二月，乙未晦，日有食之。
夏，四月，乙卯，上行幸章陵；五月，乙卯，還宮。
六月，癸巳，臨淮懷公衡薨。
妖賊李廣攻沒皖城，遣虎賁中郎將馬援、驃騎將軍段誌討之。秋，九月，破皖城，斬李廣。
郭後寵衰，數懷怨懟，上怒之。冬，十月，辛巳，廢皇後郭氏，立貴人陰氏為皇後。詔曰：“異常之事，非國休福，不得上壽稱慶。”郅惲言於帝曰：“臣聞夫婦之好，父不能得之於子，況臣能得之於君乎！是臣所不敢言。雖然，願陛下念其可否之計，無令天下有議社稷而已。”帝曰：“惲善恕己量主，知我必不有所左右而輕天下也！”帝進郭後子右翊公輔為中山王，以常山郡益中山國，郭後為中山太後；其餘九國公皆為王。
甲申，帝幸章陵，修園廟，祠舊宅，觀田廬，置酒作樂，賞賜。時宗室諸母因酣悅相與語曰：“文叔少時謹信，與人不款曲，唯直柔耳，今乃能如此！”帝聞之，大笑曰：“吾治天下，亦欲以柔道行之。”十二月，還自章陵。
是歲，莎車王賢複遣使奉獻，請都護；帝賜賢西域都護印綬及車旗、黃金、錦繡。敦煌太守裴遵上言：“夷狄不可假以大權；又令諸國失望。”詔書收還都護印綬，更賜賢以漢大將軍印綬；其使不肯易，遵迫奪之。賢由是始恨，而猶詐稱大都護，移書諸國，諸國悉服屬焉。
匈奴、鮮卑、赤山烏桓數連兵入塞，殺略吏民；詔拜襄賁令祭肜為遼東太守。肜有勇力，虜每犯塞，常為士卒鋒，數破走之。肜，遵之從弟也。
征側等寇亂連年，詔長沙、合浦、交趾具車船，修道橋，通障溪，儲糧穀。拜馬援為伏波將軍，以扶樂侯劉隆為副，南擊交趾。
光武帝建武十八年（壬寅、四二年）
二月，蜀郡守將史歆反，攻太守張穆，穆踰城走；宕渠楊偉等起兵以應歆。帝遣吳漢等將萬餘人討之。
甲寅，上行幸長安；三月，幸蒲阪，祠後土。
馬援緣海而進，隨山刊道千餘裏，至浪泊上，與征側等戰，大破之，追至禁溪，賊遂散走。
夏，四月，甲戌，車駕還宮。
戊申，上行幸河內；戊子，還宮。
五月，旱。
盧芳自昌平還，內自疑懼，遂複反，與閔堪相攻連月。匈奴遣數百騎迎芳出塞。芳留匈奴中十餘年，病死。
吳漢發廣漢、巴、蜀三郡兵，圍成都百餘日，秋，七月，拔之，斬史歆等。漢乃乘桴沿江下巴郡，楊偉等惶恐解散。漢誅其渠帥，徙其黨與數百家於南郡、長沙而還。
冬，十月，庚辰，上幸宜城；還，祠章陵；十二月，還宮。
是歲，罷州牧，置刺史。
五官中郎將張純與太仆朱浮奏議：“禮，為人子，事大宗，降其私親。當除今親廟四，以先帝四廟代之。”大司徒涉等奏“立元、成、哀、平四廟。”上自以昭穆次第，當為元帝後。
光武帝建武十九年（癸卯、四三年）
春，正月，庚子，追尊宣帝曰中宗。始祠昭帝、元帝於太廟，成帝、哀帝、平帝於長安，舂陵節侯以下於章陵；其長安、章陵，皆太守、令、長侍祠。
馬援斬征側、征貳。
妖賊單臣、傅鎮等相聚入原武城，自稱將軍。詔太中大夫臧宮將兵圍之，數攻不下，士卒死傷。帝召公卿、諸侯王問方略，皆曰：“宜重其購賞。”東海王陽獨曰：“妖巫相劫，勢無久立，其中必有悔欲亡者，但外圍急，不得走耳。宜小挺緩，令得逃亡，逃亡，則一亭長足以禽矣。”帝然之，卽敕宮徹圍緩賊，賊眾分散。夏四月，拔原武，斬臣、鎮等。
