太平天國革命被鎮壓了，而黃淮地區的撚軍勢力轉大，一躍而成為抗清的主力。“朝廷震悼”，起用兩江總督曾國藩為欽差大臣，節製豫、直、魯三省軍務，北上征撚。
一、奉命“剿撚”
曾國藩一麵裁軍，另一方麵他也不會忘記辦理善後，恢複被太平天國革命衝亂了的蘇皖兩省封建統治秩序。
他認為，“清查田畝，為善後第一要務”，通令各地設立清查田畝局，“分別清查，各還業主”，恢複封建土地所有製，那些被太平軍趕跑了的地主豪紳遂卷土重來；“編查保甲，最為目前急務”，各地設立“編查保甲局”，由地主士紳主持其事，恢複保甲製度，加強對人民的統治，鎮壓人民的反抗鬥爭；舉行鄉試，籠絡知識分子，刊發“四書”、“五經”，修建江寧學宮，將人們的思想行為重新納入合“禮”封建綱常倫理的規範。此外，還修神廟、采訪忠義、檢埋骸骨、洗除“賊”字、禁著“賊”裝、挑浚河並、整理橋道、清查公產、修複書院義塾，安輯流亡等，忙得不亦樂乎。凡被太平天國破壞了的，國藩都要複舊、重建，就連秦淮河畔的燈船妓院，也複如往昔。可是，還未等應辦之事辦就，撚軍烈焰大熾，終於又把國藩推向攻撚前線。
1863年3月，太平天國沃王大漢盟主張樂行撚軍在皖北被僧格林沁所部清軍擊敗，雉河集(渦陽)根據地失守，張樂行罹難。梁王張宗禹、魯王仟化邦(任柱)率撚軍走豫西，發展勢力，這樣就與西北太平軍遙相呼應。還在安慶失守後，英王陳玉成奏請天王封賴光為遵王、陳得才為扶王、梁成富為啟王、藍成春為祜王，遠征西北，“廣招兵馬，早複皖省”，這便是西北太平軍的由來。1864年春，天京危急，西北太平軍自陝南“還師東征”，圖解京師重圍。撚軍來會師，合兵數十萬，集結鄂豫皖邊界地區，遭到湖廣總督官的鄂軍、河南巡撫張之萬的豫軍、安徽巡撫喬鬆年的皖軍以及僧格林沁蒙古馬隊的堵擊攔截，被牽製在鄂東地區不得東下。7月19日，天京陷落，噩耗傳來，西北太平軍、撚軍軍心大亂，士氣低落，本應撤回西北，以圖再舉，但仍絕望地突圍東進。朝廷命令曾國藩出馬了。1864年11月6日“上諭”說：“現在江寧已臻底平，軍務業經蕆事，即著曾國藩酌帶所部前赴皖、鄂交界督兵剿賊，務期迅速前進，勿少延緩!”以李鴻章暫署兩江總督，籌辦撫緝地方一切事宜，“曾國藩俟李鴻章到後，即行交代起程。”(《全集奏稿》)
曾國藩突然奉到剿撚上諭，一時不知所措，一則本人對撚軍並沒有多少認識，二則自己準備解兵引退，三則僧格林沁、官均是滿洲貴族權臣，恐難於合作。但朝廷之命，豈敢違抗?國藩左思右想，遂於11月20日上了《遵旨複奏馳赴皖鄂交界督兵剿賊緣由並陳下悃折》(《全集奏稿》)，說：
一、“湘勇多剿發匪(太平軍)，少遇撚匪，不若添調淮勇，熟於潁(州)、壽(州)之程途，兼悉撚匪之伎倆，湘淮各軍三路並進，更資得力。”暗示朝廷，與其讓國藩督師，還不如用李鴻章率淮軍剿撚。
二、1854年國藩親自督戰，屢次敗挫，以後十年，從未親臨前敵，自知親臨指揮打仗並非所長，不得不自藏其短，使諸將充分施展才能，“此次臣若自赴楚界，未必有益”，委婉地表達了自己不願受命之意。
三、“與僧格林沁、官同駐蘄、黃，四百裏之內，以欽差三人萃於一隅，恐啟賊匪輕視將帥之心。”其意是說，與滿人合作，事權不一，呼應不靈，成事不足，反會敗事。
國藩答應派劉連捷湘軍直入黃州，聽候官調遣，至於本人“交卸督篆，起程日期”，則“續行具奏”，等待朝廷發落。
折上之後，國藩心中忐忑不安。他在家書中說：“不堪再任軍務，趁此解去兵權，雖經手之事太多，二年之內尚不能清結回籍，然苟能不辦軍務，就此體麵下場，斯為萬幸。”(《全集家書》)他以淮代湘的良苦用心朝廷能否體諒?他想解去兵權朝廷能不能同意?他不免誠惶誠恐。
但不久，戰爭形勢發生了變化。11月7日，扶王陳得才率太平軍與僧格林沁在安徽霍山黑石渡展開決戰，太平軍大敗，祜王藍成春殉難，天將馬融和、範立川率數萬(一說7萬)之眾投降，主帥扶王陳得才見大勢已去，服藥自盡。西北太平軍從此不複存在。撚軍也作戰不利。“發逆剿洗淨盡，皖省一律肅清，是楚皖近日軍情，較之半月以前大不相同”，僧格林沁在戰場上取得暫時優勢。清廷即令曾國藩“即可無庸前赴安慶，亦無須交卸督篆，仍駐紮金陵，妥籌調度。”(《全集奏稿》)國藩接奉“上諭”，總算鬆了一口氣。
曆史喜歡捉弄人，曾國藩越想解兵權、不欲征撚，而撚軍偏偏強大起來，一躍成為太平天國革命失敗後全國民眾抗清的主力。
鄂東之戰後，撚軍雖然受挫，但仍有數萬之眾，實力猶存，西北太平軍“殘匪僅數千”，在遵王賴光的率領下，“投入撚中”(王定安：《求闕齋弟子記》)打起撚軍的旗號。兩軍合並後，即在豫南地區進行整頓。撚軍最凶惡的敵人是僧格林沁的內蒙古騎兵，以步對騎，難以製勝，因此決定“易步為騎”(撚軍本來就多騎)，以騎對騎。在作戰方法上，將撚軍的流動作戰的戰略戰術大加發展。這種戰略戰術具有高度的靈活性、機動性，倏而分數十股，使官軍彼此不能分顧；倏而合數萬眾，使官軍倉猝不及支持；倏而遁竄數百裏外，使官軍跟尋無蹤；倏而盤旋百十裏中，使官軍懷疑莫測。運用這種作戰方法，既能保存自己，又可尋機殲敵。整編後的撚軍，麵貌一新，開始了新的戰鬥曆程。
1864年底，撚軍用流動戰術連敗僧格林沁，打得這位王爺“名望頓盡”。僧格林沁惱羞成怒，繼續窮追撚軍，撚軍就繼續用流動戰術來對付他。
在撚軍的“流動戰術”中，有一種“打圈”戰術，最為有名，民謠唱道：
撚子打圓圈，
官兵瞎胡攆；
官兵想歇腿，
撚子圍跟前；
撚子舉起刀，
官兵把爺喊，
千饒命，萬饒命，
饒俺回去殺州官。
這首民謠，以樸實生動的語言描述了“打圈”戰術的妙用。
“打圈”戰術是撚軍流動作戰、“以走製敵”的戰略思想的高度運用和體現，是撚軍在實戰過程中，根據自己多騎的特點，以及利於戰馬馳騁的黃淮平原有利地勢而創造的一種新的戰術。它采用疾馳狂奔、數日不歇的大規模流動方式，以如蟻旋磨、忽左忽右的“打圓圈”的方法，使追擊撚軍的官軍自然疲勞。然後，以步騎聯合的包抄戰術，一步夾一騎為團陣滾進，馬怒人歡，使追敵陷圍不得出，從而達到全殲追敵的目的。撚軍運用這一招，為僧格林沁設計了一個“圈”套。
自1864年11月至1865年5月，撚軍牽著僧格林沁這頭“牛”，經鄧州南召魯山尉氏臨潁郾城西平遂平汝寧正陽信陽扶溝睢城曹州城武金鄉濟寧汶上東平寧陽兗州曲阜鄒縣滕縣嶧縣郯城贛榆海州沭陽邳縣嶧縣滕縣鄒縣濟寧鄆城濮陽範陽等地，往返打圈。僧格林沁數十日不離鞍馬，兩手疲頓不堪，不能提舉韁索，隻好用布帶束腕係在肩上，以馭戰馬。撚軍“知僧軍疲，益狂奔”。僧格林沁“三旬之間，回旋奔逐不下三四千裏”，實在追不動時，“解鞍小憩道左，飲火酒兩巨觥，輒上馬逐賊”。見此情景，朝廷擔心起來，連連發出警告，要“僧親王擇平原地休養士馬，且戒勿輕臨前敵”(王定安：《求闕齋弟子記》)。但僧格林沁再也聽不進去了。1865年5月18日，他終於被撚軍“牽”入山東曹州高樓寨(一說葭密寨)，包圍聚殲，僧軍幾乎全軍覆沒，剛愎自用的僧格林沁親王被撚童張皮綆殺死。
僧格林沁，博爾濟吉特氏，1825年襲封蒙古科爾沁劄薩克多羅郡王。因擊敗北伐太平軍有功，晉封為博多勒噶台親王。第二次鴉片戰爭中，抗擊過英法聯軍。《北京條約》簽訂後，奉命統轄山東、河南軍務，並直隸、山西四省督撫提鎮各統兵大員均歸節製。他所統率的蒙古馬隊，是清廷的王牌師，也是朝廷用以對抗湘軍、壓抑曾國藩的有力後盾，但萬萬沒有料到，清廷所倚賴的“長城”崩塌了，“兩宮震悼”，輟朝三日，慈禧太後情出無奈，隻好考慮讓聲威素著、老於戎事的曾國藩督師剿撚了。1865年(同治四年)5月23日，“上諭”命欽差大臣協辦大學士兩江總督一等毅勇侯曾國藩，著即前赴山東一帶督兵剿撚。兩江總督著李鴻章暫行署理，江蘇巡撫著劉郇膏暫行護理。同時命直隸總督劉長佑扼守大名，三口通商大臣崇厚統洋槍隊駐防景州，堵撚北趨。5月25日，再命曾國藩趕緊赴援，保衛京畿。
曾國藩奉到上諭，又一次陷入窘境：湘軍精銳裁汰殆盡，兵力單薄，如何剿撚?且撚軍利於馬隊，以步對騎，如何能製勝?但聖旨難違，他隻好故技重演，采取“拖”的辦法，6月2日上了一個《遵旨赴山東剿賊並萬難迅速緣由折》(《全集奏稿》)，說“朝廷責臣討賊，至切且速，即山東官民，亦望臣星速北上。臣躊躇再四，有萬難迅速者數端”：
一是兵力不足。金陵僅湘軍3000人，作為護衛親兵。淮軍雖稱勁旅，但僅劉銘傳、周盛波兩軍歸曾國藩調遣，人數尚少，不敷分撥。不得已，擬“另募徐州勇丁”，非三四個月難以成軍。
二是戰馬缺少。撚軍戰馬極多，此次僧格林沁蒙古馬隊潰散，又為所得，馬逾萬匹，馳騁平原，其鋒甚銳。如剿撚而沒有馬隊相佐助，“將不戰自靡”，因此打算在徐州添練馬隊，派人前赴古北口一帶采買戰馬千餘匹，一來一往，最快也要三個月，加上訓練，也要兩個月時間。
三是扼撚北上，“惟黃河天險最為可恃。防河之策，自為目前第一要義”，而江南船隻，於黃河水性不合，要防河，就需要采辦木料，招募水勇，興辦黃河水師，工程浩大，沒有四五個月的工夫難以就緒。
四是國藩所部每日行軍，支帳埋鍋造飯，不向州縣索米供應，日行僅40裏或更少。李鴻章的淮軍也是如此。步步穩妥，則行軍遲鈍。僧格林沁剿撚，一年以來，周曆湖北、安徽、河南、江蘇、山東五省，若他人接辦撚軍，斷不能兼顧五省。不僅不能兼顧湖北，就是蘇皖豫魯四省也不能處處兼顧，隻能擇要設守，其餘責成四省巡撫，各分汛地。國藩此言顯而易見：朝廷既沒給剿撚實權，他即便北上，也隻能局限在一定地區進攻撚軍，“不能遍顧各省”，不擔負攻撚的全部責任。
最後，國藩說：“方今賢帥(僧格林沁)新隕，劇寇方張，山東之望援，急於星火，而臣策戰事，乃在半年以後。北路之最重莫如畿輔，而臣策直隸乃須另籌防兵。此皆駭人聽聞之言，殆不免於物議紛騰，交章責備。”要是師出無功，也請朝廷不要見怪。
同日，國藩又追加了一個《請另簡知兵大員督辦北路軍務片》，說自己精力疲憊，不能夠再擔負重任，近來衰態更增，說話20句左右，舌尖就麻木蹇澀，不能再說，隻有懇求皇上恩準，挑選知兵大員督辦軍務，國藩願以閑散人員在營效力，鞠躬盡瘁。有意不再執掌兵符。
國藩折片剛發出去，就奉到5月28日“上諭”，命欽差大臣協辦大學士兩江總督一等毅勇侯曾國藩赴山東一帶督師剿撚，所有直隸、山東、河南三省旗、綠各營及地方武員弁，均著歸曾國藩節製調遣。如該地方武有不遵調度者，即由該大臣指名嚴參。同日又命國藩統帶親軍小隊，輕騎就道，兼程北上。
朝廷要國藩督師剿撚，當然也就不能不給予實權，否則，不僅曾國藩不幹，而且事權不一，呼應不靈，於大局不利。可是，曾國藩接到節製三省的“上諭”，依然憂心忡忡，擔心什麽?他在家書中說：“若賊不渡黃(河)，剿辦尚不甚難，一渡黃，則手腳忙亂，萬目懸望，萬口譏議，餘實應接不暇，難乎其免於大戾矣。”(《全集家書》)他怕剿撚無功，招致身敗名裂之禍。國藩再三思維，6月6日，上了一個《謹陳籌辦情形並請收回成命折》，說自己精力衰頹，公事廢弛，心神不定，無故驚怖雲雲，“不敢拜此寵命”，要求皇上收回節製三省的任命。但朝廷不準，“上諭”說：“曾國藩懇辭節製三省之命，具見謙抑為懷，不自滿假。惟東、豫之軍，自僧格林沁戰歿後，軍無統轄，號令不一，最為兵家大忌。該大臣更事既多，成效夙著，若非節製直、東、豫三省，恐呼應未能靈通，勿再固辭。”(《全集奏稿》)國藩無可奈何，隻好硬著頭皮北上征撚。
6月18日，曾國藩由金陵啟行，取道運河，北上督師。6月30日抵清江浦，再辭節製三省之命，朝廷仍不允。7月14日由清江浦溯淮西上，21日抵達攻撚前線安徽臨淮。
此次掛帥征撚，可供國藩指揮的軍隊有這樣幾種：
第一種是湘軍，這是曾國藩自己的武裝。國藩在金陵搜羅了9000多人攻撚，但多不願北征，最後帶了3000人作為護衛親兵。黃翼升的淮揚水師(湘軍水師的一部分)進入淮河，後又調鮑超等軍，加起來也有2萬人。
第二種是淮軍，這是攻撚的主力。曾國藩裁湘留淮，意在借助淮軍“以濟湘勇之窮”，所以攻撚不得不依恃淮軍，這就是劉銘傳、周盛波、張樹聲、潘鼎新等部25萬人，後又陸續增調張樹珊、李昭慶等軍，總數達到6萬人。淮出於湘。但淮軍的領袖是李鴻章，而不是曾國藩，雖然李鴻章把指揮權交給了曾國藩，但國藩卻不能像指揮湘軍那樣靈活，畢竟隔了一層關係。而且淮軍的私兵性質較湘軍有過之而無不及。表麵上看來“湘淮一家”，實際上李鴻章並不是十分情願地把淮軍交給曾國藩指揮，時常加以遙控。更何況，慈禧太後為了壓製曾國藩，采取扶植李鴻章、左宗棠的政策來分化、瓦解湘係集團的勢力，李鴻章也不想在曾國藩腳下盤旋，而思自立門戶。當曾國藩第一次奉到攻撚命令時，朝廷即命李鴻章署理江督，時距攻克金陵不到四個月，國藩幕僚趙烈為此發出了“殊咄咄可怪”的驚呼。國藩本人也“意殊寥落”，雖很快收回成命，但揚李抑曾是顯而易見的。有朝廷扶植，李鴻章再不肯事事聽命於國藩。所以，當國藩準備北上，要求李鴻章把“淮軍特出之將”劉銘傳所部銘軍交他指揮時，鴻章則以“省三(劉銘傳，字省三)雖奉嚴旨敦迫，必須留置左右，以備先驅”為辭加以拒絕(《李忠公全集朋僚函稿》)，後經國藩反複磋商和朝廷“嚴迫”，才把劉銘傳推上攻撚第一線。所以，國藩所統率的淮軍，不可能如指使臂征調自如了。
