玄自卽位，心常不自安。二月，己醜朔，夜，濤水入石頭，流殺人甚多，讙嘩震天。玄聞之懼，曰：“奴輩作矣！”
玄性苛細，好自矜伐。主者奏事，或一字不體，或片辭之謬，必加糾擿，以示聰明。尚書答詔誤書“春搜”為“春菟”，自左丞王納之以下，凡所關署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，詔令紛紜，有司奉答不暇；而紀綱不治，奏案停積，不能知也。又性好遊畋，或一日數出。遷居東宮，更繕宮室，土木並興，督迫嚴促，朝野騷然，思亂者眾。
玄遣使加益州刺史毛璩散騎常侍、左將軍。璩執留玄使，不受其命。璩，寶之孫也。玄以桓希為梁州刺史，分命諸將戍三巴以備之。璩傳檄遠近，列玄罪狀，遣巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊破希等，仍帥眾進屯白帝。
劉裕從徐‖兗二州刺史、安成王桓修入朝。玄謂王謐曰：“裕風骨不常，蓋人傑也。”每遊集，必引接殷勤，贈賜甚厚。玄後劉氏，有智鑒，謂玄曰：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之。”玄曰：“我方平蕩中原，非裕莫可用者；俟關、河平定，然後別議之耳。”
玄以桓弘為青州刺史，鎮廣陵；刁逵為豫州刺史，鎮曆陽。弘，修之弟；逵，彝之子也。
劉裕與何無忌同舟還京口，密謀興複晉室。劉邁弟毅家於京口，亦與無忌謀討玄。無忌曰：“桓氏強盛，其可圖乎？”毅曰：“天下自有強弱；苟為失道，雖強易弱，正患事主難得耳。”無忌曰：“天下草澤之中非無英雄也。”毅曰：“所見唯有劉下邳。”無忌笑而不答，還以告裕，遂與毅定謀。
初，太原王元德及弟仲德為苻氏起兵攻燕主垂，不克，來奔，朝廷以元德為弘農太守。仲德見桓玄稱帝，謂人曰：“自古革命誠非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶為青州主簿，桓弘使昶至建康，玄見而悅之，謂劉邁曰：“素士中得一尚書郎，卿與其州裏，寧相識否？”邁素與昶不善，對曰：“臣在京口，不聞昶有異能，唯聞父子紛紛更相贈詩耳。”玄笑而止。昶聞而恨之，旣還京口，裕謂昶曰：“草間當有英雄起，卿頗聞乎？”昶曰：“今日英雄有誰，正當是卿耳！”
於是裕、毅、無忌、元德、仲德、昶及裕弟道規、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、河內太守隴西辛扈興、振威將軍東莞童厚之，相與合謀起兵。道規為桓弘中兵參軍，裕使毅就道規及昶於江北，共殺弘，據廣陵；長民為刁逵參軍，使長民殺逵，據曆陽；元德、扈興、厚之在建康，使之聚眾攻玄為內應，刻期齊發。
孟昶妻周氏富於財，昶謂之曰：“劉邁毀我於桓公，使我一生淪陷，我決當作賊。卿幸早離絕，脫得富貴，相迎不晚也。”周氏曰：“君父母在堂，欲建非常之謀，豈婦人所能諫！事之不成，當於奚官中奉養大家，義無歸誌也。”昶悵然，久之而起。周氏追昶坐，曰：“觀君舉措，非謀及婦人者，不過欲得財物耳。”因指懷中兒示之曰：“此而可賣，亦當不惜。”遂傾貲以給之。昶弟顗妻，周氏之從妹也，周氏紿之曰：“昨夜夢殊不祥，門內絳色物宜悉取以為厭勝。”妹信而與之，遂盡縫以為軍士袍。
何無忌夜於屏風裏草檄文，其母，劉牢之姊也，登橙密窺之，泣曰：“吾不及東海呂母明矣。汝能如此，吾複何恨！”問所與同謀者，曰：“劉裕。”母尤喜，因為言玄必敗，舉事必成之理以勸之。
乙卯，裕托以遊獵，與無忌收合徒眾，得百餘人。丙辰，詰旦，京口城開，無忌著傳詔服，稱敕使，居前，徒眾隨之齊入，卽斬桓修以徇。修司馬刁弘帥文武佐吏來赴，裕登城，謂之曰：“郭江州已奉乘輿返正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，今日賊玄之首已當梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎，今來欲何為！”弘等信之，收眾而退。
裕問無忌曰：“今急須一府主簿，何由得之？”無忌曰：“無過劉道民。”道民者，東莞劉穆之也。裕曰：“吾亦識之。”卽馳信召焉。時穆之聞京口讙噪聲，晨起，出陌頭，屬與信會。穆之直視不言者久之，旣而返室，壞布裳為袴，往見裕。裕曰：“始舉大義，方造艱難，須一軍吏甚急，卿謂誰堪其選？”穆之曰：“貴府始建，軍吏實須其才，倉猝之際，略當無見踰者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事濟矣。”卽於坐署主簿。
孟昶勸桓弘其日出獵，天未明，開門出獵人；昶與劉毅、劉道規帥壯士數十人直入，弘方噉粥，卽斬之。因收眾濟江。裕使毅誅刁弘。
先是，裕遣同謀周安穆入建康報劉邁，邁雖酬許，意甚惶懼；安穆慮事泄，乃馳歸。玄以邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：“北府人情雲何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。旣而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。
眾推劉裕為盟主，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之眾千七百人，軍於竹裏，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長民已據曆陽。
玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新野王桓謙征討都督，以殷仲文代桓修為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：“彼兵銳甚，計出萬死，若有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣，不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百裏，無所得，銳氣已挫，忽見大軍，必驚愕；我按兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走，此策之上也。”謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷相繼北上。
