元顯欲盡誅諸桓。中護軍桓修，驃騎長史王誕之甥也，誕有寵於元顯，因陳修等與玄誌趣不同，元顯乃止。誕，導之曾孫也。
張法順言於元顯曰：“桓謙兄弟每為上流耳目，宜斬之以杜奸謀。且事之濟不，係在前軍，而牢之反複，萬一有變，則禍敗立至。可令牢之殺謙兄弟以示無貳心，若不受命，當逆為之所。”元顯曰：“今非牢之，無以敵玄；且始事而誅大將，人情不安。”再三不可。又以桓氏世為荊土所附，桓衝特有遺惠，而謙，衝之子也，乃自驃騎司馬除都督荊‖益‖寧‖梁四州諸軍事、荊州刺史，欲以結西人之心。
丁醜，燕慕容拔攻魏令支戍，克之，宿遝幹走，執魏遼西太守那頡。燕以拔為幽州刺史，鎮令支，以中堅將軍遼西陽豪為本郡太守。丁亥，以章武公淵為尚書令，博陵公虔為尚書左仆射，尚書王騰為右仆射。
戊子，魏材官將軍和突攻黜弗、素古延等諸部，破之。初，魏主珪遣北部大人賀狄幹獻馬千匹求婚於秦，秦王興聞珪已立慕容後，止狄幹而絕其婚；沒弈幹、黜弗、素古延，皆秦之屬國也，而魏攻之，由是秦、魏有隙。庚寅，珪大閱士馬，命幷州諸郡積穀於平陽之幹壁以備秦。
柔然社侖方睦於秦，遣將救黜弗、素古延；辛卯，和突逆擊，大破之，社侖帥其部落遠遁漠北，奪高車之地而居之。斛律部帥倍侯利擊社侖，大為所敗，倍侯利奔魏。社侖於是西北擊匈奴遺種日拔也雞，大破之，遂吞並諸部，士馬繁盛，雄於北方。其地西至焉耆，東接朝鮮，南臨大漠，旁側小國皆羈屬焉。自號豆代可汗。始立約束，以千人為軍，軍有將；百人為幢，幢有帥。攻戰先登者賜以虜獲，畏懦者以石擊其首而殺之。
禿發傉檀克顯美，執孟禕而責之，以其不早降。禕曰：“禕受呂氏厚恩，分符守土；若明公大軍甫至，望旗歸附，恐獲罪於執事矣。”傉檀釋而禮之，徙二千餘戶而歸，以禕為左司馬。禕辭曰：“呂氏將亡，聖朝必取河右，人無愚智皆知之。但禕為人守城不能全，複忝顯任，於心竊所未安。若蒙明公之惠，使得就戮姑臧，死且不朽。”傉檀義而歸之。
東土遭孫恩之亂，因以饑饉，漕運不繼。桓玄禁斷江路，公私匱乏，以粰、橡給士卒。玄謂朝廷方多憂虞，必未暇討己，可以蓄力觀釁。及大軍將發，從兄太傅長史石生密以書報之；玄大驚，欲完聚聚江陵。長史卞範之曰：“明公英威振於遠近，元顯口尚乳臭，劉牢之大失物情，若兵臨近畿，示以禍福，土崩之勢可翹足而待，何有延敵入境，自取窮蹙者乎！”玄從之，留桓偉守江陵，抗表傳檄，罪狀元顯，舉兵東下。檄至，元顯大懼。二月，丙午，帝餞元顯於西池；元顯下船而不發。
癸醜，魏常山王遵等至高平，沒弈幹棄其部眾，帥數千騎與劉勃勃奔秦州。魏軍追至瓦亭，不及而還，盡獲其府庫蓄積，馬四萬餘匹，雜畜九萬餘口，徙其民於代都，餘種分迸。平陽太守貳塵複侵秦河東，長安大震，關中諸城晝閉，秦人簡兵訓卒以謀伐魏。
秦王興立子泓為太子，大赦。泓孝友寬和，喜文學，善談詠，而懦弱多病；興欲以為嗣，而狐疑不決，久乃立之。
姑臧大饑，米鬥直錢五千，人相食，餓死者十餘萬口。城門晝閉，樵采路絕，民請出城為胡虜奴婢者，日有數百，呂隆惡其沮動眾心，盡坑之，積屍盈路。
