楊廣死，隗囂窮困，其大將王捷別在戎丘，登城呼漢軍曰：“為隗王城守者，皆必死，無二心，願諸軍亟罷，請自殺以明之。”遂自刎死。
初，帝敕吳漢曰：“諸郡甲卒但坐費糧食，若有逃亡，則沮敗眾心，宜悉罷之。”漢等貪幷力攻囂，遂不能遣，糧食日少，吏士疲役，逃亡者多。岑彭壅穀水灌西城，城未沒丈餘。會王元、行巡、周宗將蜀救兵五千餘人乘高卒至，鼓噪大呼曰：“百萬之眾方至！”漢軍大驚，未及成陳，元等決圍殊死戰，遂得入城，迎囂歸冀。吳漢軍食盡，乃燒輜重，引兵下隴，蓋延、耿弇亦相隨而退。囂出兵尾擊諸營，岑彭為後拒，諸將乃得全軍東歸；唯祭遵屯汧不退。吳漢等複屯長安，岑彭還津鄉。於是安定、北地、天水、隴西複反為囂。
校尉太原溫序為囂將苟宇所獲，宇曉譬數四，欲降之。序大怒，叱宇等曰：“虜何敢迫脅漢將！”因以節檛殺數人。宇眾爭欲殺之，宇止之曰：“此義士，死節，可賜以劍。”序受劍，銜須於口，顧左右曰：“旣為賊所殺，無令須汙土！”遂伏劍而死。從事王忠持其喪歸雒陽，詔賜以塚地，拜三子為郎。
十二月，高句麗王遣使朝貢，帝複其王號。
是歲，大水。
光武帝建武九年（癸巳、三三年）
春，正月，潁陽成侯祭遵薨於軍；詔馮異幷將其營。遵為人，廉約小心，克己奉公，賞賜盡與士卒；約束嚴整，所在吏民不知有軍。取士皆用儒術，對酒設樂，必雅歌投壺。臨終，遺戒薄葬；問以家事，終無所言。帝湣悼之尤甚，遵喪至河南，車駕素服臨之，望哭哀慟；還，幸城門，閱過喪車，涕泣不能已；喪禮成，複親祠以太牢。詔大長秋、謁者、河南尹護喪事，大司農給費。至葬，車駕複臨之；旣葬，又臨其墳，存見夫人、室家。其後朝會，帝每歎曰：“安得憂國奉公如祭征虜者乎！”衛尉銚期曰：“陛下至仁，哀念祭遵不已，羣臣各懷慚懼。”帝乃止。
隗囂病且餓，餐糗糒，恚憤而卒。王元、周宗立囂少子純為王，總兵據冀。公孫述遣將趙匡、田弇助純。帝使馮異擊之。
公孫述遣其翼江王田戎、大司徒任滿、南郡太守程泛將數萬人下江關，擊破馮駿等軍，遂拔巫及夷道、夷陵，因據荊門、虎牙，橫江水起浮橋、關樓，立攢柱以絕水道，結營跨山以塞陸路，拒漢兵。
夏，六月，丙戌，帝幸緱氏，登轘轅。
吳漢率王常等四將軍兵五萬餘人擊盧芳將賈覽、閔堪於高柳；匈奴救之，漢軍不利。於是匈奴轉盛，鈔暴日增。詔朱祜屯常山，王常屯涿郡，破奸將軍侯進屯漁陽，以討虜將軍王霸為上穀太守，以備匈奴。
帝使來歙悉監護諸將屯長安，太中大夫馬援為之副。歙上書曰：“公孫述以隴西、天水為藩蔽，故得延命假息；今二郡平蕩，則述智計窮矣。宜益選兵馬，儲積資糧。今西州新破，兵人疲饉，若招以財穀，則其眾可集。臣知國家所給非一，用度不足，然有不得已也！”帝然之。於是詔於汧積穀六萬斛。秋八月，來歙率馮異等五將軍討隗純於天水。
驃騎將軍杜茂與賈覽戰於繁畤，茂軍敗績。