玄憂懼特甚。或曰：“裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深？”玄曰：“劉裕足為一世之雄；劉毅家無簷石之儲，樗蒲一擲百萬；何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！”
南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱藩，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之製也。車騎僻在遐藩，密邇勍寇，蓋為國家重門之防；不圖陛下忽以為嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不許。
初，袁真殺朱憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大呼以衝之，眾皆披靡，卽斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀憑之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為托。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。
玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問羣臣曰：“朕其敗乎？”吏部郎曹靖之對曰：“民怨神怒，臣實懼焉。”玄曰：“民或可怨，神何為怒？”對曰：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓謙及遊擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，眾合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，布滿山穀。玄偵候者還，雲“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬬誌。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎熛天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子升，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡藩，執馬鞚諫曰：“今羽林射手猶有八百，皆是義故，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天；因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，升抱其胸而撫之，玄悲不自勝。
玄性苛細，好自矜伐。主者奏事，或一字不體，或片辭之謬，必加糾擿，以示聰明。尚書答詔誤書“春搜”為“春菟”，自左丞王納之以下，凡所關署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，詔令紛紜，有司奉答不暇；而紀綱不治，奏案停積，不能知也。又性好遊畋，或一日數出。遷居東宮，更繕宮室，土木並興，督迫嚴促，朝野騷然，思亂者眾。
玄遣使加益州刺史毛璩散騎常侍、左將軍。璩執留玄使，不受其命。璩，寶之孫也。玄以桓希為梁州刺史，分命諸將戍三巴以備之。璩傳檄遠近，列玄罪狀，遣巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊破希等，仍帥眾進屯白帝。
劉裕從徐‖兗二州刺史、安成王桓修入朝。玄謂王謐曰：“裕風骨不常，蓋人傑也。”每遊集，必引接殷勤，贈賜甚厚。玄後劉氏，有智鑒，謂玄曰：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之。”玄曰：“我方平蕩中原，非裕莫可用者；俟關、河平定，然後別議之耳。”
玄以桓弘為青州刺史，鎮廣陵；刁逵為豫州刺史，鎮曆陽。弘，修之弟；逵，彝之子也。
劉裕與何無忌同舟還京口，密謀興複晉室。劉邁弟毅家於京口，亦與無忌謀討玄。無忌曰：“桓氏強盛，其可圖乎？”毅曰：“天下自有強弱；苟為失道，雖強易弱，正患事主難得耳。”無忌曰：“天下草澤之中非無英雄也。”毅曰：“所見唯有劉下邳。”無忌笑而不答，還以告裕，遂與毅定謀。
初，太原王元德及弟仲德為苻氏起兵攻燕主垂，不克，來奔，朝廷以元德為弘農太守。仲德見桓玄稱帝，謂人曰：“自古革命誠非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶為青州主簿，桓弘使昶至建康，玄見而悅之，謂劉邁曰：“素士中得一尚書郎，卿與其州裏，寧相識否？”邁素與昶不善，對曰：“臣在京口，不聞昶有異能，唯聞父子紛紛更相贈詩耳。”玄笑而止。昶聞而恨之，旣還京口，裕謂昶曰：“草間當有英雄起，卿頗聞乎？”昶曰：“今日英雄有誰，正當是卿耳！”
於是裕、毅、無忌、元德、仲德、昶及裕弟道規、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、河內太守隴西辛扈興、振威將軍東莞童厚之，相與合謀起兵。道規為桓弘中兵參軍，裕使毅就道規及昶於江北，共殺弘，據廣陵；長民為刁逵參軍，使長民殺逵，據曆陽；元德、扈興、厚之在建康，使之聚眾攻玄為內應，刻期齊發。
孟昶妻周氏富於財，昶謂之曰：“劉邁毀我於桓公，使我一生淪陷，我決當作賊。卿幸早離絕，脫得富貴，相迎不晚也。”周氏曰：“君父母在堂，欲建非常之謀，豈婦人所能諫！事之不成，當於奚官中奉養大家，義無歸誌也。”昶悵然，久之而起。周氏追昶坐，曰：“觀君舉措，非謀及婦人者，不過欲得財物耳。”因指懷中兒示之曰：“此而可賣，亦當不惜。”遂傾貲以給之。昶弟顗妻，周氏之從妹也，周氏紿之曰：“昨夜夢殊不祥，門內絳色物宜悉取以為厭勝。”妹信而與之，遂盡縫以為軍士袍。
