盡管科爾特斯在前往大陸並領導征服遠征時無視了迭戈·韋拉斯凱斯（diego velázquez）的權威，但他的輝煌成功得到了王室的獎勵，授予他一枚徽章，這是一種高度榮譽的標誌，符合征服者的要求。
授予徽章的文件總結了科爾特斯在征服墨西哥中的成就。
國王的宣言部分如下：
“我們尊重您所經曆的諸多勞苦、危險和冒險，並希望您和您的後代能得到更充分的榮譽……
我們決定，除了您已有的家族徽章外，您還可以擁有並佩戴一個被廣為認可的徽章，一個盾牌……”
該授予文件詳細說明了徽章的圖案，中央部分被劃分為四個象限。
在上方，有一隻“白色背景上的黑色雙頭鷹，這是帝國的徽章”。
下麵是“紅色背景上的金獅，紀念您，埃爾南·科爾特斯，憑借您的勤奮和努力，將事情發展到上述狀態”（即征服）。
其他兩個圖案的具體內容直接與墨西哥相關，其中一個展示了三個王冠，代表征服時代的三位阿茲特克皇帝：莫克特莫（moctezuma）、庫伊特拉瓦克（cuihuac）和庫阿烏特莫克（cuauhtemoc），另一個圖案則顯示了阿茲特克首都特諾奇提特蘭（tenochtitlán）。
圍繞著中央盾牌的是七個湖泊周邊城邦及其領主的象征，科爾特斯征服了這些領主。
領主“將被展示為被鎖鏈束縛的囚犯，鎖鏈下方將有一個鎖，位於盾牌之下”。
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科爾特斯的妻子卡塔琳娜·蘇亞雷斯於1522年夏季抵達新西班牙，她的妹妹和兄弟也隨同而來。
此時，他們的婚姻關係非常尷尬，因為卡塔琳娜是古巴總督迭戈·韋拉斯凱斯（diego velázquez）的親屬，而科爾特斯已經擺脫了韋拉斯凱斯的權威，因此他現在是韋拉斯凱斯的敵人。
卡塔琳娜並沒有貴族頭銜，因此此時與她的婚姻並未提升科爾特斯的地位。
他們的婚姻沒有子女。
由於科爾特斯與多位土著女性生育了孩子，包括與他的翻譯者多娜·瑪麗娜（do?a marina）在1522年生下的一個兒子，科爾特斯知道自己有能力生育。
此時，科爾特斯唯一的男性繼承人是私生子，但仍以科爾特斯的父親馬丁·科爾特斯（martin cortés）命名。
卡塔琳娜·蘇亞雷斯於1522年11月1日至2日的夜晚神秘去世。
當時有指控稱科爾特斯謀殺了妻子。
對此事進行了調查，采訪了多位家中的居民和其他人。
調查的文件在十九世紀在墨西哥發表，這些檔案文件在二十世紀被發現。
卡塔琳娜·蘇亞雷斯的去世引發了一場醜聞和調查，但科爾特斯因此得以自由選擇與更符合他財富和權力地位的高層人士再婚。
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從1524年到1526年，科爾特斯（cortés）領導了一次前往洪都拉斯的探險，在那裏他擊敗了克裏斯托瓦爾·德·奧利德（cristobal de olid），後者在古巴總督迭戈·貝拉斯克斯（diego velázquez）的影響下聲稱擁有洪都拉斯。
科爾特斯擔心誇烏特莫克（cuauhtémoc）可能在墨西哥發起叛亂，於是將他帶到了洪都拉斯。
在一次有爭議的舉動中，誇烏特莫克在旅途中被處決。
因奧利德的叛變而憤怒的科爾特斯下令逮捕貝拉斯克斯，他確信貝拉斯克斯是奧利德叛變的幕後黑手。
然而，這一舉動隻會進一步疏遠卡斯蒂利亞王室和印地安委員會（council of indies），這兩個機構都開始對科爾特斯日益增強的權力感到不安。
科爾特斯給查理五世的第五封信試圖為他的行為辯護，信的結尾對“各種強大的競爭對手和敵人”進行了尖銳的攻擊，稱他們“蒙蔽了陛下的眼睛”。
查理五世同時也是神聖羅馬帝國皇帝，對於遙遠的殖民地幾乎沒有時間管理（查理的大部分統治時間都用於與法國、德國的宗教改革者以及不斷擴張的奧斯曼帝國的戰爭），除非這些殖民地有助於為他的戰爭提供資金。
在征服的那一年1521年，查理五世正忙於處理他在德國的事務，而烏特勒支的主教阿德裏安（bishop adrian of utrecht）在西班牙擔任攝政。
