天京攻克了，曾國藩還得按部就班，先以曾國荃信上寫的攻城、殺“賊”等情節，向皇帝擬《報捷折》。以後的幾天，曾國荃隨時都送來大疊大疊的信件，曾國藩雖未臨戰，也知道了破城的詳情。他的報捷折、保舉折都是綜合南京送來的信件寫成的。
奏折發出去後，曾國藩等著清廷的批複，他急待知道清政府的態度。
六月二十四日(7月27日)，終於等來了上諭。此篇上諭，是皇太後、皇帝看了曾國藩奏報後當日發出的，為湘軍攻克天京而稱賀，賞加曾國藩太子太保銜，賜封一等侯爵，賞戴雙眼花翎。曾國藩接旨後，於當天乘輪赴南京視察。他要了解被攻破的金陵的具體情況，要親自審問“長毛”的緊要人物李秀成，要勸說曾國荃如何闖過“功高蓋主”這一關。
在審訊李秀成的過程中，他知道了攻破天京時太平軍的實際人數，並不像曾國荃所說的金陵城內的10萬太平軍，被湘軍全部殺斃了。同時了解到幼主洪天貴福在湘軍大肆搶掠，秩序混亂之際逃出金陵，亦不像曾國荃所說，已在城破時“舉火**”。李秀成還供認：天京城內有“聖庫”、有金銀珠寶的窖藏等，這些情況與自己的奏報大不相符。這些情況，如果被清廷審問知道了，將成為他“欺君罔上”的罪證。於是他寧可違背將李秀成押送京師的旨意，在七月六日(8月7日)將李秀成殺害，並大量塗改了《李秀成自述》，以掩蓋湘軍搶掠財物的罪證，掩蓋他們屢屢謊報軍情的欺君行為。
曾國藩親眼看到金陵各城被自己的軍隊焚燒、破壞的慘狀，感慨地說：“自五季以來生靈塗炭殆無逾於今日。”他還親眼見到湘軍官兵尚在繼續搜尋財物的卑劣行徑；見到湘軍將領們搶掠私藏的大量財物；見到湘軍營內私藏的大批婦女。尤其親眼見到李臣典**婦女過度而致病的情景，親至其營內看望他，並眼看著這個無恥之徒死去。
曾國藩看了浩劫之後金陵的慘景，看了湘軍官兵勢同強盜的情景，心情更加沉重了。他深刻地了解自己的“九弟”，了解他率帶的軍官和士兵，他們不理解月虧水溢的道理，他們隻知爭功搶掠。思之再四，他決心先為自己的九弟找一條通向安全島的路子。
在滿目淒涼的天京城裏，在熊熊大火尚在燃燒之時，曾國藩和他的湘軍將領們拜接了清廷新頒的上諭。上諭對曾國藩封賞沒有變化，還是在安慶臨行前看到的上諭內容，隻是增加了一段軍興以來的“勳績”表彰。而後是對曾國荃的“功績”的表彰，封其為太子少保、一等伯爵。接著是李臣典、蕭孚泗分別封子爵和男爵；朱洪章、劉連捷、張詩日、彭毓橘等加封騎都尉或輕車都尉。不知何故，同是封賞卻分兩道上諭。在另一道上諭裏，對僧格林沁、官、李鴻章、楊嶽斌、彭玉麟、駱秉章、鮑超、都興阿、左宗棠、沈葆楨及江寧將軍富明阿分別給予表彰和封賞，賞賜不比曾國荃等低。如僧格林沁加封貝勒一名，由其子受封(前已封親王)；官加封伯爵，本支抬旗；李鴻章加封伯爵等。