沮渠蒙遜引兵攻姑臧，隆遣使求救於河西王利鹿孤，利鹿孤遣廣武公傉檀帥騎一萬救之；未至，隆擊破蒙遜軍，蒙遜請與隆盟，留穀萬餘斛遺之而還。傉檀至昌鬆，聞蒙遜已退，乃徙涼澤段塚民五百餘戶而還。
中散騎常侍張融言於利鹿孤曰：“焦朗兄弟據魏安，潛通姚氏，數為反複，今不取，後必為朝廷憂。”利鹿孤遣傉檀討之，朗麵縛出降，傉檀送於西平，徙其民於樂都。
桓玄發江陵，慮事不捷，常為西還之計；及過尋陽，不見官軍，意甚喜，將士之氣亦振。
庾楷謀泄，玄囚之。
丁巳，詔遣齊王柔之以騶虞幡宣告荊、江二州，使罷兵；玄前鋒殺之。柔之，宗之子也。
丁卯，玄至姑孰，使共將馮該等攻曆陽，襄城太守司馬休之嬰城固守。玄軍斷洞浦，焚豫州舟艦。豫州刺史譙王尚之帥步卒九千陣於浦上，遣武都太守楊秋屯橫江，秋降於玄軍。尚之眾潰，逃於塗中，玄捕獲之。司馬休之出戰而敗，棄城走。
劉牢之素惡驃騎大將軍元顯，恐桓玄旣滅，元顯益驕恣，又恐己功名愈盛，不為元顯所容；且自恃材武，擁強兵，欲假玄以除執政，複伺玄之隙而自取之，故不肯討玄。元顯日夜昏酣，以牢之為前鋒。牢之驟詣門，不得見，及帝出餞元顯，遇之公坐而已。
牢之軍溧洲，參軍劉裕請擊玄，牢之不許。玄使牢之族舅何穆說牢之曰：“自古戴震主之威，挾不賞之功而能自全者，誰邪？越之文種，秦之白起，漢之韓信，皆事明主，為之盡力，功成之日，猶不免誅夷，況為凶愚者之用乎！君如今日戰勝則傾宗，戰敗則覆族，欲以此安歸乎！不若翻然改圖，則可以長保富貴矣。古人射鉤、斬祛，猶不害為輔佐，況玄與君無宿昔之怨乎！”時譙王尚之已敗，人情愈恐，牢之頗納穆言，與玄交通。東海中尉東海何無忌，牢之之甥也，與劉裕極諫，不聽。其子驃騎從事中郎敬宣諫曰：“今國家衰危，天下之重在大人與玄。玄藉父、叔之資，據有全楚，割晉國三分之二，一朝縱之使陵朝廷，玄威望旣成，恐難圖也，董卓之變，將在今矣。”牢之怒曰：“吾豈不知！今日取玄如反複手耳；但平玄之後，令我柰驃騎何！”三月，乙巳朔，牢之遣敬宣詣玄請降。玄陰欲誅牢之，乃與敬宣宴飲，陳名書畫共觀之，以安悅其意；敬宣不之覺，玄佐吏莫不相視而笑。玄版敬宣為谘議參軍。
元顯將發，聞玄已至新亭，棄船，退屯國子學。辛未，陳於宣陽門外。軍中相驚，言玄已至南桁，元顯引兵欲還宮。玄遣人拔刀隨後大呼曰：“放仗！”軍人皆崩潰，元顯乘馬走入東府，唯張法順一騎隨之。元顯問計於道子，道子但對之涕泣。玄遣太傅從事中郎毛泰收元顯送新亭，縛於舫前而數之，元顯曰：“為王誕、張法順所誤耳。”
壬申，複隆安年號，帝遣侍中勞玄於安樂渚。玄入京師，稱詔解嚴，以玄總百揆、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧、領徐‖荊‖江三州刺史，假黃鉞。玄以桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左仆射，桓修為徐、兗二州刺史，桓石生為江州刺史，卞範之為丹陽尹。