第三種是各省的地方軍，如皖軍、豫軍、東軍。這些軍隊，多由地方地主武裝團練基礎上產生，巡撫負有指揮之權。各省各自為政，各存畛域之見，一般不願出境作戰。對這些地方軍隊，國藩要想讓他們俯首帖耳聽從指揮，並不是一件容易的事情。
第四種是洋槍隊。直隸總督劉長佑和三口通商大臣崇厚負責防守黃河北岸，祟厚所率領的1200名洋槍隊，就是英國人貝格和日斯訓練出來的。這支軍隊遠處黃河北岸，曾國藩也不便指揮調遣。
上述幾種軍隊，充滿著矛盾，有地方軍與正規軍的矛盾，地方軍與地方軍的矛盾，黃河北岸軍和南岸軍的矛盾，湘係與淮係的矛盾，錯綜複雜。當曾國藩接到督師剿撚的命令，還沒有踏上征途時，就發生了直隸提督劉銘傳與浙江處州鎮總兵陳國瑞相互殘殺之案。陳國瑞，湖北人，太平軍叛徒，僧格林沁的部將，是一個典型的無賴，最喜爭功械鬥，在皖北時，就與郭寶昌、英翰的皖軍廝殺過。6月7日，劉銘傳軍抵山東濟寧，6月12日首戰撚軍於長溝，取得勝利。陳國瑞率軍後至，既惡淮軍先入長溝，又見淮軍將士所攜洋槍精利，就想爭功奪洋槍，親率親兵500人突入長溝，見淮軍勇丁即殺。劉銘傳聞變，率部與戰，全殲陳國瑞親兵，把陳國瑞軟禁起來。“強寇在門，內亂又作”，這使曾國藩感到“殊深焦灼”。所有這些，預示國藩的攻撚生涯，很難一帆風順。
二、攻撚方略
任柱、賴光部撚軍在山東受挫後，即回馳皖北，與張宗禹部匯合，圍攻雉河集，以期奪回皖北根據地。曾國藩亟調劉銘傳等馳援。7月24日，劉銘傳、周盛波等援軍齊至。銘傳由石弓山、龍山，盛波沿渦河兩岸推進，“縱橫掃蕩，所向無前”，戰至次日，撚軍漸漸不敵，棄雉河集而去，兩路入河南，張宗禹部經柘城、商丘、太康進入豫西南，在南陽、盧氏及湖北襄陽等地往返遊擊；任柱、賴光由太和、沈邱、陳州西趨，走西華、臨潁、郾城，複折往東南，趨西平、上蔡等地。
7月21日，曾國藩抵達臨淮後，即著手部署他的攻撚方略。
曾國藩長期與太平軍作戰，對撚軍知之不多，“此次北征，初不知撚匪伎倆何如”，正道出他對“撚患”認識的淺薄。但撚軍與太平軍有過一段相當密切的關係，在鎮壓太平軍過程中，對一度與之膠合一起的撚軍當然不可能充耳不聞。事實上，作為經世實學家，他對撚軍也表現出一定程度的關注。1859年11月20日他在上奏中稱：“自古辦竊號之賊與辦流賊不同，辦流賊法當預防，以待其至，堅守以挫其銳；辦竊號之賊，法當剪除枝葉，並搗老巢。今之洪秀全踞金陵，陳玉成踞安慶，竊號之賊也……龔(德樹)、張(樂行)撚股之分合無定，流賊之象也。”(《全集奏稿》)這裏，他已經看出撚軍勢成“流賊”之象，並據此提出了“預防”之方。
正如國藩所料，撚軍采用的是一種“流動”作戰的戰略戰術。僧格林沁對這種戰法認識不足，“賊流與之俱流”，一味窮追不舍，甚或“一日夜三百餘裏”。曾國藩斷言，“此於兵法，必蹶上將軍”(《清史稿曾國藩傳》)。不可一世的科爾沁親王果然被撚軍消滅了。
既然追飛逐走難以奏功，那麽“預防”便順理成章地成了曾國藩清除“撚患”的主導思想。於是，他開出了第一副處治之方重點設防。
1865年6月2日，即他接到北上命令後的第七天，上了一紙奏章，說撚軍已成流寇，飄忽靡常，應“各練有定之兵，乃可製無定之賊”，提出以徐州為老營，在山東兗州、沂州、曹州、濟寧，河南歸德、陳州，江蘇淮安、徐州、海州，安徽廬州、鳳陽、潁州、泗州所謂“曆年撚匪出沒最熟之區”的十三府州之地置防對策。但不久撚軍並力圍攻皖北雉河集，他不得不前往安徽臨淮督師，這樣坐鎮徐州及專力於十三府州之地的計劃略加修改。6月14日他在上奏中稱，現既由臨淮進兵，將來安徽即以臨淮為老營，江蘇以徐州為老營，山東以濟寧為老營，河南以周家口為老營，四路各駐大兵(其餘十一府州駐紮少量軍隊)，多儲糧草子藥，為四省之重鎮。一省有急，三省往援。這個“四鎮”之局，便是曾國藩著力推行的“以逸待勞”，“以有定之兵，防無定之賊，變尾追為迎擊，製賊不流”(黃佩蘭：《渦陽縣誌兵事》)的重點設防方略。曾國藩抵達臨淮後，即檄調淮係劉銘傳、潘鼎新、張樹聲、周盛波各軍，湘係劉鬆山、張詩日各部，分駐四鎮，到9月底，四路定局。
撚軍兩路入豫，任、賴一路進入陳州，活動在國藩劃定的戰略區內，國藩派劉銘傳等部堵擊。9月23日，曾國藩自臨淮移營徐州，就近指揮。而張宗禹一路已入豫西，朝廷命國藩派兵追擊。國藩料定“萬難追及”，仍堅持他的重點設防方略。他在給朝廷的奏折中說，撚軍已成流寇行徑，若撚流而官兵跟著追趕，則節節尾追，步步落後，終年奔波，有損無益。因此，堅持初議，於撚軍必經之途駐紮重兵，如劉銘傳駐周家口，撚軍回竄扶溝、鄢陵，即自周家口迎頭痛擊；張樹聲等駐徐州，撚軍回竄永城、蕭縣、碭山，即自徐州迎擊；撚軍趨蒙城、宿州，則劉鬆山等自臨淮迎頭攔擊；撚軍至曹州、單縣，則潘鼎新自濟寧截擊，變尾追之局為攔頭之師，以有定之兵製無定之撚，軍務可望漸有起色。國藩還說：“皇上如以臣議為可采，則於臣駐兵四處之外，請旨敕下湖北、河南督撫，於豫之鞏、洛、宛、鄧，楚之隨、棗、黃、麻，各駐勁兵一支，與諸將堅約，重在攔頭迎剿，不重在賊退尾追，似亦製勝之策。”(《全集奏稿》)不僅堅持，還要朝廷推廣他的重點設防、以“點”帶“麵”的攻撚方略。
國藩的重點設防，能否收到清除“撚患”的奇效，不僅朝廷表示懷疑，劉銘傳也頗不以為然。10月1日，他在給李鴻章的信中說：“屢閱爵相(曾國藩)奏疏，堅持駐兵徐州、臨淮，銘傳竊以為非。若以前定十二(十三)府之議，則爵相可駐徐州，若論眼前地勢賊情，爵相擬帶六世叔同樹、盛兩軍駐紮歸德，湘勇擬駐亳州，琴軒擬駐曹州，三處相離不足五百裏，聲勢相連，賊斷不敢越境東犯，即東犯亦易合擊。傳軍可為專剿之師，以馬隊追蹤擊賊，步隊遙為控製，不使攻破圩寨，日久或可饑散。現賊馬較前更多，我軍必得強健馬隊三千，方可立平此寇”，要李鴻章“務祈轉請爵相，萬勿以運道之艱，初議難改，劃疆自守，不求有功”，並說“銘傳深受吾師(李鴻章)及爵相之知，故不避苛責，瀆煩上聽，非為自謀建樹耳。”(江世榮：《撚軍史料叢刊》第3集)劉銘傳此函是有深意的：一是認為曾國藩的重點設防方略太過刻板；二是劉銘傳寧可為“專剿之師”，不願株守周家口坐等撚軍自投羅網；三是攻撚必須有一支強健的馬隊。盡管劉銘傳並不讚同曾國藩的攻撚方略，但“向不梗令”，還是勉力與撚軍作戰，10月1日，敗撚軍於沈邱，旋再敗之於阜陽，9日又敗之於河南睢州。任柱、賴光見勢不妙，遂又由考城馳入山東，往返於曹縣、定陶、鄆城、菏澤等地。曾國藩唯恐撚軍進入山東半島“完善之區”，急命駐守濟寧的潘鼎新淮軍扼守運河，副都統色爾固善的馬隊、張樹珊的淮軍跟蹤追擊，劉銘傳仍駐周家口，周盛波進駐歸德，以防撚軍南下。從江南調來總兵楊鼎勳、郭鬆林等部進駐宿遷、徐州，以備後援。朝廷對國藩的布防感到滿意，但對進入豫西的張宗禹部卻憂心如焚，認為該路撚軍“不西趨秦境，必北擾晉疆”，陝西與河南毗連，路路可通，山西雖有黃河之隔，但霜降水落，搶渡不難，“該省素稱完富，且為畿輔屏蔽，稍有疏失，關係匪輕”。曾國藩在徐州調度，正當吃緊，對豫西鞭長莫及。有鑒於此，10月25日，朝廷準備命李鴻章督帶楊鼎勳等軍馳赴豫西進攻張宗禹撚軍，兼顧山、陝門戶，命漕運總督吳棠署理兩江總督、李宗羲署理漕運總督、丁日昌署理江蘇巡撫。曾國藩奉“上諭”，“愧悚難名”，李鴻章督師攻撚倒沒什麽，關鍵是，李督師豫西，必然從東路將淮軍調走，他的攻撚方略土崩瓦解不說，他憑什麽攻撚!於是11月7日上《奉旨複陳近日軍情及江督漕督蘇撫事宜折》，建議朝廷暫勿令李鴻章赴豫。朝廷允其所請，“旨罷前議”。
當曾國藩與朝廷討價還價之時，任柱、賴光撚軍乘虛蹈隙，突由山東折入江蘇豐縣、沛縣、碭山一帶，11月3日破辛家集，徐州戒嚴。11月21日，撚軍被張樹聲、潘鼎新擊敗於豐縣，23日即由豐縣經山東魚台、金鄉、單縣西進河南，26日又敗於河南睢州，29日在扶溝為劉銘傳所敗，走許州，與張宗禹撚軍會合，流動於襄縣、葉縣、舞陽一帶。一連打了幾次勝仗，曾國藩大喜，以為他的重點設防之策收到了奇效。他在給朝廷的奏報中說，撚軍徐州小挫，豐縣、睢州、扶溝大敗，皆由攔頭要截。周世澄在《淮軍平撚記》中對此更是大加張揚，說自設四鎮而汛防有定，“賊之流走者處處投觸羅網，遂不能逞其故智”；從前各軍剿撚皆以追奔為能事，自四鎮之設，變尾追之局為攔頭之師，以有定之兵製無定之撚，辦撚之局自此“始漸有綱紀”。但是，這種“重迎剿，不重尾追”的辦法，仍不能致善以“乘虛蹈隙”的撚軍於死地。照曾國藩的話說，“該逆狡詐多端，飄忽異常，從不肯與堂堂之陣約期鏖戰，必伺官軍勢孤力竭之時出不意以困我……該逆死黨極多，行走甚速，乘虛蹈隙，是其慣技”(《全集奏稿》)，很難對付。曾國藩已經意識到了這一點，時人亦然。禦使劉毓楠在《奏陳河南軍情賊勢請飭鄰省督撫合兵會剿折》就評論說，撚軍飄忽無常，轉瞬馳騁數百裏，與太平軍占據城池、盤踞固守情形迥不相同，曾國藩設兵四鎮，欲待其至迎擊圍剿，唯其往往避兵而行，未必肯向重兵屯紮處所自投羅網。河南的尹耕雲致書曾國藩，也有所論列，說臨淮離周家口數百裏，周家口離徐州數百裏，徐州離濟寧也有數百裏，騎兵之力不出百裏，步兵之力不出十裏，過此則如入無人之境。如撚軍避兵而行，抵隙乘虛，無論駐紮之老營株守無益，即遊弋之勁騎也將奔命不遑。這些議論，揆諸撚軍戰爭的特點，毫無疑問言中了重點設防的漏洞。曾國藩也覺察到了這一漏洞。因此，這年12月，便騰出劉銘傳一軍作為遊擊之師，另劄李昭慶所辦遊擊之師馳赴前線，兩處遊兵(後又增加鮑超、劉鬆山、劉秉璋三軍為“遊擊”)略仿僧格林沁之法，與撚軍縱橫追逐，以補重兵株守之漏。盡管如此，所辦遊擊之師，難與僧格林沁蒙古勁騎同日而語。四鎮、遊兵，與實現清除“撚患”的目的相去甚遠。
如果說重點設防旨在“遏流”，為相對意義的“戰”，那麽曾國藩在實施重點設防的同時開出的查圩之方則意在“清源”，為相對意義的“守”。照曾國藩的話說，即“於四處設立重兵，以遏其流；又擬查辦民圩，以清其源”，“設立重兵，以為戰，又令鄉村設立圩寨，以為守……各縣皆有圩寨，則無擄人擄糧之患。”(王定安：《求闕齋弟子記》)戰與守，遏流與清源，相輔相成，成為曾國藩清除“撚患”的法寶。
圩，又稱寨、圍、塢、堡，總稱“圩寨”。據曆史資料記載：“自道光之季，吏習於恬熙，皖豫間盜大起，豪猾大姓輒築寨自固，謂之圩，圩大者千餘家。”(孫衣言：《遜學齋續鈔》第4卷)可知圩寨至遲出現於道光之際。
圩寨是社會動蕩的產物。撚軍起義後，黃淮地區就開始了大規模的村莊圩寨化的過程。所謂村莊圩寨化，簡單地說，就是小村並大村，實行堅壁清野，村外環築圍牆，圍環以壕，吊橋通內外，猶如碉堡，這是圩寨的一般形式。撚軍起義期間，黃淮地區出現四種類型的圩寨：第一種是所謂的“賊圩”，也就是撚軍的圩寨，官書上常以“圩寨林立，不可數計”形容撚軍圩寨之多。在相當長的一段時間裏，具體地說從1857年到1863年這段時間，撚軍就是利用圩寨來保存自己，對抗清軍的，這種戰爭形態，在撚軍軍事史上被稱為“圩寨戰術”。第二種是地方割據勢力苗沛霖集團的圩寨，史稱“苗圩”。圩寨是苗沛霖割據的基礎，1860年建立“天順”王國時，由他控製的圩寨就有數千，地跨安徽、河南兩省。第三種是所謂的“民圩”，也就是地主士紳為進行鄉村防禦、對抗撚軍而修築的圩寨，這種圩寨，黃淮地區到處都有。第四種是首鼠兩端的圩寨。這類圩寨，有的既不抗清，也不抗撚，清軍來了，插上清軍的旗號，撚軍來了，馬上換上撚字旗號；有的既抗清又抗撚，誰也別想染指。這類圩寨，完全是為了自保，所以是處於“中間”狀態的圩寨。各類圩寨，結構盡管不盡相同，但都非常注意對圩寨的經營，“加磚增堞，堅如城郭”(黃佩蘭：《渦陽縣誌兵事》)。所以，圩寨完全可以稱為“城郭村落”。1863年，張樂行前期撚軍覆沒、苗沛霖被鏟除後，撚圩、苗圩被夷為平地，朝廷又諭令曾國藩督飭地方武夷毀其他圩寨，因有悖於堅壁清野之議，沒有實行，這就為曾國藩推行查圩政策創造了條件。