韋拉斯凱斯和豐塞卡（fonseca）說服攝政任命了一位專員，賦予其調查科爾特斯行為的權力，甚至可以逮捕他。
科爾特斯曾說，“和自己的同胞競爭比與阿茲特克人競爭還要困難”。
1526年，科爾特斯在庫埃納瓦卡（cuernavaca）為自己建造了一座宏偉的住宅——科爾特斯宮，這個地區靠近首都（現代墨西哥中部偏南），他在此擁有大量的恩給製地契（enienda）地產。
韋拉斯凱斯總督繼續成為他的一根刺，與西班牙殖民部門的首席官員胡安·羅德裏格斯·豐塞卡（bishop juan rodriguez de fonseca）聯手在印地安委員會中削弱他。
在科爾特斯返回探險幾天後，龐斯·德·萊昂（ponce de leon）暫停了科爾特斯擔任新西班牙（new spain）總督的職務。
隨後，龐斯·德·萊昂生病，並在抵達後不久去世，任命馬爾科斯·德·阿吉拉爾（marcos de agur）為市長。
年邁的阿吉拉爾也生病，並任命阿隆索·德·埃斯特拉達（alonso de estrada）為總督，埃斯特拉達在1527年8月的皇家法令中得到了確認。
科爾特斯被懷疑毒死了他們，因此沒有接管政府。
埃斯特拉達派迭戈·德·菲戈羅亞（diego de figueroa）南下。
菲戈羅亞搶劫墳墓並勒索貢品，最後在運載這些財寶的船隻沉沒時喪命。
阿爾博爾諾斯（albornoz）說服阿隆索·德·埃斯特拉達釋放貢薩洛·德·薩拉薩爾（gonzalo de szar）和奇裏諾斯（chirinos）。
當科爾特斯憤怒地抱怨他的一名追隨者的手被砍掉後，埃斯特拉達下令將他流放。
---
1528年，科爾特斯返回西班牙，他向國王查理五世申訴。
胡安·阿爾塔米拉諾（juan altamirano）和阿隆索·巴連特（alonso valiente）留在墨西哥，作為科爾特斯在他缺席期間的代表。
科爾特斯以極大的光彩出現在查理五世的宮廷麵前。
此時查理五世已經回國，科爾特斯直截了當地回應了敵人的指控。
他否認自己隱瞞了應歸王室的黃金，顯示出自己貢獻的遠超過法定的五分之一。
事實上，他在建造墨西哥城的新首都方麵花費奢華，這座城市建立在阿茲特克首都特諾奇提特蘭（tenochtitlán）的廢墟上，而特諾奇提特蘭是在摧毀阿茲特克帝國的圍城中被夷為平地的。
查理五世以極高的禮遇接見了他，並授予他聖地亞哥騎士勳章。
作為對他擴展仍然年輕的西班牙帝國努力的回報，科爾特斯在1529年獲得了貴族頭銜“堂”（don），但更重要的是被封為“瓦哈卡穀的侯爵”（marqués del valle de oaxaca）。
在他那位名望較低的第一任妻子卡塔利娜·蘇亞雷斯（catalina suárez）於1522年去世後，娶了西班牙貴族女子多娜·胡安娜·德·蘇尼加（do?a juana de zu?iga）。
此次婚姻生育了三個孩子，其中還有一個兒子也叫馬丁。
作為長子，合法的馬丁·科爾特斯·德·蘇尼加（don martin cortés y zu?iga）成為科爾特斯的繼承人，並繼承了瓦哈卡穀地侯爵的頭銜和財產。
科爾特斯的合法女兒包括多娜·瑪麗亞（do?a maria）、多娜·卡塔琳娜（do?a catalina）和多娜·胡安娜（do?a juana）。
侯爵的貴族頭銜和封地一直傳給他的後代，直到1811年。
瓦哈卡穀是新西班牙最富有的地區之一，科爾特斯在23個指定的恩賜地（eniendas）中擁有23,000名附庸，世代相傳。
盡管他在土地和附庸方麵得到了確認，但他並未恢複擔任總督，且在新西班牙的行政管理中再也沒有獲得任何重要職務。
在他前往西班牙的旅行期間，殖民行政人員管理不善，他的財產被濫用。
他在一場訴訟中站在了當地土著一方。
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在探險下加利福尼亞之後，科爾特斯（cortés）於1541年返回西班牙，試圖駁斥那些對他提起多起訴訟的憤怒平民（因債務、濫用權力等問題）。
他返回時穿過人群，向皇帝查理五世問好，皇帝詢問他是誰。