曾國荃對自己的封賞並不滿意，牢騷話剛一出口，又一道上諭發到，直接點了他的名，指責他“指揮失宜，遂使偽忠酋夾帶偽幼主一千餘人，從太平門缺口突出”；並指責曾國藩奏報幼天王“積薪**”情況失真，責令他懲罰防守缺口不力人員；還說“金陵城陷於賊中十餘年，外間傳聞金銀如海，百貨充盈”，勒令曾國藩查清報部，以備撥用。上諭中殺機畢露之處是：“曾國藩以儒臣從戎，曆年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名，惟所部諸將，自曾國荃以下，均應由該大臣隨時申儆，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷。”
曾國藩擔心的事情在這篇上諭中全部出現了：朝廷追要幼天王等逃失人犯、謊報軍情、追要天京“如海”的金銀、懲處防守不嚴之人、指責曾國荃“驟勝而驕”。做不到這一切就難以“永保勳名”，也就不能“長承恩眷”。
曾國藩被這一紙上諭驚得熱汗直流。看來，再不“自惕自概”，就將被太後“概之”、皇帝“概之”了。
聽完上諭，連粗野驕橫的曾國荃也連驚帶氣，病倒在軍營裏。
曾國藩看望弟弟，老九一把拉住哥哥，委屈、憤恨得欲哭無淚。曾國藩見他並無多大病，乘機狠勸了弟弟一通。曾國荃不知深淺，隻怪清政府獎賞不公，以為自己率領湘軍圍攻金陵幾年，遭受了說不盡的苦處，同“長毛”拚過無數次血仗，死了千百兄弟，最後不僅封賜不厚，反而弄了一身不是。最讓他不理解的是，金陵城破，隻逃走千餘名太平軍就要嚴加懲辦，杭州城破時，陳炳率數萬太平軍逃出城去，左宗棠為何未受指責?
曾國荃一提左宗棠，頓時觸動了曾國藩的痛處。他根據曾國荃的報告，上奏說幼天王“積薪**”，而皇帝的“上諭”中說根據浙江方麵奏報，幼天王由天京逃出。浙江方麵的奏報，一定是左宗棠了，自己對左氏不薄，何以在此時告自己的黑狀!
曾國藩的猜測是對的，沒過幾天左宗棠也就寫信告訴他，說是從難民中得知洪天貴福由李秀成等保護逃出城去。然而，左宗棠為何要上報皇帝呢?這位與自己相交30年的老朋友，在這麽大的事情上不僅對自己毫不留情麵，反在背後捅了他一刀。
最讓曾氏兄弟難辦的是，皇帝勒令他們查清金陵城裏的金銀，逼著他們“報部撥用”。曾國荃實告哥哥：金銀確是不少，但城破以來，早被湘軍數萬官兵搶走，分散在各自的腰包，多數已運回老家了，如何還能“查清”，又如何“報部”?
“況且，還要我們把李秀成、洪仁達押送京師。這兩個人已被殺死了，如何送得去!”曾國荃越說越氣，下得床來，摩拳擦掌。據傳聞，就在這次談話中，曾國荃要讓哥哥學趙匡胤，搞陳橋兵變，黃袍加身。他說：“皇帝逼得這麽緊，湘軍上下怨聲載道。我的吉字營5萬，彭玉麟、楊載福水師2萬，鮑超、張運蘭、蕭啟江共5萬。這10餘萬人馬，八旗、綠營都不是我們的敵手！”
曾國藩沒等弟弟說完就堅決地製止了曾國荃再講下去。他知道，曾國荃的話若被人聽去告發，就會立即遭來滅族之禍。曾國藩以他對清朝兩百多年曆史的了解，以他個人數十年的經曆，深知清政府雖對洋人的欺淩、對吏治的敗壞、對民生的凋敝，都軟弱無能，束手無策，但對漢宮的防範製裁，卻是老謀深算，有的是辦法。眼下，雖然湘軍兵力在江南數省占著優勢，但官據長江上遊，富明阿、馮子才分守揚州、鎮江，僧格林沁屯兵鄂皖之間，分明是清政府對湘軍早有防範。浙江的左宗棠、江西的沈葆楨，早被清政府拉了過去，成為湘軍背後的兩支利芒。湘軍號稱30萬，他能調動的隻有十餘萬人。這十餘萬人中，曾國荃、彭玉麟、鮑超等部是忠於他的。李鴻章與他的關係不錯，但真正到了生死關頭，李鴻章不一定會像彭玉麟那樣對他死心追隨，很可能會站到清政府那邊去。