還在北上征撚途中，曾國藩發布《剿撚告示》，說，本大臣奉命督師，赴徐州一帶攻撚，議戰，則責成官軍，議守，仍需整理圩寨，為此曉諭安徽、河南、江蘇各圩練董知悉，隨時前來徐州，本大臣親問各路情形，麵諭修圩、挖壕、防守各事宜，雲雲。這個《剿撚告示》就是國藩推行“查圩”政策的先聲。
曾國藩抵達臨淮後，立即實施“查圩”。
查圩要點，曾國藩在7月21日發布的布告(《全集詩》)中列舉了四條：
1堅壁清野。撚軍騷擾多年，凡蘇、皖、魯、豫四省撚軍必經州縣，人人皆知修築圩寨，自相保衛，但恐歲久人貧，漸漸鬆懈，現要大加整頓，牆子要高，壕溝要深，這是堅壁。同時，人丁及牲畜、米糧、柴草，一一搬入圩內，“賊來全無可擄，此清野也”。如撚軍圍攻圩寨，國藩立即派兵救援，近或三日五日，遠的十日半月一定趕到，決不食言。如不能堅守半月，是該圩之過，如半月救兵不到，就是國藩的過錯。各圩要操練壯丁，自保身家，決不調圩練助剿，也不派圩董支應雜差。
2分別良莠。曾國藩認為，“分別良莠為正本清源之道，關係甚重”，因此，命令地方紳耆在撚軍活動地區進行戶口清查，凡“有撚之州縣，一體清查”，其中安徽蒙城、毫州、宿州及河南永城是撚軍的老巢，限三個月清查完畢。負責查圩的官員督同圩長，挨戶清查，造具清冊，“倡首為亂及甘心從逆者，為莠民冊，全未從匪者，為良民冊。偶從與脅從者，為自新良民，亦編入良民冊內。入莠民冊者，在外則到處追剿，在籍則擒拿正法。入良民冊者，五家具保結於圩長，有事則五家連坐；圩長具保結於州縣，有事則圩長連坐”。希圖以這種辦法切斷撚軍與人民的聯係。
3發給執照。各圩管事之人，有的稱“圩主”，有的稱“寨主”，“主”字不可妄稱，現一律改稱“圩長”。每圩設圩長一人，副圩長二三人，最多不能超過四人。圩長由各圩大眾共同推選，上報州縣，州縣核查確實上報國藩處。正圩長由曾國藩發給執照，蓋關防章；副圩長由州縣發給證明，用印信章，“收執為憑”。圩內有陽順官兵，陰從撚軍者，圩長捆縛送官正法。“匪”圩而誣叛“良”圩，嚇逼鄰圩者，各圩共同稟究。送“匪”最多者，奏明請獎；匿“匪”不報者，將圩長革去究懲。平日不廢農務，臨警守圩有功者，奏明優獎。圩長苛斂財物，不服人心者，準圩眾公稟查明革換。
4詢訪英賢。曾國藩在所頒布的布告中說：“淮徐一路，自古多奇傑之士，山左、中州，亦為偉人所萃。方今兵革不息，豈無奇才崛起?無人禮之，則棄於草澤饑寒賤隸之中，有人求之，則足為國家幹城腹心之用。本部堂久曆行間，求賢若渴，如有救時之策，出眾之技，均準來營自行早明，察酌錄用；即不收用者，亦必優給途費。如有以鄰境之匪名單來告者賞銀三十兩；如有以巨撚藏匿之蹤跡來告者，賞銀四十兩；如有薦舉賢才者，除賞銀外，酌予保獎。”“藉一方之人才，平一方之寇亂”，這是曾國藩網羅“英賢”的目的所在，也是其人才思想的具體表現。
在曾國藩看來，清查圩寨撚首，殺一撚即“除一害”，清一圩即少一患，這是治撚的根本，臨陣擒斬百人不如清圩時斬數人來得得當。因此，在撚軍活動地區，特別是在撚軍起義的發祥地皖北一帶，力行搜查之法。查圩一方開出不久，他便派知府桂中行、朱名璨赴蒙城，同知李炳濤、知縣薛元炳赴亳州，知州張雲吉、遊擊吳靖基赴宿州，直隸州尹沛霖、遊擊翁開甲赴阜陽，會同地方紳土，監督“查圩”政策的施行。這一政策的推行，確給撚軍造成很大危害，不少留在皖北堅持抗清的撚軍將土或撚軍的同情者、支持者慘遭殺害，在《曾國藩全集批牘》中就有“委查亳州圩務李丞炳濤稟查獲迭叛撚首劉二能等五名汛明正法由”、“委辦宿州查圩事務張牧雲吉稟拿獲撚目高繼周等訊明正法由”、“委辦蒙城圩務桂令中行稟查獲莠民李全信等九名訊明正法由”等之類的批牘，在《查辦蒙亳宿阜民圩擒斬著名積撚折》中，開列了120名被“正法”的著名“積撚”，這在一定程度上割斷了撚軍與人民的聯係。更為嚴重的是，它使撚軍生活資料接濟發生困難，“匪徒野無所擄，寇氛緣此漸息”(王枚：《睢州誌》第2卷《寨工》)。
然而，查圩與重點設防一樣難達“藥”到“患”除之效。以查圩根本之點堅壁清野為例，曾追隨僧格林沁及山東巡撫閻敬銘、丁寶楨並為之出謀劃策的潘駿就發了一通議論，說：“欲使賊無所得食，寢以饑疲，則不外堅壁清野之策……見諸施行而未遽收戡定之效者，則非斯策之不效，而所以用斯策之未盡善也。何也?圩寨之禦賊可暫而不可久。使兵不時至，則罄其所有悉投凶焰，況乎餌賊以求安，不能盡咎小民之接濟矣。”(潘駿：《潘方伯遺稿》第5卷)一方麵仍有人民的支持，一方麵“餌賊求安”的畏禍心理也使得一些“民圩”給撚軍以接濟，這種情況在當時非常普遍。這就使撚軍在接濟困難的情況下不至於枵腹荷戈。此外，“清野”受著季節時令的約製，“嚴冬之野可清，而夏秋之野不可清”，撚軍照舊可以生存。曾國藩“急切無製賊之良法，中懷時複悶悶”(李榕：《十三峰書屋集》第4卷)。
重點設防不靈，查圩之法雖有“消患於未形”的功能，但既難於立見成效，又難以如願施行。這使曾國藩感到“難操勝算”，要取得攻撚戰爭的勝利，看來還得另尋“製寇之方”。
當曾國藩辦遊擊之師變更戰略部署時，撚軍跳出他的戰略設防區，分路攻入湖北。1866年(同治五年)1月18日，湘軍成大吉部在鄂東麻城宋埠鬧餉嘩變，“勾通撚匪”任柱、賴光入鄂，裏應外合，大敗成大吉，燒了他的軍營，成大吉“僅以身免”，逃往灄口，23日撚軍攻陷黃陂。與此同時，張宗禹部由鄧州、新野進入湖北襄陽(不久折入河南)。2月18日，任、賴撚軍在黃岡大敗清軍，陣斬總兵梁洪勝等多人。鄂勢甚危，武漢震動，朝廷大怒，將湖北巡撫鄭敦謹革職，調曾國荃為湖北巡撫。國荃居鄉一年多，“終不能退藏避事”，此次出山，也隻好“置禍福毀譽於度外，坦然做去”。曾國藩也挺高興，他在給國荃信中說：“餘辦撚事，正苦鄂中血脈不能貫通，今得弟撫鄂，則三江兩湖均可合為一家，聯為一氣。論公論私，均屬大有裨益。”(《全集家書》)
撚軍在湖北連打兩次勝仗，湖廣總督官急忙請兵救援。曾國藩命總兵喻俊明等率水師馳赴武漢，檄調劉銘傳自周家口馳赴光山、固始，徑援湖北。劉銘傳提兵轉戰而前，3月14日，親督道員劉盛藻，提督唐殿魁，總兵劉維楨、黃桂蘭，洋將畢乃爾(penell)攻克黃陂城，任柱、賴光敗走麻城，轉趨豫境。
撚軍全軍入豫，曾國藩準備實施劉銘傳創議的“防河”方略了。
還在上年，劉銘傳在豫攻撚時，就鑒於河南地勢平坦，無險可扼，是以撚軍縱橫往來、毫無忌憚等情，向曾國藩提出了扼守沙河、賈魯河的攻撚方略，而曾國藩則以“兵力未齊”為辭，沒有答應。但攻撚戰爭的實踐證明了曾國藩的重點設防漏洞百出，並不能製撚軍於死地，而劉銘傳、李昭慶等遊擊之師，其馬隊實力遠不及僧格林沁的蒙古騎兵，加之1866年3月後撚軍由鄂境全軍折回，迫使曾國藩不能不重新考慮劉銘傳的“防河”創議。
所謂“防河”，即東以運河為防線，西以沙河、賈魯河為防線，沿河岸構築長牆、壁壘，派兵駐守，阻截撚軍進入山東半島、江蘇和豫西、湖北，並在這個範圍內將撚軍圈而聚殲。
1866年3月17日，任、賴撚軍由麻城折回河南，經光山、陳州、項城、沈邱、中牟、蘭封、考城進入山東，張宗禹撚軍自河南遂平、舞陽、禹州、新鄭、蘭封進入山東定陶，4月20日敗潘鼎新、李昭慶所部淮軍於鄆城，進至壽張、範縣，4月29日與任、賴撚軍在開州匯合，勢將渡運。曾國藩見此情景，將“防河”提上了日程。4月4日，國藩自徐州抵山東濟寧州駐營，5月16日給朝廷上了一個奏折，說“臣以東北則畿輔為天下之根本，東南則江蘇為臣軍之根本，屢經奏明注重東路。既以東路為重，不得不借運河衣帶之水以為流寇阻截之界。惟河淺且窄，汛長千有餘裏，防不勝防。臣擬會閻敬銘等大加修浚，增堤置柵。”(《全集奏稿》)提出在運河設防的建議。20日，國藩即偕同山東巡撫閻敬銘巡查運河，並責成閻敬銘克期布置河防。22日，國藩、閻敬銘與直隸總督劉長佑在申家口會晤，商定分段扼守運河：潘鼎新等防守濟寧到蘇魯之交的韓莊段，楊鼎勳守韓莊以南，東軍守濟寧到黃河段。在黃河防線上，範縣豆腐店以西至東明、長垣由直隸軍防守，豆腐店以東的張秋、東阿一帶由東軍防守。布置初定，6月1日，國藩回駐濟寧老營。
7月，撚軍在山東受阻，由魯西而豫、而皖，徘徊於懷遠、鳳台、睢州一帶，“撚匪各股回竄豫、皖兩省，中原平曠之地，四通八達，若不擇地設防，此剿彼竄，終不能大加懲創”。於是，曾國藩接受劉銘傳沙河置防建議，於沙河、賈魯河布置河防，分段設守。沙河地段：從周家口到槐店由劉銘傳部防守；從槐店到正陽關由安徽巡撫喬鬆年派皖軍設守；正陽關以下即係淮河，由曾國藩派水師與皖軍會防。賈魯河地段：從周家口到朱仙鎮由潘鼎新、張樹珊部防守；自朱仙鎮以北70裏至黃河南岸，沒有河流，由河南巡撫李鶴年派兵挖壕防守。各分汛地，層層布置。這樣，就形成了一個跨皖、豫、魯三省的三角形防線，曾國藩的治撚方略由此由“點”演變而為“線”。他在給朝廷的奏折中聲稱，“防河之舉，辦成則有大利”，“不能辦成，或有損於大局，臣願獨當其咎”（《全集奏稿》)，似乎穩操勝券。
事實上，河防方略的施行，確給撚軍帶來切膚之痛。撚軍是“以走致敵”、“以走自活”，根據多騎的特點及有利地勢大規模地流動，以保存實力，抗擊清軍。這種“以走致敵”戰略戰術盡管使曾國藩“心驚膽寒”，但在沒有根據地為依托的情況下，存在著一個致命的弱點，即張宗禹所說“不怕打而怕圍”。如果說曾國藩的“點”無大損於善乘虛蹈隙的撚軍，那麽如環之“線”則可以將其圈在一個相對狹小的區域內，使之處處觸網，失其所長，“來無去路，馬難馳騁”。這對撚軍來說，無疑是一個致命的威脅。不打破這種格局，撚軍確有被曾國藩聚殲的可能。
三、“我是打撚無功之人”
1866年7月至9月，撚軍數次力圖衝破曾國藩的河防，均未能成功。曾國藩看來也有破釜沉舟之心，8月25日他趕到臨淮駐營，9月6日自臨淮登舟西上，經蒙城、渦陽、亳州，17日拖著病體到了河南周家口，坐鎮指揮。可是，國藩駐營周家口沒幾天，9月24日，張宗禹部與任柱、牛洛紅、賴光部於河南中牟會師，在開封附近的蘆花岡擊潰豫軍，乘夜突破沙河賈魯河防線，進入山東水套地區。功敗垂成，曾國藩“聞信之餘，實深焦憤”。經此打擊，國藩身體有些不支，“心氣甚虧，偶一用心，輒複出汗不止，夜眠則盜汗浹體；舊患耳鳴已久，日則漸至重聽”，心力交瘁，感到剿撚實在剿不下去，“不得不廣求資助，冀以免於大戾”。求誰“資助”?不外乎門生李鴻章、老弟曾國荃了。10月1日，國藩奏請朝廷令李鴻章攜帶兩江總督關防駐紮徐州，與山東巡撫會辦東路剿撚軍務；湖北巡撫曾國荃移駐襄陽，與河南巡撫會辦西路剿撚軍務，自己居中，與豫撫、皖撫商辦攻撚，聯絡一氣，呼吸相通。
沙河賈魯河防線被撕裂，曾國藩於心不甘，他在給朝廷的奏折中，承認“防守沙河、賈魯河，至係策之至拙者，非不知之。無奈馬隊遠不如賊……不得已，乃出於防河之下策”，但他又說，“若賊再回竄，仍當扼防沙、賈兩河”(《全集奏稿》)，仍然抱守防河之策。
衝破沙、賈防線後，撚軍進逼運河防線，“百計圖渡”，企圖突破運河防線，到海岱富庶之地飽食休息。10月8日撚軍由城武猛攻運河堤牆，未果，又在城武、鄆城、菏澤、曹縣、東明等處連連受挫，不得不折回豫境。23日，在許州分為東西兩部，相為犄角。11月，張宗禹率西撚軍衝破清軍的阻截，穿越秦嶺進入陝西；任柱、賴光率東撚軍謀於曹縣搶渡運河，失敗，複折而西向，再次突破沙河賈魯河防線，進入湖北。這樣曾國藩的河防政策宣告破產。
河防政策破產，曾國藩聲名重創。自上年奉命剿撚以來，至今已有一年零五個月，不僅“毫無成效”，而且使撚軍“勢益蔓延”，朝廷再也無法忍受，下詔嚴加斥責：“大局糜爛至此，不知該督何顏以對朝廷!”禦史朱鎮、盧土傑、朱篤學、穆緝香、阿淩阿等紛紛上疏，彈劾國藩“辦理不善”、“督師無功”、“驕妄”，要朝廷“量加譴責”。謗議盈路，輿論大嘩，曾國藩又慚又懼又羞又惱，隻好考慮自行退出“剿撚”舞台。11月26日，曾國藩上奏朝廷，以剿撚無效，病難速痊，請開協辦大學士兩江總督缺，並請另簡欽差大臣，接辦軍務，注銷一等侯爵襲職，自以道員身份，留營效力。攻撚大局糜爛如此，不屑說，朝廷也要換馬。同日，“上諭”命李鴻章代替曾國藩署欽差大臣，湘、淮各軍均歸節製。當然，朝廷也不會讓曾國藩下不了台，12月7日，命曾國藩回兩江總督任。既不堪為星使，又豈可為江督?如此灰溜溜退出，實在太難堪，上疏朝廷，請求不回江督本任，朝廷反複開導他“回兩江本任，辦理餉需軍火，源源籌解，俾李鴻章得離江境，統兵追剿。則籌餉與剿匪之功均為國家倚重，正不必以開缺赴營，始足為朝廷宣力也”，希望他仍“遵前旨，將軍務交與李鴻章接辦”，但他一再請求開缺。他在給兒子曾紀澤的信中說：“餘決計此後不複作官，亦不作回籍安逸之想，但在營中照料雜事，維係軍心。不居大位享大名，或可免於大禍大謗。若小小凶咎，則亦聽之而已。”(《全集家書》)