科爾特斯回答說：“我是一位為您貢獻了更多省份的人，比您的祖先留下的城市還要多。”
查理五世最終允許科爾特斯參加他指揮的安德烈亞·多利亞艦隊，參與1541年對阿爾及爾的偉大遠征，當時阿爾及爾是奧斯曼帝國的一部分。
在這次戰役中，科爾特斯在追擊阿爾及爾的帕夏（pasha）時，差點在一場暴風雨中溺亡。
---
由於花費了大量自己的錢來資助遠征，他現在背負了沉重的債務。
1544年2月，他向皇家國庫提出索賠，但在接下來的三年裏沒有得到回應。
他感到厭倦，決定於1547年返回墨西哥。
當他抵達塞維利亞時，患上了痢疾。
1547年12月2日，他因患胸膜炎在塞維利亞省的卡斯蒂列哈·德·拉·克斯塔（castilleja de cuesta）去世，享年62歲。
他在遺囑中妥善照顧了他的許多混血和白人子女，以及每位母親。
他在遺囑中請求將他的遺體最終安葬在墨西哥。
在去世前，他要求教皇解除他四個孩子的“私生子”身份，其中包括他與多娜·瑪麗娜（do?a marina，也就是 malinche）所生的馬丁，據說是他最喜歡的孩子。
然而，他的女兒多娜·卡塔利娜（do?a catalina）在父親去世後不久去世。
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他去世後，因多種原因，他的遺體被轉移了超過八次。
1547年12月4日，他被埋葬在塞維利亞聖伊西多羅·德爾·坎波教堂（san isidoro del campo）的梅迪納公爵（duke of medina）陵墓中。
三年後（1550年），由於公爵需要空間，他的遺體被移至同一教堂的聖卡塔琳娜祭壇。
在遺囑中，科爾特斯請求將他的遺體安葬在他命令建立的墨西哥科約阿坎（coyoacan）修道院中，但該修道院從未建成。
因此在1566年，他的遺體被送往新西班牙，並安葬在德特克斯科科（texcoco）聖弗朗西斯科教堂（san francisco de texcoco），他的母親和其中一位姐妹也被安葬在那裏。
授予徽章的文件總結了科爾特斯在征服墨西哥中的成就。
國王的宣言部分如下：
“我們尊重您所經曆的諸多勞苦、危險和冒險，並希望您和您的後代能得到更充分的榮譽……
我們決定，除了您已有的家族徽章外，您還可以擁有並佩戴一個被廣為認可的徽章，一個盾牌……”
該授予文件詳細說明了徽章的圖案，中央部分被劃分為四個象限。
在上方，有一隻“白色背景上的黑色雙頭鷹，這是帝國的徽章”。
下麵是“紅色背景上的金獅，紀念您，埃爾南·科爾特斯，憑借您的勤奮和努力，將事情發展到上述狀態”（即征服）。
其他兩個圖案的具體內容直接與墨西哥相關，其中一個展示了三個王冠，代表征服時代的三位阿茲特克皇帝：莫克特莫（moctezuma）、庫伊特拉瓦克（cuihuac）和庫阿烏特莫克（cuauhtemoc），另一個圖案則顯示了阿茲特克首都特諾奇提特蘭（tenochtitlán）。
圍繞著中央盾牌的是七個湖泊周邊城邦及其領主的象征，科爾特斯征服了這些領主。
領主“將被展示為被鎖鏈束縛的囚犯，鎖鏈下方將有一個鎖，位於盾牌之下”。
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科爾特斯的妻子卡塔琳娜·蘇亞雷斯於1522年夏季抵達新西班牙，她的妹妹和兄弟也隨同而來。
此時，他們的婚姻關係非常尷尬，因為卡塔琳娜是古巴總督迭戈·韋拉斯凱斯（diego velázquez）的親屬，而科爾特斯已經擺脫了韋拉斯凱斯的權威，因此他現在是韋拉斯凱斯的敵人。
卡塔琳娜並沒有貴族頭銜，因此此時與她的婚姻並未提升科爾特斯的地位。
他們的婚姻沒有子女。
由於科爾特斯與多位土著女性生育了孩子，包括與他的翻譯者多娜·瑪麗娜（do?a marina）在1522年生下的一個兒子，科爾特斯知道自己有能力生育。
此時，科爾特斯唯一的男性繼承人是私生子，但仍以科爾特斯的父親馬丁·科爾特斯（martin cortés）命名。
卡塔琳娜·蘇亞雷斯於1522年11月1日至2日的夜晚神秘去世。
