慕樂德義，思相結納。昔文王三分，猶服事殷，但駑馬、鉛刀，不可強扶，數蒙伯樂一顧之價。將軍南拒公孫之兵，北禦羌、胡之亂，是以馮異西征，得以數千百人躑躅三輔。微將軍之助，則鹹陽已為他人禽矣！如令子陽到漢中，三輔願因將軍兵馬，鼓旗相當。儻肯如言，卽智士計功割地之秋也！管仲曰："生我者父母，成我者鮑子。"自今以後，手書相聞，勿用傍人間構之言。”其後公孫述數遣將間出，囂輒與馮異合勢，共摧挫之。述遣使以大司空、扶安王印綬授囂；囂斬其使，出兵擊之，以故蜀兵不複北出。
泰山豪傑多與張步連兵。吳漢薦強駑大將軍陳俊為泰山太守，擊破步兵，遂定泰山。
光武皇帝建武五年（己醜、二九年）
春，正月，癸巳，車駕還宮。
帝使來歙持節送馬援歸隴右。隗囂與援共臥起，問以東方事，曰：“前到朝廷，上引見數十，每接燕語，自夕至旦，才明勇略，非人敵也。且開心見誠，無所隱伏，闊達多大節，略與高帝同；經學博覽，政事文辨，前世無比。”囂曰：“卿謂何如高帝？”援曰：“不如也。高帝無可無不可；今上好吏事，動如節度，又不喜飲酒。”囂意不懌，曰：“如卿言，反複勝邪！”
二月，丙午，大赦。
蘇茂將五校兵救周建於垂惠。馬武為茂、建所敗，奔過王霸營，大呼求救。霸曰：“賊兵盛，出必兩敗，弩力而已！”乃閉營堅壁。軍吏皆爭之，霸曰：“茂兵精銳，其眾又多，吾吏士心恐，而捕虜與吾相恃，兩軍不一，此敗道也。今閉營固守，示不相援，賊必乘勝輕進；捕虜無救，其戰自倍。如此，茂眾疲勞，吾承其敝，乃可克也。”茂、建果悉出攻武，合戰良久，霸軍中壯士數十人斷發請戰，霸乃開營後，出精騎襲其背。茂、建前後受敵，驚亂敗走，霸、武各歸營。茂、建複聚兵挑戰，霸堅臥不出，方饗士作倡樂；茂雨射營中，中霸前酒樽，霸安坐不動。軍吏皆曰：“茂前日已破，今易擊也！”霸曰：“不然，蘇茂客兵遠來，糧食不足，故數挑戰，以徼一時之勝。今閉營休士，所謂"不戰而屈人兵"者也。”茂、建旣不得戰，乃引還營。其夜，周建兄子誦反，閉城拒之，建於道死；茂奔下邳，與董憲合；劉紆奔佼強。
乙醜，上行幸魏郡。
彭寵妻數為惡夢，又多見怪變；卜筮、望氣者皆言兵當從中起。寵以子後蘭卿質漢歸，不信之，使將兵居外，無親於中。寵齋在便室，蒼頭子密等三人因寵臥寐，共縛著床，告外吏雲：“大王齋禁，皆使吏休。”偽稱寵命，收縛奴婢，各置一處。又以寵命呼其妻，妻入，驚曰：“奴反！”奴乃捽其頭，擊其頰。寵急呼曰：“趣為諸將軍辦裝！”於是兩奴將妻入取寶物，留一奴守寵。寵謂守奴曰：“若小兒，吾素所愛也。今為子密所迫劫耳！解我縛，當以女珠妻汝，家中財物皆以與若。”小奴意欲解之，視戶外，見子密聽其語，遂不敢解。於是收金玉衣物，至寵所裝之，被馬六匹，使妻縫兩縑囊。昏夜後，解寵手，令作記告城門將軍雲：“今遣子密等至子後蘭卿所，勿稽留之。”書成，斬寵及妻頭置囊中，便持記馳出城，因以詣闕。明旦，合門不開，官屬踰牆而入，見寵屍，驚怖。其尚書韓立等共立寵子午為王，國師韓利斬午首詣祭遵降，夷其宗族。帝封子密為不義侯。
權德輿議曰：伯通之叛命，子密之戕君，同歸於亂，罪不相蔽，宜各致於法，昭示王度；反乃爵於五等，又以不義為名。且舉以不義，莫可侯也；此而可侯，漢爵為不足勸矣。春秋書齊豹盜、三叛人名之義，無乃異於乎！
帝以扶風郭伋為漁陽太守。伋承離亂之後，養民訓兵，開示威信，盜賊銷散，匈奴遠跡；在職五年，戶口增倍。
帝使光祿大夫樊宏持節迎耿況於上穀，曰：“邊郡寒苦，不足久居。”況至京師，賜甲第，奉朝請，封牟平侯。
吳漢率耿弇、王常擊富平、獲索賊於平原，大破之；追討餘黨，至勃海，降者四萬餘人。上因詔弇進討張步。
平敵將軍龐萌，為人遜順，帝信愛之，常稱曰：“可以托六尺之孤，寄百裏之命者，龐萌是也。”使與蓋延共擊董憲。歸詔書獨下延而不及萌，萌以為延譖己，自疑，遂反襲延軍，破之；與董憲連和，自號東平王，屯桃鄉之北。帝聞之，大怒，自將討萌，與諸將書曰：“吾嚐以龐萌為社稷之臣，將軍得無笑其言乎！老賊當族，其各厲兵馬，會睢陽！”
龐萌攻破彭城，將殺楚郡太守孫萌。郡吏劉平伏太守身上，號泣請代其死，身被七創；龐萌義而舍之。太守已絕複蘇，渴求飲，平傾創血以飲之。
岑彭攻拔夷陵，田戎亡入蜀，盡獲其妻子、士眾數萬人。公孫述以戎為翼江王。
岑彭謀伐蜀，以夾川穀少，水險難漕，留威虜將軍馮駿軍江州，都尉田鴻軍夷陵，領軍李玄軍夷道；自引兵還屯津鄉，當荊州要會，喻告諸蠻夷降者，奏封其君長。