即使黃袍加身了，恐怕就真的會重演趙匡胤與趙光義的故事，曾老九心高氣傲、倔強狠毒，要勝過當年的趙光義多少倍。他能把黃袍加在自己身上，也就會隨時被奪走。“燭光斧影，千古之謎”，也許老九就是當今的趙光義。
他轉念再想，金陵被湘軍攻下來了，“長毛”鬧得清政府束手無策，也是被湘軍打敗的。金陵剛破，清政府就要給曾氏顏色看，其實這並不為怪，清廷建製兩百多年，有幾個像曾氏這般手握重兵的漢人?這樣炙手可熱，功高蓋主怎能令皇帝放心!曾老九的要學趙匡胤，正說明清政府防範有因，假若自己同意了老九的計劃，就說明太後與皇上料事之準了。可是，曾國藩不會違背“忠君敬上”的儒家信條，如今雖受了點窩囊氣，但那畢竟是清廷的警告，若以朝廷的旨意而行，自己則不會失“功臣”之名，侯爵之位。
曾國藩思之再三，認為眼下最要緊的是讓朝廷對自己放心，而朝廷對自己最放心不下的是自己手中這十幾萬軍隊。當時就有人言：“3000裏長江上下，無一船不掛曾字旗!”是啊，這是清朝開國從來沒有的事。怎能令太後、皇上心安意舒?湘軍原來就不是國家的經製之軍，不過是“長毛”起事臨時招募的應急之師，現在“長毛”已平，理應裁撤了。他回憶這些天見到的湘軍從營官到士兵的表現，知道這支軍隊也真該解散了。“嗯，裁去他一大半，一是讓朝廷對自己放心；二是自己也甩去一個沉重的負擔!”
這是曾國藩與他的九弟談話後做出的第一個決定。
決定後立即向清廷奏請裁軍一事，清政府很快批準，但提出不可裁撤太驟，恐遣散之勇聚眾鬧事，要曾國藩將精壯之兵留下補充綠營。但曾國藩未予理睬，於七月二十日(8月21日)下令裁撤江寧吉字營湘軍25萬人。裁軍問題進展並不順利，其將領皆依軍隊自重，所以，曾國藩未采納清廷“留精壯補綠營”的意見，而采納了不可“驟裁”的意見，陸續將湘軍裁撤。
當時曾國藩的湘軍嫡係7萬餘人，鮑超、周寬世2萬餘已赴援江西，由沈葆楨指揮了，手中僅餘曾國荃統領的5萬餘人，正是清政府不放心的軍隊。七月二十日(8月21日)先裁25萬人，留1萬人守江寧，15萬人為城外遊擊之師。到同治四年二月(1865年3月)，守城部隊僅餘2000人，城外的遊擊之師也所餘無幾。再到清政府命曾國藩北上鎮壓撚軍時，曾國藩手中除了劉鬆山統領的“老湘營”少量湘軍，基本再無軍隊了。
湘軍裁撤，軍餉也就不需再留，曾國藩在清政府逼令他交出金陵金銀之時，他一麵上奏金陵城確無金銀可以“報部撥用”；一麵上奏停解湘軍軍餉，用以作為交換條件。
當年七月二十日(8月19日)，奏請裁軍，七月二十九日(8月30日)即奏請停解湘軍軍餉，第一筆是停解廣東厘金。這是一筆可觀的、也是湘軍軍餉中最可靠的開支來源，自同治元年(1862年)以來，即供金陵圍城軍120萬兩。曾氏請求停解，正說明他的誠意。清政府接到他的奏折後，立即批準，諭旨還要曾國藩可留其三成作餉，也被他拒絕留用。