當時有指控稱科爾特斯謀殺了妻子。
對此事進行了調查，采訪了多位家中的居民和其他人。
調查的文件在十九世紀在墨西哥發表，這些檔案文件在二十世紀被發現。
卡塔琳娜·蘇亞雷斯的去世引發了一場醜聞和調查，但科爾特斯因此得以自由選擇與更符合他財富和權力地位的高層人士再婚。
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從1524年到1526年，科爾特斯（cortés）領導了一次前往洪都拉斯的探險，在那裏他擊敗了克裏斯托瓦爾·德·奧利德（cristobal de olid），後者在古巴總督迭戈·貝拉斯克斯（diego velázquez）的影響下聲稱擁有洪都拉斯。
科爾特斯擔心誇烏特莫克（cuauhtémoc）可能在墨西哥發起叛亂，於是將他帶到了洪都拉斯。
在一次有爭議的舉動中，誇烏特莫克在旅途中被處決。
因奧利德的叛變而憤怒的科爾特斯下令逮捕貝拉斯克斯，他確信貝拉斯克斯是奧利德叛變的幕後黑手。
然而，這一舉動隻會進一步疏遠卡斯蒂利亞王室和印地安委員會（council of indies），這兩個機構都開始對科爾特斯日益增強的權力感到不安。
科爾特斯給查理五世的第五封信試圖為他的行為辯護，信的結尾對“各種強大的競爭對手和敵人”進行了尖銳的攻擊，稱他們“蒙蔽了陛下的眼睛”。
查理五世同時也是神聖羅馬帝國皇帝，對於遙遠的殖民地幾乎沒有時間管理（查理的大部分統治時間都用於與法國、德國的宗教改革者以及不斷擴張的奧斯曼帝國的戰爭），除非這些殖民地有助於為他的戰爭提供資金。
在征服的那一年1521年，查理五世正忙於處理他在德國的事務，而烏特勒支的主教阿德裏安（bishop adrian of utrecht）在西班牙擔任攝政。
韋拉斯凱斯和豐塞卡（fonseca）說服攝政任命了一位專員，賦予其調查科爾特斯行為的權力，甚至可以逮捕他。
科爾特斯曾說，“和自己的同胞競爭比與阿茲特克人競爭還要困難”。
1526年，科爾特斯在庫埃納瓦卡（cuernavaca）為自己建造了一座宏偉的住宅——科爾特斯宮，這個地區靠近首都（現代墨西哥中部偏南），他在此擁有大量的恩給製地契（enienda）地產。
韋拉斯凱斯總督繼續成為他的一根刺，與西班牙殖民部門的首席官員胡安·羅德裏格斯·豐塞卡（bishop juan rodriguez de fonseca）聯手在印地安委員會中削弱他。
在科爾特斯返回探險幾天後，龐斯·德·萊昂（ponce de leon）暫停了科爾特斯擔任新西班牙（new spain）總督的職務。
隨後，龐斯·德·萊昂生病，並在抵達後不久去世，任命馬爾科斯·德·阿吉拉爾（marcos de agur）為市長。
年邁的阿吉拉爾也生病，並任命阿隆索·德·埃斯特拉達（alonso de estrada）為總督，埃斯特拉達在1527年8月的皇家法令中得到了確認。
科爾特斯被懷疑毒死了他們，因此沒有接管政府。
埃斯特拉達派迭戈·德·菲戈羅亞（diego de figueroa）南下。
菲戈羅亞搶劫墳墓並勒索貢品，最後在運載這些財寶的船隻沉沒時喪命。
阿爾博爾諾斯（albornoz）說服阿隆索·德·埃斯特拉達釋放貢薩洛·德·薩拉薩爾（gonzalo de szar）和奇裏諾斯（chirinos）。
當科爾特斯憤怒地抱怨他的一名追隨者的手被砍掉後，埃斯特拉達下令將他流放。
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1528年，科爾特斯返回西班牙，他向國王查理五世申訴。
胡安·阿爾塔米拉諾（juan altamirano）和阿隆索·巴連特（alonso valiente）留在墨西哥，作為科爾特斯在他缺席期間的代表。
科爾特斯以極大的光彩出現在查理五世的宮廷麵前。
此時查理五世已經回國，科爾特斯直截了當地回應了敵人的指控。
他否認自己隱瞞了應歸王室的黃金，顯示出自己貢獻的遠超過法定的五分之一。