諸羌自王莽末入居塞內，金城屬縣多為所有。隗囂不能討，因就慰納，發其眾與漢相拒。司徒掾班彪上言：“今涼州部皆有降羌。羌胡被發左衽，而與漢人雜處，習俗旣異，言語不通，數為小吏黠人所見侵奪，窮恚無聊，故致反叛。夫蠻夷寇亂，皆為此也。舊製，益州部置蠻夷騎都尉，幽州部置領烏桓校尉，涼州部置護羌校尉，皆持節領護，治其怨結，歲時巡行，問所疾苦。又數遣使譯，通導動靜，使塞外羌夷為吏耳目，州郡因此可得警備。今宜複如舊，以明威防。”帝從之。以牛邯為護羌校尉。
盜殺陰貴人母鄧氏及弟欣。帝甚傷之，封貴人弟就為宣恩侯。複召就兄侍中興，欲封之，置印綬於前。興固讓曰：“臣未有先登陷陳之功，而一家數人，並蒙爵土，令天下觖望，誠所不願！”帝嘉之，不奪其誌。貴人問其故，興曰：“夫外戚家苦不知謙退，嫁女欲配侯王，取婦眄睨公主，愚心實不安也。富貴有極，人當知足，誇奢益為觀聽所譏。”貴人感其言，深自降挹，卒不為宗親求位。
帝召寇恂還，以漁陽太守郭伋為潁川太守。伋招降山賊趙宏、召吳等數百人，皆遣歸附農；因自劾專命，帝不以咎之。後宏、吳等黨與聞伋威信，遠自江南，或從幽、冀，不期俱降，駱驛不絕。
莎車王康卒，弟賢立，攻殺拘彌、西夜王，而使康兩子王之。
光武帝建武十年（甲午、三四年）
春，正月，吳漢複率捕虜將軍王霸等四將軍六萬人出高柳擊賈覽，匈奴數千騎救之。連戰於平城下，破走之。
夏陽節侯馮異等與趙匡、田弇戰且一年，皆斬之。隗純未下，諸將欲且還休兵，異固持不動，共攻落門，未拔。夏，異薨於軍。
秋，八月，己亥，上幸長安。
初，隗囂將安定高峻擁兵據高平第一，建威大將軍耿弇等圍之，一歲不拔。帝自將征之，寇恂諫曰：“長安道裏居中，應接近便，安定、隴西必懷震懼；此從容一處，可以製四方也。今士馬疲倦，方履險阻，非萬乘之固也。前年潁川，可為至戒。”帝不從，進幸汧。峻猶不下，帝遣寇恂往降之。恂奉璽書至第一，峻遣軍師皇甫文出謁，辭禮不屈；恂怒，將誅之。諸將諫曰：“高峻精兵萬人，率多強弩，西遮隴道，連年不下，今欲降之而反戮其使，無乃不可乎？”恂不應，遂斬之，遣其副歸告峻曰：“軍師無禮，已戮之矣！欲降，急降；不欲，固守！”峻惶恐，卽日開城門降。諸將皆賀，因曰：“敢問殺其使而降其城，何也？”恂曰：“皇甫文，峻之腹心，其所取計者也。今來，辭意不屈，必無降心。全之則文得其計，殺之則亡其膽，是以降耳。”諸將皆曰：“非所及也！”
冬，十月，來歙與諸將攻破落門，周宗、行巡、苟宇、趙恢等將隗純降，王元奔蜀。徙諸隗於京師以東。後隗純與賓客亡入胡，至武威，捕得，誅之。
先零羌與諸種寇金城、隴西，來歙率蓋延等進擊，大破之，斬首虜數千人。於是開倉廩以賑饑乏，隴右遂安，而涼州流通焉。
庚寅，車駕還宮。
光武帝建武十一年（乙未、三五年）
春，三月，己酉，帝幸南陽，還幸章陵；庚午，車駕還宮。
岑彭屯津鄉，數攻田戎等，不克。帝遣吳漢率誅虜將軍劉隆等三將，發荊州兵凡六萬餘人、騎五千匹，與彭會荊門。彭裝戰船數千艘，吳漢以諸郡棹卒多費糧穀，欲罷之；彭以為蜀兵盛，不可遣，上書言狀。帝報彭曰：“大司馬習用步騎，不曉水戰，荊門之事，一由征南公為重而已。”