馬援進擊征側餘黨都陽等，至居風，降之；嶠南悉平。援與越人申明舊製以約束之，自後駱越奉行馬將軍故事。
閏月，戊申，進趙、齊、魯三公爵皆為王。
郭後旣廢，太子強意不自安。郅惲說太子曰：“久處疑位，上違孝道，下近危殆，不如辭位以奉養母氏。”太子從之，數因左右及諸王陳其懇誠，願備藩國。上不忍，遲回者數歲。六月，戊申，詔曰：“春秋之義，立子以貴。東海王陽，皇後之子，宜承大統。皇太子強，崇執謙退，願備藩國，父子之情，重久違之。其以強為東海王，立陽為皇太子，改名莊。”
袁宏論曰：夫建太子，所以重宗統，一民心也，非有大惡於天下，不可移也。世祖中興漢業，宜遵正道以為後法。今太子之德未虧於外，內寵旣多，嫡子遷位，可謂失矣。然東海歸藩，謙恭之心彌亮；明帝承統，友於之情愈篤；雖長幼易位，興廢不同，父子兄弟，至性無間。夫以三代之道處之，亦何以過乎！
帝以太子舅陰識守執金吾，陰興為衛尉，皆輔導太子。識性忠厚，入雖極言正議，及與賓客語，未嚐及國事。帝敬重之，常指識以敕戒貴戚，激厲左右焉。興雖禮賢好施，而門無遊俠，與同郡張宗、上穀鮮於裒不相好，知其有用，猶稱所長而達之；友人張汜、杜禽，與興厚善，以為華而少實，俱私之以財，終不為言。是以世稱其忠。
上以沛國桓榮為議郎，使授太子經。車駕幸太學，會諸博士論難於前，榮辨明經義，每以禮讓相厭，不以辭長勝人，儒者莫之及，特加賞賜。又詔諸生雅歌擊磬，盡日乃罷。帝使左中郎將汝南鍾興授皇太子及宗室諸侯春秋，賜興爵關內侯。興辭以無功，帝曰：“生敎訓太子及諸王侯，非大功耶！”興曰：“臣師少府丁恭。”於是複封恭，而興遂固辭不受。
陳留董宣為雒陽令。湖陽公主蒼頭白日殺人，因匿主家，吏不能得。及主出行，以奴驂乘。宣於夏門亭候之，駐車叩馬，以刀畫地，大言數主之失；叱奴下車，因格殺之。主卽還宮訴帝，帝大怒，召宣，欲棰殺之。宣叩頭曰：“願乞一言而死。”帝曰：“欲何言？”宣曰：“陛下聖德中興，而縱奴殺人，將何以治天下乎？臣不須棰，請得自殺！”卽以頭擊楹，流血被麵。帝令小黃門持之。使宣叩頭謝主，宣不從；強使頓之，宣兩手據地，終不肯俯。主曰：“文叔為白衣時，藏亡匿死，吏不敢至門；今為天子，威不能行一令乎？”帝笑曰：“天子不與白衣同！”因敕：“強項令出！”賜錢三十萬；宣悉以班諸吏。由是能搏擊豪強，京師莫不震栗。
九月，壬申，上行幸南陽；進幸汝南南頓縣舍，置酒會，賜吏民，複南頓田租一歲。父老前叩頭言：“皇考居此日久，陛下識知寺舍，每來輒加厚恩，願賜複十年。”帝曰：“天下重器，常恐不任，日複一日，安敢遠期十歲乎！”吏民又言：“陛下實惜之，何言謙也！”帝大笑，複增一歲。進幸淮陽、梁、沛。
西南夷棟蠶反，殺長吏；詔武威將軍劉尚討之。路由越巂，邛穀王任貴恐尚旣定南邊，威法必行，己不得自放縱；卽聚兵起營，多釀毒酒，欲先勞軍，因襲擊尚。尚知其謀，卽分兵先據邛都，遂掩任貴，誅之。