12月29日李鴻章在徐州接任欽差大臣，不久，1867年(同治六年)2月15日授為湖廣總督，督辦剿撚，長兄李瀚章調為江蘇巡撫，署理湖廣總督。朝廷不準曾國藩在營“照料雜事”，仍著回兩江總督任，籌辦剿撚軍餉。曾國藩隻好從命，3月21日自徐州南下，回駐金陵，沿途呢呢喃喃：“我是打撚無功之人”(劉聲木：《萇楚齋隨筆四筆》第4卷)
撚軍繼打敗了僧格林沁之後又重挫曾國藩，這不能不承認撚軍戰法的高明，不能不承認撚軍鬥誌頑強，也不能不承認民眾抗清的威力。
曾國藩是絞殺太平軍的元凶，聲威遠播，朝野上下無與匹比，但撚軍卻把他打得名聲掃地。曾國藩攻撚失敗，當然有他失敗的原因，他一直沒有一支堪與撚軍抗衡的騎兵，這是事實，他用對付太平天國那種結硬寨打呆仗的辦法搬來對付撚軍，當然不行。但曾國藩的攻撚方略，不論是1866年5月以前的“點”(重點設防)、“麵”(查圩)交叉，還是以後的以“線”(防河)為主，都寓有“以有定防無定”、寓戰於防的戰略指導思想，都在一定程度上給撚軍帶來了危害，特別是河防方略，更切中撚軍要害，可是曾國藩還是沒有取得攻撚戰爭的勝利，這裏麵也與統治集團的內部矛盾有莫大的關係。
先看曾國藩與李鴻章之間的矛盾。曾國藩掛帥征撚，李鴻章署兩江總督負責前敵軍餉。但李鴻章“言餉缺不得增兵，事事幹涉”(劉聲木：《異辭錄》第1卷)，有意拆曾國藩的台，難怪國藩埋怨說，李鴻章沒有竭力籌餉，1865年僅發到8月，1866年僅發5個月的餉，“士卒已微有怨言”。這還不算，李鴻章對他苦心經營的淮軍始終不舍得放手，時時施加遙控，處處給曾國藩出難題。當曾國藩派李鴻章之弟李昭慶的“幼軍”為“遊擊之師”，李深恐乃弟重蹈僧格林沁的覆轍，極力反對，要求曾國藩將“幼軍”改作“防濟之師”，曾國藩寸步不讓，板起麵孔教訓他：“君家昆仲開府，中外環目相視，必須有一人常在前敵，擔驚受苦，乃足以稍服遠近之心。”(王定安：《求闕齋弟子記》)李鴻章心中不滿，又無處發泄，當然就用壓餉來報複他。當曾國藩力行“防河”之策時，李鴻章又是極力反對，“力爭不可”，還說什麽“古有萬裏長城，今有萬裏長牆，不意秦始皇於千餘年後遇公等為知音”雲雲(劉聲木：《異辭錄》第1卷)，極盡諷刺挖苦之能事。“防河”之策出自淮係劉銘傳，曾國藩生怕劉銘傳被李鴻章搖動，趕緊寫信給劉銘傳，說無論何等風波、何等浮議，國藩一力承擔，不與建議者相幹。曾國藩又以銘傳首劃此策，即令其與潘鼎新、張樹珊部淮軍會防，“力任其難”，扼守朱仙鎮以下400餘裏。李鴻章則以銘傳馳驅轉戰，尤形勞憊，加以阻撓，要求曾國藩予以“休息”，唆使劉銘傳“告假回籍”，這使曾國藩大為惱火，致書李鴻章雲：“目下淮勇各軍既歸敝處統轄，閣下當一切付之不管，則號令一而驅使較靈。以後鄙人於淮軍，除遣撤營頭，必先商左右外，其餘或進或止，或分或合，或保或參，或添募或休息、假歸，皆敝處徑自主持。”(王定安：《求闕齋弟子記》)罵歸罵，李鴻章對淮軍決不撒手。國藩當初敢於抱定“與賊(撚軍)相終始”之誌，主要在於有淮軍作鋒鏑，但對淮軍指揮調度不靈，迫使他中途退出“剿撚”舞台，對國藩來說，最使他傷心者莫過於此了，悔不該過早裁遣湘軍，弄得他無兵可用，事到如今，三歎“聚九州之鐵，不能鑄此大錯”。
李鴻章是曾國藩的得意門生，裁湘留淮無非用來鎮壓撚軍。但朝廷揚李抑曾，李鴻章立意自立門戶，急著取代曾國藩。1865年11月4日，他就致書曾國藩，“商代”督師剿撚，要國藩回駐金陵。1866年4月30日，曾國藩答複李鴻章說，再等幾個月，如攻撚沒有起色，“當奏請其北征剿撚”。曾國藩沒有食言，隻不過讓他負責“東路剿撚”軍務，自己倒沒退下來。曾國藩攻撚失敗下台，李鴻章“亟於任事”，竟派人向曾國藩硬要欽差大臣關防，氣得曾國藩“怒病交加”，連朝廷也引為“私憂”，再三撫慰，才把曾國藩送回兩江總督原任。師生之間，明爭暗鬥，雖然沒有鬧到決裂的地步，但緊緊捆住了曾國藩的手腳，使他放不開手去自由地指揮攻撚戰爭。這是國藩打撚失敗的重要原因。淮係集團得勢，湘係集團失勢，這也是一個關鍵。
曾李關係如此，曾國藩與地方的關係更是難以協調，他的攻撚方略就始終沒能夠得到地方將吏的支持，“主防主剿，意見難於遽同”，受到層層阻撓。如對其四鎮之設，“山東、河南民士習見僧王(僧格林沁)戰事者，皆怪曾國藩以督師大臣安居徐州，謗議盈路”(王闓運：《湘軍誌》)，不與合作。對其防河之策，諸將則紛紛推諉，均願遊擊，不願防河。因防河者興工之時，荷鍤負土十分辛苦，不比遊擊者半行半住，稍覺安逸；防河者工竣之後；又要保守汛地，厥責甚重，不像遊擊者易於報功，難於見過，“故勇丁願行路不願挑土，將領願做活事不願做笨事”(《全集批牘》)。這一點，河南方麵表現得十分突出，“河南官之議，均謂賊衰，宜於速剿，不必為防河之謀……幾乎眾口一詞”，連巡撫李鶴年也“惑於眾論”(王定安：《求闕齋弟子記》)，與曾國藩立異。當曾國藩令其督飭地方武挑溝挖壕，派兵設防時，他卻行動遲緩，消極對抗，“自朱仙鎮以北至黃河南岸七十裏，豫軍未能認真興辦”，也“不肯以全力扼守”(《全集書信》)，從而給撚軍留下了突破口，撚軍數次從河南衝破沙河賈魯河防線，原因正在於此。地方官吏的不支持、不合作，實為曾國藩攻撚失敗的要因。
在攻撚期間，曾國藩也遇到許多幹擾，處理“湖田案”就讓他費了不少神，束縛了他的手腳，這也是他攻撚失敗不可忽視的原因。這裏先梳理一下“湖田案”的來龍去脈。
湖田案，也稱“湖團案”，是蘇北銅山、沛縣土著與山東曹州流民因湖田糾紛而起的衝突事件。湖田濱於微山、昭陽兩湖西岸，南迄銅山，北跨魚台，綿延200餘裏，寬數十裏，大部分在銅山、沛縣境內。
1851年(鹹豐元年)，對銅、沛農民來說是一場劫難，就在這一年，黃河在豐工下遊決口，銅、沛等地正當其衝，於是兩湖漫溢，合微山、昭陽之湖地，銅山、沛縣、魚台之民田，匯為巨浸，一片汪洋。銅、沛農民不得不踏上黃泥路，流離遷徙，渡江南下，以為從此“故鄉永成澤國，不複顧戀矣”。
4年後，也就是1855年(鹹豐五年)，黃河再度決口，這是黃河變遷史上的一件大事，從此，黃河有了自己的入海口。黃河改道北移，對銅、沛農民來說未嚐不是一件值得慶幸的事。但對曹州府屬的農民來說，卻是一場災難。黃河在蘭儀決口，曹州府首當其衝，田廬漂沒，居民奔散，鄆城、嘉祥、钜野等縣的難民，蜂擁到了徐州府屬。其時，昔年銅、沛巨浸，已經半涸為淤地，於是他們相率寄居於此，墾荒為田，結棚為居，持器械以自衛，立團長以自雄。徐州道員王夢齡認為他們形跡可疑，下了逐客之令。繼而來者日多，也無可如何。1857年(鹹豐七年)，河道總督庚長派人丈量湖荒地，計有2000餘頃，分上中下三等，設立湖田局，按質論價，招墾湖田，又在土著和客民交錯的地方，築起長堤，名為“大邊”，“以清東民與土民之界限”。當時地方多故，撚軍遍地開花。為了剿滅“發撚”，清廷號召團練鄉勇保衛桑梓，墾種湖田的農民，得創立各團：唐團、北王、北趙、南王、南趙、於團、睢團、候團(後改成刁團)，均以首創之人姓氏為名，如唐團的首創者為唐守忠，故名。“湖團”之名由此而來。
湖淤地肥沃，頻年歲豐，漸漸富饒起來。山東客民原以為可以安居樂業了，但不幸的事情發生了。原先逃難在外的銅、沛流民，紛紛還鄉，當看到昔日巨浸變為良田，成了山東客民之產，心懷不平，遂起爭訟，土著說客民霸占有主之田，客民則說所種之田全是湖荒地，相持累歲，屢釀巨案。1859年(鹹豐九年)，侯團搶劫銅山鄭家集，經徐州道派兵拿辦，並將該團民驅逐出境，另行遴董招墾，輾轉更置，成立刁團。1862年(同治元年)，又有山東客民在唐團邊外占種沛地，設立新團，屢與沛民械鬥。土客衝突日漸擴大化、複雜化，直到這個時候，官府仍未拿出得力可行的解決辦法，終於導致1864年(同治三年)的流血事件。這年7月，新團以二人被殺，遂攻破劉莊寨，連斃數十命，民情洶洶。漕運總督吳棠飭派徐州鎮道帶兵剿辦，平毀新團，擒斬達千人之多，退出團地，以解“沛民之憤”。但事情並沒因此而得到解決。
土客構訟，已成不解之仇。沛人貢生張其浦、張士舉，生王獻華等與劉莊事主劉際昌先後赴京，以新團一案，唐守忠主盟指使，情同叛逆，請將各舊團一概剿辦各情，在都察院呈控。京城嘩然。欽奉諭旨，交吳棠密速查辦。旋經吳棠以唐守忠來團最早，聲名顯著，核查所控各詞，毫無實據，且與原呈不符，不過欲將新舊各團一概驅逐而奪其成熟之田等語，奏複在案。而沛人紛紛構訟，仍複不休。田產糾紛，逐漸演化為政治**件。清廷焦灼不安，隻得讓曾國藩親自出馬了。
1865年9月，曾國藩到徐州指揮攻撚，受命處理湖田爭訟一案。銅沛紳民即赴曾國藩行轅控告湖團，呈詞數十紙。曾國藩“以案情重大，實肇兵端，未敢遽為剖斷”。實際上國藩對此並沒有定見。這從他所上的奏折中可以看出：“(湖團)初至有領地之價，後來有輸地之租，而訟者不問案牘之原委，必欲盡逐此數萬人而後快。此又新團既剿以後，沛民健訟不顧其安之情形也。”對銅沛紳民構訟，頗不以為然。可是在另一折中，又說：“湖田一事，與剿撚大有關係。臣擬將通撚之團酌量懲辦，其餘數萬人全數資遣回籍。現經兩次派員前往山東鄆城、钜野等處，察看該團民原籍尚足安插否?如可，則遣之東歸，在沛縣可免占產之訟，在徐州亦無招撚之窩，臣再將資遣事宜，專疏奏辦，而臣之赴豫，則須稍遲；如其不可安插，臣亦不勉強驅遣，在徐、沛不無後患。而臣之赴豫可以稍速。”(《全集奏稿》)即有將數萬山東客民資遣回籍之意。兩份奏折對照，可以看出曾國藩並未尋到解決湖田一案的適當辦法。如果全數資遣，可能會激而生變，於攻撚大局不利，實際上已牽製曾國藩不能迅速赴豫督剿，何堪再由事態擴大!如果對銅沛之民的控告置若罔聞，又可能使土客衝突繼續升級，同樣有關剿撚大局。這使曾國藩舉棋不定，左右為難。
但曾國藩畢竟老於世故，頗富政治經驗，他從“通撚”這一點上受到了啟發，終於找到解決問題的突破口。曾國藩在給朝廷的奏折中稱，1865年11月1日，任柱、賴光撚軍由山東攻入江蘇豐縣、沛縣，進逼徐州，遠近探報，均稱湖團“勾賊”，“南王團有人函約賊來，百口一詞，雖反複研究，未得主名”，“刁團平日窩匪，與南王團相等”。除王、刁兩團外，其餘六團“或憑圩禦賊，或圩破被害，遭賊焚掠殺戮，其情狀曆曆在目，其為並未通賊亦屬確有可據”(《全集奏稿》)。湖團有沒有“通賊”，曾國藩並沒有十分把握，但他把焦點集中於“通賊”嫌疑最大的王、刁兩團而不及其餘，也許是他的高明之處。
那麽，湖團有無“通撚”事情?據《銅沛湖田紀事始末》、《濟寧直隸州續誌》、《豫軍紀略》等資料記載，確定無疑，而且還不止於王、刁兩團。銅沛是撚軍出入熟路，就是土著也不能說與撚軍毫無瓜葛。但曾國藩為不致事態擴大，權衡利弊，決定采取“折中”辦法來解決湖田一案，做到既能服銅沛之人心，又不盡逐湖田客民。於是，將對付撚軍的“分別良莠”之策搬了出來。“不分土民、客民，但分孰良孰莠”，凡有田契而田被湖團所占要求清還者，是土著中的良民；無田契產業，隻知斂錢構訟，激起眾怒挑起禍端者，是土著中的莠民。平日安心耕作，如唐團抗拒撚軍，受害極慘者，是客民中的良民；平日淩辱土著，如王團之“勾賊”、刁團之“容賊”，是客民中的莠民。良莠既分，曾國藩立即通行曉諭，勒限1866年3月1日(同治五年正月十五日)前將王、刁兩團逐回山東本籍，派劉鬆山一軍前往彈壓。
王、刁兩團被逐後，如何處理善後事宜，也是煩難之事，一旦處置失宜，同樣會留下後患，這一點，曾國藩是頗為謹慎的。經再三思考，1866年3月24日上疏奏陳酌定善後事宜三條：酌給錢以恤已逐之團，設立官長以安留住之團、撥還田畝以平土民之心。在這個《善後事宜三條》中，曾國藩既為“罵賊”而死的客民(唐守忠父子)樹碑立傳，又對激眾構訟的土著生(王獻華等)褫革衣衿；既認定王、刁兩團“通賊”，卻拿一個在逃者盡法處治。驅逐王、刁兩團，不外乎“撥還田畝以平土民之心”。應該說，曾國藩盡量做到“不偏不倚”。他在左右為難中尋找這種“折中”的辦法，在當時不失為上策，正因為如此，他的辦法得到清政府的首肯和支持，上諭“均照所請辦理”。轟動全國，長達近10年之久的湖田糾紛案，總算是畫上了句號。
曾國藩查辦湖田案，從接案到結案，費時半年多，勞師費神，一定程度上束縛住了曾國藩的手腳，使之難以全力以赴指揮攻撚戰爭。曾國藩攻撚失敗，去此不無關係。