接著，他又奏請停解江西的軍餉，即前不久同沈葆楨爭奪的那部分厘金。清廷也予以批準，因鮑超、周寬世兩軍赴援江西，停解南京的江西厘金大部改供鮑超等軍了。
隨後，曾國藩又奏請停收湖南的“東征厘金”。所謂“東征厘金”，是鹹豐十年(1860年)湘軍圍攻安慶時向湖南加派的軍餉。當曾國藩奏請停收、停解時，升為陝甘總督的楊載福奏請將“東征厘”改為“西征厘”。當時爆發西北回民起義，清政府急於鎮壓，就同意了楊載福的奏請。但曾國藩堅決不同意再收湖南厘金，要求撤銷當年由他申請成立的“東征局”。後經反複爭吵、榷商，將湖南厘金改為“厘票”，撤銷“東征局”，由湖南省主持把部分“厘票”接濟楊載福。
由於曾國藩主動申請停解軍餉供應，多少平息了輿論對湘軍和曾氏的攻擊，清政府也不再追問南京的金銀了。
在奏撤湘軍、停解軍餉的同時，曾國藩又於同治三年八月二十七日(1864年9月27日)上奏其弟曾國荃開缺回籍。這份奏疏是曾國藩在金陵月餘後再回安慶時上奏的。原來此時朝野上下輿論沸騰，皆言曾國荃為“老饕”。禦史朱鎮、廖世民、蔡壽棋三人上奏折彈劾曾國荃、曾國藩及湘軍將領們占軍政高位，乘時而起，實非國家之福，而將為國家之患。羅列曾國荃及湘軍將領搶掠金陵，湘軍士兵虐害地方的種種罪行。要求朝廷對曾氏兄弟及湘軍將領進行調查、懲處。
曾國藩閱罷三禦史的彈劾奏章，立即派人給曾國荃送信，要他做好準備，辭官開缺回籍。同時上奏朝廷，代曾國荃申請開缺。
曾國藩上奏的第8天，即九月五日(10月5日)，清廷便批複了準曾國荃開缺的上諭，可見當時清政府對曾國荃的惡感和不放心。一般地說，曾國荃攻克金陵，戰功赫赫，身為巡撫之職，又是曾國藩的親弟弟，即使有意開缺，總要客氣一番的。
同治三年九月八日(1864年10月8日)，曾國藩由安慶回金陵，正式將兩江總督衙門設於原英王府。滿堂賓客，共慶典禮。盛會之上，曾國荃以大功不賞，反被逼令開缺回籍，三杯酒下肚後又哭又鬧，攪得盛典難成，曾國藩也狼狽萬狀，“直無地置麵目”。為了安慰弟弟，在他41歲生日那天，曾國藩派趙烈登門勸慰，並寫了十幾首詩為之慶壽。詩篇記述了曾氏兄弟創辦湘軍，為清廷征戰十餘載，討平了太平天國農民起義，創立了豐功偉績，但卻遭到嫉謗，所謂“十載艱難下百城，漫天箕口複縱橫”。他勸曾國荃暫且回籍修養，不必把開缺一事看得過重。但寫詩的曾國藩畢竟也是心有不平，萬般委屈雖能安慰弟弟，但詩篇裏卻飽含了無限怨憤和傷感。當曾國荃讀到“河山策命冠時髦，魯衛同封異數叨。刮骨箭瘢天鑒否?可憐叔子獨賢勞”幾句時，他想到自己征戰多年，身上滿帶刀箭之傷，兄長知道，自己知道，然而蒼天是否知道?而嫉恨者不知自己和湘軍兄弟征戰之苦，卻詆毀咒罵，使自己得到了如此結果，滿腹的委屈和痛苦，使他忍不住放聲大哭。
十月四日(11月2日)，曾國荃憤憤不平而又無可奈何地返回湖南老家。回籍後“杜門謝客，以書帖自娛”。當時太平軍雖大致被鎮壓，但撚軍複起，西北回民起義複起，天下並未太平，清政府在曾國荃回籍數月後，又下旨令其“入京陛見”，第二年又簡授為山西巡撫，他都托病堅辭，不肯從命。後來雖勉強接受了湖北巡撫，不久又借故辭歸，再不像圍攻金陵時那般替清政府賣命了。