初，玄之舉兵，侍中王謐奉詔詣玄，玄親禮之。及玄輔政，以謐為中書令。謐，導之孫也。新安太守殷仲文，覬之弟也，玄姊為仲文妻。仲文聞玄克京師，棄郡投玄，玄以為谘議參軍。劉邁往見玄，玄曰：“汝不畏死，而敢來邪？”邁曰：“射鉤斬袪，幷邁為三。”玄悅，以為參軍。
癸酉，有司奏會稽王道子酣縱不孝，當棄市，詔徙安成郡；斬元顯及東海王彥璋、譙王尚之、庾楷、張法順、毛泰等於建康市。桓修為王誕固請，長流嶺南。
玄以劉牢之為會稽內史。牢之曰：“始爾，便奪我兵，禍其至矣。”劉敬宣請歸諭牢之使受命，玄遣之。敬宣勸牢之襲玄，牢之猶豫不決，移屯班瀆，私告劉裕曰：“今當北就高雅之於廣陵，舉兵以匡社稷，卿能從我去乎？”裕曰：“將軍以勁卒數萬，望風降服，彼新得誌，威震天下，朝野人情皆已去矣，廣陵豈可得至邪！裕當反服還京口耳。”何無忌謂裕曰：“我將何之？”裕曰：“吾觀鎮北必不免，卿可隨我還京口。桓玄若守臣節，當與卿事之；不然，當與卿圖之。”
於是牢之大集僚佐，議據江北以討玄。參軍劉襲曰：“事之不可者莫大於反。將軍往年反王兗州，近日反司馬郎君，今複反桓公，一人三反，何以自立！”語畢，趨出，佐吏多散走。牢之懼，使敬宣之京口迎家，失期不至，牢之以為事已泄，為玄所殺，乃帥部曲北走，至新洲，縊而死。敬宣至，不暇哭，卽渡江奔廣陵。將吏共殯斂牢之，以其喪歸丹徒。玄令斲棺斬首，暴屍於市。
大赦，改元大亨。
桓玄讓丞相、荊‖江‖徐三州，改授太尉、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史，總百揆；以琅邪王德文為太宰。
張法順言於元顯曰：“桓謙兄弟每為上流耳目，宜斬之以杜奸謀。且事之濟不，係在前軍，而牢之反複，萬一有變，則禍敗立至。可令牢之殺謙兄弟以示無貳心，若不受命，當逆為之所。”元顯曰：“今非牢之，無以敵玄；且始事而誅大將，人情不安。”再三不可。又以桓氏世為荊土所附，桓衝特有遺惠，而謙，衝之子也，乃自驃騎司馬除都督荊‖益‖寧‖梁四州諸軍事、荊州刺史，欲以結西人之心。
丁醜，燕慕容拔攻魏令支戍，克之，宿遝幹走，執魏遼西太守那頡。燕以拔為幽州刺史，鎮令支，以中堅將軍遼西陽豪為本郡太守。丁亥，以章武公淵為尚書令，博陵公虔為尚書左仆射，尚書王騰為右仆射。
戊子，魏材官將軍和突攻黜弗、素古延等諸部，破之。初，魏主珪遣北部大人賀狄幹獻馬千匹求婚於秦，秦王興聞珪已立慕容後，止狄幹而絕其婚；沒弈幹、黜弗、素古延，皆秦之屬國也，而魏攻之，由是秦、魏有隙。庚寅，珪大閱士馬，命幷州諸郡積穀於平陽之幹壁以備秦。
柔然社侖方睦於秦，遣將救黜弗、素古延；辛卯，和突逆擊，大破之，社侖帥其部落遠遁漠北，奪高車之地而居之。斛律部帥倍侯利擊社侖，大為所敗，倍侯利奔魏。社侖於是西北擊匈奴遺種日拔也雞，大破之，遂吞並諸部，士馬繁盛，雄於北方。其地西至焉耆，東接朝鮮，南臨大漠，旁側小國皆羈屬焉。自號豆代可汗。始立約束，以千人為軍，軍有將；百人為幢，幢有帥。攻戰先登者賜以虜獲，畏懦者以石擊其首而殺之。