閏月，岑彭令軍中募攻浮橋，先登者上賞。於是偏將軍魯奇應募而前，時東風狂急，魯奇船逆流而上，直衝浮橋，而攢柱有反杷鉤，奇船不得去；奇等乘勢殊死戰，因飛炬焚之，風怒火盛，橋樓崩燒。岑彭悉軍順風並進，所向無前，蜀兵大亂，溺死者數千人，斬任滿，生獲程泛，而田戎走保江州。
彭上劉隆為南郡太守；自率輔威將軍臧宮、驍騎將軍劉歆長驅入江關。令軍中無得虜掠，所過百姓皆奉牛酒迎勞，彭複讓不受；百姓大喜，爭開門降。詔彭守益州牧，所下郡輒行太守事，彭若出界，卽以太守號付後將軍。選官屬守州中長吏。
彭到江州，以其城固糧多，難卒拔，留馮駿守之；自引兵乘利直指墊江，攻破平曲，收其米數十萬石。吳漢留夷陵，裝露橈繼進。
夏，先零羌寇臨洮。來歙薦馬援為隴西太守，擊先零羌，大破之。
公孫述以王元為將軍，使與領軍環安拒河池。六月，來歙與蓋延等進攻元、安，大破之，遂克下辨，乘勝遂進。蜀人大懼，使刺客刺歙，未殊，馳召蓋延。延見歙，因伏悲哀，不能仰視。歙叱延曰：“虎牙何敢然！今使者中刺客，無以報國，故呼巨卿，欲相屬以軍事，而反效兒女子涕泣乎！刃雖在身，不能勒兵斬公邪？”延收淚強起，受所誡。歙自書表曰：“臣夜人定後，為何人所賊傷，中臣要害。臣不敢自惜，誠恨奉職不稱，以為朝廷羞。夫理國以得賢為本，太中大夫段襄，骨鯁可任，願陛下裁察。又臣兄弟不肖，終恐被罪，陛下哀憐，數賜敎督。”投筆抽刃而絕。帝聞，大驚，省書攬涕。以揚武將軍馬成守中郎將代之。歙喪還洛陽，乘輿縞素臨吊、送葬。
初，帝敕吳漢曰：“諸郡甲卒但坐費糧食，若有逃亡，則沮敗眾心，宜悉罷之。”漢等貪幷力攻囂，遂不能遣，糧食日少，吏士疲役，逃亡者多。岑彭壅穀水灌西城，城未沒丈餘。會王元、行巡、周宗將蜀救兵五千餘人乘高卒至，鼓噪大呼曰：“百萬之眾方至！”漢軍大驚，未及成陳，元等決圍殊死戰，遂得入城，迎囂歸冀。吳漢軍食盡，乃燒輜重，引兵下隴，蓋延、耿弇亦相隨而退。囂出兵尾擊諸營，岑彭為後拒，諸將乃得全軍東歸；唯祭遵屯汧不退。吳漢等複屯長安，岑彭還津鄉。於是安定、北地、天水、隴西複反為囂。
校尉太原溫序為囂將苟宇所獲，宇曉譬數四，欲降之。序大怒，叱宇等曰：“虜何敢迫脅漢將！”因以節檛殺數人。宇眾爭欲殺之，宇止之曰：“此義士，死節，可賜以劍。”序受劍，銜須於口，顧左右曰：“旣為賊所殺，無令須汙土！”遂伏劍而死。從事王忠持其喪歸雒陽，詔賜以塚地，拜三子為郎。
十二月，高句麗王遣使朝貢，帝複其王號。
是歲，大水。
光武帝建武九年（癸巳、三三年）
春，正月，潁陽成侯祭遵薨於軍；詔馮異幷將其營。遵為人，廉約小心，克己奉公，賞賜盡與士卒；約束嚴整，所在吏民不知有軍。取士皆用儒術，對酒設樂，必雅歌投壺。臨終，遺戒薄葬；問以家事，終無所言。帝湣悼之尤甚，遵喪至河南，車駕素服臨之，望哭哀慟；還，幸城門，閱過喪車，涕泣不能已；喪禮成，複親祠以太牢。詔大長秋、謁者、河南尹護喪事，大司農給費。至葬，車駕複臨之；旣葬，又臨其墳，存見夫人、室家。其後朝會，帝每歎曰：“安得憂國奉公如祭征虜者乎！”衛尉銚期曰：“陛下至仁，哀念祭遵不已，羣臣各懷慚懼。”帝乃止。