奏折發出去後，曾國藩等著清廷的批複，他急待知道清政府的態度。
六月二十四日(7月27日)，終於等來了上諭。此篇上諭，是皇太後、皇帝看了曾國藩奏報後當日發出的，為湘軍攻克天京而稱賀，賞加曾國藩太子太保銜，賜封一等侯爵，賞戴雙眼花翎。曾國藩接旨後，於當天乘輪赴南京視察。他要了解被攻破的金陵的具體情況，要親自審問“長毛”的緊要人物李秀成，要勸說曾國荃如何闖過“功高蓋主”這一關。
在審訊李秀成的過程中，他知道了攻破天京時太平軍的實際人數，並不像曾國荃所說的金陵城內的10萬太平軍，被湘軍全部殺斃了。同時了解到幼主洪天貴福在湘軍大肆搶掠，秩序混亂之際逃出金陵，亦不像曾國荃所說，已在城破時“舉火**”。李秀成還供認：天京城內有“聖庫”、有金銀珠寶的窖藏等，這些情況與自己的奏報大不相符。這些情況，如果被清廷審問知道了，將成為他“欺君罔上”的罪證。於是他寧可違背將李秀成押送京師的旨意，在七月六日(8月7日)將李秀成殺害，並大量塗改了《李秀成自述》，以掩蓋湘軍搶掠財物的罪證，掩蓋他們屢屢謊報軍情的欺君行為。
曾國藩親眼看到金陵各城被自己的軍隊焚燒、破壞的慘狀，感慨地說：“自五季以來生靈塗炭殆無逾於今日。”他還親眼見到湘軍官兵尚在繼續搜尋財物的卑劣行徑；見到湘軍將領們搶掠私藏的大量財物；見到湘軍營內私藏的大批婦女。尤其親眼見到李臣典**婦女過度而致病的情景，親至其營內看望他，並眼看著這個無恥之徒死去。
曾國藩看了浩劫之後金陵的慘景，看了湘軍官兵勢同強盜的情景，心情更加沉重了。他深刻地了解自己的“九弟”，了解他率帶的軍官和士兵，他們不理解月虧水溢的道理，他們隻知爭功搶掠。思之再四，他決心先為自己的九弟找一條通向安全島的路子。
在滿目淒涼的天京城裏，在熊熊大火尚在燃燒之時，曾國藩和他的湘軍將領們拜接了清廷新頒的上諭。上諭對曾國藩封賞沒有變化，還是在安慶臨行前看到的上諭內容，隻是增加了一段軍興以來的“勳績”表彰。而後是對曾國荃的“功績”的表彰，封其為太子少保、一等伯爵。接著是李臣典、蕭孚泗分別封子爵和男爵；朱洪章、劉連捷、張詩日、彭毓橘等加封騎都尉或輕車都尉。不知何故，同是封賞卻分兩道上諭。在另一道上諭裏，對僧格林沁、官、李鴻章、楊嶽斌、彭玉麟、駱秉章、鮑超、都興阿、左宗棠、沈葆楨及江寧將軍富明阿分別給予表彰和封賞，賞賜不比曾國荃等低。如僧格林沁加封貝勒一名，由其子受封(前已封親王)；官加封伯爵，本支抬旗；李鴻章加封伯爵等。
曾國荃對自己的封賞並不滿意，牢騷話剛一出口，又一道上諭發到，直接點了他的名，指責他“指揮失宜，遂使偽忠酋夾帶偽幼主一千餘人，從太平門缺口突出”；並指責曾國藩奏報幼天王“積薪**”情況失真，責令他懲罰防守缺口不力人員；還說“金陵城陷於賊中十餘年，外間傳聞金銀如海，百貨充盈”，勒令曾國藩查清報部，以備撥用。上諭中殺機畢露之處是：“曾國藩以儒臣從戎，曆年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名，惟所部諸將，自曾國荃以下，均應由該大臣隨時申儆，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷。”