禿發傉檀克顯美，執孟禕而責之，以其不早降。禕曰：“禕受呂氏厚恩，分符守土；若明公大軍甫至，望旗歸附，恐獲罪於執事矣。”傉檀釋而禮之，徙二千餘戶而歸，以禕為左司馬。禕辭曰：“呂氏將亡，聖朝必取河右，人無愚智皆知之。但禕為人守城不能全，複忝顯任，於心竊所未安。若蒙明公之惠，使得就戮姑臧，死且不朽。”傉檀義而歸之。
東土遭孫恩之亂，因以饑饉，漕運不繼。桓玄禁斷江路，公私匱乏，以粰、橡給士卒。玄謂朝廷方多憂虞，必未暇討己，可以蓄力觀釁。及大軍將發，從兄太傅長史石生密以書報之；玄大驚，欲完聚聚江陵。長史卞範之曰：“明公英威振於遠近，元顯口尚乳臭，劉牢之大失物情，若兵臨近畿，示以禍福，土崩之勢可翹足而待，何有延敵入境，自取窮蹙者乎！”玄從之，留桓偉守江陵，抗表傳檄，罪狀元顯，舉兵東下。檄至，元顯大懼。二月，丙午，帝餞元顯於西池；元顯下船而不發。
癸醜，魏常山王遵等至高平，沒弈幹棄其部眾，帥數千騎與劉勃勃奔秦州。魏軍追至瓦亭，不及而還，盡獲其府庫蓄積，馬四萬餘匹，雜畜九萬餘口，徙其民於代都，餘種分迸。平陽太守貳塵複侵秦河東，長安大震，關中諸城晝閉，秦人簡兵訓卒以謀伐魏。
秦王興立子泓為太子，大赦。泓孝友寬和，喜文學，善談詠，而懦弱多病；興欲以為嗣，而狐疑不決，久乃立之。
姑臧大饑，米鬥直錢五千，人相食，餓死者十餘萬口。城門晝閉，樵采路絕，民請出城為胡虜奴婢者，日有數百，呂隆惡其沮動眾心，盡坑之，積屍盈路。
沮渠蒙遜引兵攻姑臧，隆遣使求救於河西王利鹿孤，利鹿孤遣廣武公傉檀帥騎一萬救之；未至，隆擊破蒙遜軍，蒙遜請與隆盟，留穀萬餘斛遺之而還。傉檀至昌鬆，聞蒙遜已退，乃徙涼澤段塚民五百餘戶而還。
中散騎常侍張融言於利鹿孤曰：“焦朗兄弟據魏安，潛通姚氏，數為反複，今不取，後必為朝廷憂。”利鹿孤遣傉檀討之，朗麵縛出降，傉檀送於西平，徙其民於樂都。
桓玄發江陵，慮事不捷，常為西還之計；及過尋陽，不見官軍，意甚喜，將士之氣亦振。
庾楷謀泄，玄囚之。
丁巳，詔遣齊王柔之以騶虞幡宣告荊、江二州，使罷兵；玄前鋒殺之。柔之，宗之子也。
丁卯，玄至姑孰，使共將馮該等攻曆陽，襄城太守司馬休之嬰城固守。玄軍斷洞浦，焚豫州舟艦。豫州刺史譙王尚之帥步卒九千陣於浦上，遣武都太守楊秋屯橫江，秋降於玄軍。尚之眾潰，逃於塗中，玄捕獲之。司馬休之出戰而敗，棄城走。
劉牢之素惡驃騎大將軍元顯，恐桓玄旣滅，元顯益驕恣，又恐己功名愈盛，不為元顯所容；且自恃材武，擁強兵，欲假玄以除執政，複伺玄之隙而自取之，故不肯討玄。元顯日夜昏酣，以牢之為前鋒。牢之驟詣門，不得見，及帝出餞元顯，遇之公坐而已。