光武帝建武二十年（甲辰、四四年）
春，二月，戊子，車駕還宮。
夏，四月，庚辰，大司徒戴涉坐入故太倉令奚涉罪，下獄死。帝以三公連職，策免大司空竇融。
廣平忠侯吳漢病篤，車駕親臨，問所欲言，對曰：“臣愚，無所知識，惟願陛下慎無赦而已。”五月，辛亥，漢薨；詔送葬如大將軍霍光故事。
漢性強力，每從征伐，帝未安，常側足而立。諸將見戰陳不利，或多惶懼，失其常度，漢意氣自若，方整厲器械，激揚吏士。帝時遣人觀大司馬何為，還言方修戰攻之具，乃歎曰：“吳公差強人意，隱若一敵國矣！”每當出師，朝受詔，夕則引道，初無辨嚴之日。及在朝廷，斤斤謹質，形於體貌。漢嚐出征，妻子在後買田業，漢還，讓之曰：“軍師在外，吏士不足，何多買田宅乎！”遂盡以分與昆弟、外家。故能任職以功名終。
匈奴寇上黨、天水，遂至扶風。
帝苦風眩，疾甚，以陰興領侍中，受顧命於雲台廣室。會疾瘳，召見興，欲以代吳漢為大司馬，興叩頭流涕固讓，曰：“臣不敢惜身，誠虧損聖德，不可苟冒！”至誠發中，感動左右，帝遂聽之。太子太傅張湛，自郭後之廢，稱疾不朝，帝強起之，欲以為司徒，湛固辭疾篤，不能複任朝事，遂罷之。
六月，庚寅，以廣漢太守河內蔡茂為大司徒，太仆朱浮為大司空。壬辰，以左中郎將劉隆為驃騎將軍，行大司馬事。
乙未，徙中山王輔為沛王。以郭況為大鴻臚，帝數幸其第，賞賜金帛，豐盛莫比，京師號況家為“金穴”。
夏，四月，乙卯，上行幸章陵；五月，乙卯，還宮。
六月，癸巳，臨淮懷公衡薨。
妖賊李廣攻沒皖城，遣虎賁中郎將馬援、驃騎將軍段誌討之。秋，九月，破皖城，斬李廣。
郭後寵衰，數懷怨懟，上怒之。冬，十月，辛巳，廢皇後郭氏，立貴人陰氏為皇後。詔曰：“異常之事，非國休福，不得上壽稱慶。”郅惲言於帝曰：“臣聞夫婦之好，父不能得之於子，況臣能得之於君乎！是臣所不敢言。雖然，願陛下念其可否之計，無令天下有議社稷而已。”帝曰：“惲善恕己量主，知我必不有所左右而輕天下也！”帝進郭後子右翊公輔為中山王，以常山郡益中山國，郭後為中山太後；其餘九國公皆為王。
甲申，帝幸章陵，修園廟，祠舊宅，觀田廬，置酒作樂，賞賜。時宗室諸母因酣悅相與語曰：“文叔少時謹信，與人不款曲，唯直柔耳，今乃能如此！”帝聞之，大笑曰：“吾治天下，亦欲以柔道行之。”十二月，還自章陵。
是歲，莎車王賢複遣使奉獻，請都護；帝賜賢西域都護印綬及車旗、黃金、錦繡。敦煌太守裴遵上言：“夷狄不可假以大權；又令諸國失望。”詔書收還都護印綬，更賜賢以漢大將軍印綬；其使不肯易，遵迫奪之。賢由是始恨，而猶詐稱大都護，移書諸國，諸國悉服屬焉。
匈奴、鮮卑、赤山烏桓數連兵入塞，殺略吏民；詔拜襄賁令祭肜為遼東太守。肜有勇力，虜每犯塞，常為士卒鋒，數破走之。肜，遵之從弟也。
征側等寇亂連年，詔長沙、合浦、交趾具車船，修道橋，通障溪，儲糧穀。拜馬援為伏波將軍，以扶樂侯劉隆為副，南擊交趾。
