裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕於馬上抱方回與仲德對哭；追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鍾據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖複不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。
壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚‖徐‖兗‖豫‖青‖冀‖幽‖幷八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止谘焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬弛，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛，桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣曆陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：“卿當為一代英雄。”裕嚐與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，酬恩報怨，何其狹哉！
尚書左仆射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅；綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作起居注，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與羣下議時事。起居注旣成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：“劉公衰老，有安齊之誌，不可告也。”雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己醜，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱製書，敎稱令書。以司馬休之監荊‖益‖梁‖寧‖秦‖雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書仆射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，眾益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：“今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而羣小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。”荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；及玄敗，眾謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嚐因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕箋白武陵王，迎還複位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇曆陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。
玄使武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：“賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。”眾曰：“澹之不在其中，得之無益。”無忌曰：“今眾寡不敵，戰無全勝，澹之旣不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之，得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。”道規曰：“善！”遂往攻而得之，因傳呼曰：“已得何澹之矣！”澹之軍中驚擾。無忌之眾亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師。加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡藩所乘艦為官軍所燒，藩全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞藩為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有眾二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄複帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：“若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。”
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖從弟悅代大｛冄阝｝謀殺社侖，不克，奔魏。
燕王熙於龍騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，暍死者太半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥眾自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，眾憚之，欲退還尋陽。道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。”因麾眾先進，毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是眾莫有鬬心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。
玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷肅討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇後及王皇後於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從；欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於闇中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中；屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫佑之及參軍費恬帥數百人送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚回洲。佑之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：“汝何人，敢殺天子！”遷曰：“我殺天子之賊耳！”遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾賾之，執桓升送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主於太廟。劉毅等傳送玄首，梟於大桁。
毅等旣戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍桓振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振雲“桓歆已克京邑，馮稚複克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。”振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚眾應之。閏月，己醜，複陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓升所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：“臣門戶何負國家，而屠滅若是！”琅邪王德文下床謂曰：“此豈我兄弟意邪！”振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。
癸巳，謙等帥羣臣奉璽綬於帝曰：“主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心複歸於晉矣。”以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙複為侍中、衛將軍，加江、豫二州刺史，帝侍禦左右，皆振之心腹也。
壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚‖徐‖兗‖豫‖青‖冀‖幽‖幷八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止谘焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬弛，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛，桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣曆陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：“卿當為一代英雄。”裕嚐與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，酬恩報怨，何其狹哉！
尚書左仆射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅；綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作起居注，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與羣下議時事。起居注旣成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：“劉公衰老，有安齊之誌，不可告也。”雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己醜，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱製書，敎稱令書。以司馬休之監荊‖益‖梁‖寧‖秦‖雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書仆射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，眾益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：“今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而羣小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。”荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；及玄敗，眾謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嚐因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕箋白武陵王，迎還複位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇曆陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。
玄使武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：“賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。”眾曰：“澹之不在其中，得之無益。”無忌曰：“今眾寡不敵，戰無全勝，澹之旣不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之，得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。”道規曰：“善！”遂往攻而得之，因傳呼曰：“已得何澹之矣！”澹之軍中驚擾。無忌之眾亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師。加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡藩所乘艦為官軍所燒，藩全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞藩為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有眾二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄複帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：“若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。”
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖從弟悅代大｛冄阝｝謀殺社侖，不克，奔魏。
燕王熙於龍騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，暍死者太半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥眾自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，眾憚之，欲退還尋陽。道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。”因麾眾先進，毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是眾莫有鬬心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。
玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷肅討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇後及王皇後於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從；欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於闇中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中；屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫佑之及參軍費恬帥數百人送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚回洲。佑之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：“汝何人，敢殺天子！”遷曰：“我殺天子之賊耳！”遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾賾之，執桓升送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主於太廟。劉毅等傳送玄首，梟於大桁。
毅等旣戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍桓振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振雲“桓歆已克京邑，馮稚複克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。”振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚眾應之。閏月，己醜，複陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓升所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：“臣門戶何負國家，而屠滅若是！”琅邪王德文下床謂曰：“此豈我兄弟意邪！”振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。
癸巳，謙等帥羣臣奉璽綬於帝曰：“主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心複歸於晉矣。”以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙複為侍中、衛將軍，加江、豫二州刺史，帝侍禦左右，皆振之心腹也。