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一、奉命“剿撚”
曾國藩一麵裁軍，另一方麵他也不會忘記辦理善後，恢複被太平天國革命衝亂了的蘇皖兩省封建統治秩序。
他認為，“清查田畝，為善後第一要務”，通令各地設立清查田畝局，“分別清查，各還業主”，恢複封建土地所有製，那些被太平軍趕跑了的地主豪紳遂卷土重來；“編查保甲，最為目前急務”，各地設立“編查保甲局”，由地主士紳主持其事，恢複保甲製度，加強對人民的統治，鎮壓人民的反抗鬥爭；舉行鄉試，籠絡知識分子，刊發“四書”、“五經”，修建江寧學宮，將人們的思想行為重新納入合“禮”封建綱常倫理的規範。此外，還修神廟、采訪忠義、檢埋骸骨、洗除“賊”字、禁著“賊”裝、挑浚河並、整理橋道、清查公產、修複書院義塾，安輯流亡等，忙得不亦樂乎。凡被太平天國破壞了的，國藩都要複舊、重建，就連秦淮河畔的燈船妓院，也複如往昔。可是，還未等應辦之事辦就，撚軍烈焰大熾，終於又把國藩推向攻撚前線。
1863年3月，太平天國沃王大漢盟主張樂行撚軍在皖北被僧格林沁所部清軍擊敗，雉河集(渦陽)根據地失守，張樂行罹難。梁王張宗禹、魯王仟化邦(任柱)率撚軍走豫西，發展勢力，這樣就與西北太平軍遙相呼應。還在安慶失守後，英王陳玉成奏請天王封賴光為遵王、陳得才為扶王、梁成富為啟王、藍成春為祜王，遠征西北，“廣招兵馬，早複皖省”，這便是西北太平軍的由來。1864年春，天京危急，西北太平軍自陝南“還師東征”，圖解京師重圍。撚軍來會師，合兵數十萬，集結鄂豫皖邊界地區，遭到湖廣總督官的鄂軍、河南巡撫張之萬的豫軍、安徽巡撫喬鬆年的皖軍以及僧格林沁蒙古馬隊的堵擊攔截，被牽製在鄂東地區不得東下。7月19日，天京陷落，噩耗傳來，西北太平軍、撚軍軍心大亂，士氣低落，本應撤回西北，以圖再舉，但仍絕望地突圍東進。朝廷命令曾國藩出馬了。1864年11月6日“上諭”說：“現在江寧已臻底平，軍務業經蕆事，即著曾國藩酌帶所部前赴皖、鄂交界督兵剿賊，務期迅速前進，勿少延緩!”以李鴻章暫署兩江總督，籌辦撫緝地方一切事宜，“曾國藩俟李鴻章到後，即行交代起程。”(《全集奏稿》)
曾國藩突然奉到剿撚上諭，一時不知所措，一則本人對撚軍並沒有多少認識，二則自己準備解兵引退，三則僧格林沁、官均是滿洲貴族權臣，恐難於合作。但朝廷之命，豈敢違抗?國藩左思右想，遂於11月20日上了《遵旨複奏馳赴皖鄂交界督兵剿賊緣由並陳下悃折》(《全集奏稿》)，說：
一、“湘勇多剿發匪(太平軍)，少遇撚匪，不若添調淮勇，熟於潁(州)、壽(州)之程途，兼悉撚匪之伎倆，湘淮各軍三路並進，更資得力。”暗示朝廷，與其讓國藩督師，還不如用李鴻章率淮軍剿撚。
二、1854年國藩親自督戰，屢次敗挫，以後十年，從未親臨前敵，自知親臨指揮打仗並非所長，不得不自藏其短，使諸將充分施展才能，“此次臣若自赴楚界，未必有益”，委婉地表達了自己不願受命之意。
三、“與僧格林沁、官同駐蘄、黃，四百裏之內，以欽差三人萃於一隅，恐啟賊匪輕視將帥之心。”其意是說，與滿人合作，事權不一，呼應不靈，成事不足，反會敗事。
國藩答應派劉連捷湘軍直入黃州，聽候官調遣，至於本人“交卸督篆，起程日期”，則“續行具奏”，等待朝廷發落。
折上之後，國藩心中忐忑不安。他在家書中說：“不堪再任軍務，趁此解去兵權，雖經手之事太多，二年之內尚不能清結回籍，然苟能不辦軍務，就此體麵下場，斯為萬幸。”(《全集家書》)他以淮代湘的良苦用心朝廷能否體諒?他想解去兵權朝廷能不能同意?他不免誠惶誠恐。
但不久，戰爭形勢發生了變化。11月7日，扶王陳得才率太平軍與僧格林沁在安徽霍山黑石渡展開決戰，太平軍大敗，祜王藍成春殉難，天將馬融和、範立川率數萬(一說7萬)之眾投降，主帥扶王陳得才見大勢已去，服藥自盡。西北太平軍從此不複存在。撚軍也作戰不利。“發逆剿洗淨盡，皖省一律肅清，是楚皖近日軍情，較之半月以前大不相同”，僧格林沁在戰場上取得暫時優勢。清廷即令曾國藩“即可無庸前赴安慶，亦無須交卸督篆，仍駐紮金陵，妥籌調度。”(《全集奏稿》)國藩接奉“上諭”，總算鬆了一口氣。
曆史喜歡捉弄人，曾國藩越想解兵權、不欲征撚，而撚軍偏偏強大起來，一躍成為太平天國革命失敗後全國民眾抗清的主力。
鄂東之戰後，撚軍雖然受挫，但仍有數萬之眾，實力猶存，西北太平軍“殘匪僅數千”，在遵王賴光的率領下，“投入撚中”(王定安：《求闕齋弟子記》)打起撚軍的旗號。兩軍合並後，即在豫南地區進行整頓。撚軍最凶惡的敵人是僧格林沁的內蒙古騎兵，以步對騎，難以製勝，因此決定“易步為騎”(撚軍本來就多騎)，以騎對騎。在作戰方法上，將撚軍的流動作戰的戰略戰術大加發展。這種戰略戰術具有高度的靈活性、機動性，倏而分數十股，使官軍彼此不能分顧；倏而合數萬眾，使官軍倉猝不及支持；倏而遁竄數百裏外，使官軍跟尋無蹤；倏而盤旋百十裏中，使官軍懷疑莫測。運用這種作戰方法，既能保存自己，又可尋機殲敵。整編後的撚軍，麵貌一新，開始了新的戰鬥曆程。
1864年底，撚軍用流動戰術連敗僧格林沁，打得這位王爺“名望頓盡”。僧格林沁惱羞成怒，繼續窮追撚軍，撚軍就繼續用流動戰術來對付他。
在撚軍的“流動戰術”中，有一種“打圈”戰術，最為有名，民謠唱道：
撚子打圓圈，
官兵瞎胡攆；
官兵想歇腿，
撚子圍跟前；
撚子舉起刀，
官兵把爺喊，
千饒命，萬饒命，
饒俺回去殺州官。
這首民謠，以樸實生動的語言描述了“打圈”戰術的妙用。
“打圈”戰術是撚軍流動作戰、“以走製敵”的戰略思想的高度運用和體現，是撚軍在實戰過程中，根據自己多騎的特點，以及利於戰馬馳騁的黃淮平原有利地勢而創造的一種新的戰術。它采用疾馳狂奔、數日不歇的大規模流動方式，以如蟻旋磨、忽左忽右的“打圓圈”的方法，使追擊撚軍的官軍自然疲勞。然後，以步騎聯合的包抄戰術，一步夾一騎為團陣滾進，馬怒人歡，使追敵陷圍不得出，從而達到全殲追敵的目的。撚軍運用這一招，為僧格林沁設計了一個“圈”套。
自1864年11月至1865年5月，撚軍牽著僧格林沁這頭“牛”，經鄧州南召魯山尉氏臨潁郾城西平遂平汝寧正陽信陽扶溝睢城曹州城武金鄉濟寧汶上東平寧陽兗州曲阜鄒縣滕縣嶧縣郯城贛榆海州沭陽邳縣嶧縣滕縣鄒縣濟寧鄆城濮陽範陽等地，往返打圈。僧格林沁數十日不離鞍馬，兩手疲頓不堪，不能提舉韁索，隻好用布帶束腕係在肩上，以馭戰馬。撚軍“知僧軍疲，益狂奔”。僧格林沁“三旬之間，回旋奔逐不下三四千裏”，實在追不動時，“解鞍小憩道左，飲火酒兩巨觥，輒上馬逐賊”。見此情景，朝廷擔心起來，連連發出警告，要“僧親王擇平原地休養士馬，且戒勿輕臨前敵”(王定安：《求闕齋弟子記》)。但僧格林沁再也聽不進去了。1865年5月18日，他終於被撚軍“牽”入山東曹州高樓寨(一說葭密寨)，包圍聚殲，僧軍幾乎全軍覆沒，剛愎自用的僧格林沁親王被撚童張皮綆殺死。
僧格林沁，博爾濟吉特氏，1825年襲封蒙古科爾沁劄薩克多羅郡王。因擊敗北伐太平軍有功，晉封為博多勒噶台親王。第二次鴉片戰爭中，抗擊過英法聯軍。《北京條約》簽訂後，奉命統轄山東、河南軍務，並直隸、山西四省督撫提鎮各統兵大員均歸節製。他所統率的蒙古馬隊，是清廷的王牌師，也是朝廷用以對抗湘軍、壓抑曾國藩的有力後盾，但萬萬沒有料到，清廷所倚賴的“長城”崩塌了，“兩宮震悼”，輟朝三日，慈禧太後情出無奈，隻好考慮讓聲威素著、老於戎事的曾國藩督師剿撚了。1865年(同治四年)5月23日，“上諭”命欽差大臣協辦大學士兩江總督一等毅勇侯曾國藩，著即前赴山東一帶督兵剿撚。兩江總督著李鴻章暫行署理，江蘇巡撫著劉郇膏暫行護理。同時命直隸總督劉長佑扼守大名，三口通商大臣崇厚統洋槍隊駐防景州，堵撚北趨。5月25日，再命曾國藩趕緊赴援，保衛京畿。
曾國藩奉到上諭，又一次陷入窘境：湘軍精銳裁汰殆盡，兵力單薄，如何剿撚?且撚軍利於馬隊，以步對騎，如何能製勝?但聖旨難違，他隻好故技重演，采取“拖”的辦法，6月2日上了一個《遵旨赴山東剿賊並萬難迅速緣由折》(《全集奏稿》)，說“朝廷責臣討賊，至切且速，即山東官民，亦望臣星速北上。臣躊躇再四，有萬難迅速者數端”：
一是兵力不足。金陵僅湘軍3000人，作為護衛親兵。淮軍雖稱勁旅，但僅劉銘傳、周盛波兩軍歸曾國藩調遣，人數尚少，不敷分撥。不得已，擬“另募徐州勇丁”，非三四個月難以成軍。
二是戰馬缺少。撚軍戰馬極多，此次僧格林沁蒙古馬隊潰散，又為所得，馬逾萬匹，馳騁平原，其鋒甚銳。如剿撚而沒有馬隊相佐助，“將不戰自靡”，因此打算在徐州添練馬隊，派人前赴古北口一帶采買戰馬千餘匹，一來一往，最快也要三個月，加上訓練，也要兩個月時間。
三是扼撚北上，“惟黃河天險最為可恃。防河之策，自為目前第一要義”，而江南船隻，於黃河水性不合，要防河，就需要采辦木料，招募水勇，興辦黃河水師，工程浩大，沒有四五個月的工夫難以就緒。
四是國藩所部每日行軍，支帳埋鍋造飯，不向州縣索米供應，日行僅40裏或更少。李鴻章的淮軍也是如此。步步穩妥，則行軍遲鈍。僧格林沁剿撚，一年以來，周曆湖北、安徽、河南、江蘇、山東五省，若他人接辦撚軍，斷不能兼顧五省。不僅不能兼顧湖北，就是蘇皖豫魯四省也不能處處兼顧，隻能擇要設守，其餘責成四省巡撫，各分汛地。國藩此言顯而易見：朝廷既沒給剿撚實權，他即便北上，也隻能局限在一定地區進攻撚軍，“不能遍顧各省”，不擔負攻撚的全部責任。
最後，國藩說：“方今賢帥(僧格林沁)新隕，劇寇方張，山東之望援，急於星火，而臣策戰事，乃在半年以後。北路之最重莫如畿輔，而臣策直隸乃須另籌防兵。此皆駭人聽聞之言，殆不免於物議紛騰，交章責備。”要是師出無功，也請朝廷不要見怪。
同日，國藩又追加了一個《請另簡知兵大員督辦北路軍務片》，說自己精力疲憊，不能夠再擔負重任，近來衰態更增，說話20句左右，舌尖就麻木蹇澀，不能再說，隻有懇求皇上恩準，挑選知兵大員督辦軍務，國藩願以閑散人員在營效力，鞠躬盡瘁。有意不再執掌兵符。
國藩折片剛發出去，就奉到5月28日“上諭”，命欽差大臣協辦大學士兩江總督一等毅勇侯曾國藩赴山東一帶督師剿撚，所有直隸、山東、河南三省旗、綠各營及地方武員弁，均著歸曾國藩節製調遣。如該地方武有不遵調度者，即由該大臣指名嚴參。同日又命國藩統帶親軍小隊，輕騎就道，兼程北上。
朝廷要國藩督師剿撚，當然也就不能不給予實權，否則，不僅曾國藩不幹，而且事權不一，呼應不靈，於大局不利。可是，曾國藩接到節製三省的“上諭”，依然憂心忡忡，擔心什麽?他在家書中說：“若賊不渡黃(河)，剿辦尚不甚難，一渡黃，則手腳忙亂，萬目懸望，萬口譏議，餘實應接不暇，難乎其免於大戾矣。”(《全集家書》)他怕剿撚無功，招致身敗名裂之禍。國藩再三思維，6月6日，上了一個《謹陳籌辦情形並請收回成命折》，說自己精力衰頹，公事廢弛，心神不定，無故驚怖雲雲，“不敢拜此寵命”，要求皇上收回節製三省的任命。但朝廷不準，“上諭”說：“曾國藩懇辭節製三省之命，具見謙抑為懷，不自滿假。惟東、豫之軍，自僧格林沁戰歿後，軍無統轄，號令不一，最為兵家大忌。該大臣更事既多，成效夙著，若非節製直、東、豫三省，恐呼應未能靈通，勿再固辭。”(《全集奏稿》)國藩無可奈何，隻好硬著頭皮北上征撚。
6月18日，曾國藩由金陵啟行，取道運河，北上督師。6月30日抵清江浦，再辭節製三省之命，朝廷仍不允。7月14日由清江浦溯淮西上，21日抵達攻撚前線安徽臨淮。
此次掛帥征撚，可供國藩指揮的軍隊有這樣幾種：
第一種是湘軍，這是曾國藩自己的武裝。國藩在金陵搜羅了9000多人攻撚，但多不願北征，最後帶了3000人作為護衛親兵。黃翼升的淮揚水師(湘軍水師的一部分)進入淮河，後又調鮑超等軍，加起來也有2萬人。
第二種是淮軍，這是攻撚的主力。曾國藩裁湘留淮，意在借助淮軍“以濟湘勇之窮”，所以攻撚不得不依恃淮軍，這就是劉銘傳、周盛波、張樹聲、潘鼎新等部25萬人，後又陸續增調張樹珊、李昭慶等軍，總數達到6萬人。淮出於湘。但淮軍的領袖是李鴻章，而不是曾國藩，雖然李鴻章把指揮權交給了曾國藩，但國藩卻不能像指揮湘軍那樣靈活，畢竟隔了一層關係。而且淮軍的私兵性質較湘軍有過之而無不及。表麵上看來“湘淮一家”，實際上李鴻章並不是十分情願地把淮軍交給曾國藩指揮，時常加以遙控。更何況，慈禧太後為了壓製曾國藩，采取扶植李鴻章、左宗棠的政策來分化、瓦解湘係集團的勢力，李鴻章也不想在曾國藩腳下盤旋，而思自立門戶。當曾國藩第一次奉到攻撚命令時，朝廷即命李鴻章署理江督，時距攻克金陵不到四個月，國藩幕僚趙烈為此發出了“殊咄咄可怪”的驚呼。國藩本人也“意殊寥落”，雖很快收回成命，但揚李抑曾是顯而易見的。有朝廷扶植，李鴻章再不肯事事聽命於國藩。所以，當國藩準備北上，要求李鴻章把“淮軍特出之將”劉銘傳所部銘軍交他指揮時，鴻章則以“省三(劉銘傳，字省三)雖奉嚴旨敦迫，必須留置左右，以備先驅”為辭加以拒絕(《李忠公全集朋僚函稿》)，後經國藩反複磋商和朝廷“嚴迫”，才把劉銘傳推上攻撚第一線。所以，國藩所統率的淮軍，不可能如指使臂征調自如了。