隗囂病且餓，餐糗糒，恚憤而卒。王元、周宗立囂少子純為王，總兵據冀。公孫述遣將趙匡、田弇助純。帝使馮異擊之。
公孫述遣其翼江王田戎、大司徒任滿、南郡太守程泛將數萬人下江關，擊破馮駿等軍，遂拔巫及夷道、夷陵，因據荊門、虎牙，橫江水起浮橋、關樓，立攢柱以絕水道，結營跨山以塞陸路，拒漢兵。
夏，六月，丙戌，帝幸緱氏，登轘轅。
吳漢率王常等四將軍兵五萬餘人擊盧芳將賈覽、閔堪於高柳；匈奴救之，漢軍不利。於是匈奴轉盛，鈔暴日增。詔朱祜屯常山，王常屯涿郡，破奸將軍侯進屯漁陽，以討虜將軍王霸為上穀太守，以備匈奴。
帝使來歙悉監護諸將屯長安，太中大夫馬援為之副。歙上書曰：“公孫述以隴西、天水為藩蔽，故得延命假息；今二郡平蕩，則述智計窮矣。宜益選兵馬，儲積資糧。今西州新破，兵人疲饉，若招以財穀，則其眾可集。臣知國家所給非一，用度不足，然有不得已也！”帝然之。於是詔於汧積穀六萬斛。秋八月，來歙率馮異等五將軍討隗純於天水。
驃騎將軍杜茂與賈覽戰於繁畤，茂軍敗績。
諸羌自王莽末入居塞內，金城屬縣多為所有。隗囂不能討，因就慰納，發其眾與漢相拒。司徒掾班彪上言：“今涼州部皆有降羌。羌胡被發左衽，而與漢人雜處，習俗旣異，言語不通，數為小吏黠人所見侵奪，窮恚無聊，故致反叛。夫蠻夷寇亂，皆為此也。舊製，益州部置蠻夷騎都尉，幽州部置領烏桓校尉，涼州部置護羌校尉，皆持節領護，治其怨結，歲時巡行，問所疾苦。又數遣使譯，通導動靜，使塞外羌夷為吏耳目，州郡因此可得警備。今宜複如舊，以明威防。”帝從之。以牛邯為護羌校尉。
盜殺陰貴人母鄧氏及弟欣。帝甚傷之，封貴人弟就為宣恩侯。複召就兄侍中興，欲封之，置印綬於前。興固讓曰：“臣未有先登陷陳之功，而一家數人，並蒙爵土，令天下觖望，誠所不願！”帝嘉之，不奪其誌。貴人問其故，興曰：“夫外戚家苦不知謙退，嫁女欲配侯王，取婦眄睨公主，愚心實不安也。富貴有極，人當知足，誇奢益為觀聽所譏。”貴人感其言，深自降挹，卒不為宗親求位。
帝召寇恂還，以漁陽太守郭伋為潁川太守。伋招降山賊趙宏、召吳等數百人，皆遣歸附農；因自劾專命，帝不以咎之。後宏、吳等黨與聞伋威信，遠自江南，或從幽、冀，不期俱降，駱驛不絕。
莎車王康卒，弟賢立，攻殺拘彌、西夜王，而使康兩子王之。
光武帝建武十年（甲午、三四年）
春，正月，吳漢複率捕虜將軍王霸等四將軍六萬人出高柳擊賈覽，匈奴數千騎救之。連戰於平城下，破走之。
夏陽節侯馮異等與趙匡、田弇戰且一年，皆斬之。隗純未下，諸將欲且還休兵，異固持不動，共攻落門，未拔。夏，異薨於軍。
秋，八月，己亥，上幸長安。