曾國藩擔心的事情在這篇上諭中全部出現了：朝廷追要幼天王等逃失人犯、謊報軍情、追要天京“如海”的金銀、懲處防守不嚴之人、指責曾國荃“驟勝而驕”。做不到這一切就難以“永保勳名”，也就不能“長承恩眷”。
曾國藩被這一紙上諭驚得熱汗直流。看來，再不“自惕自概”，就將被太後“概之”、皇帝“概之”了。
聽完上諭，連粗野驕橫的曾國荃也連驚帶氣，病倒在軍營裏。
曾國藩看望弟弟，老九一把拉住哥哥，委屈、憤恨得欲哭無淚。曾國藩見他並無多大病，乘機狠勸了弟弟一通。曾國荃不知深淺，隻怪清政府獎賞不公，以為自己率領湘軍圍攻金陵幾年，遭受了說不盡的苦處，同“長毛”拚過無數次血仗，死了千百兄弟，最後不僅封賜不厚，反而弄了一身不是。最讓他不理解的是，金陵城破，隻逃走千餘名太平軍就要嚴加懲辦，杭州城破時，陳炳率數萬太平軍逃出城去，左宗棠為何未受指責?
曾國荃一提左宗棠，頓時觸動了曾國藩的痛處。他根據曾國荃的報告，上奏說幼天王“積薪**”，而皇帝的“上諭”中說根據浙江方麵奏報，幼天王由天京逃出。浙江方麵的奏報，一定是左宗棠了，自己對左氏不薄，何以在此時告自己的黑狀!
曾國藩的猜測是對的，沒過幾天左宗棠也就寫信告訴他，說是從難民中得知洪天貴福由李秀成等保護逃出城去。然而，左宗棠為何要上報皇帝呢?這位與自己相交30年的老朋友，在這麽大的事情上不僅對自己毫不留情麵，反在背後捅了他一刀。
最讓曾氏兄弟難辦的是，皇帝勒令他們查清金陵城裏的金銀，逼著他們“報部撥用”。曾國荃實告哥哥：金銀確是不少，但城破以來，早被湘軍數萬官兵搶走，分散在各自的腰包，多數已運回老家了，如何還能“查清”，又如何“報部”?
“況且，還要我們把李秀成、洪仁達押送京師。這兩個人已被殺死了，如何送得去!”曾國荃越說越氣，下得床來，摩拳擦掌。據傳聞，就在這次談話中，曾國荃要讓哥哥學趙匡胤，搞陳橋兵變，黃袍加身。他說：“皇帝逼得這麽緊，湘軍上下怨聲載道。我的吉字營5萬，彭玉麟、楊載福水師2萬，鮑超、張運蘭、蕭啟江共5萬。這10餘萬人馬，八旗、綠營都不是我們的敵手！”
曾國藩沒等弟弟說完就堅決地製止了曾國荃再講下去。他知道，曾國荃的話若被人聽去告發，就會立即遭來滅族之禍。曾國藩以他對清朝兩百多年曆史的了解，以他個人數十年的經曆，深知清政府雖對洋人的欺淩、對吏治的敗壞、對民生的凋敝，都軟弱無能，束手無策，但對漢宮的防範製裁，卻是老謀深算，有的是辦法。眼下，雖然湘軍兵力在江南數省占著優勢，但官據長江上遊，富明阿、馮子才分守揚州、鎮江，僧格林沁屯兵鄂皖之間，分明是清政府對湘軍早有防範。浙江的左宗棠、江西的沈葆楨，早被清政府拉了過去，成為湘軍背後的兩支利芒。湘軍號稱30萬，他能調動的隻有十餘萬人。這十餘萬人中，曾國荃、彭玉麟、鮑超等部是忠於他的。李鴻章與他的關係不錯，但真正到了生死關頭，李鴻章不一定會像彭玉麟那樣對他死心追隨，很可能會站到清政府那邊去。