第三種是各省的地方軍，如皖軍、豫軍、東軍。這些軍隊，多由地方地主武裝團練基礎上產生，巡撫負有指揮之權。各省各自為政，各存畛域之見，一般不願出境作戰。對這些地方軍隊，國藩要想讓他們俯首帖耳聽從指揮，並不是一件容易的事情。
第四種是洋槍隊。直隸總督劉長佑和三口通商大臣崇厚負責防守黃河北岸，祟厚所率領的1200名洋槍隊，就是英國人貝格和日斯訓練出來的。這支軍隊遠處黃河北岸，曾國藩也不便指揮調遣。
上述幾種軍隊，充滿著矛盾，有地方軍與正規軍的矛盾，地方軍與地方軍的矛盾，黃河北岸軍和南岸軍的矛盾，湘係與淮係的矛盾，錯綜複雜。當曾國藩接到督師剿撚的命令，還沒有踏上征途時，就發生了直隸提督劉銘傳與浙江處州鎮總兵陳國瑞相互殘殺之案。陳國瑞，湖北人，太平軍叛徒，僧格林沁的部將，是一個典型的無賴，最喜爭功械鬥，在皖北時，就與郭寶昌、英翰的皖軍廝殺過。6月7日，劉銘傳軍抵山東濟寧，6月12日首戰撚軍於長溝，取得勝利。陳國瑞率軍後至，既惡淮軍先入長溝，又見淮軍將士所攜洋槍精利，就想爭功奪洋槍，親率親兵500人突入長溝，見淮軍勇丁即殺。劉銘傳聞變，率部與戰，全殲陳國瑞親兵，把陳國瑞軟禁起來。“強寇在門，內亂又作”，這使曾國藩感到“殊深焦灼”。所有這些，預示國藩的攻撚生涯，很難一帆風順。
二、攻撚方略
任柱、賴光部撚軍在山東受挫後，即回馳皖北，與張宗禹部匯合，圍攻雉河集，以期奪回皖北根據地。曾國藩亟調劉銘傳等馳援。7月24日，劉銘傳、周盛波等援軍齊至。銘傳由石弓山、龍山，盛波沿渦河兩岸推進，“縱橫掃蕩，所向無前”，戰至次日，撚軍漸漸不敵，棄雉河集而去，兩路入河南，張宗禹部經柘城、商丘、太康進入豫西南，在南陽、盧氏及湖北襄陽等地往返遊擊；任柱、賴光由太和、沈邱、陳州西趨，走西華、臨潁、郾城，複折往東南，趨西平、上蔡等地。
7月21日，曾國藩抵達臨淮後，即著手部署他的攻撚方略。
曾國藩長期與太平軍作戰，對撚軍知之不多，“此次北征，初不知撚匪伎倆何如”，正道出他對“撚患”認識的淺薄。但撚軍與太平軍有過一段相當密切的關係，在鎮壓太平軍過程中，對一度與之膠合一起的撚軍當然不可能充耳不聞。事實上，作為經世實學家，他對撚軍也表現出一定程度的關注。1859年11月20日他在上奏中稱：“自古辦竊號之賊與辦流賊不同，辦流賊法當預防，以待其至，堅守以挫其銳；辦竊號之賊，法當剪除枝葉，並搗老巢。今之洪秀全踞金陵，陳玉成踞安慶，竊號之賊也……龔(德樹)、張(樂行)撚股之分合無定，流賊之象也。”(《全集奏稿》)這裏，他已經看出撚軍勢成“流賊”之象，並據此提出了“預防”之方。
正如國藩所料，撚軍采用的是一種“流動”作戰的戰略戰術。僧格林沁對這種戰法認識不足，“賊流與之俱流”，一味窮追不舍，甚或“一日夜三百餘裏”。曾國藩斷言，“此於兵法，必蹶上將軍”(《清史稿曾國藩傳》)。不可一世的科爾沁親王果然被撚軍消滅了。
既然追飛逐走難以奏功，那麽“預防”便順理成章地成了曾國藩清除“撚患”的主導思想。於是，他開出了第一副處治之方重點設防。
1865年6月2日，即他接到北上命令後的第七天，上了一紙奏章，說撚軍已成流寇，飄忽靡常，應“各練有定之兵，乃可製無定之賊”，提出以徐州為老營，在山東兗州、沂州、曹州、濟寧，河南歸德、陳州，江蘇淮安、徐州、海州，安徽廬州、鳳陽、潁州、泗州所謂“曆年撚匪出沒最熟之區”的十三府州之地置防對策。但不久撚軍並力圍攻皖北雉河集，他不得不前往安徽臨淮督師，這樣坐鎮徐州及專力於十三府州之地的計劃略加修改。6月14日他在上奏中稱，現既由臨淮進兵，將來安徽即以臨淮為老營，江蘇以徐州為老營，山東以濟寧為老營，河南以周家口為老營，四路各駐大兵(其餘十一府州駐紮少量軍隊)，多儲糧草子藥，為四省之重鎮。一省有急，三省往援。這個“四鎮”之局，便是曾國藩著力推行的“以逸待勞”，“以有定之兵，防無定之賊，變尾追為迎擊，製賊不流”(黃佩蘭：《渦陽縣誌兵事》)的重點設防方略。曾國藩抵達臨淮後，即檄調淮係劉銘傳、潘鼎新、張樹聲、周盛波各軍，湘係劉鬆山、張詩日各部，分駐四鎮，到9月底，四路定局。
撚軍兩路入豫，任、賴一路進入陳州，活動在國藩劃定的戰略區內，國藩派劉銘傳等部堵擊。9月23日，曾國藩自臨淮移營徐州，就近指揮。而張宗禹一路已入豫西，朝廷命國藩派兵追擊。國藩料定“萬難追及”，仍堅持他的重點設防方略。他在給朝廷的奏折中說，撚軍已成流寇行徑，若撚流而官兵跟著追趕，則節節尾追，步步落後，終年奔波，有損無益。因此，堅持初議，於撚軍必經之途駐紮重兵，如劉銘傳駐周家口，撚軍回竄扶溝、鄢陵，即自周家口迎頭痛擊；張樹聲等駐徐州，撚軍回竄永城、蕭縣、碭山，即自徐州迎擊；撚軍趨蒙城、宿州，則劉鬆山等自臨淮迎頭攔擊；撚軍至曹州、單縣，則潘鼎新自濟寧截擊，變尾追之局為攔頭之師，以有定之兵製無定之撚，軍務可望漸有起色。國藩還說：“皇上如以臣議為可采，則於臣駐兵四處之外，請旨敕下湖北、河南督撫，於豫之鞏、洛、宛、鄧，楚之隨、棗、黃、麻，各駐勁兵一支，與諸將堅約，重在攔頭迎剿，不重在賊退尾追，似亦製勝之策。”(《全集奏稿》)不僅堅持，還要朝廷推廣他的重點設防、以“點”帶“麵”的攻撚方略。
國藩的重點設防，能否收到清除“撚患”的奇效，不僅朝廷表示懷疑，劉銘傳也頗不以為然。10月1日，他在給李鴻章的信中說：“屢閱爵相(曾國藩)奏疏，堅持駐兵徐州、臨淮，銘傳竊以為非。若以前定十二(十三)府之議，則爵相可駐徐州，若論眼前地勢賊情，爵相擬帶六世叔同樹、盛兩軍駐紮歸德，湘勇擬駐亳州，琴軒擬駐曹州，三處相離不足五百裏，聲勢相連，賊斷不敢越境東犯，即東犯亦易合擊。傳軍可為專剿之師，以馬隊追蹤擊賊，步隊遙為控製，不使攻破圩寨，日久或可饑散。現賊馬較前更多，我軍必得強健馬隊三千，方可立平此寇”，要李鴻章“務祈轉請爵相，萬勿以運道之艱，初議難改，劃疆自守，不求有功”，並說“銘傳深受吾師(李鴻章)及爵相之知，故不避苛責，瀆煩上聽，非為自謀建樹耳。”(江世榮：《撚軍史料叢刊》第3集)劉銘傳此函是有深意的：一是認為曾國藩的重點設防方略太過刻板；二是劉銘傳寧可為“專剿之師”，不願株守周家口坐等撚軍自投羅網；三是攻撚必須有一支強健的馬隊。盡管劉銘傳並不讚同曾國藩的攻撚方略，但“向不梗令”，還是勉力與撚軍作戰，10月1日，敗撚軍於沈邱，旋再敗之於阜陽，9日又敗之於河南睢州。任柱、賴光見勢不妙，遂又由考城馳入山東，往返於曹縣、定陶、鄆城、菏澤等地。曾國藩唯恐撚軍進入山東半島“完善之區”，急命駐守濟寧的潘鼎新淮軍扼守運河，副都統色爾固善的馬隊、張樹珊的淮軍跟蹤追擊，劉銘傳仍駐周家口，周盛波進駐歸德，以防撚軍南下。從江南調來總兵楊鼎勳、郭鬆林等部進駐宿遷、徐州，以備後援。朝廷對國藩的布防感到滿意，但對進入豫西的張宗禹部卻憂心如焚，認為該路撚軍“不西趨秦境，必北擾晉疆”，陝西與河南毗連，路路可通，山西雖有黃河之隔，但霜降水落，搶渡不難，“該省素稱完富，且為畿輔屏蔽，稍有疏失，關係匪輕”。曾國藩在徐州調度，正當吃緊，對豫西鞭長莫及。有鑒於此，10月25日，朝廷準備命李鴻章督帶楊鼎勳等軍馳赴豫西進攻張宗禹撚軍，兼顧山、陝門戶，命漕運總督吳棠署理兩江總督、李宗羲署理漕運總督、丁日昌署理江蘇巡撫。曾國藩奉“上諭”，“愧悚難名”，李鴻章督師攻撚倒沒什麽，關鍵是，李督師豫西，必然從東路將淮軍調走，他的攻撚方略土崩瓦解不說，他憑什麽攻撚!於是11月7日上《奉旨複陳近日軍情及江督漕督蘇撫事宜折》，建議朝廷暫勿令李鴻章赴豫。朝廷允其所請，“旨罷前議”。
當曾國藩與朝廷討價還價之時，任柱、賴光撚軍乘虛蹈隙，突由山東折入江蘇豐縣、沛縣、碭山一帶，11月3日破辛家集，徐州戒嚴。11月21日，撚軍被張樹聲、潘鼎新擊敗於豐縣，23日即由豐縣經山東魚台、金鄉、單縣西進河南，26日又敗於河南睢州，29日在扶溝為劉銘傳所敗，走許州，與張宗禹撚軍會合，流動於襄縣、葉縣、舞陽一帶。一連打了幾次勝仗，曾國藩大喜，以為他的重點設防之策收到了奇效。他在給朝廷的奏報中說，撚軍徐州小挫，豐縣、睢州、扶溝大敗，皆由攔頭要截。周世澄在《淮軍平撚記》中對此更是大加張揚，說自設四鎮而汛防有定，“賊之流走者處處投觸羅網，遂不能逞其故智”；從前各軍剿撚皆以追奔為能事，自四鎮之設，變尾追之局為攔頭之師，以有定之兵製無定之撚，辦撚之局自此“始漸有綱紀”。但是，這種“重迎剿，不重尾追”的辦法，仍不能致善以“乘虛蹈隙”的撚軍於死地。照曾國藩的話說，“該逆狡詐多端，飄忽異常，從不肯與堂堂之陣約期鏖戰，必伺官軍勢孤力竭之時出不意以困我……該逆死黨極多，行走甚速，乘虛蹈隙，是其慣技”(《全集奏稿》)，很難對付。曾國藩已經意識到了這一點，時人亦然。禦使劉毓楠在《奏陳河南軍情賊勢請飭鄰省督撫合兵會剿折》就評論說，撚軍飄忽無常，轉瞬馳騁數百裏，與太平軍占據城池、盤踞固守情形迥不相同，曾國藩設兵四鎮，欲待其至迎擊圍剿，唯其往往避兵而行，未必肯向重兵屯紮處所自投羅網。河南的尹耕雲致書曾國藩，也有所論列，說臨淮離周家口數百裏，周家口離徐州數百裏，徐州離濟寧也有數百裏，騎兵之力不出百裏，步兵之力不出十裏，過此則如入無人之境。如撚軍避兵而行，抵隙乘虛，無論駐紮之老營株守無益，即遊弋之勁騎也將奔命不遑。這些議論，揆諸撚軍戰爭的特點，毫無疑問言中了重點設防的漏洞。曾國藩也覺察到了這一漏洞。因此，這年12月，便騰出劉銘傳一軍作為遊擊之師，另劄李昭慶所辦遊擊之師馳赴前線，兩處遊兵(後又增加鮑超、劉鬆山、劉秉璋三軍為“遊擊”)略仿僧格林沁之法，與撚軍縱橫追逐，以補重兵株守之漏。盡管如此，所辦遊擊之師，難與僧格林沁蒙古勁騎同日而語。四鎮、遊兵，與實現清除“撚患”的目的相去甚遠。
如果說重點設防旨在“遏流”，為相對意義的“戰”，那麽曾國藩在實施重點設防的同時開出的查圩之方則意在“清源”，為相對意義的“守”。照曾國藩的話說，即“於四處設立重兵，以遏其流；又擬查辦民圩，以清其源”，“設立重兵，以為戰，又令鄉村設立圩寨，以為守……各縣皆有圩寨，則無擄人擄糧之患。”(王定安：《求闕齋弟子記》)戰與守，遏流與清源，相輔相成，成為曾國藩清除“撚患”的法寶。
圩，又稱寨、圍、塢、堡，總稱“圩寨”。據曆史資料記載：“自道光之季，吏習於恬熙，皖豫間盜大起，豪猾大姓輒築寨自固，謂之圩，圩大者千餘家。”(孫衣言：《遜學齋續鈔》第4卷)可知圩寨至遲出現於道光之際。
圩寨是社會動蕩的產物。撚軍起義後，黃淮地區就開始了大規模的村莊圩寨化的過程。所謂村莊圩寨化，簡單地說，就是小村並大村，實行堅壁清野，村外環築圍牆，圍環以壕，吊橋通內外，猶如碉堡，這是圩寨的一般形式。撚軍起義期間，黃淮地區出現四種類型的圩寨：第一種是所謂的“賊圩”，也就是撚軍的圩寨，官書上常以“圩寨林立，不可數計”形容撚軍圩寨之多。在相當長的一段時間裏，具體地說從1857年到1863年這段時間，撚軍就是利用圩寨來保存自己，對抗清軍的，這種戰爭形態，在撚軍軍事史上被稱為“圩寨戰術”。第二種是地方割據勢力苗沛霖集團的圩寨，史稱“苗圩”。圩寨是苗沛霖割據的基礎，1860年建立“天順”王國時，由他控製的圩寨就有數千，地跨安徽、河南兩省。第三種是所謂的“民圩”，也就是地主士紳為進行鄉村防禦、對抗撚軍而修築的圩寨，這種圩寨，黃淮地區到處都有。第四種是首鼠兩端的圩寨。這類圩寨，有的既不抗清，也不抗撚，清軍來了，插上清軍的旗號，撚軍來了，馬上換上撚字旗號；有的既抗清又抗撚，誰也別想染指。這類圩寨，完全是為了自保，所以是處於“中間”狀態的圩寨。各類圩寨，結構盡管不盡相同，但都非常注意對圩寨的經營，“加磚增堞，堅如城郭”(黃佩蘭：《渦陽縣誌兵事》)。所以，圩寨完全可以稱為“城郭村落”。1863年，張樂行前期撚軍覆沒、苗沛霖被鏟除後，撚圩、苗圩被夷為平地，朝廷又諭令曾國藩督飭地方武夷毀其他圩寨，因有悖於堅壁清野之議，沒有實行，這就為曾國藩推行查圩政策創造了條件。