光武帝建武十八年（壬寅、四二年）
二月，蜀郡守將史歆反，攻太守張穆，穆踰城走；宕渠楊偉等起兵以應歆。帝遣吳漢等將萬餘人討之。
甲寅，上行幸長安；三月，幸蒲阪，祠後土。
馬援緣海而進，隨山刊道千餘裏，至浪泊上，與征側等戰，大破之，追至禁溪，賊遂散走。
夏，四月，甲戌，車駕還宮。
戊申，上行幸河內；戊子，還宮。
五月，旱。
盧芳自昌平還，內自疑懼，遂複反，與閔堪相攻連月。匈奴遣數百騎迎芳出塞。芳留匈奴中十餘年，病死。
吳漢發廣漢、巴、蜀三郡兵，圍成都百餘日，秋，七月，拔之，斬史歆等。漢乃乘桴沿江下巴郡，楊偉等惶恐解散。漢誅其渠帥，徙其黨與數百家於南郡、長沙而還。
冬，十月，庚辰，上幸宜城；還，祠章陵；十二月，還宮。
是歲，罷州牧，置刺史。
五官中郎將張純與太仆朱浮奏議：“禮，為人子，事大宗，降其私親。當除今親廟四，以先帝四廟代之。”大司徒涉等奏“立元、成、哀、平四廟。”上自以昭穆次第，當為元帝後。
光武帝建武十九年（癸卯、四三年）
春，正月，庚子，追尊宣帝曰中宗。始祠昭帝、元帝於太廟，成帝、哀帝、平帝於長安，舂陵節侯以下於章陵；其長安、章陵，皆太守、令、長侍祠。
馬援斬征側、征貳。
妖賊單臣、傅鎮等相聚入原武城，自稱將軍。詔太中大夫臧宮將兵圍之，數攻不下，士卒死傷。帝召公卿、諸侯王問方略，皆曰：“宜重其購賞。”東海王陽獨曰：“妖巫相劫，勢無久立，其中必有悔欲亡者，但外圍急，不得走耳。宜小挺緩，令得逃亡，逃亡，則一亭長足以禽矣。”帝然之，卽敕宮徹圍緩賊，賊眾分散。夏四月，拔原武，斬臣、鎮等。
馬援進擊征側餘黨都陽等，至居風，降之；嶠南悉平。援與越人申明舊製以約束之，自後駱越奉行馬將軍故事。
閏月，戊申，進趙、齊、魯三公爵皆為王。
郭後旣廢，太子強意不自安。郅惲說太子曰：“久處疑位，上違孝道，下近危殆，不如辭位以奉養母氏。”太子從之，數因左右及諸王陳其懇誠，願備藩國。上不忍，遲回者數歲。六月，戊申，詔曰：“春秋之義，立子以貴。東海王陽，皇後之子，宜承大統。皇太子強，崇執謙退，願備藩國，父子之情，重久違之。其以強為東海王，立陽為皇太子，改名莊。”
袁宏論曰：夫建太子，所以重宗統，一民心也，非有大惡於天下，不可移也。世祖中興漢業，宜遵正道以為後法。今太子之德未虧於外，內寵旣多，嫡子遷位，可謂失矣。然東海歸藩，謙恭之心彌亮；明帝承統，友於之情愈篤；雖長幼易位，興廢不同，父子兄弟，至性無間。夫以三代之道處之，亦何以過乎！
帝以太子舅陰識守執金吾，陰興為衛尉，皆輔導太子。識性忠厚，入雖極言正議，及與賓客語，未嚐及國事。帝敬重之，常指識以敕戒貴戚，激厲左右焉。興雖禮賢好施，而門無遊俠，與同郡張宗、上穀鮮於裒不相好，知其有用，猶稱所長而達之；友人張汜、杜禽，與興厚善，以為華而少實，俱私之以財，終不為言。是以世稱其忠。