何無忌夜於屏風裏草檄文，其母，劉牢之姊也，登橙密窺之，泣曰：“吾不及東海呂母明矣。汝能如此，吾複何恨！”問所與同謀者，曰：“劉裕。”母尤喜，因為言玄必敗，舉事必成之理以勸之。
乙卯，裕托以遊獵，與無忌收合徒眾，得百餘人。丙辰，詰旦，京口城開，無忌著傳詔服，稱敕使，居前，徒眾隨之齊入，卽斬桓修以徇。修司馬刁弘帥文武佐吏來赴，裕登城，謂之曰：“郭江州已奉乘輿返正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，今日賊玄之首已當梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎，今來欲何為！”弘等信之，收眾而退。
裕問無忌曰：“今急須一府主簿，何由得之？”無忌曰：“無過劉道民。”道民者，東莞劉穆之也。裕曰：“吾亦識之。”卽馳信召焉。時穆之聞京口讙噪聲，晨起，出陌頭，屬與信會。穆之直視不言者久之，旣而返室，壞布裳為袴，往見裕。裕曰：“始舉大義，方造艱難，須一軍吏甚急，卿謂誰堪其選？”穆之曰：“貴府始建，軍吏實須其才，倉猝之際，略當無見踰者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事濟矣。”卽於坐署主簿。
孟昶勸桓弘其日出獵，天未明，開門出獵人；昶與劉毅、劉道規帥壯士數十人直入，弘方噉粥，卽斬之。因收眾濟江。裕使毅誅刁弘。
先是，裕遣同謀周安穆入建康報劉邁，邁雖酬許，意甚惶懼；安穆慮事泄，乃馳歸。玄以邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：“北府人情雲何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。旣而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。
眾推劉裕為盟主，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之眾千七百人，軍於竹裏，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長民已據曆陽。
玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新野王桓謙征討都督，以殷仲文代桓修為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：“彼兵銳甚，計出萬死，若有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣，不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百裏，無所得，銳氣已挫，忽見大軍，必驚愕；我按兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走，此策之上也。”謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷相繼北上。
玄憂懼特甚。或曰：“裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深？”玄曰：“劉裕足為一世之雄；劉毅家無簷石之儲，樗蒲一擲百萬；何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！”
南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱藩，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之製也。車騎僻在遐藩，密邇勍寇，蓋為國家重門之防；不圖陛下忽以為嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不許。
初，袁真殺朱憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大呼以衝之，眾皆披靡，卽斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀憑之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為托。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。
玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問羣臣曰：“朕其敗乎？”吏部郎曹靖之對曰：“民怨神怒，臣實懼焉。”玄曰：“民或可怨，神何為怒？”對曰：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓謙及遊擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，眾合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，布滿山穀。玄偵候者還，雲“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬬誌。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎熛天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子升，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡藩，執馬鞚諫曰：“今羽林射手猶有八百，皆是義故，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天；因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，升抱其胸而撫之，玄悲不自勝。