初，隗囂將安定高峻擁兵據高平第一，建威大將軍耿弇等圍之，一歲不拔。帝自將征之，寇恂諫曰：“長安道裏居中，應接近便，安定、隴西必懷震懼；此從容一處，可以製四方也。今士馬疲倦，方履險阻，非萬乘之固也。前年潁川，可為至戒。”帝不從，進幸汧。峻猶不下，帝遣寇恂往降之。恂奉璽書至第一，峻遣軍師皇甫文出謁，辭禮不屈；恂怒，將誅之。諸將諫曰：“高峻精兵萬人，率多強弩，西遮隴道，連年不下，今欲降之而反戮其使，無乃不可乎？”恂不應，遂斬之，遣其副歸告峻曰：“軍師無禮，已戮之矣！欲降，急降；不欲，固守！”峻惶恐，卽日開城門降。諸將皆賀，因曰：“敢問殺其使而降其城，何也？”恂曰：“皇甫文，峻之腹心，其所取計者也。今來，辭意不屈，必無降心。全之則文得其計，殺之則亡其膽，是以降耳。”諸將皆曰：“非所及也！”
冬，十月，來歙與諸將攻破落門，周宗、行巡、苟宇、趙恢等將隗純降，王元奔蜀。徙諸隗於京師以東。後隗純與賓客亡入胡，至武威，捕得，誅之。
先零羌與諸種寇金城、隴西，來歙率蓋延等進擊，大破之，斬首虜數千人。於是開倉廩以賑饑乏，隴右遂安，而涼州流通焉。
庚寅，車駕還宮。
光武帝建武十一年（乙未、三五年）
春，三月，己酉，帝幸南陽，還幸章陵；庚午，車駕還宮。
岑彭屯津鄉，數攻田戎等，不克。帝遣吳漢率誅虜將軍劉隆等三將，發荊州兵凡六萬餘人、騎五千匹，與彭會荊門。彭裝戰船數千艘，吳漢以諸郡棹卒多費糧穀，欲罷之；彭以為蜀兵盛，不可遣，上書言狀。帝報彭曰：“大司馬習用步騎，不曉水戰，荊門之事，一由征南公為重而已。”
閏月，岑彭令軍中募攻浮橋，先登者上賞。於是偏將軍魯奇應募而前，時東風狂急，魯奇船逆流而上，直衝浮橋，而攢柱有反杷鉤，奇船不得去；奇等乘勢殊死戰，因飛炬焚之，風怒火盛，橋樓崩燒。岑彭悉軍順風並進，所向無前，蜀兵大亂，溺死者數千人，斬任滿，生獲程泛，而田戎走保江州。
彭上劉隆為南郡太守；自率輔威將軍臧宮、驍騎將軍劉歆長驅入江關。令軍中無得虜掠，所過百姓皆奉牛酒迎勞，彭複讓不受；百姓大喜，爭開門降。詔彭守益州牧，所下郡輒行太守事，彭若出界，卽以太守號付後將軍。選官屬守州中長吏。
彭到江州，以其城固糧多，難卒拔，留馮駿守之；自引兵乘利直指墊江，攻破平曲，收其米數十萬石。吳漢留夷陵，裝露橈繼進。
夏，先零羌寇臨洮。來歙薦馬援為隴西太守，擊先零羌，大破之。
公孫述以王元為將軍，使與領軍環安拒河池。六月，來歙與蓋延等進攻元、安，大破之，遂克下辨，乘勝遂進。蜀人大懼，使刺客刺歙，未殊，馳召蓋延。延見歙，因伏悲哀，不能仰視。歙叱延曰：“虎牙何敢然！今使者中刺客，無以報國，故呼巨卿，欲相屬以軍事，而反效兒女子涕泣乎！刃雖在身，不能勒兵斬公邪？”延收淚強起，受所誡。歙自書表曰：“臣夜人定後，為何人所賊傷，中臣要害。臣不敢自惜，誠恨奉職不稱，以為朝廷羞。夫理國以得賢為本，太中大夫段襄，骨鯁可任，願陛下裁察。又臣兄弟不肖，終恐被罪，陛下哀憐，數賜敎督。”投筆抽刃而絕。帝聞，大驚，省書攬涕。以揚武將軍馬成守中郎將代之。歙喪還洛陽，乘輿縞素臨吊、送葬。