事實上，他在建造墨西哥城的新首都方麵花費奢華，這座城市建立在阿茲特克首都特諾奇提特蘭（tenochtitlán）的廢墟上，而特諾奇提特蘭是在摧毀阿茲特克帝國的圍城中被夷為平地的。
查理五世以極高的禮遇接見了他，並授予他聖地亞哥騎士勳章。
作為對他擴展仍然年輕的西班牙帝國努力的回報，科爾特斯在1529年獲得了貴族頭銜“堂”（don），但更重要的是被封為“瓦哈卡穀的侯爵”（marqués del valle de oaxaca）。
在他那位名望較低的第一任妻子卡塔利娜·蘇亞雷斯（catalina suárez）於1522年去世後，娶了西班牙貴族女子多娜·胡安娜·德·蘇尼加（do?a juana de zu?iga）。
此次婚姻生育了三個孩子，其中還有一個兒子也叫馬丁。
作為長子，合法的馬丁·科爾特斯·德·蘇尼加（don martin cortés y zu?iga）成為科爾特斯的繼承人，並繼承了瓦哈卡穀地侯爵的頭銜和財產。
科爾特斯的合法女兒包括多娜·瑪麗亞（do?a maria）、多娜·卡塔琳娜（do?a catalina）和多娜·胡安娜（do?a juana）。
侯爵的貴族頭銜和封地一直傳給他的後代，直到1811年。
瓦哈卡穀是新西班牙最富有的地區之一，科爾特斯在23個指定的恩賜地（eniendas）中擁有23,000名附庸，世代相傳。
盡管他在土地和附庸方麵得到了確認，但他並未恢複擔任總督，且在新西班牙的行政管理中再也沒有獲得任何重要職務。
在他前往西班牙的旅行期間，殖民行政人員管理不善，他的財產被濫用。
他在一場訴訟中站在了當地土著一方。
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在探險下加利福尼亞之後，科爾特斯（cortés）於1541年返回西班牙，試圖駁斥那些對他提起多起訴訟的憤怒平民（因債務、濫用權力等問題）。
他返回時穿過人群，向皇帝查理五世問好，皇帝詢問他是誰。
科爾特斯回答說：“我是一位為您貢獻了更多省份的人，比您的祖先留下的城市還要多。”
查理五世最終允許科爾特斯參加他指揮的安德烈亞·多利亞艦隊，參與1541年對阿爾及爾的偉大遠征，當時阿爾及爾是奧斯曼帝國的一部分。
在這次戰役中，科爾特斯在追擊阿爾及爾的帕夏（pasha）時，差點在一場暴風雨中溺亡。
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由於花費了大量自己的錢來資助遠征，他現在背負了沉重的債務。
1544年2月，他向皇家國庫提出索賠，但在接下來的三年裏沒有得到回應。
他感到厭倦，決定於1547年返回墨西哥。
當他抵達塞維利亞時，患上了痢疾。
1547年12月2日，他因患胸膜炎在塞維利亞省的卡斯蒂列哈·德·拉·克斯塔（castilleja de cuesta）去世，享年62歲。
他在遺囑中妥善照顧了他的許多混血和白人子女，以及每位母親。
他在遺囑中請求將他的遺體最終安葬在墨西哥。
在去世前，他要求教皇解除他四個孩子的“私生子”身份，其中包括他與多娜·瑪麗娜（do?a marina，也就是 malinche）所生的馬丁，據說是他最喜歡的孩子。
然而，他的女兒多娜·卡塔利娜（do?a catalina）在父親去世後不久去世。
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他去世後，因多種原因，他的遺體被轉移了超過八次。
1547年12月4日，他被埋葬在塞維利亞聖伊西多羅·德爾·坎波教堂（san isidoro del campo）的梅迪納公爵（duke of medina）陵墓中。
三年後（1550年），由於公爵需要空間，他的遺體被移至同一教堂的聖卡塔琳娜祭壇。
在遺囑中，科爾特斯請求將他的遺體安葬在他命令建立的墨西哥科約阿坎（coyoacan）修道院中，但該修道院從未建成。
因此在1566年，他的遺體被送往新西班牙，並安葬在德特克斯科科（texcoco）聖弗朗西斯科教堂（san francisco de texcoco），他的母親和其中一位姐妹也被安葬在那裏。