即使黃袍加身了，恐怕就真的會重演趙匡胤與趙光義的故事，曾老九心高氣傲、倔強狠毒，要勝過當年的趙光義多少倍。他能把黃袍加在自己身上，也就會隨時被奪走。“燭光斧影，千古之謎”，也許老九就是當今的趙光義。
他轉念再想，金陵被湘軍攻下來了，“長毛”鬧得清政府束手無策，也是被湘軍打敗的。金陵剛破，清政府就要給曾氏顏色看，其實這並不為怪，清廷建製兩百多年，有幾個像曾氏這般手握重兵的漢人?這樣炙手可熱，功高蓋主怎能令皇帝放心!曾老九的要學趙匡胤，正說明清政府防範有因，假若自己同意了老九的計劃，就說明太後與皇上料事之準了。可是，曾國藩不會違背“忠君敬上”的儒家信條，如今雖受了點窩囊氣，但那畢竟是清廷的警告，若以朝廷的旨意而行，自己則不會失“功臣”之名，侯爵之位。
曾國藩思之再三，認為眼下最要緊的是讓朝廷對自己放心，而朝廷對自己最放心不下的是自己手中這十幾萬軍隊。當時就有人言：“3000裏長江上下，無一船不掛曾字旗!”是啊，這是清朝開國從來沒有的事。怎能令太後、皇上心安意舒?湘軍原來就不是國家的經製之軍，不過是“長毛”起事臨時招募的應急之師，現在“長毛”已平，理應裁撤了。他回憶這些天見到的湘軍從營官到士兵的表現，知道這支軍隊也真該解散了。“嗯，裁去他一大半，一是讓朝廷對自己放心；二是自己也甩去一個沉重的負擔!”
這是曾國藩與他的九弟談話後做出的第一個決定。
決定後立即向清廷奏請裁軍一事，清政府很快批準，但提出不可裁撤太驟，恐遣散之勇聚眾鬧事，要曾國藩將精壯之兵留下補充綠營。但曾國藩未予理睬，於七月二十日(8月21日)下令裁撤江寧吉字營湘軍25萬人。裁軍問題進展並不順利，其將領皆依軍隊自重，所以，曾國藩未采納清廷“留精壯補綠營”的意見，而采納了不可“驟裁”的意見，陸續將湘軍裁撤。
當時曾國藩的湘軍嫡係7萬餘人，鮑超、周寬世2萬餘已赴援江西，由沈葆楨指揮了，手中僅餘曾國荃統領的5萬餘人，正是清政府不放心的軍隊。七月二十日(8月21日)先裁25萬人，留1萬人守江寧，15萬人為城外遊擊之師。到同治四年二月(1865年3月)，守城部隊僅餘2000人，城外的遊擊之師也所餘無幾。再到清政府命曾國藩北上鎮壓撚軍時，曾國藩手中除了劉鬆山統領的“老湘營”少量湘軍，基本再無軍隊了。
湘軍裁撤，軍餉也就不需再留，曾國藩在清政府逼令他交出金陵金銀之時，他一麵上奏金陵城確無金銀可以“報部撥用”；一麵上奏停解湘軍軍餉，用以作為交換條件。
當年七月二十日(8月19日)，奏請裁軍，七月二十九日(8月30日)即奏請停解湘軍軍餉，第一筆是停解廣東厘金。這是一筆可觀的、也是湘軍軍餉中最可靠的開支來源，自同治元年(1862年)以來，即供金陵圍城軍120萬兩。曾氏請求停解，正說明他的誠意。清政府接到他的奏折後，立即批準，諭旨還要曾國藩可留其三成作餉，也被他拒絕留用。
接著，他又奏請停解江西的軍餉，即前不久同沈葆楨爭奪的那部分厘金。清廷也予以批準，因鮑超、周寬世兩軍赴援江西，停解南京的江西厘金大部改供鮑超等軍了。