還在北上征撚途中，曾國藩發布《剿撚告示》，說，本大臣奉命督師，赴徐州一帶攻撚，議戰，則責成官軍，議守，仍需整理圩寨，為此曉諭安徽、河南、江蘇各圩練董知悉，隨時前來徐州，本大臣親問各路情形，麵諭修圩、挖壕、防守各事宜，雲雲。這個《剿撚告示》就是國藩推行“查圩”政策的先聲。
曾國藩抵達臨淮後，立即實施“查圩”。
查圩要點，曾國藩在7月21日發布的布告(《全集詩》)中列舉了四條：
1堅壁清野。撚軍騷擾多年，凡蘇、皖、魯、豫四省撚軍必經州縣，人人皆知修築圩寨，自相保衛，但恐歲久人貧，漸漸鬆懈，現要大加整頓，牆子要高，壕溝要深，這是堅壁。同時，人丁及牲畜、米糧、柴草，一一搬入圩內，“賊來全無可擄，此清野也”。如撚軍圍攻圩寨，國藩立即派兵救援，近或三日五日，遠的十日半月一定趕到，決不食言。如不能堅守半月，是該圩之過，如半月救兵不到，就是國藩的過錯。各圩要操練壯丁，自保身家，決不調圩練助剿，也不派圩董支應雜差。
2分別良莠。曾國藩認為，“分別良莠為正本清源之道，關係甚重”，因此，命令地方紳耆在撚軍活動地區進行戶口清查，凡“有撚之州縣，一體清查”，其中安徽蒙城、毫州、宿州及河南永城是撚軍的老巢，限三個月清查完畢。負責查圩的官員督同圩長，挨戶清查，造具清冊，“倡首為亂及甘心從逆者，為莠民冊，全未從匪者，為良民冊。偶從與脅從者，為自新良民，亦編入良民冊內。入莠民冊者，在外則到處追剿，在籍則擒拿正法。入良民冊者，五家具保結於圩長，有事則五家連坐；圩長具保結於州縣，有事則圩長連坐”。希圖以這種辦法切斷撚軍與人民的聯係。
3發給執照。各圩管事之人，有的稱“圩主”，有的稱“寨主”，“主”字不可妄稱，現一律改稱“圩長”。每圩設圩長一人，副圩長二三人，最多不能超過四人。圩長由各圩大眾共同推選，上報州縣，州縣核查確實上報國藩處。正圩長由曾國藩發給執照，蓋關防章；副圩長由州縣發給證明，用印信章，“收執為憑”。圩內有陽順官兵，陰從撚軍者，圩長捆縛送官正法。“匪”圩而誣叛“良”圩，嚇逼鄰圩者，各圩共同稟究。送“匪”最多者，奏明請獎；匿“匪”不報者，將圩長革去究懲。平日不廢農務，臨警守圩有功者，奏明優獎。圩長苛斂財物，不服人心者，準圩眾公稟查明革換。
4詢訪英賢。曾國藩在所頒布的布告中說：“淮徐一路，自古多奇傑之士，山左、中州，亦為偉人所萃。方今兵革不息，豈無奇才崛起?無人禮之，則棄於草澤饑寒賤隸之中，有人求之，則足為國家幹城腹心之用。本部堂久曆行間，求賢若渴，如有救時之策，出眾之技，均準來營自行早明，察酌錄用；即不收用者，亦必優給途費。如有以鄰境之匪名單來告者賞銀三十兩；如有以巨撚藏匿之蹤跡來告者，賞銀四十兩；如有薦舉賢才者，除賞銀外，酌予保獎。”“藉一方之人才，平一方之寇亂”，這是曾國藩網羅“英賢”的目的所在，也是其人才思想的具體表現。
在曾國藩看來，清查圩寨撚首，殺一撚即“除一害”，清一圩即少一患，這是治撚的根本，臨陣擒斬百人不如清圩時斬數人來得得當。因此，在撚軍活動地區，特別是在撚軍起義的發祥地皖北一帶，力行搜查之法。查圩一方開出不久，他便派知府桂中行、朱名璨赴蒙城，同知李炳濤、知縣薛元炳赴亳州，知州張雲吉、遊擊吳靖基赴宿州，直隸州尹沛霖、遊擊翁開甲赴阜陽，會同地方紳土，監督“查圩”政策的施行。這一政策的推行，確給撚軍造成很大危害，不少留在皖北堅持抗清的撚軍將土或撚軍的同情者、支持者慘遭殺害，在《曾國藩全集批牘》中就有“委查亳州圩務李丞炳濤稟查獲迭叛撚首劉二能等五名汛明正法由”、“委辦宿州查圩事務張牧雲吉稟拿獲撚目高繼周等訊明正法由”、“委辦蒙城圩務桂令中行稟查獲莠民李全信等九名訊明正法由”等之類的批牘，在《查辦蒙亳宿阜民圩擒斬著名積撚折》中，開列了120名被“正法”的著名“積撚”，這在一定程度上割斷了撚軍與人民的聯係。更為嚴重的是，它使撚軍生活資料接濟發生困難，“匪徒野無所擄，寇氛緣此漸息”(王枚：《睢州誌》第2卷《寨工》)。
然而，查圩與重點設防一樣難達“藥”到“患”除之效。以查圩根本之點堅壁清野為例，曾追隨僧格林沁及山東巡撫閻敬銘、丁寶楨並為之出謀劃策的潘駿就發了一通議論，說：“欲使賊無所得食，寢以饑疲，則不外堅壁清野之策……見諸施行而未遽收戡定之效者，則非斯策之不效，而所以用斯策之未盡善也。何也?圩寨之禦賊可暫而不可久。使兵不時至，則罄其所有悉投凶焰，況乎餌賊以求安，不能盡咎小民之接濟矣。”(潘駿：《潘方伯遺稿》第5卷)一方麵仍有人民的支持，一方麵“餌賊求安”的畏禍心理也使得一些“民圩”給撚軍以接濟，這種情況在當時非常普遍。這就使撚軍在接濟困難的情況下不至於枵腹荷戈。此外，“清野”受著季節時令的約製，“嚴冬之野可清，而夏秋之野不可清”，撚軍照舊可以生存。曾國藩“急切無製賊之良法，中懷時複悶悶”(李榕：《十三峰書屋集》第4卷)。
重點設防不靈，查圩之法雖有“消患於未形”的功能，但既難於立見成效，又難以如願施行。這使曾國藩感到“難操勝算”，要取得攻撚戰爭的勝利，看來還得另尋“製寇之方”。
當曾國藩辦遊擊之師變更戰略部署時，撚軍跳出他的戰略設防區，分路攻入湖北。1866年(同治五年)1月18日，湘軍成大吉部在鄂東麻城宋埠鬧餉嘩變，“勾通撚匪”任柱、賴光入鄂，裏應外合，大敗成大吉，燒了他的軍營，成大吉“僅以身免”，逃往灄口，23日撚軍攻陷黃陂。與此同時，張宗禹部由鄧州、新野進入湖北襄陽(不久折入河南)。2月18日，任、賴撚軍在黃岡大敗清軍，陣斬總兵梁洪勝等多人。鄂勢甚危，武漢震動，朝廷大怒，將湖北巡撫鄭敦謹革職，調曾國荃為湖北巡撫。國荃居鄉一年多，“終不能退藏避事”，此次出山，也隻好“置禍福毀譽於度外，坦然做去”。曾國藩也挺高興，他在給國荃信中說：“餘辦撚事，正苦鄂中血脈不能貫通，今得弟撫鄂，則三江兩湖均可合為一家，聯為一氣。論公論私，均屬大有裨益。”(《全集家書》)
撚軍在湖北連打兩次勝仗，湖廣總督官急忙請兵救援。曾國藩命總兵喻俊明等率水師馳赴武漢，檄調劉銘傳自周家口馳赴光山、固始，徑援湖北。劉銘傳提兵轉戰而前，3月14日，親督道員劉盛藻，提督唐殿魁，總兵劉維楨、黃桂蘭，洋將畢乃爾(penell)攻克黃陂城，任柱、賴光敗走麻城，轉趨豫境。
撚軍全軍入豫，曾國藩準備實施劉銘傳創議的“防河”方略了。
還在上年，劉銘傳在豫攻撚時，就鑒於河南地勢平坦，無險可扼，是以撚軍縱橫往來、毫無忌憚等情，向曾國藩提出了扼守沙河、賈魯河的攻撚方略，而曾國藩則以“兵力未齊”為辭，沒有答應。但攻撚戰爭的實踐證明了曾國藩的重點設防漏洞百出，並不能製撚軍於死地，而劉銘傳、李昭慶等遊擊之師，其馬隊實力遠不及僧格林沁的蒙古騎兵，加之1866年3月後撚軍由鄂境全軍折回，迫使曾國藩不能不重新考慮劉銘傳的“防河”創議。
所謂“防河”，即東以運河為防線，西以沙河、賈魯河為防線，沿河岸構築長牆、壁壘，派兵駐守，阻截撚軍進入山東半島、江蘇和豫西、湖北，並在這個範圍內將撚軍圈而聚殲。
1866年3月17日，任、賴撚軍由麻城折回河南，經光山、陳州、項城、沈邱、中牟、蘭封、考城進入山東，張宗禹撚軍自河南遂平、舞陽、禹州、新鄭、蘭封進入山東定陶，4月20日敗潘鼎新、李昭慶所部淮軍於鄆城，進至壽張、範縣，4月29日與任、賴撚軍在開州匯合，勢將渡運。曾國藩見此情景，將“防河”提上了日程。4月4日，國藩自徐州抵山東濟寧州駐營，5月16日給朝廷上了一個奏折，說“臣以東北則畿輔為天下之根本，東南則江蘇為臣軍之根本，屢經奏明注重東路。既以東路為重，不得不借運河衣帶之水以為流寇阻截之界。惟河淺且窄，汛長千有餘裏，防不勝防。臣擬會閻敬銘等大加修浚，增堤置柵。”(《全集奏稿》)提出在運河設防的建議。20日，國藩即偕同山東巡撫閻敬銘巡查運河，並責成閻敬銘克期布置河防。22日，國藩、閻敬銘與直隸總督劉長佑在申家口會晤，商定分段扼守運河：潘鼎新等防守濟寧到蘇魯之交的韓莊段，楊鼎勳守韓莊以南，東軍守濟寧到黃河段。在黃河防線上，範縣豆腐店以西至東明、長垣由直隸軍防守，豆腐店以東的張秋、東阿一帶由東軍防守。布置初定，6月1日，國藩回駐濟寧老營。
7月，撚軍在山東受阻，由魯西而豫、而皖，徘徊於懷遠、鳳台、睢州一帶，“撚匪各股回竄豫、皖兩省，中原平曠之地，四通八達，若不擇地設防，此剿彼竄，終不能大加懲創”。於是，曾國藩接受劉銘傳沙河置防建議，於沙河、賈魯河布置河防，分段設守。沙河地段：從周家口到槐店由劉銘傳部防守；從槐店到正陽關由安徽巡撫喬鬆年派皖軍設守；正陽關以下即係淮河，由曾國藩派水師與皖軍會防。賈魯河地段：從周家口到朱仙鎮由潘鼎新、張樹珊部防守；自朱仙鎮以北70裏至黃河南岸，沒有河流，由河南巡撫李鶴年派兵挖壕防守。各分汛地，層層布置。這樣，就形成了一個跨皖、豫、魯三省的三角形防線，曾國藩的治撚方略由此由“點”演變而為“線”。他在給朝廷的奏折中聲稱，“防河之舉，辦成則有大利”，“不能辦成，或有損於大局，臣願獨當其咎”（《全集奏稿》)，似乎穩操勝券。
事實上，河防方略的施行，確給撚軍帶來切膚之痛。撚軍是“以走致敵”、“以走自活”，根據多騎的特點及有利地勢大規模地流動，以保存實力，抗擊清軍。這種“以走致敵”戰略戰術盡管使曾國藩“心驚膽寒”，但在沒有根據地為依托的情況下，存在著一個致命的弱點，即張宗禹所說“不怕打而怕圍”。如果說曾國藩的“點”無大損於善乘虛蹈隙的撚軍，那麽如環之“線”則可以將其圈在一個相對狹小的區域內，使之處處觸網，失其所長，“來無去路，馬難馳騁”。這對撚軍來說，無疑是一個致命的威脅。不打破這種格局，撚軍確有被曾國藩聚殲的可能。
三、“我是打撚無功之人”
1866年7月至9月，撚軍數次力圖衝破曾國藩的河防，均未能成功。曾國藩看來也有破釜沉舟之心，8月25日他趕到臨淮駐營，9月6日自臨淮登舟西上，經蒙城、渦陽、亳州，17日拖著病體到了河南周家口，坐鎮指揮。可是，國藩駐營周家口沒幾天，9月24日，張宗禹部與任柱、牛洛紅、賴光部於河南中牟會師，在開封附近的蘆花岡擊潰豫軍，乘夜突破沙河賈魯河防線，進入山東水套地區。功敗垂成，曾國藩“聞信之餘，實深焦憤”。經此打擊，國藩身體有些不支，“心氣甚虧，偶一用心，輒複出汗不止，夜眠則盜汗浹體；舊患耳鳴已久，日則漸至重聽”，心力交瘁，感到剿撚實在剿不下去，“不得不廣求資助，冀以免於大戾”。求誰“資助”?不外乎門生李鴻章、老弟曾國荃了。10月1日，國藩奏請朝廷令李鴻章攜帶兩江總督關防駐紮徐州，與山東巡撫會辦東路剿撚軍務；湖北巡撫曾國荃移駐襄陽，與河南巡撫會辦西路剿撚軍務，自己居中，與豫撫、皖撫商辦攻撚，聯絡一氣，呼吸相通。
沙河賈魯河防線被撕裂，曾國藩於心不甘，他在給朝廷的奏折中，承認“防守沙河、賈魯河，至係策之至拙者，非不知之。無奈馬隊遠不如賊……不得已，乃出於防河之下策”，但他又說，“若賊再回竄，仍當扼防沙、賈兩河”(《全集奏稿》)，仍然抱守防河之策。
衝破沙、賈防線後，撚軍進逼運河防線，“百計圖渡”，企圖突破運河防線，到海岱富庶之地飽食休息。10月8日撚軍由城武猛攻運河堤牆，未果，又在城武、鄆城、菏澤、曹縣、東明等處連連受挫，不得不折回豫境。23日，在許州分為東西兩部，相為犄角。11月，張宗禹率西撚軍衝破清軍的阻截，穿越秦嶺進入陝西；任柱、賴光率東撚軍謀於曹縣搶渡運河，失敗，複折而西向，再次突破沙河賈魯河防線，進入湖北。這樣曾國藩的河防政策宣告破產。
河防政策破產，曾國藩聲名重創。自上年奉命剿撚以來，至今已有一年零五個月，不僅“毫無成效”，而且使撚軍“勢益蔓延”，朝廷再也無法忍受，下詔嚴加斥責：“大局糜爛至此，不知該督何顏以對朝廷!”禦史朱鎮、盧土傑、朱篤學、穆緝香、阿淩阿等紛紛上疏，彈劾國藩“辦理不善”、“督師無功”、“驕妄”，要朝廷“量加譴責”。謗議盈路，輿論大嘩，曾國藩又慚又懼又羞又惱，隻好考慮自行退出“剿撚”舞台。11月26日，曾國藩上奏朝廷，以剿撚無效，病難速痊，請開協辦大學士兩江總督缺，並請另簡欽差大臣，接辦軍務，注銷一等侯爵襲職，自以道員身份，留營效力。攻撚大局糜爛如此，不屑說，朝廷也要換馬。同日，“上諭”命李鴻章代替曾國藩署欽差大臣，湘、淮各軍均歸節製。當然，朝廷也不會讓曾國藩下不了台，12月7日，命曾國藩回兩江總督任。既不堪為星使，又豈可為江督?如此灰溜溜退出，實在太難堪，上疏朝廷，請求不回江督本任，朝廷反複開導他“回兩江本任，辦理餉需軍火，源源籌解，俾李鴻章得離江境，統兵追剿。則籌餉與剿匪之功均為國家倚重，正不必以開缺赴營，始足為朝廷宣力也”，希望他仍“遵前旨，將軍務交與李鴻章接辦”，但他一再請求開缺。他在給兒子曾紀澤的信中說：“餘決計此後不複作官，亦不作回籍安逸之想，但在營中照料雜事，維係軍心。不居大位享大名，或可免於大禍大謗。若小小凶咎，則亦聽之而已。”(《全集家書》)