上以沛國桓榮為議郎，使授太子經。車駕幸太學，會諸博士論難於前，榮辨明經義，每以禮讓相厭，不以辭長勝人，儒者莫之及，特加賞賜。又詔諸生雅歌擊磬，盡日乃罷。帝使左中郎將汝南鍾興授皇太子及宗室諸侯春秋，賜興爵關內侯。興辭以無功，帝曰：“生敎訓太子及諸王侯，非大功耶！”興曰：“臣師少府丁恭。”於是複封恭，而興遂固辭不受。
陳留董宣為雒陽令。湖陽公主蒼頭白日殺人，因匿主家，吏不能得。及主出行，以奴驂乘。宣於夏門亭候之，駐車叩馬，以刀畫地，大言數主之失；叱奴下車，因格殺之。主卽還宮訴帝，帝大怒，召宣，欲棰殺之。宣叩頭曰：“願乞一言而死。”帝曰：“欲何言？”宣曰：“陛下聖德中興，而縱奴殺人，將何以治天下乎？臣不須棰，請得自殺！”卽以頭擊楹，流血被麵。帝令小黃門持之。使宣叩頭謝主，宣不從；強使頓之，宣兩手據地，終不肯俯。主曰：“文叔為白衣時，藏亡匿死，吏不敢至門；今為天子，威不能行一令乎？”帝笑曰：“天子不與白衣同！”因敕：“強項令出！”賜錢三十萬；宣悉以班諸吏。由是能搏擊豪強，京師莫不震栗。
九月，壬申，上行幸南陽；進幸汝南南頓縣舍，置酒會，賜吏民，複南頓田租一歲。父老前叩頭言：“皇考居此日久，陛下識知寺舍，每來輒加厚恩，願賜複十年。”帝曰：“天下重器，常恐不任，日複一日，安敢遠期十歲乎！”吏民又言：“陛下實惜之，何言謙也！”帝大笑，複增一歲。進幸淮陽、梁、沛。
西南夷棟蠶反，殺長吏；詔武威將軍劉尚討之。路由越巂，邛穀王任貴恐尚旣定南邊，威法必行，己不得自放縱；卽聚兵起營，多釀毒酒，欲先勞軍，因襲擊尚。尚知其謀，卽分兵先據邛都，遂掩任貴，誅之。
光武帝建武二十年（甲辰、四四年）
春，二月，戊子，車駕還宮。
夏，四月，庚辰，大司徒戴涉坐入故太倉令奚涉罪，下獄死。帝以三公連職，策免大司空竇融。
廣平忠侯吳漢病篤，車駕親臨，問所欲言，對曰：“臣愚，無所知識，惟願陛下慎無赦而已。”五月，辛亥，漢薨；詔送葬如大將軍霍光故事。
漢性強力，每從征伐，帝未安，常側足而立。諸將見戰陳不利，或多惶懼，失其常度，漢意氣自若，方整厲器械，激揚吏士。帝時遣人觀大司馬何為，還言方修戰攻之具，乃歎曰：“吳公差強人意，隱若一敵國矣！”每當出師，朝受詔，夕則引道，初無辨嚴之日。及在朝廷，斤斤謹質，形於體貌。漢嚐出征，妻子在後買田業，漢還，讓之曰：“軍師在外，吏士不足，何多買田宅乎！”遂盡以分與昆弟、外家。故能任職以功名終。
匈奴寇上黨、天水，遂至扶風。
帝苦風眩，疾甚，以陰興領侍中，受顧命於雲台廣室。會疾瘳，召見興，欲以代吳漢為大司馬，興叩頭流涕固讓，曰：“臣不敢惜身，誠虧損聖德，不可苟冒！”至誠發中，感動左右，帝遂聽之。太子太傅張湛，自郭後之廢，稱疾不朝，帝強起之，欲以為司徒，湛固辭疾篤，不能複任朝事，遂罷之。
六月，庚寅，以廣漢太守河內蔡茂為大司徒，太仆朱浮為大司空。壬辰，以左中郎將劉隆為驃騎將軍，行大司馬事。
乙未，徙中山王輔為沛王。以郭況為大鴻臚，帝數幸其第，賞賜金帛，豐盛莫比，京師號況家為“金穴”。