隨後，曾國藩又奏請停收湖南的“東征厘金”。所謂“東征厘金”，是鹹豐十年(1860年)湘軍圍攻安慶時向湖南加派的軍餉。當曾國藩奏請停收、停解時，升為陝甘總督的楊載福奏請將“東征厘”改為“西征厘”。當時爆發西北回民起義，清政府急於鎮壓，就同意了楊載福的奏請。但曾國藩堅決不同意再收湖南厘金，要求撤銷當年由他申請成立的“東征局”。後經反複爭吵、榷商，將湖南厘金改為“厘票”，撤銷“東征局”，由湖南省主持把部分“厘票”接濟楊載福。
由於曾國藩主動申請停解軍餉供應，多少平息了輿論對湘軍和曾氏的攻擊，清政府也不再追問南京的金銀了。
在奏撤湘軍、停解軍餉的同時，曾國藩又於同治三年八月二十七日(1864年9月27日)上奏其弟曾國荃開缺回籍。這份奏疏是曾國藩在金陵月餘後再回安慶時上奏的。原來此時朝野上下輿論沸騰，皆言曾國荃為“老饕”。禦史朱鎮、廖世民、蔡壽棋三人上奏折彈劾曾國荃、曾國藩及湘軍將領們占軍政高位，乘時而起，實非國家之福，而將為國家之患。羅列曾國荃及湘軍將領搶掠金陵，湘軍士兵虐害地方的種種罪行。要求朝廷對曾氏兄弟及湘軍將領進行調查、懲處。
曾國藩閱罷三禦史的彈劾奏章，立即派人給曾國荃送信，要他做好準備，辭官開缺回籍。同時上奏朝廷，代曾國荃申請開缺。
曾國藩上奏的第8天，即九月五日(10月5日)，清廷便批複了準曾國荃開缺的上諭，可見當時清政府對曾國荃的惡感和不放心。一般地說，曾國荃攻克金陵，戰功赫赫，身為巡撫之職，又是曾國藩的親弟弟，即使有意開缺，總要客氣一番的。
同治三年九月八日(1864年10月8日)，曾國藩由安慶回金陵，正式將兩江總督衙門設於原英王府。滿堂賓客，共慶典禮。盛會之上，曾國荃以大功不賞，反被逼令開缺回籍，三杯酒下肚後又哭又鬧，攪得盛典難成，曾國藩也狼狽萬狀，“直無地置麵目”。為了安慰弟弟，在他41歲生日那天，曾國藩派趙烈登門勸慰，並寫了十幾首詩為之慶壽。詩篇記述了曾氏兄弟創辦湘軍，為清廷征戰十餘載，討平了太平天國農民起義，創立了豐功偉績，但卻遭到嫉謗，所謂“十載艱難下百城，漫天箕口複縱橫”。他勸曾國荃暫且回籍修養，不必把開缺一事看得過重。但寫詩的曾國藩畢竟也是心有不平，萬般委屈雖能安慰弟弟，但詩篇裏卻飽含了無限怨憤和傷感。當曾國荃讀到“河山策命冠時髦，魯衛同封異數叨。刮骨箭瘢天鑒否?可憐叔子獨賢勞”幾句時，他想到自己征戰多年，身上滿帶刀箭之傷，兄長知道，自己知道，然而蒼天是否知道?而嫉恨者不知自己和湘軍兄弟征戰之苦，卻詆毀咒罵，使自己得到了如此結果，滿腹的委屈和痛苦，使他忍不住放聲大哭。
十月四日(11月2日)，曾國荃憤憤不平而又無可奈何地返回湖南老家。回籍後“杜門謝客，以書帖自娛”。當時太平軍雖大致被鎮壓，但撚軍複起，西北回民起義複起，天下並未太平，清政府在曾國荃回籍數月後，又下旨令其“入京陛見”，第二年又簡授為山西巡撫，他都托病堅辭，不肯從命。後來雖勉強接受了湖北巡撫，不久又借故辭歸，再不像圍攻金陵時那般替清政府賣命了。