12月29日李鴻章在徐州接任欽差大臣，不久，1867年(同治六年)2月15日授為湖廣總督，督辦剿撚，長兄李瀚章調為江蘇巡撫，署理湖廣總督。朝廷不準曾國藩在營“照料雜事”，仍著回兩江總督任，籌辦剿撚軍餉。曾國藩隻好從命，3月21日自徐州南下，回駐金陵，沿途呢呢喃喃：“我是打撚無功之人”(劉聲木：《萇楚齋隨筆四筆》第4卷)
撚軍繼打敗了僧格林沁之後又重挫曾國藩，這不能不承認撚軍戰法的高明，不能不承認撚軍鬥誌頑強，也不能不承認民眾抗清的威力。
曾國藩是絞殺太平軍的元凶，聲威遠播，朝野上下無與匹比，但撚軍卻把他打得名聲掃地。曾國藩攻撚失敗，當然有他失敗的原因，他一直沒有一支堪與撚軍抗衡的騎兵，這是事實，他用對付太平天國那種結硬寨打呆仗的辦法搬來對付撚軍，當然不行。但曾國藩的攻撚方略，不論是1866年5月以前的“點”(重點設防)、“麵”(查圩)交叉，還是以後的以“線”(防河)為主，都寓有“以有定防無定”、寓戰於防的戰略指導思想，都在一定程度上給撚軍帶來了危害，特別是河防方略，更切中撚軍要害，可是曾國藩還是沒有取得攻撚戰爭的勝利，這裏麵也與統治集團的內部矛盾有莫大的關係。
先看曾國藩與李鴻章之間的矛盾。曾國藩掛帥征撚，李鴻章署兩江總督負責前敵軍餉。但李鴻章“言餉缺不得增兵，事事幹涉”(劉聲木：《異辭錄》第1卷)，有意拆曾國藩的台，難怪國藩埋怨說，李鴻章沒有竭力籌餉，1865年僅發到8月，1866年僅發5個月的餉，“士卒已微有怨言”。這還不算，李鴻章對他苦心經營的淮軍始終不舍得放手，時時施加遙控，處處給曾國藩出難題。當曾國藩派李鴻章之弟李昭慶的“幼軍”為“遊擊之師”，李深恐乃弟重蹈僧格林沁的覆轍，極力反對，要求曾國藩將“幼軍”改作“防濟之師”，曾國藩寸步不讓，板起麵孔教訓他：“君家昆仲開府，中外環目相視，必須有一人常在前敵，擔驚受苦，乃足以稍服遠近之心。”(王定安：《求闕齋弟子記》)李鴻章心中不滿，又無處發泄，當然就用壓餉來報複他。當曾國藩力行“防河”之策時，李鴻章又是極力反對，“力爭不可”，還說什麽“古有萬裏長城，今有萬裏長牆，不意秦始皇於千餘年後遇公等為知音”雲雲(劉聲木：《異辭錄》第1卷)，極盡諷刺挖苦之能事。“防河”之策出自淮係劉銘傳，曾國藩生怕劉銘傳被李鴻章搖動，趕緊寫信給劉銘傳，說無論何等風波、何等浮議，國藩一力承擔，不與建議者相幹。曾國藩又以銘傳首劃此策，即令其與潘鼎新、張樹珊部淮軍會防，“力任其難”，扼守朱仙鎮以下400餘裏。李鴻章則以銘傳馳驅轉戰，尤形勞憊，加以阻撓，要求曾國藩予以“休息”，唆使劉銘傳“告假回籍”，這使曾國藩大為惱火，致書李鴻章雲：“目下淮勇各軍既歸敝處統轄，閣下當一切付之不管，則號令一而驅使較靈。以後鄙人於淮軍，除遣撤營頭，必先商左右外，其餘或進或止，或分或合，或保或參，或添募或休息、假歸，皆敝處徑自主持。”(王定安：《求闕齋弟子記》)罵歸罵，李鴻章對淮軍決不撒手。國藩當初敢於抱定“與賊(撚軍)相終始”之誌，主要在於有淮軍作鋒鏑，但對淮軍指揮調度不靈，迫使他中途退出“剿撚”舞台，對國藩來說，最使他傷心者莫過於此了，悔不該過早裁遣湘軍，弄得他無兵可用，事到如今，三歎“聚九州之鐵，不能鑄此大錯”。
李鴻章是曾國藩的得意門生，裁湘留淮無非用來鎮壓撚軍。但朝廷揚李抑曾，李鴻章立意自立門戶，急著取代曾國藩。1865年11月4日，他就致書曾國藩，“商代”督師剿撚，要國藩回駐金陵。1866年4月30日，曾國藩答複李鴻章說，再等幾個月，如攻撚沒有起色，“當奏請其北征剿撚”。曾國藩沒有食言，隻不過讓他負責“東路剿撚”軍務，自己倒沒退下來。曾國藩攻撚失敗下台，李鴻章“亟於任事”，竟派人向曾國藩硬要欽差大臣關防，氣得曾國藩“怒病交加”，連朝廷也引為“私憂”，再三撫慰，才把曾國藩送回兩江總督原任。師生之間，明爭暗鬥，雖然沒有鬧到決裂的地步，但緊緊捆住了曾國藩的手腳，使他放不開手去自由地指揮攻撚戰爭。這是國藩打撚失敗的重要原因。淮係集團得勢，湘係集團失勢，這也是一個關鍵。
曾李關係如此，曾國藩與地方的關係更是難以協調，他的攻撚方略就始終沒能夠得到地方將吏的支持，“主防主剿，意見難於遽同”，受到層層阻撓。如對其四鎮之設，“山東、河南民士習見僧王(僧格林沁)戰事者，皆怪曾國藩以督師大臣安居徐州，謗議盈路”(王闓運：《湘軍誌》)，不與合作。對其防河之策，諸將則紛紛推諉，均願遊擊，不願防河。因防河者興工之時，荷鍤負土十分辛苦，不比遊擊者半行半住，稍覺安逸；防河者工竣之後；又要保守汛地，厥責甚重，不像遊擊者易於報功，難於見過，“故勇丁願行路不願挑土，將領願做活事不願做笨事”(《全集批牘》)。這一點，河南方麵表現得十分突出，“河南官之議，均謂賊衰，宜於速剿，不必為防河之謀……幾乎眾口一詞”，連巡撫李鶴年也“惑於眾論”(王定安：《求闕齋弟子記》)，與曾國藩立異。當曾國藩令其督飭地方武挑溝挖壕，派兵設防時，他卻行動遲緩，消極對抗，“自朱仙鎮以北至黃河南岸七十裏，豫軍未能認真興辦”，也“不肯以全力扼守”(《全集書信》)，從而給撚軍留下了突破口，撚軍數次從河南衝破沙河賈魯河防線，原因正在於此。地方官吏的不支持、不合作，實為曾國藩攻撚失敗的要因。
在攻撚期間，曾國藩也遇到許多幹擾，處理“湖田案”就讓他費了不少神，束縛了他的手腳，這也是他攻撚失敗不可忽視的原因。這裏先梳理一下“湖田案”的來龍去脈。
湖田案，也稱“湖團案”，是蘇北銅山、沛縣土著與山東曹州流民因湖田糾紛而起的衝突事件。湖田濱於微山、昭陽兩湖西岸，南迄銅山，北跨魚台，綿延200餘裏，寬數十裏，大部分在銅山、沛縣境內。
1851年(鹹豐元年)，對銅、沛農民來說是一場劫難，就在這一年，黃河在豐工下遊決口，銅、沛等地正當其衝，於是兩湖漫溢，合微山、昭陽之湖地，銅山、沛縣、魚台之民田，匯為巨浸，一片汪洋。銅、沛農民不得不踏上黃泥路，流離遷徙，渡江南下，以為從此“故鄉永成澤國，不複顧戀矣”。
4年後，也就是1855年(鹹豐五年)，黃河再度決口，這是黃河變遷史上的一件大事，從此，黃河有了自己的入海口。黃河改道北移，對銅、沛農民來說未嚐不是一件值得慶幸的事。但對曹州府屬的農民來說，卻是一場災難。黃河在蘭儀決口，曹州府首當其衝，田廬漂沒，居民奔散，鄆城、嘉祥、钜野等縣的難民，蜂擁到了徐州府屬。其時，昔年銅、沛巨浸，已經半涸為淤地，於是他們相率寄居於此，墾荒為田，結棚為居，持器械以自衛，立團長以自雄。徐州道員王夢齡認為他們形跡可疑，下了逐客之令。繼而來者日多，也無可如何。1857年(鹹豐七年)，河道總督庚長派人丈量湖荒地，計有2000餘頃，分上中下三等，設立湖田局，按質論價，招墾湖田，又在土著和客民交錯的地方，築起長堤，名為“大邊”，“以清東民與土民之界限”。當時地方多故，撚軍遍地開花。為了剿滅“發撚”，清廷號召團練鄉勇保衛桑梓，墾種湖田的農民，得創立各團：唐團、北王、北趙、南王、南趙、於團、睢團、候團(後改成刁團)，均以首創之人姓氏為名，如唐團的首創者為唐守忠，故名。“湖團”之名由此而來。
湖淤地肥沃，頻年歲豐，漸漸富饒起來。山東客民原以為可以安居樂業了，但不幸的事情發生了。原先逃難在外的銅、沛流民，紛紛還鄉，當看到昔日巨浸變為良田，成了山東客民之產，心懷不平，遂起爭訟，土著說客民霸占有主之田，客民則說所種之田全是湖荒地，相持累歲，屢釀巨案。1859年(鹹豐九年)，侯團搶劫銅山鄭家集，經徐州道派兵拿辦，並將該團民驅逐出境，另行遴董招墾，輾轉更置，成立刁團。1862年(同治元年)，又有山東客民在唐團邊外占種沛地，設立新團，屢與沛民械鬥。土客衝突日漸擴大化、複雜化，直到這個時候，官府仍未拿出得力可行的解決辦法，終於導致1864年(同治三年)的流血事件。這年7月，新團以二人被殺，遂攻破劉莊寨，連斃數十命，民情洶洶。漕運總督吳棠飭派徐州鎮道帶兵剿辦，平毀新團，擒斬達千人之多，退出團地，以解“沛民之憤”。但事情並沒因此而得到解決。
土客構訟，已成不解之仇。沛人貢生張其浦、張士舉，生王獻華等與劉莊事主劉際昌先後赴京，以新團一案，唐守忠主盟指使，情同叛逆，請將各舊團一概剿辦各情，在都察院呈控。京城嘩然。欽奉諭旨，交吳棠密速查辦。旋經吳棠以唐守忠來團最早，聲名顯著，核查所控各詞，毫無實據，且與原呈不符，不過欲將新舊各團一概驅逐而奪其成熟之田等語，奏複在案。而沛人紛紛構訟，仍複不休。田產糾紛，逐漸演化為政治**件。清廷焦灼不安，隻得讓曾國藩親自出馬了。
1865年9月，曾國藩到徐州指揮攻撚，受命處理湖田爭訟一案。銅沛紳民即赴曾國藩行轅控告湖團，呈詞數十紙。曾國藩“以案情重大，實肇兵端，未敢遽為剖斷”。實際上國藩對此並沒有定見。這從他所上的奏折中可以看出：“(湖團)初至有領地之價，後來有輸地之租，而訟者不問案牘之原委，必欲盡逐此數萬人而後快。此又新團既剿以後，沛民健訟不顧其安之情形也。”對銅沛紳民構訟，頗不以為然。可是在另一折中，又說：“湖田一事，與剿撚大有關係。臣擬將通撚之團酌量懲辦，其餘數萬人全數資遣回籍。現經兩次派員前往山東鄆城、钜野等處，察看該團民原籍尚足安插否?如可，則遣之東歸，在沛縣可免占產之訟，在徐州亦無招撚之窩，臣再將資遣事宜，專疏奏辦，而臣之赴豫，則須稍遲；如其不可安插，臣亦不勉強驅遣，在徐、沛不無後患。而臣之赴豫可以稍速。”(《全集奏稿》)即有將數萬山東客民資遣回籍之意。兩份奏折對照，可以看出曾國藩並未尋到解決湖田一案的適當辦法。如果全數資遣，可能會激而生變，於攻撚大局不利，實際上已牽製曾國藩不能迅速赴豫督剿，何堪再由事態擴大!如果對銅沛之民的控告置若罔聞，又可能使土客衝突繼續升級，同樣有關剿撚大局。這使曾國藩舉棋不定，左右為難。
但曾國藩畢竟老於世故，頗富政治經驗，他從“通撚”這一點上受到了啟發，終於找到解決問題的突破口。曾國藩在給朝廷的奏折中稱，1865年11月1日，任柱、賴光撚軍由山東攻入江蘇豐縣、沛縣，進逼徐州，遠近探報，均稱湖團“勾賊”，“南王團有人函約賊來，百口一詞，雖反複研究，未得主名”，“刁團平日窩匪，與南王團相等”。除王、刁兩團外，其餘六團“或憑圩禦賊，或圩破被害，遭賊焚掠殺戮，其情狀曆曆在目，其為並未通賊亦屬確有可據”(《全集奏稿》)。湖團有沒有“通賊”，曾國藩並沒有十分把握，但他把焦點集中於“通賊”嫌疑最大的王、刁兩團而不及其餘，也許是他的高明之處。
那麽，湖團有無“通撚”事情?據《銅沛湖田紀事始末》、《濟寧直隸州續誌》、《豫軍紀略》等資料記載，確定無疑，而且還不止於王、刁兩團。銅沛是撚軍出入熟路，就是土著也不能說與撚軍毫無瓜葛。但曾國藩為不致事態擴大，權衡利弊，決定采取“折中”辦法來解決湖田一案，做到既能服銅沛之人心，又不盡逐湖田客民。於是，將對付撚軍的“分別良莠”之策搬了出來。“不分土民、客民，但分孰良孰莠”，凡有田契而田被湖團所占要求清還者，是土著中的良民；無田契產業，隻知斂錢構訟，激起眾怒挑起禍端者，是土著中的莠民。平日安心耕作，如唐團抗拒撚軍，受害極慘者，是客民中的良民；平日淩辱土著，如王團之“勾賊”、刁團之“容賊”，是客民中的莠民。良莠既分，曾國藩立即通行曉諭，勒限1866年3月1日(同治五年正月十五日)前將王、刁兩團逐回山東本籍，派劉鬆山一軍前往彈壓。
王、刁兩團被逐後，如何處理善後事宜，也是煩難之事，一旦處置失宜，同樣會留下後患，這一點，曾國藩是頗為謹慎的。經再三思考，1866年3月24日上疏奏陳酌定善後事宜三條：酌給錢以恤已逐之團，設立官長以安留住之團、撥還田畝以平土民之心。在這個《善後事宜三條》中，曾國藩既為“罵賊”而死的客民(唐守忠父子)樹碑立傳，又對激眾構訟的土著生(王獻華等)褫革衣衿；既認定王、刁兩團“通賊”，卻拿一個在逃者盡法處治。驅逐王、刁兩團，不外乎“撥還田畝以平土民之心”。應該說，曾國藩盡量做到“不偏不倚”。他在左右為難中尋找這種“折中”的辦法，在當時不失為上策，正因為如此，他的辦法得到清政府的首肯和支持，上諭“均照所請辦理”。轟動全國，長達近10年之久的湖田糾紛案，總算是畫上了句號。
曾國藩查辦湖田案，從接案到結案，費時半年多，勞師費神，一定程度上束縛住了曾國藩的手腳，使之難以全力以赴指揮攻撚戰爭。曾國藩攻撚失敗，去此不無關係。
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