牢之軍溧洲，參軍劉裕請擊玄，牢之不許。玄使牢之族舅何穆說牢之曰：“自古戴震主之威，挾不賞之功而能自全者，誰邪？越之文種，秦之白起，漢之韓信，皆事明主，為之盡力，功成之日，猶不免誅夷，況為凶愚者之用乎！君如今日戰勝則傾宗，戰敗則覆族，欲以此安歸乎！不若翻然改圖，則可以長保富貴矣。古人射鉤、斬祛，猶不害為輔佐，況玄與君無宿昔之怨乎！”時譙王尚之已敗，人情愈恐，牢之頗納穆言，與玄交通。東海中尉東海何無忌，牢之之甥也，與劉裕極諫，不聽。其子驃騎從事中郎敬宣諫曰：“今國家衰危，天下之重在大人與玄。玄藉父、叔之資，據有全楚，割晉國三分之二，一朝縱之使陵朝廷，玄威望旣成，恐難圖也，董卓之變，將在今矣。”牢之怒曰：“吾豈不知！今日取玄如反複手耳；但平玄之後，令我柰驃騎何！”三月，乙巳朔，牢之遣敬宣詣玄請降。玄陰欲誅牢之，乃與敬宣宴飲，陳名書畫共觀之，以安悅其意；敬宣不之覺，玄佐吏莫不相視而笑。玄版敬宣為谘議參軍。
元顯將發，聞玄已至新亭，棄船，退屯國子學。辛未，陳於宣陽門外。軍中相驚，言玄已至南桁，元顯引兵欲還宮。玄遣人拔刀隨後大呼曰：“放仗！”軍人皆崩潰，元顯乘馬走入東府，唯張法順一騎隨之。元顯問計於道子，道子但對之涕泣。玄遣太傅從事中郎毛泰收元顯送新亭，縛於舫前而數之，元顯曰：“為王誕、張法順所誤耳。”
壬申，複隆安年號，帝遣侍中勞玄於安樂渚。玄入京師，稱詔解嚴，以玄總百揆、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧、領徐‖荊‖江三州刺史，假黃鉞。玄以桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左仆射，桓修為徐、兗二州刺史，桓石生為江州刺史，卞範之為丹陽尹。
初，玄之舉兵，侍中王謐奉詔詣玄，玄親禮之。及玄輔政，以謐為中書令。謐，導之孫也。新安太守殷仲文，覬之弟也，玄姊為仲文妻。仲文聞玄克京師，棄郡投玄，玄以為谘議參軍。劉邁往見玄，玄曰：“汝不畏死，而敢來邪？”邁曰：“射鉤斬袪，幷邁為三。”玄悅，以為參軍。
癸酉，有司奏會稽王道子酣縱不孝，當棄市，詔徙安成郡；斬元顯及東海王彥璋、譙王尚之、庾楷、張法順、毛泰等於建康市。桓修為王誕固請，長流嶺南。
玄以劉牢之為會稽內史。牢之曰：“始爾，便奪我兵，禍其至矣。”劉敬宣請歸諭牢之使受命，玄遣之。敬宣勸牢之襲玄，牢之猶豫不決，移屯班瀆，私告劉裕曰：“今當北就高雅之於廣陵，舉兵以匡社稷，卿能從我去乎？”裕曰：“將軍以勁卒數萬，望風降服，彼新得誌，威震天下，朝野人情皆已去矣，廣陵豈可得至邪！裕當反服還京口耳。”何無忌謂裕曰：“我將何之？”裕曰：“吾觀鎮北必不免，卿可隨我還京口。桓玄若守臣節，當與卿事之；不然，當與卿圖之。”
於是牢之大集僚佐，議據江北以討玄。參軍劉襲曰：“事之不可者莫大於反。將軍往年反王兗州，近日反司馬郎君，今複反桓公，一人三反，何以自立！”語畢，趨出，佐吏多散走。牢之懼，使敬宣之京口迎家，失期不至，牢之以為事已泄，為玄所殺，乃帥部曲北走，至新洲，縊而死。敬宣至，不暇哭，卽渡江奔廣陵。將吏共殯斂牢之，以其喪歸丹徒。玄令斲棺斬首，暴屍於市。
大赦，改元大亨。
桓玄讓丞相、荊‖江‖徐三州，改授太尉、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史，總百揆；以琅邪王德文為太宰。